Method Article
연속 크라이 섹션은 단일 마우스 골격근에서 인접 영역을 이용한 유전자 발현 측정 학적 어플리케이션 및 RNA의 농축을 가능하게 수집된다. 직접 애플리케이션에서 비교 풀링 저온부 및 측정 30mg을 - 고품질 RNA를 (20)로부터 얻어진다.
이 방법으로, 연속 저온부는 하나의 마우스 골격 근육에서 인접 영역을 사용하여 유전자 발현을위한 조직 조직학 및 RNA의 농축 모두 현미경 응용 프로그램을 사용하기 위해 수집됩니다. 전형적으로, 그것은, 버퍼 볼륨이 효율적으로 연마 애플리케이션 너무 낮을 수 있기 때문에 아직 충분한 기계적 중단없이 작은 골격근 샘플의 적절한 균질화를 달성하는 도전 버퍼 시약 근육 제한 침투 치밀한 조직 구조는 궁극적으로 저 RNA 수율을 야기. 여기에보고 된 프로토콜에 따라 30 ㎛의 섹션을 수집하고 버퍼 침투 노출 표면적을 증가 저온 절편 이후 니들 균질화가 근육을 방해 기계적하게 풀링. 이 기술의 주요 제한은 저온 유지가 필요하다고하고, 이는 상대적으로 낮은 스루풋이다. 그러나, 고품질의 RNA를 풀링 m 작은 샘플로부터 얻을 수있다uscle 저온부는 여러 가지 골격 근육과 다른 조직이 방법은 액세스 할 수 있도록. 또한,이 기술은 유사한 가능 분석 (예, 조직 병리학 및 유전자 발현) 측정치가 직접 실험 불확실성을 감소시키고위한 작은 조직 소스 필요 복제 성 동물 실험을 감소시키는 애플리케이션에서 비교 될 수 있도록 하나의 골격근의 인접 영역에서 여러 응용 프로그램.
이 기술의 목적은 하나의 작은 골격근 조직 소스로부터 액세스 같은 조직 학적 및 유전자 발현과 같은 다른 양상, 여러 실험을 분석하는 것이다. 현미경 애플리케이션 신중 동결 동안 얼음 결정 생성물의 형성을 제한하도록 제어 되어야만 보존 방법을 시료에 가장 민감하다. 따라서, 분석법 개발을 경골근에 기초한다 (TA) 근 부분적으로 면역 형광 현미경 유전자 발현 양 분석을위한 원료로서 -140 ° C 액체 질소 냉각 -2- 메틸 부탄 욕에서 수지 매립 덮여 냉동.
다양한 기술적 접근법 동일한 원료를 사용할 필요가 좌우 근육 상이한 조건 실험 하나는 제어를 나타내는 근육 주사 기반 실험을 위해 특히 중요하다. 예를 들어, 근육의 재생 과정에서, 하나의 MUscle는 반대측 근육 차량 주입 제어 한 역할을하면서 광범위한 조직 손상을 유발하는 독소를 주사한다. 마찬가지로, 근육 질환에 대한 유전자 치료 연구는 일반적으로 반대쪽이 빈 벡터, 벡터 또는 비 관련 차량 제어와 비교되는 근육 내 주사에 의한 유전자 치료 벡터의 유효성 시작한다. 따라서, 다른 어플리케이션에 각각 TA 근육을 소싱 할 수 없다.
이러한 문제점을 해결하기위한 일반적인 전략은 : ⅰ) ⅱ) 추가 마우스를 사용하거나, ⅲ) 각각의 애플리케이션에 대한 근육의 일부를 잘라, 어플리케이션마다 다른 근육 그룹을 사용. 그러나, 근육 그룹간에 상당한 차이가 어려운 개별 애플리케이션으로부터 데이터를 비교할 수 있도록, 추가 동물 비용을 증가시키고, 다른 대안이있을 경우 제대로 정렬된다. 다른 응용 프로그램을 소스로 절개 한 후 근육을 나누는 것은 최선의 선택의 난입니다n은 많은 경우. 단, 근육의 조각들은 균질화 2-5 액체 질소 또는 기계적 연마 기술에 따라 분쇄를 사용하기에는 너무 작다. 근육 세포 외 매트릭스 단백질과 수축 포장 높은 조직 구조이기 때문에, 불충분 한 기계적 균질화 이후 DNA, RNA 또는 단백질의 낮은 수율로 이끈다. 여기에 자세한 방법은 여러 응용 프로그램에서 사용하기위한 하나의 소스 근육에서 조직의 소량을 허용하고, 냉동 절편 바늘 분쇄의 포함은 더 나은 RNA 수율 기계적 균질화을 향상시킨다.
