Method Article
אנו מציגים פרוטוקול עבור היישום של interferometric PhotoActivated לוקליזציה מיקרוסקופי (iPALM), שיטה מיקרוסקופית 3 ממדי מולקולה בודדת לוקליזציה סופר רזולוציה, אל ההדמיה של שלד התא יקטין בתאי יונקים חסידים. גישה זו מאפשרת הדמיה מבוססת אור של תכונות מבניות ננו שאחרת נותרו לא פתורים על ידי מיקרוסקופיה אופטית-מוגבל עקיפה קונבנציונלית.
מיקרוסקופ פלואורסצנטי מאפשר הדמיה ישירה של ביומולקולות ספציפיות בתוך תאים. עם זאת, עבור מיקרוסקופ פלואורסצנטי קונבנציונאלי, ברזולוציה מרחבית מוגבלת על ידי עקיפה ל ~ 200 ננומטר בתוך המטוס תמונה> 500 ננומטר לאורך הציר האופטי. כתוצאה מכך, מיקרוסקופ פלואורסצנטי ארוך הוגבל קשות בהתבוננות תכונות ultrastructural בתוך תאים. ההתפתחות האחרונה של שיטות מיקרוסקופיה ברזולוציה סופר יש להתגבר על מגבלה זו. בפרט, כניסתו של fluorophores photoswitchable מאפשרת מיקרוסקופיה ברזולוציה סופרת מבוסס לוקליזציה, המספקת כושר הפרדה מתקרב המולקולרי באורך. כאן אנו מתארים את היישום של שיטה מיקרוסקופית תלת ממדי סופר רזולוציה המבוססת על מיקרוסקופיה לוקליזציה מולקולה בודדת ו interferometry רב שלבית, שנקראה interferometric PhotoActivated לוקליזציה מיקרוסקופי (iPALM). שיטה זו מספקת רזולוציה איזוטרופיים כמעט עלבסדר גודל של 20 ננומטר בכל שלושת הממדים. פרוטוקולים לדמיין את cytoskeleton יקטין פילמנטיות, כולל הכנת דגימת פעולת מכשיר iPALM, מתוארים כאן. פרוטוקולים אלה הם גם להתאמה ומאלף בקלות לחקר תכונות ultrastructural אחרות בתאים.
הדמיה של מבנים הסלולר מורכב כבר זמן רב חלק בלתי נפרד תובנות ביולוגיות וגילוי. למרות מיקרוסקופ פלואורסצנטי יכולים תאי תמונה עם ייחוד מולקולרי גבוה, כושר ההפרדה שלה הוא מוגבל על ידי דיפרקציה ל ~ 200 ננומטר במישור התמונה (x, y, או ממד לרוחב) ו> 500 ננומטר לאורך הציר האופטי (z, או ממד צירי) 1,2. לפיכך, התצפית של תכונות ultrastructural הסטוריות הוגבלה במיקרוסקופ אלקטרונים (EM). למרבה המזל, ההתפתחות האחרונה של מיקרוסקופיה ברזולוציה סופר עקפה ממגבלה זו, מה שמאפשרת רזולוציה מרחבית של 10 - המגוון 100 ננומטר 1-6. בפרט, ברזולוציה סופר גישות המבוססת על לוקליזציה מולקולה בודדת, מוכרת בראשי תיבות כגון PALM (מיקרוסקופי לוקליזציה PhotoActivated) 4, FPALM (מיקרוסקופי לוקליזציה PhotoActivated קרינה) 5 (ד) STORM (מיקרוסקופי שחזור אופטי סטוכסטיים ישיר) 6,7, צבע ( Poהצטברות int עבור טופוגרפית ננו הדמיה) 8, GSDIM (קרקע מדינת דלדול מיקרוסקופי ואחריו לחזור מולקולרי בודד) 9, או SMACM (מולקולה בודדת Active-Control מיקרוסקופית) 10, וכן 3-ממדי (3D) ליישומם, כגון PALM interferometric (iPALM) 11 או 3D-STORM 12, כבר ערך בחשיפת תובנה רומן לתוך הארגון בקנה המידה ננומטרי של מבנים ביולוגיים רבים, בם אקסונים עצביים וסינפסות 13, מוקדי הידבקויות 14,15, צמתי תאי תאים 16, גרעיני נקבובי 17 , ו centrosomes 18-20, עד כמה שם.
תכונה נוספת ultrastructural בתאים עבורו מיקרוסקופ ברזולוציה סופר הוא שעשוי להיות שימושי הוא cytoskeleton אקטין. Meshwork המורכב של filamentous (ו) -actin בקליפת התא ממלא תפקיד חיוני בבקרה של צורה הסלולר תכונות מכאניות 21. ארגון of F- יקטין הוא פעיל באופן דינמי מוסדר אף חלבוני רגולטורים רבים משפיעים במידה רבה על פילמור, crosslinking, מחזור, יציבות, טופולוגיית רשת 22. עם זאת, למרות האפיון של אדריכלות meshwork F- יקטין חשוב תובנות מכניסטית לתוך מגוון רחב של תהליכים תאיים, בגודל הקטן (~ 8 ננומטר) של חוטי F- יקטין סלים לקיומם על ידי מיקרוסקופ אור-מוגבל עקיפה הקונבנציונלית; וכך, ההדמיה של מבנה עדין יקטין עד כה בוצעה באופן בלעדי על ידי EM. כאן אנו מתארים פרוטוקולים המאפשרים הדמית שלד תא F- יקטין בתאי יונקים חסידים, באמצעות טכניקת מיקרוסקופיה סופר רזולוצית iPALM לנצל יכולת הדיוק שלה גבוהה מאוד ב -3 D 11,23. למרות המכשיר iPALM מתמחה מאוד, הדרכה על הגדרת מכשיר כזה תוארה באחרונה 23, תוך גישה למיקרוסקופ iPALM בהנחיית הובמחלקה יוז רפואי מכון גם נעשה זמין לקהילה מחקר עם עלות מינימלית. בנוסף, שיטות הכנת הדגימה כפי שתתוארנה בהמשך חלות ישירות גישות ברזולוצית סופר 3D אלטרנטיביות, כמו אלו המבוססים על defocusing אסטיגמאטיק של פונקצית התפשטות נקודה (כוחות הביטחון הפלסטיני) 12 או דו-מטוס זיהוי 24, שהן לזמינות באופן נרחב יותר.
