القياس الكمي ذبابة الفاكهة الظلانية للأنماط الظاهرية للعين: نهج حسابي يدمج الأحجار المرنة و Flynotyper

نحن مهتمون بتطوير نماذج مرضية لأمراض مثل ALS و FTD والمعالجة البروتينية متعددة الأنظمة لفهم أمراضها الجزيئية. أحد النماذج التي نستخدمها هو ذبابة الفاكهة نظام العين. يمكن استخدام انتظام العين ونمطها المتماثل لتقييم تأثير إدخال الطفرات وتغيرات التعبير الجيني.

يعالج بروتوكولنا فجوة في طرق تحديد الأنماط الظاهرية للعين الخشنة ، على وجه التحديد ، الفجوة الناتجة عن الترتيب اليدوي. يعتمد الترتيب اليدوي على الاندماج وفقدان الأوماتيديا وتنظيم الشعر الخشن. ومع ذلك ، يمكن أن يؤدي إلى التحيز.

لذلك ، فإن الجمع بين ilastik و Flynotyper يخلق طريقة أكثر قوة لترتيب الأنماط الظاهرية غير الطبيعية للعين. يمكن أن يكون بروتوكولنا مفيدا للترتيب اليدوي نظرا لقوته. حتى أعضاء المختبر غير المدربين يمكنهم إجراء قياس كمي ناجح ، في حين من المحتمل أن تكون هناك حاجة إلى باحث أكثر تدريبا للتصنيف اليدوي لتجنب الاختلافات بين الدرجات بين باحثين مختلفين.

لذلك ، يمكن لهذا البروتوكول توفير الوقت والموارد. تقدم النتائج التي توصلنا إليها البحث لأن هذا البروتوكول يسمح بقياس أكثر دقة للأنماط الظاهرية للعين الخشنة ، وخاصة التغيرات الضعيفة في مورفولوجيا العين ، بسبب التحيز عند الترتيب يدويا ، فإن الجمع بين ilastik و Flynotyper سيؤدي إلى تسجيل أكثر دقة ، وبالتالي ، يؤدي إلى نتائج منشورة أكثر دقة.