Method Article
Hier stellen wir ein Protokoll zur Anreicherung endogener RNA-Bindungsstellen oder "Footprints" von RNA:Protein(RNP)-Komplexen aus Säugetierzellen vor. Dieser Ansatz umfasst zwei Immunpräzipitationen von RNP-Untereinheiten und wird daher als RNA-Immunpräzipitation im Tandem (RIPiT) bezeichnet.
RNA-Immunpräzipitation im Tandem (RIPiT) ist eine Methode zur Anreicherung von RNA-Footprints eines Proteinpaares innerhalb eines RNA:Protein-Komplexes (RNP). RIPiT verwendet zwei Reinigungsschritte. Zunächst folgt auf die Immunpräzipitation einer markierten RNP-Untereinheit eine milde RNase-Verdauung und die anschließende nicht-denaturing-Affinitätselution. Eine zweite Immunpräzipitation einer anderen RNP-Untereinheit ermöglicht die Anreicherung eines definierten Komplexes. Nach einer denaturierenden Elution von RNAs und Proteinen werden die RNA-Footprints in DNA-Sequenzierungsbibliotheken mit hohem Durchsatz umgewandelt. Im Gegensatz zum populäreren ultravioletten (UV) Vernetzung gefolgt von Immunpräzipitation (CLIP) Ansatz zur Anreicherung von RBP-Bindungsstellen, RIPiT ist UV-Vernetzung unabhängig. Daher kann RIPiT auf zahlreiche Proteine angewendet werden, die in der RNA-Interactome und darüber hinaus vorhanden sind und für die RNA-Regulierung unerlässlich sind, aber nicht direkt mit der RNA oder dem UV-Kreuzvernetzen schlecht mit RNA in Kontakt treten. Die beiden Reinigungsschritte in RIPiT bieten einen zusätzlichen Vorteil bei der Identifizierung von Bindungsstellen, an denen ein Protein von Interesse in Partnerschaft mit einem anderen Cofaktor agiert. Die Doppelreinigungsstrategie dient auch dazu, das Signal durch Begrenzung des Hintergrunds zu verbessern. Hier bieten wir ein schrittweises Verfahren zur Durchführung von RIPiT und zur Generierung von Sequenzierungsbibliotheken mit hohem Durchsatz aus isolierten RNA-Footprints. Wir skizzieren auch die Vorteile und Anwendungen von RIPiT und besprechen einige seiner Einschränkungen.
Innerhalb von Zellen existiert RNA in komplexen Proteinen, um RNA:Protein-Komplexe (RNPs) zu bilden. RNPs werden um RNA-bindende Proteine (RBPs, die RNA direkt binden) zusammengesetzt, bestehen aber auch aus Nicht-RBPs (die RBPs binden, aber nicht RNA) und sind oft dynamischer Natur. RBPs und ihre Cofactors arbeiten gemeinsam innerhalb von RNPs, um regulierungsrechtliche Funktionen auszuführen. Beispielsweise erkennen die UPF-Proteine (UPF1, UPF2 und UPF3b) im unsinnvermittelten mRNA-Zerfallsweg (NMD) das vorzeitig beendete Ribosom. Jedes der UPF-Proteine kann an RNA binden, aber erst wenn sie sich zusammensetzen, beginnt sich ein aktiver NMD-Komplex zu bilden. Innerhalb dieses Komplexes wird UPF1 durch Phosphorylierung durch ein Nicht-RBP SMG1 weiter aktiviert, und eine solche UPF1-Aktivierung führt schließlich zur Rekrutierung von mRNA-Zerfallsinduzierenden Faktoren1,2. In diesem Beispiel benötigen RBPs Nicht-RBP-Cofaktoren für die Rekrutierung und Aktivierung des RNP-Komplexes, der NMD auslöst. Eine weitere Eigenschaft von RNPs ist ihre kompositorische Heterogenität. Betrachten wir den Spliceosome, der in unterschiedlichen E-, A-, B- oder C-Komplexen existiert. Verschiedene spliceosome komplexe haben überlappende und unterschiedliche Proteine3. Um RNP-Funktionen zu untersuchen, ist es wichtig zu klären, welche RNAs durch ein RBP und die zugehörigen Proteine gebunden sind. Viele Methoden existieren, um dies zu erreichen, wobei jeder Ansatz seine deutlichen Vor- und Nachteile4,5,6,7hat.
