Bu eser "1000plan Gençlik" programı, başlangıç fonlar Kent Üniversitesi ve NSFC Grant # 21607115 ve 21777116 (LIN) tarafından desteklenmiştir.

1. tasarım ve üretim şablon diziliyor zebra balığı embriyolar
<ol><li>
Bir 12 tarafından 8 ile standart bir 96-şey plaka 96-şey düzen arraying şablonu tasarlayın. Boyutları listelenen Şekil 1A ' üst embriyo tuzak odası için kullanım (Ayrıca bkz: ek dosyası).
	<ol>
<li>Şekil 1B ve 1 D tuzak için de gösterilen boyutları kullanın.</li>
		<li>Boyutlar Şekil 1 c içinde alt vakum odası için kullanın.</li>
		<li>Şekil 1B adımında havada için boyutları kullanın / çıkış.</li>
	</ol>
</li>
	<li>3D yazıcı (0,1 mm hassasiyetle) şablonu yazdırmak için kullanın; yazdırma işlemi için kullanılacak Malzemeler tablo önerilen reçine için bkz. Not: 0,1 mm hassasiyetle 3D yazıcılar arraying şablon imalatı için tavsiye edilir ( Tablo malzemelerigörmek). Önerilen şablon yüzeyi için koyu gri veya siyah renktir.</li>
</ol>2. zebra balığı embriyo yumurtlama
<ol><li>İki çift erkek ve dişi balık yumurtlama önce bir gün kutusu çiftleşme başına yerleştirin. Ayrı erkek ve kadın tarafından şeffaf plastik bir bölücü.</li>
	<li>Bölücüler sabah erkek ve dişi balık karıştırmak için götürür.</li>
	<li>Erkek ve dişi balık çıkartın ve ince gözenekli süzgeç kullanarak zebra balığı embriyo toplamak. (Bkz. Tablo reçetesi) 250 mL yumurta ile embriyo su yıkama.</li>
	<li>Petri yemekler (90 mm çapında) Holtfreter'ın çözüm ile toplanan embriyo transfer ( Tablo malzemelerigörmek) ve ölü ve döllenmemiş embriyo bir stereomicroscope kullanarak kaldırın.</li>
	<li>Embriyo 28.5 ° C kuluçka makinesine koyun. 4 h fertilizasyon (hpf) sonrası, embriyo gözlemlemek ve herhangi bir ölü ve sağlıksız embriyo kaldırın. Embriyo bir sonraki adım için hazırsınız.</li>
</ol>3. hazırlık şablonu diziliyor
<ol><li>Şablon 2-3 kez 500 mL deiyonize su ile yıkama ve kurutma fırın (45 ° C) 5 min için içine koy.</li>
	<li>Alt kamara film (Şekil 2Adım 1) sızdırmazlık bir parça ile teyp.</li>
	<li>Bir vakum pompası şablonun altındaki hava çıkışı üzerinden bağlayın. Not: 0.1 Mpa vakum pompası için önerilen maksimum vakum var. Kullanılan vakum gücünü unutmayın. Negatif basınç çok güçlü ise, bir haç şeklindeki basıncı düşürmek için mühürleme film üzerinde delik açın.</li>
</ol>4. bir 96-şey plaka zebra balığı embriyo diziliyor
<ol><li>Plastik transfer pipet kullanarak, yaklaşık 150 embriyo şablonu, Şekil 2' de, 2. adımda gösterildiği gibi yerleştirin.</li>
	<li>Vakum Pompası adım 3.3 mühürleme filmde tarafından mühürlü odası negatif basınç oluşturmak için hava çıkışına bağlayın.</li>
	<li>Her şey bir embriyo (Şekil 2, adım 3) entrapped kadar tüm şablon yatay sallamak. Not: Holtfreter'ın çözüm embriyoların her kuyuda sıkışıp kalırlar önce kurur, tuzak odasında ek Holtfreter'ın çözüm ekleyin ve bu adımı yineleyin.</li>
	<li>İlave Holtfreter'ın çözüm ve wells (Şekil 2, adım 4) entrapped değil embriyo atmak.</li>
	<li>Devre dışı bırakmak ve vakum pompası bağlantısını kesin.</li>
	<li>Standart bir 96-şey plaka baş aşağı şablonu (Şekil 2, adım 5) karşı yerleştirin ve her ikisini de aynı anda (Şekil 2, adım 6) döndürün.</li>
	<li>Şablon alt dokunun veya hava bağlanmak bir sıkıştırılmış gaz toz prizine olabilir tüm kapana kısılmış embriyo şablondan 96-şey plaka (Şekil 2, adım 6) aktarmak için.</li>
	<li>4.1-4,8 ek çok iyi tabak hazırlamak için adımları yineleyin.</li>
	<li>Mühürleme film kaldırın ve üstten 3 kez şablonu yukarıdan aşağıya doğru ileride kullanmak üzere 500 mL deiyonize su ile yıkayın. Not: şablon temizlemek için etanol gibi herhangi bir organik solventler kullanmayın.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Howe, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+zebrafish+reference+genome+sequence+and+its+relationship+to+the+human+genome.">The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome.</a> Nature. 496 (7446), 498-503 (2013).</li><li>Leslie, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Zebrafish+larvae+could+help+to+personalize+cancer+treatments.">Zebrafish larvae could help to personalize cancer treatments.</a> Science. 357 (6353), 745-745 (2017).</li><li>Lin, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Understanding+the+Transformation,+Speciation,+and+Hazard+Potential+of+Copper+Particles+in+a+Model+Septic+Tank+System+Using+Zebrafish+to+Monitor+the+Effluent.">Understanding the Transformation, Speciation, and Hazard Potential of Copper Particles in a Model Septic Tank System Using Zebrafish to Monitor the Effluent.</a> ACS Nano. 9 (2), 2038-2048 (2015).</li><li>Lin, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aspect+ratio+plays+a+role+in+the+hazard+potential+of+ceo2+nanoparticles+in+mouse+lung+and+zebrafish+gastrointestinal+tract.">Aspect ratio plays a role in the hazard potential of ceo2 nanoparticles in mouse lung and zebrafish gastrointestinal tract.</a> ACS Nano. 8 (5), 4450-4464 (2014).</li><li>Baraban, S. C., Dinday, M. T., Hortopan, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Drug+screening+in+Scn1a+zebrafish+mutant+identifies+clemizole+as+a+potential+Dravet+syndrome+treatment.">Drug screening in Scn1a zebrafish mutant identifies clemizole as a potential Dravet syndrome treatment.</a> Nature Communications. 4, (2013).</li><li>Lin, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+content+screening+in+zebrafish+speeds+up+hazard+ranking+of+transition+metal+oxide+nanoparticles.">High content screening in zebrafish speeds up hazard ranking of transition metal oxide nanoparticles.</a> ACS Nano. 5 (9), 7284-7295 (2011).</li><li>Kuipers, J., Kalicharan, R. D., Wolters, A. H. G., van Ham, T. J., Giepmans, B. N. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+Scanning+Transmission+electron+microscopy+(nanotomy)+of+healthy+and+injured+zebrafish+brain.">Large-scale Scanning Transmission electron microscopy (nanotomy) of healthy and injured zebrafish brain.</a> Journal of Visualized Experiments. (111), (2016).</li><li>Liu, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+Phenotype+Recognition+for+Zebrafish+Embryo+Based+In+vivo+High+Throughput+Toxicity+Screening+of+Engineered+Nano-Materials.">Automated Phenotype Recognition for Zebrafish Embryo Based In vivo High Throughput Toxicity Screening of Engineered Nano-Materials.</a> PLoS One. 7 (4), (2012).</li><li>Tu, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automatic+Categorization+and+Scoring+of+Solid,+Part-Solid+and+Non-Solid+Pulmonary+Nodules.">Automatic Categorization and Scoring of Solid, Part-Solid and Non-Solid Pulmonary Nodules.</a> in CT Images with Convolutional Neural Network. Scientific Reports. 7, 8533 (2017).</li><li>Mandrell, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+zebrafish+chorion+removal+and+single+embryo+placement:+optimizing+throughput+of+zebrafish+developmental+toxicity+screens.">Automated zebrafish chorion removal and single embryo placement: optimizing throughput of zebrafish developmental toxicity screens.</a> Journal of Laboratory Automation. 17 (1), 66-74 (2012).</li><li>Lin, S., Zhao, Y., Nel, A. E., Lin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Zebrafish:+An+in+vivo+model+for+nano+EHS+studies.">Zebrafish: An in vivo model for nano EHS studies.</a> Small. 9 (9-10), 1608-1618 (2013).</li></ol>