נציין כי מרכיב הכרחי עבור מיקרוסקופיה ברזולוציה הסופרת מבוססת לוקליזציה מולקולה בודדת בכלל הוא fluorophore photoswitchable 25, אשר מאפשר שלוש הדרישות הקריטיות עבור מיקרוסקופיה ברזולוציה סופרת מבוססת לוקליזציה מולקולה בודדת להתגשם: אני) מולקולה בודדת גבוהה בהירות יחסית בניגוד לאותות רקע; ii) ותפוצה דלילה של מולקולות בודדות בתוך מסגרת תמונה נתונה; ו- III) צפיפות מרחבית גבוהה של תיוג מספיק כדי ללכוד את הפרופיל של המבנה הבסיסי (הידוע גם בשם נייקוויסט-Shaקריטריון הדגימה nnon) 26. כך, תוצאות משביעות רצון, יש לשים דגש לא פחות משני ההכנה הנכונה של דגימות כדי לייעל photoswitching fluorophore וכדי לשמר את ultrastructure הבסיסית, כמו גם על היבטי מכשור ורכישת הניסויים.
1. הכנת הדגימה הדמיה
2. מיקום לדוגמא מערך iPALM
כיול 3. הגדרת iPALM
הערה: מאז פליטת קרינה היא מבולבלת, להפרעה להיות שנצפתה iPALM, נתיב אורכי דרך החלק העליון ויעדים תחתונים חייבים להיות קרובים זה לזה, תוך כמה מיקרון. זו יכולה להיות מושגת כדלקמן:
4. קליטת נתונים
5. עיבוד נתוניםוניתוח
דרישות קריטיות עבור iPALM הם יישור, רישום, וכיול של מערכות אופטיות. אלה נחוצים כדי להבטיח הפרעות מתאימיבתוך הנדרשים קרן splitter 3 כיוונים עבור z לתאם חילוץ. כדי לאפשר ניטור רציף, ממקורות נקודות קבועים של קרינה נחוצים. זו יכולה להיות מושגת באמצעות פלורסנט Au או חלקיקים מתכתיים דו 23 אשר photoluminescence לנבוע תהודה plasmon משטח מקומי (LSPR). הם מתנהגים כמו דיפול אחת יציבה על תאורה ובדרך כלל יכול להיות מקומי עם 5 - 10 ננומטר דיוק. חלקיקים זמינים מסחרי אלו פולטים רמה של בהירות בטווח של fluorophores המולקולה הבודדה ביותר, כך הוא fluorophores ואת fiducials ניתן הדמיה עם עוצמות עירור דומה והגדרות רווח על מצלמות EMCCD, ללא רוויה (איור 1B). יתר על כן, fiducials אלה גם fac מאודilitate התמקדות, לפיה רוחב לכאורה של fiducials ניתן לנטר בזמן התאמת המוקד. כמו כן, ניקוי מחמיר של משטח coverglass, כגון על ידי תחריט פיראנה או ניקוי פלזמה, נדרש אף היא, שכן קרינת רקע המזויפת של uncleaned או לנקות היטב coverglasses יכולה בנקל להטביע אותות מולקולה בודדת, כפי שתואר קודם לכן.
iPALM מסתמכת על אינטרפרומטריה רבה שלבית כדי לאפשר דיוק גבוה z לתאם מדידה בו זמנית עם PALM (עבור x, y). במכשיר iPALM, כל פוטון קרינה נפלטת יכול להיחשב להפיץ דרך שני הנתיבים אופטיים, אשר לאחר מכן עצמית להתערב קרן splitter מנהג מפוברק 3 כיוונים. Z-לתאם ובכך מקודד בשלב של הפוטון הפריע. ההבדלים שלב הדדית של ~ 120 ° של קורות פלט מן התוצאה קרן splitter 3 כיווני בוריאציה עוצמת תמונות מולקולה בודדת בין camer 3z בדומה, המאפשר - לתאם החילוץ מעקום הכיול. על בסיס זה, את מכלול בעל מדגם iPALM הוא מרכיב חיוני, שכן הוא מצויד בזוג ומפעילי פיזואלקטריים המאפשרים תרגום ננומטר הדיוק ב z שיכול לשמש יישור וכיול.
במוקד והיישור הנכון, התרגום של המדגם לאורך ציר ה- z יפיק אפקט הפרעה. הדבר בא לידי ביטוי כמו תנודה של עוצמת fiducial בין שלושת הערוצים המצלמה (תרשים 1C-D). תנודות אלה גם עולות כי הן בשורה העליונה והן מסלולי קרנות אופטיים תחתונים כמעט מותאמים, המאפשרות התערבות פוטון יחיד. בדרך כלל, על הפעלת המכשיר, בשלבים הראשונים של כל מצלמה לא יהיו אופטימליים והסריקה של עמדת z נדרשת ככלי אבחונים לכיול ויישור. כדי להגיע לשלבים האופטימליים, במראה התחתון של קרן splitter(איור 1 א) יכול להיות מותאם באמצעות הבמה קצה להטות פיזואלקטריים. סריקת הכיול-עמדת z נלקחה לאחר כל קטנה 10 - התאמה ננומטר 20. עוצמת fiducial בכל ערוץ נקבעה אז על ידי ניתוח לוקליזציה (כלומר, מתאימה עם פונקצית 2D-גאוס). העוצמת מנורמל לפי עצמה כוללת יכולה להיות מקורבת על ידי צורת גל סינוסי, המאפשרת טווח השלב יחושב; וכך, בשלב המתאים לכל מצלמה ניתן לקבוע, כפי שניתן לראות באיור 1C. נציין כי עקרון התערבות פוטון יחיד המשמש iPALM יכול גם לבוא לידי ביטוי באמצעות מפצל קרן הרבה יותר פשוט 2-way. עם זאת, קרן splitter 2-way אינו מעשי עבור מיקרוסקופיה ברזולוצית סופר 3D מאז בבית או קרוב לגבול של הרס העצמי שלו, את האות בערוץ אחד היא מינימאלית, וכתוצאה מכך הערכות רועשות של קואורדינטות עוצמות ולוקליזציה, אשר למעשה להגביל את Z- לתאם נחישות הצלצלדואר שבו שני יש המצלמות העוצמות משמעותיים (<100 ננומטר). המספר המינימלי של ערוצי צורך להתגבר האפקט הזה הוא שלושה, ו 3- ו -4 כיווני מערכות הקרנה תוארו בספרות 11,30.
