Method Article
* Questi autori hanno contribuito in egual misura
Questo protocollo descrive la purificazione della tubulina da fonti di piccole/medie dimensioni come cellule coltivate o cervelli di topo singolo, utilizzando cicli di polimerizzazione e depolimerizzazione. La tubulina purificata è arricchita in specifici isotipi o ha specifiche modifiche posttraslazionali e può essere utilizzata in saggi di ricostituzione in vitro per studiare la dinamica e le interazioni dei microtubuli.
Un aspetto importante degli studi sul citoscheletro microtubulo è lo studio del comportamento dei microtubuli negli esperimenti di ricostituzione in vitro. Consentono l'analisi delle proprietà intrinseche dei microtubuli, come la dinamica, e delle loro interazioni con le proteine associate ai microtubuli (POP). Il "codice di tubulina" è un concetto emergente che indica diversi isotipi di tubulina e varie modifiche posttraslazionali (PTM) come regolatori di proprietà e funzioni dei microtubuli. Per esplorare i meccanismi molecolari del codice della tubulina, è fondamentale eseguire esperimenti di ricostituzione in vitro utilizzando tubulina purificata con isotipi e PTT specifici.
Ad oggi, questo è stato tecnicamente impegnativo in quanto la tubulina cerebrale, che è ampiamente utilizzata negli esperimenti in vitro, ospita molte PTM e ha una composizione di isotipo definita. Quindi, abbiamo sviluppato questo protocollo per purificare la tubulina da diverse fonti e con diverse composizioni di isotipi e PTM controllate, utilizzando l'approccio classico dei cicli di polimerizzazione e depolimerizzazione. Rispetto ai metodi esistenti basati sulla purificazione dell'affinità, questo approccio produce una tubulina pura e competente per la polimerizzazione, poiché la tubulina resistente alla polimerizzazione o alla depolimerizzazione viene scartata durante le successive fasi di purificazione.
Descriviamo la purificazione della tubulina dalle linee cellulari, coltivata in sospensione o come colture aderenti, e da cervelli di topo singolo. Il metodo descrive per la prima volta la generazione di massa cellulare sia in ambienti di sospensione che aderenti, la fase di lisi, seguita dalle successive fasi di purificazione della tubulina da cicli di polimerizzazione-depolimerizzazione. Il nostro metodo produce tubulina che può essere utilizzata in esperimenti che affrontano l'impatto del codice di tubulina sulle proprietà intrinseche dei microtubuli e sulle interazioni dei microtubuli con le proteine associate.
I microtubuli svolgono un ruolo fondamentale in molti processi cellulari. Danno alle cellule la loro forma, costruiscono mandrini meiotici e mitotici per la segregazione cromosomica e fungono da binari per il trasporto intracellulare. Per svolgere queste diverse funzioni, i microtubuli si organizzano in modi diversi. Una delle domande intriganti sul campo è comprendere i meccanismi molecolari che permettono ai microtubuli conservati strutturalmente ed evolutivamente di adattarsi a questa pletora di organizzazioni e funzioni. Un meccanismo potenziale è la diversificazione dei microtubuli, definita dal concetto noto come "codice di tubulina"1,2,3. Il codice della tubulina comprende due componenti principali: l'incorporazione differenziale dei prodotti gene α e β-tubulina (isotipi di tubulina) nei microtubuli e le modifiche posttraslazionali della tubulina (PTM).