Yazarlar bir patent açıklanan 3D baskılı şablonundaki doldurdu.

Zebra balığı embriyo diziliyor 3D baskılı şablonu başarılı uygulanması için yakın ilgi gerektiren iki kritik adımlarda bu protokolü vardır.
Tasarımı arraying şablonu, en önemli faktör de tuzaktır. Yapar emin tek embriyo her kuyuda sıkışmış, bir tane çapı ve tuzak kuyunun derinliği ve ile delik çapi yakın dikkat etmelidir. Önerilen çapı içinde (koryon dahil) tipik bir embriyo çapının 1,5-2 katı olduğunu. İyi tuzak derinliği içinde 2 kez (koryon dahil) tipik bir embriyo çapını embriyo aynı iyi istifleme önlemek için olmalıdır. İle delik çapi yaklaşık yarısı (koryon dahil) tipik bir embriyo çapını embriyo delikten negatif basınç tarafından sıkılmış önlemek için olmalıdır. Tasarım karmaşıklığı nedeniyle, 3D baskı teknolojisi arraying şablon imalatı için önerilir.
Belirlenen yerlerde, yani bir 96 - veya 384-da plaka ile uygun pozisyonlar bireysel embriyo tuzağa düşürmeye arraying şablon özüdür. Tek tek embriyo onlara zarar vermeden tutmak için uygun bir negatif basınç oluşturmak için bir vakum cihazı tarafından oluşturulan negatif basınç ayarlamanız gerekir. Çok az basınç onları wells tuzak değil iken çok fazla baskı embriyolar yok edebilir. Bu nedenle, bir stereomicroscope altında şablonundaki multiwell kalıplara aktarmadan önce entrapped embriyo gözlemlemek için önerilir. Ayrıca, tuzak sırasında embriyolar hava için bu işlem sırasında maruz. Bu ek Holtfreter'ın eklemek gerçekleşmesi gerekir orta adım 4.3 göre tuzak odasında. Ayrıca, embriyo havaya maruz olasılığı nedeniyle, geçerli protokol dechorionated zebra balığı embriyo üzerinde çalışmaz.
Bu çalışmada sunulan arraying şablonu zebra balığı embriyo kullanarak bir düşük maliyetli ve yüksek işlem hacmi tarama platformu oluşturmak için yenilikçi bir yaklaşım sağlar. Daha önce kurulan robot platformlar veya piyasada bulunan akış sitometresi tabanlı aracı ile karşılaştırıldığında, bu yöntem kullanımı kolaydır ve gelişmiş eğitim gerektirmez. 3D baskı teknolojisi alma avantajları, biri farklı amaçlar uyacak arraying şablon biçimini kolayca değiştirebilirsiniz.
Şablon ve Şu anki haliyle iletişim kuralı hala bazı manuel çalışma gerektirir. Yordamı daha fazla üretilen iş düzeyini yükseltmek ve düzene multiwell plakaları kısa bir süre içinde hazırlanan miktarını artırın.