בתנאים אופטימליים, עבור קרן splitter 3 כיוונים, הפרשי המופע בין 3 המצלמות צריכים להיות בערך 120 מעלות. ספליטר הקורה 3 הכיוונים עבור iPALM מכיל 3 ממשקים רעיוניים, כמו נתח באיור 1 א. ספליטר הקורה ממוקם מעל מראה דיאלקטרי שטוח, עם פער דק מלא שמן מדד-התאמת שבירה, כדי לאפשר הסתגלות קנס של ואורכי נתיב בתוך מפצל הקרן וכדי להשיג הפרשי מופע אופטימליים. כפי שניתן לראות בתרשים 1 ג-ד, על היישור הנכון עבור iPALM, המצלמות קרובות הבדל שלב הדדית 120 °. בפועל, הבדל שלב גדול מ 105 ° מקובל בדרך כלל. כיול הוא ind כזהicates שהמערכת מיושרת היטב וכי הוא ישמש להפקת עוקבות z לתאם. כמו כן הוא מועיל להעריך את עקומת הכיול שנוצרה באמצעות fiducials השונה. רוב fiducials עם בהירות מתונה פולט בדרך כלל בתור דיפול יחיד, מניב עקומות כיול מחונך. עם זאת, אגרגטים מדי פעם fiducials (לעתים קרובות אלה עם בהירות קיצונית) עשוי להתנהג באופן חריג, מניב עקומות כיול אמין. כמו כן, מומלץ לבחור fiducials סמוך למרכז שדה ההדמיה בסמוך לאזור של עניין ביולוגי (איור 1 ב '), במיוחד מאז עדשת מטרות NA הגבוהה בשימוש התקנת iPALM אינה שטוח שדה תיקן. השדה של הנוף היעיל מוגבל באזור המרכז, לכאורה מן הרוחבי fiducial יותר לכיוון הקצה של השדה.
לאחר היישור הראשוני, בשדות של הנוף המכיל תאים עם מו הרצויrphology ו fiducials המרובה כדי להבטיח כיול טוב נבחר הדמיה. זו יכולה להיות מושגת על ידי לאט תרגום בעל המדגם באמצעות כונני סרוו 2-ציר. תרגום של המדגם עלול לגרום לכך שחלק defocusing, מאז המדגם הוא לא תמיד שטוח לחלוטין. לכן, המיקוד חייב להיות מותאם הרף ובמהלך התרגום. ברגע בתחום ההדמיה נבחר, סיבוב נוסף של כיול כדי לייעל את עקומת הכיול אז מתבצעת כדי לכוונן את יישור המערכת וכדי לקבל את עקומת הכיול בפועל. חשוב לציין, באזורים תחת הגרעין או האזורים קרובים עם מקדם שבירה הטרוגנית (למשל, בועות אוויר) יש להימנע בכלל, שכן אלה יגרמו שינוי משמעותי של נתיב יחסי אורכים, מעוות את z לתאם.
עם תיוג צפיפות גבוהה, אותות הקרינה מן fluorophores אורגני כגון Alexa פלואוריד 647 יכול להיות בהיר מאוד. כפי שניתן לראות אניn האיור 2A, עם הכנת החיץ ההולמת המכילה ריכוז גבוה של קבוצות תיאול (-SH) 31, fluorophore צריך להיות כבוי במהירות תחת תאורת עירור גבוהה. זו תוצאה של דיכוי אותות הקרינה מהרוב של המולקולות. בכל מקרה נתון, מיעוט קטן מאוד של fluorophores stochastically לחזור למצב "מופעל". אלה צפויים להיות בדלילות ולכן ניתן דמיינו כמו מולקולות בודדות עבור אחד או כמה מסגרות לפני המעבר "הנחה". דינמיקת photoswitching הם תלויות מאוד על עוצמת העירור ואת הריכוז של -SH, וכך, עבור מערכת נתונה, יש להקפיד על מנת לייעל את צפיפות התיוג הראויה, במיוחד מאז בעצמת עירור גבוהה יחסית (640 - 647 ננומטר) היא צריך לכבות ברוב של מולקולות 647 אלקסה פלואוריד. אם העירור אינו חזק מספיק, על אחוז ניכר של אלכס פלואוריד 647 רצוןלהישאר במצב "על", וכתוצאה מכך רקע גבוה, קשיי התבוננות קרינת מולקולה בודדת, ובסופו של דבר, תוצאות לוקליזציה מולקולה בודדת באיכות ירודה. תחת תנאי מאוזן כראוי, נתונים גולמיים מולקולה בודדת צריכים להכיל מספר גדול מספיק של מולקולות (מאה) לכל מסגרת (איור 2 ב), בעוד כל מולקולה דלילה מספיק כדי לאפשר ניתוח זיהוי ולוקליזציה שאינו משתמע לשני פן. כמו כן ראוי לציין כי עבור iPALM, עקרונות photoswitching זהים לאלה של PALM או STORM, ובכך, דגימות מוכנות כראוי iPALM ניתן להשתמש ישירות על מערכות 3D-PALM הפשוטות או 3D-STORM. כדי לרכוש צפיפות גבוהה מספיק של מולקולות כדי לספק דגימת נייקוויסט, בדרך כלל 50,000 או יותר מסגרות של נתונים גולמיים נדרשות (כלומר, 150,000 מסגרות כוללות של 3 מצלמות). כרכישה מתקדמת, שבר גדל והולך של fluorophores יכול להיות מדולדל ידי photobleaching ההרסני, וכתוצאה מכך להתנצחצפיפות יחידה מולקולת ser. כדי לפצות על זה, קטניות קצרות של 405 אור הכחול ננומטר (405 ננומטר), אפשר להאיר על המדגם במרווחים לקדם הפעלת fluorophore.
