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Crecimiento de cristales para el análisis de difracción de rayos x

Visión general

Fuente: Laboratorio del Dr. Jimmy Franco - Merrimack College

Cristalografía de la radiografía es un método comúnmente utilizado para determinar el arreglo espacial de átomos en un sólido cristalino, que permite la determinación de la forma tridimensional de una molécula o complejo. Determinar la estructura tridimensional de un compuesto es de particular importancia, ya que de un compuesto estructura y función están íntimamente relacionados. Información sobre la estructura de un compuesto se utiliza a menudo para explicar su comportamiento o reactividad. Esta es una de las técnicas más útiles para resolver la estructura tridimensional de un compuesto o complejo y en algunos casos puede ser el único método para la determinación de la estructura. Crecimiento de cristales de calidad de rayos x es el componente clave de la cristalografía de rayos x. El tamaño y la calidad del cristal es a menudo altamente dependiente en la composición del compuesto siendo examinado por cristalografía de rayos x. Normalmente compuestos que contienen átomos más pesados producen un patrón de difracción de mayor, por lo tanto requieren cristales más pequeños. Generalmente, solo cristales con caras bien definidas son óptimas, y típicamente para compuestos orgánicos, los cristales deben ser más grandes que los que contienen átomos pesados. Sin viables cristales, Cristalografía de rayos x no es factible. Algunas moléculas son inherentemente más cristalinos que los demás, así la dificultad de obtener cristales de calidad de rayos x puede variar entre compuestos. El crecimiento de cristales de la radiografía es similar al proceso de recristalización que comúnmente se utiliza para purificar los compuestos, pero con un énfasis en la producción de cristales de la más alta calidad. A menudo, cristales de la más alta calidad pueden obtenerse permitiendo el proceso de cristalización proceder lentamente, que puede ocurrir en el transcurso de días o meses.

Principios

Hay un número de métodos para el crecimiento de cristales de la radiografía, como calefacción y enfriamiento, evaporación y difusión de vapor, cada uno con sus ' propias ventajas y limitaciones. 1 se describe a continuación es uno de los métodos más útiles para cristales de calidad de rayos x cada vez mayores, difusión de líquidos. 2 crecimiento de cristales de la radiografía exitosa depende de la opción apropiada de solventes. El compuesto debe ser soluble en un solvente pero insoluble en el otro. Difusión de líquidos implica capas cuidadosamente un solvente de baja densidad en la parte superior un solvente de mayor densidad en un tubo delgado, como un tubo NMR. La tasa de difusión puede influir grandemente en el tamaño y calidad de la difusión rápida de cristales favorece cristales más pequeños, mientras que difusión lenta favorece el crecimiento de cristales más grandes y de mejor calidad. La utilización de tubos delgados, tales como tubos NMR, disminuye la difusión de los disolventes, creando así un ambiente que facilita el crecimiento de cristales de la más alta calidad. Solventes utilizados para la capa inferior, que el compuesto se disuelve en, son cloruro de metileno o cloroformo. El compuesto se disuelve en el disolvente menos denso, pero esto puede resultar problemático como el disolvente superior puede comenzar a evaporar antes de la formación de cristales. La condición óptima es que los compuestos disueltos en el solvente más denso. La capa superior es el anti-solvent o precipitado. Utiliza con frecuencia contra solventes es hexano, pentano, éter dietílico o metanol. Una vez que los dos solventes han sido cuidadosamente capas, pueden poco a poco se difunden en uno con el otro. El compuesto se hace menos soluble en la solución binaria, facilitando la formación de cristales de la radiografía.

Procedimiento

1. preparación del tubo de cristal y filtro

  1. Coloque un tubo NMR en un matraz Erlenmeyer.
  2. Preparar un filtro de la pipeta.
    1. Construir el filtro, colocando un pedazo de paño sin pelusa (1 pulgada por 1 pulgada) en la pipeta y luego utilizar una barra para el paño firmemente de la cuña en la porción del cuello de botella de la pipeta (figura 1).
    2. Hacer dos filtros pipeta para cada tubo de cristal necesarios.