Popüler bir model organizma olarak, zebra balığı1,2,3,4tıp ve toksikoloji alanlarında yaygın olarak kullanılmaktadır. Vitro platformları için karşılaştırıldığında, zebra balığı teklif daha fazla biyolojik karmaşıklığı bir ya da iki hücre tipleri değil sunabilir. Bütün bir organizma modeli, zebra balığı'nın büyük verimlilik, hızlı ve eşzamanlı embriyonik gelişim ve yüksek organ olmasının yanı sıra transparans büyük ölçekli toksisite veya uyuşturucu/bileşik5eleme için kullanılmak üzere bu modeli benzersiz avantajlar verdik. Her hafta yetişkin zebra balığı bir çift tarafından üretilen embriyolar yüzlerce diğer tüm hayvan modeller aşmak ve yüksek işlem hacmi tarama için uygun yaptık.
Zebra balığı kullanarak tipik prosedürü, embriyo seçimi, yumurtlama ve nereye onlar su daldırma yoluyla pozlama tabi uygun kaplar içine embriyo diziliyor yetişkin zebra balığı gibi manuel çalışma önemli miktarda içerir. Embriyo gelişimi izlenir ve ölüm, çıkım gücü ve anormallik gibi gözlemlenebilir bitiş noktaları kez el ile değerlendirilir ve kimyasal toksisitesi veya etkinliğinin belirtileri tanımlamaları ön kullanılan uyuşturucu ya da bileşikler. Kadar prosedürü hızlandırmak için otomatik görüntüleme ve bilgisayar destekli görüntü analizi gibi yaklaşımlar daha önce araştırılmalıdır. Örneğin, mikroskoplar yüksek içerik görüntüleme yetenekleri ile otomatik parlak alan veya floresan görüntüleme 96/384 iyi tabak6çeşitli gelişim aşamalarında, zebra balığı embriyo üzerinde gerçekleştirmek için adapte edilmiştir. Mikroskoplar ile birleştiğinde mikrosıvısal aygıtları zebra balığı larva beyin sinir hücreleri7görüntüleme için geçerli manipülasyonu yoluyla konumlandırmak için kullanılmıştır. Bu yaklaşımları önemli ölçüde görüntü satın almalar için geleneksel el ile işlem karşılaştırıldığında verimliliğini artırabilirsiniz. Ayrıca, çok sayıda ile oluşturulan resim, görüntü analiz araçları da veri işleme kadar hızlandırmak için Liu ve ark. ve Tu vd tarafından gösterildiği gibi geliştirilmiştir 8 , 9.
Görüntüleme ve görüntü analizi üretilen iş düzeyi arttıkça, tarama hızı sınırlaması adım genellikle onları 96 - veya 384-da kalıplara diziliyor anlamına gelir pozlama, zebra balığı embriyo hazırlama sürecinde yatıyor netleşti. Bu performans sorunu adım çözmek için robotik vizyon güdümlü geliştirilmiş olup, tüm tarafından Mandrell vd. 10 ve bizden daha önce el ile işleme ama aletleri yerine11 oldukça sofistike ve bu tür teknikler uygulamak için derin bir öğrenme eğrisi olduğunu. Bu nedenle, bir kolay kullanımlı yaklaşım zebra balığı tarama üretilen iş düzeyini daha da geliştirmek için önemli bir faktör haline gelir ve bu çalışmanın temel amacı sağlamak için.
Bu çalışmada, tasarlanmış ve şablon tarafından 3D baskı arraying bir embriyo fabrikasyon. Arraying bir şablon ile standart bir 96-şey plaka uygun kuyu içine zebra balığı embriyo tuzağa düşürmeye tasarlanmıştır. Embriyo seçerek ve onları tek tek bireysel kuyuya diziliyor yerine, bir embriyo tuzak ve dizi tüm 96 embriyo multiwall bir tabak hemen gerçekleştirebilir. Bu şablonu ve aşağıdaki iletişim kuralı kullanarak, bir önemli ölçüde tarama kapasitesi en az on kat, el ile çalışmasına göre dönem alttan yukarıya ittirmek içinde istiyorsunuz multiwall tabak içine embriyo diziliyor verimliliğini artırmak olabilir. Aşağıda açıklanan protokol diziliyor şablon, zebra balığı yumurtlama, embriyo toplama ve diziliyor için genel bir tasarım içerir. Şekil 1 arraying şablonu genel tasarım gösterir. Şekil 2 parça 3 ve 4'de anlatıldığı şablonu kullanarak adım adım Protokolü özetini gösterir.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1557">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:475px;">Zebrafish Facility</td>
			<td style="width:425px;">Shanghai Haisheng Biotech Co., Ltd.</td>
			<td style="width:229px;">Z-A-S5</td>
			<td style="width:429px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:475px;">Mating box</td>
			<td style="width:425px;">Shanghai Haisheng Biotech Co., Ltd.</td>
			<td style="width:229px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:475px;">Wash Bottle, 500 ml</td>
			<td style="width:425px;">Sangon Biotech</td>
			<td style="width:229px;">F505001-0001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sodium chloride</td>
			<td style="width:425px;">Vetec</td>
			<td style="width:229px;">V900058-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Potassium Chloride</td>
			<td style="width:425px;">Sinopharm Chemical Reagent Co.,Ltd</td>
			<td style="width:229px;">10016318</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Calcium chloride</td>
			<td style="width:425px;">Sinopharm Chemical Reagent Co.,Ltd</td>
			<td style="width:229px;">20011160</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sodium bicarbonate&#160;</td>
			<td style="width:425px;">Vetec</td>
			<td style="width:229px;">v900182-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Methylene Blue Hydrate</td>
			<td style="width:425px;">TCI</td>
			<td style="width:229px;">M0501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Hydrochloric acid</td>
			<td style="width:425px;">Sinopharm Chemical Reagent Co.,Ltd</td>
			<td style="width:229px;">10011008</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:475px;">Sea Salts</td>
			<td>Instant Ocean</td>
			<td style="width:229px;">SS15-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Pipetter</td>
			<td style="width:425px;">Fisherbrand</td>
			<td style="width:229px;">13-675M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:475px;">Controlled Drop Pasteur Pipet</td>
			<td style="width:425px;">Fisherbrand</td>
			<td style="width:229px;">13-678-30</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:475px;">Microscope</td>
			<td style="width:425px;">OLYMPUS</td>
			<td style="width:229px;">SZ61</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Biochemical incubator</td>
			<td>Shanghai Yiheng Scientific Instrument Co., Ltd.</td>
			<td>LRH-250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">3D printer</td>
			<td>UnionTech</td>
			<td>Lite600</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Photosensitive resin</td>
			<td>UnionTech</td>
			<td>UTR9000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Vacuum pump</td>
			<td>Shanghai Yukang Scientific Instrument Co., Ltd.</td>
			<td>SHB-IIIA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:475px;">Adhesive PCR Plate Seals</td>
			<td style="width:425px;">Solarbio</td>
			<td style="width:229px;">YA0245</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">96 well plate</td>
			<td style="width:425px;">Costar</td>
			<td style="width:229px;">3599</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:475px;">Multi 8-channel pipette 30 - 300 &#956;l</td>
			<td style="width:425px;">Eppendorf</td>
			<td style="width:229px;">3122000.051</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:475px;">Compressed Gas Duster</td>
			<td style="width:425px;">Shanghai Zhantu Chemical Co., Ltd.</td>
			<td style="width:229px;">ST1005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:475px;">DI Water</td>
			<td style="width:425px;">Thermo</td>
			<td style="width:229px;">GenPure Pro UV/UF</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:475px;">Drying oven</td>
			<td style="width:425px;">Shanghai Yiheng Scientific Instrument Co., Ltd.</td>
			<td style="width:229px;">BPG-9106A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:475px;">System water</td>
			<td style="width:425px;"></td>
			<td style="width:229px;"></td>
			<td style="width:429px;">Water out of the facility&#8217;s water system</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:475px;">Egg water</td>
			<td style="width:425px;"></td>
			<td style="width:229px;"></td>
			<td style="width:429px;">Dilute 60mg &#8220;Instant Ocean&#8221; sea salts and 0.25 mg/L methylene blue in 1 L DI water</td>
		</tr>
		<tr height="116">
			<td height="116" style="height:116px;width:475px;">Holtfreter&#8217;s solution</td>
			<td style="width:425px;"></td>
			<td style="width:229px;"></td>
			<td style="width:429px;">Dissolve 7.0 g Sodium chloride (NaCl), 0.4 g Sodium bicarbonate (NaHCO3), 0.1 g Potassium Chloride (KCl), 0.235 g Calcium chloride (CaCl2.2H2O) in 1.9 L DI water. Adjust pH to 7 using HCl and adjust volume to 2 L using Di water</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a 3-dimensional (3d)-printed template for high throughput zebrafish embryo arraying