בשל זמן רב נדרש רכישה, תוצאות אופטימליות עבור iPALM (או במיקרוסקופ לוקליזציה מולקולה בודדת בכלל) דורשים להיסחף מדגם נמוך ו / או תיקון להיסחף טוב. לדוגמה, באמצעות זמן החשיפה של 50 מילי-שניות במצב העברת מסגרת (מסגרת הדולר 20 הרץ), הפעם הרכישה הכולל 50,000 מסגרות הוא 42 דקות. במהלך תקופה זו, להיסחף מכני על פני עשרות ננומטר צפוי. ואכן, בנוסף דיוק לוקליזציה גבוהה וצפיפות תיוג גבוהה, ההחלטה תלויה גם באיכות תיקון להיסחף. ישנם מקורות רבים כדי מרחף אלה עם תנודות תרמיות להיות אחד גורמים עיקריים. בשל שיקול זה, במידת האפשר, חלקים iPALM הם מותאמים אישית-במכונה באמצעות Invar, סגסוגת התפשטות תרמית נמוכה, או נירוסטה,שניהם בעלי הרבה מאפיינים התפשטות תרמית נמוכה מזו פליז או אלומיניום. למרבה הצער, זה גם מטיל ביחס עלות נוספת אלומיניום, שהינה מתכת יותר נפוצה עבור רכיבים ומכאניים, להיות הרבה יותר זול וקל למכונה. מקורות אחרים של סחיפה יכולים להיות רעידות מכאניות מציוד היקפי, סביבות סביבה, או זרמי אוויר. אלה צריכים להיות ממוזערים על ידי הצבת המערכת במארז מתאים ועל ידי הפניית כיוון זרימת האוויר באזור מיקרוסקופ. ההתקנה צריכה להיות בנויה על משטח אופטי מחקר כיתה, ואם אפשר, רכיבים המכיל אוהד צריכים להיות ממוקמים מחוץ לשולחן האופטי. אף על פי כן, למרות כל אמצעי הזהירות, מידה מסוימת של סחיפה יישאר. האנושות, המרחף אלה חייב להיות ממוזער כך הדימוי נשאר בפוקוס לאורך זמן הרכישה. במערכות שלנו, שיטות הפסיביות אלה יספיקו כדי למזער להיסחף לרמות מקובלות. עם זאת, זה צריך להיות אפשרי ליישם com להיסחף פעילשיטות פיצוי לאפשר לטווח ארוך הדמית דיוק גבוה 32.
בעקבות העיבוד של הנתונים הגולמיים, קואורדינטות לוקליזציה 3D ניתן להשיג עם בדרך כלל 5 - 10 מ'פסגות מולקולה בודדת בכל מערך נתונים. כפי שניתן לראות בתרשים 3, להיסחף כפונקציה של זמן ניתן דמיין מן קואורדינטות הלוקליזציה של fiducials. ניתן להשתמש fiducials המרובה כדי לחשב את מסלולו תיקון להיסחף הממוצע (איור 3 א-ב). כמו כן, נהוג לסנן פסגות שמתאימות גרוע לפונקצית 2D-גאוס במהלך ניתוח לוקליזציה. זה יכול להיות בגלל רעשים מזויפים או פסגות מולקולה בודדת חופפים חלקית וניתן נבדלי השגיאה המרובעת שיורית הגדול מחושב במהלך התהליך ההולם. פיקס עם בהירות נמוכה (כפי שצוין על ידי ספירת פוטון), ולכן אי-ודאות גבוהה יותר (כלומר, גדול יותר ~ 25 ננומטר) מסוננים החוצה כמו כן,זה אלה נובעים ככל הנראה מן קרינת רקע שאינו ספציפית. באופן דומה, פסגות עבורו את העוצמות מן 3 ערוצי המצלמה להתאים גרועות העקום הכיול גם נדחות, כמו z-קואורדינטות המתקבלים הן אמינות. יצוין כי תוכן המידע המלא של iPALM (במיקרוסקופ הלוקליזציה בכלל) הוא עצום, שכן תוצאות הניתוח לא רק את קואורדינטות fluorophore, אלא גם בכמה פרמטרים נוספים כגון עוצמת, רוחב, בהירות, וכו 'עם זאת, בפועל, מאז מעטים יחסית בכלים חישוביים זמינים כרגע לניתוח במרחב לתאם, קואורדינטות לוקליזציה בדרך כלל ניתנות או משוחזרות לדימויים פיקסל מבוססת לניתוח נוסף.
הגישה הנפוצה לשיקום תמונת iPALM היא לייצג כל לוקליזציה לתאם עם פונקצית גאוס 2D מנורמלת, עם חוסר ודאות הלוקליזציה המוגדר בתור גאיתירוחב ssian 33. לפיכך, קואורדינטות הדיוק הגבוה (בדרך כלל פסגות מולקולה בודדת עם בהירות גבוהה רקע נמוך) מופיעות פסגות חדות וצרות, כאשר הקואורדינטות נמוך הדיוק (בדרך כלל בהירות נמוכה או פסגות מולקולה בודדת רקע גבוה) מופיעות דימר ורחב פסגות. באופן זה, כל מולקולה תורמת אותה הכמות של אינטנסיביות על התמונה. עבור ערכת נתוני 3D, ה- z לתאם יכולה להיות מיוצגת באמצעות צבע, בדרך כלל מבוסס על סולם גוון (איור 4C-D). לחלופין, ניתן להציג תמונות כתצוגת צד (x, z או y, z) הקרנה או כמו כרכים. מספר תוכנות זמינות לציבור יכול לשמש כדי לחזות נתונים כאלה 34.
