Method Article
We describe a protocol for colorimetric detection of E. coli using a modified litmus test that takes advantage of an RNA-cleaving DNAzyme, urease, and magnetic beads.
There are increasing demands for simple but still effective methods that can be used to detect specific pathogens for point-of-care or field applications. Such methods need to be user-friendly and produce reliable results that can be easily interpreted by both specialists and non-professionals. The litmus test for pH is simple, quick, and effective as it reports the pH of a test sample via a simple color change. We have developed an approach to take advantage of the litmus test for bacterial detection. The method exploits a bacterium-specific RNA-cleaving DNAzyme to achieve two functions: recognizing a bacterium of interest and providing a mechanism to control the activity of urease. Through the use of magnetic beads immobilized with a DNAzyme-urease conjugate, the presence of bacteria in a test sample is relayed to the release of urease from beads to solution. The released urease is transferred to a test solution to hydrolyze urea into ammonia, resulting in an increase of pH that can be visualized using the classic litmus test.
Bacterial pathogens are one of the major causes of global morbidity and mortality. Outbreaks from hospital-acquired infections, food-borne pathogens, and bacterial contaminants in the environment pose serious and on-going threats to public health and safety. To prevent these outbreaks, effective tools are needed that permit pathogen detection in a timely fashion under a variety of settings. Simple but still effective tests that are portable and cost-effective are greatly coveted, especially in regions that are susceptible to outbreaks but cannot afford expensive testing facilities.1-3 Although there exists a multitude of methods to detect bacteria, many of them are not suitable as screening or on-site testing tools because they require long test times, expensive instruments and complicated testing procedures.
Colorimetric tests are particularly attractive for point-of-care or field applications as color changes can be easily detected by the naked eye. The litmus test for pH is simple, quick, and effective. Although it is a very old technology, it is still widely used today because of its simplicity and effectiveness. Surprisingly, this simple test had never been modified to achieve the detection of other analytes before we recently developed an approach of modifying this test for E. coli testing.4
The expanded litmus test for E. coli employs three additional components: an E. coli activated RNA-cleaving DNAzyme (EC1), 5 urease, and magnetic beads. DNAzymes refer to synthetic single-stranded DNA molecules with catalytic activity.6 They can be isolated from random-sequence DNA pools using in vitro selection.7,8 They are highly stable and can be produced cost-effectively using high-efficiency automated DNA synthesis.9 For these reasons, DNAzymes, particularly RNA-cleaving DNAzymes, have been widely examined for biosensing applications.6,10,11 RNA-cleaving DNAzyme sensors have been developed to detect metal ions,12-16 small molecules,17,18 bacterial pathogens5,19-21 and cancer cells.22 Given the great availability of target-induced RNA-cleaving DNAzymes, any assay that utilizes a DNAzyme can be potentially expanded to detect a diverse range of analytes.
Urease is chosen for its ability to hydrolyze urea into ammonia,23,24 resulting in a pH increase. Urease is also highly efficient, stable and amenable for conjugation to other biomolecules. Therefore, we postulated that a conjugate of an RNA-cleavage DNAzyme with urease would allow the use of litmus test for the detection of other targets.5
The action of the RNA-cleaving DNAzyme is relayed to urease-mediated increase of pH through the use of magnetic beads that are immobilized with the DNAzyme-urease conjugate. Because the activity of the DNAzyme under investigation is strictly dependent on E. coli, the presence of this bacterium in the test solution will result in the release of urease from the magnetic beads to the solution, which is then taken and used to hydrolyze urea in a reporter solution that contains a pH-sensitive dye. The final outcome of this procedure is a color change that can be conveniently reported by the dye or pH paper.
1. Preparazione dei reagenti e tamponi
2. Sintesi e purificazione di E. coli- reattivo DNAzyme EC1
3. Coniugazione del Ureasi al DNA
4. Montaggio di EC1 e UrDNA su biglie magnetiche
5. Preparazione di cellule batteriche 20
6. cartina di tornasole
Il principio della prova del nove batterica è spiegato in Figura 1 Il test utilizza tre materiali principali:. Un DNAzyme RNA-scissione che viene attivato da un batterio specifico, ureasi e perline magnetiche. Il DNAzyme viene utilizzato come elemento di riconoscimento molecolare per ottenere un rilevamento altamente specifica di un batterio di interesse. Ureasi e sfere magnetiche sono utilizzati per ottenere trasduzione del segnale delle attività RNA-scissione del DNAzyme. Questo comporta la creazione di sfere magnetiche che contengono coniugati ureasi-DNAzyme. In presenza del batterio bersaglio, la scinde DNAzyme suo RNA linkage. Questa azione provoca la dissociazione di ureasi da perline magnetiche. L'ureasi rilasciato può essere facilmente separato dal biglie magnetiche e utilizzata per generare un cambiamento di colore in una soluzione giornalista, contenente urea e un colorante sensibile al pH. Ureasi idrolizza l'urea in ammoniaca, accompagnato dalla crescita di pH che fa scattare il ccambiamento olor del colorante.
