Method Article
循環のマイクロ Rna は、心血管疾患および急性心筋梗塞のバイオ マーカーとして約束を示しています。本研究ではマイクロ Rna の抽出、逆のトランスクリプションおよび心血管疾患患者の血清中の miRNAs の絶対的な定量化のためデジタル PCR のためのプロトコルについて述べる。
循環血中マイクロ Rna (Mirna) は、循環に心血管系の細胞から放出される心血管疾患および急性心筋梗塞 (AMI) のバイオ マーカーとしての約束を示しています。循環の miRNAs は非常に安定した、定量化することができます。特定の miRNAs の定量化は、病理学といくつかの miRNAs ショー高組織および疾患特異性にリンクできます。心血管疾患の新規バイオ マーカーを見つけることは医学研究のための重要です。ごく最近、デジタルのポリメラーゼの連鎖反応 (dPCR) が発明されています。dPCR、加水分解蛍光プローブと組み合わせて特定の直接絶対定量ができます。dPCR は、変動の少ない、高直線性の量的なポリメラーゼの連鎖反応 (qPCR) に比べて感度が高いなど、優れた技術的な資質を展示します。したがって、dPCR は、特に大規模な多施設循環器臨床試験で使用するための Mirna を直接定量化のより正確で再現性のある方法です。この文書では血清中絶対コピー数を把握するためにデジタル PCR を効果的に実行する方法をについて説明します。
循環の miRNAs は、疾患、心血管疾患の1を含む数の有望なマーカーとして識別されています。Mirna が小さい、単一座礁させた RNA 分子の非コーディング (約 22 ヌクレオチド長い) が関与している、転写後調節を介してメッセンジャー RNA の翻訳および影響を及ぼす遺伝子表現2の変化され、生理学的および病理学的状態の循環に解放されます。特定の miRNAs の定量的表現は、病理学にリンクすることし、いくつかの miRNAs 示し高組織疾患特異性1。心血管疾患における Mirna PCR 方法論3の助けを借りて定量化する新規バイオ マーカーが血清で非常に安定して、簡単にすることができますので、魅力的な候補となっています。小規模の研究で心筋梗塞のバイオ マーカーとしての miRNAs の潜在的な価値を評価が大規模なコホートで検証、2を欠けています。たとえば、ミール 499 は心筋の筋肉において高い発現があるし、亜美4,5,6で大幅に増加することが示されています。さらに、それを調節するプログラムされた細胞死 (アポトーシス) 心筋細胞の分化と従って次亜美7いくつかのメカニズムに関与しています。別にいくつかの小さな研究優位性と AMI の診断のための Mirna の増分値を報告、高感度心臓 troponins に優位性等はまだ証明されていない大規模な研究2,5 ,6,8。大規模なコホートでより多くの前向き研究は、したがって、miRNAs の潜在的な診断価値を評価するために必要。さらに、マイクロ Rna 定量法の最適化が必要な9のプロトコル標準化された同等を使用しています。標準化されたアッセイは、一貫性のない結果が減り、バイオ マーカーが臨床適用性を確保するため再現性のある方法で定量化する必要がある潜在的なバイオ マーカーのルーチンの臨床応用を目指しての Mirna が役立つことがあります。
最近では、dPCR は、エンドポイント分析として導入されています。それは約 20,000 の個々 の反作用10にサンプルをパーティション分割します。DPCR システムは、数学的なポアソンの統計的分析蛍光信号 (正と負の反応)、標準曲線10なし絶対定量を有効にするを利用します。加水分解蛍光プローブと dPCR を組み合わせて、miRNAs の非常に特定の直接の絶対定量が可能です。MiRNA のレベルを定量化するための優れた技術的な資質 (減少の変動、増加の日常的な再現性、高い直線性、高感度など) を展示するデジタル ポリメラーゼの連鎖反応を示しました、定量的リアルタイム PCR10,11と比較して循環。これらの優れた技術的な資質のバイオ マーカーとして循環の miRNAs の使用上の現在の制限を軽減するために役立つかもしれないし、大規模な多施設循環器臨床試験におけるバイオ マーカーと診断法として、miRNAs の確立につながる可能性があります。一般的です。以前の研究では、最近、AMI 患者の miRNAs の循環の絶対的な定量化のための dPCR を適用し、qPCR12の miRNAs の定量化と比較して優れた診断能力を発揮することができた。
この文書の dPCR を使用してが直接心血管の miRNAs の循環の定量化の正確かつ再現性のある方法であることを実証したいです。デジタル PCR を用いる血清中マイクロ Rna レベルの絶対定量は、大規模なマルチ センター心臓血管臨床試験で使用するため潜在的なを示しています。この文書で述べるデジタル PCR を効果的に実行する方法、および血清の miRNA 絶対コピー数を検出する方法。
1. 血漿/血清中からマイクロ Rna の抽出
注: Mirna を適切に定量化するために血漿/血清中から正しいマイクロ Rna 分離は重要なステップです。心に留めて、さまざまなプロトコルが存在するために特に重要なことは、サンプルの処理中に同じワークフローに準拠するためです。このプロトコルでは、miRNA が 50 μ L の血清から抽出されます。この制限の正しい抽出プロセスとしてよりも 200 μ L を使用しないでください。
2. 逆のトランスクリプション
注: 次の 15 μ L の逆のトランスクリプション (RT) プロトコル (全反応ボリューム) を使用して相補的 DNA (cDNA) が合成されました。
3. 液滴生成とデジタル PCR
注: デジタル 40 μ L の次のプロトコルを使用して PCR を行った。
4. 液滴の読書と分析