כפי שמוצג איורים 4-6, תמונות iPALM להניב שיפור משמעותי לעומת מיקרוסקופ פלואורסצנטי מוגבל עקיפה. הארכיטקטורה F- אקטין בתאים HUVEC ניתן דמיינו עם הרבה reso מרחבית משופרתlution. באזורים של הקורטקס, רשתות של סיבים מובהקים ניתן לראות, ואילו סיבי מתח, חבילות, ו lamellipodia, רשתות F- יקטין הצפופות הם נצפו יש מרקם filamentous, למרות חוטים בודדים אינם שונים. זהו ככל הנראה בשל המגבלות הן בהירות fluorophores ואת דיוק הלוקליזציה. הנוכחות של סיבי ברור קליפת המוח מצביעה על כך ultrastructure של רשת ה- F- יקטין הוא מספיק השתמר היטב; וכך, iPALM יכול להיות כלי שימושי לאפיון אדריכלות קליפת המוח. באיור 5, אזור תת-של תא HUVEC מוצג עם הפרופילים של נימה יקטין לכמת. ניתן לראות כי z-היסטוגרמה של נימה היא כ 15 ננומטר רוחב, קטנה יחסית ~ 45 ננומטר עבור הרוחבי (x, y) נוף, מראה כי iPALM מניב שיפור רזולוציה משמעותי ביחס z ברזולוציה x, y-המטוס, כצפוי. עם זאת, מאז actuקוטר אל של אקטין f הוא ~ 8 ננומטר, לא ברור אם הנימה לנצפית היא נימה אחת או חבילה של כמה חוטים. הדמיה גומלת באמצעות iPALM וא"מ יכול להיות אסטרטגיה שימושית עבור אפיון נוסף של אדריכלות F- יקטין, אם כי גישה זו לא יושמה ללמוד F- יקטין עדיין 23.
איור 1: תרשים סכמטי של iPALM 3-D סופר רזולוציה מיקרוסקופית. שרטוטים) של אופטיקה iPALM. עדשות המטרה הכפולות (ניקון, NA 1.49 60X) לאפשר לכל פוטון קרינה הנפלטת להפיץ דרך הוא בשורה העליונה והן מסלולי קרנות אופטיים תחתונים, והם מופנים להתערב ספליטר הקורה על ידי זוג המראות מונחות על 22.5 מעלות. השלב של פוטון-התערב עצמי עומד ביחס ישר δZ, ובכך קידוד ה- z לתאם של fluorophore, וניתן למדוד אותנוing קרן splitter 3 כיוונים עם הפרשי מופע הדדי של ~ 120 ° בין קורה הפלט השלוש. הם מתמקדים על ידי עדשות צינור (L1-L3, f = 400 ננומטר) ו מסוננים לפי מסנן פליטה (F1 - F3). מולקולה בודדת כל לכן הוא מופיע עם עוצמות שונות בין מצלמות (EMCCD1-3) אבל ב- x דומה, y-קואורדינטות. (א) הוא לשכפל ו שונה מן Ref. 11. (ב) תמונה מוגבלת השתברות של תאים HUVEC שכותרתו אקטין f עם אלקסה פלואוריד 647. נקודות האור לציין fiducials nanoparticle Au. זוויות שלב למצלמות # 1 - 3 מיוצגים על ידי קווים אדומים, ירוק וכחול, בהתאמה, התרכזו כל fiducial, עם הפרש הפאזה בין המצלמות # 1 - 3 הצביעו. סרגל קנה מידה:. 5 מיקרומטר (C) תמונות Fiducial מראה את ההשפעות interferometric. תמונות של fiducial nanoparticle Au לכל מצלמה (CCD1-3) או מלא (סכום), נלקח כמו Z-Position (ב ננומטר, על שורה תחתונה) נסרקו לכיול. עוצמת בתוך eaמצלמת ch ניתן לראות להתנדנד עם מערכת יחסי שלב, כפי שמוצגת (ב). (ד) עקומת כיול iPALM. המדגם מתורגם לאורך ציר z. העוצמות של fiducial nanoparticle Au עבור EMCCD1-3 הם מראים כקווים אדומים, ירוק וכחול, בהתאמה (למעלה). אלה הם אז מנורמלים ובכושר כדי לקבוע את הפרשי המופע (למטה). במהלך יישור, המערכת מותאמת להשיג את הבדלי שלב המקסימאליים בין כל שלוש המצלמות. עקומת הכיול נלקחה בכל אתר הדמיה להשתמש ב החילוץ של z לתאם של כל מולקולה בודדת. אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.
איור 2: הדמית מולקולה בודדת של Photoswitching אלEXA פלואוריד 647-phalloidin כמו תוויות אקטין. (א) צעד photoswitching ראשוני. F- אקטין בתאים קבוע מתויג בצפיפות גבוהה על ידי phalloidin מצומדות אלקסה פלואוריד 647. תאורה בעוצמה גבוהה בתוך תוצאות חיץ תמונה תיאול-המכילים כיבוי מהיר של רוב fluorophores. (ב) מסגרות נציג גלם מולקולה בודדת מסגרות. בשעה מהבהבת יציב, את מופעל אלקסה פלואוריד 647 צריך להיות דליל מספיק כי מולקולות בודדות עצמן מופיעות ככתם PSF בגודל. תמונות של אותם תאים שמוצגים (א), הראו עם ניגודיות הפוך. ברי סולם ב A ו- B:. 5 מיקרומטר אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.
איור 3: תיקון הסחף באמצעות multip. le fiducials לוקליזציה קואורדינטות עבור ארבעה fiducials (A, x-לתיאום; B, y לתאם) ששימשו בחישוב להיסחף באמצעות אביזרי פולינום (5 th סדר, הפרמטרים לנכון על בפינה הימנית העליונה). המסלול להיסחף הממוצע מאפשר תיקון של סחיפה עם תת-5 ננומטר דיוק (x: 3.085 ננומטר, y: 3.606 ננומטר). נא ללחוץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.