La figura 2 presenta una cartina di tornasole batterica dove EC1, un E. coli -responsive RNA-scissione DNAzyme, è stato utilizzato come DNAzyme e rosso fenolo è stato utilizzato come colorante pH segnalazione. EC1 stato precedentemente isolato dal nostro gruppo da un pool DNA casuale sequenza con la tecnica di selezione in vitro. 5 nostri studi precedenti hanno dimostrato che EC1 è altamente specifico per E. coli e mostra un'attività minima verso altri batteri. 5,19 Si è trovato che EC1 viene attivato da una molecola di proteina da E. coli. Anche se l'identità di questo biomarker proteina non è stato decifrato, la specificità alto riconoscimento suggerisce che questa proteina è unico per E. coli. La soluzione giornalista è impostato per avere un pH iniziale di 5,5. A questo pH, rosso fenolo presenta un colore giallo. Come ureasi idrolizza l'urea in ammoniaca, la basicità del sol giornalistaaumenta ution. Ciò si riflette dal graduale cambiamento di colore dal giallo al rosa. La profondità del cambiamento di colore dipende dai due parametri seguenti, come illustrato dalla Figura 2: il numero di E. coli utilizzati nella fase di attivazione DNAzyme e il tempo concesso per la fase di urea idrolisi. Più E. coli portato a cambiamenti di colore forti, riflessa dalla osservazione di un progressivo colore giallo-rosa transizione di colore quando E. coli sono state serialmente passato da 5 a 5 x 10 7 (10-fold aumenta ogni volta). Nel frattempo, un tempo più lungo per idrolisi dell'urea consentito per la rilevazione di un numero minore di E. coli (5.000 cellule nella reazione di 1 ora e 500 cellule nella reazione di 2 ore).
Il cambiamento di pH la cartina tornasole batterica può essere monitorata utilizzando un misuratore portatile pH e risultati rappresentativi sono illustrati nella figura 3. Si was trovato che la presenza di 10 7 E. coli determinato graduale aumento del pH da 3 unità entro 10 min. Al contrario, l'assenza di E. coli non ha causato variazioni di pH rilevabili sotto la stessa impostazione.
Figura 1: Il principio costruttivo di cartina di tornasole batterica (A) Attivazione di un DNAzyme RNA-fende da un biomarker specifico da un batterio di interesse.. Alla presenza del biomarker, la DNAzyme RNA-scissione immobilizzato su perline scinde il legame magnetico RNA, con conseguente rilascio del ureasi contrassegnati da sfere magnetiche a soluzione. (B) Procedura di test in tre fasi. Fase 1: attivazione DNAzyme, come descritto nel pannello A. Fase 2: Separazione magnetica - dell'ureasi rilasciato è separato da perline magnetiche. Fase 3: Urea idrolisi R12; l'ureasi rilasciato viene aggiunto in una soluzione di urea giornalista contenente. Ureasi idrolizza l'urea in ammoniaca, con un conseguente cambiamento di pH che può essere segnalato da un colorante sensibile al pH. Si prega di cliccare qui per vedere una versione più grande di questa figura.
Figura 2: prova del nove con E. coli utilizzando E. coli -responsive DNAzyme CE1. I risultati di variazione cromatica rappresentativi con un numero variabile di E. coli fornite sopra di ciascuna provetta. Rosso fenolo è stato utilizzato come il colorante sensibile al pH. Una prova senza E. coli è stato usato come controllo negativo. Più E. coli sono tenuti a causare il rilascio di più molecole ureasi, accompagnato by cambiamenti di colore più forti. Cliccate qui per vedere una versione più grande di questa figura.
Figura 3: monitoraggio del pH utilizzando un pHmetro La variazione di pH provocati dalle 10 7 E.. coli è stato monitorato mediante un pH-metro portatile. Una prova senza E. coli è stato usato come controllo negativo. La presenza di 10 7 E. coli nella soluzione di prova può aumentare la basicità da unità di pH ~ 3 in 10 min. Cliccate qui per vedere una versione più grande di questa figura.
