Method Article
Aqui, apresentamos um protocolo para estudar a fisiopatologia da retinopatia diabética proliferativa usando tecidos derivados de paciente, cirurgicamente extirpado, fibrovasculares para cultura de tecido tridimensional nativa caracterização e ex vivo. Ex vivo modelo de cultura é também favorável para teste ou desenvolvimento de novos tratamentos.
Retinopatia diabética (DR) é a complicação microvascular mais comum de diabetes e uma das principais causas de cegueira em adultos de idade de trabalhar. Não atuais modelos animais de diabetes e retinopatia induzida pelo oxigênio desenvolvem as alterações progressivas de gama completa manifestadas na retinopatia diabética proliferativa humana (PDR). Portanto, a compreensão da patogênese da doença e fisiopatologia tem dependia em grande parte o uso de cortes histológicos e amostras de vítreos em abordagens que apenas fornecem informações de estado estacionário sobre os fatores patogênicos envolvidos. Aumentando a evidência indica que dinâmica célula-célula e célula-matriz (ECM) interações no contexto do microambiente que tridimensional (3D) são essenciais para os estudos mecanicistas e funcionais para o desenvolvimento de novos estratégias de tratamento. Portanto, formulamos a hipótese que o tecido patológico fibrovasculares cirurgicamente extirpado dos olhos com PDR poderia ser utilizado para confiantemente desvendar os mecanismos celulares e moleculares desta doença devastadora e testar o potencial para romance clínico intervenções. Nesse sentido, desenvolvemos um método inovador para 3D ex vivo cultura de excisada cirurgicamente paciente-derivado fibrovasculares tecido (FT), que servirá como um modelo relevante da fisiopatologia humana de PDR. Os FTs são dissecados em explantes e incorporados em matriz de fibrina para ex vivo cultura e 3D caracterização. Imunofluorescência de toda a montagem do FTs nativas e culturas de ponto de extremidade permite investigação completa da composição do tecido e processos multicelulares, destacando a importância da caracterização de tecido-nível 3D para descobrir as características relevantes de Fisiopatologia do PDR. Este modelo permite a avaliação simultânea dos mecanismos moleculares, celulares/tecido processos e respostas de tratamento no contexto complexo da dinâmicas interações bioquímicas e físicas dentro da arquitetura do tecido PDR e o microambiente. Desde que este modelo recapitula a fisiopatologia do PDR, também será favorável para teste ou desenvolvimento de novos tratamentos.
DR é uma complicação ocular grave de diabetes, uma doença que atingiu enormes proporções no últimos três décadas1. Vinte anos após o diagnóstico, virtualmente todos os pacientes com diabetes tipo 1 e 60% dos pacientes com sinais presentes de tipo 2 diabetes de retinopatia, tornando diabetes por si só uma das principais causas de cegueira em adultos de idade2a trabalhar. De acordo com o nível de degeneração microvascular e danos isquêmicos, DR é classificada em RD não proliferativa (não-PDR) e DR proliferativa (PDR). A estágio final da doença, PDR, é caracterizada por neovascularização de isquemia e inflamação-induzida e fibróticas respostas do vitreoretinal interface. Em condições não tratadas, estes processos levará à cegueira devido à fibrose da retina, hemorragia vítrea, descolamento de retina tracional e de3,de glaucoma neovascular4. Apesar dos avanços recentes, opções atuais do tratamento alvo apenas DR etapas, incluindo edema macular diabético e PDR, quando danos na retina tem já se seguiu. Além disso, uma grande proporção de pacientes do DR não beneficia do atual arsenal de tratamento, indicando uma necessidade urgente de melhoria terapias4,5,6.
Vários outros eun vivo modelos doença/desenvolvimento e modelos animais diabéticos têm sido desenvolvidos até à data, mas nenhum deles recapitula a gama completa de características patológicas observadas em humanos PDR7,8. Além disso, aumentando a evidência indica que respostas de tratamento estão firmemente conectadas para a composição de ECM, bem como o arranjo espacial e interação entre o microambiente celular e acelular9. Nós, portanto, para desenvolver um modelo clinicamente relevante de PDR humano, utilizando o material patológico FT que comumente é extirpado de olhos submetidos a vitrectomia como parte da gestão cirúrgica de PDR10.
