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O protocolo descreve a identificação de vários novos genes diferenciais relacionados à dissulfideptose associados à lesão de isquemia-reperfusão miocárdica por análise de bioinformática e validação experimental.
A lesão de isquemia-reperfusão miocárdica (MIRI) é uma lesão adicional que ocorre durante o processo de restauração do fluxo sanguíneo do tecido cardíaco após lesão induzida por isquemia. O MIRI afeta seriamente a eficácia e o prognóstico de curto e longo prazo da reperfusão após infarto do miocárdio. No momento, o mecanismo do MIRI não está totalmente claro. A dissulfideptose é um novo modo de morte celular, e a relação entre o MIRI e a expressão de genes relacionados à dissulfideptose (DRGs) ainda não está clara. Em primeiro lugar, este estudo explora os genes diferencialmente expressos associados à dissulfideptose no MIRI por meio de análise de bioinformática. Em segundo lugar, ao construir um modelo de rato de MIRI, os DRGs foram detectados. Este estudo identificou 12 genes relacionados, incluindo Myh9, SLC7A11, SLC3A2, Myh7b, ACTB, FLNB, Actn1, Actn4, Flnc, Dbn1 e Pdlim1. O tecido miocárdico de ratos com IRMI mostra danos patológicos óbvios e eventos de apoptose. Os resultados da imuno-histoquímica indicaram que a estimulação do MIRI aumentou a expressão da proteína GLUT1 no tecido miocárdico, mas restringiu a expressão da proteína F-actina. Além disso, diferenças significativas na expressão de três proteínas foram validadas usando conjuntos de dados externos e modelos de ratos MIRI. Este estudo demonstrou que os DRGs tinham valor preditivo significativo no MIRI, fornecendo novas perspectivas para explorar biomarcadores e potenciais alvos terapêuticos do MIRI.
O infarto agudo do miocárdio (IAM) é uma condição cardiovascular grave e continua sendo uma das principais causas globais de mortalidade. A intervenção coronária percutânea reduziu significativamente as taxas de mortalidade em pacientes com IAM1. No entanto, a terapia de reperfusão com o objetivo de restaurar o suprimento sanguíneo miocárdico é acompanhada por uma série de respostas patológicas e fisiológicas adversas. Esses processos podem resultar em aumento do tamanho do infarto, morte celular miocárdica, arritmias ventriculares sustentadas e mortesúbita 2. A lesão miocárdica de isquemia-reperfusão (IRMI) é uma condição cardiovascular complexa influenciada por fatores como citocinas, quimiocinas, fatores de crescimento, estresse oxidativo e sobrecarga de cálcio3. Mitigar o MIRI continua sendo um desafio significativo.
Recentemente, a dissulfideptose surgiu como uma nova forma de morte celular caracterizada pelo rápido colapso da rede de actina do citoesqueleto devido ao acúmulo excessivo de dissulfetos, incluindo cisteína, dentro das células, resultante da depleção de NADPH+. O acúmulo excessivo de dissulfeto interrompe as ligações dissulfeto entre as proteínas do citoesqueleto, levando à migração de actina e morte celular 4,5. Ao contrário das formas relatadas anteriormente de morte celular, como apoptose, necrose, piroptose e ferroptose, a dissulfideptose é iniciada pela agregação excessiva de dissulfetos intracelulares e não é antagonizada por inibidores específicos de outras vias de morte celular. Como uma morte celular distinta, as evidências indicaram que a superexpressão SLC7A11 evocada por deficiência de glicose celular pode desencadear dissulfidptose4. Após o MIRI, a secreção insuficiente de insulina pode induzir hipoglicemia e subsequente dissulfidptose, o que pode causar mais danos às células do miocárdio e pode ser um dos novos mecanismos do MIRI5.
