ショウジョウバエの眼の表現型の定量化:ilastikとFlynotyperを統合した計算アプローチ

私たちは、ALS、FTD、マルチシステムタンパチーなどの疾患の疾患モデルを開発し、その分子病態を理解することに関心を持っています。私たちが使用しているモデルの1つは、ショウジョウバエの眼科システムです。眼の規則性と対称的なパターンは、突然変異の導入と遺伝子発現の変化の影響を評価するために使用できます。

私たちのプロトコルは、大まかな目の表現型を定量化する方法、特に手動のランク付けによって生じるギャップに対処します。手動ランキングは、融合、オマチディアの喪失、および剛毛の組織化に基づいています。しかし、それはバイアスにつながる可能性があります。

したがって、ilastikとFlynotyperを組み合わせると、異常な眼の表現型をより堅牢にランク付けする方法が実現します。私たちのプロトコルは、その堅牢性により、手動ランキングに有利になる可能性があります。訓練を受けていないラボのメンバーでも定量化を成功させることができますが、2人の異なる研究者間のスコア間のスコア間の差を避けるために、手動によるランク付けには、より訓練を受けた研究者が必要になる可能性があります。

したがって、このプロトコルは時間とリソースを節約できます。このプロトコルは、特に目の形態の弱い変化のより正確な定量化を可能にするため、私たちの調査結果は研究を進めます、 手動でランク付けするときのバイアスにより、ilastikとFlynotyperを組み合わせると、より正確なスコアリングが可能になり、したがって、より正確な公開結果が得られます。