Este manuscrito descreve o protocolo para o 3D ex vivo cultura e caracterização do PDR cirurgicamente extirpado paciente-derivado FT patológica. O método descrito aqui tem sido usado em uma recente publicação que demonstrou sucesso desconstrução da paisagem de tecido PDR 3D nativo e recapitulação das características da fisiopatologia PDR incluindo angiogênico e fibróticas respostas do anormal estruturas vasculares11. Este modelo também revelou características inovadoras que não podem ser facilmente apreciadas de secções histológicas finas, tais como espacialmente confinado a apoptose e proliferação, bem como de formação vascular ilhéu11. Fluido vítreo tem sido usado com sucesso por outros em culturas de esferoide endotelial 3D para avaliar seu potencial de angiogênico e a eficácia das moléculas de angiostatic12. Quando combinado com um esferoide 3D linfática endothelial da pilha (LEC) em vitro brotando ensaio usando vítreo PDR como estimulante, nosso modelo revelou que a contribuição de ambos os vitreal solúvel fatores pistas, bem como locais dentro o tecido neovascular como ainda mal compreendidos LEC envolvimento no PDR fisiopatologia3,11. Na gestão de PDR, vitreoretinal cirurgia é um procedimento rotineiramente realizado ainda mais desafiador. Como técnicas e instrumentações cirúrgicas estão vendo avanço contínuo e sofisticação, remoção oportuna e conservador do espécime proliferativa fibrovasculares não só melhora o resultado da visão, mas também fornece material de tecido inestimável para o investigação de respostas de fisiopatologia e tratamento de PDR nos aspectos complexos translacionais do microambiente tecido humano.
Esta pesquisa foi aprovada pelo Conselho de revisão institucional e Comissão de ética do Hospital da Universidade de Helsínquia. Foi obtido o consentimento esclarecido assinado de cada paciente.
1. preparação de soluções, meios e equipamentos
2. dissecção de tecidos fibrovasculares
3. carcaça gotas de Gel de fibrina na posição vertical para a caracterização da FT nativa e cultura Ex Vivo
4. "na Matrix" Imaging
5. nativo FT e Ex Vivo cultura ponto final
Nota: Os géis FT/fibrina podem ser cultivados ex vivo, para o período de tempo desejado (FT ex vivo culturas) ou fixo no mesmo dia (nativo FT) para o nativo de caracterização FT11.
6. mancha da imunofluorescência toda a montagem
Nota: Este protocolo dura 5 dias e pode ser interrompido com incubação durante a noite do local indicado. Não deixe que a fibrina géis seca em qualquer ponto. Todas as etapas são executadas no RT, salvo indicação em contrário.
Compreensão mais profunda das propriedades de tecidos fibrovasculares PDR e expressão da proteína dependeu principalmente amostras de vítreos e fina histológica FT seções3,15,16,17. Para desenvolver um método para investigação minuciosa da organização tecido 3D e multicelulares processos fisiopatológicos de PDR, partimos para utilizar o cirurgicamente extirpado, paciente-derivado patológicas FTs para caracterização 3D e ex vivo de cultura. Os FTs frescos são transferidos para o laboratório de pesquisa e processados conforme ilustrado no fluxo de trabalho esquemático na Figura 1.
Os FTs podem ser fotografados antes da dissecação para avaliação qualitativa e documentação (Figura 2). Como mostrado na Figura 2, os FTs exibem grande variação inter paciente em tamanho, densidade e abundância de estruturas vasculares. Em alguns tecidos, células soltas, presumivelmente inflamatória/imune células ou células vermelhas do sangue, bem como estruturas vasculares permeável de calibre diferente podem também ser facilmente distinguidas (Figura 2). Após a dissecação, uma decisão precisa ser feita sobre o uso a jusante do número limitante dos explantes obtidos. Uma porção dos explantes é incorporada dentro da matriz de fibrina e fixa depois da formação de gel de fibrina, enquanto os restantes explantes podem ser submetidos a ex vivo de cultura numa placa separada (Figura 1). Os FTs frescos tem também sido com sucesso utilizados para caracterização ultraestrutural por microscopia electrónica. As amostras podem ser que também processados para microscopia eletrônica de transmissão convencional (TEM) de seções ultra-finas ou bloco serial microscopia eletrônica de varredura de rosto (SBF-SEM)3,11.