Die weit verbreiteten Methoden zur Identifizierung von RBP-Bindungsstellen – Vernetzung gefolgt von Immunpräzipitation (CLIP) und seinen verschiedenen Variationen – verlassen sich auf ultraviolettes (UV) Licht, um ein RBP mit RNA8zu vernetzen. Dies ist jedoch kein effektiver Ansatz für Nicht-RBPs innerhalb von RNPs, die die RNA nicht direkt kontaktieren. Hier beschreiben wir einen alternativen Ansatz, der für RBPs und Nicht-RBPs gleichermaßen gilt, um ihre RNA-Bindungsstellen zu isolieren und zu identifizieren. Dieser Ansatz, der als RNA-Immunpräzipitation im Tandem (RIPiT) bezeichnet wird, besteht aus zwei Immunpräzipitationsschritten, die dazu beitragen, eine höhere Spezifität im Vergleich zu einer einzigen Reinigung zu erreichen (Abbildung 1)9,10. Da die einzelnen Immunpräzipitationsschritte (IP) mit einer geringeren Stringenz im Vergleich zu CLIP durchgeführt werden können, hängt RIPiT nicht von der Verfügbarkeit von Antikörpern ab, die das Vorhandensein starker Detergenzien während der Immunpräzipitation aushalten können. Der einzigartigste Vorteil von RIPiT ist die Fähigkeit, zwei verschiedene Proteine in zwei Reinigungsschritten anzuvisieren; Dies bietet eine leistungsstarke Möglichkeit, einen kompositorisch unterschiedlichen RNP-Komplex aus anderen ähnlichen Komplexen zu bereichern11.
Kleine Variationen des RIPiT-Verfahrens können die RNP-Anreicherung weiter verbessern. Zum Beispiel sind einige RNA-Protein- oder Protein-Protein-Wechselwirkungen innerhalb von RNPs vorübergehend und es kann schwierig sein, Fußabdrücke solcher Komplexe effizient zu reinigen. Um solche Wechselwirkungen zu stabilisieren, können RNPs innerhalb von Zellen mit Formaldehyd vor der Zelllyse und RIPiT vernetzt werden. Zum Beispiel haben wir beobachtet, dass eine schwache Wechselwirkung zwischen dem Exon-Junction-Komplex (EJC)-Kernfaktor EIF4AIII und dem EJC-Demontagefaktor PYM12 mit Formaldehyd-Behandlung stabilisiert werden kann, so dass mehr RNA-Fußabdrücke angereichert werden (Daten nicht angezeigt). Vor der Zellernte und RIPiT können Zellen auch mit Medikamenten behandelt werden, um RNPs in einem bestimmten Zustand zu stabilisieren oder anzureichern. Wenn beispielsweise Proteine untersucht werden, die während der Translation aus der mRNA entfernt werden (z. B. eJC13, UPF114), kann die Behandlung mit Translationshemmern wie Puromycin, Cycloheximid oder Harringtonin zu einer erhöhten Belegung von Proteine auf RNAs.
Die Menge der von RIPiT zurückgewonnenen RNA ist in der Regel gering (0,5-10 Pmole, d.h. 10-250 ng RNA unter Berücksichtigung einer durchschnittlichen RNA-Länge von 75 nt). Der Hauptgrund dafür ist, dass nur ein kleiner Bruchteil eines bestimmten Proteins in Komplex mit anderen Proteinen innerhalb von RNPs vorhanden ist (jedes "freie" Protein IP'ed im ersten Schritt geht während des zweiten IP verloren). Um aus dieser RNA RNA-Seq-Bibliotheken zu generieren, skizzieren wir hier auch eine Anpassung des zuvor veröffentlichten Protokolls, das für solche niedrigen RNA-Eingänge geeignet ist15,16 (Abbildung 2), was zu hochdurchsatzbereiten Proben in 3 Tage.
