כימות דרוזופילה מלנוגסטר פנוטיפים בעין: גישה חישובית המשלבת אילסטיק ופלינוטיפר

אנו מעוניינים לפתח מודלים של מחלות עבור מחלות כמו ALS, FTD ופרוטאינופתיה רב-מערכתית כדי להבין את הפתולוגיות המולקולריות שלהן. מודל אחד בו אנו משתמשים הוא מערכת העיניים דרוזופילה. הסדירות והתבנית הסימטרית של העין יכולות לשמש להערכת ההשפעה של החדרת מוטציות ושינויים בביטוי גנים.

הפרוטוקול שלנו מתייחס לפער בדרכים לכימות פנוטיפים של עיניים גסות, בפרט, הפער שנוצר על ידי דירוג ידני. הדירוג הידני מבוסס על היתוך, אובדן אומטידיה, וארגון הזיפים. עם זאת, זה יכול להוביל להטיה.

לכן, שילוב של ilastik ו- Flynotyper יוצר שיטה חזקה יותר לדירוג פנוטיפים חריגים בעין. הפרוטוקול שלנו יכול להיות יתרון לדירוג ידני בשל חוסנו. אפילו חברי מעבדה שאינם מיומנים יכולים לבצע כימות מוצלח, בעוד שחוקר מיומן יותר נדרש ככל הנראה לדירוג ידני כדי להימנע מהבדלי ציון בין שני חוקרים שונים.

לכן, פרוטוקול זה יכול לחסוך זמן ומשאבים. הממצאים שלנו מקדמים את המחקר מכיוון שפרוטוקול זה מאפשר כימות מדויק יותר של פנוטיפים של עין גסה, במיוחד שינויים חלשים במורפולוגיה של העין, בשל הטיה בעת דירוג ידני, שילוב של ilastik ו- Flynotyper יוביל לניקוד מדויק יותר, ולכן יביא לתוצאות מדויקות יותר שפורסמו.