Neste estudo, o objetivo principal foi utilizar bancos de dados abrangentes de expressão gênica, como o Gene Expression Omnibus (GEO), para analisar a expressão gênica diferencial entre amostras normais e MIRI. Realizamos uma análise de referência cruzada entre genes diferencialmente expressos e genes associados à dissulfideptose, com o objetivo de identificar genes relacionados à dissulfideptose (DRGs) que exibem expressão diferencial no MIRI. Algoritmos de aprendizado de máquina foram empregados para identificar genes-chave e validamos os padrões de expressão dos genes diferenciais de interesse selecionados usando um modelo animal. Essa abordagem fornece uma nova perspectiva para obter uma compreensão mais profunda dos mecanismos potenciais subjacentes ao início e progressão do MIRI. O foco principal desta pesquisa foi investigar um novo mecanismo de morte celular dentro do MIRI, descobrir genes diferenciais associados e conduzir experimentos preliminares para validar esses achados. O objetivo final era identificar novos alvos terapêuticos para mitigar o MIRI com base nesse mecanismo emergente de morte celular.
Para este estudo, nove ratos machos da raça Sprague-Dawley (SD), com idades entre 6 e 8 semanas e pesando 180-220 g, foram selecionados do Centro de Pesquisa de Animais Experimentais de Hubei [SCXK (Hubei) 20200018]. Os ratos foram mantidos em biotérios livres de patógenos específicos para aclimatação por 1 semana, com ciclo claro e escuro de 12 h/12 h, bebendo e comendo livremente. O presente estudo foi conduzido com a aprovação do Comitê de Ética Animal do Terceiro Hospital Afiliado da Universidade Médica de Zunyi (número de aprovação: (2016)-1-56). Todos os procedimentos foram realizados de acordo com as recomendações descritas no Guia para o Cuidado e Uso de Animais de Laboratório publicado pelos Institutos Nacionais de Saúde dos EUA. Medidas rigorosas foram implementadas para minimizar o número de animais utilizados e mitigar seu sofrimento.
1. Análise da expressão diferencial de genes relacionados ao MIRI e dissulfideptose
NOTA: Os dados de sequenciamento de RNA do MIRI denominado GSE214122 foram selecionados para rastrear genes associados à dissulfideptose de acordo com o relatório da literatura6.
2. Construção do modelo MIRI de rato
3. Colha tecido cardíaco3
4. Coloração de hematoxilina-eosina (H & E)
5. Ensaio TUNEL
6. Coloração imuno-histoquímica
7. Detecção de Western blot
NOTA: O tampão de lise e o inibidor de protease foram incluídos em um kit de quantificação de proteína BCA (ver Tabela de Materiais).
8. Análise estatística
Triagem de DRGs no MIRI
O conjunto de dados GSE214122 do Gene Expression Omnibus incluiu três dados de amostras simuladas e três MIRI. Usando o pacote DESeq2 em R, 1233 genes diferencialmente expressos (DEGs) foram identificados entre MIRI e amostras simuladas. Com base em |log2FC|>2 e FDR<0,05, 417 genes significativamente diferentes foram selecionados usando o pacote de mapa de trigo de R (Figura 1A). Em seguida, 15 genes de interseção entre esses 1233 DEGs e 106 DRGs foram apresentados na Figura 1B. Os 15 DRGs diferencialmente expressos foram anotados por um gráfico de vulcões, com 12 DRGs sendo rotulados no mapa do vulcão, conforme ilustrado na Figura 1C. Uma rede PPI para os 15 DRGs foi então construída usando STRING com três genes na rede não sendo conectados e, consequentemente, removidos. A rede PPI final compreendia 12 genes, conforme ilustrado na Figura 1D.
MIRI promove dano às células miocárdicas de rato
Os resultados da coloração HE demonstraram que nos grupos controle (sem procedimentos cirúrgicos) e simulado (com os mesmos procedimentos cirúrgicos do grupo modelo, mas sem procedimentos de isquemia-reperfusão), as células miocárdicas exibiram morfologia regular, fibras miocárdicas bem organizadas e sem sinais evidentes de edema ou infiltração de células inflamatórias. Em contraste, o grupo modelo exibiu arranjo de células miocárdicas desorganizado, inchaço, contagem de células reduzida, fragmentação das fibras miocárdicas e infiltração perceptível de células espumosas e um grande número de células inflamatórias (Figura 2A).
Os resultados da coloração TUNEL revelaram que, em comparação com os grupos controle e simulado, o grupo modelo exibiu um aumento significativo nas células apoptóticas marcadas com fluorescência vermelha nos tecidos miocárdicos de ratos (Figura 2B). A taxa de apoptose foi acentuadamente elevada (Figura 2C, p < 0,01) no grupo modelo, sem diferenças estatisticamente significativas observadas entre os grupos controle e simulado.
