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このプロトコルは、小麦無細胞系およびリポソームを用いた二重層透析法による高品質のプロテオリポソームの効率的な無細胞生産法を記載する。この方法は、膜タンパク質の機能解析、創薬標的のスクリーニング、および抗体開発に適した手段を提供します。
膜タンパク質は、さまざまな細胞プロセスにおいて重要な役割を果たし、重要な機能を果たします。膜タンパク質は、すべての薬剤の半分以上の標的であるため、創薬において医学的に重要です。膜タンパク質の生化学的、生物物理学的、構造的研究、および抗体開発を行う上での障害は、正しい立体構造と活性を有する高品質の膜タンパク質を大量に生産することの難しさでした。ここでは、小麦胚芽無細胞系、リポソーム、透析カップを用いて、膜タンパク質を効率よく合成し、精製プロテオリポソームを短時間で高成功率で調製する「二重層透析法」について述べる。膜タンパク質は、GPCR、イオンチャネル、トランスポーター、テトラスパニンなど、数ミリグラム単位で産生することができます。この無細胞法は、高品質なプロテオリポソームを調製するための時間、コスト、労力の削減に貢献し、膜タンパク質の機能解析、創薬ターゲットスクリーニング、抗体開発に適した手段を提供します。
膜タンパク質は、診断および治療において最も重要な薬物標的の1つです。実際、標的とする低分子化合物の半分は、Gタンパク質共役型受容体(GPCR)やイオンチャネル1などの膜タンパク質です。長年にわたり、研究者は膜タンパク質の構造と機能を解明するために、膜タンパク質の生化学的、生物物理学的、および構造的研究に取り組んできました2,3。膜タンパク質に対するモノクローナル抗体の開発も、機能的および構造的研究を加速し、治療および診断アプリケーションを開発するために積極的に行われています4,5,6,7,8,9。これらの研究はすべて、大量の高品質の膜タンパク質を必要とします10。例えば、抗体開発には、天然の立体配座を有する数ミリグラムの精製膜タンパク質が必要です。X線結晶学には、はるかに大量の高度に精製された膜タンパク質が必要です。しかし、膜タンパク質の大量生産は、膜タンパク質研究のボトルネックとして残っています11。膜タンパク質は、1つまたは複数の膜貫通ヘリックスを有する複雑な構造を有し、細胞の恒常性において重要な役割を果たします。膜タンパク質の異種過剰発現は、高局所濃度で蓄積する膜タンパク質の凝集や細胞シグナル経路の乱れなど、複数の障害を引き起こします。発現が成功したとしても、サンプル調製の後続のステップも困難に直面します。例えば、プロテオリポソームの調製には、膜タンパク質の可溶化、精製、安定化における高度なスキルと専門的な経験が必要であり、同様に多くの労力と時間が必要です12,13。
一方、生細胞を使用せずにタンパク質を生産するために、ここ数十年でいくつかの高度な技術が出現しました14、15、16、17、18。無細胞タンパク質合成技術は、試験管内で翻訳反応を再構成します。細胞発現系には制限がないため、無細胞系は、細胞内で発現が困難な、または毒性を示す様々なタンパク質を合成できる可能性がある。精製された細胞抽出物または再構成された翻訳機構は、鋳型mRNA、アミノ酸、およびエネルギー源と混合され、組換えタンパク質が短時間で合成されます。膜タンパク質合成に関しては、無細胞反応にリポソーム、バイセル、ナノディスク、コポリマーなどの脂質または両親媒性物質からなるある種の足場が付加される19、20、21、22、23、24。合成された膜タンパク質は足場と相互作用し、水中で安定化することができます。無細胞合成膜タンパク質は、機能研究および抗体産生において広く使用されている25、26、27、28、29、30、31。
このプロトコールでは、小麦無細胞系とリポソームを用いた効率的なプロテオリポソーム生産法を記載する。小麦無細胞タンパク質合成系は、小麦胚芽15,32,33からの抽出物を用いた強力なin vitro翻訳系である。小麦胚芽には大量の翻訳機構が含まれており、翻訳阻害剤はほとんどありません。真核生物の一員であるコムギの翻訳機構は真核生物タンパク質の翻訳に適しており、その翻訳効率は鋳型mRNAのコドン使用にほとんど影響されない。コムギ無細胞系を用いて、プロテインキナーゼ34,35、ユビキチンリガーゼ36、転写因子37、膜タンパク質など様々なタンパク質を高い成功率で合成しています。膜タンパク質の生産のために、脂質小胞リポソームを足場として翻訳混合物に加えます19,38。膜タンパク質の疎水性ドメインは脂質二重層と相互作用し、リポソームと自発的に統合されます。密度勾配遠心分離は、プロテオリポソーム20の単純な精製には翻訳反応混合物の一般的な遠心分離で十分であるにもかかわらず、内因性小麦タンパク質からプロテオリポソームを厳密に分離するために使用されます。コムギ無細胞系を用いて多くの種類の内在性膜タンパク質が合成され、様々な研究開発に応用されている25,38,39,40,41,42,43,44。さらに、大規模生産のための「二重層透析法」を開発しました45,46。この方法では、カップ型透析装置を基板供給バッファーに浸漬し、図1に示すようにカップ内に翻訳反応混合物と基質供給バッファーの2層を形成する。基質の連続供給と副生成物の除去は、反応混合物の上部と下部の両方で長時間効率的に行うことができ、優れた翻訳効率につながります(図2Aおよび図2B)45。