Dagli anni '70, gli esperimenti di ricostituzione in vitro, combinati con tecniche di microscopia ottica in evoluzione, hanno aperto la strada a importanti scoperte sulle proprietà dei microtubuli: instabilità dinamica4 e tapis roulant5,e i loro altrimeccanismi e funzioni 6,7,8,9,10,11,12,13,14,15. Quasi tutti gli esperimenti in vitro eseguiti finora sono stati basati su tubulina purificata dal tessuto cerebrale utilizzando cicli ripetuti di polimerizzazione e depolimerizzazione16,17. Sebbene la purificazione dal tessuto cerebrale conferisa il vantaggio di ottenere tubulina di alta qualità in grandi quantità (di solito quantità di grammi), uno svantaggio importante è l'eterogeneità come tubulina purificata dal tessuto cerebrale è una miscela di diversi isotipi di tubulina ed è arricchita con molte PTT di tubulina. Questa eterogeneità rende impossibile delineare il ruolo di un particolare PTM o isotipo di tubulina nel controllo delle proprietà e delle funzioni dei microtubuli. Pertanto, la produzione di tubulina competente per l'assemblaggio con PTT di tubulina controllata e composizione omogenea dell'isotipo è essenziale per affrontare i meccanismi molecolari del codice della tubulina.
Recentemente, è stato sviluppato un approccio per purificare la tubulina mediante cromatografia di affinità utilizzando il dominio TOG legante i microtubuli (gene sopraespresso tumorale) del lievito Stu2p18. In questo metodo, la tubulina nei lisati grezzi di cellule o tessuti viene passata attraverso una colonna in cui si lega al dominio TOG immobilizzato dalla matrice, che consente l'analisi dell'intero pool di tubulina di un dato campione, anche molto piccolo. Negli ultimi anni è stato descritto anche un approccio tanto atteso per purificare la tubulina ricombinante. Si basa sul sistema baculovirus, in cui un vettore bi-cistronico contenente geni α- e β-tubulina è espresso nelle cellule degliinsetti 19. Tuttavia, questo metodo è molto ingombrante e dispendioso in termini di tempo ed è quindi utilizzato principalmente per studiare l'impatto delle mutazioni della tubulina20 e degli isotipi di tubulina21,22,23 in vitro.
Nel protocollo attuale, descriviamo un metodo che utilizza il consolidato e ampiamente utilizzato approccio di polimerizzazione-depolimerizzazione come progetto per generare tubulina con diversi livelli di modifica sia dalle linee cellulari che dal tessuto cerebrale del topo24. In questa procedura, la tubulina viene pedalata tra la forma solubile (dimero di tubulina a 4 °C) e polimerizzata (microtubulo a 30 °C in presenza di guanosina 5'-trifosfato [GTP]). Ogni forma è separata attraverso fasi successive di centrifugazione: i dimeri di tubulina rimarranno nel supernatante dopo uno spin freddo (4 °C), mentre i microtubuli saranno pellettati a 30 °C. Inoltre, una fase di polimerizzazione viene effettuata ad alta concentrazione di piperazina-N,N′-bis(acido 2-etanosolfonico) (PIPES), che consente la rimozione delle proteine associate ai microtubuli dai microtubuli e quindi dalla tubulina infine purificata. La tubulina purificata dalle cellule HeLa S3 coltivate come colture sospese o aderenti è praticamente priva di qualsiasi PTM di tubulina ed è stata utilizzata in recenti esperimenti di ricostituzione in vitro25,26,27,28. Abbiamo ulteriormente adattato il metodo per purificare la tubulina dal cervello di un singolo topo, che può essere utilizzato per un gran numero di modelli di topi con cambiamenti negli isotipi di tubulina e nelle PTT.
Nel protocollo, descriviamo prima la generazione del materiale sorgente (massa cellulare o tessuto cerebrale), la sua lisi (Figura 1A), seguita dai successivi passaggi di polimerizzazione della tubulina e depolimerizzazione per purificare la tubulina (Figura 1B). Descriviamo inoltre il processo di valutazione della purezza(figura 2A,B)e della quantità(figura 3A,B)della tubulina purificata. Il metodo può essere adattato per produrre tubulina arricchita con un PTM selezionato sovraesprimendo un enzima modificante nelle cellule prima della purificazione della tubulina (Figura 4B). In alternativa, gli enzimi che modificano la tubulina possono essere aggiunti alla tubulina durante il processo di purificazione. Infine, possiamo purificare la tubulina priva di isotipi specifici o PTM dal cervello di topi carenti nei corrispondenti enzimi che modificano la tubulina (Figura 4B)29.
