Name: the barnacle balanus improvisus as a marine model - culturing and gene expression
Uploaded: 2018-08-08T14:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 47 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about The Barnacle Balanus improvisus as a Marine Model - Culturing and Gene Expression at JoVE.com

Bu araştırma hibe 2017-04559 İsveçli Araştırma Konseyi (VR) ve AB desteklenen proje SEAFRONT Anders Blomberg tarafından desteklenmiştir. Özellikle, kodlamayla Tesisin kurulması yıllar içinde hibe tarafından başına R. Jonsson aşağıdaki fon acentelerden desteklenmiştir: SSF (İsveç Stratejik Araştırmalar Vakfı) Deniz Bilimleri programı aracılığıyla ve teknoloji ve MISTRA deniz boya programı aracılığıyla. Kent Berntsson culturingfacility kadar ayar erken aşamada vesile oldu. Ek kodlamayla tesisin deniz Evrimsel Biyoloji (www.cemeb.science.gu.se) merkezinden geldi oluşturmak üzere finansman, olduğu İsveçli araştırma konseyleri FORMAS ve VR Linnaeus hibe tarafından desteklenen.

<ol>
	<li>Darwin, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> A monograph of the sub-class Cirripedia, with figures of all species. The Balanidae (or sessile cirripedes); the Verrucidae, etc., etc., etc. , (1854).</li><li>Lind, U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+aquaporins+from+the+euryhaline+barnacle+Balanus+improvisus+reveals+differential+expression+in+response+to+changes+in+salinity.">Analysis of aquaporins from the euryhaline barnacle Balanus improvisus reveals differential expression in response to changes in salinity.</a> PLoS ONE. 12 (7), 0181192 (2017).</li><li>Lind, U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+characterization+of+the+alpha-subunit+of+Na+/K++ATPase+from+the+euryhaline+barnacle+Balanus+improvisus+reveals+multiple+genes+and+differential+expression+of+alternative+splice+variants.">Molecular characterization of the alpha-subunit of Na+/K+ ATPase from the euryhaline barnacle Balanus improvisus reveals multiple genes and differential expression of alternative splice variants.</a> PLoS ONE. 8, 77069 (2013).</li><li>Fyhn, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Holeuryhalinity+and+its+mechanisms+in+a+cirriped+crustacean,+Balanus+improvisus.">Holeuryhalinity and its mechanisms in a cirriped crustacean, Balanus improvisus.</a> Comparative Biochemistry and Physiology - Part A: Comparative Physiology. 53 (1), 19-30 (1976).</li><li>Wrange, A. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+story+of+a+hitchhiker:+population+genetic+patterns+in+the+invasive+barnacle+Balanus+(Amphibalanus)+improvisus+Darwin+1854.">The story of a hitchhiker: population genetic patterns in the invasive barnacle Balanus (Amphibalanus) improvisus Darwin 1854.</a> PLoS ONE. 11 (1), 0147082 (2016).</li><li>Berntsson, K. M., Jonsson, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Temporal+and+spatial+patterns+in+recruitment+and+succession+of+a+temperate+marine+fouling+assemblage:+a+comparison+of+static+panels+and+boat+hulls+during+the+boating+season.">Temporal and spatial patterns in recruitment and succession of a temperate marine fouling assemblage: a comparison of static panels and boat hulls during the boating season.</a> Biofouling. 19 (3), 187-195 (2003).</li><li>Lind, U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Octopamine+receptors+from+the+barnacle+Balanus+improvisus.+are+activated+by+the+alpha2-adrenoceptor+agonist+medetomidine.">Octopamine receptors from the barnacle Balanus improvisus. are activated by the alpha2-adrenoceptor agonist medetomidine.</a> Molecular Pharmacology. 78 (2), 237-248 (2010).</li><li>Semmler, H., Hoeg, J. T., Scholtz, G., Wanninger, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+reconstruction+of+the+naupliar+musculature+and+a+scanning+electron+microscopy+atlas+of+nauplius+development+of+Balanus+improvisus+(Crustacea:+Cirripedia:+Thoracica).">Three-dimensional reconstruction of the naupliar musculature and a scanning electron microscopy atlas of nauplius development of Balanus improvisus (Crustacea: Cirripedia: Thoracica).</a> Arthropod Structure &amp; Development. 38 (2), 135-145 (2009).</li><li>Anderson, D. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Barnacles - structure, function, development and evolution. , (1994).</li><li>Kennedy, V. S., DiCosimo, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Subtidal+distribution+of+barnacles+in+Chesapeake+Bay,+Maryland.">Subtidal distribution of barnacles in Chesapeake Bay, Maryland.</a> Estuaries. 6, 95-101 (1983).</li><li>Dreanno, C., Kirby, R. R., Clare, A. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Locating+the+barnacle+settlement+pheromone:+spatial+and+ontogenetic+expression+of+the+settlement-inducing+protein+complex+of+Balanus+amphitrite.">Locating the barnacle settlement pheromone: spatial and ontogenetic expression of the settlement-inducing protein complex of Balanus amphitrite.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 273, 2721-2728 (2006).</li><li>Rittschoff, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cues+and+context:+larval+responses+to+physical+and+chemical+cues.">Cues and context: larval responses to physical and chemical cues.</a> Biofouling. 12 (1-3), 31-44 (1998).</li><li>Berntsson, K. M., Jonsson, P. R., Lejhall, M., Gatenholm, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+behavioural+rejection+of+micro-textured+surfaces+and+implications+for+recruitment+by+the+barnacle+Balanus+improvisus.">Analysis of behavioural rejection of micro-textured surfaces and implications for recruitment by the barnacle Balanus improvisus.</a> Journal of Experimental Marine BIology and Ecology. 251 (1), 59-83 (2000).</li><li>Gamfeldt, L., Wall&#233;n, J., Jonsson, P. R., Berntsson, K. M., Havenhand, J. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increasing+intraspecific+diversity+enhances+settling+success+in+a+marine+invertebrate.">Increasing intraspecific diversity enhances settling success in a marine invertebrate.</a> Ecology. 86, 3219-3224 (2005).</li><li>Rittschof, D., Clare, A. S., Gerhart, D. J., Sister Avelin, M., Bonaventura, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Barnacle+in+vitro+assays+for+biologically+active+substances:+toxicity+and+settlement+inhibition+assays+using+mass+cultured+Balanus+amphitrite+amphitrite+Darwin.">Barnacle in vitro assays for biologically active substances: toxicity and settlement inhibition assays using mass cultured Balanus amphitrite amphitrite Darwin.</a> Biofouling. 6 (2), 115-122 (1992).</li><li>Pansch, C., Schaub, I., Havenhand, J., Wahl, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Habitat+traits+and+food+availability+determine+the+response+of+marine+invertebrates+to+ocean+acidification.">Habitat traits and food availability determine the response of marine invertebrates to ocean acidification.</a> Global Change Biology. 20 (3), 765-777 (2014).</li><li>Guillard, R. R. L., Smith, W. L., Chanley, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Culture+of+phytoplankton+for+feeding+marine+invertebrates.">Culture of phytoplankton for feeding marine invertebrates.</a> Culture of marine invertebrate animals. , 22-60 (1975).</li><li>Wrange, A. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Importance+of+plasticity+and+local+adaptation+for+coping+with+changing+salinity+in+coastal+areas:+a+test+case+with+barnacles+in+the+Baltic+Sea.">Importance of plasticity and local adaptation for coping with changing salinity in coastal areas: a test case with barnacles in the Baltic Sea.</a> BMC Evolutionary Biology. 14, 156 (2014).</li><li>Bacchetti De Gregoris, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Construction+of+an+adult+barnacle+(Balanus+amphitrite)+cDNA+library+and+selection+of+reference+genes+for+quantitative+RT-PCR+studies.">Construction of an adult barnacle (Balanus amphitrite) cDNA library and selection of reference genes for quantitative RT-PCR studies.</a> BMC Molecular Biology. 10, 62 (2009).</li><li>Winnebeck, E. C., Millar, C. D., Warman, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Why+does+insect+RNA+look+degraded.">Why does insect RNA look degraded.</a> Journal of Insect Science. 10, 159 (2010).</li><li>Panova, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+extraction+protocols+for+whole-genome+sequencing+in+marine+organisms.">DNA extraction protocols for whole-genome sequencing in marine organisms.</a> Methods in Molecular BIology. 1452, 13-44 (2016).</li><li>Berglin, M., Larsson, A., Jonsson, P., Paul Gatenholm, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+adhesion+of+the+barnacle,+Balanus+improvisus,+to+poly(dimethylsiloxane)+fouling-release+coatings+and+poly(methyl+methacrylate)+panels:+the+effect+of+barnacle+size+on+strength+and+failure+mode.">The adhesion of the barnacle, Balanus improvisus, to poly(dimethylsiloxane) fouling-release coatings and poly(methyl methacrylate) panels: the effect of barnacle size on strength and failure mode.</a> Journal of Adhesion Science and Technology. 15, 1485-1502 (2001).</li><li>Larsson, A. I., Granhag, L. M., Jonsson, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Instantaneous+flow+structures+and+opportunities+for+larval+settlement:+barnacle+larvae+swim+to+settle.">Instantaneous flow structures and opportunities for larval settlement: barnacle larvae swim to settle.</a> PLoS ONE. 11, 0158957 (2016).</li><li>Toth, G. B., Lindeborg, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Water-soluble+compounds+from+the+breadcrumb+sponge+Halichondria+panicea.+deter+attachment+of+the+barnacle+Balanus+improvisus.">Water-soluble compounds from the breadcrumb sponge Halichondria panicea. deter attachment of the barnacle Balanus improvisus.</a> Marine Ecology Progress Series. 354, 125-132 (2008).</li><li>Pansch, C., Jonsson, P. R., Berglin, M., Pinori, E., Wrange, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+flow-through+bioassay+for+testing+low-emission+antifouling+coatings.">A new flow-through bioassay for testing low-emission antifouling coatings.</a> Biofouling. 33 (8), 613-623 (2017).</li><li>Walne, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Observation+of+food+value+of+7+species+of+algae+to+larvae+of+Ostrea+edulis+1.+Feeding+experiments.">Observation of food value of 7 species of algae to larvae of Ostrea edulis 1. Feeding experiments.</a> Journal of the Marine Biological Associateion of the UK. 43, 767-784 (1963).</li><li>Sandnes, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+monitoring+and+automatic+density+control+of+large-scale+microalgal+cultures+using+near+infrared+(NIR)+optical+density+sensors.">Real-time monitoring and automatic density control of large-scale microalgal cultures using near infrared (NIR) optical density sensors.</a> Journal of Biotechnology. 122 (2), 209-215 (2006).</li><li>Neufeldt, C. J., Palmer, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precisely+proportioned:+intertidal+barnacles+alter+penis+form+to+suit+coastal+wave+action.">Precisely proportioned: intertidal barnacles alter penis form to suit coastal wave action.</a> Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences. 275, 1081-1087 (2008).</li><li>Dunstan, G., Volkman, J., Barrett, S., Leroi, J., Jeffrey, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Essential+polyunsaturated+fatty+acids+from+14+species+of+diatom+(Bacillariophyceae).">Essential polyunsaturated fatty acids from 14 species of diatom (Bacillariophyceae).</a> Phytochemistry. 35, 155-161 (1994).</li><li>Jonsson, P. R., Berntsson, K., Andr&#233;, C., W&#228;ngberg, S. -. &. #. 1. 9. 7. ;. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Larval+growth+and+settlement+of+the+European+oyster+(Ostrea+edulis)+as+a+function+of+food+quality+measured+as+fatty+acid+composition.">Larval growth and settlement of the European oyster (Ostrea edulis) as a function of food quality measured as fatty acid composition.</a> Marine Biology. 134 (3), 559-570 (1999).</li><li>Comps, M., Bonami, J. R., Vago, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Virus-disease+of+Portuguese+oyster+(Crassostrea+angulata.+lmk).">Virus-disease of Portuguese oyster (Crassostrea angulata. lmk).</a> Comptes rendus hebdomadaires des s&#233;ances de l'Acad&#233;mie des Sciences. S&#233;rie D, Sciences naturelles. 282, 1991-1993 (1976).</li><li>Segarra, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+description+of+a+particular+Ostreid+herpesvirus.+1+genotype+associated+with+massive+mortality+outbreaks+of+Pacific+oysters,+Crassostrea+gigas,+in+France+in+2008.">Detection and description of a particular Ostreid herpesvirus. 1 genotype associated with massive mortality outbreaks of Pacific oysters, Crassostrea gigas, in France in 2008.</a> Virus Research. 153 (1), 92-99 (2010).</li><li>Suquet, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Survival,+growth+and+reproduction+of+cryopreserved+larvae+from+a+marine+invertebrate,+the+Pacific+oyster+(Crassostrea+gigas).">Survival, growth and reproduction of cryopreserved larvae from a marine invertebrate, the Pacific oyster (Crassostrea gigas).</a> PLoS ONE. 9 (4), 93486 (2014).</li><li>Mart&#237;nez-P&#225;ramo, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cryobanking+of+aquatic+species.">Cryobanking of aquatic species.</a> Aquaculture. 472, 156-177 (2017).</li><li>Anil, A. C., Tulaskar, A. S., Khandeparkar, D. C., Wagh, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cryopreservation+of+Balanus+amphitrite+nauplii.">Cryopreservation of Balanus amphitrite nauplii.</a> Cryobiology. 34, 131-140 (1997).</li><li>Oo, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cryopreservation+of+nauplius+larvae+of+the+barnacle,+Balanus+amphitrite+Darwin.">Cryopreservation of nauplius larvae of the barnacle, Balanus amphitrite Darwin.</a> Fisheries Science. 64, 857-860 (1998).</li><li>Lin, H. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=First+study+on+gene+expression+of+cement+proteins+and+potential+adhesion-related+genes+of+a+membranous-based+barnacle+as+revealed+from+next-generation+sequencing+technology.">First study on gene expression of cement proteins and potential adhesion-related genes of a membranous-based barnacle as revealed from next-generation sequencing technology.</a> Biofouling. 30 (2), 169-181 (2014).</li></ol>