2. Añadir la muestra al tubo de cristal

  1. Disolver el compuesto (tetraphenylporphyrin, 10 mg) en 0,75 mL de solvente (diclorometano).
  2. Con una pipeta, suavemente agregue la mezcla a la parte superior del tubo, al pasar por el filtro.
    1. Las partículas se filtran para evitar la creación de sitios de nucleación, que puede dar lugar a pequeños cristales múltiples en lugar de las deseada monocristales grandes.
  3. Una vez que la muestra ha sido colocada en el tubo de cristal, muy lenta y suavemente, agregue el anti-solvente (1.5 mL de metanol) en el tubo a través de una nueva pipeta de filtro. Deje que el solvente el que lentamente la capa sobre la solución previamente agregada (Figura 2). No use una bombilla para empujar el solvente a través de la pipeta, en lugar de otro permitir que el solvente a fluir a través del filtro por sí mismo.
    1. Asegúrese de que solvente de densidad más alta se agrega al tubo de cristal primero.
    2. Compruebe que los dos solventes son miscibles entre sí. Esto se hace antes de la adición del solvente.
  4. Sellar el tubo con un tapón de NMR.

3. cristal crecimiento

  1. Sin causar los dos solventes a la mezcla, coloque los tubos de cristal en un gabinete donde no será perturbados.
  2. Tiempo de cristalización varía con cada compuesto - típicamente el cristal de los tubos deben dejarse imperturbados por una semana.
  3. Después de una semana, inspeccionar los tubos de crecimiento cristalino.
    1. Crecimiento de cristales normalmente se produce en la interfase de los dos disolventes.
    2. Inspeccione visualmente los tubos para pruebas de crecimiento de cristales. Tenga cuidado de no facilitar la mezcla de los solventes, en caso de que el compuesto requiere tiempo adicional para la formación de cristales.
    3. Si parece que se ha producido crecimiento cristalino, más Inspeccione los tubos utilizando un microscopio.

4. cristal selección

  1. Difracción de rayos x de cristales deben han definido bien caras.
  2. Cristales que se han agrupados deben evitarse si es posible.
  3. Deja los cristales en el tubo de cristal hasta que esté listo para cosechar el cristal, inmediatamente antes de colocar el cristal en el difractómetro.
    1. Mantener los cristales en el tubo se asegurará de que los cristales quedan solvatados. La solvatación puede causar los cristales de crack y obstaculizar la difracción del cristal.

Figure 1
Figura 1. Una imagen del filtro pipeta. Un pequeño trozo de paño libre de pelusa ha sido encajado firmemente en el embotellamiento de la pipeta. Las soluciones se pasan aunque estos filtros pipeta antes de ser introducido en el tubo de cristal.

Figure 2
Figura 2. Una vez que la solución que contiene compuestos específicos se coloca en el tubo de cristal, anti-solvent es capas lentamente en la parte superior pasando por un nuevo filtro de pipeta.

Resultados

La técnica de difusión de líquidos fue utilizada para crear cristales de calidad de rayos x de tetraphenylporphyrin. Usando diclorometano como solvente y metanol como anti-solvent, los líquidos se les permitiera difundir lentamente en el transcurso de una semana sin ser molestado. Grandes, bien definidos, oscuros morado rojizo cristales formados en la interfase de los dos solventes (figura 3). El crecimiento de los cristales se puede observar visualmente. Los cristales crecieron con caras muy bien definidas, que pueden verse con un microscopio.

Figure 3
Figura 3. Cristales de calidad de difracción de rayos x de ATP. Deben evitarse los cristales que están agrupadas o que crecen fuera de uno a otro. Grandes solos cristales con caras bien definidas suelen obtenerse mejores resultados.

Aplicación y resumen

Cristales de calidad de rayos x se puede cultivar por la difusión de líquidos. La lenta difusión del sistema solvente binario permite la creación de cristales adecuada para difracción de rayos x. Este método permite el enrejado cristalino formar poco a poco, a menudo conduce a más y más cristales bien definición. El uso de tubos NMR facilita la difusión lenta de los solventes, lo que permite crecimiento cristalino óptimo. Este proceso puede tardar desde unos pocos días hasta varios meses. A menudo durante el proceso de cristalización se incorporan moléculas de solvente en el enrejado cristalino. Por lo tanto es importante evitar que los cristales se "seque". Así, una de las ventajas de la difusión de líquidos es que los cristales crecen típicamente en el interfaz de los dos disolventes, que evita este fenómeno.