Il metodo che descriviamo qui ha due vantaggi principali: (i) consente la produzione di quantità sufficientemente grandi di tubulina in un tempo relativamente breve, e (ii) genera tubulina pura di alta qualità, con una specifica composizione di isotipo di tubulina o PTT. Nel video associato di questo manoscritto, evidenziamo alcuni dei passaggi critici coinvolti in questa procedura.
La cura e l'uso degli animali per questo studio sono stati eseguiti in conformità con le raccomandazioni della Comunità europea (2010/63/UE). Le procedure sperimentali sono state specificamente approvate dal comitato etico dell'Institut Curie CEEA-IC #118 (autorizzazione n. 04395.03 concessa dall'Autorità Nazionale) nel rispetto delle linee guida internazionali.
1. Preparazione dei reagenti per la purificazione della tubulina
NOTA: Tutti i tamponi utilizzati per la purificazione della tubulina devono contenere sali di potassio e NON sali di sodio30.
2. Fonti di amplificazione e raccolta della tubulina
NOTA: In questo protocollo sono state utilizzate tre fonti di tubulina: (i) cellule (HeLa S3 e HEK-293) coltivate come colture di sospensione; (ii) cellule coltivate come colture aderenti (HEK-293, HeLa e U2 OS); e (iii) tessuto cerebrale del topo. Questo protocollo considera il giorno della purificazione della tubulina come "giorno 0" e, di conseguenza, sono stati descritti altri passaggi relativi al giorno 0.
3.Lisi delle cellule o del tessuto cerebrale
4. Purificazione della tubulina
L'obiettivo principale di questo metodo è quello di produrre tubulina di alta qualità e competente per l'assemblaggio in quantità sufficienti per eseguire ripetuti esperimenti in vitro con i componenti purificati. I microtubuli assemblati da questa tubulina possono essere utilizzati in test di ricostituzione basati sulla tecnica di microscopia a fluorescenza a riflessione interna totale (TIRF) con microtubuli dinamici o stabili, in esperimenti che testano la dinamica dei microtubuli, le interazioni con MAP o motori molecolari e la generazione di forza da partedei motori 25. Possono anche essere utilizzati nei test di co-pellettizzazione microtubuli-MAP e nella spettroscopia NMR allo stato solido28.
L'arricchimento e la purezza della tubulina durante tutto il processo di purificazione possono essere monitorati utilizzando un gel di elettroforesi in gel di poliacrilammide macchiato di Coomassie (PAGE), preferibilmente i gel 'TUB' SDS-PAGE, che consentono la separazione di α e β-tubuline, che co-migrano come un'unica banda nei gel classici32. I lysati raccolti in fasi diverse (ad eccezione dell'ultima depolimerizzazione, vedi protocollo) vengono caricati sul gel in quantità comparabili per valutare il successo della purificazione della tubulina(figura 2A)24. Il campione finale di tubulina, che è molto prezioso, viene caricato solo sul gel per la determinazione della concentrazione di tubulina. È normale perdere un po 'di tubulina nel processo di ripetuti cicli di polimerizzazione e depolimerizzazione. Una resa inferiore al previsto della tubulina purificata finale può essere dovuta a (i) depolimerizzazione incompleta dei microtubuli, visualizzato dalla presenza di un'importante quantità di tubulina nelle frazioni P3, P5 e P7, o (ii) una polimerizzazione inefficiente della tubulina in microtubuli, nel qual caso una minore quantità di tubulina è presente nelle frazioni P2, P4 e P6 e superiore nelle frazioni SN2, SN4 e SN6(Figura 2B). Se la tubulina viene persa durante le fasi di polimerizzazione (quantità inferiori di P2 e P4) (i) garantire una concentrazione sufficiente di tubulina durante la polimerizzazione (ii) utilizzare un'aliquota fresca di GTP e/o (iii) riconfermare la temperatura della reazione di polimerizzazione. Se la tubulina viene persa durante i passaggi di depolimerizzazione (quantità inferiori di SN3 e SN5), aumentare il tempo e pipettare la miscela sul ghiaccio.