5. サンプルの計算を修正します。
6. 合成オリゴヌクレオチド希釈系列
加水分解蛍光プローブと組み合わせてデジタル PCR 直接コピー/μ L に特定の miRNAs の絶対的な量を定量化することも可能。 にします。DPCR のサンプルは約 20,000 の個々 の PCR の反作用でパーティション分割された dPCR は技術不要、10をレプリケートします。DPCR システム (反応と正と負の異なる) 蛍光信号の数学的なポアソン統計分析を利用して10曲線の標準のための必要性なしに絶対的な数量を有効にします。許容滴数、濃度を正しく計算するために必要です (> 15,000)。テンプレート コントロールは、かなり非特異的増幅を除外しないようにするため。分析に含まれるすべてのサンプルは、得られた結果の妥当性を強化するため、同じボリューム、メソッド、および PCR のプロトコルを使用して処理されます。DPCR で得られた濃度がスパイクの合成と分析したすべてのサンプルの間で中央値の正規化の手順を使用して、正規化線虫ミール 3913。スパイクにc. の elegansの量を測定したデータを正規化ミール 39 は RNA 抽出効率のサンプルにサンプル変化を修正し、PCR 反応の制御、さらに結果の妥当性に加えとして提供しています。血清 miRNAs; の正規化の確立されたゴールド スタンダードがないです。しかし、外因性のコントロールでは、スパイクなど線虫ミール-39 は、内因性の Mirna が様々 な病気の状態9により変化すること正規化手順は、エレガントなソリューション。
分析された血清サンプル急性 st 上昇型心筋梗塞 (STEMI) 患者からの PCI 後経の冠動脈インターベンション (PCI)、PCI 後、8 h 前後 16 h に買収されました。STEMI 患者は重症虚血を示す見極め新しい虚血のバイオ マーカーの評価のため。ミール 499 リリースの動態と心血管疾患における虚血のバイオ マーカーとしてミール 499 の潜在的な使用を評価するには、は、3 つの異なる時間ポイント14のすべての患者間で dPCR とミール 499 を行った。
図 1は、ソフトウェアによって計算された最終的なマイクロ Rna 濃度を与える肯定的な液滴の選択を示しています。サンプルでは陽性の割合は、商業 dPCR ソフトウェアによって計算されたコピー/μ L の濃度を決定します。結果は 2 D プロットも可視化することができ、手動でに円マーク陽性。濃度は、非特異的増幅は NTCs の上でない場合にのみと見なされます。
図 2は、重複の直線性とマイクロ Rna の合成オリゴヌクレオチドは-ミール-499-5 p 希釈系列の適合度を示します。0 コピー/μ L 2,500 コピー/μ L から 8 段階希釈系列行った。計算された予想されるコピー/μ L と表 5に示す 100 %rt とデジタル PCR 効率を仮定します。この設定でデジタル PCR は直線性の高度を示します (r2 = 0.99)。検出限界 (LoD = 0.12) と定量化の限界 (LoQ = 0.23)図 2も低 miRNA の発現が正常に認識されることを示すに表示されますも。したがって、dPCR は、miRNAs の循環の低血清濃度を定量化する使用できます。Forootanらのアプローチ (LoD) 検出限界と定量 (LoQ) の制限を計算します。15とは LoD として定義 = LoB + 1.645 x σ の低濃度サンプル、LoB として空白 (LoB) の制限を計算する場所 = 平均空白+ 1.645 x σ の空白。標準的な推定の実行している複製曲線15LoQ です。Mirna の再現可能な数量を確保するため、LoD と、LoQ 上マイクロ Rna 濃度のみが有効な正確な値と見なされます。
図 3は、ST 上昇心筋梗塞 (STEMI) nのミール 499 レベルの代表的な結果を示しています = 各時点で 16。経皮的インターベンション (PCI) の前に採取した (t = 0)、PCI 後 8 h (t = 8)、および PCI 後 16 h (t = 16)、ミール 499 レベルは安定した冠動脈疾患 (CAD、 n 患者のミール 499 レベルと比較されたと= 20)。患者の主な特徴は、表 6で見つけることができます。心筋梗塞に続く最初の 8 時間で血清にミール 499 の最初のリリース後ミール 499 レベルは 16 時間後に再び減少します。増加の傾向は、STEMI の初めに既に見ることが (t = 0)、CAD と患者と比較してミール 499 レベルの大幅な増加は、STEMI 後見られる 8 h をすることができます (t = 8, p < 0.01) にミール 499 レベルを比較するとき安定している CAD 患者のミール 499 レベル。受信機の動作曲線 (中華民国) ショー、STEMI 患者および CAD と区別するために新規バイオ マーカーとしてのミール-499 の可能なユーティリティ [(AUC) 曲線下面積経皮的インターベンション (PCI)、AUC の前に撮影したサンプルの 0.62 を = =PCI、および AUC 後 8 h を撮影したサンプルで 0.75 0.78 CAD とミール-499 患者の血清と比較して PCI 後 16 時間に撮影のサンプルを =]。
図 1: 重複で希釈系列における肯定的な液滴の選択実行されます。(A) しきい値は、負の液滴上記手動で設定されます。(B) 結果は、2 D のしみ、旋回によって選択された陽性で可視化します。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。