1. Aufbau stabiler HEK293-Zelllinien, die Tetracyclin-induzierbares FLAG-markiertes Protein von Interesse (POI) ausdrücken
2. Culturing Cells for Tetracyclininduction and RIPiT Procedure
3. Zellernte, Formaldehyd-Behandlung und Zelllyse
4. FLAG Immunpräzipitation
5. RNase I Verdauung
6. Affinitäts-Elution
7. Magnetischer Bead-Antikörper Konjugation
8. Zweite Immunitizipation
9. Entsende-Elution
10. RNA-Extraktion und Endhärtung
11. Schätzung der Größe und Häufigkeit des RNA-Fußabdrucks
12. Adapter Ligation
13. Umgekehrte Transkription
14. Reinigung des RT-Produkts
15. Zirkularisierung des RT-Produkts
16. PCR testen
17. Große PCR
Ein erfolgreiches RIPiT führt zur Immunpräzipitation sowohl von Proteinen von Interesse als auch von anderen bekannten interagierenden Proteinen und dem Fehlen nicht interagierender Proteine. Wie in Abbildung 3Adargestellt, wurden sowohl Magoh als auch EIF4AIII in der RIPiT-Elution nachgewiesen, HNRNPA1 jedoch nicht (Spur 6). Parallel dazu wurden RNA-Footprints, die mit den RNP-Komplexen kogereinigt wurden, mittels Autoradiographie (Abbildung 3B) oder Bioanalyzer (Abbildung 3C) nachgewiesen. Die Puromycin-Behandlung wird voraussichtlich die EJC-Belegung auf RNA erhöhen, und ein stärkeres RNA-Fußabdrucksignal wurde in der mit Puromycin behandelten RIPiT in Abbildung 3B beobachtet (Vergleich der Bahnen 2 und 3). Das Generieren von Proben für die tiefe Sequenzierung erfordert die Liganderung eines Adapters an die RNA und umgekehrtes Transkribieren der RNA in DNA mit einem Primer, der der Adaptersequenz anneals entspricht. Der umgekehrte Transkriptionsschritt beinhaltet biotinylierte Nukleotide zur Reinigung des Reverse-Transkriptionsprodukts. Nach der umgekehrten Transkription muss das Produkt durch Harnstoff-PAGE vom unerweiterten Adapter getrennt werden (Abbildung 4). Das Reverse-Transkriptionsprodukt wird dann zirkuliert und PCR verstärkt. Die entsprechende Anzahl von PCR-Zyklen darf das zirkulierte Produkt nicht überverstärken. Eine Überverstärkung führt zu einer Erschöpfung der Grundierung und einem ableitenden PCR-Produkt (siehe Abbildung 5, Spur 4). Die Anzahl der Zyklen mit der größten Verstärkung ohne Nachweis einer Überverstärkung ist am besten geeignet, um für eine große PCR zu verwenden (Abbildung 5 Spur 3 und Abbildung 6).
Abbildung 1 : Schematisch, der die wichtigsten Schritte in RIPiT umreißt. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Abbildung 2 : Schematische Darstellung des Workflows für die Konvertierung von RIPiT-RNA in Bibliotheken für die Sequenzierung mit hohem Durchsatz. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Abbildung 3 : Schätzung der RNA- und Proteinerträge von RIPiT. (A) Westlicher Fleck der Proteine, die aus jedem wichtigen Schritt des RIPiT-Verfahrens gereinigt werden. (B) Autoradiographbild von RNA-Fußabdrücken aus einem FLAG-MAGOH:EIF4AIII RIPiT zum Vergleich von puromycin behandelten und unbehandelten Zellen. Rotes Feld zeigt die RNA-Footprintgröße an, die letztendlich in Sequenzierungsbibliotheken umgewandelt wird. (C) Profil der RNA, die von RIPiT wie in Spur 2 in Panel B eluiert wird, wenn sie mit einem Bioanalyzer visualisiert wird. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Abbildung 4 : Reverse Transkriptionsprodukt (RT) auf einem 10% Harnstoff-PAGE-Gel gelöst und mit Goldnukleinsäure-Gel-Färbung gebeizt. Rote Box zeigt Gel-Region für Gel-Reinigung von erweiterten RT-Produkten verbrauchen. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Abbildung 5 : Test PCR aufgelöst auf 8% nicht-denaturing PAGE. Beachten Sie die aberrant großen PCR-Produkte, die bei 14 Zyklen (roter Kasten) erscheinen, und die parallele Erschöpfung der Primer (roter Pfeil), die auf eine Überverstärkung hindeuten. Für dieses Beispiel wurden 11 Zyklen für die großflächige PCR (blaue Box) ausgewählt. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Abbildung 6 : Großflächige PCR aufgelöst auf 8% nicht-denaturing PAGE. Rote Box zeigt das Gelstück für Gelreinigung verbrauchen. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Abbildung 7 : Genom-Browser-Screenshot des MAPK1-Gens, der die Verteilung von FLAG-MAGOH:EIF4AIII Fußabdrücken als repräsentative Ergebnisse eines RIPiT zeigt. Rote Pfeile bezeichnen die erwarteten kanonischen EJC-Bindungsstellen. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Pbs | 137 mM NaCl 2,7 mM KCl 10 mM Na2HPO4bei 7H2O KH2PO4 pH 7,4 | |
Quenching-Puffer | 2.5 M Glycin 2,5 mM Tris-Base | |
Hypotonischer Lysepuffer (HLB) | 20 mM Tris-HCl pH 7,5 15 mM NaCl 10 mM EDTA 0,5% IGEPAL 0,1% Triton-X-100 1x Aprotinin* 1x Leupeptin* 1x Pepstatin* 1 mM PMSF (Phenylmethylsulfonylfluorid)* | *muss jedes Mal frisch hinzugefügt werden |
Isotonic Wash Buffer (IsoWB) | 20 mM Tris-HCl pH 7,5 150 mM NaCl 0,1% IGEPAL | |
Konjugationspuffer | 0,02% Polysorbat-20 1x PBS | |
Löschen des Beispielpuffers | 100 mM Tris-HCl pH 6,8 4% SDS 10 mM EDTA | |
4xdNTPmix | 0,25 mM dGTP 0,25 mM dTTP 0,175 mM dATP 0,1625 mM dCTP 0,075 mM Biotin-dATP 0,0875 mM Biotin-dCTP | |
5x First-Strand Puffer w/o MgCl2 | 250 mM Tris-HCl pH 8 375 mM KCl | |
RIPiT Verdünnungspuffer (1 ml) | 1 mL IsoWB 5 l 200x BSA 20 l 10% Triton-X-100 20 l 0,5 Mio. EDTA 1x Aprotinin* 1x Leupeptin* 1x Pepstatin* 1 mM PMSF* | *muss jedes Mal frisch hinzugefügt werden |
2x Entsendelastpuffer | 3 mL 5x TBE 1.8 g Ficoll Typ 400 6,3 g Harnstoff 3 mg Bromphenolblau 3 mg Xylolcyanol Lautstärke auf 15 ml ddH2O einstellen | Um in lösungsweise in Sendezeit zu gelangen, das Rohr in Wasser in ein Becherglas geben und 10–15 min auf der Kochplatte kochen. Färbe nach Einstellung des Volumens auf 15 ml hinzufügen |
Harnstoff-PAGE Gel | 6 M Harnstoff Acrylamid:Bisacrylamid (40% [w/v]) zu einem angemessenen Prozentsatz 0.5x TBE 0,01% TEMED | |
DNA-Elutionspuffer | 300 mM NaCl 1 mM EDTA | |
Streptavidin Bead Wash Buffer | 0,5 M NaOH 20 mM Tris-HCl pH 7,5 1 mM EDTA |
Tabelle 1: Puffer.
Wir besprechen hier einige wichtige Überlegungen, um RIPiT erfolgreich durchzuführen. Vor allem müssen einzelne IPs optimiert werden, um bei jedem Schritt eine höchstmögliche Effizienz zu erzielen. Die Menge an FLAG-Agarose-Perlen für die hier beschriebene Eingangsanzahl von Zellen hat sich für eine Vielzahl von Proteinen, die wir getestet haben, als robust erwiesen. Da nur ein kleiner Bruchteil der Partnerproteine mit dem FLAG-Protein ko-immunpräzipiert wird, ist die Menge an Antikörpern, die für eine effiziente zweite IP benötigt werden, in der Regel gering (weniger als 10 g). Kleine RIPiT (von einer 10 cm Platte) gefolgt von Western Blot Überprüfung von Proteinen in jeder Fraktion während der beiden Immunpräzipitungsschritte erweisen sich als äußerst nützlich, um die Effizienz und Spezifität des Verfahrens vor der Skalierung zu bewerten. Sowohl gezielte Proteine als auch alle anderen erwarteten interagierenden Proteine im Komplex sollten in der Elution nachgewiesen werden. Es ist auch vorteilhaft, proteine in den erschöpften Lysaten (ungebunden an die FLAG-Agarose oder magnetische Perlen) zu prüfen, um eine gute Schätzung der Immunpräzipitationseffizienz und des Prozentsatzes der Proteine zu haben, die sich zu einem Komplex zusammenfügen. Darüber hinaus informiert diese Analyse auch, ob die RNase-Verdauungsbedingungen ausreichen, um RNA-abhängige Wechselwirkungen von RNA-unabhängigen Wechselwirkungen innerhalb eines RNP zu trennen. Daher ist es genauso wichtig, eine negative Kontrolle einzubeziehen, idealerweise ein RBP, der nicht mit dem RNP von Interesse in Verbindung steht. In Abbildung 3Aist beispielsweise HNRNPA1 im Eingang vorhanden, wird aber in der RIPiT-Elution nicht erkannt. HNRNPA1 ist ein RBP, das nicht direkt mit dem EJC interagiert, sondern indirekt mit dem EJC interagiert, wenn EJC und HNRNPA1 an dasselbe RNA-Molekül gebunden sind. Der Nachweis des Negativkontrollproteins in der Elution deutet entweder auf eine schlechte RIPiT-Spezifität oder eine unzureichende RNA-Fußabdruckung hin. In einem solchen Fall spiegeln die erhaltenen RNA-Fußabdrücke die Fußabdrücke des Proteins nicht vollständig wider. Fußabdrücke der Größe 50-200 nt werden für die nachfolgende RNA-Seq empfohlen. Die Dauer der RNase I-Behandlung oder die Menge des verwendeten Enzyms kann optimiert werden, um die gewünschte Größe Fußabdrücke zu erhalten. Beachten Sie, dass das Beste-Case-Szenario sein wird, ein gutes Signal im gewünschten Größenbereich zu erhalten, und es ist unvermeidlich, längere und kürzere RNAs auch unter den optimalsten Bedingungen zu haben. RIPiT kann auch verwendet werden, um Bindungsstellen eines einzelnen RBP zu erhalten. In einem solchen Fall kann dasselbe Protein mit zwei verschiedenen Antikörpern immunisiert werden, zuerst mit einem Antikörper gegen ein Affinitätstag und dann mit Antikörpern gegen das Protein selbst18. Schließlich kann eine negative Kontrolle RIPiT parallel von Zellen durchgeführt werden, die ein FLAG-markiertes Kontrollprotein (z. B. grünes fluoreszierendes Protein) in Kombination mit Antikörper gegen ein Protein gegen ein unabhängiges Protein im zweiten UZ exzieren.