Expressão de F-actina e GLUT1 em tecido miocárdico de rato de MIRI
Em comparação com os grupos controle e simulado, o grupo modelo exibiu um aumento significativo na expressão de GLUT1 (Figura 3A, B, p < 0,01) e uma diminuição significativa na expressão de F-actina (Figura 3C, D, p < 0,01). Não foram observadas diferenças significativas entre os grupos controle e sham para a expressão das proteínas GLUT1 e F-actina.
Expressão de Myh9, SLC7A11 e SLC3A2 em tecido miocárdico de rato de MIRI
A análise imuno-histoquímica foi empregada pela primeira vez para avaliar os níveis de expressão de DRGs no modelo MIRI de ratos. Os resultados mostraram que, em comparação com os grupos controle e simulado, o grupo modelo apresentou níveis de expressão significativamente aumentados de Myh9 (Figura 4A, B, p < 0,01) e SLC3A2 (Figura 4E, F, p < 0,01). Em contraste, a expressão de SLC7A11 foi significativamente reduzida (Figura 4C,D, p < 0,01). Da mesma forma, os resultados do western blotting mostraram que, em comparação com os grupos controle e simulado, o grupo modelo aumentou significativamente os níveis de expressão de Myh9 (Figura 5A, B, p < 0,01) e SLC3A2 (Figura 5A, D, p < 0,01), enquanto a expressão de SLC7A11 (Figura 5A, C, p < 0,01) foi significativamente reduzida.
Figura 1: Triagem de genes relacionados à dissulfideptose no MIRI. (A) Mapa de calor de 1233 genes para análise de expressão diferencial em MIRI e amostras simuladas. (B) Diagrama de Venn de DEGs e DRGs. Havia 15 genes comuns entre os 1233 DEGs e 99 DRGs, conforme mostrado na caixa. (C) Gráficos de vulcões de DEGs no conjunto de dados GSE214122. Pontos vermelhos e verdes no gráfico, respectivamente, indicam genes regulados positivamente e diminuídos. (D) A rede PPI dos 12 DRGs do hub foi construída usando o banco de dados STRING. DEGs, genes diferencialmente expressos; DRGs, genes relacionados à dissulfideptose. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 2: MIRI promove dano às células miocárdicas. (A) Imagens representativas das lesões miocárdicas avaliadas pela coloração H&E (barra de escala = 50 μm). (B) Apoptose de cardiomiócitos detectada pelo ensaio TUNEL. O grupo modelo exibiu um aumento significativo nas células apoptóticas marcadas com fluorescência vermelha nos tecidos miocárdicos de ratos (barra de escala = 50 μm). (C) Os resultados estatísticos da taxa de apoptose analisando a intensidade do sinal de fluorescência vermelha usando o software Image J. **p < 0,01, o grupo modelo vs. o grupo simulado, n=3. Os dados são expressos como a média ± desvio padrão. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 3: Expressão de F-actina e GLUT1 no tecido miocárdico de MIRI de ratos. (A) coloração IHC de GLUT1 e (B) resultados estatísticos de sua expressão proteica. (C) coloração IHC de F-actina e (D) resultados estatísticos de sua expressão proteica. barra de escala = 50 μm. **p < 0,01, o grupo modelo vs. o grupo simulado, n=6. Os dados são expressos como a média ± desvio padrão. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 4: Análise da coloração IHC da expressão das proteínas relacionadas à dissulfideptose Myh9, SLC7A11 e SLC3A2 no tecido miocárdico de MIRI de ratos. (A) Coloração IHC de Myh9 e (B) resultados estatísticos de sua expressão proteica. (C) coloração IHC de SLC7A11 e (D) resultados estatísticos de sua expressão proteica. (E) coloração IHC de SLC3A2 e (F) resultados estatísticos de sua expressão proteica. barra de escala = 50 μm. **p < 0,01, o grupo modelo vs. o grupo simulado, n=3. Os dados são expressos como a média ± desvio padrão. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 5: Análise de Western blot da expressão das proteínas relacionadas à dissulfideptose Myh9, SLC7A11 e SLC3A2 no tecido miocárdico de MIRI de ratos. (A) Bandas de proteínas representativas. Resultados estatísticos da expressão da proteína (B) Myh9, (C) SLC7A11 e (D) SLC3A2. **p < 0,01, o grupo modelo vs. o grupo simulado, n=3. Os valores em tons de cinza das proteínas foram analisados usando o software Image J. Os dados são expressos como a média ± desvio padrão. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
A dissulfideptose está intimamente associada ao citoesqueleto de actina, uma estrutura celular crítica essencial para manter a forma e a viabilidade celular. Composto por filamentos de actina, o citoesqueleto de actina confere forma e estrutura celular geral. A F-actina serve como um marcador para o citoesqueleto celular e, sob condições de falta de glicose, as ligações dissulfeto aumentam significativamente, levando à regulação negativa da F-actina. Esse fenômeno afeta principalmente processos e vias relacionadas ao citoesqueleto de actina e à adesão celular10,11.