Yazarlar bildirmek için bir şey yok.

Barnacle kültür Tjärnö deniz Araştırma Laboratuvarı (İsveç) 20 yılı aşkın süredir çalışmakta olduğu ve birçok farklı araştırma alanda çalışmalar için kullanılır. 30'dan fazla bilimsel makale kodlamayla sistem çalışmaları da dahil olmak üzere zehirli13,22, hidrodinamik23, kimyasal ekoloji24son yıl içinde kullanılan yayınlanmıştır, iklim değişikliği16 , Evrimsel biyoloji5ve moleküler biyoloji2.
Laboratuar ortamında (vahşi nüfus temsilcisi olmayabilir bireyler) daha adapte olmuşlardır belirli kişilerin seçimine önlemek için yeni bir broodstock alandan her yıl toplamak için önerilir. Buna ek olarak, Ayrıca bu yana yaklaşık yetişkin mortalite % 50-80 normal bir yıl boyunca her yıl, kültür gençleştirmek için iyi bir yöntemdir. Ancak, amaç doğuştan hatları üretmeye veya deneysel evrim çalışmalar ayarlamak için ise, sadece Laboratuvar yetiştirilen aileler kullanılmak üzere vardır.
Çünkü o zaman, cyprid larva denizin içinde iyi bir kaynağı B. improvisus Tjärnö deniz araştırma laboratuvarı panelleri üzerinde toplamak için iyi bir zaman Haziran-Ağustos ayında var. Kontrol panelleri haftalık barnacle kapatma başladığında görmek ve diğer el ile kaldırmak için yerleşmiş türler B. improvisus (Örneğin, midye, tunicates, bryozoans, hydroids, nemerteans/tubeworms ve diğer barnacle türler) daha--dan paneller (Örneğin, bir diş fırçası ile). Tjärnö var üç sığ su barnacle tür mevcut (B. improvisus, Semibalanus balanoidesve Balanus crenatus). Ancak, B. improvisus Temmuz – Ağustos sırasında yumuşak sert yüzeylerin Orklar'dan baskın olduğunu. S. balanoides erken bahar sırasında onun kapanış dönemi vardır ve çoğunlukla doğal yüzeylerde (Örneğin, taş) tercih ediyor. B. crenatus yaz aylarında panellerinde düşük numaralarından oluşabilir.
Bazı linages belirli özellikleri ile kurulmuş varsa gerekli olacaktır, kültürlü cyprids veya deneysel evrim çalışmalarda yeni yetişkin barnacle nesiller başlatmak mümkündür. Yetişkin yeni nesil başlatmak için en uygun cyprids laboratuvarda termoplastik paneller üzerine yerleşmek için yoludur. Bu paneller yeni kapatılan cyprids ile de deneysel tedaviler veya maruz alanında kullanılabilir. Acil durumlarda, bir de yakın bir sitede (Örneğin, Idefjorden Tjärnö deniz araştırma laboratuvarı durumunda) B. improvisus ortak nerede gelen kayalar üzerinde yetişkin kullanabilirsiniz. Zaten kurulmuş bu yetişkinlerin böylece tepsilerde konuyor panellerinde, yetişkin olarak aynı şekilde tedavi ve sistem üzerinden akış yoluyla beslenir. Akış hücreleri panelleri kıskaç25ile kurmak için de kullanılabilir. Bu akış yoluyla chambers ile plankton net üzerinde cyprids, panel larvaların için tek yerleşim yüzey olarak ile razı değil tarafta vardır.
Tüm yaşam evreleri de dahil olmak üzere bir uzun vadeli işleyen barnacle kültürünü ayarlamak için kritik olan birkaç adım vardır. Kültür B. improvisus kullanılan yöntemleri muhtemelen, büyük ölçüde, free-swimming, planktotrophic larvaları ile deniz diğer omurgasız için de geçerli bulunmaktadır. Kodlamayla yordamlar için bazı türler zaten iyi açıklanan (Örneğin, mavi midye ve istiridye ve farklı türler için)26, diğer deniz omurgasızlar iken için sadece birkaç örnek hayatı boyunca yayılan uzun vadeli kültürlerin vardır döngüsü. İlk başarılı deneme kültür kıskaç (d. amphitrite) için birini Rittschof vd tarafından yapıldı 15. uzun vadeli finansal ve kişisel kaynakları barnacle kültür tesis kurma düşünmeden önce yerde olmalı. Yılın bu tür bakım-barnacle kültür en az bir kişi çalışma yarı süresi gerektirir. Bazı adımlar mikroalg27kültür ağırlıklı üretim hattında gelecekteki otomasyon için bazı potansiyel olabilir. Buna ek olarak, başarılı olmak adına, büyük miktarda yüksek kaliteli deniz suyu için erişim olması esastır. Mikroalg, Artemia ve kaya midyeleri kültür herhangi bir belirli güvenlik prosedürleri anlamına gelmez. Ancak, bazı zehirli maddeler veya toksik kimyasallar testleri özel önlemler gerekebilir.
Paneller contaminations için haftada birkaç kez kontrol edildi. Kültürde kullanılan deniz suyu Tjärnö deniz araştırma laboratuvarı dışında Koster fiyort 40 m derinlemesine dan pompalanır oldu ve iki kum filtreleri yoluyla Laboratuvar su sistemi girmeden önce kabul edildi. Filtre yok sudan yapılmış eğer çok daha fazla kirlenme kültür olur. Düzenli olarak döküntü ve deniz suyu temini sisteminden alandan girin (Örneğin, stolon-bina hydroids ve yırtıcı nemerteans) diğer omurgasızlar kültüründen panellerinde temizlemek için esastır. Hiçbir larva rağmen üretilen Eğer örneğin, kültür iyi beslenmiş ve aksi halde olmuştur aslında iyi durumda gibi görünüyor sorun çiftleşme etkisizleştirmek için görünür nemerteans varlığı olabilir. Doğal olarak, birçok bulaşıcı canlılar kültür Tjärnö deniz araştırma laboratuvarı arasında İsveç Batı kıyısında belirli ve organizmaların bulaşıcı başka türleri yaygın ve diğer coğrafi alanlarda bir sorun daha olabilir. İsveç'in Batı kıyısında kirlenme panellerinde diğer barnacle türler tarafından bulmak olağandışı bir durum. Bazen, S. balanoides kurulması bulundu, ama çok marjinal sorun (en azından, bir balanoides S. kirletici 10.000 B. improvisus örnekleri için) bu. Türler kirletici eksikliği büyük olasılıkla yeni kültürler larvaefrom B. improvisus son derece hakim olduğu zaman yaz aylarında kurmak için rejim bağımlı. Buna ek olarak, ayrıca oldu B. improvisus açık bir zenginleştirme panellerinde bu tür pürüzsüz yüzeylerde13için seçime bağlı olduğu için.
Ölü yetişkin kıskaç kaldırmak gereklidir. Boş kabukları panelleri üzerinde kalması durumunda, hem Artemia nauplii yanı sıra çeşitli bulaşıcı türler için bir sığınak haline gelebilir. Buna ek olarak, bu ölü bireylerin bireylerle, ayrışma sırasında toksik bileşikler sürümü muhtemelen komşu iyi olmak etkilemek fark edilmiştir. Bir ek, yetişkin ölüm bazı kişilerin rahat ve çok uzakta çiftleşme (kaya midyeleri en uzun penis büyüklüğü ile ilgili olarak hayvan dünyada olsa bile) izin vermek için herhangi bir yetişkin gelen kalır ki sonucudur28. Bu kişilerin hayatta kalacak ama larva için sigara-üretken. Ancak, bu yalnız yetişkin bireyler yavaşça Bankası-plaka zarar vermeden kaldırılabilir ve diğerlerine yakın çiftleşme etkinleştirmek için yatay olarak yerleştirilmiş. Kıskaç da üstünde her-paneller bir yetişkin ile yerleştirerek şeklindeki ama böylece karşılıklı etkileşimlere oluşabilir yeterince yakın. Bu şekilde, genetik satırları üretilen14olabilir.