모든 동물의 절차는 동물 사용 프로토콜 A2013 07-016 (비들)에서 조지아 기관 동물 관리 및 사용위원회의 대학에 의해 승인되었다.
미 정착 골격근 1. 냉동 보존
2. 조직학 및 RNA 응용 프로그램에 대한 저온부를 수집
풀링 저온부 3. RNA 분리
면역 형광 Stainin 4. 조직 학적 분석근육 저온부의 g
근육을 동결 절단 (Cryosections)의 RNA는 품질이 높고, 대부분의 응용 프로그램에 충분한 수율을 제공합니다
여섯 골격근 RNA 제제의 분석은 8 대조군 마우스로부터 풀링 경골근 (TA) 근 19.4 41 mg의 사용 표 1에 나타낸다. 모두 좌측 (L) 및 우측 (R) TA 근육이 방법을 이용하여 근육 손상을 일으킬 삼일 식염수 또는 10 μM의 cardiotoxin 25 μL의 길이 근육 주사 후 채취 근육 재생 실험에서 제조 된 이전에 1을보고 하였다. 표 1에 나타낸 바와 같이, 근육 동결 절단 (Cryosections)의 RNA에 대해 A260 / 280 비를 대표 샘플이 전형적으로 가깝거나 더 높다. "순수한"RNA는 2.2 / 2.0 및 A260 280 / 1.8 280 A260 것으로 간주되는 바와 같이, 동결 절단 (Cryosections)의 RNA 시료의 순도는 9 우수하다. 총 RNA 복구는 일반적으로 비켜했다대부분의 다운 스트림 응용 프로그램에 대한 충분한 자료를 제공하고, 조직을 시작 mg의 당 총 RNA의 μg의 1 이상에 0.18의 수율 샘플 당 R 10 μg의. 특히, RNA 농도, 추출 된 총 RNA, 3 일 후 독소 부상 TA 근육에서 시작하여 조직의 밀리그램 당 RNA 수율은 식염수 주입 조교에서보다 유의하게 높았다. 이것은 근육 구조 삼일 재생 근육 유전자 전사 및 / 또는 RNA의 안정성의 증가가 및 / 또는 광범위한 손상에 의해 파괴되는 경우 균일화가 향상된다 나왔다. 샘플 18 달 동안 -20 ℃에서 저장 하였다 후 RNA 품질의 지속성 간단한 1X TAE / 근육 동결 절단 (Cryosections)의 RNA 1 μl의 1.5 % 아가로 오스 겔 전기 영동으로 평가 하였다. 눈에 띄는 18S와 28S rRNA의 밴드에도 최적 보관 조건 (그림 1A)에서, 여전히 높은 RNA의 품질을 보여주는 샘플에서 분명하다.