Difusión de líquidos es una de las técnicas más útiles para la producción de cristales de calidad de rayos x, que es el componente más esencial de la cristalografía de rayos x. Obtención de cristales de calidad rayos x suele ser el factor limitante en la realización de experimentos de Cristalografía de rayos x. Cristalografía de rayos x esencialmente crea una imagen tridimensional de la estructura de la molécula, lo que es el método menos ambiguo para determinar la configuración completa de un compuesto. Puesto que la estructura y función de moléculas están íntimamente relacionados, la capacidad de descifrar la estructura tridimensional de un compuesto es muy útil para una variedad de aplicaciones químicas y farmacéuticas. Investigadores y compañías farmacéuticas uso Cristalografía de rayos x para determinar la estructura de las proteínas para examinar cómo las pequeñas moléculas interactúan con las enzimas con el fin de descubrimiento de fármacos y diseño. 3-5 la cristalografía de rayos x es también uno de los métodos más útiles para la evaluación de complejos metálicos. Esta técnica divulga información valiosa sobre cómo los metales interactúan unos con otros y sus ligandos. El primer bono quíntuple nunca identificado entre dos átomos de cromo fue identificado usando Cristalografía de rayos x. 6 esta técnica puede utilizarse también para explicar las propiedades luminiscentes de complejos metálicos. 7 Cristalografía ha también ampliamente utilizada en química host-guest, este método ha sido instrumental en revelar información valiosa acerca de las interacciones no covalentes entre las moléculas. 8

Referencias
  1. Gilman, J. J., The art and science of growing crystals. Wiley: (1963).
  2. Orvig, C., A simple method to perform a liquid diffusion crystallization. Journal of Chemical Education 62 (1), 84 (1985).
  3. Brown, C. S.; Lee, M. S.; Leung, D. W.; Wang, T.; Xu, W.; Luthra, P. et. al. In silico derived small molecules bind the filovirus VP35 protein and inhibit its polymerase co-factor activity. Journal of molecular biology426 (10), 2045-2058 (2014)
  4. Batt, S. M.; Jabeen, T.; Bhowruth, V.; Quill, L.; Lund, P. A.; Eggeling et. al. Structural basis of inhibition of Mycobacterium tuberculosis DprE1 by benzothiazinone inhibitors. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,109 (28), 11354-9 (2012)
  5. Mortensen, D. S.; Perrin-Ninkovic, S. M.; Shevlin, G.; Elsner, J.; Zhao, J.; Whitefield et al. Optimization of a Series of Triazole Containing Mammalian Target of Rapamycin (mTOR) Kinase Inhibitors and the Discovery of CC-115. Journal of Medicinal Chemistry 58 (14), 5599-5608 (2015)
  6. Nguyen, T.; Sutton, A. D.; Brynda, M.; Fettinger, J. C.; Long, G. J.; Power, P. P., Synthesis of a Stable Compound with Fivefold Bonding Between Two Chromium(I) Centers. Science310 (5749), 844-847 (2005).
  7. Chen, K.; Nenzel, M. M.; Brown, T. M.; Catalano, V. J., Luminescent Mechanochromism in a Gold(I)-Copper(I) N-Heterocyclic Carbene Complex. Inorganic Chemistry 54 (14), 6900-6909.(2015).
  8. Franco, J. U.; Hammons, J. C.; Rios, D.; Olmstead, M. M., New Tetraazaannulene Hosts for Fullerenes. Inorganic Chemistry49 (11), 5120-5125 (2010).
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Overview

1:23

Principles of Growth for X-ray Crystallography

3:04

Sample Preparation

3:57

Liquid-Liquid Diffusion

4:57

Crystal Selection and Results

5:49

Applications

7:34

Summary

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