Method Article
Dieses Protokoll beschreibt die Reprogrammierung von primären amniotische Flüssigkeit und Membran mesenchymalen Stammzellen in induzierte pluripotente Stammzellen unter Verwendung eines nicht-Integration von episomal Ansatzes in vollem Umfang chemisch definierten Bedingungen. Verfahren der Gewinnung, Kultur, Neuprogrammierung und Charakterisierung der daraus resultierenden induzierten pluripotenten Stammzellen durch strenge Methoden werden detailliert beschrieben.
Autologe zellbasierte Therapien bekam einen Schritt näher an der Realität mit der Einführung von induzierten pluripotenten Stammzellen. Fetaler Stammzellen, wie Fruchtwasser und Membran mesenchymale Stammzellen, stellen eine einzigartige Art von undifferenzierten Zellen mit Versprechen in Gewebe-Engineering und Reprogrammierung in iPSC für zukünftige pädiatrische Interventionen und Stammzell-banking. Die hier vorgestellten Protokoll beschreibt ein optimiertes Verfahren zur Gewinnung und Kultivierung primäre amniotischen Flüssigkeit und Membran mesenchymalen Stammzellen und generiert episomal induzierte pluripotente Stammzellen aus diesen Zellen in vollem Umfang chemisch definierte Kultur Bedingungen, die Nutzung von menschlichen rekombinante Vitronectin und E8 Medium. Charakterisierung der neuen Linien durch die Anwendung strenger Methoden – Durchflusszytometrie, konfokale Bildgebung, Teratom Bildung und transkriptionelle profiling – wird ebenfalls beschrieben. Die neu erzeugten Linien auszudrücken Marker von embryonalen Stammzellen – Oct3/4A, Nanog, Sox2, TRA-1-60, TRA-1-81, SSEA-4 – wobei negativ für die SSEA-1-Markierung. Die Zelllinien bilden darum in scid-Beige Mäuse in ca. 6-8 Wochen und die darum enthalten Gewebe repräsentativ für alle drei Mikrobeschichten. Transkriptionelle Profilierung der Linien mit dem Absenden globalen Ausdruck Microarray Daten zu einem Bioinformatic Pluripotenz Bewertung Algorithmus als alle Linien pluripotenten und daher ist dieser Ansatz eine attraktive Alternative zu Tierversuchen. Die neuen iPSC-Linien können problemlos in nachgeschalteten Experimente mit der Optimierung von Differenzierung und Tissue Engineering verwendet werden.
Die Technologie von induzierten pluripotenten Stammzellen (iPSC) bringt über mögliche Zellersatztherapien, Krankheit, Medikament und Entwicklungsstörungen Modellierung und toxikologischen Screening1,2,3. -Ersatz-Therapien können konzeptionell durch Zelle Injektion erreicht werden, in-vitro-differenzierte Gewebe (z. B. kardiale Patches) Implantation oder geführte Regenerierung mittels Gewebetechnik. Fruchtwasser (AFSC) und Membran-Stammzellen (AMSC) sind eine ausgezeichnete Quelle von Zellen für diese Interventionen entweder direkt4,5,6,7 oder als ein Ausgangspunkt Zellpopulation Umprogrammierung in Pluripotenz8,9,10,11,12.
Frühe Ansätze verwendet nicht definierte Kultur-Systeme oder Neuprogrammierung Methoden, die beinhalten genomischen Integration von9,10,11,12konstruiert. Eine neuere Studie beschäftigt ein Xeno-freies Medium, obwohl eine weniger definierte Basalmembran Anlage Matrix (BMM) verwendet wurde, um iPSC aus amniotische Flüssigkeit Epithelzellen zu generieren. Teratom Bildung Assay war jedoch nicht in die Studie zusammen mit einer Fülle von in-vitro- und molekulare Daten enthalten. Amniotische flüssige epitheliale Zellen erwiesen sich als eine etwa 8-fold höhere Neuprogrammierung Effizienz im Vergleich zu Neugeborenen Fibroblasten13haben. In einer anderen Studie fanden mesenchymaler Stammzellen aus Fruchtwasser auch in iPSC mit einem viel höheren Wirkungsgrad12neu programmiert werden.