図 2: 合成ミール 499 オリゴヌクレオチド希釈系列。(A) で重複して測定を行った。データは μ L。 線形回帰と適合度あたり絶対コピーと変換ログを表示 (r2-値) が表示されます。データは、平均 ± SEM. このパネル (B) に示す検出 (LoD) の数の制限と定量化 (LoQ) のように掲載されています。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。
図 3: ST 上昇型心筋梗塞患者における血清ミール-499-5 p を循環の定量化 (n = 16) 安定した冠動脈と患者に比較して経皮的冠動脈インターベンション (PCI)、PCI 後、8 h と 16 h PCI 後の前に病気 (n = 20).循環 (A) 血清ミール-499-5 p は対応するpの平均の標準誤差の平均値として表されます-一方向の分散分析によって計算された値に続いてボンフェローニポスト アドホックテスト (p < 0.05 として考えられていた統計的に有意な)。(B) A 受信者動作特性曲線 (中華民国) 解析は、パネルAからのデータで実行されます。ROC 解析は、感度とのバイオ マーカーの特異性を示します。さらに、曲線 (AUC) 値の下の対応する領域が表示されます。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。
サンプル量 | ||||
n = 1 | [μ] をよく/ | |||
ヌクレアーゼ フリー水 | 4.16 | |||
逆転写バッファー x 10 | 1.5 | |||
100 nm dNTP | 0.15 | |||
リボヌクレアーゼ阻害剤 | 0.19 | |||
RT プライマー | 3 | |||
商業逆転写酵素酵素50 U/ul | 1 | |||
マスター ミックス合計 | 10 |
表 1: 逆のトランスクリプションの試薬のミックス。
温度 | 時間 |
16 ° C | 30 分 |
42 ° C | 30 分 |
85 ° C | 5 分 |
4 ° C | ∞ |
表 2: 逆のトランスクリプションの熱サイクリング条件。
サンプル量 | ||||
n = 1 | [μ] をよく/ | |||
ヌクレアーゼ フリー水 | 7.67 | |||
商業 dPCR ミックス | 10 | |||
特定の加水分解のプライマー ・ プローブ x 20 | 1 | |||
マスター ミックス合計 | 18.67 |
表 3: デジタル PCR 試薬のミックス。
温度 | 時間 |
95 ° C | 10 分 |
94 ° C | 30 秒 (x40) |
60 ° C | 1 分 |
98 ° C | 10 分 |
4 ° C | ∞ |
表 4: 熱サイクリング条件デジタル PCR のため。
チューブ | 合成オリゴヌクレオチド ミール-499 (μ L) を転送 | 希釈剤 (μ L) | miRNA (コピー/μ L) | RT で予想されるコピー/μ l | DPCR で予想されるコピー/μ l |
翻訳元 | 6.022 × 1012 | ||||
1 | 10 | 990 | 6.022 × 1010 | ||
2 | 10 | 990 | 6.022 × 108 | ||
3 | 10 | 990 | 6.022 × 106 | ||
4 | 18.7 | 981.3 | 1.128 × 105 | 37600 | 2500 |
5 | 40 | 60 | 4.511 × 104 | 15040 | 1000 |
6 | 50 | 50 | 2.256 × 104 | 7520 | 500 |
7 | 40 | 160 | 4.511 x 103 | 1504 | 100 |
8 | 50 | 50 | 2.256 x 103 | 752 | 50 |
9 | 40 | 160 | 4.511 × 102 | 150.4 | 10 |
10 | 50 | 150 | 1.128 × 102 | 37.6 | 2.5 |
11 | 0 | 50 | 0 | 0 | 0 |
ミール 499 表 5: 合成の希釈系列。
特性 | すべての | CAD 患者を安定した (n = 20) | STEMI 患者 (n = 24) | p 値 |
年齢 | 64.7 ± 11.9 | 66.7 ± 13.1 | 62.2 ± 9.9 | 0.2810 |
男性 | 77.8% | 65% | 93.8% | 0.0392 |
DM | 33.3% | 40% | 25% | 0.3428 |
HTN | 61.1% | 60% | 62.5% | 0.8785 |
高脂血症 | 38.9% | 65% | 6.3% | 0.0003 |
喫煙者 | 47.2% | 55% | 37.5% | 0.3796 |
家族の歴史 | 25% | 35% | 12.5% | 0.1213 |
太りすぎ | 58.3% | 55% | 62.5% | 0.6501 |
血清クレアチニン値 (mg/dL) | 0.94 (0.83 - 1) | 0.98 (0.82 - 1.01) | 0.93 (0.83 - 1) | 0.7255 |
CK ピーク (U/私) | 161 (102-611) | 126 (81-161) | 492 (228-3208) | 0.0004 |
cTnT のピーク (ng/L) | 322.5 (23.8-4533) | 18 (7-25.3) | 2492 (240-5586) | 0.0002 |
LVEF % | 45% (40%-50%) | 45% (32.5% 55%) | 45% (45%-50%) | 0.9596 |
示した値は平均 ± SD;平均値 (25 ~ 75 パーセン タイルの範囲) または % | ||||
DM: 糖尿病 | ||||
高血圧: 高血圧症 | ||||
CK: クレアチンのキナーゼ | ||||
cTnT: 心筋トロポニン T | ||||
LVEF: 左室駆出率 |