근육을 동결 절단 (Cryosections)의 RNA다운 스트림 응용 프로그램을 지원합니다
풀링을 동결 절단 (Cryosections) 샘플 당 RNA 중 하나 마이크로 그램은 DNase를 처리하고, 올리고 DT 프라이머로부터 역전사. 된 RNase 처리 후, cDNA를 전사 역의 총 부피는 30 μL이었다. 초과 증폭 간단한 비 정량적 PCR은 cDNA를의 가능성을 확인하기 위해 실행되었습니다. 근원 성 조절 인자 4 (Mrf4), 근육 분화와 상향 조절 전사 인자는 표준 PCR을 이용하여 템플릿 2 μL에서, 5'- CTGAAGACTGCTGGAGGCTG 10 5'- CTACATTGAGCGTCTACAGGACC를 센스 및 안티센스, 이전에보고 된 마우스 프라이머를 사용하여 증폭 하였다. RT DDH 2 O (아무 RNA 템플릿 전사를 역), 또는 DDH, (RNA가 포함되어 있지만 역전사 효소를)이 왼쪽과 오른쪽 TA의 cDNA 샘플 모두에서 234 bp의 Mrf4 단편의 강력한 특정 증폭했지만, RT-하지 이 PCR O 컨트롤 (도 1b).동일한 샘플 및 Mrf4 mOaz1 기준 제어 중으로 실시간 PCR 시스템에 대하여, 증폭 및 수동 형광 기준을 사용하여 4 정량을 실행 하였다. Mrf4 ΔΔCt는 방법 (4)에 의해 산출 된 식염수 주입 왼쪽 TA에 비해 독소 주입 오른쪽 TA에서 0.097 배로 발현되었다. 이는 성숙한 근육 섬유 (11)의 손실 삼일 독소 손상 후 낮은 Mrf4 발현 이전보고와 유사하다. 정량적 PCR을위한 RNA를 동결 절단 (Cryosections)의 농도를 비교하는 코네티컷 값은 mOaz1 참조 유전자 비교 하였다. 여섯 샘플에서 mOaz1 성적 증명서는 코네티컷는 RT-제어 샘플에서 36.332 ± 3.61 SD이었다 평균 반면, 17.242 ± 1.483 SD의 평균 코네티컷 검출되었다 (N = 4). 샘플에서 mOaz1 코네티컷 신호의 꽉 그룹은 TA 근육 저온부에서 분리 된 RNA는 다운 스트림 RNA 발현 분석에서 예상대로 수행하는 것이 좋습니다.
조직 학적 평가를.
삼일 독소 주사 후 한배 새끼의 대조군 마우스가 7 ㎛의 경골근 근육 부의 간접 면역 형광 염색법의 예 (도 2), 재생 섬유를 검출하기 위해 도시된다. 두 부분의 영역에서보다 150 ㎛의 근위 근육의 표면으로부터 4.6 mm 4.5 깊이 RNA 분석에 사용되는 근육에서 수집 하였다. 배아 미오신 중쇄 (eMHC, 적색)의 재생 섬유, 콜라겐 VI를 검출 (녹색 ColVI)가 근섬유를 설명하고 DAPI 얼룩 농축 핵 침윤 (청색 신호) 4. 지역 독소 손상의 부위를 나타내는 프로토콜에 따라, 블루 핵 , eMHC 긍정적 새롭게 재생 근육 세포의 활성화에 의해 명백한 바와 같이. 이 예와 같이 전체 섹션지도 embryoni의 비율을 계산하여 재생의 정량에 사용됩니다ㄴ 마이 오신 중쇄 발현 섬유 (새로 재생 빨간색) 또는 중앙 핵 섬유는 이전에 한보고. 특히,도 2a에서 TA 근육에 놀라 울 정도로 약간의 손상이 있습니다. 주사 사이의 변동이 있지만도 2b에 도시 된 바와 같이, 일반적인 독소 주사, 근육 칸 (1)의 더 큰 비율에 영향을 미친다. 따라서,이 조직 학적 분석은도 2a에 독소 손상을 최소화 것을 시사하고 인접한 근육 동결 절단 (Cryosections)의 RNA 시료에서의 유전자 발현 데이터를 해석하기위한 중요한 도구를 제공한다. 전체 근육이 표준 연마 방법에 의해 RNA의 제조에 사용 되었다면,이 샘플의 예기치 않게 작은 부상 영역은 다운 스트림 분석을 왜곡 것이 특이 할 것입니다. 대신, 같은 근육의 조직 학적 정량 페어링 인접한 부분에서 손상의 정도를 직접 측정 할 수있다. 이것의 inclu의 사용을 가능하게시온 / 제외 기준은 부상 크기에 따라 분석 최소 부상 임계 값 또는 RNA의 정상화를 충족 분석의 모든 샘플을 다운 스트림 RNA에 포함되어 있는지 확인합니다.