Per la quantificazione della tubulina purificata, eseguire i campioni insieme alle quantità note di albumina di siero bovino (BSA, 0,5 μg – 1 μg – 2 μg – 4 μg) (Figura 3A) su SDS-PAGE. I gel sono macchiati di blu brillante Coomassie, scansionati, e le intensità delle bande di BSA e tubulina sono misurate dalla densitometria quantitativa (Figura 3B) come descritto al https://openwetware.org/wiki/Protein_Quantification_Using_ImageJ. Si prega di notare che la stessa analisi può essere eseguita in Fiji, una versione aggiornata di ImageJ33. I valori delle bande BSA sono stati usati per determinare l'equazione di regressione lineare, che è stata utilizzata per calcolare la quantità di proteine nelle bande di tubulina. Solo le intensità della banda di tubulina nell'intervallo della curva BSA vengono utilizzate per determinare la concentrazione di tubulina. In base alla concentrazione calcolata di tubulina, le aliquote dei volumi desiderati di tubulina vengono preparate, congelate a scatto in azoto liquido e conservate a -80 °C. Di solito otteniamo circa ~ 2 mg di tubulina da quattro bottiglie spinner di colture di sospensione HeLa S3 (~ 15 g di cellule), ~ 250 μg di tubulina da dieci piatti di 15 cm di diametro (~ 1,2 g di cellule) e ~ 1 mg di tubulina da 1 g di tessuto cerebrale del topo.
Per confermare l'arricchimento di un particolare isotipo o modifica della tubulina, ~0,1 μg della tubulina purificata può essere immunoblottedutilizzando i rispettivi anticorpi 34,35. La tubulina di controllo varierà a seconda della tubulina di interesse. Per la tubulina modificata in vitro con un enzima modificatore, utilizzare la tubulina non trattata come controllo. Per la tubulina modificata nel cellulo dalla sovraespressione di un enzima modificante, utilizzare la tubulina purificata da cellule che non esprimono l'enzima come controllo (Figura 4A). La tubulina di controllo per la tubulina purificata dal cervello a topo knockout sarà la tubulina dei topi di tipo selvatico (Figura 4B). In tutte le analisi immunoblot, un carico uguale di tubulina viene verificato utilizzando un anticorpo anti-α-tubulina indipendente dalla PTM (12G10).
Figura 1: Purificazione della tubulina da diverse fonti utilizzando cicli di polimerizzazione-depolimerizzazione. (A) Diverse fonti di tubulina vengono lese utilizzando strategie specifiche. Le cellule HeLa S3 coltivate in sospensione vengono lese utilizzando una stampa francese; Le cellule HEK-293 vengono lisci per pipettazione ripetitiva. Le cellule aderenti sono state lese usando brevi impulsi di sonicazione e tessuto cerebrale del topo utilizzando un omogeneizzatore tissutale. (B) Rappresentazione schematica delle fasi successive del protocollo di purificazione della tubulina mediante cicli di depolimerizzazione a freddo e di polimerizzazione a caldo. Dopo la chiarificazione della llisi e del glisato, i microtubuli vengono polimerizzati e pellettizzati. I microtubuli vengono quindi depolimerizzati e successivamente autorizzati a polimerizzare in un tampone ad alta molarità, prevenendo la co-sedimentazione delle proteine associate ai microtubuli (MAP) con i microtubuli. I microtubuli senza MAP vengono quindi depolimerizzati e possono essere ulteriormente sottoposti a un terzo ciclo di polimerizzazione-depolimerizzazione per rimuovere tracce del tampone ad alta mollarità. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Figura 2: Valutazione del successo della purificazione della tubulina. I campioni raccolti in diverse fasi del protocollo di purificazione della tubulina sono stati eseguiti su un gel di elettroforesi in gel di dodecilsolfonato di sodio -poliacrilammide (SDS-PAGE) "TUB" (vedi protocollo per i dettagli) e macchiati di blu brillante Coomassie. (A) In una corretta purificazione della tubulina, α e β vengono progressivamente arricchite durante tutto il processo. Dopo la seconda polimerizzazione, il pellet di microtubuli (P4) è praticamente privo di contaminazione da altre proteine o proteine associate a microtubuli (POP). Si noti che è normale perdere un po 'di tubulina durante la procedura. (B) In un'infruttuosa purificazione della tubulina, la resa finale di tubulina è bassa e la tubulina rimane nel pellet dopo la depolimerizzazione o nel supernatante dopo la polimerizzazione (scatole rosse). Nell'esempio mostrato qui, la tubulina non polimerizza in modo efficiente in entrambe le fasi di polimerizzazione. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Figura 3: Quantificazione della tubulina purificata utilizzando gel e densitometria in dodecilsolfonato di sodio macchiato di Coomassie-poliacrilammide gel elettroforesi (SDS-PAGE). (A) Gel SDS-PAGE macchiato di coomassie con quantità note di albumina di siero bovino (BSA; 0,5, 1, 2 e 4 μg, linea di sfumatura grigia) e diversi volumi (rispettivamente 0,5 e 1 μL, colori chiari e scuri) di tubulina purificata. Nell'esempio mostrato, sul gel sono stati caricati tubulina tirosinata (tubulina HeLa S3, arancione chiaro e scuro) e tubulina detirosinata (tubulina HeLa S3 trattata con carbossipeptidasi A, blu chiaro e scuro). (B) Le bande BSA di (A) sono state quantificate utilizzando ImageJ (in unità arbitrarie, UA) e tracciate rispetto alla quantità di proteine caricate (punti da grigi a neri). Questi punti sono stati usati per calcolare la linea di regressione lineare (la linea del gradiente grigio) e l'equazione, che sono stati utilizzati per calcolare le quantità di proteine nei campioni di tubulina (punti arancione chiaro e scuro e blu) caricati sul gel. Ciò ha facilitato il calcolo della concentrazione dei campioni di tubulina. Si noti che i punti che si trovano oltre la curva standard BSA non devono essere utilizzati per determinare la concentrazione (punti arancione scuro e blu). Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Figura 4: Analisi immunoblot della tubulina purificata con diverse PTM. (A) I tubuloni purificati dalle cellule HEK-293: tipo selvatico o cellule che sovraesprino TTLL5 o TTLL7 sono stati analizzati per l'arricchimento specifico della poliglutamilazione utilizzando l'anticorpo GT335. Mentre l'iperespressione TTLL5 aumenta la poliglutamilazione su α e β-tubulina, l'iperespressione TTLL7 arricchisce specificamente β della glutammilazione della tubulina. (B) La tubulina purificata dai tessuti cerebrali di tipo selvatico e i topi ttll1-/- sono stati analizzati per i modelli di glutamilazione. Si noti la forte riduzione della poliglutamilazione della tubulina dai topi ttll1-/-, che mancano della glutamilasi cerebrale maggiore TTLL136. I gel "TUB" sono stati utilizzati per separare α-β-tubulina. Una quantità uguale di carico di tubulina è stata confermata da 12G10, un anticorpo anti-α-tubulina. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Il metodo qui descritto fornisce una piattaforma per generare rapidamente tubulina di alta qualità e competente per l'assemblaggio in quantità medio-grandi dalle linee cellulari e dal cervello di un singolo topo. Si basa sul protocollo gold-standard di purificazione della tubulina dal cervello bovino utilizzato sul campo permolti anni 16,17. Un vantaggio particolare dell'approccio è l'uso di colture di sospensione delle cellule HeLa S3, che, una volta stabilite, produce grandi quantità di cellule richiedendo poco tempo pratico. Ciò rende il protocollo relativamente facile da eseguire in qualsiasi laboratorio di biologia cellulare, mentre altri metodi di purificazione della tubulina18,19,32,37 richiedono attrezzature e competenze specifiche e sono quindi utilizzati principalmente da laboratori con un forte background nella purificazione delle proteine. Quando si producono piccole quantità di tubulina dalle linee cellulari aderenti, è possibile utilizzare una varietà di linee cellulari. Abbiamo purificato con successo la tubulina dalle cellule HeLa, U-2 OS e HEK-293. Se è necessaria una purificazione su larga scala, le cellule o il cervello raccolti possono essere congelati a scatto nel tampone di lysis e conservati a -80 °C, e pellet o cervelli a più cellule possono essere raggruppati insieme per purificare maggiori quantità di tubulina.