表 6: 主要患者特性。
デジタル PCR は比較的新規エンドポイントにより、核酸サンプル内の直接の絶対定量 PCR 法であります。メソッドでは、減少の変動、高められた日常の再現性、優れた感度11,12など、特定の利点を所有しています。さらに、サンプルは約 20,000 の単一反応やエンドポイント分析に分配による dPCR は堅牢に定量的 RT-PCR 法16と比較して PCR の妨害物質。DPCR これらの資質は、定量化のための診断ツールとして定量的 RT-PCR 法に魅力的な代替手段です。Mirna を循環として多い低血清濃度で存在、これまで科学者たちが挑戦されている PCR9Mirna を適切に定量化します。その一方で、dPCR は適切に低カウント miRNA 定量化17点の問題を軽減する血清中式でも低の miRNA を定量化できます。DPCR の能力を非常に低い miRNA 式でも数/μ L を直接与えるためにこうしてそれに魅力的な診断ツール マイクロ Rna バイオ マーカー研究の心血管研究コミュニティのため。カウント/μ L は、濃度は、抽出、RT の反作用、および dPCR で使用される希釈係数が乗算できます、1 μ L の血清でコピーの正確な数を達成することが可能です。ここで紹介するワークフローは、大きな心血管研究ツールを提供するため、プレート上に最大 96 サンプルで実行できます。DPCR 展示定量的 RT-PCR 法にいくつかの利点がそれはまだ日常的に適用されません miRNAs 心血管試験の定量化のため。さらに、標準化されたデータ正規化手順が欠けています。
このアプローチでは、dPCR、加水分解蛍光プローブと組み合わせて有効に心血管疾患にリンクされている Mirna の循環の特定の直接の絶対定量を示します。このレポートでは、miRNA 検出を介してdPCR のための最適化されたプロトコルを示す定量的 RT-PCR 法上 dPCR の利点を確認に目指しました。
直線性の良い dPCR 展示と低検出限界と定量 Mirna を定量化するための dPCR を確認しました。合成オリゴヌクレオチドとサンプルを打ちつけることによってサンプルの正規化は、抽出効率とサンプルにサンプル変化の調整可能です。
結論としては、デジタル PCR は技術的な習熟度の診断の可能性、優位性を発揮、miRNA の定量化のための最高の現在のメソッドし、さらに大規模な多施設心血管マイクロ Rna バイオ マーカー研究に使用するかもしれない。
著者が明らかに何もありません。
著者の謝辞があります。
Name | Company | Catalog Number | Comments |
RNA-Extraction | |||
miRNeasy Serum/Plasma Kit (50) | Qiagen-Sample & Assay Technologies, Hilden, Deutschland | 217184 | Kit for microRNA extraction. Kit contains commercial buffer RWT (called number one in the manuscript) and RPE (called number two in manuscript). |
miRNeasy Serum/Plasma Spike-in-Control; Syn-cel-miR-39 miRNA; 10pmol | Qiagen-Sample & Assay Technologies, Hilden, Deutschland | 219610 | Spike-in for normalisation , Sequence: 5'-UCACCGGGUGUAAAUCAGCUUG-3' |
Reverse Transcription | |||
TaqMan MicroRNA Reverse Transcription Kit (1000 Reactions) | Applied Biosystems, Inc., Foster City, CA, USA | 4366597 | Kit for microRNA reverse transcription |
TaqMan MicroRNA Assays M | Applied Biosystems, Inc., Foster City, CA, USA | 4440887 | Assays used in reverse transcription |
hsa-miR-499 (750 RT/750 PCR rxns) | Applied Biosystems, Inc., Foster City, CA, USA | 4440887 | Assay Number 001352 |
cel-miR-39 (750 RT/750 PCR rxns) | Applied Biosystems, Inc., Foster City, CA, USA | 4440887 | Assay Number 000200 |
PCR Plate, 96-well, segmented, semi-skirted | Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA | AB0900 | 96 well plate for reverse transcription |
Microseal ‘B’ seal Seals | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | MSB1001 | Foil to ensure proper storage |
C1000 Touch Thermal Cycler | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | 1851196 | Cycler used for reverse transcription |