O gel de fibrina fixo pode ser armazenado por várias semanas e manchado por toda a montagem da imunofluorescência18,19. As amostras coradas são igualmente estáveis quando conservado a 4 ° C, no escuro. Os géis FT/fibrina espessos podem ser fotografados tempo-eficiente com microscópio de epifluorescência, equipado com uma função de seccionamento óptica, útil para remover a luz dispersa fora de foco. Imagem com este método fornece uma boa visualização das estruturas. Alternativamente, microscopia confocal, embora mais exigentes de tempo, pode permitir a captura de detalhes mais finos. A caracterização dos recém incorporado de fibrina e fixo, FTs incultos, nativas por toda a montagem imunofluorescência permite a caracterização de estruturas vasculares, vários tipos de células e seu arranjo recíproco dentro o tecido PDR 3D paisagem de11. Por exemplo, CD31 anticorpos podem ser usados para exibir o endotélio e NG2 para exibir pericitos (Figura 3), enquanto os anticorpos Lyve1 Visualizar recém descoberto linfático-como estruturas endoteliais (Figura 4)11. Várias combinações de anticorpos podem ser usadas para visualizar várias estruturas e tipos de células (veja a Tabela de materiais); por exemplo, ERG pode também visualizar o endotélio, que tem um padrão de expressão discontinuos no neovasculature PDR anormal. As estruturas vasculares manchadas com um marcador de membrana (por exemplo, CD31 e Lyve1) podem ser analisadas quantitativamente para preservação e densidade usando Angiotool, um software de código livre desenvolvido pelo NIH National Cancer Institute11, 20. Volumes 3D também podem ser processados a partir do conjunto de dados obtidos (ver vídeo 1). Se um anticorpo não é adequado para imunofluorescência toda a montagem, as gotas de fibrina podem alternativamente ser incorporadas em parafina, corte de seções finas e analisadas por imuno-histoquímica. Neste caso as gotas beneficiam de fixação durante a noite a 4 ° C, em vez da 1 h no RT
Ex vivo cultura sustenta o crescimento das FTs de fibrina-incorporado, desenvolvendo Humanisme celular já depois de dois dias (Figura 5). O gel de fibrina em vitro é usado como matriz para ex vivo de cultura, desde tipifica o ECM provisório em vivo, formado após clivagem de trombina de fibrinogênio soro aos sítios de escapamento vascular, em contato direto com o neovessels PDR com vazamento na inflamados fibrótico meio15,21,22.
PDR é uma complicação microvascular, caracterizada por uma resposta fibrótica e angiogênico e os explantes FT retêm este repertório celular na cultura, bem como respondem eficientemente aos estímulos exógenos adicionados para os meios de cultura11. Os dados representativos na Figura 6 mostram que as culturas de ex vivo PDR induziram brotando da preservação endotélio e vasculatura CD31 positivo em resposta a VEGFA, enquanto TGFβ induziu uma resposta fibrótica reflectida pela consequência em NG2-positivo pericitos/SMCs. Vários estímulos exógenos podem ser testados e, quando informado por medições de sua abundância de vitreal in vivo, o PDR aqui desenvolvido ex vivo modelo de cultura pode revelar romance microambiente e contexto dependente PDR patológicos mecanismos que não podem ser visualizado no material de tecido fixo.