그림 1 : 풀링 근육 저온부에서 RNA의 품질 평가. A) 18S와 28S 리보솜 RNA 밴드 18 개월 RNA 준비 후 풀링 근육 저온부에서 RNA에서 눈에 띄는 있습니다. B) 역전사 다음 PCR Mrf4에 대한 비 정량적. 하는 DNA 사다리의 200, 300 bp의 밴드가 표시됩니다. RT-는 RNA 템플릿 있지만 역전사 효소와 전사 반응을 역. RT-H 2 O는 DDH 2 O, 아니 RNA 템플릿과 전사 역. H 2 O,이 실험에서 DDH 2 O. 아무 템플릿 PCR 제어, 독소 오른쪽 전 경골근 (RTA) 및 염분 워싱턴에 주입되지 않았다의 왼쪽 (LTA)에 주입. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
그림 2 : 근육 재생 연구에 대한 조직 학적지도 샘플. A, B) 삼일 가난한 (A의 예를 나타내는 독소 주입)과 일반 (B) 독소에 의한 손상 후 하나의 정강 뼈 앞쪽에 근육 부분의 컴파일 된지도. 각 섹션 맵의 화이트 박스 영역은 높은 배율보기, 레드, 배아 마이 오신 중쇄에 대한 삽입 된 이미지로 표시됩니다; 녹색 콜라겐 VI 외 기질 단백질; 블루, DAPI 핵 얼룩. 스케일 바, 100 μm의. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
표 1 : 풀링 근육 저온부에서 대표 RNA 수율 및 순도 측정. 여섯 전 경골근 (TA) 근육을 절단하고 풀링을 동결 절단 (Cryosections) 샘플은 RNA에 대해 처리 하였다. 정제 된 RNA (1 μL)을 nanospectrophotometer 분석 하였다. 열 통계가 스프레드 시트에서 수행 하였다, 그룹 비교는 통계 소프트웨어를 사용하여 수행 하였다.
과잉 수지가 풀 저온부의 수집 속도가 느려집니다 및 RNA 분리에 수지 오염을 포함 증가시킬 수 있기 때문에이 방법으로 최상의 결과를 얻으려면, 조직 냉동 보존하는 동안 근육의 낮은 세 번째 또는 절반으로 제한 수지를 포함 유지. 또한, 바늘 균질화 동안 세심한주의 수율을 최대화하고, 바늘 막힘 가능성을 최소화하는 것이 중요하다. 프로토콜은 니들이 차단 방해물을 제거하기 위해 높은 압력이 필요로 될 경우의 샘플 손상을 방지하기 위하여 루어 코리아 주사기를 사용하여 변형 될 수있다. 25 또는 26 게이지 바늘과 바늘 추가적인 균질화 단계는 상기 RNA 수율을 향상 할 수있는 미세 조직 현탁액을 생성하기 위해 첨가 될 수있다. 클로로포름은 BCP 대체 할 수 있지만 BCP 덜 독성 및 RNA (12)의 유기 추출 동안 수성 단계에서 게놈 DNA 오염의 낮은 수준의 결과로,이 권장되지 않습니다. 증가균질화 덜 효율적입니다으로 풀링 저온부 μm의 30의 단면 두께는 사용하지 않는 것이 좋습니다.