La tubulina purificata dalle linee cellulari è praticamente priva di PLOM di tubulina. Questo Tyr-tubulina può essere facilmente convertito in tubulina detirosinata (deTyr-) in un unico passaggiodiretto 25. Per produrre tubulina con altre PTM, specifici enzimi che modificano la tubulina possono essere sovraespressi nelle cellule prima della purificazione della tubulina. Inoltre, l'uso delle linee cellulari di origine umana come fonte di materiale aiuta ad evitare potenziali problemi tra specie quando si studiano le interazioni tra microtubuli e POP umani. Inoltre, la tubulina proveniente da cellule non trasformate (come HEK293) o trasformate (come HeLa) può fornire informazioni sugli effetti dei farmaci diretti ai microtubuli (ad esempio, i taxani) sui microtubuli normali e tumorali.
Infine, il nostro protocollo facilita la purificazione della tubulina dal cervello di un singolo topo. Poiché viene generato un numero crescente di modelli di topi di mutazioni e modifiche della tubulina, questo protocollo consente l'analisi diretta delle proprietà e delle interazioni dei microtubuli con composizione alterata dell'isotipo di tubulina38,39,40 o PTT di tubulina31,41.
L'approccio si basa su cicli di polimerizzazione e depolimerizzazione. Pertanto, specifici isotipi di tubulina o tubulina con particolari PTM che influenzano le proprietà di assemblaggio e smontaggio dei microtubuli potrebbero comportare una perdita o una riduzione sproporzionate di tali forme di tubulina durante il processo di purificazione. Tuttavia, abbiamo dimostrato che le principali PTT di tubulina, come acetilazione, detirosinazione, glutamilazione e glicilazione, vengono trattenute sui microtubuli durante tutto il processo di purificazione dellatubulina 24. Tuttavia, va notato che per le analisi quantitative della composizione della tubulina nelle cellule o nei tessuti, l'approccio di purificazione della tubulina a colonna TOG è più appropriato in quanto consentirebbe una purificazione della tubulina imparziale e indipendente dalla polimerizzazione18. Nonostante la sua limitazione, il nostro protocollo offre un grande vantaggio nel generare grandi quantità di tubulina di alta qualità che può essere utilizzata in meticolosi esperimenti di ricostituzione in vitro. In particolare, facilita l'uso di tubulina cerebrale ricca di PTM negli esperimenti di routine.
Gli autori non hanno nulla da rivelare.
Questo lavoro è stato supportato dall'ANR-10-IDEX-0001-02, dal LabEx Cell'n'Scale ANR-11-LBX-0038 e dall'Institut de convergence Q-life ANR-17-CONV-0005. CJ è sostenuta dall'Institut Curie, l'Agenzia nazionale francese per la ricerca (ANR) assegna l'ANR-12-BSV2-0007 e l'ANR-17-CE13-0021, la sovvenzione Institut National du Cancer (INCA) 2014-PL BIO-11-ICR-1 e la Sovvenzione Fondation pour la Recherche Medicale (FRM) DEQ20170336756. MMM è supportato dalla sovvenzione Fondation Vaincre Alzheimer FR-16055p e dalla sovvenzione francese Alzheimer AAP SM 2019 n°2023. JAS è stato supportato dal programma di ricerca e innovazione Horizon 2020 dell'Unione Europea nell'ambito dell'accordo di sovvenzione Marie Skłodowska-Curie n. 675737 e della sovvenzione FRM FDT201904008210. SB è stato supportato dalla sovvenzione FRM FDT201805005465.