Figura 1. Ex vivo Modelo de cultura de tecidos fibrovasculares PDR. Representação esquemática do fluxo de trabalho da cirurgia para a excisão do FT do vitreoretinal (pars plana vitrectomy) para dissecação em explantes e incorporação em fibrina para cultura tridimensional de caracterização e ex vivo . Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 2. Recentemente extirpado tecidos fibrovasculares de PDR antes da dissecação. Fase contast micrografias de recém extirpados FTs tiradas antes da dissecação. As FTs são altamente variáveis em tamanho, densidade e abundância de estruturas vasculares. Setas indicam estruturas vasculares de calibres diferentes. A linha vermelha e parcialmente transparente destaca dois navios individuais de calibres diferentes. As imagens foram tiradas usando um microscópio de epifluorescência invertido com 5x, 0.15 abertura numérica (NA), objetivo. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 3. Toda a montagem imunofluorescência de um tecido nativo de fibrovasculares PDR. Micrografia de epifluorescência de um nativo PDR FT manchado por imunofluorescência toda a montagem. CD31 (Averde) visualiza o endotélio enquanto NG2 (B, vermelho) visualiza os pericitos dentro de estruturas irregulares neovascular. Imagens mescladas são mostradas em (C). Corante de contraste DAPI (azul) visualiza os núcleos. A imagem foi tirada usando um microscópio de epifluorescência vertical com função de seccionamento óptica e combinada com um controlado por computador 1.3 megapixel monocromático CCD câmera e imagem aquisição software, usando um x 40, at 1.4, objectivo de óleo. Nove seções óticas foram combinadas com o uso de software de processamento de imagem ImageJ. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 4. Toda a montagem imunofluorescência de um tecido nativo de fibrovasculares PDR. Micrografia de epifluorescência de um nativo PDR FT manchado por imunofluorescência toda a montagem. CD31 (Averde) visualiza o endotélio enquanto Lyve1 (B, vermelho) visualiza as recém-descoberto linfático-como estruturas endoteliais. Imagens mescladas são mostradas em (C). Corante de contraste (azul)-Hoechst 33342 visualiza os núcleos. A imagem foi tirada usando um microscópio de epifluorescência vertical com função de seccionamento óptica e combinada com um controlado por computador 1.3 megapixel monocromático câmera CCD e software de aquisição de imagem, usando um objectivo de 20x, 0,8 nd. Quatro seções óticas foram combinadas com o uso de software de processamento de imagem ImageJ. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 5. Ex vivo de crescimento dos tecidos fibrovasculares PDR. Micrografias de contraste de fase de culturas de x vivo dois FT eem pontos de tempo indicado (dia). Os FTs crescem em cima ex vivo, cultura, desenvolvimento celular Humanisme já depois de dois dias. As imagens foram tiradas usando um microscópio de epifluorescência invertido com um objectivo de 5x, 0,15 nd. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 6. Toda a montagem da imunofluorescência de tecidos fibrovasculares PDR, cultivadas ex vivo não tratada (CTRL), ou na presença de VEGFA ou TGFβ. Micrografia de epifluorescência da FT cultivadas ex vivo não tratada (CTRL) ou na presença de VEGFA ou TGFβ durante 9 dias e posteriormente corados por imunofluorescência toda a montagem. CD31 (verde) visualiza o endotélio enquanto NG2 (vermelho) visualiza os pericitos. Corante de contraste DAPI (azul) visualiza os núcleos. VEGFA estabilizado da vasculatura enquanto TGFβ induziu uma resposta fibrótica. As imagens foram tiradas usando um microscópio de epifluorescência vertical com função de seccionamento óptica e combinadas com um controlado por computador 1.3 megapixel monocromático câmera CCD e software de aquisição de imagem, usando um objectivo de 20x, 0,8 nd. Nove seções óticas foram combinadas com o uso de software de processamento de imagem ImageJ. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Video 1. reconstrução de volume 3D de um nativo FT manchado por toda a montagem da imunofluorescência. CD31 (verde), Lyve1 (vermelho). Hoechst 33342 corante de contraste (azul) visualiza os núcleos. A imagem foi tirada usando um microscópio de epifluorescência vertical com função de seccionamento óptica e combinada com um controlado por computador 1.3 megapixel monocromático câmera CCD e software de aquisição de imagem, usando um objectivo de 20x, 0,8 nd. Reconstrução de volume 3D e processamento de vídeo foi realizada usando um software comercial. Uma parte do vídeo é reproduzida com permissão da Gucciardo et al . 11. por favor clique aqui para ver este vídeo. (Botão direito do mouse para fazer o download.)
