Количественная оценка фенотипов глаз Drosophila melanogaster : вычислительный подход, интегрирующий ilastik и flynotyper

Мы заинтересованы в разработке моделей заболеваний для таких заболеваний, как БАС, ЛВД и мультисистемная протеинопатия, чтобы понять их молекулярные патологии. Одна из моделей, которую мы используем, — это глазная система дрозофилы. Регулярность и симметричный рисунок глаза могут быть использованы для оценки эффекта внедрения мутаций и изменений экспрессии генов.

Наш протокол устраняет пробел в способах количественной оценки фенотипов шероховатого глаза, в частности, разрыв, созданный ручным ранжированием. Ручное ранжирование основано на сращении, потере омматидий и организации щетины. Однако это может привести к предвзятости.

Таким образом, сочетание ilastik и Flynotyper создает более надежный метод ранжирования аномальных фенотипов глаз. Наш протокол может быть выгоден ручному ранжированию благодаря своей надежности. Даже необученные сотрудники лаборатории могут успешно провести количественную оценку, в то время как более подготовленный исследователь, скорее всего, потребуется для ручного ранжирования, чтобы избежать различий между двумя разными исследователями.

Таким образом, этот протокол может сэкономить время и ресурсы. Наши результаты продвигают исследования, потому что этот протокол позволяет более точно количественно оценить фенотипы шероховатых глаз, особенно слабые изменения в морфологии глаза, Из-за систематической ошибки при ручном ранжировании, сочетание ilastik и Flynotyper приведет к более точной оценке и, следовательно, приведет к более точным опубликованным результатам.