Bir yem kaliteli üretmek için ve hemen hemen her gün kültürler beslemek için önemlidir. Hatta bir kaç gün yiyeceksiz larva azalan bir sürümde neden olabilir. Diyet kompozisyon önceki testler Diyatomlarla barnacle nauplii hayatta kalma ve büyüme için gerekli olan göstermiştir. Birçok diatom türü olarak yeterli gibi görünüyor besleme, her ne kadar küçük ya da soliter hücreleri (çapı 10 µm) nauplii'nın sindirim için gerekli olabilir. S. marinoi, C. simplexve T. pseudonana türlerin hepsi B. improvisus nauplii, yanı sıra kolay yetiştirmek için yeterli yem olduğu kanıtlanmıştır. Buna ek olarak, yem kalitesi genellikle yosun katlanarak büyüyen için yüksektir. Ayrıca Diyatomlarla B. amphitrite15üretken kültürleri kurmak için gerekli olan bildirilmiştir. Bir teori Diyatomlarla önemini bir benzersiz yağ asidi profile sahip ve özellikle son derece çoklu doymamış 20:5 yağ asidi29zengindir. Bu, bazı yağ asitleri istiridye larva30başarılı gelişimi için önemlidir gösterilmiştir.
Yıllar içinde barnacle kültüründe zararlı hastalıkları yok olaylar olmuştur. İstiridye ve midye gibi birçok ticari omurgasız aquacultures hastalıklar oldukça yaygındır ve çok zararlı olabilir. Virüsler zararlı etkileri de vahşi nüfus bildirilmistir. Fransa'da yerli istiridye 1925 yılında Portekizli istiridye Crassostrea angulata tarafından değiştirildi, ancak bu tür bir iridovirus 197031çevresinde tarafından yok olmuş. Daha yakın zamanlarda, Pasifik istiridye ostreid herpesvirus 132ile ilişkili gibi görünüyor Crassostrea gigas kültürlerde dünya çapında, içinde büyük ölüm hadise olmuştur. Patojenler, bakteri veya virüsler kıskaç üzerinde hiçbir rapor defa yayınlanmıştır. Ancak, devam eden genom-devam eden proje B. improvisus, virüs sıraları bulunmuştur (Alm Rosenblad vd., yayınlanmamış veri) ama hastalıklarının belirtileri belirgin bir bağlantı ile. Karışımlar antibiyotik bakteriyel enfeksiyonlar riskini en aza indirmek için kültürler daha önce uygulanmış olan; Ancak, bu yordamı Şu anda durdurulmuş ve şimdiye kadar bu herhangi bir kirlenme sorunları neden oldu değil.
Deniz suyu (yukarıda açıklandığı gibi) ısıtılır, aşırı ısınma kültür üretim hattı en ciddi tehlikede olabilir. Bu, tabii ki, sensörler ve uygun uyarı sistemleri (sorumlu kişilere e-posta veya metin mesajları gönderme kullanılanÖrneğin,) olabilir, ancak aşırı ısınma karşı korumak zordur. Olaylar geçmişte bu tür yetişkin kültüründe önemli öldürülmesi sonuçlandı. Bu, tabii ki, yıkıcı ve zaman ve para uzun vadeli yatırımlar berbat. Özellikle, bu doğuştan genetik çizgiler kurulmuş varsa felaket olabilir. Bu satırları uzun ömür sağlamak ve onları kayıplara karşı güvence altına almak için kıskaç bir dondurma metodoloji geliştirmeye arzu olurdu. Bu larvalar Pasifik İstiridye üzerinden aşağı donmuş ve kısmi başarı33ile canlanan bildirilmiştir. Cryobanking da çok çeşitli türler34genetik kaynakları korumak için değerli bir araç olmuştur. B. amphitrite üzerinden bile nauplii dondurucu35hayatta kalmak için rapor edilen ve dondurulmuş aşağı bireylerin % 20'si başarılı bir şekilde cyprids36başkalaşıma bulundu. Ancak, donma kültürlerin uzun vadeli sürdürülebilirlik için uygulama defa değil kabul edilmiştir, ama bu gerçekten seçili satırları bakımı için gerekli olacaktır; Bu sıkıca B. improvisus güçlü bir deniz modelsystem kurulması için önemli bir adım olacaktır.
Burada, bir protokol B. improvisus (yani, cirri, soma ve şömine) yetişkinlerden çeşitli dokularda diseksiyon için sunuldu. Ancak, diğer dokularda da çıkarılan stres. Örneğin, yumuşak doku Bankası membranöz türler Tetraclita japonica formosana dış ve iç manto arasında edilmiş dikkatli bir şekilde izole ve bir RNA çıkarma ve gen ifade37RNA-seq analizi için kullanılır. Burada açıklanan Seviyelendirilmiş en iyi duruma getirilmiş ayıklama Protokolü malzeme başlayan en az bir miktar üzerinden sıralama için yeterli miktarda yüksek kaliteli RNA sağlar. İlk olarak, bireysel larva koleksiyonu homojenizasyon tüpler içine doğrudan herhangi bir kayıp bir tüp transfer sırasında en aza indirir. Ayrıca, farklı yöntemler arasında test, Seramik Boncuklar RNA açısından en verimli verim olduğunu kanıtladı ve dürüst sonication veya havaneli homojenizasyon için karşılaştırıldığında, homojenizasyon. Gen ifadesinin veya genomik deneyler için planlama yaparken, bir kıskaç, yüksek genetik varyasyon meydan en az B. improvisusiçin unutmayın vardır. Barnacle Kodlayıcı bölgeler (Alm Rosenblad vd., yayınlanmamış veri) içinde bile 3-%5, aralıktaki bir genetik çeşitlilik var. Bu, tabii ki, qPCR analiz için astar tasarım belirli talepleri koyar, nerede daha korunmuş bölge tespit ve tutarlı ifade sonuçları betweenbatches almak için astar için şablon olarak kullanılır. Hedef genlerin, korunmuş bölgelerde gibi aquaporins ve Na +/ K + ATPases, RNA-seq veri bireylerin yüzlerce içeren cyprids gruplarından elde Bu genler sıra değişkenliği inceleyerek belirlenebilir. DNA Genom Analizi için örnek. Ancak, B. improvisus yüksek kaliteli DNA alma21zor olabilir.
Sonuç olarak, kurulan barnacle kültür deneysel çalışmalar farklı türde vesile olduğu ispatlanmıştır. Özellikle, larva üretim her yıl çevresinde ezelî varlık mahdut doğal olarak meydana gelen yumurtlama dönemine deneyler için bize izin verir ( B. improvisusiçin yaz aylarında bu). Elde edilen larvaların deneysel çalışmalar, yerleşim deneyleri, davranış deneyleri, belirli genlerin ifade çalışmaları yanı sıra genom-wide transcriptome çalışmaları da dahil olmak üzere geniş bir dizi gerçekleştirmek için kullanılabilir.