Considerando a importância do microambiente tecido relevantes para confiança funcional celular e moleculares resultados mecanicistas, é imperativo encontrar modelos experimentais adequados que fornecem este ambiente de tecido. O descrito neste documento ex vivo PDR cultura modelo para os FTs de fibrina-incorporado permite a investigação dos mecanismos da fisiopatologia PDR no contexto nativo, complexo e multicelular de amostras clínicas de PDR.
Passos críticos dentro do protocolo são a formação de gel de fibrina adequada, o posicionamento da FT e lavagem adequada durante a coloração. Desde que a formação de gel de fibrina depende principalmente da atividade de trombina, afetaram a concentração e a temperatura, a quantidade de trombina precisa ser ajustado para cada lote de preparação do gel de fibrina. Formação de gel de fibrina deve ser rápida o suficiente para impedir o crescimento de explantes o FT 2D mas também lento o suficiente para permitir o posicionamento do FT para o centro de gotas verticalmente e horizontalmente. No caso que do FT acontece localizar-se na borda da gota, pipetagem adicionais pode ajudar a colocação da FT para o centro. STF que ainda permanecem na borda de gotas ou que crescem em 2D precisará ser excluído. Adequada de lavagem durante coloração e evitando secagem das gotas são críticos por sua vez a fim de otimizar a coloração e minimizar o sinal de fundo. Tempos de transferência podem também ser críticos. Temos incorporado os FTs até duas horas após a vitrectomia e isso não afetou o ex vivo de crescimento. O impacto de tempos de transferência mais sobre o sucesso da cultura que precisam ser testados.
Este protocolo pode ser modificado usando matrizes alternativas para a incorporação de FT. In vivo, os PDR neovessels crescem em direção ao córtex vítreo ricos em colágeno23. No entanto, com componentes de soro escapamento vascular, incluindo o fibrinogênio, dissolva no vítreo em estreita proximidade com os navios, segundo o qual a resposta fibrótica é iniciada. Por conseguinte, o coágulo de fibrina in vitro foi utilizado aqui para o ex vivo cultura para tipificar o ECM provisório formado no meio de fibrótico inflamado de PDR15,21,22. Alternativamente, os coágulos de fibrina podem ser complementados com laminina e fibronectina alterar a estabilidade da brotação capilares, ou os explantes pudessem ser incorporados dentro tipo I, colágeno e outras matrizes mistos para tipificar o microambiente mais fibrótico em neovascular tecidos. Estas matrizes são geralmente adequados para a cultura 3D e imunofluorescência toda a montagem, mas seus efeitos sobre o PDR FTs continuam a ser testado e considerações sobre o calendário de formação da matriz 3D terá de ser feita a fim de permanecer dentro dos limites para a prevenção de 2D crescimento de18,19. Quando a proximidade física da unidade de pesquisa do hospital representa uma limitação, tempos de transferência mais poderiam ser compensados com trabalho em equipe; Preparação de solução de TA, estéril de fibrinogênio-filtração e teste de formação de gel de fibrina podem ser executadas durante a transferência de FT. Se o gel de fibrina não fazem mesmo depois de 1 hora, pode ter ocorrido um problema com o fibrinogênio ou preparação de solução de TA. Neste caso, não pode ser usado o gel de fibrina/FT.
As limitações desta abordagem, tal como acontece com todos os ex vivo abordagem, são a variável qualidade da amostra de tecido primário através de indivíduos, bem como a heterogeneidade do tecido paciente intra e inter paciente. No caso de pacientes diabéticos, parte desta variabilidade inclui o grau de vascularização e fibrose que dependem de vários fatores como a duração da doença, condição metabólica, fatores genéticos/epigenética, tipo de diabetes e a terapia sistêmica. O tamanho da FT de PDR cirúrgico recuperado também é um fator limitante na determinação do número de condições que podem ser investigados para cada amostra. Proporcionando informação recíproca espacial, toda a montagem imunofluorescência permite a investigação de apenas uma quantidade limitada de recursos/marcadores por gotículas. Como um compromisso, as gotas de fibrina como alternativa podem ser incorporadas em parafina, corte de seções finas e analisadas por imuno-histoquímica.