איור 4: ויזואליזציה של אדריכלות 3-D ו-יקטין ידי iPALM. (א) התמונה מוגבל השתברות של תאים HUVEC עם F- אקטין שכותרתו ידי אלקסה פלואוריד 647-phalloidin (המקביל ל subareas של התא באיור 2). נקודת האור היא בשל fiducials nanoparticle Au. (B) לוקליזציה קואורדינטות שנקבעה על ידי ניתוח iPALM על התחום (א). (ג) תמונה המשוחזרת iPALM, עם כל לוקליזציה קואורדינטות שניתנו על ידי 2D-גאוס עם הרוחב מתאים ודאות לוקליזציה. Z-לתאם הוא בצבע על פי פסי הצבע. תחומי תכונות filamentous צפופות דלילות ניתן לראות. ברי סולם (AC): 1 מיקרומטר (D) זום-לאור השטח התאגרף C מראה טופולוגיה יקטין קליפת מוח filamentous.. סרגל קנה מידה:. 250 ננומטר אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.
איור 5: ננו ממד של F- אקטין דמיינו ידי iPALM. (א) נבנה מחדש iPALM תמונת תאי HUVEC עם b שכותרתו תקטין f y אלקסה פלואוריד 647-phalloidin. הצבע מציין את z לתאם פי פסי הצבע. סרגל קנה מידה:. 1 מיקרומטר (ב) היסטוגרמה של x רוחבי חתך, y-לוקליזציה קואורדינטות לאורך ציר הזמן של האזור התאגרף ב (א). כדי להשיג את ההיסטוגרמה, הקואורדינטות מוקרנות על ציר הזמן של הקופסה זרקו לפח עם בן-גודל של 5 ננומטר. העקומה האפורה מציינת בכושר גאוס הטוב ביותר ההיסטוגרמה, עם רוחב חצי מקסימום (FWHM) של 43.88 ננומטר. (C) היסטוגרמה של z-עמדת לוקליזציה קואורדינטות באזור התאגרף ב (א). Z-העמדות זרקו לפח עם גודל סל של 1 ננומטר. העקומה האפורה מציינת בכושר גאוס הטוב ביותר ההיסטוגרמה, עם FWHM של 17.50 ננומטר. אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.
/files/ftp_upload/54774/54774fig6.jpg "/>
איור 6:. השוואת iPALM הדמיה של אקטין f באמצעות ריאגנטים תיוג שונים ותמונות נבנה מחדש iPALM של F- אקטין שכותרתו באמצעות Alexa פלואוריד 647 מצומדות phalloidin (א), אלקסה פלואוריד phalloidin 568 מצומדות (B), או על ידי transfection עם אקטין -mEos2 היתוך וקטור חלבון הביטוי (C). ברי סולם (AC):. 1 מיקרומטר אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.
המערכת האופטית של iPALM מבוסס על עיצוב המטרה 4-π כפול מתנגדים, כפי שמוצג באיור 1 א. ההתקנה נבנתה באמצעות שני-מותאם אישית במכונה ומסחרי חלקים אופטו-מכאני, כפי שתוארה קודם לכן 23 ו המפורטים בטבלת 1. בנוסף ההתקנה שלנו, המכון הרפואי הווארד יוז (HHMI) מארחת מערכת נגישה הקהילה המדעית במרכז ההדמיה המתקדם בקמפוס מחקר Janelia. עבור הציורים המכאניים המלאים, השרטוטים שליטים, והתוכנה, קוראים מוזמנים לברר עם הרלד הס ב HHMI לקבלת מידע נוסף. יתרון עיקרי לשימוש iPALM כמו גם שיטות מיקרוסקופיה לוקליזציה מולקולה בודדת אחרות המאפשר הדמית F- יקטין הוא הקלות היחסית של הכנת מדגם לעומת טכניקות EM, הדורשות עיבוד מדגם קשה בדרך כלל, הכנה מפרכת, וטפל מיומנים 3,23 . Additionally, הקרינה ניתנת טבעי הדמיה רבה, אשר נשארה קשה EM. אף על פי כן, כמתואר בהמשך, ישנם מספר המגבלות הנוכחיות עבור הגישה, הן מבחינת הכנת הדגימה תהליך ההדמיה. ראשית, כפי שקורה להכנת מדגם EM, יש להקפיד על מנת להבטיח שימור ultrastructural הטוב של הדגימות 35, מאז פרוטוקול הולם ברמה מוגבלת עקיפה של רזולוציה יכולה לגרום הפרעות קשות ברמת ננו. עבור הדמיה יקטין, קיבעון התקין של התאים הוא גורם חשוב המשפיע איכות דגימה. Glutaraldehyde הוא מקבע מועדף שכן הוא משמר את שלד תא קרום טוב מאוד, אם כי במקרים של שיתוף מכתים עם נוגדן, אתרי epitope עשויים להיות מושפעים. במקרים כאלה, paraformaldehyde עשוי להציע פשרה מקובלת, כפי שהוא נוטה לשמר אתרי epitope נוגדן טוב יותר. חשוב לציין למיקרוסקופיה לוקליזציה מולקולה בודדת, fixatives אלה נוטיםכדי ליצור autofluorescence רקע; וכך, לאחר קיבוע מרווה ידי borohydride הכרחי, במיוחד במקרה של glutaraldehyde.