Kıskaç sesil bir yetişkin ile deniz kabukluları vardır ve free-swimming, planktonik larvaları. Kıskaç 1200 türlerin çoğu sığ suda yaşayan ve çoğu kez düşük tuzluluk maruz kalır. Charles Darwin bu tür küçük bir dere içinde Haliç üzerinden Rio de la Plata Uruguay1açıklanan ve bir türün, defne barnacle (B. improvisus), Balanus (Amphibalanus) improvises neredeyse tatlı su tolere edebilir. Aşırı hoşgörü tolow tuzluluk B. improvisus osmoregulatory mekanizmaları2,3etütler özellikle ilgili bir model haline getirir. Bu barnacle acı koşulları tercih ediyor fakat yaklaşık 1.6 psu dan salinities sularda yaşayan yetenekli 40 psu4olarak yüksek. Bu acı Baltık Denizi'nde bulunan tek barnacle türdür. B. improvisus Amerika kıtasının Doğu kıyısında kaynaklanan inanılıyor ancak bugün5nakliye tarafından yayılma nedeniyle Dünya çapında bulunur. Bu büyük bir kirlenme organizma ve yaygın kaya, jetties ve tekne gövde üzerinde bulunur ve bu nedenle genel ilgi biofouling deniz ve tuzlu suları6,7inşaatlarda üzerinde mekanizmaları anlamak için.
Çoğu diğer kaya midyeleri, B. improvisus ile karşılıklı etkileşimlere hermaphroditic benzer; üreme bir uzun penis ve iç döllenme kullanarak komşu bireyler arasında çiftleşme yoluyla oluşur. Üreme dönemi esas olarak Mayıs Eylül arasındadır. B. improvisus yedi pelajik larva aşamaları (altı nauplii bir cyprid sahne8tarafından takip) vardır. Döllenmiş yumurta kapakları olan free-swimming ve cyprid sigara besleme larva bir deri değiştirme önce birkaç hafta kadar su sütun için beslemeleri bir nauplius larva içine. Cyprid yerleşmek için uygun bir site bulmak için birden fazla ipuçları kullanır ve sonra metamorfoz sesil Juvenil barnacle9içine uğrar. Bu tür laboratuvarda kültürlü olabilir ve deniz (2-3 yıl içinde laboratuvar kültür) 1-2 yıllık bir ömrü vardır. Ortalama olarak, B. improvisus 10 mm çapında (ile en fazla 20 mm civarında) için büyür ve her ne kadar (kalabalık koşullarda uzun büyüyebilir) yaklaşık 6 mm maksimum yüksekliğe ulaşır. Belgili tanımlık tür-ebilmek var olmak onun pürüzsüz kalkerli hatta shell tarafından (beyaz veya gri), radyal desenli kalkerli Bankası kabuk plaka ve anlamlar plakaları1,10şeklinde tanımlanan.
Barnacle B. improvisus ozmoregülasyon, moleküler ve fizyolojik mekanizmaları hem de ekolojik etkileşimleri ve evrimsel sonuçları odaklanarak çalışmaları için bir model olarak çeşitli avantajlı özelliklere sahip. Biyoloji, özellikle yerleşim zehirli araştırma ve mekanizmaları dahil7,11,12,13ile ilgili araştırmalar için bir model olarak da yaygın kullanılır. Ancak, doğal mevsimlik yumurtlama cyprid larva araştırmaları öngörülemeyen bir kaynağı verir. Bu barnacle onun tüm yaşam döngüsü boyunca tüm yıl boyunca kültür, bu nedenle, moleküler ve mekanik çalışmaların çeşitli türlerini etkinleştirmek için önemli bir varlık yeteneğidir. Ayrıca, varlığını deniz/tuzlu sularda dünya çapında bir arada alan ve deneysel çalışmalar için sağlar. Kontrollü üreme de uzun vadeli kodlamayla14için bilinen soylular ailelerinin üretebilir ve birkaç aylık bir oluşturma süresi uzun vadeli deneysel evrim izin verebilir. Ayrıca mevcuttur bir taslak genom ve çeşitli transcriptomes ve bu kaynakları çeşitli genler (Örneğin, genler ozmoregülasyon önem)2,3' klonlama için kullanılmıştır.
Bu iletişim kuralının amacı kurmak ve yetişkin veya bu organizma larva gen ifade çalışmaları gerçekleştirmek için yıl boyunca barnacle B. improvisus kültürünü korumak nasıl tarif etmektir. Rittschof vd. 15 kısaca cyprids Balanus amphitritetürler için yerleşim nauplii yayımlanmasından itibaren kıskaç kültür yöntemi açıklanmıştır. İletişim kuralı tüm yıl yuvarlak B. improvisus Tjärnö deniz Araştırma Laboratuvarı (İsveç), kültür için adapte edilmiş ve üretim hattında tüm adımları ayrıntılı bir açıklamasını ve üretimi dahil olmak üzere barnacle yetiştirme özetlenen larva yanı sıra yetişkinler ve larva yem yönetimi. Tam yordam genel bakış için bkz: Şekil 1. Kodlamayla sisteminin kullanımı ile ortak bazı deneysel set-up örneği ve fonksiyonel genomik Na+çalışmalarda gösterilmiştir /K+ ATPaz ve olası işlevlerini ozmoregülasyon2, elucidating aquaporins, 3. Bazen belirli dokularda gen ekspresyonu incelemek için gereklidir ve bazı temel barnacle kandan da yer. Yüksek kaliteli deniz suyu iyi bir kaynağı ile barnacle B. improvisusve olabilecek birçok diğer türler, kültür Dünya çapında deniz laboratuarlarında mümkün olmalıdır.

<table><tbody><tr><td>Plexiglas (poly-methyl methacrylate) panels</td><td>Plastic produkter, Bromma, Sweden</td><td></td><td>transparent glas</td></tr><tr><td>1.5 L PET bottle</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Artemia</td><td>INVE Aquaculture, Belgium</td><td></td><td>We have tested different companies; this is really the best one</td></tr><tr><td>&lt;em&gt;Skeletonema marinoi&lt;/em&gt; (CCAP strain 1077/5)</td><td>CCAP (Culture Collection of Algae and Protozoa); Scotland&amp;nbsp;</td><td>strain 1077/5</td><td></td></tr><tr><td>&lt;em&gt;Chaetoceros simplex&lt;/em&gt; var. &lt;em&gt;gracilis&lt;/em&gt; (CCAP strain 1085/3)</td><td>CCAP (Culture Collection of Algae and Protozoa); Scotland&amp;nbsp;</td><td>strain 1085/3</td><td></td></tr><tr><td>Millipore cartridge filter system</td><td>Millipore&amp;nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>cartridge with a nominal pore size of 0.2 &amp;micro;m</td><td>Millipore&amp;nbsp;</td><td>cartridge CWSS01S03</td><td>High capacity for large volumes</td></tr><tr><td>polycarbonate bottle</td><td>Nalgene</td><td></td><td>autoclavable</td></tr><tr><td>RNA later</td><td>Qiagen</td><td>76106</td><td>&amp;nbsp;Fixation solution to preserve RNA</td></tr><tr><td>TURBO DNA-free Kit</td><td>Invitrogen/Thermofisher Scientific&amp;nbsp;&amp;nbsp;</td><td>AM1907</td><td>DNAse kit to remove DNA from prepared RNA</td></tr><tr><td>iScript cDNA Synthesis Kit</td><td>Biorad</td><td>1708890</td><td>cDNA synthesis kit</td></tr><tr><td>SYBR Green supermix</td><td>Biorad</td><td>1708880</td><td>Dye for QPCR</td></tr><tr><td>RNeasy minikit</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>RNA extraction of adults or many cyprids</td></tr><tr><td>Soft tissue homogenising CK 14, 2 ml tubes</td><td>Precellys</td><td>KT03961-1-003.2</td><td>Ceramic beads for homogenisation</td></tr><tr><td>RNeasy micro kit</td><td>Qiagen</td><td>74004</td><td>RNA extraction of few cyprids</td></tr></tbody></table>

the barnacle balanus improvisus as a marine model - culturing and gene expression

Kıskaç sesil bir yetişkin ile deniz kabukluları vardır ve free-swimming, planktonik larvaları. Barnacle Balanus (Amphibalanus) improvisus onun aşırı hoşgörü için düşük tuzluluk nedeniyle özellikle osmoregulatory mekanizmaları çalışmaları için bir model olarak uygundur. Ayrıca yaygın biyoloji, özellikle zehirli araştırma ile ilgili olarak yerleşme bir model olarak kullanılır. Ancak, doğal mevsimlik yumurtlama cyprid larva araştırmaları öngörülemeyen bir kaynağı verir. Bir iletişim kuralı tüm yıl yuvarlak B. improvisus kültür geliştirilmiştir ve tüm ayrıntılı bir açıklamasını üretim hattında adımları için özetlenen (yani, Yetişkin kültürleri paneller, koleksiyon ve yetiştirme kurulması Barnacle larva ve yetişkin ve larva yem yönetimi). Açıklama aynı zamanda sorun giderme üzerinde rehberlik sağlar ve kritik parametreleri (Örneğin, kontaminasyon kaldırılması, yüksek kaliteli yem üretimi, gerekli insan gücü ve yüksek kaliteli deniz suyu önemi) anlatılmaktadır. Kodlamayla sisteminden her toplu iş sonuna kadar yaklaşık 12.000 nauplii verimleri ve dört toplu işlemleri haftada neredeyse 50.000 larva kadar üretilen bu yüzden bir haftada teslim edebilirsiniz. Kültür B. improvisus kullanılan yöntem budur, muhtemelen, büyük ölçüde diğer deniz omurgasızlar ücretsiz-swimminglarvae ile de uygulanabilir. İletişim kuralları çeşitli dokularda diseksiyon için yetişkin yanı sıra yüksek kaliteli RNA gen ekspresyonu araştırmalar üretimini sunulmaktadır. Ayrıca açıklanan ne kadar kültürlü yetişkin ve yetiştirilen cyprids gen ekspresyonu dış faktörler ile ilgili olarak incelenmesi için Deneysel tasarımlar geniş bir dizi yararlı olabilir. Gen ifadesinde kültürlü kıskaç kullanımı mümkün osmoregulatory rolleri na+çalışmaları ile resimli /K+ ATPaz ve aquaporins.

B. improvisusyetişkin kıskaç kültür açıklanan yordamı ile haftalık larva nauplius dört toplu işlemleri kadar üretilebilir. Nauplius larvaları hemen hemen her gece toplamak mümkün olurdu, ama bu daha fazla kişi ve altyapı gerektirir (broodstock içinde birçok kıskaç ile bir kültür larva sürekli yayınlayacak). Larva üretim için ek bir sınırlayıcı faktör yem kaliteli, durumu özellikle diatom Skeletonemaile ilgili gibi görünüyor. Sonuna kadar her toplu kodlamayla sisteminden haftada 50. 000'nauplii kadar kültürlü böylece yaklaşık 12.000 nauplii oluşur. Ancak, birkaç hafta üretilen on kat daha az sayıda larva kadar olabilir. Tek bir yetişkin başına gün141-2 Yetişkin larva her toplu iş için yeniliyor anlamına gelir, ilâ 7,000 larva üretebilir. Bir hafta içinde toplanan nauplii yaklaşık % 70-90 yerleşim deneyleri ve Moleküler çalışmalar için kullanılabilir (kabaca 30.000 cyprids her hafta, sonuna kadar verimli) cyprids içine gelişecektir.
Bu cyprid Özellikler toplu işlemleri arasındaki farklılığı olan vurguladı ve genel olarak, daha büyük varyasyonları arasında gruplar içinde gruplar halinde daha vardır. Örneğin, yerleşim deneyleri dispersiyon başarısında 30 ve farklı toplu işlemler için % 70 arasında değişir. Büyük olasılıkla bu larvaların farklı örnekleme dönemleri sırasında serbest yetişkin belirli çiftleri arasındaki bireysel genetik varyasyon kaynaklanır. Bu tabii ki, Eğer sonuçları hakkında daha genel ifadeler yapılması için tekrarlanan deneyler (biyolojik çoğaltır) cyprids toplu işlemler bir dizi içermelidir tavsiye edilir. Toplu iş toplu iş değişim talepleri uygun denetimleri ve normalizations gen ifade çalışmalarda uygulanacağı yeri deneysel tasarım, koyar. Ancak, hatta birkaç istatistik normalleştirme prosedürler uygulandıktan sonra bu toplu iş iş arasında varyasyon önemli ölçüde azaltmak, bazı etkileri toplu genellikle hala belirgin (yayınlanmamış veri).
Sağlanan iletişim kuralı elde etmek, ortalama 500 mümkündür ng bakılmaksızın barnacle yerleşim (Tablo 1) aşaması olduğu kadar az 20 cyprids üzerinden yüksek kaliteli RNA'ın. RNA kalitesi genellikle (iki doruklarına beklenen konumunu Şekil 4' te belirtilir) 18S ve 28S tepeler arasındaki oran olarak ölçülür. Ancak, kıskaç ve birçok diğer eklembacaklılar, söz konusu olduğunda 28S rRNA (analiz yönteminin bir parçası) ısıtıldığında yıkar ve birlikte 18S tepe20geçirir. İşte, prensip olarak, bir tek rRNA tepe bu tür bir analiz için kıskaç bu yüzden. Bu bir homojenizasyon Seramik Boncuklar tarafından RNA ile en yüksek bütünlük sağlar ve olduğunu, bu nedenle, seçtiğiniz yöntemi bu testten (Şekil 4) açıktır. RNA ortalama 70 milyon okur (okuma, sayısı, tabii ki, nasıl yapılacağını sırasında çoğullama düzeyini bağlıdır) örnek başına sonuçlanan tutarı ve kalite için sıralama, yüksek kaliteli sıralama kitaplıkları oluşturmak için yeterlidir. RNA miktarı da cDNA sentezi ve qPCR ifade analizi çok sayıda gen için yeterlidir.
Şekil 5 aquaporins ve na+qPCR analizleri sonucu /K+ (NAK1) ATPaz değişik, splice gösterir nerede ifade değişiklik değişiklikler çevre ipuçları2,3' te araştırıldı. Uzun ve kısa göreli ifade karşılaştırılması splice değişik-in bir iki kat uzun NAK1 mRNA için artış ile ilgili olarak kısa NAK (Şekil 5A) düşük tuzluluk NAK1 gösterir. Böylece, verileri alternatif işlenim uzun formu düşük tuzluluk koşullar altında baskın yapar olduğunu gösterir. Aquaporins söz konusu olduğunda, iki su taşıma paralogs AQP1 ve AQP2 fark ifade (Şekil 5B) görüntülemek belirgindir. Özellikle, manto dokusunda belirgin AQP1 hangi AQP2 için görülmez önemli ölçüde daha düşük salinities aşağı düzenlenmiş olduğunu. Bunun yerine, AQP2 alt salinities at ama soma biraz artan ifade gösterir. Bu bulgular farklı fonksiyonel rolleri soruşturmalar için bir temel sağlar B. improvisus iyon taşıyıcılar ve barnacle ozmoregülasyon aquaporins.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57825/57825fig1.jpg"> Resim 1 : Yordam ve RNA ayıklama yetişkin gen ifade araştırmaları bütün bakış. Yeni bir kültür başlatmak için panelleri bir çerçeveye bağlı ve denizin 1-3 m derinlik, dağıtılabilir. Birkaç hafta sonra yetişkin/gençlere panellerle dikey raflar laboratuvarda kasetlerine yerleştirilir. Her tepsisi yaklaşık 40 yetişkin panellerle taşıyabilir. Panel başına yaklaşık 100 yetişkin ile toplam ≈ tepsi 4.000 yetişkin bireyler kültürlenir. Yetişkin kıskaç Artemia ile beslenir ve tutulabilir yıl-çevresinde. Nauplius larva birkaç kez haftada bir bir elek ile filtreleme tepsileri üzerinden toplanır. Toplanan nauplii 26 ° c su banyosunda tutulur ve mikroalg ile beslenen bölümler için transfer edilir. Süzme yoluyla toplanan besleme cyprids içine tüy dökme kadar nauplii yetiştirilen. Yeni paneller cyprids paneller, ya yeni paneller için yıl sağlamak için yerleşme tarafından laboratuvar olarak kurulabilir-kültür çevresinde veya değiştirilmiş dış koşullara sahip belirli deneysel set-up için kullanılacak. RNA sonra genç/yetişkin deneme sonunda veya belirli zaman noktalarda üzerinden elde edilir. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57825/57825fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57825/57825fig2.jpg"> Resim 2 : Bazı önemli adımlar kodlamayla yordamdaki görüntülerini. (A) Bu görüntü gösterir yeni nüfus alandan toplamak için panelleri çerçevelerle. (B) Bu görüntü B. improvisus yetişkin kıskaç panellerle tepsilerde yerleştirilen raflar gösterir. Paneller yaklaşık 2 cm arayla yerleştirilir. (C) Bu görüntü ile yapışkan kardeşin tepsiler panelleri ve soldaki besleme tankı gösterir. Her tepsiden elekler nauplius larva toplamalarında yerleştirildiği bir çıkış vardır. (D) bu yem Artemia üretimi için yetişkin kıskaç gösterilir. (E) nauplii 26 ° C'ye ayarla bir su banyosu yerleştirilen kovalar yetiştirme bu görüntü gösterir <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57825/57825fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57825/57825fig3.jpg"> Şekil 3 : Yetişkin kıskaç ilk diseksiyon adımlardan açıklaması: vücut onun kabuğundan kaldırma. (A)bir forseps diyafram üzerinden yavaşça ekleyerek opercular plakaların kapmak. Plaka kaldırmak ve hayvan ortaya çıkarmak için yavaşça çekin. (B) hemen altında cirri soma bölümü kapma tarafından hayvan dışarı çekin. (C) Bu panel meşe palamudu kıskaç Genel anatomi gösterir. Vücut çekildiğinde manto ve potansiyel olarak döllenmiş yumurta (yumurtalık içinde) kabuk boşluğunda kal. Barnacle anatomisiyle ilgili bir not (daha ayrıntılı bir hesabı için bkz: Anderson)9: bir barnacle duvar plakaları içe doğru eğimlidir ve birlikte, onlar bir volkan gibi koni oluşturur. Bir açılış, diyafram, bir kapı veya diyafram kapatmak için operculum, oluşturan iki opercular tabak tarafından kaplıdır. Meşe palamudu kıskaç genellikle için terkedilemeyen sıkıca yapıştırılmış kalkerli bir bazal plaka var; Ancak, bazı türlerin kıskaç bu kalkerli plaka (Örneğin, S. balanoides) eksikliği. Kıskaç Koyu pigmentli manto (kabuk) üzerinden exoskeleton salgılar. Çift katmanlı manto dış yüzey süre manto iç yüzeyine değil kireçlenme ve bu nedenle esnek rijit, olmak kireçlenme. Diyafram içinde cirri retrakte bir konumda bulunur. Bu süspansiyon beslenmesi için kıskaç kullanmak torasik ekleri vardır. Testis içinde soma yalan ise yumurtalık barnacle Bankası yakın yer almaktadır. Bu rakam Panova vd. kabul edilmiştir 21 ve Springer izniyle yayınladı. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57825/57825fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57825/57825fig4.jpg"> Şekil 4 : RRNA bütünlük kapiller jel elektroforez tarafından belirlenmesi. RNA iki farklı homojenizasyon yöntemine göre hazırlanmıştır:(a)sonication ve (B) Seramik Boncuklar. Y ekseni, FU, biriminde floresans birimleri için duruyor. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57825/57825fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57825/57825fig5.jpg"> Şekil 5 : Gen ifadesi sonuçlar genlerin ozmoregülasyon içinde çok önemli iki farklı çalışmalar B. improvisus. (A) Bu panel gösterir fark ifade qPCR na+ek yeri versiyonlarının göre ölçülen /K+ ATPaz NAK1 çeşitli salinities ve pCO2 yanıt3düzeyleri. Düşük tuzluluk tedavisinde uzun izoformu (NAK1-L) ifadesi göreceli olarak kısa artırılır (ANOVA, P < 0.001). (B) Bu panel aquaporins ifade sırasında çeşitli salinities2maruz kaldıkları B. improvisus erişkinlerde gösterir. qPCR göre aktin aquaporin ifade düzeylerini belirlemek için kullanıldı. Yetişkin bireyler 3 farklı salinities (3, 20 ve 33 güç kaynağı) 14 gün boyunca inkübe. İçin RNA hazırlık, soma, cirri ve yetişkin manto ayrı kaldık. Hem rakamlar hata çubukları standart sapma gösterir. ** Ve *** düzeyi ve önemi (ANOVA), belirtmek 0,01 ve 0,001, anılan sıraya göre. Bu rakamlar Lind vd. modifiye edilmiş 2 , 3. hem rakamlar PLoS bir izniyle yayınlanmaktadır. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/57825/57825fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<table fo:keep-together.within-page="1"><tbody>
<tr>
<td>Yerleşim faz</td>
			<td>Toplam RNA (ng) miktarı</td>
		</tr>
<tr>
<td>Ücretsiz yüzme</td>
			<td>512</td>
		</tr>
<tr>
<td>Keşif: Yakın arama</td>
			<td>518</td>
		</tr>
<tr>
<td>Ekli cyprid</td>
			<td>550</td>
		</tr>
<tr>
<td>Yeni çocuk başkalaşıma</td>
			<td>832</td>
		</tr>
</tbody></table>Tablo 1: verimleri RNA'ın. Bu tablo farklı aşamalarında kapatma işlemi sırasında toplanan 20 cyprid bireyler takımlık bir RNA hazırlık seti ile çıkarılan RNA miktarı gösterir.

Watch this Scientific Journal Video about The Barnacle Balanus improvisus as a Marine Model - Culturing and Gene Expression at JoVE.com

The Barnacle Balanus improvisus as a Marine Model - Culturing and Gene Expression

Balanus (Amphibalanus) improvisus barnacle ozmoregülasyon ve zehirli çalışmak için bir modeldir. Ancak, doğal mevsimlik yumurtlama cyprid larva öngörülemeyen bir kaynağı verir. Burada, larva üretimi dahil olmak üzere tüm yıl yuvarlak B. improvisus kültür için bir protokol anlatılan. Gen ifade çalışmalarda kültürlü kıskaç kullanımı gösterilmiştir.

Deniz bir Model - olarak Barnacle Balanus improvisus kültür ve gen ekspresyonu

Barnacles are marine crustaceans with a sessile adult and free-swimming, planktonic larvae. The barnacle Balanus (Amphibalanus) improvisus is particularly ...

the-barnacle-balanus-improvisus-as-marine-model-culturing-gene

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Environment

The Barnacle Balanus improvisus as a Marine Model - Culturing and Gene Expression

14.6K Görüntüleme.  University of Gothenburg. Balanus (Amphibalanus) improvisus barnacle ozmoregülasyon ve zehirli çalışmak için bir modeldir. Ancak, doğal mevsimlik yumurtlama cyprid larva öngörülemeyen bir kaynağı verir. Burada, larva üretimi dahil olmak üzere tüm yıl yuvarlak B. improvisus kültür için bir protokol anlatılan. Gen ifade çalışmalarda kültürlü kıskaç kullanımı gösterilmiştir.

Video: The Barnacle Balanus improvisus as a Marine Model - Culturing and Gene Expression

Expression of Fluorescent Proteins in Branchiostoma lanceolatum by mRNA Injection into Unfertilized Oocytes

We report here a robust and efficient protocol for the expression of fluorescent proteins after mRNA injection into unfertilized oocytes of the cephalochordate amphioxus, Branchiostoma lanceolatum. We use constructs for membrane and nuclear targeted mCherry and eGFP that have been modified to accommodate amphioxus codon usage and Kozak consensus sequences. We describe the type of injection needles to be used, the immobilization protocol for the unfertilized oocytes, and the overall injection set-up. This technique generates fluorescently labeled embryos, in which the dynamics of cell behaviors during early development can be analyzed using the latest in vivo imaging strategies. The development of a microinjection technique in this amphioxus species will allow live imaging analyses of cell behaviors in the embryo as well as gene-specific manipulations, including gene overexpression and knockdown. Altogether, this protocol will further consolidate the basal chordate amphioxus as an animal model for addressing questions related to the mechanisms of embryonic development and, more importantly, to their evolution.

Expression of Fluorescent Proteins in Branchiostoma lanceolatum by mRNA Injection into Unfertilized Oocytes

We report here the robust and efficient expression of fluorescent proteins after mRNA injection into unfertilized oocytes of Branchiostoma lanceolatum. The development of the microinjection technique in this basal chordate will pave the way for far-reaching technical innovations in this emerging model system, including in vivo imaging and gene-specific manipulations.

Floresan protein ifadesindeki<em&gt; Branchiostoma lanceolatum</em&gt; Döllenmemiş Oositlerinin içine mRNA Enjeksiyon

We report here a robust and efficient protocol for the expression of fluorescent proteins after mRNA injection into unfertilized oocytes of the ...

Gelişim Biyolojisi

Sample Preparation and Analysis of RNASeq-based Gene Expression Data from Zebrafish

The analysis of global gene expression changes is a valuable tool for identifying novel pathways underlying observed phenotypes. The zebrafish is an excellent model for rapid assessment of whole transcriptome from whole animal or individual cell populations due to the ease of isolation of RNA from large numbers of animals. Here a protocol for global gene expression analysis in zebrafish embryos using RNA sequencing (RNASeq) is presented. We describe preparation of RNA from whole embryos or from cell populations obtained using cell sorting in transgenic animals. We also describe an approach for analysis of RNASeq data to identify enriched pathways and Gene Ontology (GO) terms in global gene expression data sets. Finally, we provide a protocol for validation of gene expression changes using quantitative reverse transcriptase PCR (qRT-PCR). These protocols can be used for comparative analysis of control and experimental sets of zebrafish to identify novel gene expression changes, and provide molecular insight into phenotypes of interest.

This protocol presents an approach for whole transcriptome analysis from zebrafish embryos, larvae, or sorted cells. We include isolation of RNA, pathway analysis of RNASeq data, and qRT-PCR-based validation of gene expression changes.

Numune hazırlama ve analiz RNASeq tabanlı gen ifadesi verileri Zebra balığı

The analysis of global gene expression changes is a valuable tool for identifying novel pathways underlying observed phenotypes. The zebrafish is an ...

Genetik

Bioindication Testing of Stream Environment Suitability for Young Freshwater Pearl Mussels Using In Situ Exposure Methods

Knowledge of habitat suitability for freshwater mussels is an important step in the conservation of this endangered species group. We describe a protocol for performing in situ juvenile exposure tests within oligotrophic river catchments over one-month and three-month periods. Two methods (in both modifications) are presented to evaluate the juvenile growth and survival rate. The methods and modifications differ in value for the locality bioindication and each has its benefits as well as limitations. The sandy cage method works with a large set of individuals, but only some of the individuals are measured and the results are evaluated in bulk. In the mesh cage method, the individuals are kept and measured separately, but a low individual number is evaluated. The open water exposure modification is relatively easy to apply; it shows the juvenile growth potential of sites and can also be effective for water toxicity testing. The within-bed exposure modification needs a high workload but is closer to the conditions of a natural juvenile environment and it is better for reporting the real suitability of localities. On the other hand, more replications are needed in this modification due to its high-hyporheic environment variability.

Bioindication Testing of Stream Environment Suitability for Young Freshwater Pearl Mussels Using In Situ Exposure Methods

In situ bioindications enable determination of the suitability of an environment for endangered mussel species. We describe two methods based on the juvenile exposure of freshwater pearl mussels in cages to oligotrophic river habitats. Both methods are implemented in variants for open water and hyporheic water environments.

Genç tatlı su midye içinde in Situ maruz kalma yöntemlerle inci için Bioindication akış ortamı uygunluğu test

Knowledge of habitat suitability for freshwater mussels is an important step in the conservation of this endangered species group. We describe a protocol ...

Çevre

In Situ Hybridization Techniques for Paraffin-Embedded Adult Coral Samples

Corals are important ocean invertebrates that are critical for overall ocean health as well as human health. However, due to human impacts such as rising ocean temperatures and ocean acidification, corals are increasingly under threat. To tackle these challenges, advances in cell and molecular biology have proven to be crucial for diagnosing the health of corals. Modifying some of the techniques commonly used in human medicine could greatly improve researchers&#39; ability to treat and save corals. To address this, a protocol for in situ hybridization used primarily in human medicine and evolutionary developmental biology has been adapted for use in adult corals under stress.
The purpose of this method is to visualize the spatial expression of an RNA probe in adult coral tissue that has been embedded in paraffin and sectioned onto glass slides. This method focuses on removal of the paraffin and rehydration of the sample, pretreatment of the sample to ensure permeability of the sample, pre-hybridization incubation, hybridization of the RNA probe, and visualization of the RNA probe. This is a powerful method when using non-model organisms to discover where specific genes are expressed, and the protocol can be easily adapted for other non-model organisms. However, the method is limited in that it is primarily qualitative, because expression intensity can vary depending on the amount of time used during the visualization step and the concentration of the probe. Furthermore, patience is required, as this protocol can take up to 5 days (and in many cases, longer) depending on the probe being used. Finally, non-specific background staining is common, but this limitation can be overcome.

In Situ Hybridization Techniques for Paraffin-Embedded Adult Coral Samples

The goal of this protocol is to perform in situ hybridization on adult coral samples that have been embedded in paraffin and sectioned onto glass slides. This is a qualitative method used to visualize the spatial expression of an RNA anti-sense probe in paraffin-embedded tissues.

Situ Parafin gömülü yetişkin mercan örnekleri için hibridizasyon teknikleri

Corals are important ocean invertebrates that are critical for overall ocean health as well as human health. However, due to human impacts such as rising ...

Design and Use of an Apparatus for Quantifying Bivalve Suspension Feeding at Sea

As shellfish aquaculture moves from coastal embayments and estuaries to offshore locations, the need to quantify ecosystem interactions of farmed bivalves (i.e., mussels, oysters, and clams) presents new challenges. Quantitative data on the feeding behavior of suspension-feeding mollusks is necessary to determine important ecosystem interactions of offshore shellfish farms, including their carrying capacity, the competition with the zooplankton community, the availability of trophic resources at different depths, and the deposition to the benthos. The biodeposition method is used to quantify feeding variables in suspension-feeding bivalves in a natural setting and represents a more realistic proxy than laboratory experiments. This method, however, relies upon a stable platform to satisfy the requirements that water flow rates supplied to the shellfish remain constant and the bivalves are undisturbed. A flow-through device and process for using the biodeposition method to quantify the feeding of bivalve mollusks were modified from a land-based format for shipboard use by building a two-dimensional gimbal table around the device. Planimeter data reveal a minimal pitch and yaw of the chambers containing the test shellfish despite boat motion, the flow rates within the chambers remain constant, and operators are able to collect the biodeposits (feces and pseudofeces) with sufficient consistency to obtain accurate measurements of the bivalve clearance, filtration, selection, ingestion, rejection, and absorption at offshore shellfish aquaculture sites.

A flow-through device for using the biodeposition method to quantify filtration and feeding behavior of bivalve mollusks was modified for shipboard use. A two-dimensional gimbal table built around the device isolates the apparatus from boat motion, thereby allowing the accurate quantification of bivalve filtration variables at offshore shellfish aquaculture sites.

Tasarım ve deniz kabuklu süspansiyon besleme miktarının için bir aparat kullanımı

As shellfish aquaculture moves from coastal embayments and estuaries to offshore locations, the need to quantify ecosystem interactions of farmed bivalves ...

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage without prior knowledge of what genes the community might be expressing. Thus it provides the most unbiased perspective on community gene expression in situ. Environmental transcriptomics protocols are technically difficult since prokaryotic mRNAs generally lack the poly(A) tails that make isolation of eukaryotic messages relatively straightforward 1 and because of the relatively short half lives of mRNAs 2. In addition, mRNAs are much less abundant than rRNAs in total RNA extracts, thus an rRNA background often overwhelms mRNA signals. However, techniques for overcoming some of these difficulties have recently been developed. A procedure for analyzing environmental transcriptomes by creating clone libraries using random primers to reverse-transcribe and amplify environmental mRNAs was recently described was successful in two different natural environments, but results were biased by selection of the random primers used to initiate cDNA synthesis 3. Advances in linear amplification of mRNA obviate the need for random primers in the amplification step and make it possible to use less starting material decreasing the collection and processing time of samples and thereby minimizing RNA degradation 4. In vitro transcription methods for amplifying mRNA involve polyadenylating the mRNA and incorporating a T7 promoter onto the 3 end of the transcript. Amplified RNA (aRNA) can then be converted to double stranded cDNA using random hexamers and directly sequenced by pyrosequencing 5. A first use of this method at Station ALOHA demonstrated its utility for characterizing microbial community gene expression 6.

We present a method for generating cDNA from environmental mRNA. In general, total RNA is first collected from the environment, rRNA is selectively removed, mRNA is selectively amplified, and cDNA synthesized from the enriched mRNA pool is sequenced. Recovered sequences can be annotated using standard bioinformatics techniques to identify the expressed genes.

Çevre transkriptomik kullanarak Deniz Mikrobiyal Toplulukları Gen İfade Analizi

Analogous to metagenomics, environmental transcriptomics (metatranscriptomics) retrieves and sequences environmental mRNAs from a microbial assemblage ...

Biyoloji

Cultivation of the Marine Pelagic Tunicate Dolioletta gegenbauri (Uljanin 1884) for Experimental Studies

Gelatinous zooplanktons play a crucial role in ocean ecosystems. However, it is generally difficult to investigate their physiology, growth, fecundity, and trophic interactions primarily due to methodological challenges, including the ability to culture them. This is particularly true for the doliolid, Dolioletta gegenbauri. D. gegenbauri commonly occurs in productive subtropical continental shelf systems worldwide, often at bloom concentrations capable of consuming a large fraction of daily primary production. In this study, we describe cultivation approaches for collecting, rearing, and maintaining D. gegenbauri for the purpose of conducting laboratory-based studies. D. gegenbauri and other doliolid species can be captured live using obliquely towed conical 202 &micro;m mesh plankton nets from a drifting ship. Cultures are most reliably established when water temperatures are below 21 &deg;C and are started from immature gonozooids, maturing phorozooids, and large nurses. Cultures can be maintained in rounded culture vessels on a slowly rotating plankton wheel and sustained on a diet of cultured algae in natural seawater for many generations. In addition to the ability to establish laboratory cultures of D. gegenbauri, we demonstrate that the collection condition, algae concentration, temperature, and exposure to naturally conditioned seawater are all critical to the culture establishment, growth, survival, and reproduction of D. gegenbauri.

Cultivation of the Marine Pelagic Tunicate Dolioletta gegenbauri Uljanin 1884 for Experimental Studies

Doliolids, including the species Dolioletta gegenbauri, are small gelatinous marine zooplankton of ecological significance found on productive subcontinental shelf systems worldwide. The difficulty of culturing these delicate organisms limits their investigation. In this study, we describe cultivation approaches for collecting, rearing, and maintaining the doliolid Dolioletta gegenbauri.

Deneysel Çalışmalar için Deniz Pelajik Tunicate Dolioletta gegenbauri (Uljanin 1884) Yetiştiriciliği

Gelatinous zooplanktons play a crucial role in ocean ecosystems. However, it is generally difficult to investigate their physiology, growth, fecundity, ...

Modeling Mucosal Candidiasis in Larval Zebrafish by Swimbladder Injection

Early defense against mucosal pathogens consists of both an epithelial barrier and innate immune cells. The immunocompetency of both, and their intercommunication, are paramount for the protection against infections. The interactions of epithelial and innate immune cells with a pathogen are best investigated in vivo, where complex behavior unfolds over time and space. However, existing models do not allow for easy spatio-temporal imaging of the battle with pathogens at the mucosal level.
The model developed here creates a mucosal infection by direct injection of the fungal pathogen, Candida albicans, into the swimbladder of juvenile zebrafish. The resulting infection enables high-resolution imaging of epithelial and innate immune cell behavior throughout the development of mucosal disease. The versatility of this method allows for interrogation of the host to probe the detailed sequence of immune events leading to phagocyte recruitment and to examine the roles of particular cell types and molecular pathways in protection. In addition, the behavior of the pathogen as a function of immune attack can be imaged simultaneously by using fluorescent protein-expressing C. albicans. Increased spatial resolution of the host-pathogen interaction is also possible using the described rapid swimbladder dissection technique.
The mucosal infection model described here is straightforward and highly reproducible, making it a valuable tool for the study of mucosal candidiasis. This system may also be broadly translatable to other mucosal pathogens such as mycobacterial, bacterial or viral microbes that normally infect through epithelial surfaces.

In vivo spatio-temporal interactions of pathogen and immune defenses at the mucosal level are not easily imaged in existing vertebrate hosts. The method presented here describes a versatile platform to study mucosal candidiasis in live vertebrates using the swimbladder of the juvenile zebrafish as an infection site.

Swimbladder Enjeksiyon ile Larva Zebra balığı Mukozal Candidiazis Modelleme

Early defense against mucosal pathogens consists of both an epithelial barrier and innate immune cells. The immunocompetency of both, and their ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Ablation of a Single Cell From Eight-cell Embryos of the Amphipod Crustacean Parhyale hawaiensis

The amphipod Parhyale hawaiensis is a small crustacean found in intertidal marine habitats worldwide. Over the past decade, Parhyale has emerged as a promising model organism for laboratory studies of development, providing a useful outgroup comparison to the well studied arthropod model organism Drosophila melanogaster. In contrast to the syncytial cleavages of Drosophila, the early cleavages of Parhyale are holoblastic. Fate mapping using tracer dyes injected into early blastomeres have shown that all three germ layers and the germ line are established by the eight-cell stage. At this stage, three blastomeres are fated to give rise to the ectoderm, three are fated to give rise to the mesoderm, and the remaining two blastomeres are the precursors of the endoderm and germ line respectively. However, blastomere ablation experiments have shown that Parhyale embryos also possess significant regulatory capabilities, such that the fates of blastomeres ablated at the eight-cell stage can be taken over by the descendants of some of the remaining blastomeres. Blastomere ablation has previously been described by one of two methods: injection and subsequent activation of phototoxic dyes or manual ablation. However, photoablation kills blastomeres but does not remove the dead cell body from the embryo. Complete physical removal of specific blastomeres may therefore be a preferred method of ablation for some applications. Here we present a protocol for manual removal of single blastomeres from the eight-cell stage of Parhyale embryos, illustrating the instruments and manual procedures necessary for complete removal of the cell body while keeping the remaining blastomeres alive and intact. This protocol can be applied to any Parhyale cell at the eight-cell stage, or to blastomeres of other early cleavage stages. In addition, in principle this protocol could be applicable to early cleavage stage embryos of other holoblastically cleaving marine invertebrates.

Ablation of a Single Cell From Eight-cell Embryos of the Amphipod Crustacean Parhyale hawaiensis

The amphipod Parhyale hawaiensis is a promising model organism for studies of crustacean embryology and comparative arthropod development and evolution. This protocol describes a method for manual removal of single blastomeres from early cleavage stage embryos of Parhyale.

Amphipod Crustacean Sekiz hücreli embriyolardan Tek Hücre Ablasyon<em&gt; Parhyale hawaiensis</em

The amphipod Parhyale hawaiensis is a small crustacean found in intertidal marine habitats worldwide. Over the past decade, Parhyale has emerged as a ...

A Whole Mount In Situ Hybridization Method for the Gastropod Mollusc Lymnaea stagnalis

Whole mount in situ hybridization (WMISH) is a technique that allows for the spatial resolution of nucleic acid molecules (often mRNAs) within a &#39;whole mount&#39; tissue preparation, or developmental stage (such as an embryo or larva) of interest. WMISH is extremely powerful because it can significantly contribute to the functional characterization of complex metazoan genomes, a challenge that is becoming more of a bottleneck with the deluge of next generation sequence data. Despite the conceptual simplicity of the technique much time is often needed to optimize the various parameters inherent to WMISH experiments for novel model systems; subtle differences in the cellular and biochemical properties between tissue types and developmental stages mean that a single WMISH method may not be appropriate for all situations. We have developed a set of WMISH methods for the re-emerging gastropod model Lymnaea stagnalis that generate consistent and clear WMISH signals for a range of genes, and across all developmental stages. These methods include the assignment of larvae of unknown chronological age to an ontogenetic window, the efficient removal of embryos and larvae from their egg capsules, the application of an appropriate Proteinase-K treatment for each ontogenetic window, and hybridization, post-hybridization and immunodetection steps. These methods provide a foundation from which the resulting signal for a given RNA transcript can be further refined with probe specific adjustments (primarily probe concentration and hybridization temperature).

A Whole Mount In Situ Hybridization Method for the Gastropod Mollusc Lymnaea stagnalis

The goal of this protocol is to provide users with a set of methods for the high-throughput decapsulation of Lymnaea stagnalis embryos and larvae in preparation for whole mount in situ hybridization, and for subsequent pre- and post-hybridization treatments.

Deniz bir Model - olarak Barnacle Balanus improvisus kültür ve gen ekspresyonu

Özet

Daha Fazla Video Keşfet

Bu videodaki bölümler

Floresan protein ifadesindeki