Existentes rato diabético modelos desenvolvem muitas características da fase inicial DR, mas não conseguem repetir exaustivamente as progressivas mudanças que ocorrem no PDR humano, dificultando, assim, os estudos do PDR doença mecanismos7,8. Além disso, o olho murino é fundamentalmente diferente do olho humano, em que falta-lhe a mácula, enfatizando ainda mais a importância de estudar as doenças humanas24. O FTs PDR cirúrgicos anteriormente também foram descartados, ou usado para cortes de parafina, microscopia eletrônica de transmissão, bloco serial microscopia eletrônica de varredura de rosto, em massa, a sequenciação do ARN ou 2D cultura de células dissociadas3,25 . O modelo aqui descrito permite a caracterização 3D deste precioso material cirúrgico, bem como a investigação da fisiopatologia PDR no microambiente do tecido doente nativo. Quando combinado com o uso de fluido vítreo, este modelo também permite a investigação da contribuição do microambiente PDR celular e acelular. Uma vez que as culturas respondem eficientemente para fatores de crescimento detectado no vítreo, tais como VEGFA, bFGF, VEGFC e TGFβ, sintetizando, assim, características da fisiopatologia PDR, este PDR ex vivo modelo de cultura é favorável para teste ou desenvolvimento de novos tratamentos de PDR 11. neste modelo, anti-VEGFA impediu a germinação capilar e induzido por sinais de regressão capilar, respostas que são consistentes com os resultados clínicos esperados de anti-VEGFA tratamento26,27. Portanto, este modelo também pode ser usado para melhor entender os efeitos das terapias atuais, incluindo tratamentos anti-VEGFA e corticosteroides.
Com instrumentação da imagem latente de viver-pilha, o descrito neste documento ex vivo modelo de cultura poderia ser submetido a microscopia de lapso de tempo, para permitir a investigação em tempo real de processos tais como regressão vascular, plasticidade celular e germinação. Quando combinado com modelos in vitro e in vivo, bem como dados clínicos, este ex vivo modelo PDR vai ajudar na investigação de respostas do paciente baseadas em conjuntos particulares de identificação de marcadores, um passo mais perto para a Avenida para medicina personalizada. Identificar respostas específicas do paciente e/ou marcadores de resposta específicos é especialmente relevante no caso de PDR, que é uma doença multifatorial, com uma complexa interação de microvascular, neurodegenerativas, metabólicas, genética/epigenética, fatores imunológicos e relacionadas com inflamação, exigindo esforços cada vez mais multidisciplinares para o desenvolvimento da gestão melhorada de direcionamento e doença terapêutico. Além de toda a montagem da imunofluorescência, a ex vivo cultivada FTs também podem ser obtidos a fibrina por tratamento de nattokinase plasmina/e submetidos a transcriptomic e proteomic analisa28. A adequação do modelo descrito neste documento para ex vivo estudos dos tecidos fibrovasculares desenvolvidos em outras doenças oculares, tais como em casos graves de retinopatia falciforme, também poderia ser explorada no futuro.
Os autores não têm nada para divulgar.
Os autores são muito agradecidos aos colegas de retina médica e cirúrgica, enfermeiras e toda a equipe da unidade de cirurgia do Vitreoretinal no departamento de Oftalmologia, Hospital da Universidade de Helsínquia para participar ativamente no recrutamento e unidade diabética dos pacientes. Agradecemos a Biomedicum Molecular Imaging unidade por instalações de geração de imagens. Agradecemos Anastasiya Chernenko excelente assistência técnica. Este estudo foi suportado por doações da Academia da Finlândia (KL), Universidade de Helsínquia (KL), Sigrid Juselius Foundation (KL), K. Albin Johansson Foundation (KL), Instituto Finlandês de câncer (KL), Karolinska Institutet (KL), finlandês Eye Foundation (SL), olhos e Fundação Banco de tecido (SL), Maria e Georg C. Ehrnrooth Foundation (SL) e bolsas de investigação clínica HUCH (TYH2018127 após TYH2016230, SL), Diabetes Research Foundation (SL, KL, AK, por exemplo), bem como o programa de doutoramento em biomedicina (EG).