Zebra balığı genel olarak tanınan tatlı su organizma gelişim biyolojisi, Çevresel Toksikoloji ve insan hastalığı sık kullanılan ilgili araştırma alanları var. Sayesinde benzersiz özellikleri büyük verimlilik, vb, embriyo kalınlığı, hızlı ve eş zamanlı geliştirme de dahil olmak üzere, zebra balığı embriyolar genellikle büyük ölçekli toksisite değerlendirilmesi kimyasal maddeler için kullanılır ve uyuşturucu/tarama bileşik. Tipik prosedürü yetişkin zebra balığı yumurtlama, embriyo seçimi ve embriyoların çok iyi kalıplara diziliyor içerir. Oradan, embriyo pozlama ve kimyasal toksisitesi tabi olan veya uyuşturucu/bileşikler etkinliği nispeten hızlı bir şekilde bağlı fenotipik gözlemler olarak değerlendirilebilir. Bu işlemler arasında diziliyor embriyo üretilen iş düzeyi sınırlar en zaman alıcı ve emek yoğun adımlardan biridir. Bu protokol için 3D baskılı arraying şablon kullanımı ile birleştiğinde yapar işleme kadar zahmetli Bu adım hızlandırmak için vakum yenilikçi bir yaklaşım sunuyoruz. İletişim kuralı burada genel tasarımı arraying şablon, detaylı deneysel kurulum ve temsilcisi sonuçlarına göre takip adım adım yordamı açıklar. Uygulandığında, bu yaklaşım zebra balığı embriyo konular test olarak kullanarak araştırma uygulamaları çeşitli yararlı ispatlamak zorundadır.