Ringraziamo tutti i membri del laboratorio Janke, in particolare J. Souphron, nonché G. Lakisic (Institut MICALIS, AgroParisTech) e A. Gautreau (Ecole Polytechnique) per l'aiuto durante l'istituzione del protocollo. Vorremmo ringraziare la struttura animale dell'Institut Curie per l'aiuto nell'allevamento e nella cura dei topi.
L'anticorpo 12G10, sviluppato da J. Frankel e M. Nelson, è stato ottenuto dalla Developmental Studies Hybridoma Bank sviluppata sotto gli auspici del NICHD e mantenuta dall'Università dell'Iowa.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
1 M MgCl2 | Sigma | #M1028 | |
1-L cell culture vessels | Techne F7610 | Used for spinner cultures. Never stir the empty spinner bottles. When spinner bottles are in the cell culture incubator, always keep the lateral valves of spinner bottles slightly open to facilitate the equilibration of media with incubator’s atmosphere. After use, fill the spinner bottles immediately with tap water to avoid drying of remaining cells on the bottle walls. Wash the bottles with deionised water, add app 200 ml of deionised water and autoclave. Under a sterile cell culture hood remove the water and allow the bottles to dry completely, still under the hood, for several hours. Never use detergents for cleaning the spinner bottles because any trace amounts of the detergent can be deleterious to the cells. | |
1.5- and 2-ml tubes | |||
14-ml round-bottom tubes | |||
15-cm-diameter sterile culture dishes | |||
15-ml screw-cap tubes | |||
2-mercaptoethanol | Sigma | #M3148 | 2-mercaptoethanol is toxic and should be used under the hood. |
4-(2-aminoethyl)-benzenesulfonyl fluoride | Sigma | #A8456 | |
40% Acrylamide | Bio-Rad | #161-0140 | |
5-, 10- 20-ml syringes | |||
5-ml, 10-ml, 25-ml sterile pipettes | |||
50-ml screw-cap tubes | |||
Ammonium persulfate (APS) | Sigma | #A3678 | |
Anti-alpha-tubulin antibody, 12G10 | Developed by J. Frankel and M. Nelson, obtained from the Developmental Studies Hybridoma Bank, developed under the auspices of the NICHD, and maintained by the University of Iowa | dilution: 1/500 | |
Anti-glutamylated tubulin antibody, GT335 | AdipoGen | #AG-20B-0020 | dilution: 1/20,000 |
Aprotinin | Sigma | #A1153 | |
Balance (0.1 – 10 g) | |||
Beckman 1-l polypropylene bottles | For collecting spinner cultures | ||
Beckman Avanti J-26 XP centrifuge | For collecting spinner cultures | ||
Biological stirrer | Techne MCS-104L | Installed in the cell culture incubator (for spinner cultures), 25 rpm for Hela S3 and HEK 293 cells | |
Bis N,N’-Methylene-Bis-Acrylamide | Bio-Rad | #161-0201 | |
Blender IKA Ultra-Turrax® | For lysing brain tissue, use 5-mm probe, with the machine set at power 6 or 7. Blend the brain tissue 2-3 times for 15 s on ice. | ||
Bovine serum albumin (BSA) | Sigma | #A7906 | |
Bromophenol blue | Sigma | #1.08122 | |
Carboxypeptidase A (CPA) | Sigma | #C9268 | Concentration: 1.7 U/µl |
Cell culture hood | |||
Cell culture incubator set at 37°C, 5% CO2 | |||
Dimethyl sulfoxide (DMSO) | Sigma | #D8418 | DMSO can enhance cell and skin permeability of other compounds. Avoid contact and use skin and eye protection. |
DMEM medium | Life Technologies | #41965062 | |
DTT, DL-Dithiothreitol | Sigma | #D9779 | |
EDTA | Euromedex | #EU0007-C | |
EGTA | Sigma | #E3889 | |
Ethanol absolute | Fisher Chemical | #E/0650DF/15 | |