1. pEU発現プラスミドの調製
注:pEU発現プラスミドには、開始コドン、標的膜タンパク質のオープンリーディングフレーム、およびフラグメント内の終止コドンを含める必要があります( 図1を参照)。必要に応じて、検出/精製タグ配列を適切な位置に追加します。制限酵素消化またはシームレスクローニングのいずれかがサブクローニングに適用できます。ここでは、シームレスクローニング法を用いたプロトコルについて説明する。
2.インビトロ転写
注意: 転写および翻訳のステップでは、DNaseおよびヌクレアーゼフリーのプラスチックチューブとチップを使用してください。汚染を防ぐために、プラスチック製品のオートクレーブは避けてください。
3. 翻訳資料の作成
4.リポソームの調製
注:ここでは、リポソームの調製のための2つのプロトコルについて説明します。1つはすぐに使用できる凍結乾燥リポソームを使用し(セクション4.1)、もう1つは薄い脂質膜を水和することによってリポソームを生成します(セクション4.2)。
5. インビトロ翻訳
6. プロテオリポソームの精製
7. SDS-PAGEおよびCBB染色
このプロトコールを用いて、部分的に精製されたプロテオリポソームを短時間で得ることができる。代表的な結果を 図2Aに示す。クラスA、B、Cの25個のGPCRを二層透析法(小規模)で合成し、遠心分離とバッファー洗浄によって部分的に精製することに成功しました。タンパク質の種類によって合成されるタンパク質の量は異なりますが、大型の透析カップを使用すると、通常、反応ごとに50〜400μgの膜タンパク質を合成できます。小麦無細胞系の高いスケーラビリティにより、反応回数を増やすことで数ミリグラムの膜タンパク質を簡単に生成できます。二重層透析法における標的タンパク質の産生効果を判断するには、小型の透析カップを使用した事前試験で十分です。得られた生産性に応じて、大型の透析カップを用いて産生される標的タンパク質の量を推定することができる。
このプロトコルは、膜タンパク質の発現、特に複数の膜貫通ヘリックスを持つタンパク質に適しています。ほとんどの場合、3つ以上の膜貫通ヘリックスを有する膜タンパク質は、合成後にプロテオリポソームに容易に取り込まれ(図2B)、プロテオリポソームの生産性が良好になります。単一膜貫通らせんタンパク質は通常、スムーズに合成されます。しかし、疎水性領域が小さいため、リポソームにはほとんど組み込まれません。2つの膜貫通ヘリックスを持つタンパク質に関して、それらがリポソームに固定されているかどうかは、それらの膜貫通ヘリックスが露出する方法に依存します。
合成されたプロテオリポソームは、単純な遠心分離によって回収され、洗浄バッファーで部分的に精製されるため、膜タンパク質の精製プロセスが大幅に短縮されます。小麦胚芽抽出物からは生体膜と膜タンパク質の両方が事前に除去されていますが、少量の小麦タンパク質がリポソームまたは合成された膜タンパク質に結合して共沈することがあります(図2A)。このようなタンパク質汚染物質は、単純な遠心分離および緩衝液洗浄では除去が困難である。高度に精製された膜タンパク質が必要な場合は、部分的に精製されたプロテオリポソームを界面活性剤で可溶化し、カラムクロマトグラフィーで精製する必要があります。
図1:無細胞プロテオリポソーム生産のスキーム。 SP6、SP6プロモーター配列;E01、E01翻訳エンハンサー配列;Ampr、アンピシリン耐性遺伝子;DTT、ジチオスレイトール。電子顕微鏡写真は、ビオチン化脂質含有リポソームのイムノゴールド標識を示す。バー、0.2μm。この電子顕微鏡写真像は、武田ら、2015年45月の図1Dからのものであった。この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
図2:二重膜透析法によるプロテオリポソーム生産の代表的な結果。 (A)無細胞合成GPCRのSDS-PAGE画像。 25個の選択されたGPCRを二重層透析法で合成した。プロテオリポソームを部分的に精製し、SDS-PAGEおよびCBB染色に適用した。矢印はターゲットGPCRを示す。 (B)異なる翻訳法間の膜タンパク質生産の比較。ドーパミン受容体D1(DRD1)タンパク質は、小麦胚芽抽出物、リポソーム、およびmRNAのそれぞれ同じ比率でそれぞれの方法で合成されました。DRD1プロテオリポソームを遠心分離により部分的に精製し、SDS-PAGEおよびCBB染色を行った。(C)DRD1-ビオチン/リポソーム複合体のイムノゴールド標識。DRD1は、BirAビオチンリガーゼによって酵素的にビオチン化されました。バー、0.2μm。空白の矢印はリポソーム上のDRD1-ビオチンを示す。この図は、武田ら, 201545の図1から修正された。この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
図3:機能性プロテオリポソームの応用。 (a)アジュバント脂質含有プロテオリポソームの免疫。(B)ビオチン化リポソームベースの相互作用アッセイ(BiLIA)。膜蛋白質と抗膜蛋白質抗体との相互作用は、AlphaScreenにより検出した。 この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。
提示されたプロトコルは、高い成功率で膜タンパク質を生産する方法を提供する。このプロトコルはシンプルで再現性が高く、スケールアップも簡単です。また、膜タンパク質を大量に消費する実験の時間とコストを削減できる可能性もあります。二重層透析法は、二分子膜法または透析法と比較して生産性を4〜10倍向上させます(図2B)45。極端な場合、イオンチャネルとトランスポーターの収率は、二層透析法の場合よりも二重層透析法でそれぞれ30倍と20倍増加しました(データ示さず)。このプロトコールの高い生産性は、免疫化のための抗原産生における利点である。プロテオリポソームは、抗膜タンパク質抗体開発のための免疫抗原としてよく使用されます。プロテオリポソームに埋め込まれた高濃度および精製された膜タンパク質は、免疫応答を効果的に刺激し、抗体を誘導する41,47。この二重層透析法を用いると、免疫目的で数ミリグラムの膜タンパク質を担持したプロテオリポソームを数日で容易に調製することができる。実際、私たちのグループは、このプロトコルを使用してGPCR、イオンチャネル、およびクローディンを合成し、マウスに製品で免疫して、それらに対するモノクローナル抗体を取得しました31、41、45。得られたモノクローナル抗体の一部は、高親和性抗体、コンフォメーション感受性抗体、フローサイトメトリー適用抗体、阻害抗体などの機能的抗体として検証されており、このプロトコルが機能的に正しい立体構造を持つ膜タンパク質を産生できることを示しています。
このプロトコルの別の魅力的な利点は、ビオチン化脂質、蛍光脂質、またはアジュバント脂質などの修飾脂質を使用して特定の機能を割り当てられたプロテオリポソームの産生を可能にすることです。特定の機能を有する調製されたプロテオリポソームは有用であり、幅広い実験に適用可能である。例えば、リピドA48 またはモノホスホリルリピドA(MPLA)49などのアジュバント脂質含有プロテオリポソームは、エマルジョンなしでマウスを免疫するために直接投与することができるので、便利な免疫抗原を作る。アジュバント脂質は、宿主動物における免疫応答を効果的に刺激し、標的膜タンパク質に対する抗体を誘導します(図3A)。実際に、我々は、MPLA含有プロテオリポソーム31でマウスを免疫することにより、フローサイトメトリー適用可能な抗体を誘導することに成功した。また、ビオチン化脂質から調製されたプロテオリポソームは、スクリーニングアッセイに理想的なプローブです。我々は、ビオチン化プロテオリポソームとAlphaScreen(BiLIA法)を用いて、抗膜タンパク質抗体を選択するハイスループットスクリーニング法を開発しました(図3B)45。サンドイッチELISAは、ビオチン化プロテオリポソームとストレプトアビジンコーティングプレートを使用して簡単に構築することもできます。
最後に、この方法を使用する際に対処する必要がある2つの重要な注意事項があります。第一に、翻訳バッファー中の高濃度のDTTのためにジスルフィド結合の形成が不十分である可能性があり、これはある種の膜タンパク質の構造に影響を与える可能性がある15。ジスルフィド結合は、精製プロセス中に還元剤が除去された後に形成することができますが、天然のものとは異なるタイプに形成される可能性があります。もう1つは、膜タンパク質がグリコシル化されていないことです。グリコシル化に必要な酵素は、小麦胚芽抽出物が生産される過程でゴルジ体やERなどの生体膜が除去されているため、理論的には無細胞系には存在しません。ジスルフィド結合とグリコシル化の欠如は異なる立体配座を引き起こす可能性があるため、特に翻訳後修飾が実験目的に応じたタンパク質の機能発現にとって重要である場合は、実験デザインを慎重に検討および評価する必要があります。
著者は開示するものは何もありません。
本研究は、AMEDの創薬・ライフサイエンス研究支援プラットフォームプロジェクト(革新的創薬・ライフサイエンス研究支援基盤(BINDS))の支援を受けて、JP20am0101077の支援を受けて行われました。本研究の一部は、JSPS科研費20K05709の支援も受けました。
Name | Company | Catalog Number | Comments |
×3 SDS-PAGE sample buffer | Containing 10% 2-mercaptoethanol | ||
5-20% gradient SDS-PAGE gel | ATTO | E-D520L | |
70% ethanol | Diluted ethanol by ultrapure water. | ||
Agarose | Takara Bio | ||
Ammonium acetate | Nakalai tesque | 02406-95 | As this reagent is deliquescent, dissolve all of it in water once opened and store it at -30°C. |