Trotz seiner vielen Vorteile ist es wichtig, einige Einschränkungen des RIPiT-Ansatzes und mögliche Abhilfemaßnahmen in Betracht zu ziehen. Das Erfordernis der Affinitätselution nach der ersten Reinigung erfordert die biologische Quelle, um ein markiertes Protein auszudrücken. Wenn ein standortspezifisches Rekombinationssystem in der Zelllinie oder dem von Interesse lebenden Organismus nicht verfügbar ist, kann ein kurzes Affinitäts-Tag wie ein FLAG-Tag (8 Aminosäuren) am endogenen Gen-Locus mit CRISPR/Cas-basiertem Genom-Editing-Ansatz19eingeführt werden. Das FLAG-Tag ist ein ideales Epitop für diesen Ansatz, da der FLAG-Antikörper für die Affinitätselution gut geeignet ist und hohen Ionenstärken und milden Denaturierungsbedingungen standhält, die in Kombination mit formaldehyd-Vernetzung verwendet werden können. Eine weitere Einschränkung des RIPiT-Ansatzes ist die Anforderung an einen großen Input von zellulärem Material. Dies kann bis zu einem gewissen Grad unvermeidbar bleiben, da nur ein kleiner Prozentsatz eines RBP wahrscheinlich mit anderen Proteinen im RNP interagiert. Noch verbesserte Bibliotheksvorbereitungsansätze können dazu beitragen, den großen Inputbedarf zu senken. Mögliche Ideen zur weiteren Rationalisierung dieser Schritte sind die Durchführung der RNA 3'-End-Dephosphorylierung und Adapterligation auf den magnetischen Perlen unmittelbar nach der zweiten IP-Wäsche und vor der endgültigen Elution von RNP. Ein solcher Ansatz wird erfolgreich in aktuellen CLIP-Seq-Verfahren und in einer kürzlich beschriebenen Variante von RIPiT20implementiert. Solche Änderungen werden auch mehrere zeitaufwändige RNA-Reinigungsschritte aus den frühen Phasen des Bibliotheksvorbereitungsverfahrens entfernen. Im Gegensatz zu CLIP, das eine Nukleotid-Auflösung der Vernetzungsstelle eines RBP auf der RNA bietet, bleibt die Auflösung von RIPiT-Footprints auf der Ebene von Dutzenden von Nukleotiden. Da RNPs mehrere RBPs enthalten können, enthalten die RIPiT-angereicherten RNA-Sites eine Mischung aus Bindungsstellen vieler RBPs. Da Konsenssequenzen, die von einzelnen RBPs gebunden sind, in einem rasant wachsenden Tempo aufgedeckt werden und jetzt leicht verfügbar sind21,22,23, können diese Informationen genutzt werden, um das Sortiment der RBP-Sites zu dekonvolvenieren. in RIPiT-Ausgängen angereichert. Ungeachtet dieser Herausforderungen ist RIPiT-Seq ein effektives Verfahren zur Erfassung von RNA-Fußabdrücken dynamischer, heterogener und sogar vorübergehender RNP-Komplexe, die einzigartige Einblicke in das Innenleben von RNA-Maschinen geben können, die zelluläre funktion.
Die Autoren haben nichts zu verraten.
Diese Arbeit wurde durch den NIH-Zuschuss GM120209 (GS) unterstützt. Die Autoren danken dem OSUCCC Genomics Shared Resources Core für ihre Dienste (CCC Support Grant NCI P30 CA16058).
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Anti-FLAG Affinity Gel | Sigma | A2220 | |
ATP, [γ-32P]- 3,000 Ci/mmol 10 mCi/mL EasyTide, 250 µCi | PerkinElmer | BLU502A250UC | |
BD Disposable Syringes with Luer-Lok Tips (200) | Fisher | 14-823-435 | |
Betaine 5M | Sigma | B0300 | |
biotin-dATP | TriLink | N-5002 | |
biotin-dCTP | Perkin Elmer | NEL540001EA | |
Branson Sonifier, Model SSE-1 | Branson | ||
CircLigase I | VWR | 76081-606 | ssDNA ligase I |
DMEM, High Glucose | ThermoFisher | 11995-065 | |
DNA load buffer NEB | NEB | ||
Dynabeads Protein A | LifeTech | 10002D | |
Flp-In-T-REx 293 Cell Line | ThermoFisher | R78007 | |
GeneRuler Low Range DNA Ladder | ThermoScientific | FERSM1203 | |
Hygromycin B | ThermoFisher | 10687010 | |
Mini-PROTEAN TBE Gel 10 well | Bio-Rad | 4565013 | |
Mini-PROTEAN TBE-Urea Gel | Bio-Rad | 4566033 | |
miRCAT-33 adapter 5′-TGGAATTCTCGGGTGCCAAGGddC-3′ | Any | this protocol is only compatible with the Illumina sequencing platform | |
Mirus transIT-X2 transfection reagent | Mirus | MIR 6004 | |
Mth RNA ligase | NEB | E2610S | |
PE1.0 5′-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACT CTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATC*T-3′ | Any | this protocol is only compatible with the Illumina sequencing platform | |