No contexto do metabolismo da glicose, os transportadores de glicose (GLUTs) desempenham um papel vital na manutenção do equilíbrio dinâmico da glicose. O GLUT1, um dos primeiros membros descobertos da família GLUT, é uma proteína relacionada à captação de glicose com ampla distribuição tecidual. É expresso principalmente emhemácias12 e células endoteliais da barreira hematoencefálica13, onde participa do transporte transmembrana de glicose. O GLUT1 pode estar intimamente relacionado ao desenvolvimento de doenças associadas ao metabolismo anormal da glicose. Em modelos de falta de glicose, a expressão de GLUT1 é regulada positivamente, promovendo a morte de células tumorais. No modelo MIRI, a regulação positiva da expressão de GLUT1 piora o MIRI, mas melhorias são observadas quando o GLUT1 é regulado negativamente, tornando-o um alvo chave sob falta de glicose14. A imuno-histoquímica revelou um aumento intracelular significativo na proteína transportadora de glicose GLUT1 no modelo MIRI em comparação com os grupos controle e simulado. Ao mesmo tempo, a F-actina foi significativamente diminuída intracelularmente em comparação com os grupos controle e simulado. Isso sugere que o colapso do citoesqueleto de actina em condições de falta de glicose pode contribuir para o agravamento do MIRI, tornando o colapso do citoesqueleto de actina o mecanismo primário da dissulfideptose. Portanto, especulamos que a regulação positiva de GLUT1 no modelo MIRI induza dissulfideptose, levando a lesão de isquemia-reperfusão agravada.
O gene Myh9 codifica a cadeia pesada da miosina não muscular IIA, uma miosina citoplasmática amplamente expressa envolvida em vários processos que requerem a geração de forças mecânicas intracelulares e o reposicionamento do citoesqueleto de actina15. Pacientes com trombocitopenia congênita devido a mutações no gene Myh9 são propensos à formação de trombos e infarto agudo do miocárdio16. Portanto, Myh9 pode ser um fator preditivo para IAM ou MIRI. SLC7A11 e SLC3A2 são proteínas que auxiliam as células na obtenção de cisteína e glutationa, essenciais para manter a saúde e o equilíbrio celular. SLC7A11 pode mitigar a peroxidação lipídica e o estresse oxidativo para desempenhar um papel protetor no MIRI17. Nosso estudo explorou as potenciais funções biológicas e o significado terapêutico dos genes relacionados à dissulfideptose por meio do banco de dados GEO. Encontramos uma sobreposição limitada entre MIRI e genes relacionados à dissulfideptose, com um total de 12 genes sobrepostos. Por meio da análise de valor P e Log2Fold Change, identificamos quatro genes que estavam mais intimamente relacionados no modelo MIRI. Os resultados indicaram uma regulação positiva significativa da expressão de Myh9 e uma regulação negativa significativa da expressão de SLC7A11 no grupo MIRI. No entanto, não foi observada diferença estatisticamente significativa na expressão de ACTC. Os resultados experimentais confirmaram que Myh9 e SLC7A11 estão envolvidos no MIRI, e seus mecanismos podem estar intimamente relacionados à dissulfideptose mediada pela depleção de NADPH. Esses achados fornecem pistas importantes para identificar novos fatores preditivos e estratégias de tratamento personalizadas para MIRI (Figura 5).