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Material | |||
Microforceps | Medicon | 07.60.03 | Used for handling the FTs |
Disposable Scalpels - Sterile | Swann-Morton | 0513 | Used for FT dissection |
Culture dish, vented, 28 ml (60mm) | Greiner Bio-One | 391-3210 | Used for dissection and for testing fibrin gel formation |
Cell culture plates, 12-well | Greiner Bio-One | 392-0049 | Used for FT dissection and whole-mount immunofluorescence |
Reagent/centrifuge tube with screw cap, 15 mL | Greiner Bio-One | 391-3477 | |
Reagent/centrifuge tube with screw cap, 50 mL | Greiner Bio-One | 525-0384 | |
Millex-GV Syringe Filter Unit, 0.22 µm, PVDF | Millipore | SLGV033RS | Used to sterile-filter the fibrinogen solution |
Syringe, 10 mL | Braun | 4606108V | Used to sterile-filter the fibrinogen solution |
Polypropylene Microcentrifuge Tubes, 1.5 mL | Fisher | FB74031 | |
Cell-Culture Treated Multidishes, 24-well | Nunc | 142475 | Used for casting the FT/fibrin gels for native FT characterization and ex vivo culture |
Cell culture plates, 96-well, U-bottom | Greiner Bio-One | 392-0019 | Used for whole-mount immunofluorescence |
Round/Flat Spatulas, Stainless Steel | VWR | 82027-528 | Used for whole-mount immunofluorescence |
Coverslips 22x22mm #1 | Menzel/Fisher | 15727582 | Used for mounting |
Microscope slides | Fisher | Kindler K102 | Used for mounting |
Absorbent paper | VWR | 115-0202 | Used for mounting |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Reagents | |||
PBS tablets | Medicago | 09-9400-100 | Used for preparing 1x PBS |
Fibrinogen, Plasminogen-Depleted, Human Plasma | Calbiochem | 341578 | |
Hanks Balanced Salt Solution | Sigma-Aldrich | H9394-500ML | Used for preparing the fibrinogen and TA solution |
Fetal bovine serum | Gibco | 10270106 | Used for preparing the blocking solution |
Human Serum | Sigma-Aldrich | H4522 | Aliquoted in -20 °C, thaw before preparing the ex vivo culture media |
Gentamicin Sulfate 10mg/ml | Biowest | L0011-100 | |
Endothelial cell media MV Kit | Promocell | C-22120 | Contains 500 ml of Endothelial Cell Growth Medium MV, 25 mL of fetal calf serum, 2 mL of endothelial cell growth supplement, 500 μL of recombinant human epidermal growth factor (10 μg/ mL) and 500 μL of hydrocortisone (1 g/ mL) |
Sodium azide | Sigma-Aldrich | S2002 | Used for storage of the native and ex vivo cultured FTs. TOXIC: wear protective gloves and/or clothing, and eye and/or face protection. Use in fume hood. |
Acetone | Sigma-Aldrich | 32201-2.5L-M | Used to prepare the post-fixation solution. HARMFUL: wear protective gloves and/or clothing. Use in fume hood. |
Methanol | Sigma-Aldrich | 32213 | Used to prepare the post-fixation solution. TOXIC: wear protective gloves and/or clothing. Use in fume hood. |
Triton X-100 (octyl phenol ethoxylate) | Sigma-Aldrich | T9284 | Used for whole-mount immunofluorescence. HARMFUL: wear protective gloves and/or clothing. |
Hoechst 33342, 20mM | Life Technologies | 62249 | For nuclei counterstaining. HARMFUL: wear protective gloves and/or clothing, and eye and/or face protection. |
VECTASHIELD Antifade Mounting Medium | Vector Laboratories | H-1000 | Wear protective gloves and/or clothing, and eye protection. Use in fume hood. |
VECTASHIELD Antifade Mounting Medium with DAPI | Vector Laboratories | H-1200 | Mounting medium with nuclei counterstaining. Wear protective gloves and/or clothing, and eye protection. Use in fume hood. |