PE2.0 5′-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCGGTCTC GGCATTCCTGCTGAACCGCTCTTCCGATC*T-3′ | Any | this protocol is only compatible with the Illumina sequencing platform | |
Phenol/Chloroform/Isoamyl Alcohol (25:24:1, pH 6.7, 100 mLl) | Fisher | BP1752I-100 | |
Purple Gel Loading Dye (6x) | NEB | NEB #7025 | |
Q5 DNA Polymerase | NEB | M0491S/L | |
RNase I, E. coli, 1,000 U | Eppicenter | N6901K | |
SPIN-X column | Corning | CLS8160-24EA | |
Streptavidin beads | ThermoFisher | 60210 | |
Superscript III (SSIII) | ThermoScientific | 18080044 | reverse transcriptase enzyme |
SybrGold | ThermoFisher | S11494 | gold nucleic acid gel stain |
T4 Polynucleotide Kinase-2500U | NEB | M0201L | |
T4RNL2 Tr. K227Q | NEB | M0351S | |
Tetracycline | Sigma | 87128 | |
Thermostable 5´ App DNA/RNA Ligase | NEB | M0319S | |
TruSeq_SE1 5′-pGGCACTANNNNNAGATCGGAAGA GCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT-SPACER 18-CTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTC TTCCGATCTCCTTGGCACCCGAGAATTCCA-3′ | Any | this protocol is only compatible with the Illumina sequencing platform | |
TruSeq_SE10 5′-pGGTGTTCNNNNNAGATCGGAAG AGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT-SPACER 18-CTCGGCATTCCTGCTGAACCGCT CTTCCGATCTCCTTGGCACCCGAGAATTCCA-3′ | Any | this protocol is only compatible with the Illumina sequencing platform | |
TruSeq_SE11 5′-pGGTAAGTNNNNNAGATCGGAA GAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT-SPACER 18-CTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTC TTCCGATCTCCTTGGCACCCGAGAATTCCA-3′ | Any | this protocol is only compatible with the Illumina sequencing platform | |
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TruSeq_SE2 5′-pGGGTAGCNNNNNAGATCGGAAGAG CGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT-SPACER 18-CTCGGCATTCCTGCTGAACCGCT CTTCCGATCTCCTTGGCACCCGAGAATTCCA-3′ | Any | this protocol is only compatible with the Illumina sequencing platform | |
TruSeq_SE35′-pGGTCGATNNNNNAGATCGGAAG AGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT-SPACER 18-CTCGGCATTCCTGCTGAACCGCT CTTCCGATCTCCTTGGCACCCGAGAATTCCA-3′ | Any | this protocol is only compatible with the Illumina sequencing platform | |
TruSeq_SE4 5′-pGGCCTCGNNNNNAGATCGGAAGA GCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT-SPACER 18-CTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTC TTCCGATCTCCTTGGCACCCGAGAATTCCA-3′ | Any | this protocol is only compatible with the Illumina sequencing platform | |
TruSeq_SE5 5′-pGGTGACANNNNNAGATCGGAAGA GCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT-SPACER 18-CTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTC TTCCGATCTCCTTGGCACCCGAGAATTCCA-3′ | Any | this protocol is only compatible with the Illumina sequencing platform | |
TruSeq_SE6 5′-pGGTAGACNNNNNAGATCGGAAGAG CGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT-SPACER 18-CTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTCTTC CGATCTCCTTGGCACCCGAGAATTCCA-3′ | Any | this protocol is only compatible with the Illumina sequencing platform | |
TruSeq_SE7 5′-pGGGCCCTNNNNNAGATCGGAAG AGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT-SPACER 18-CTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTCT TCCGATCTCCTTGGCACCCGAGAATTCCA-3′ | Any | this protocol is only compatible with the Illumina sequencing platform | |
TruSeq_SE8 5′-pGGATCGGNNNNNAGATCGGAAGAG CGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT-SPACER 18-CTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTCTT CCGATCTCCTTGGCACCCGAGAATTCCA-3′ | Any | this protocol is only compatible with the Illumina sequencing platform | |
TruSeq_SE9 5′-pGGACTGANNNNNAGATCGGAAGAG CGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT-SPACER 18-CTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTCTTC CGATCTCCTTGGCACCCGAGAATTCCA-3′ | Any | this protocol is only compatible with the Illumina sequencing platform | |
Typhoon 5 Bimolecular Imager | GE Healthcare Life Science | 29187191 |
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