Pluripotente Stammzellen unterscheiden sich in Geweben repräsentativ für alle 3 Mikrobeschichten und somit das größte Potenzial haben. Pädiatrische Patienten könnten davon profitieren die Ernte, Neuprogrammierung und Tissue Engineering ihre autologe amniotische Flüssigkeit Stammzellen pränatal und perinatal amniotischen Membran-Stammzellen. Darüber hinaus konnte das relativ niedrige Niveau der Differenzierung von embryonalen Stammzellen (niedriger als adulte Stammzellen14,15) theoretisch helfen bei der Bewältigung des beobachteten Eigentumsvorbehalts epigenetische Voreingenommenheit von Quellzellen iPSC16.
Hier stellen wir Ihnen ein Protokoll für die Umprogrammierung Fruchtwasser und Membran Stammzellen zur Pluripotenz in chemisch Xeno-freie E8 Medium für rekombinante Vitronectin17 (VTN) mit episomal Plasmide18definiert. Der Hauptvorteil der amniotischen Flüssigkeit und Membran-Zellen als eine Quelle der Zellen für eine Anpassung liegt in ihrer Verfügbarkeit Pre und perinatal und somit würde dieser Ansatz vor allem Forschung zugute, in pädiatrischen Gewebetechnik.
Das Protokoll folgt institutionellen Richtlinien der Ethik-Kommission für Forschung am Menschen. Schriftliche Einwilligung des Patienten wurde für die Verwendung von Fruchtwasser für die Forschung erhalten.
Dieses Protokoll folgt die Politik der institutionellen Animal Care und Use Committee von der University of South Alabama.
1. Isolierung und Kultur der primären Fruchtwasser mesenchymalen Stammzellen
2. Reprogrammierung in Pluripotenz
3. Charakterisierung und Bestätigung der Pluripotenz
Hinweis: Beziehen sich auf die zusätzlichen Dateien für Details auf Durchflusszytometrie und konfokalen Mikroskopie.
Informierter Zustimmung wurde von Patienten erhalten vor der Ernte Fruchtwasser für genetische Testzwecke und eine kleine aliquoten des Fluids für die Forschung zu widmen. Ohne Zustimmung ist erforderlich für die Nutzung der amniotic Membrane in der Forschung, da die Plazenta medizinischen Abfälle darstellt. Amniotische Flüssigkeit und Membran Stammzellen typische mesenchymalen Anzeigeeigenschaften, morphologisch ihre Zellen sind spindelförmig und Phase-hell. Bei der Umprogrammierung, die Zellen mesenchymalen-epithelialen (MET) Übergang zu unterziehen und Kopfsteinpflaster-ähnliche Morphologie und räumliche Organisation der Kolonien, unter Angabe der epitheliale Eigenschaften zu erwerben. Dieser Prozess ist bereits 48-72 h nach der Einführung der Neuprogrammierung episomal Plasmide eingeleitet. Fehlen diese Kolonien bis zum Tag 5 der Neuprogrammierung würde Scheitern des Versuchs zeigen. Die Zellen der MET Kolonien vermehren und infolgedessen die Kolonien zu kompakt, zwischen 5 und 14 Tag. Kompakte MET Kolonien bestehen aus Zellen, die nicht leicht individuell erkennbar (Abbildung 1A). Auf ganzen Tag 14, erscheinen voll umprogrammierten Kolonien mit Zellen in einem monomolekularen Film, mit Prominenten, angeordnet leicht erkennbaren Kernen und Nukleoli. Sie sind bereit, mechanisch zu isolieren und erweitert, wenn die Kolonien eine geeignete Größe erreichen und kompakter (Abbildung 1 b).
Voll und teilweise umprogrammiert Kolonien sind in den Kulturen während der gesamten Neuprogrammierung, obwohl teilweise umprogrammiert Kolonien nicht unbedingt vollständige Pluripotenz erwerben. Abbildung 2 zeigt ein Vertreter fließen durchflusszytometrischen Analyse von embryonalen Stammzellen (ESC) Marker Ausdruck in voll und teilweise pluripotenten Kolonien und ihre entsprechenden Morphologien. Volle Pluripotenz ist verbunden mit dem Ausdruck von Nanog, Oct4, Sox2, TRA Antigene und SSEA-4, während SSEA-1 Ausdruck negativer19,20,21 (Abbildung 2A). Teilweise ausdrücklich pluripotente Zellen, jedoch nicht Nanog und TRA Antigene20 (Abb. 2 b). Der Ausdruck und die Lokalisierung der ESC Marker sollte durch Immunocytochemical Färbung und abgebildet mit einem Weitfeld- oder confocal Mikroskop (Abbildung 3) bestätigt werden.
