社区从细菌菌落中提取 DNA

1.细菌群落 DNA 提取

1. 开始执行程序，称出筛土 100 克。将它添加到聚丙烯的船只，并添加 100 毫升的提取缓冲液组成的修正与 EDTA 促进释放细菌从土壤基质，然后用手抖三缓冲区。
2. 接下来，重 100 克的玻璃珠，并将它们添加到混合容器。鼓动样本 5 分钟使用珠打设备或机械的手腕动作振动筛 15 分钟添加 10 毫升 20%十二烷基硫酸钠，或 SDS，到混合物，然后鼓动额外的分钟。孵化在 60 分钟的 60-65 ° C 的高温。
3. 同样分发之间单独 50 毫升管，样品和离心机以离心 10 分钟 6,000 x g.转让上清液从管到单个的无菌容器。接下来，重复对土壤颗粒如上文所述，使用大量新鲜的提取缓冲液提取。
4. 接下来，添加填充到半卷 30%聚乙二醇和 1.6 M 氯化钠溶液清洁 50 毫升管加工上清液，约 200 毫升，总体积。反转瓶几次用手混合，和在室温下 2 h.孵育离心机样品在拥有 10 万 x g 20 分钟颗粒的 DNA。
5. 仔细去除上清液离心管，留下部分纯化的核酸颗粒。添加 20 毫升的 TE 缓冲和 1.5 毫升的 7.5 M 钾醋酸溶液，以悬小球，然后涡。放冰 5 分钟离心机在 16,000 x g 4 ° C，以沉淀蛋白质和多糖在 30 分钟的暂停。
6. 接下来，添加到样品的核糖核酸酶和蛋白酶 K、 手，轻轻地混合和让坐一会儿。添加了当量体积的酚: 氯仿: 异戊醇 （25:24:1 比混合物） 悬浮，提取，和混合轻轻用手。离心机 13,000 x g.10 分钟准备仔细从离心机等，并说明这两个图层中删除该船只。
7. 底部，重层组成的酚: 氯仿: 异戊醇提取碎片，和最上面一层是水和含有 DNA。将水相放入无菌容器、 添加了当量体积的异丙醇和反转轻轻启动 DNA 沉淀。孵化在室温下 2 h.纯化 DNA 颗粒悬浮在 16,000 x g 离心 30 分钟仔细删除上清丸粒化的 DNA 可能或可能不在容器的底部可见，然后重悬在 1 毫升的 TE 缓冲。
8. 利用分光光度计或 DNA/RNA 定量荧光计，测量从样本中提取 DNA 的水平。DNA 估计从 260 nm 阅读。1.0 的吸光度读数等于 50 微克的 DNA 每毫升的解决方案。如果浓度太高，读数准确，稀释悬浮 1 到 10 或 1 到 100 使用分子级水。
9. DNA 纯度估计的比例由阅读在 260 毫微米到那在 280 nm。一个值 > 1.7 指示相对较纯的 DNA。最大理论值为 2.0。