Fetal bovine serum (FBS) | Sigma | #F7524 | |
French pressure cell press | Thermo electron corporation | #FA-078A | with a #FA-032 cell; for lysing big amounts of cells. Set at medium ratio, and the gauge pressure of 1,000 psi (corresponds to 3,000 psi inside the disruption chamber). |
Glycerol | VWR Chemicals | #24388.295 | |
Glycine | Sigma | #G8898 | |
GTP | Sigma | #G8877 | |
Heating block | Stuart | #SBH130D | |
Hela cells | ATCC® CCL-2™ | ||
Hela S3 cells | ATCC | ATCC® CCL-2.2™ | |
Hydrochloric acid (HCl ) | VWR | #20252.290 | |
Inverted microscope | With fluorescence if cell transfection is to be verified | ||
Isopropanol | VWR | #20842.298 | |
jetPEI | Polyplus | #101 | |
JLA-8.1000 rotor | For collecting spinner cultures | ||
KOH | Sigma | #P1767 | KOH is corrosive and causes burns; use eye and skin protection. |
L-Glutamine | Life Technologies | #25030123 | |
Laboratory centrifuge for 50-ml tubes | Sigma | 4-16 K | |
Leupeptin | Sigma | #L2884 | |
Liquid nitrogen | |||
Micro-pipettes p2.5, p10, p20, p100, p200 and p1000 and corresponding tips | |||
Micropestles | Eppendorf | #0030 120.973 | |
Mouse brain tissue | Animal care and use for this study were performed in accordance with the recommendations of the European Community (2010/63/UE). Experimental procedures were specifically approved by the ethics committee of the Institut Curie CEEA-IC #118 (authorization no. 04395.03 given by National Authority) in compliance with the international guidelines. | ||
Needles 18G X 1 ½” (1.2 X 38 mm | Terumo | #18G | |
Needles 20G X 1 ½” (0.9 X 38 mm | Terumo | #20G | |
Needles 21G X 4 ¾” (0.8 X 120 mm | B.Braun | #466 5643 | |
Parafilm | |||
PBS | Life Technologies | #14190169 | |
Penicillin-Streptomycin | Life Technologies | #15140130 | |
pH-meter | |||
Phenylmethanesulfonyl fluoride (PMSF) | Sigma | #P7626 | PMSF powder is hazardous. Use skin and eye protection when preparing PMSF solutions. |
PIPES | Sigma | #P6757 | |
Pipette-boy | |||
Rotors | Beckman 70.1 Ti; TLA-100.3; and TLA 55 | ||
SDS-PAGE electrophoresis equipment | Bio-Rad | #1658001FC | |
SDS, Sodium dodecyl sulphate | VWR | #442444H | For preparing Laemmeli buffer |
SDS, Sodium dodecyl sulphate | Sigma | #L5750 | For preparing 'TUB' SDS-PAGE gels |
Sonicator | Branson | #101-148-070 | Used for lysing cells grown as adherent cultures. Use 6.5 mm diameter probe, set the sonicator at “Output control” 1, “Duty cycle” 10% and time depending on the cell type used. |
Tabletop centrifuge for 1.5 ml tubes | Eppendorf | 5417R | |
TEMED, N, N, N′, N′-Tetramethylethylenediamine | Sigma | #9281 | |
Trichostatin A (TSA) | Sigma | #T8552 | |
Triton X-100 | Sigma | #T9284 | |
Trizma base (Tris) | Sigma | #T1503 | |
Trypsin | Life Technologies | #15090046 | |
Ultracentrifuge rotors | TLA-55, TLA-100.3 and 70.1 Ti rotors | Set at 4°C or 30°C based on the need of the experiment | |
Ultracentrifuge tubes | Beckman | #357448 | for using with TLA-55 rotor |
Ultracentrifuge tubes | Beckman | #349622 | for using with TLA-100.3 rotor |
Ultracentrifuge tubes | Beckman | #355631 | for using with 70.1 Ti rotor |
Ultracentrifuges | Beckman | Optima L80-XP (or equivalent) and Optima MAX-XP (or equivalent) | Set at 4°C or 30°C based on the need of the experiment |
Vortex mixer | |||
Water bath equipped with floaters or tube holders | Set at 30°C |
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