בנוסף, הבחירה הנכונה של fluorophores ואסטרטגיות תיוג היא בין הגורמים החשובים ביותר עבור ניסויים מוצלחים. בשל הממד ננומטריים של F- יקטין, צפיפות גבוהה של תוויות נדרשות כדי ללכוד את רשתות filamentous הבסיסיות, כפי שנקבעה על-ידי משפט דגימת נייקוויסט 36. עבור אקטין, phalloidin מאפשר תיוג צפיפות גבוהה מאוד, עם מגוון רחב של fluorophores האורגני זמין מיצרנים רבים. עם זאת, מאז phalloidin הוא רעיל, קיבעון התא permeabilization נדרש. אסטרטגיות חלופיות עבור תיוג תואם יקטין לחיות תאים כוללות שימוש היתוך של חלבוני ניאון (FP), או עם אקטין monomeric או עם פוליפפטידים יקטינו מחייב קטנים. עם זאת, מצאנו כי אלה נוטים להניב צפיפות תיוג נמוכה לעומת phalloidin ( ng> איור 6). נציין כי יקטין מטוהרים יכולים גם להיות מתויג ישירות עם fluorophores האורגני והציג לתוך תאי חיים על ידי electroporation 37, אך גישה זו צפויה להיות יקר ועבודה אינטנסיבית. במונחים של fluorophores, Alexa פלואוריד 647 כבר נמצא בדרך כלל להציע ביצועים טובים באופן עקבי עבור מיקרוסקופיה לוקליזציה. זו יכולה להיות מתוארת במונחים של היחס-ניגוד המנה הבהירה בין שיא המולקולה הבודד ואת קרינת רקע 38. צפיפות תיוג גבוהה דורשת יחס ניגודיות גבוה יותר, שכן ברקע יכול לבזות את דיוק הלוקליזציה במצטבר. מניסיוננו, כמה fluorophores אחרים, כגון ATTO488, ATTO520, ו אלקסה פלואוריד 568 (איור 6), שניתן להשתמש בהם כדי להמחיש את ה- F- אקטין, אם כי עם תוצאות עקביות פחות לעומת אלקסה פלואוריד 647, המציעה ביצועים photoswitching חזקים על פני מגוון רחב של מצבי חיץ הדמיה.
= ילדה "jove_content"> במונחים של תהליך ההדמיה, מגבלות בשיטות הדמיה ביולוגיות פעמים רבות להמשיג trade-off ברזולוציה מרחבית, רזולוציה טמפורלית, וטווח הדמיה (הן בתחום של נוף / עומק השדה ומשך) 39. זה לא פחות חל על היתרונות ומגבלות של iPALM. לעומת שיטות מיקרוסקופיה 3 ממדי סופר החלטה אחרות, iPALM נותר הגישה האופטית הגבוה ביותר לפתרון עד כה, בעיקר לאורך ציר z, עם z ברזולוציה כמעט פי 2 יותר מאשר x, y ברזולוצית 11. עם זאת, ההסתמכות של iPALM על אינטרפרומטריה עבור z ברזולוציה גבוהה גם מטילה מגבלה על עומק ההדמיה, מאז עקומת הכיול תקופתית. במילים אחרות, z-קואורדינטות לחזור כל 250 ננומטר או כך (עבור ~ 700 אורכי גל הפליטה ננומטר של אלקסה פלואוריד 647). בפועל, זה יכול להיות ממוען באמצעות תאורת TIRF, אשר מגבילה את אזור העירור בתוך עומק שדה החלוף של <200 ננומטר מן coverglass. לפיכך, fluorophores עמוק לתוך הדגימה לא שמחה ולהישאר בלתי נראה. עם זאת, זה גם מגביל את המבנים הביולוגיים כי ניתן הדמיה לאלה בסמיכות coverglass, כגון הידבקויות מוקד, שלד התא קליפת המוח, קרום הפלזמה הגחון, בעוד מבנים פנים יותר הם מחוץ להישג ידם. עבור דגימה קבועה, תרופה אחת היא לבצע Cryosectioning 40. עם זאת, גישה כזו היא מאוד מייגעת ומחייב מומחיות בתחום שאינו נגישה כלל.
לחלופין, ניתן להתאים iPALM עבור z-טווח מוגדל על ידי שילוב interferometry עם ערכת אסטיגמאטיק-defocusing 12 ששימשו-STORM 3D. גישה זו מספקת readouts הכפול לתאם z, התערוכה הראשונה של אינטרפרומטריה, המהווה דיוק גבוה אבל תקופתי, והשני על ידי defocusing אסטיגמאטיק, שהוא פחות מדויק אך לא תקופתי. האחרון יכול לשמש כדי "לגולל" או לשבור את הניוון שלZ-קואורדינטות interferometric, ובכך לאפשר את שילוש עומק הדמית iPALM ל ~ 750 ננומטר, מתקרבות העומק הפנימי המוקדים ביעילות של עדשות אובייקטיביות גבוהות NA. עם והסירה את השלב, iPALM נעשה שימוש למבנים תמונה עמוק בתוך דגימות, כגון המיטוכונדריה, אם כי עם דיוק מופחת מעט בכל 3 מימדים בשל נוספים defocusing 40.
הגבלה מהותית נוספת של iPALM היא מהירות ההדמיה. מאז מספר רב של מסגרות נדרשים להשיג צפיפות גבוהה של קואורדינטות לוקליזציה, מהירות המצלמה היא בדרך כלל המגבלה על שיעור הרכישה. עם מצלמות EMCCD הנוכחי לפעול בשעה 10 - 20 שיעורי readout MHz, עשרות דקות נדרשים עבור מספר מספיק של מסגרות. קשקשי זמן רבים אלה נדרשים הדגימה להיות קבועה. הנה, שיפורים אחרונים בטכנולוגית מצלמה, כגון סמיקונדקטור משלים Metal Oxide המדעית הרבה יותר מהר (sCMOS) מצלמה, עשויים לאפשר גידול מהיר imהזדקנות מהירה 41, אם כי זה לא יושם עבור iPALM עדיין. עבור כמה גישות מיקרוסקופיה לוקליזציה מולקולה בודדת, בשדה מולקולה בודדת צפוף ניתן לנתח באמצעות אלגוריתם שונה 42 או דחוס חישת 43. התאמת אסטרטגיות כאלה גם להאיץ iPALM בכך שהוא מאפשר תמונות מולקולה בודדת צפופות, ולכן, מסגרות פחות.