Ampicillin Sodium | Nakalai tesque | 02739-74 | |
Asolectin Liposome, lyophilized | CellFree Sciences | CFS-PLE-ASL | A vial contains 10 mg of lyophilized liposomes. |
BSA standard | 1000 ng, 500 ng, 250 ng, 125 ng BSA / 10 µL ×1 SDS-PAGE sample buffer | ||
CBB gel stain | |||
cDNA clone of interest | Plasmid harboring cDNA clone or synthetic DNA fragment | ||
Chloroform | Nakalai tesque | 08402-84 | |
Cooled incubator | Temperature ranging from 0 to 40 °C or wider. | ||
Creatine kinase | Roche Diagnostics | 04524977190 | |
Dialysis cup (0.1 mL) | Thermo Fisher Scientific | 69570 | Slide-A-Lyzer MINI Dialysis Device, 10K MWCO, 0.1 mL |
Dialysis cup (2 mL) | Thermo Fisher Scientific | 88404 | Slide-A-Lyzer MINI Dialysis Device, 10K MWCO, 2 mL |
DNA ladder marker | Thermo Fisher Scientific | SM0311 | GeneRuler 1 kb DNA Ladder |
DpnI | Thermo Fisher Scientific | FD1703 | FastDigest DpnI |
E. coli strain JM109 | |||
Electrophoresis chamber | ATTO | ||
Ethanol (99.5%) | Nakalai tesque | 14713-95 | |
Ethidium bromide | |||
Evaporation flask, 100 mL | |||
Gel imager | |||
Gel scanner | We use document scanner and LED immuninator as a substitute. | ||
LB broth | |||
Lipids of interest | Avanti Polar Lipids | ||
Micro centrifuge | TOMY | MX-307 | |
NTP mix | CellFree Sciences | CFS-TSC-NTP | Mixture of ATP, GTP, CTP, UTP, at 25 mM each |
Nuclease-free 25 mL tube | IWAKI | 362-025-MYP | |
Nucrease-free plastic tubes | Watson bio labs | Do not autoclave. Use them separately from other experiments. | |
Nucrease-free tips | Watson bio labs | Do not autoclave. Use them separately from other experiments. | |
PBS buffer | |||
PCR purification kit | MACHEREY-NAGEL | 740609 | NucleoSpin Gel and PCR Clean-up |
pEU-E01-MCS vector | CellFree Sciences | CFS-11 | |
Phenol/chloroform/isoamyl alcohol (25:24:1) | Nippon Gene | 311-90151 | |
Plasmid prep Midi kit | MACHEREY-NAGEL | 740410 | NucleoBond Xtra Midi |
Primer 1 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5’-CCAAGATATCACTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-3’ Gene specific primer, forward. Upper case shows overlap sequence to be added for seamless cloning. Lower case nnnn…. (20-30 bp) shows gene specific sequence. |