Şekil 3 tipik bir 3D baskılı arraying şablonunu gösterir. Bu şablon ışığa duyarlı reçine hammadde olarak kullanır ve bir 3D printerlere harcama maddeler tarafından yapıldı; siyah boya tabakası embriyo rengini daha iyi bir kontrast sağlamak için uygulandı. 96 wells (12 tarafından 8) konumunu ile standart bir 96-şey plaka uyacak şekilde tasarlanmıştır. Benzer şekilde, 384 (24 den 16) iyi şablon da tasarlanabilir ve aynı yöntemi kullanarak fabrikasyon. Ters odası biraz daha iyi uyum sağlamak için standart bir 96-şey plaka büyük. Oluklar Ayrıca ekstra embriyolar diziliyor sırasında tutmak için tasarlanmıştır.
Mütevazı bir oranda 20 plakaları yalnızca iki ya da üç tabak el ile hazırlanmış süre 30 dk içinde 3D baskılı arraying şablon kullanılarak hazırlanmış. Tablo 1 manuel, Robotik ve arraying şablon işlemleri arasında bir karşılaştırma gösterir. Şekil 4 iki tabak, 3D baskılı arraying şablon tarafından serilir, el ile hazırlanan arasında bir karşılaştırma gösterir. Arraying şablonu kullanarak, ihmal edilebilir bir miktar sıvı ile de daha fazla maruz kalma deneyleri için uygun yapılan embriyo transfer oldu.
Şekil 5 manuel ve arraying şablon yöntemlerle kaplama sonra embriyo genel sağlık durumunu önemli hiçbir etkisi olduğunu gösterir. Embriyo arraying bir işlem tarafından etkilenen değil emin olmak için onları 3 gün boyunca 96-şey kalıplara diziliyor sonra embriyo gelişimi takip ettik. Tarama hızı, hayatta kalma oranı ve zebra balığı embriyo 24, 48 ve 72 malformasyon oranı hpf tüm el ile dizilmiş embriyo ile karşılaştırılabilir.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57892/57892fig1.jpg"> Şekil 1: tasarım şablonu arraying bir zebra balığı embriyo. Genel şablon olarak gösterilen (A ve C) 3-d Max çizim. (B) kesit şablon / görüntüleyin. (D) A kısmi şablonun görünümünü. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57892/57892fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57892/57892fig2.jpg"> Şekil 2: arraying şablonu kullanırken tipik adımları. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57892/57892fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57892/57892fig3.jpg"> Resim 3: bir 3D baskılı arraying şablonu fotoğraflarını. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57892/57892fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57892/57892fig4.jpg"> Şekil 4: 96-şey plakasına transfer sonra embriyo mikroskobik görüntülerini. (A)şablon tarafından önünüze bir 96-şey plaka kısmi görüntüsü. (B) kısmi görüntü el ile dizilmiş bir 96-şey plaka. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57892/57892fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57892/57892fig5.jpg"> Şekil 5: manuel ve arraying şablon yöntemlerle kaplama sonra embriyo genel sağlık durumunu. Sonra tarama, anormal ve sağkalım oranları embriyoların göre manuel veya arraying şablonu kullanarak kaplama, embriyoların genel sağlığı üzerinde önemli hiçbir etkisi her iki durumda da gözlendi. Hata çubukları standart sapmalar vardır. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57892/57892fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td></td>
			<td style="text-align: center;">El ile</td>
			<td style="text-align: center;">Robot platformu</td>
			<td style="text-align: center;">Şablon diziliyor</td>
		</tr>
<tr>
<td>Kaplama saat</td>
			<td style="text-align: center;">10 – 30 dk/plaka</td>
			<td style="text-align: center;">5-10 dk/plaka</td>
			<td style="text-align: center;">1-2 dk/plaka</td>
		</tr>
<tr>
<td>Maliyet</td>
			<td style="text-align: center;">Düşük</td>
			<td style="text-align: center;">Yüksek</td>
			<td style="text-align: center;">Düşük</td>
		</tr>
<tr>
<td>Gerekli eğitim</td>
			<td style="text-align: center;">En az</td>
			<td style="text-align: center;">Yüksek</td>
			<td style="text-align: center;">Minumum</td>
		</tr>
<tr>
<td>Çalışma alanı</td>
			<td style="text-align: center;">Küçük</td>
			<td style="text-align: center;">Büyük</td>
			<td style="text-align: center;">Küçük</td>
		</tr>
<tr>
<td>Embriyo üzerinde etkisi</td>
			<td style="text-align: center;">Hiçbiri çok az</td>
			<td style="text-align: center;">Hiçbiri çok az</td>
			<td style="text-align: center;">Hiçbiri çok az</td>
		</tr>
<tr>
<td>İyi eklendi sıvı miktarı</td>
			<td style="text-align: center;">Rasgele</td>
			<td style="text-align: center;">5 – 10 ΜL</td>
			<td style="text-align: center;">En az</td>
		</tr>
</tbody></table>Tablo 1: Manuel, Robotik ve arraying şablon işlemleri karşılaştırılması.

Watch this Scientific Journal Video about A 3-dimensional 3D-printed Template for High Throughput Zebrafish Embryo Arraying at JoVE.com

A 3-dimensional 3D-printed Template for High Throughput Zebrafish Embryo Arraying

Burada, tasarım ve yüksek işlem hacmi zebra balığı embriyo bir 96-şey plaka diziliyor için böyle şablon kullanımı ayrıntılı yordam tarafından ardından arraying bir zebra balığı embriyo imal için bir protokol mevcut.

3 boyutlu (3D)-yüksek işlem hacmi zebra balığı diziliyor embriyo için şablon basılı

The zebrafish is a globally recognized fresh water organism frequently used in developmental biology, environmental toxicology, and human disease related ...

a-3-dimensional-3d-printed-template-for-high-throughput-zebrafish

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Environment

A 3-dimensional (3D)-printed Template for High Throughput Zebrafish Embryo Arraying

6.7K Görüntüleme.  Tongji University. Burada, tasarım ve yüksek işlem hacmi zebra balığı embriyo bir 96-şey plaka diziliyor için böyle şablon kullanımı ayrıntılı yordam tarafından ardından arraying bir zebra balığı embriyo imal için bir protokol mevcut.

Video: A 3-dimensional 3D-printed Template for High Throughput Zebrafish Embryo Arraying

Determination of Microbial Extracellular Enzyme Activity in Waters, Soils, and Sediments using High Throughput Microplate Assays

Much of the nutrient cycling and carbon processing in natural environments occurs through the activity of extracellular enzymes released by microorganisms. Thus, measurement of the activity of these extracellular enzymes can give insights into the rates of ecosystem level processes, such as organic matter decomposition or nitrogen and phosphorus mineralization. Assays of extracellular enzyme activity in environmental samples typically involve exposing the samples to artificial colorimetric or fluorometric substrates and tracking the rate of substrate hydrolysis. Here we describe microplate based methods for these procedures that allow the analysis of large numbers of samples within a short time frame. Samples are allowed to react with artificial substrates within 96-well microplates or deep well microplate blocks, and enzyme activity is subsequently determined by absorption or fluorescence of the resulting end product using a typical microplate reader or fluorometer. Such high throughput procedures not only facilitate comparisons between spatially separate sites or ecosystems, but also substantially reduce the cost of such assays by reducing overall reagent volumes needed per sample.

Microplate based procedures are described for the colorimetric or fluorometric analysis of extracellular enzyme activity. These procedures allow for the rapid assay of such activity in large numbers of environmental samples within a manageable time frame.

Yüksek Verimli Mikroplate Tahliller kullanarak Waters, Topraklar ve tortulları Mikrobiyal Ekstrasellüler Enzim Aktivitesi Belirlenmesi

Much of the nutrient cycling and carbon  processing in natural environments occurs through the activity of extracellular  enzymes released by ...

Çevre

High-throughput Fluorometric Measurement of Potential Soil Extracellular Enzyme Activities

Microbes in soils and other environments produce extracellular enzymes to depolymerize and hydrolyze organic macromolecules so that they can be assimilated for energy and nutrients. Measuring soil microbial enzyme activity is crucial in understanding soil ecosystem functional dynamics. The general concept of the fluorescence enzyme assay is that synthetic C-, N-, or P-rich substrates bound with a fluorescent dye are added to soil samples. When intact, the labeled substrates do not fluoresce. Enzyme activity is measured as the increase in fluorescence as the fluorescent dyes are cleaved from their substrates, which allows them to fluoresce. Enzyme measurements can be expressed in units of molarity or activity. To perform this assay, soil slurries are prepared by combining soil with a pH buffer. The pH buffer (typically a 50 mM sodium acetate or 50 mM Tris buffer), is chosen for the buffer&#39;s particular acid dissociation constant (pKa) to best match the soil sample pH. The soil slurries are inoculated with a nonlimiting amount of fluorescently labeled (i.e. C-, N-, or P-rich) substrate. Using soil slurries in the assay serves to minimize limitations on enzyme and substrate diffusion. Therefore, this assay controls for differences in substrate limitation, diffusion rates, and soil pH conditions; thus detecting potential enzyme activity rates as a function of the difference in enzyme concentrations (per sample).
Fluorescence enzyme assays are typically more sensitive than spectrophotometric (i.e. colorimetric) assays,&#160;but can suffer from interference caused by impurities and the instability of many fluorescent compounds when exposed to light; so caution is required when handling fluorescent substrates. Likewise, this method only assesses potential enzyme activities under laboratory conditions when substrates are not limiting. Caution should be used when interpreting the data representing cross-site comparisons with differing temperatures or soil types, as in situ soil type and temperature can influence enzyme kinetics.

To measure potential rates of soil extracellular enzyme activities, synthetic substrates that are bound to a fluorescent dye are added to soil samples. Enzyme activity is measured as the fluorescent dye is released from the substrate by an enzyme-catalyzed reaction, where higher fluorescence indicates more substrate degradation.

Potansiyel Toprak Ekstrasellüler Enzim Aktivitelerinin Yüksek verim Florimetrik Ölçme

Microbes in soils and other environments produce extracellular enzymes to depolymerize and hydrolyze organic macromolecules so that they can be ...

Optimized Negative Staining: a High-throughput Protocol for Examining Small and Asymmetric Protein Structure by Electron Microscopy

Structural determination of proteins is rather challenging for proteins with molecular masses between 40 - 200 kDa. Considering that more than half of natural proteins have a molecular mass between 40 - 200 kDa1,2, a robust and high-throughput method with a nanometer resolution capability is needed. Negative staining (NS) electron microscopy (EM) is an easy, rapid, and qualitative approach which has frequently been used in research laboratories to examine protein structure and protein-protein interactions. Unfortunately, conventional NS protocols often generate structural artifacts on proteins, especially with lipoproteins that usually form presenting rouleaux artifacts. By using images of lipoproteins from cryo-electron microscopy (cryo-EM) as a standard, the key parameters in NS specimen preparation conditions were recently screened and reported as the optimized NS protocol (OpNS), a modified conventional NS protocol 3 . Artifacts like rouleaux can be greatly limited by OpNS, additionally providing high contrast along with reasonably high&#8208;resolution (near 1 nm) images of small and asymmetric proteins. These high-resolution and high contrast images are even favorable for an individual protein (a single object, no average) 3D reconstruction, such as a 160 kDa antibody, through the method of electron tomography4,5. Moreover, OpNS can be a high&#8208;throughput tool to examine hundreds of samples of small proteins. For example, the previously published mechanism of 53 kDa cholesteryl ester transfer protein (CETP) involved the screening and imaging of hundreds of samples 6. Considering cryo-EM rarely successfully images proteins less than 200 kDa has yet to publish any study involving screening over one hundred sample conditions, it is fair to call OpNS a high-throughput method for studying small proteins. Hopefully the OpNS protocol presented here can be a useful tool to push the boundaries of EM and accelerate EM studies into small protein structure, dynamics and mechanisms.

More than half of proteins are small proteins (molecular mass &#60;200 kDa) that are challenging for both electron microscope imaging and three-dimensional reconstructions. Optimized negative staining is a robust and high-throughput protocol to obtain high contrast and relatively high resolution (~1 nm) images of small asymmetric proteins or complexes under different physiological conditions.

Optimize Negatif Boyama: Elektron Mikroskobu ile Küçük ve Asimetrik Protein Yapısı incelenmesi için Yüksek verim Protokolü

Structural determination of proteins is rather challenging for proteins with molecular masses between 40 - 200 kDa. Considering that more than half of ...

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce (Lactuca sativa) Germplasm Collections

This protocol describes a method by which a large collection of the leafy green vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) germplasm was screened for likely drought-tolerance traits. Fresh water availability for agricultural use is a growing concern across the United States as well as many regions of the world. Short-term drought events along with regulatory intervention in the regulation of water availability coupled with the looming threat of long-term climate shifts that may lead to reduced precipitation in many important agricultural regions has increased the need to hasten the development of crops adapted for improved water use efficiency in order to maintain or expand production in the coming years. This protocol is not meant as a step-by-step guide to identifying at either the physiological or molecular level drought-tolerance traits in lettuce, but rather is a method developed and refined through the screening of thousands of different lettuce varieties. The nature of this screen is based in part on the streamlined measurements focusing on only three water-stress indicators: leaf relative water content, wilt, and differential plant growth following drought-stress. The purpose of rapidly screening a large germplasm collection is to narrow the candidate pool to a point in which more intensive physiological, molecular, and genetic methods can be applied to identify specific drought-tolerant traits in either the lab or field. Candidates can also be directly incorporated into breeding programs as a source of drought-tolerance traits.

