Cuantificación de los fenotipos oculares de Drosophila melanogaster : un enfoque computacional que integra ilastik y flynotyper

Estamos interesados en desarrollar modelos de enfermedades como la ELA, la DFT y la proteinopatía multisistémica para comprender sus patologías moleculares. Un modelo que utilizamos es el sistema ocular Drosophila. La regularidad y el patrón simétrico del ojo se pueden utilizar para evaluar el efecto de la introducción de mutaciones y cambios en la expresión génica.

Nuestro protocolo aborda una brecha en las formas de cuantificar los fenotipos de ojos rugosos, específicamente, la brecha creada por la clasificación manual. La clasificación manual se basa en la fusión, la pérdida de omatidios y la organización de las cerdas. Sin embargo, puede dar lugar a sesgos.

Por lo tanto, la combinación de ilastik y Flynotyper crea un método más robusto para clasificar los fenotipos anormales del ojo. Nuestro protocolo puede ser ventajoso para la clasificación manual debido a su robustez. Incluso los miembros del laboratorio no capacitados pueden realizar una cuantificación exitosa, mientras que es probable que se necesite un investigador más capacitado para la clasificación manual a fin de evitar diferencias entre dos investigadores diferentes.

Por lo tanto, este protocolo puede ahorrar tiempo y recursos. Nuestros hallazgos avanzan en la investigación porque este protocolo permite una cuantificación más precisa de los fenotipos de ojos rugosos, especialmente las alteraciones débiles en la morfología del ojo, debido al sesgo al clasificar manualmente, la combinación de ilastik y Flynotyper conducirá a una puntuación más precisa y, por lo tanto, dará como resultado resultados publicados más precisos.