RNA 수율 원하는 레벨 이하이면, 다양한 전략과 같은 복구 증가하기 위해 이용 될 수있다 : i)가 가능한 수율을 증가시키기 위해 출발 물질 밀리그램 양을 증가하는 단계; ii) 상기 조직을 기계적으로 균질화를 개선하기 위해 30 μm의 아래 부분의 두께를 감소; ⅲ) 기계적 및 화학적 분열 조직을 향상시키기 위해 유기 추출 시약에 샘플 배양 및 바늘 균질화의 지속 기간을 증가; 조직 덩어리가 남아있는 경우 ⅳ),보다 엄격한 바늘 균질화와 제 2 추출 단계를 수행합니다. 또는, 높은 프로테오글리칸 함량 13 샘플에 대한 추가 상 분리 및 침전 단계로 조직 특이 적 고려 사항이있을 수 있습니다. RNA를 칼럼 정제 중에 큰 용출 부피는 수 mA의 사용 및 제 용출을 수행 할 수있다총 RNA 회복 ximize하지만 RNA 농도의 비용. 포스트 칼럼 알콜 침전 저농도이 변형 우려가있는 경우 RNA를 농축하기 위해 사용될 수있다. RNA 분해가 박리시에 냉동 보존 시간을 감소시키는 문제가있는 경우, 저온 유지 표면과 도구보다 엄격한 세척 바늘 균질화 냉장실 단계의 저온부 (14)로 된 RNase 억제제 시약을 첨가하고, 빈번한 수행 된 RNase 노출을 최소화하기 무료의 RNase 용액 여분 각각 방지하거나 RNases 노출을 최소화하고 절단 활성을 줄일 수있다. 간단히 박리 후 된 RNase 억제제 시약의 조직 입욕하지만 냉동 보존하기 전에, 상기 시료의 열화를 줄일 수있다. 그러나, 예비 실험은 그러한 치료 동안 동결 얼음 결정 또는 다른 아티팩트를 증가하지 않도록 수행되어야한다.
배아 동안미오신 중쇄 / 콜라겐 VI 간접 면역 형광 부상 근육 분석을위한 예로서 여기에서 사용되는 얇은 저온부가 현미경에 장착 포스트와 면역 기술을 비롯한 동결 절편에서 수행 될 수있는 중요한 조직 학적 염색에 사용할 수있는 이들 실험에서 미끄러 -fixation 및 헤 마톡 실린 / 에오신 염색. 사실, 여기에 제공된 간단한 면역 프로토콜에 대한 적응이 필요할 수 있습니다. 예를 들어, 항 - 마우스 이차 항체는 표적 조직에서 내인성 마우스 면역 글로불린을 검출 할 수있는 마우스 차 항체 (예 eMHC)을 검출하도록 사용된다. 이러한 내생 항체는 일반적으로 배경 면역 염색을 일으키는 부상 또는 이영양증 근육의 손상 또는 괴사 근육 섬유에 축적. (생략 차 항체)와 보조 제어 슬라이드는 항상 염색의 특이성을 평가하기 위해 검사해야합니다. 내인성 항체 배경에 문제가 있다면, 프리 블록 단계되어야방지 또는 내인성 마우스 면역 글로불린 (15)의 검출을 최소화하기 위해 프로토콜에 추가됩니다.
상기 방법의 주요 한계는 저온 유지가 필요하다고하고 그것이 상대적으로 낮은 스루풋을 만드는 시간이 소요된다. 예를 들어, 기술 전문가는 약 9 ~ 10 시간에 풀 저온부와 현미경 슬라이드 16 근육 (16 조직의 중복 섹션 8 슬라이드)까지 처리 할 수 있었다. 초보자 냉동 절편하려면 2 ~ 4 샘플에서 풀링 저온부의 컬렉션 합리적 대신, 조직학에 대한 취득 품질 저온부가 더 많은 경험을했다, 저온 유지 장치 훈련과 하나 또는 두 개의 연습 세션 후 마스터 할 수 있습니다. 따라서, 장비, 시간, 교육 요소는 수동 유 봉 균질 잘 균질화 될 수 있습니다 부드러운 조직이 방법은 덜 유용 할 수 있습니다.