Semi-High Throughput Screening for Potential Drought-tolerance in Lettuce Lactuca sativa Germplasm Collections

This protocol was developed to screen a large germplasm collection of the leafy vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) for drought-tolerance, in order to identify a small candidate pool of lettuce for use in physiological, molecular, and genetic studies to identify underlying drought-tolerance traits along with breeding programs.

Marul Potansiyel Kuraklığa tolerans Yarı-Yüksek Verim Tarama (<em&gt; Lactuca sativa</em&gt;) Germplazm Koleksiyonlar

This protocol describes a method by which a large collection of the leafy green vegetable lettuce (Lactuca sativa L.) germplasm was screened for likely ...

High-throughput Screening of Recalcitrance Variations in Lignocellulosic Biomass: Total Lignin, Lignin Monomers, and Enzymatic Sugar Release

The conversion of lignocellulosic biomass to fuels, chemicals, and other commodities has been explored as one possible pathway toward reductions in the use of non-renewable energy sources. In order to identify which plants, out of a diverse pool, have the desired chemical traits for downstream applications, attributes, such as cellulose and lignin content, or monomeric sugar release following an enzymatic saccharification, must be compared. The experimental and data analysis protocols of the standard methods of analysis can be time-consuming, thereby limiting the number of samples that can be measured. High-throughput (HTP) methods alleviate the shortcomings of the standard methods, and permit the rapid screening of available samples to isolate those possessing the desired traits. This study illustrates the HTP sugar release and pyrolysis-molecular beam mass spectrometry pipelines employed at the National Renewable Energy Lab. These pipelines have enabled the efficient assessment of thousands of plants while decreasing experimental time and costs through reductions in labor and consumables.

Plant cell wall structure and chemistry traits are evaluated to identify ideal feedstocks for biofuels and bio-materials. Standard methods have limitations when applied to large data sets. These high-throughput pretreatment, enzyme saccharification, and pyrolysis-molecular beam mass spectrometry methods compare large numbers of biomass samples with decreased experimental time and cost.

Toplam Lignin, lignin Monomer ve enzimatik Şeker Yayın: Lignocellulosic Biyokütle rekalsitrantların Varyasyonları yüksek verimlilik Taraması

The conversion of lignocellulosic biomass to fuels, chemicals, and other commodities has been explored as one possible pathway toward reductions in the ...

RGB and Spectral Root Imaging for Plant Phenotyping and Physiological Research: Experimental Setup and Imaging Protocols

Better understanding of plant root dynamics is essential to improve resource use efficiency of agricultural systems and increase the resistance of crop cultivars against environmental stresses. An experimental protocol is presented for RGB and hyperspectral imaging of root systems. The approach uses rhizoboxes where plants grow in natural soil over a longer time to observe fully developed root systems. Experimental settings are exemplified for assessing rhizobox plants under water stress and studying the role of roots. An RGB imaging setup is described for cheap and quick quantification of root development over time. Hyperspectral imaging improves root segmentation from the soil background compared to RGB color based thresholding. The particular strength of hyperspectral imaging is the acquisition of chemometric information on the root-soil system for functional understanding. This is demonstrated with high resolution water content mapping. Spectral imaging however is more complex in image acquisition, processing and analysis compared to the RGB approach. A combination of both methods can optimize a comprehensive assessment of the root system. Application examples integrating root and aboveground traits are given for the context of plant phenotyping and plant physiological research. Further improvement of root imaging can be obtained by optimizing RGB image quality with better illumination using different light sources and by extension of image analysis methods to infer on root zone properties from spectral data.

An experimental protocol is presented for assessment of soil grown plant root systems with RGB and hyperspectral imaging. Combination of RGB image time series with chemometric information from hyperspectral scans optimizes insights into plant root dynamics.

RGB ve bitki fenotipleme ve fizyolojik araştırma için spektral kök görüntüleme: deneysel kurulum ve iletişim kuralları görüntüleme

Better understanding of plant root dynamics is essential to improve resource use efficiency of agricultural systems and increase the resistance of crop ...

Basic Research in Plasma Medicine - A Throughput Approach from Liquids to Cells

In plasma medicine, ionized gases with temperatures close to that of vertebrate systems are applied to cells and tissues. Cold plasmas generate reactive species known to redox regulate biological processes in health and disease. Pre-clinical and clinical evidence points to beneficial effects of plasma treatment in the healing of chronic ulcer of the skin. Other emerging topics, such as plasma cancer treatment, are receiving increasing attention. Plasma medical research requires interdisciplinary expertise in physics, chemistry, and biomedicine. One goal of plasma research is to characterize plasma-treated cells in a variety of specific applications. This includes, for example, cell count and viability, cellular oxidation, mitochondrial activity, cytotoxicity and mode of cell death, cell cycle analysis, cell surface marker expression, and cytokine release. This study describes the essential equipment and workflows required for such research in plasma biomedicine. It describes the proper operation of an atmospheric pressure argon plasma jet, specifically monitoring its basic emission spectra and feed gas settings to modulate reactive species output. Using a high-precision xyz-table and computer software, the jet is hovered in millisecond-precision over the cavities of 96-well plates in micrometer-precision for maximal reproducibility. Downstream assays for liquid analysis of redox-active molecules are shown, and target cells are plasma-treated. Specifically, melanoma cells are analyzed in an efficient sequence of different consecutive assays but using the same cells: measurement of metabolic activity, total cell area, and surface marker expression of calreticulin, a molecule important for the immunogenic cell death of cancer cells. These assays retrieve content-rich biological information about plasma effects from a single plate. Altogether, this study describes the essential steps and protocols for plasma medical research.

