Quantificazione dei fenotipi oculari di Drosophila melanogaster : un approccio computazionale che integra ilastik e Flynotyper

Siamo interessati allo sviluppo di modelli di malattia come la SLA, la FTD e la proteinopatia multisistemica per comprendere le loro patologie molecolari. Un modello che utilizziamo è il sistema oculare Drosophila. La regolarità e il modello simmetrico dell'occhio possono essere utilizzati per valutare l'effetto dell'introduzione di mutazioni e cambiamenti nell'espressione genica.

Il nostro protocollo affronta una lacuna nei modi di quantificare i fenotipi dell'occhio ruvido, in particolare, la lacuna creata dal ranking manuale. La classificazione manuale si basa sulla fusione, sulla perdita di ommatidi e sull'organizzazione delle setole. Tuttavia, può portare a pregiudizi.

Pertanto, la combinazione di ilastik e Flynotyper crea un metodo più robusto per classificare i fenotipi oculari anomali. Il nostro protocollo può essere vantaggioso per la classificazione manuale grazie alla sua robustezza. Anche i membri del laboratorio non addestrati possono eseguire una quantificazione di successo, mentre è probabile che sia necessario un ricercatore più addestrato per la classificazione manuale per evitare differenze tra punteggi tra due ricercatori diversi.

Pertanto, questo protocollo può far risparmiare tempo e risorse. I nostri risultati fanno avanzare la ricerca perché questo protocollo consente una quantificazione più accurata dei fenotipi dell'occhio ruvido, in particolare delle deboli alterazioni della morfologia dell'occhio, a causa del pregiudizio nella classificazione manuale, la combinazione di ilastik e Flynotyper porterà a un punteggio più accurato e, quindi, si tradurrà in risultati pubblicati più accurati.