비 저온 유지 균질화 방법과 비교하여, 횡문근의 RNA 제제의 0.7 μg의 RNA 전 근육 16 mg의 근육 17 mg의 당, 최근 0.27 μg의 1.08에 RNA 0.05 RNA 수율과 근육 생검에서보고되었다. 따라서, 여기에 설명 된 기술은 한 쌍의 조직 학적을 가능하게하는 동일한 샘플의 인접 영역에서 분석의 추가 장점과 비 저온 유지 방법보다만큼 좋은 또는 더 나은 RNA 수율을 제공한다. 특히, 이전의 연구는 척추 조직의 균질화를 위해 냉동 절편 사용과 마찬가지로 냉동 절편 조직이 RNA 분리 13 균질화 효율을 향상 것으로 나타났습니다. 이 기술은 소 골격 근육 샘플에서 테스트 한 결과, 시료 전처리 당 평균 RNA 수율은 여기에 13보고 정상 범위의 로우 엔드에서 ± 0.36 μg의 4.09이었다. 레이저 캡처 미세 절제는 동결 절단 (Cryosections)로부터 RNA 추출을위한 조직의 컬렉션에 대한 또 다른 대안이다. 레이저 캡처이 모아 동결 절단 (Cryosections) 방법에서보다 우수한이 허용하는 특이 부분에서 셀의 원하는 서브 세트를 수집하고, 50 μm의 두께 (18)까지 단일의 조직 절편에서 수행 될 수있다. 그러나, 마이크로 해부 샘플을 수집 할 수 있습니다 어렵고 적합한 장비는 연구자 풀링을 동결 절단 (Cryosections) 균질화 더 접근 할 수 있도록 널리 사용할 수 없습니다. 두 방법 모두 사용할 수있는 경우, 기본 설정은 응용 프로그램이 하위 지역 분석 덜 중요하고 RNA의 높은 수량이 필요할 때 풀링을 동결 절단 (Cryosections) 균질화 가장 동안 레이저 캡처 미세 절제를 선호 할 만 작은 RNA 수량을 필요로하기위한 조직의 하위 영역을 분석합니다.
조직학 및 RNA 분리 방법은 여기에 집중하는 동안 풀링 동결 절단 (Cryosections) 방법 용이 웨스턴 블롯 분석 또는 효소 활성 측정을 위해 단백질 용 해물을 준비하도록 구성된다. 예를 들어, 마음에서 풀 저온부는 웨스턴 블롯에 대한 용해 된 4를 분석차 조교에서 풀링 저온부는 미토콘드리아 기능 5 숙신산 탈수소 효소 활성 분석을 위해 균질화 하였다. 대안 적으로, 게놈 DNA 및 단백질 분획 한 저온 유지 세션 후 단일 조직으로부터 게놈 DNA, 단백질, RNA 및 조직학 측정을 유도 할 가능성을 제공하고, RNA를 분리 한 후, 유기 추출시 다른 단계에서 분리 될 수있다.
전반적으로,이 방법의 주된 장점은 단일의 조직에서 다른 시료 전처리를 요구하는 다수의 분석 방법을 가능하게하여 실험 유연성을 증가시키는 것이다. 상기 방법은 근육과 유봉 기반 조직 균질화 효율을 감소 광범위한 인트라 또는 외 다른 조직 구조에 가장 적합하다.
The author declares that she has no competing financial interests.
Madison Grant, Steven Foltz, Halie Zastre and Junna Luan provided technical assistance. Research reported in this publication was supported by the National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases of the National Institutes of Health under award number AR065077. The content is solely the responsibility of the author and does not necessarily represent the official views of the National Institutes of Health.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Cork | VWR Scientific | 23420-708 | Cut into small squares with a sharp blade. |
Plastic coverslip | Fisher Scientific | 12-547 | Used to orient the muscle during freezing. |
Low temperature thermometer | VWR Scientific | 89370-158 | |
2-methylbutane | Sigma | M32631-4L | Caution: hazardous chemical. Store in flammable cabinet. |
Embedding resin: "cryomatrix" | Thermo Fisher Scientific | 6769006 | Other embedding resins can be substituted for cryomatrix. |
Cryostat | Thermo Fisher Scientific | microm HM550 with disposable blade carrier | Any working cryostat should be sufficient for the protocol. |
Disposable cryostat blade | Thermo Fisher Scientific | 3052835 | Use an appropriate blade or knife for the cryostat to be used. |
RNAse decontamination solution: "RNase Zap" | Thermo Fisher Scientific | AM9780 | |
Analytical balance | Mettler Toledo | XS64 | |
Paint brush | Daler Rowney | 214900920 | Use to handle cryosections. Can be found with in stores with simple art supplies. |
Razor blade | VWR Scientific | 55411-050 | |
Microscope slide | VWR Scientific | 48311600 | |
RNA organic extraction reagent: TRIzol | Thermo Fisher Scientific | 15596026 | Caution: TRIzol is a hazardous chemical. Note: Only organic extraction reagents are recommended for RNA extraction from skeletal muscle. |
18 gauge needle | VWR Scientific | BD305185 | |
22 gauge needle | VWR Scientific | BD305155 | |
26 gauge needle | VWR Scientific | BD305115 | Optional. Can be used for a third round of sample trituration in the RNA extraction protocol. |