Nome | Sesequenza (5'-3 ') | Nota |
BS1 | BTTTT TTTTT TTTAC TCTTC CTAGC FRQGG TTCGA TCAAG A | B: 5'-biotina; R: ribonucleotide adenina; F: fluoresceina-dT; Q: DABCYL-dT |
DE1 | GATGT GCGTT GTCGA GACCT GCGAC CGGAA CACTA CACTG TGTGG GGATG GATTT CTTTA CAGTT GTGTG TTGAA CGCTG TGTCA AAAAA AAAA | |
T1 | GACAA CGCAC ATCTC TTGAT CGAAC C | |
LD1 | XTTTT TTTTT TTTTT TTGAC ACAGC GTTCA A | X: 5'-NH 2 |
Tabella 1: Sequenze di oligonucleotidi sintetici.
La definizione dell'azione dell'attività RNA clivaggio di un DNAzyme batterio sensibile ad un banco di prova è reso possibile attraverso l'uso di ureasi e separazione magnetica, come illustrato nella figura 1. Sebbene la dimostrazione della cartina tornasole modificati per rivelare batterica è fatto con una E. coli-dipendente RNA-scissione DNAzyme, 5,19,20 il design può essere generalmente esteso per qualsiasi DNAzyme RNA-scissione. Data la grande disponibilità di DNAzimi RNA-scissione per i diversi analiti e varie metodologie di isolare nuovi DNAzymes RNA-scissione da piscine casuale sequenza di nuovi obiettivi, ci aspettiamo che la piattaforma cartina di tornasole modificato può essere esteso al rilevamento di diversi obiettivi di interesse .
La prova del nove per E. rilevamento coli in grado di rilevare 5.000 e 500 cellule quando il tempo di reazione segnalazione è impostato per essere 1 e 2 ore, rispettivamente. La reazione popolare a catena della polimerasi (PCR) epanino enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) metodi possono raggiungere limiti di rilevabilità pari a circa 10 4 -10 5 E. coli in tempi di test simili. 25,26 Così, la prova del nove batterica offre sensibilità di rilevamento comparabile.
Sebbene la cartina tornasole batterica è facile da realizzare e può produrre vibranti cambiamenti di colore, diversi fattori possono influenzare significativamente i risultati dei test. In primo luogo, la qualità di ureasi è molto importante. Abbiamo usato ureasi da fonti diverse e trovato i risultati del test possono variare in modo significativo. Si consiglia l'uso di ureasi dall'origine specificata nella sezione Materiali.
Il montaggio delle sfere magnetiche / ureasi / DNAzyme ha bisogno di particolare attenzione. lavaggio accurato di sfere magnetiche per rimuovere UrDNA unhybridized è necessario per evitare risultati falsi-positivi. Cura deve anche essere adottate per evitare l'accumulo di perline magnetiche residue sulla superficie interna della lid della provetta per microcentrifuga, che può essere difficile da vedere. Una volta lì, le sfere magnetiche non sono più sottoposti a separazione magnetica e, quindi, potrebbe portare un po 'di UrDNA unhybridized che può portare a segnali falsi-positivi nella reazione giornalista. E 'anche importante evitare di lasciare il tubo per microcentrifuga sul sostegno magnetico per più di 10 minuti durante la fase di separazione magnetica. Le perle possono aggregare o aderire alla provetta per microcentrifuga, che possono ridurre l'efficienza di lavaggio e di introdurre incoerenza da lotto a lotto. L'inclusione di 0,01% Tween-20 nella soluzione di lavaggio può migliorare la coerenza da lotto a lotto e dovrebbe essere attuata.
Le sfere magnetiche sono rivestiti con streptavidina, che è stato utilizzato come ancoraggio per assemblare coniugati DNAzyme-ureasi sulle sfere magnetiche. Sia streptavidina e ureasi sono molecole proteiche che possono essere denaturato durante la conservazione. Noi di solito memorizzare le perle DNAzyme-ureasi-magnetici assemblati a 4 ° C per un massimo di 4 settimanee rendere lotti freschi regolarmente per ottenere risultati più coerenti.
La cura deve anche essere presa per evitare accidentalmente prendere sfere magnetiche in fase di separazione magnetica (passo 6,9) dopo l'attivazione DNAzyme. Dalla nostra esperienza, detriti cellulari e altri particolati nella soluzione può ridurre l'efficienza di separazione magnetica, pertanto alcune sfere magnetiche possono essere involontariamente prese durante pipettamento. Questo si tradurrà in risultati falsi-positivi. Si raccomanda le seguenti misure per alleviare il problema: un tempo di separazione più lungo (come ad esempio 5-10 minuti), un rilascio più lento della pressione sulla pipetta per consentire dolce ritiro del surnatante, e sottoponendo il surnatante in una serie supplementare di separazione magnetica .