Droplet Digital PCR | |||
100 nmole RNA oligo hsa-miR-499-5p | Integrated DNA Technologies | Custom | Sequence: 5'-phos-UUAAGACUUGCAGUGAUGUUU-3' |
ddPCR Supermix for Probes (No dUTP) | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | 1863024 | Supermix used in droplet generation |
TaqMan MicroRNA Assays | Applied Biosystems, Inc., Foster City, CA, USA | 4440887 | Assays used in digital PCR (fluorescent hydrolysis probe) |
hsa-miR-499 (750 RT/750 PCR rxns) | Applied Biosystems, Inc., Foster City, CA, USA | 4440887 | Assay Number 001352, commercial primers |
cel-miR-39 (750 RT/750 PCR rxns) | Applied Biosystems, Inc., Foster City, CA, USA | 4440887 | Assay Number 000200, commercial primers |
DG8 Cartridges and Gaskets | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | 1864007 | Cartridge takes up to 8 samples for droplet generation |
DG8 Cartridge Holder | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | 1863051 | Holds cartridges in droplet generation |
Droplet Generation Oil for Probes | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | 1863005 | Oil used in droplet generation |
ddPCR 96-Well Plates | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | 12001925 | 96 well plate for ddPCR |
PCR Plate Heat Seal, foil, pierceable | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | 1814040 | Pierceable foil, compatible with droplet reader |
ddPCR Droplet Reader Oil | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | 1863004 | Oil used in droplet reading |
QX100 or QX200 Droplet Generator | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | 1863002 | Droplet Generator, generates the droplets from sample/oil emulsion |
PX1 PCR Plate Sealer | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | 1814000 | Seals the plate before PCR |
C1000 Touch Thermal Cycler | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | 1851196 | Cycler used for ddPCR |
QX100 or QX200 Droplet Reader | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | 1863003 | Reads PCR-positive and PCR-negative droplets with an optical detector |
ddPCR Buffer Control for Probes | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | 1863052 | Blank control and to fill up the remaining wells of 8-well cassette |
Software | |||
QuantaSof Software | Bio-Rad Laboratories, Inc., Hercules, CA, USA | 1864011 | Program for droplet reading |
Prism Windows 5 | GraphPad Software Inc., La Jolla, CA, USA | Program for statistical analysis |
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