1 ml syringe | VWR Scientific | BD309659 | For very high value samples, a Luer-Lok syringe is recommended (e.g., VWR BD309628). |
1-bromo-3-chloropentane (BCP) | Sigma | B9673 | |
For 70% ethanol in DEPC water: 200 proof alcohol | Decon Laboratories, Inc. | +M18027161M | Mix 35 ml 200 proof alcohol + 15 ml DEPC water. |
For 70% ethanol in DEPC water: DEPC-treated water | Thermo Fisher Scientific | AM9922 | Mix 35 ml 200 proof alcohol + 15 ml DEPC water. |
RNA purification kit: PureLink RNA minikit | Thermo Fisher Scientific | 12183018A | Final steps of RNA preparation. |
DNase/Rnase-free water | Gibco | 10977 | DEPC-treated water can also be used. |
Spectrophotometer: Nanodrop 2000 | Thermo Fisher Scientific | NanoDrop 2000 | |
Dnase I | Thermo Fisher Scientific | AM2222 | Treat purified RNA to remove any DNA contamination before downstream appications. |
Hydrophobic pen | Thermo Fisher Scientific | 8899 | |
Dulbecco's PBS | Gibco | 14190 | PBS for immunofluorescence protocol. |
Donkey serum | Jackson ImmunoResearch Laoratories, Inc | 017-000-121 | Rehydrate normal donkey serum stock according to the manufacturer's instructions, then dilute an aliquot to 5% for immunofluorescence. Normal goat serum can also be used. |
eMHC antibody | University of Iowa Developmental Studies Hybridoma Bank | F1.652 | |
Collagen VI antibody | Fitzgerald Industries | #70R-CR009x | |
Donkey anti-rabbit AlexaFluor488 | Thermo Fisher Scientific | A21206 | |
Goat anti-mouse IgG1 AlexaFluor546 | Thermo Fisher Scientific | A21123 | |
DAPI (4',6-diamidino-2-phenylindole) | Thermo Fisher Scientific | D1306 | |
Aqueous mounting media: Permafluor | Thermo Fisher Scientific | TA-030-FM | Only use mounting media designed for fluorescent applications with anti-fade properties. |
Glass coverslip | VWR Scientific | 16004-314 | Use for mounting slides at the end of immunofluorescence protocl |
Image analysis software: ImageProExpress | Media Cybernetics, Inc. | Image-Pro Express, or more advanced products | Freeware ImageJ should also work for manual counting. More advanced software with segmentation abiities may allow partial automation of the process; e.g., ImageProPremier. |
Merge and map section images: Photoshop | Adobe | Photoshop | |
Cardiotoxin | Sigma | C9659 | Sigma C9659 has been discontinued. Other options for cardiotoxin are EMD Millipore #217503; American Custom Chemicals Corp. # BIO0000618; or Ge Script # RP17303; but these have not been validated. |
reverse transcription kit: Superscript III First-strand synthesis system | Thermo Fisher Scientific | 18080051 | Any validated, high quality reverse transcription reagents can be used. |
Standard PCR: GoTaq Flexi polymerase system | Promega | M8298 | Any validated, high quality Taq polymerase system can be used. If DNA sequencing is to be used for any application downstream of the PCR, then a high fidelity PCR system should be used instead. |
SYBR green | Thermo Fisher Scientific | S7585 | For use in qPCR when not using a dedicated qPCR master mix. Use with SuperROX (for Applied Biosystems instruments) and GoTaq Flexi polymerase and buffers. |
ROX: SuperROX, 15 mM | BioResearch Technologies, Inc. Novato CA | SR-1000-10 | SuperROX is more stable in the PCR reaction, so it is preferred for use as a qPCR passive reference dye over ROX (carboxy-X-rhodamine). For qPCR with Applied Biosystems instruments |
Real-time PCR | Applied Biosystems | 7900HT |
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