Infine, è importante evitare la contaminazione incidente della soluzione giornalista stock di ureasi nel corso di un esperimento in cui vengono testati campioni multipli. Data l'elevata reattività di uRease, la contaminazione di questo tipo può portare a risultati falsi-positivi.
The authors have nothing to disclose.
The funding for this research project was provided by the Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (NSERC) via a Discovery Grant to YL.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) | VWR AMRESCO | 0105 | |
Sodium Hydroxide (NaOH) pellets | BIO BASIC CANADA INC. | SB6789 | |
Tris-base | VWR AMRESCO | 0497 | |
Boric acid | AMRESCO | 0588 | |
Urea | VWR AMRESCO | M123 | |
40% acrylamide/bisacrylamide (29:1) solution | BIO BASIC CANADA INC. | A0007 | |
Sucrose | Bioshop Canada inc. | SUC507 | |
Bromophenol blue | Bioshop Canada inc. | BRO777 | |
Xylenecyanol FF | SIGMA-ALDRICH | X-4126 | |
10% sodium dodecyl sulfate | Bioshop Canada inc. | SDS001 | |
Hydrochloric Acid (HCl) | CALEDON LABORATORIES LTD | 6026 | |
Sodium Chloride (NaCl) | Bioshop Canada inc. | SOD001 | |
4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid (HEPES) | Bioshop Canada inc. | HEP001 | |
Magnesium Chloride (II) hexahydrate | VWR AMRESCO | 0288 | |
Tween 20 | Bioshop Canada inc. | TW508 | |
Adenosine Triphospahte (ATP) | AMRESCO | 0220 | |
Sodium Acetate trihydrate (NaOAc) | SIGMA-ALDRICH | S8625 | |
Ethanol | Commercial Alcohols | P016EAAN | |
Tetramethyleneethylenediamine (TEMED) | AMRESCO | 0761 | |
10% Ammonium persulfate (APS) | BIO BASIC CANADA INC. | AB0072 | |
Succinimidyl 4-(N-maleimidomethyl) cyclohexane-1-carboxylate (SMCC) | ThermoFisher SCIENTIFIC | 22360 | |
Dimethyl sulfoxide (DMSO) | CALEDON LABORATORIES | 803540 | |
Urease | SIGMA-ALDRICH | U0251 | |
1x Phosphate Buffered Saline (PBS) | ThermoFisher SCIENTIFIC | 70011-069 | |
0.04% Phenol red | SIGMA-ALDRICH | P3532 | |
10x T4 polynucleotide kinase reaction buffer | Lucigen | 30061-1 | |
10x T4 DNA ligase reaction buffer | Bio Basics Canada | B1122-B | |
T4 DNA ligase (5 U/μl) | Thermo Fischer Scientific | B1122 | |
Luria Bertani (LB) Broth | AMRESCO | J106 | |
Agar | AMRESCO | J637 | |
T4 polynucleotide kinase (10 U/μl) | Lucigen | 30061-1 | |
E. coli K12 (MG1655) | ATCC | ATCC700926 | |
Centrifuge | Beckman Coulter, Inc. | 392187 | |
Glass plates | CBS scientific | ngp-250nr | |
0.75 mm thick spacers | CBS scientific | VGS-0725r | |
12-well comb | CBS scientific | VGC-7512 | |
UV Lamp | UVP | 95-0017-09 | |
Spectrophotometer (NanoVue) | GE Healthcare | N/A | |
Metal plate | CBS scientific | CPA165-250 | |
Vortex | VWR International | 58816-123 | |
Gel electrophoresis apparatus | CBS scientific | ASG-250 | |
Petri dishes | VWR International | 25384-342 | |
100 kDa MWCO centrifugal filters | EMD Millipore | UFC510024 | |
Magnetic Bead (BioMag) | Bangs Laboratories Inc | BM568 | |
Magnetic Seperation Rack | New England BioLabs | S1506S | |
Microfuge tubes | Sarstedt | 72.69 | |
Syringe filter (0.22 μm) | VWR International | 28145-501 | |
14 ml culture tube | VWR International | 60818-725 | |
Cell culture incubator | Eppendorf Scientific | M13520000 | |
Branson Ultrasonic cleaner | Branson | N/A | |
Camera (Canon Powershot G11) | Canon | N/A | |
50 ml conical tube | VWR International | 89004-364 |
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