Eukitt Quick-hardening mounting medium | Sigma-Aldrich | 03989-100ml | TOXIC: Wear protective gloves and/or clothing, and eye protection. Use in fume hood. |
Thrombin from bovine plasma, lyophilized powder | Sigma-Aldrich | T9549-500UN | Dissolve at 100 units/ mL, aliquote and store at -20 °C, avoid repeated freeze/ thaw |
Aprotinin from bovine lung, lyophilized powder | Sigma | A3428 | Dissolve at 50 mg/ mL, aliquote and store at -20 °C, avoid repeated freeze/ thaw |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Growth factors | |||
Recombinant human VEGFA | R&D Systems | 293-VE-010 | 50 ng/ mL final concentration |
Recombinant human VEGFC | R&D Systems | 752-VC-025 | 200 ng/ mL final concentration |
Recombinant human TGFβ | Millipore | GF346 | 1 ng/ mL final concentration |
Recombinant human bFGF | Millipore | 01-106 | 50 ng/ mL final concentration |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Primary antibodies | |||
CD31 (JC70A) | Dako | M0823 | Used at 1:100 dilution, Donkey anti Mouse Alexa 488 Secondary Ab |
CD34 (QBEND10) | Dako | M716501-2 | Used at 1:100 dilution, Donkey anti Mouse Alexa 488 Secondary Ab |
CD45 (2B11+PD7/26) | Dako | M070129-2 | Used at 1:100 dilution, Donkey anti Mouse Alexa 488 Secondary Ab |
CD68 | ImmunoWay | RLM3161 | Used at 1:100 dilution, Donkey anti Mouse Alexa 488 Secondary Ab |
Cleaved caspase-3 (5A1E) | Cell Signalling | 9664 | Used at 1:200 dilution, Goat anti Rabbit Alexa 594 Secondary Ab |
ERG (EP111) | Dako | M731429-2 | Used at 1:100 dilution, Goat anti Rabbit Alexa 594 Secondary Ab |
GFAP | Dako | Z0334 | Used at 1:100 dilution, Goat anti Rabbit Alexa 594 Secondary Ab |
Ki67 | Leica Microsystems | NCL-Ki67p | Used at 1:1500 dilution, Goat anti Rabbit Alexa 594 Secondary Ab |
Lyve1 | R&D Systems | AF2089 | Used at 1:100 dilution, Donkey anti Goat Alexa 568 Secondary Ab |
NG2 | Millipore | AB5320 | Used at 1:100 dilution, Goat anti Rabbit Alexa 594 Secondary Ab |
Prox1 | ReliaTech | 102-PA32 | Used at 1:200 dilution, Goat anti Rabbit Alexa 568 Secondary Ab |
Prox1 | R&D Systems | AF2727 | Used at 1:40 dilution, Chicken anti Goat Alexa 594 Secondary Ab |
VEGFR3 (9D9F9) | Millipore | MAB3757 | Used at 1:100 dilution, Donkey anti Mouse Alexa 488 Secondary Ab |
α-SMA (1A4) | Sigma | C6198 | Used at 1:400 dilution, Cy3 conjugated |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Secondary antibodies | |||
Alexa Fluor488 Donkey Anti-Mouse IgG | Life Technologies | A-21202 | Used at 1:500 dilution |
Alexa Fluor594 Goat Anti-Rabbit IgG | Invitrogen | A-11012 | Used at 1:500 dilution |
Alexa Fluor568 Donkey anti-Goat IgG | Thermo Scientific | A-11057 | Used at 1:500 dilution |
Alexa Fluor568 Goat anti-Rabbit IgG | Thermo Scientific | A-11036 | Used at 1:500 dilution |
Alexa Fluor594 Chicken Anti-Goat IgG | Molecular Probes | A-21468 | Used at 1:500 dilution |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Microscopes | |||
Axiovert 200 inverted epifluorescence microscope | Zeiss | For imaging of the fresh and fibrin-embedded FT | |
SZX9 upright dissection stereomicroscope | Olympus | For FT dissection | |
LSM 780 confocal microscope | Zeiss | For imaging of whole-mount immunostained FT | |
AxioImager.Z1 upright epifluorescence microscope with Apotome | Zeiss | For imaging of whole-mount immunostained FT |
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