A high-throughput cold physical plasma treatment protocol of liquids and cells is shown. It involves setting up different feed gas compositions for plasma ignition, measuring the plasma&#39;s emission spectra, and the subsequent analysis of liquids and cellular activity after plasma treatment.

Plazma tıp - sıvı hücreleri bir üretilen iş yaklaşımı temel araştırma

In plasma medicine, ionized gases with temperatures close to that of vertebrate systems are applied to cells and tissues. Cold plasmas generate reactive ...

High-throughput, Microscale Protocol for the Analysis of Processing Parameters and Nutritional Qualities in Maize (Zea mays L.)

Maize is an important grain crop in the United States and worldwide. However, maize grain must be processed prior to human consumption. Furthermore, whole grain composition and processing characteristics vary among maize hybrids and can impact the quality of the final processed product. Therefore, in order to produce healthier processed food products from maize, it is necessary to know how to optimize processing parameters for particular sets of germplasm to account for these differences in grain composition and processing characteristics. This includes a better understanding of how current processing techniques impact the nutritional quality of the final processed food product. Here, we describe a microscale protocol that both simulates the processing pipeline to produce cornflakes from large flaking grits and allows for the processing of multiple grain samples simultaneously. The flaking grits, the intermediate processed products, or final processed product, as well as the corn grain itself, can be analyzed for nutritional content as part of a high-throughput analytical pipeline. This procedure was developed specifically for incorporation into a maize breeding research program, and it can be modified for other grain crops. We provide an example of the analysis of insoluble-bound ferulic acid and p-coumaric acid content in maize. Samples were taken at five different processing stages. We demonstrate that sampling can take place at multiple stages during microscale processing, that the processing technique can be utilized in the context of a specialized maize breeding program, and that, in our example, most of the nutritional content was lost during food product processing.

High-throughput, Microscale Protocol for the Analysis of Processing Parameters and Nutritional Qualities in Maize Zea mays L.

Here, we present a microscale protocol for processing grain samples and for incorporating this microscale approach into a high-throughput analytical pipeline. This is a higher throughput adaptation of currently available protocols.

Yüksek işlem hacmi, analiz işleme parametrelerini ve Mısır (Zea mays L.) beslenme nitelikleri için Microscale Protokolü

Maize is an important grain crop in the United States and worldwide. However, maize grain must be processed prior to human consumption. Furthermore, whole ...

Single-throughput Complementary High-resolution Analytical Techniques for Characterizing Complex Natural Organic Matter Mixtures

Natural organic matter (NOM) is composed of a highly complex mixture of thousands of organic compounds which, historically, proved difficult to characterize. However, to understand the thermodynamic and kinetic controls on greenhouse gas (carbon dioxide [CO2] and methane [CH4]) production resulting from the decomposition of NOM, a molecular-level characterization coupled with microbial proteome analyses is necessary. Further, climate and environmental changes are expected to perturb natural ecosystems, potentially upsetting complex interactions that influence both the supply of organic matter substrates and the microorganisms performing the transformations. A detailed molecular characterization of the organic matter, microbial proteomics, and the pathways and transformations by which organic matter is decomposed will be necessary to predict the direction and magnitude of the effects of environmental changes. This article describes a methodological throughput for comprehensive metabolite characterization in a single sample by direct injection Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry (FTICR-MS), gas chromatography mass spectrometry (GC-MS), nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy, liquid chromatography mass spectrometry (LC-MS), and proteomics analysis. This approach results in a fully-paired dataset which improves statistical confidence for inferring pathways of organic matter decomposition, the resulting CO2 and CH4 production rates, and their responses to environmental perturbation. Herein we present results of applying this method to NOM samples collected from peatlands; however, the protocol is applicable to any NOM sample (e.g., peat, forested soils, marine sediments, etc.).

This protocol describes a single throughput for complementary analytical and omics techniques culminating in a fully-paired characterization of natural organic matter and microbial proteomics in different ecosystems. This approach permits robust comparisons for identifying metabolic pathways and transformations important for describing greenhouse gas production and predicting responses to environmental change.

Karmaşık doğal organik madde karışımları karakterize için tek işlem hacmi tamamlayıcı yüksek çözünürlüklü analitik teknikler

Natural organic matter (NOM) is composed of a highly complex mixture of thousands of organic compounds which, historically, proved difficult to ...

Evaluation of the Productivity of Social Wasp Colonies (Vespinae) and an Introduction to the Traditional Japanese Vespula Wasp Hunting Technique

For vespine wasps, colony productivity is typically estimated by counting the number of larval cells. This paper presents an improved method that enables researchers to estimate more accurately the number of adults produced, counting the number of meconia (the stools left in the cells by wasp larvae when pupating into adults, per 100 cells) in each comb. This method can be applied before or after colony collapse (i.e., in active or inactive nests). The paper also describes how to locate wild Vespula wasp colonies by &#34;flagging&#34; wasp baits and chasing the wasp collecting them, using a method traditionally performed by local people in central Japan (as illustrated in the associated video). The Vespula chasing method described has several advantages: it is easy to reinitiate the chase from a point where the forager flying back to the nest was lost, and it is easy to pinpoint the nest location as marked wasps often lose their flag at the nest entrance. These methods for estimating colony productivity and collecting nests can be valuable for researchers studying social wasps.

Evaluation of the Productivity of Social Wasp Colonies Vespinae and an Introduction to the Traditional Japanese Vespula Wasp Hunting Technique

This methodological paper evaluates the productivity of a social wasp colony by examining the number of meconia per 100 cells of comb, to estimate the total number of adults the wasps produced. The associated video describes how to search for Vespula wasp nests, a method developed by amateur wasp chasers.

Sosyal Arı Kolonilerinin (Vespinae) Verimliliğinin Değerlendirilmesi ve Geleneksel Japon Vespula Wasp Avlanma Tekniğine Giriş

For vespine wasps, colony productivity is typically estimated by counting the number of larval cells. This paper presents an improved method that enables ...