Eine funktionale Bestätigung der Pluripotenz wird erreicht durch den Nachweis der Fähigkeit der iPSC Linien, Form darum nach subkutane Injektion von Zellen in scid-Beige Mäuse. für die darum, die Endpunkt-Größe zu erreichen sind ca. 6-8 Wochen notwendig. H & E Färbung des Gewebes und der Untersuchung durch einen Pathologen wird dann durchgeführt, um das Vorhandensein von Geweben repräsentativ für alle drei Mikrobeschichten – Entoderm, Neuroectoderm und Mesoderm (Abb. 4A) bestätigen. Eine Alternative zu Tierversuchen ist zu analysieren, die transkriptionelle Signatur zugeordnete Pluripotenz von genomischer Ansätze wie cDNA Microarrays22,23. Der Anteil der transkriptionellen Profil, das überschneidet sich mit einem aus einem Pool von etablierten iPSC und ESC-Linien kann dann durch die Online-bioinformatische Pluripotenz Auswerte-Software in Form von einem Grundstück von zwei Klassifikatoren – Pluripotenz quantifiziert werden und Neuheit (Abbildung 4 b). Je höher die Punktzahl Pluripotenz, ähnelt das mehr der iPSC Abfragezeile der etablierten Linien. Eine hohe Neuheit Punktzahl deutet jedoch Abweichungen oder sogar Chromosomenaberrationen, trotz einer hohen Pluripotenz Punktzahl (z. B. Teratocarcinoma Linien)22. Alle iPSC-Linien generiert anhand der hier vorgestellten Protokoll gibt pluripotenten Durchflusszytometrie, Bildgebung, Teratom Bildung und transkriptionelle Analysemethoden gehalten wurden.
Abbildung 1: morphologische Fortschreiten der Zellen während der Reprogrammierung. (A) Fruchtwasser und Membran-Stammzellen, die Quellzellen Umprogrammierung darstellen, zeigt eine typische mesenchymale Morphologie, länglich und Phase-hell (links) erst mesenchymalen-epithelialen Übergang (MET) zu unterziehen, führt zum Erwerb von epithelialen Eigenschaften und die Bildung von Kolonien mit Kopfsteinpflaster Stein-ähnliche Zellen (Mitte). Diese Kolonien vermehren und unregelmäßige zelluläre Massen von MET Zellen (rechts) zu erstellen. (B) in den späteren Phasen der Neuprogrammierung (ab Tag 14) Kolonien vollständig reprogrammierten Zellen entstehen – einzeln erkennbare Zellen mit prominenten Kerne und Kernkörperchen in Monolayer, mit klar definierten Grenzen (Mitte) – angeordnet und sind Neben MET-Kolonien, die immer zahlreicher (links) sind vorhanden. Ein voll umprogrammierten isolierter Reifen Klon ist auf der rechten Seite dargestellt. Maßstabsleiste = 100 µm Klicken Sie bitte hier, um eine größere Version dieser Figur.
Abbildung 2: Flow durchflusszytometrischen Analyse des Ausdrucks des ESC-Marker in voll und teilweise umprogrammiert (MET) Zelle Kolonien. (A) die pluripotenten Expressionsprofil ist positiv für Oct4, Nanog, Sox2, TRA-1-60, TRA-1-81 und SSEA-4, während negative bei SSEA-1. (B) teilweise pluripotente Zelle Kolonien – jene, die die MET unterzogen, aber nicht die volle Pluripotenz Fortschritt – sind positiv für Oct4 und Sox2 aber Nanog, TRA und SSEA Antigene fehlen. Die damit verbundenen Morphologien sind für Side-by-Side-Vergleich enthalten. Skalieren von Balken = 200 µm und 50 µm. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Abbildung 3: Confocal imaging Analyse des Ausdrucks der ESC-Marker in der ältere amniotische Flüssigkeit iPSC. Transkriptionsfaktoren Oct3/4A, Nanog und Sox2 sind in den Kernen während TRA lokalisiert und SSEA Antigene sind Glykoproteine auf der Membran lokalisiert. Maßstabsleiste = 50 µm. Bilder von stärkerer Vergrößerung (Merge 2 X) wurden zur besseren Visualisierung ihrer nuklearen Lokalisierung für Oct3/4, Nanog und Sox2 enthalten. Maßstabsleiste = 25 µm. übertragbare – Bilder auf Durchlicht erworben. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Abbildung 4: Teratom Bildung und transkriptionelle Profilerstellung in Reife amniotische Flüssigkeit und Membran iPSC. (A) darum gewachsen in scid-Beige Mäusen subkutan enthalten Gewebe repräsentativ für alle drei Mikrobeschichten (100 X Vergrößerung). (B) die globale Expressionsprofile Microarray Online-Pluripotenz Software vorgelegt kehrte ein Grundstück von zwei Klassifikatoren – Pluripotenz und Neuheit. Hohe Pluripotenz Scores und niedrigen Neuheit Scores - red cloud - ein Expressionsprofil einer typischen ESC/iPSC-Zeile angeben. Die blaue Wolke stellt einen Cluster-Bereich für differenzierte Zellen, während die schwache blaue Wolke einen Cluster-Bereich für teilweise pluripotente Zellen. Das Fruchtwasser (3 Zeilen) und Membran (4 Zeilen) iPSC galten pluripotenten durch den Test. Eine ESC-Linie WA25 wurde als ein Steuerelement enthalten und wird hier mit einem schwarzen Pfeil gekennzeichnet. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Die erste Phase der iPSC-Generation von fetalen Stammzellen beinhaltet die Gewinnung von die Quellzellen aus fetaler Gewebe, ihre Kultur, Ausbau und Einführung von episomal Neuprogrammierung Plasmide. Dieser Phase folgt eine Kulturdauer von ca. 14-18 Tage, bevor die ersten voll umprogrammierten Kolonien erweitert werden können. Die Abschlussphase ist Reifung der iPSC-Klone. Die ersten Gewinnung von Stammzellen amniotischen Membran wird mittels einer kombinierten mechanische und enzymatische Verdauung von der Amnion erreicht. Wir fanden, dass die höchste Anzahl von Zellen mit der höchsten Rentabilität extrahiert eine Inkubationszeit von 30 min führte. Die Verdauung Verfahren produzieren kleine Stücke von Gewebe- und Klumpen. Wenn der Anteil dieser bezogen auf einzelne Zellen hoch ist, empfiehlt es sich, alle Klumpen und einzelne Zellen in einem Gefäß Überzug, da alle Auswüchse der adhärenten Zellen beitragen können. Plattieren amniotische Flüssigkeit Stammzellen ist einfach, wie die Zellen sind nur mit dem Kulturmedium gemischt und inkubiert bis Kolonien von adhärenten Zellen eine ausreichende Größe erreichen. Regelmäßige Gewebekultur behandelt Plasticware eignet sich hervorragend und wir empfehlen nicht spezielle Oberflächen, obwohl sie für verbesserte Primärzelle Kultur bestimmt sind, da mit diesen unteren künstliche und Schwierigkeiten mit der Passagierung zu beobachten Prozesses.
Die amniotische Flüssigkeit und Membran Stamm Zellen sollte erweitert werden und Aktien eingefroren aber umgehend, die Zellen können als Quellzellen Umprogrammierung verwendet werden. Für die Zwecke der Einführung des episomal Plasmide in die Zellen, die Transfektion Systematik hier mit der Transfektion Parametrierung auf 950 V, hat 40 ms und 1 Impuls sehr gut, mit allen Linien versuchte letztlich erfolgreich reprogrammierten ( mehr als 10 Zeilen). Die wichtigsten konkurrierende Liefersystem Betrieb auf einem ähnlichen Prinzip produzieren kein gelungenes Neuprogrammierung Experiment in unseren Händen.
Transfizierten Zellen sind für die ersten 3-5 Tage auf Vitronectin-beschichtete Gerichte in AFMC Medium ausgesät, dann das Medium wechselt zur E8 mit 100 µM Natrium Butyrat ergänzt. Dies erhöht die Rate der vollen Pluripotenz Erwerb. Die ersten Anzeichen der morphologischen Transformation können bereits 48-72 h gesehen werden. Die Quellzellen durchlaufen der MET und Kolonien von Zellen epithelialen Morphologie erscheinen. Diese allmählich vermehren und zu kompakt. Eine Teilmenge der Kolonien erwirbt die morphologischen Merkmale der voll pluripotente Stammzellen – einzeln erkennbaren Zellen mit prominenten Kerne und Nukleoli, beobachtet flache Kolonien mit klar definierten Grenzen, im Gegensatz zu den unscharfen Grenzen in teilweise Pluripotent MET Kolonien. Nach dem Moment des Erwerbs der vollen Pluripotenz kompakte MET Zelle Kolonien erwerben prominente Kerne und die einzelnen Zellen werden während der Erstellung eine einzigartige morphologische Struktur erkennbar. Dieses Muster ist ein geschultes Auge ein deutliches Zeichen für eine erfolgreiche Anpassung. Jedoch erfordert Identifikation der Kolonien, die zur vollständigen Pluripotenz erfolgreich geschafft haben, ein Ermittler, der PSC Kultur Ausbildung fehlt, sorgfältigen Auswertung wie MET und iPSC Klone miteinander verwechselt werden können. Abbildung 1 und Abbildung 2 geben Sie Beispiele für beide. Wenn MET Klone werden stattdessen gepflückt, gründliche Flow Cytometry-Analyse wird den Fehler offenbaren, und insbesondere die TRA-1-60 und TRA-1-81 Antigene höchstwahrscheinlich nicht vorhanden werden wie in Abbildung 2dargestellt. In der Tat fanden TRA Antigene zuvor strengen Pluripotenz Marker werden. Jedoch möglicherweise teilweise MET pluripotente Zellen des Interesses an Krebs Forschung25.
Diese Kultur Bedingung ist suboptimal für die Quelle AFSC/AMSC und schließlich ihre Vermehrung verlangsamt und erwerben sie eine flachere, Fibroblasten-ähnliche Morphologie. Die Quellzellen bilden Gewebe, die während der neueren Stadien der Neuprogrammierung, von der Oberfläche lösen können, obwohl dies die Neuprogrammierung Prozess nicht negativ beeinflussen. Im Gegenteil, führt der Prozess manchmal zu Freigabe von Speicherplatz für die umprogrammierten Kolonien, während die Beseitigung unerwünschter UN umprogrammierten Zellmaterial. Freistehende Gewebe können leicht mit einem sterilen Pipettenspitze, teilweise verlassen und vollständig pluripotenten Kolonien hinter, erheblich vereinfacht manuelle Auswahl flussabwärts verworfen werden.
Für die manuelle Kommissionierung der voll umprogrammierten Kolonien verwenden wir eine LCD imaging-System, das in den Sicherheitsschrank platziert werden kann, fehlen Teile herausragen, die den Luftstrom stören würde. Außer diesem imaging-System ist keine besondere Ausrüstung notwendig, da die Ernte selbst mit regelmäßigen Pipetten durchgeführt werden kann. Die gepflückten Kolonien sind teilweise in EDTA/PBS-Lösung dissoziiert, bevor Sie in die Ziel-Brunnen, als Klone wachsen überzogen wird. Abhängig von der Linie und der Klon, für einige Passagen können die Kulturen kontaminiert sein, mit Zellen spontan zu unterscheiden. Manuelle Manipulation und serielle Passagierung in der Regel dieses Problem beseitigen. Klone, die gespickt mit umfangreichen Differenzierung sollte weggeworfen werden, jedoch wertvolle Klone mit unterschiedlichem Erfolg durch wiederholte manuelle Kommissionierung von pluripotenten Kolonien statt Entsorgung der Differenzierung von Zellen geborgen werden können. Episomal Plasmide wurden gezeigt, um rund 15 Passagen verloren völlig aus der iPSC-26zu nehmen. Daher ist es ratsam, um die Klone für mindestens diese Anzahl von Passagen wachsen vor der Verwendung für downstream-Anwendungen und -Analysen, mit Ausnahme der Routineüberwachung der TRA-Antigen-Expression und Karyotyp zu ermöglichen. TRA-Antigen-Expression kann leicht durch Durchflusszytometrie überwacht werden, wie hier im Protokoll beschrieben, da der Test nur rund 200.000 Zellen erfordert und durchgeführt werden, kann wenn die Forscher in Zweifel sind, ob die kultivierten Klone pflegen Pluripotenz richtig. Flow-Zytometrie-Analyse des ESC Marker Ausdrucks gilt nicht ausreichen, um die Pluripotenz Kandidat Linien19bestätigen.
Teratom-Bildung-Assay ist der standard schlüssig Pluripotenz Test27. PSC in chemisch definierten, Xeno-freien Bedingungen gewachsen sind besonders anfällig für Dissoziation-induzierte Tod und Injektion von ihnen subkutan als Klumpen ist daher notwendig für ihre erfolgreiche Implantation8,28. Nach Injektion in der Regel 4-6 Wochen sind genug für das Wachstum der Xeno-Grafts sichtbar sein und vor der 8. Woche, alles kann sein geerntet, H & E gefärbt und ausgewertet. Tierschutz, Kosten und lange Zeiträume benötigt Tests sind Gründe für die Entwicklung von Alternativmethoden. Genomische Analysen kombiniert mit fortschrittlichen, Machine Learning betriebene bioinformatische Ansätze bieten eine genaue Bewertung der globalen Expressionsprofile. Die Kosten für den Erhalt solcher Daten ist vergleichbar mit den Kosten des Teratom Bildung Assays, jedoch der genomische Ansatz ist wesentlich schneller und keine Tiere müssen verwendet werden. Ein solcher Test ist ein Bioinformatic Pluripotenz Auswertung Software22. Es ist als eine Online-Schnittstelle (Table of Materials) implementiert. Die wachsende Popularität und sinkenden Kosten der RNA Sequenzierung wird Kontinuität dieses Ansatzes. Eine Alternative zu diesem Pluripotenz Software steht von der Johns Hopkins University23 (cellnet.hms.harvard.edu) und basiert auf einem ähnlichen Ansatz und kann Microarray Daten um das Transkriptom des humanen Proben analysieren zu akzeptieren. Der Vorteil dieser Software ist, dass es die Fähigkeit hat, nicht nur pluripotente Stammzellen zu identifizieren, sondern auch Zellen differenzierte und, seit seiner kuratierten Datensätze aus primären Gewebe, der Grad der Ähnlichkeit zwischen den Zellen in Vitro gewachsen stammen / Gewebe und in-Vivo -Gewebe bestimmt werden können, bietet eine hervorragende Qualitätskontrolle für die Entwicklung der Differenzierung Protokolle oder Gewebetechnik. Der Test hat die Fähigkeit, die Abfragen in 20 verschiedenen Zellen oder Gewebetypen zu klassifizieren. Derzeit, es erfordert Microarray Daten aber die Autoren arbeiten für den Ausbau der Plattformoptionen an RNA Sequenzierung sowie.
Anhand der vorgestellten Protokolls können Forscher iPSC Linien aus amniotische Flüssigkeit und Membran Stammzellen eine sehr hohe Reproduzierbarkeit in vollständig chemisch definierten und Xeno-freies Medium und mit einer nicht-Integration von Neuprogrammierung Methode generieren. Diese Zeilen können in der Grundlagenforschung zur Optimierung der Differenzierung Protokolle und letztlich in der Krankheit Modellierung, Drogen-Screening oder pädiatrischen Gewebetechnik Studien verwendet werden.
Die Autoren erklären, dass sie keine finanziellen Interessenkonflikte.
Diese Arbeit wurde durch den Fonds Medizinische Forschung an der UZH Forschungskredit der Universität Zürich, The SCIEX NMSCh unter Stipendien 10.216 und 12.176, der Schweizerischen Gesellschaft für Kardiologie, The Swiss National Science unterstützt. Stiftung unter Grant [320030-122273] und [310030-143992], das 7. Rahmenprogramm, Leben Ventil, Europäische Kommission unter Grant [242008], die Olga Mayenfisch Stiftung, die EMDO Stiftung, Gründungshilfe 2012 von der Universitätsklinik Zürich, und interne Finanzierung des Mitchell Cancer Institute.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Tumor Dissociation Kit, human | Miltenyi Biotec | 130-095-929 | tissue dissociation system, reagent kit, includes tissue dissociation tubes and tissue dissociation enzymes |
gentleMACS Dissociator | Miltenyi Biotec | 130-093-235 | tissue dissociation system, dissociator |
Thermo Scientific™ Shandon™ Disposable Scalpel No. 10, Sterile, Individually Wrapped, 5.75 (14.6cm) | Thermo-Fisher | 3120032 | |
70 µm cell strainers | Corning | 10054-456 | |
RPMI 1640 medium | Thermo-Fisher | 32404014 | |
rocking platform | VWR | 40000-300 | |
50 ml centrifuge tubes | Thermo-Fisher | 339652 | |
15 ml centrifuge tubes | Thermo-Fisher | 339650 | |
EBM-2 basal medium | Lonza | CC-3156 | basal medium for AFMC medium |
FGF 2 Human (expressed in E. coli, non-glycosylated) | Prospec Bio | CYT-218 | bFGF, supplement for AFMC medium |
EGF Human, Pichia | Prospec Bio | CYT-332 | EGF, supplement for AFMC medium |
LR3 Insulin Like Growth Factor-1 Human Recombinant | Prospec Bio | CYT-022 | IGF, supplement for AFMC medium |
Fetal Bovine Serum, embryonic stem cell-qualified | Thermo-Fisher | 10439024 | FBS |
Antibiotic-Antimycotic (100X) | Thermo-Fisher | 15240062 | for primary AFSC/AMSC, for routine AFSC/AMSC it should not be necessary, do not use in medium for transfected cells! |
Accutase cell detachment solution | StemCell Technologies | 07920 | cell detachment enzyme |
CryoStor™ CS10 | StemCell Technologies | 07930 | complete freezing medium |
PBS, pH 7.4 | Thermo-Fisher Scientific | 10010023 | |
EndoFree Plasmid Maxi Kit (10) | Qiagen | 12362 | for plasmid isolation |
pEP4 E02S EN2K | Addgene | 20925 | EN2K, reprogramming factors Oct4+Sox2, Nanog+Klf4 |
pEP4 E02S ET2K | Addgene | 20927 | ET2K, reprogramming factors Oct4+Sox2, SV40LT+Klf4 |
pCEP4-M2L | Addgene | 20926 | M2L, reprogramming factors c-Myc+LIN28 |
NanoDrop 2000c UV-Vis Spectrophotometer | Thermo-Fisher | ND-2000C | spectrophotometer |
Neon® Transfection System | Thermo-Fisher | MPK5000 | transfection system, components: Neon pipette - transfection pipette Neon device - transfection device |
Neon® Transfection System 10 µL Kit | Thermo-Fisher | MPK1025 | consumables kit for the Neon Transfection System, it contains: Neon tip - transfection tip Neon tube - transfection tube buffer R - resuspension buffer buffer E - electrolytic buffer |
Stemolecule™ Sodium Butyrate | StemGent | 04-0005 | small molecule enhancer of reprogramming |
TeSR-E8 | StemCell Technologies | 05940 | E8 medium |
Vitronectin XF™ | StemCell Technologies | 07180 | VTN, stock concentration 250 µg/ml, used for coating at 1 µg/cm2 in vitronectin dilution (CellAdhere) buffer |
CellAdhere™ Dilution Buffer | StemCell Technologies | 07183 | vitronectin dilution buffer |
UltraPure™ 0.5M EDTA, pH 8.0 | Thermo-Fisher | 15575020 | dilute with PBS to 0.5 mM before use |
EVOS® FL Imaging System | Thermo-Fisher Scientific | AMF4300 | LCD imaging microscope system |
CKX53 Inverted Microscope | Olympus | phase contrast cell culture microscope | |
Pierce™ 16% Formaldehyde (w/v), Methanol-free | Thermo-Fisher | 28908 | dilute to 4% with PBS before use, diluted can be stored at 2-8 °C for 1 week |
Perm Buffer III | BD Biosciences | 558050 | permeabilization buffer, chill to -20 °C before use |
Mouse IgG1, κ Isotype Control, Alexa Fluor® 488 | BD Biosciences | 557782 | isotype control for Oct3/4A, Nanog |
Mouse IgG1, κ Isotype Control, Alexa Fluor® 647 | BD Biosciences | 557783 | isotype control for Sox2 |
Mouse anti-human Oct3/4 (Human Isoform A), Alexa Fluor® 488 | BD Biosciences | 561628 | |
Mouse anti-human Nanog, Alexa Fluor® 488 | BD Biosciences | 560791 | |
Mouse anti-human Sox-2, Alexa Fluor® 647 | BD Biosciences | 562139 | |
Mouse IgGM, κ Isotype Control, Alexa Fluor® 488 | BD Biosciences | 401617 | isotype control for TRA-1-60 |
Mouse IgGM, κ Isotype Control, Alexa Fluor® 647 | BD Biosciences | 401618 | isotype control for TRA-1-81 |
Mouse anti-human TRA-1-60, Alexa Fluor® 488 | BD Biosciences | 330613 | |
Mouse anti-human TRA-1-81, Alexa Fluor® 647 | BD Biosciences | 330705 | |
Mouse IgG1, κ Isotype Control, Alexa Fluor® 488 | BD Biosciences | 400129 | isotype control for SSEA-1 |
Mouse IgG3, κ Isotype Control, Alexa Fluor® 647 | BD Biosciences | 401321 | isotype control for SSEA-4 |
Mouse anti-human SSEA-1, Alexa Fluor® 488 | BD Biosciences | 323010 | |
Mouse anti-human SSEA-4, Alexa Fluor® 647 | BD Biosciences | 330407 | |
Affinipure F(ab')2 Fragment Goat Anti-Mouse IgG+IgM, Alexa Fluor® 488 | Jackson Immunoresearch | 115-606-068 | use at a dilution of 1:600 or further optimize |
Affinipure F(ab')2 Fragment Goat Anti-Mouse IgG+IgM, Alexa Fluor® 647 | Jackson Immunoresearch | 115-546-068 | use at a dilution of 1:600 or further optimize |
DAPI | Thermo-Fisher Scientific | D21490 | stock solution 10 mM, further dilute to 1:12.000 for a working solution |
Corning® Matrigel® Growth Factor Reduced, Phenol Red-Free | Corning | 356231 | basement membrane matrix (BMM) |
scid-beige mice, female | Taconic | CBSCBG-F | |
RNeasy Plus Mini Kit (50) | Qiagen | 74134 | RNA isolation kit |
T-25 flasks, tissue culture-treated | Thermo-Fisher | 156367 | |
T-75 flasks, tissue culture-treated | Thermo-Fisher | 156499 | |
Nunc™ tissue-culture dish | Thermo-Fisher | 12-567-650 | 10 cm tissue culture dish |
6-well plates, tissue-culture treated | Thermo-Fisher | 140675 | |
Neubauer counting chamber (hemacytometer) | VWR | 15170-173 | |
Mr. Frosty™ Freezing Container | Thermo-Fisher | 5100-0001 | freezing container |
FACS tubes, Round Bottom Polystyrene Test Tube, 5ml | Corning | 352058 | 5 ml polystyrene tubes |
Eppendorf tubes, 1.5 ml | Thermo-Fisher | 05-402-96 | 1.5 ml microcentrifuge tubes |
PCR tubes, 200 µl | Thermo-Fisher | 14-222-262 | |
pipette tips, 100 to 1250 µl | Thermo-Fisher | 02-707-407 | narrow-bore 1 mL tips |
pipette tips, 5 to 300 µl | Thermo-Fisher | 02-707-410 | |
pipette tips, 0.1 to 10 µl | Thermo-Fisher | 02-707-437 | |
wide-bore pipette tips, 1000 µl | VWR | 89049-166 | wide-bore 1 mL tips |
glass Pasteur pipettes | Thermo-Fisher | 13-678-20A | |
ethanol, 200 proof | Thermo-Fisher | 04-355-451 | |
vortex mixer | VWR | 10153-842 | |
chambered coverglass, 8-well, 1.5mm borosilicate glass | Thermo-Fisher | 155409 | glass-bottom confocal-grade cultureware |
22G needles | VWR | 82002-366 | |
insulin syringes | Thermo-Fisher | 22-253-260 | |
Formalin solution, neutral buffered, 10% | Sigma-Aldrich | HT501128-4L | fixation of explanted teratomas |
Illumina HT-12 v4 Expression BeachChip | Illumina | BD-103-0204 | expression microarray, supported by PluriTest, discontinued by manufacturer |
PrimeView Human Genome U219 Array Plate | Thermo-Fisher | 901605 | expression microarray (formerly Affymetrix brand), soon to be supported by PluriTest |
GeneChip™ Human Genome U133 Plus 2.0 Array | Thermo-Fisher | 902482 | expression microarray (formerly Affymetrix brand), supported by CellNet, soon to be supported by PluriTest |
PluriTest® | Coriell Institute | www.pluritest.org, free service for bioinformatic assessment of pluripotency, accepts microarray data - *.idat files from HT-12 v4 platform, soon to support U133, U219 microarray and RNA sequencing data | |
CellNet | Johns Hopkins University | cellnet.hms.harvard.edu, free service for bioinformatic identification of cell type, including plutipotent stem cells, based on U133 microarray data - *.cel files, soon to support RNA sequencing data |
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ISSN 2578-2746
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