Em resumo, a identificação e caracterização dos mecanismos de morte celular não apenas promovem nossa compreensão fundamental da homeostase celular, mas também destacam o papel significativo desempenhado pela dissulfideptose no MIRI. A deficiência deste método é a falta de experimentos críticos de validação para dissulfideptose. Atualmente, é possível detectar e identificar dissulfetoptose por meio da sonda fluorescente DCP-Bio1, que se liga a ligações dissulfeto, marcando dissulfetos intracelulares e extracelulares e facilitando a observação de dissulfetos em células ou tecidos18. Essas novas sondas podem ser empregadas para estudar a dinâmica espaço-temporal entre dissulfideptose e MIRI.
Os autores não têm nada a divulgar.
Esta pesquisa foi apoiada pelo Departamento Provincial de Ciência e Tecnologia de Guizhou (Qiankehe [2022]-583) e pela Administração Provincial de Medicina Tradicional Chinesa de Guizhou (QZYY-2016-019).
Name | Company | Catalog Number | Comments |
75% alcohol | Hunan Tongruijian Pharmaceutical Co. Ltd., Hunan, China | 85026 | |
6-0 nylon suture | Shanghai Pudong Jinhuan Medical Supplies Co. Ltd., Shanghai, China | CS002 | |
BCA protein quantification kit | Beyotime Biotechnology, Shanghai, China | P0011 | |
Bull serum albumin | Beyotime Biotechnology, Shanghai, China | ST2254 | |
Centrifuge | Hunan Kaida Scientific Instrument Co. Ltd., Hunan, China | KH19A | |
DAB horseradish peroxidase color development kit | Beyotime Biotechnology, Shanghai, China | P0203 | |
DAPI staining solution | Beyotime Biotechnology, Shanghai, China | C1006 | |
DESeq2 package | Version 4.1 | ||
Electric razor | Kelmerpp | 235376 | |
Enhanced endogenous peroxidase blocking buffer | Beyotime Biotechnology, Shanghai, China | P0100B | |
Filter paper | Nanjing Keruicai Equipment Co., Ltd., Nanjing, China | 1.00049E+11 | |
Fluorescence microscope | Nikon | ECLIPSE Ci | |
GEO database | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ | ||
Glass grinder | Shanghai Leigu Instrument Co. Ltd., Shanghai, China | B-013002 | |
GraphPad Prism | GraphPad Software | V8.0 | |
Hematoxylin and eosin staining kit | Beyotime Biotechnology, Shanghai, China | C0105M | |
Image J software | National Institutes of Health, Bethesda, USA | v1.8.0 | |
Improved citrate antigen retrieval solution (50X) | Beyotime Biotechnology, Shanghai, China | P0083 | |
Iodophor | Folca, Shenzhen, China | 1.00077E+11 | |
Optical microscope | Nikon | ECLIPSE Ci | |
Phosphate buffer solution | Beyotime Biotechnology, Shanghai, China | C0221A | |
Primary antibodies against GLUT1 | Proteintech Group, Inc, Wuhan, China | 21829-1-AP | |
Primary antibodies against MYH9 | Proteintech Group, Inc, Wuhan, China | 11128-1-AP | |
Primary antibodies against SLC3A2 | Wuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd., Wuhan, China | LJS-D-7468 | |
Primary antibodies against SLC7A11 | Proteintech Group, Inc, Wuhan, China | 26864-1-AP | |
Protein visualization instrument | Thermo Fisher Scientific Inc. | iBright CL750 | |
Rat board | Zhengzhou Haopai Biotechnology Co. Ltd., Zhengzhou, China | JPB-E | |
Scalpel | Shanghai Lianhui Medical Supplies Co., Ltd., Shanghai, China | 1.00471E+13 | |
Secondary antibody | Wuhan Boster Biological Technology, Ltd., Wuhan, China | BA1054 | |
STRING database | https://cn.string-db.org/ | Version 12.0 | |
Triton X-100 | Beyotime Biotechnology, Shanghai, China | ST1722 | |
TUNEL apoptosis detection kit | Proteintech Group, Inc., Wuhan, China | PF00009 |
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