Primer 2 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5'-CCATGGGACGTCGACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-3’ Gene specific primer, reverse. Upper case shows overlap sequence to be added for seamless cloning. Lower case nnnn…. (20-30 bp) shows gene specific sequence. |
Primer 3 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5'-GTCGACGTCCCATGGTTTTGTATAGAAT-3' Forward primer for vector linearization. Underline works as overlap in seamless cloning. |
Primer 4 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5'-CTAGTGATATCTTGGTGATGTAGATAGGTG-3' Reverse primer for vector linearization. Underline works as overlap in seamless cloning. |
Primer 5 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5’-CAGTAAGCCAGATGCTACAC-3’ Sequencing primer, forward |
Primer 6 | Thermo Fisher Scientific | Custom oligo synthesis | 5’- CCTGCGCTGGGAAGATAAAC-3’ Sequencing primer, reverse |
Protein size marker | Bio-Rad | 1610394 | Precision Plus Protein Standard |
Rotary evaporator | |||
seamless cloning enzyme mixture | New England BioLabs | E2611L | Gibson Assembly Master Mix Other seamless cloning reagents are also avairable. |
SP6 RNA Polymerase & RNase Inhibitor | CellFree Sciences | CFS-TSC-ENZ | |
Submarine Electrophoresis system | |||
TAE buffer | |||
Transcription Buffer LM | CellFree Sciences | CFS-TSC-5TB-LM | |
Translation buffer | CellFree Sciences | CFS-SUB-SGC | SUB-AMIX SGC (×40) stock solution (S1, S2, S3, S4). Prepare ×1 translation buffer before use by mixing stock S1, S2, S3, S4 stock and ultrapure water. |
Ultrapure water | We recommend to prepare ultrapure water by using ultrapure water production system every time you do experiment. Do not autoclave. We preparaed ultrapure water by using Milli-Q Reference and Elix10 system. Commercially available nuclease-free water (not DEPC-treated water) can be used as a substitute. Take care of contamination after open the bottle. | ||
Ultrasonic homogenizer | Branson | SONIFIER model 450D-Advanced | Ultrasonic cleaner can be used as a substitute. |
UV transilluminator | |||
Vacuum desiccator | |||
Wheat germ extract | CellFree Sciences | CFS-WGE-7240 | WEPRO7240 |
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