עם מגבלות בטווח מהירות הדמיה עוצמות ברזולוציה מרחבית, יישומים מרכזיים עבור iPALM הוא כשיטת ultrastructural ממנפת את היתרונות של תיוג פלורסנט לחשוף ארגון ננומטרי של חלבונים ספציפיים 14,15,44. שיפור נוסף, הן מבחינת טכנולוגיות אופטיקה fluorophore, צריך לאפשר שיפור נוסף ב ברזולוציה מרחבית iPALM. לדוגמה, עיבוד תמונה iPALM מעסיקה כיום גישה קירוב מסדר ראשון פשוט יחסית, עם כל מולקולה בודדת הדגם ידי פונקציה 2D-גאוס וכפיsumed להיות בממוצע דיפול isotopically. זה יכול להיות מוגבר עם שיטות אחרונות, אשר מעסיקות מודל מדויק יותר של נקודת הפונקציה-התפשטות וכיוון דיפול, או טיפול מפורש של סטיות אופטיות פני שדה הראייה כדי לשפר רזולוציה מרחבית משמעותי. כמו כן, photocaging דווחה, אשר משפר בהירות fluorophore ידי סדרי גודל 45. ואכן, מאז מרכיבים העיקריים של ארגון ultrastructural שלהם כבר היטב מאופיינים, שלד התא F- יקטין יכול להיות מערכת מודל יקרה מאוד לבדיקת התפתחויות מתודולוגית נוספות iPALM. היכולת לנתח ארגון חלבון על ידי מיקרוסקופ אור עם כושר הפרדת EM-רמה אמיתית צפויה לשפר במידה רבה את הבנתנו של היבטים עצומים של מבנה תאי ותפקוד.
החוקרים אין לי מה לחשוף.
YW ו PK בתודה להכיר תמיכה במימון קרן המחקר הלאומית של סינגפור, הוענק PK (NRF-NRFF-2011-04 ו NRF2012NRF-CRP001-084). אנו מודים גם במתקני מעבדת ליבת מיקרוסקופיה הפתוחים MBI עבור תמיכה בתשתיות.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
optical table | Newport, CA | RS4000 | iPALM, installed on 4 Newport Stabilizer vibration isolators |
vibration isolator for optical table | Newport, CA | S-2000 | |
laser-642 | Newport, CA | 1185055 | output power=100 mw |
laser-561 | Newport, CA | 1168931 | output power=200 mw |
laser-488 | Newport, CA | 1137970 | output power=200 mw |
laser-405 | Newport, CA | 1142279 | output power=100 mw |
broadband dielectric mirrors | Thorlabs, NJ | BB1-E02 | laser combiner |
dichroic beamsplitter | Semrock, NY | LM01-427-25 | |
acousto-optic tunable filter | AA Opto-Electronic, France | AOTFnC-VIS-TN | |
Linear polarizer | Newport, CA | 05LP-VIS-B | |
baseplate | local workshop | customized | |
turning mirror (22.5°) | Reynard Corpporation, CA | customized | 22.5° mirror |
motorized optic mounts | New Focus, CA | 8816 | |
motorized XYZ translation stage | Thorlabs, NJ | MT3/M-Z6 | sample holder |
T-Cube DC servo motor controller | Thorlabs, NJ | TDC001 | |
Piezo Phase Shifter | Physik Instrumente, Germany | S-303.CD | |
objective lens | Nikon, Japan | MRD01691 | objective. Apo TIRF 60X/1.49 oil |
translation stage | New Focus, CA | 9062-COM-M | |
Pico Motor Actuator | New Focus, CA | 8301 | |
rotary Solenoid/Shutter | DACO Instruments, CT | 5423-458 | |
3-way beam splitter | Rocky Mountain Instruments, CO | customized | beamsplitter |
Piezo Z/Tip/Tilt scanner | Physik Instrumente, Germany | S-316.10 | |
motorized five-axis tilt aligner | New Focus, CA | 8081 | |
Picmotor ethernet controller | New Focus, CA | 8752 | |
Piezo controllers/amplifier/digital operation module | Physik Instrumente, Germany | E-509/E-503/E-517 | |
band-pass filter | Semrock, NY | FF01-523/20 | filters |
band-pass filter | Semrock, NY | FF01-588/21 | |
band-pass filter | Semrock, NY | FF01-607/30 | |
band-pass filter | Semrock, NY | FF01-676/37 | |
notch filter | Semrock, NY | NF01-405/488/561/635 | |
motorized filter wheel with controllter | Thorlabs, NJ | FW103H | |
EMCCD | Andor, UK | DU-897U-CSO-#BV | 3 sets |
Desktop computers for controlling cameras and synchronization | Dell | Precision T3500 | PC, 4 sets |
coverslips with fiducial | Hestzig, VA | 600-100AuF | sample preparation. fiducial marks with various density and spectra available |
fibronectin | Millipore, MT | FC010 | |
paraformaldehyde | Electron Microscopy Sciences, PA | 15710 | fixation. 16% |
glutaraldehyde | Electron Microscopy Sciences, PA | 16220 | 25% |
triton X-100 | Sigma aldrich, MO | T8787 | |
HUVEC cells | Life Technologies, CA | C-015-10C | |
Medium 200 | Life Technologies, CA | M-200-500 | |
Large Vessel Endothelial Factors | Life Technologies, CA | A14608-01 | |
Dulbecco's Phosphate Buffered Saline | 14190367 | ||
Pennicillin/Streptomycin | 15140122 | ||
Trypsin/EDTA | Life Technologies, CA | 25200056 | |
PIPES | Sigma aldrich, MO | P1851 | PHEM |
HEPES | 1st base, Malaysia | BIO-1825 | |
EGTA | Sigma aldrich, MO | E3889 | |
MgCl2 | Millipore, MT | 5985 | |
Alexa Fluor 647 Phalloidin | Invitrogen, CA | A22287 | staining |
sodium borohydride (NaBH4) | Sigma aldrich, MO | 480886 | quenching |
glucose | 1st base, Malaysia | BIO-1101 | imaging buffer |
glucose oxidase | Sigma aldrich, MO | G2133 | |
catalase | Sigma aldrich, MO | C9322 | |
cysteamine | Sigma aldrich, MO | 30070 | |
Epoxy | Thorlabs, NJ | G14250 | |
vaseline | Sigma aldrich, MO | 16415 | sample sealing |
lanolin | Sigma aldrich, MO | L7387 | |
parafin wax | Sigma aldrich, MO | 327204 | |
Immersion oil | Electron Microscopy Sciences, PA | 16915-04 | imaging. Cargille Type HF |
Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article
Request PermissionThis article has been published
Video Coming Soon
Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved