Bu eser CDC/NIOSH yüksek ovalar Intermountain merkezi tarımsal sağlığı ve güvenliği (5U54OH008085) için ve Colorado Bioscience keşif değerlendirme hibe programı (14BGF-16) fon tarafından desteklenmiştir.

1. Kurulum Bioaerosol odası (bkz. Şekil 2)
<ol><li>
0,01 M fosfat tamponlu tuz, pH 7.5 (PBS) 20 mL ile sıvı impingers ön yük.
	<ol>
<li>Anyon Satım reçine 0.5 g ekleyin ve PBS bir denetim olarak hizmet veren başka bir sıvı darbe ölçer ile sıvı impingers birinin içinde askıya alma.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Paralel kelepçe standları Nebulizatör karşı karşıya aerosol alıcılar ile kullanarak bioaerosol odası içinde pozisyon sıvı impingers. Not: Ek ayrıntı için bkz: Şekil 2 .</li>
	<li>Kitle bioaerosol konsantrasyon (mg/m3) ölçmek için sıvı impingers yakınındaki bir doğrudan okumak aerosol monitör ortak bulun.</li>
	<li>Ek doğrudan okuma araçları (iç hava kalitesi monitör ve termal Anemometre) ortak bulun sıcaklık gibi ortam değişkenleri izlemek için sıvı impingers yakınındaki bağıl nem ve rüzgar hızı, içinde bioaerosol odası.</li>
	<li>Aksiyel fanlar aerosol karıştırma kolaylaştırmak için bioaerosol odası köşelerinde çalıştırın. Not: Aksiyel fanlar sabit bir hızda çalıştırmak ve ayarlanabilir değildir.</li>
</ol>2. model Bioaerosolization deneyler (bkz. Şekil 3)
<ol><li>Seri, 10 kat dilutions MS2 bakteriyofaj ve grip aşısı için istenen fosfat tamponlu tuz çözeltisi (PBS) konsantrasyonlarda gerçekleştirin. Not: burada, Yöntem 103.5 FFU/mL türü A ve B grip virüsü aşı suşları ve 10 göstermek için5 PFU/mL MS2 bakteriyofaj kullanılmaktadır. İnocula için titreleri belirlemek için bacteriophages Escherichia coli HS (pFamp) R yayılır ve yukarıda açıklanan20numaralandırılır. Ticari aşı dört canlı zayıflatılmış grip virüs suşları bilinen miktarda içerir, iki grip virüsleri ve floresan odak birimleri veya FFU bulunan iki B tipi grip virüsleri yazın.</li>
	<li>İnocula 6-jet çarpışma Nebulizatör cam kap içinde 100 mL PBS viral parçacıkların istenen konsantrasyonları süspansiyonlar oluşturarak hazırlamak ve özel bioaerosol odası içinde yükleyin.</li>
	<li>Bioaerosol odası, sıcaklık, bağıl nem oranı %, karbondioksit konsantrasyonu, gibi içinde değişkenleri ölçmek ve rüzgar hızı (Aksiyel fan kullanılarak oluşturulan) araçları başlatın. Yolu tarif etmek-okuma aerosol monitör bioaerosol odası içinde kitle konsantrasyon izlemek ve içinde ve denemeler arasında tutarlılık için kullanın.</li>
	<li>Bioaerosol odası mühür ve Hava HEPA filtre ile 10 min için tasfiye.</li>
	<li>Filtre uygulanmış, Kuru hava 6.9 kPa işletim Nebulizatör teslim.</li>
	<li>Bir hedef konsantrasyonu (via Nebulizatör) viral bioaerosols her bioaerosol odasında deneme oluşturmak. Bu gösteri için bioaerosols 5 mg/m3 bir konsantrasyon ile oluşturulur.</li>
	<li>Aerosol hedef kitle konsantrasyonu ulaşıldığında nebulization kes.</li>
	<li>Bir hava örnekleme pompa debisi 12.5 L/dak bir birincil akış standart ses örnekleme tutarlılık sağlamak için önce ve her örnekleme olayından sonra kullanarak kuralları kalibrasyon için kalibre sıvı her darbe ölçer için çalıştırmak. Tedarik seyreltme Nebulizatör bulunan bir HEPA filtre satırını kullanarak hava ve sabit basınç odasında korumak.</li>
	<li>Aktif bioaerosol odası atmosfer 500 L örnek başına bir örnekleme hacmi elde etmek için 40 dk süreyle örnek. Not: Bioaerosol 1000 L örnekleme için örnekleme 40dakika 12.5 L/dk ile paralel iki pompa için izin verir. Böylece, deney bitiminde bu bioaerosol odasında mevcut hava çoğunluğu örneklenmiş ve çevre yolu ile bir HEPA filtre sistemi içine serbest olduğunu bekleniyor. Bu parçacık konsantrasyonu düşüş olduğunu göstermiştir. Sonrası deneme, % 10 ev çamaşır suyu ve % 70 etanol ile yüzeyleri dekontamine. Göstergeler bu gösteride kullanılır; Ancak, patojen organizmalar bu sistemde kullanılan biliniyorsa, ek Biyogüvenlik önlemleri gerektiğinde uygulanabilir.</li>
</ol>3. nükleik asit çıkarma ve qRT-PCR algılama
<ol><li>
Nükleik asitler doğrudan doğruya--dan anyon Satım reçine ve sıvı impingers içinde kullanılan sıvı gelen karşılaştırmalı amaçlar için izole et. Bu örnekte, bir RNA izolasyon yordam anlatılan ama benzer bir protokol DNA virüsleri için kullanılabilir.
	<ol>
<li>Anyon Satım reçine nükleik asit izolasyon.<ol>
<li>Tüm sıvı darbe ölçer anyon Satım reçine içeren sıvı steril 50 mL konik tüp aktarın.</li>
			<li>Reçine yerleşmek izin ve yavaş yavaş anyon Satım reçine sıvı örnekten dikkatle boşaltmak. 1 mL pipet ipucu tüm geri kalan sıvı anyon Satım reçine kaldırmak için kullanın.</li>
			<li>Bir viral RNA izolasyon kiti, taşıyıcı RNA doğrudan anyon Satım reçine içeren viral lizis arabelleği 560 µL ekleyin ve periyodik karıştırma ile Oda sıcaklığında 10 dakika için kuluçkaya.</li>
			<li>1 mL pipet ucu kullanarak Aktarım viral lysate (viral lizis arabellek) steril 1,5 ml konik tüp ve RNA ile devam kullanarak bir viral RNA izolasyon yalıtım kiti ( Tablo malzemelerigörmek) üretici yönergelerine uygun olarak hariç RNA toplam hacmi 60 µL elüsyon arabelleği içinde eluted.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Nükleik asit izolasyon sıvı impingers.<ol>
<li>Sıvı örneği 140 µL steril 1,5 mL konik tüp içine pipet ve RNA izolasyon viral RNA izolasyon kiti toplam hacmi 60 µL elüsyon arabelleği içinde RNA eluting dışında üretici yönergelerine uygun olarak kullanarak gerçekleştirebilirsiniz. Not: 140 µL burada bir tek adım hazırlanmasında kullanılan belirli viral RNA izolasyon kiti ile işlenmiş en büyük örnek birimdir.</li>
		</ol>
</li>
	</ol>
</li>
	<li>QRT-PCR MS2 ve influenza A ve B virüsleri, yukarıda açıklanan23,24olarak algılanmasını gerçekleştirir. Bu gösteride, nükleik asit eluates 5 µL qRT-PCR için kullanılır.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Pirtle, E. C., Beran, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Virus+survival+in+the+environment.">Virus survival in the environment.</a> Revue scientifique et technique (International Office of Epizootics). 10 (3), 733-748 (1991).</li><li>Nguyen, T. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+community-wide+outbreak+of+legionnaires+disease+linked+to+industrial+cooling+towers--how+far+can+contaminated+aerosols+spread?.">A community-wide outbreak of legionnaires disease linked to industrial cooling towers--how far can contaminated aerosols spread?.</a> The Journal of Infectious Diseases. 193 (1), 102-111 (2006).</li><li>Marks, P. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evidence+for+airborne+transmission+of+Norwalk-like+virus+(NLV)+in+a+hotel+restaurant.">Evidence for airborne transmission of Norwalk-like virus (NLV) in a hotel restaurant.</a> Epidemiology and Infection. 124 (3), 481-487 (2000).</li><li>Marks, P. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+school+outbreak+of+Norwalk-like+virus:+Evidence+for+airborne+transmission.">A school outbreak of Norwalk-like virus: Evidence for airborne transmission.</a> Epidemiology and Infection. 131 (1), 727-736 (2003).</li><li>Corzo, C. A., Culhane, M., Dee, S., Morrison, R. B., Torremorell, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Airborne+detection+and+quantification+of+swine+influenza+a+virus+in+air+samples+collected+inside,+outside+and+downwind+from+swine+barns.">Airborne detection and quantification of swine influenza a virus in air samples collected inside, outside and downwind from swine barns.</a> PLoS One. 8 (8), e71444 (2013).</li><li>Anderson, B. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bioaerosol+sampling+in+modern+agriculture:+A+novel+approach+for+emerging+pathogen+surveillance.">Bioaerosol sampling in modern agriculture: A novel approach for emerging pathogen surveillance.</a> The Journal of Infectious Diseases. 214 (4), 537-545 (2016).</li><li>Hietala, S. K., Hullinger, P. J., Crossley, B. M., Kinde, H., Ardans, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+air+sampling+to+detect+exotic+Newcastle+disease+virus+in+two+California+commercial+poultry+flocks.">Environmental air sampling to detect exotic Newcastle disease virus in two California commercial poultry flocks.</a> Journal of Veterinary Diagnostic Investigation. 17 (2), 198-200 (2005).</li><li>Jonges, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wind-mediated+spread+of+low-pathogenic+avian+influenza+virus+into+the+environment+during+outbreaks+at+commercial+poultry+farms.">Wind-mediated spread of low-pathogenic avian influenza virus into the environment during outbreaks at commercial poultry farms.</a> PLoS One. 10 (5), e0125401 (2015).</li><li>Otake, S., Dee, S. A., Jacobson, L., Torremorell, M., Pijoan, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+aerosol+transmission+of+porcine+reproductive+and+respiratory+syndrome+virus+under+controlled+field+conditions.">Evaluation of aerosol transmission of porcine reproductive and respiratory syndrome virus under controlled field conditions.</a> The Veterinary Record. 150 (26), 804-808 (2002).</li><li>Wu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aerosolized+avian+influenza+A+(H5N6)+virus+isolated+from+a+live+poultry+market,+China.">Aerosolized avian influenza A (H5N6) virus isolated from a live poultry market, China.</a> The Journal of Infection. 74 (1), 89-91 (2017).</li><li>Choi, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Live+animal+markets+in+Minnesota:+A+potential+source+for+emergence+of+novel+influenza+A+viruses+and+interspecies+transmission.">Live animal markets in Minnesota: A potential source for emergence of novel influenza A viruses and interspecies transmission.</a> Clinical Infectious Diseases. 61 (9), 1355-1362 (2015).</li><li>Haig, C. W., Mackay, W. G., Walker, J. T., Williams, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bioaerosol+sampling:+Sampling+mechanisms,+bioefficiency+and+field+studies.">Bioaerosol sampling: Sampling mechanisms, bioefficiency and field studies.</a> The Journal of Hospical Infection. 93 (3), 242-255 (2016).</li><li>Anderson, B. D., Lednicky, J. A., Torremorell, M., Gray, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+bioaerosol+aampling+for+airborne+virus+surveillance+in+swine+production+facilities:+A+mini+review.">The use of bioaerosol aampling for airborne virus surveillance in swine production facilities: A mini review.</a> Frontiers in Veterinary Science. 4, 121 (2017).</li><li>Verreault, D., Moineau, S., Duchaine, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+sampling+of+airborne+viruses.">Methods for sampling of airborne viruses.</a> Microbiology and Molecular Biology Reviews. 72 (3), 413-444 (2008).</li><li>Hogan, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sampling+methodologies+and+dosage+assessment+techniques+for+submicrometre+and+ultrafine+virus+aerosol+particles.">Sampling methodologies and dosage assessment techniques for submicrometre and ultrafine virus aerosol particles.</a> Journal of Applied Microbiology. 99 (6), 1422-1434 (2005).</li><li>Yu, K. -. P., Chen, Y. -. P., Gong, J. -. Y., Chen, Y. -. C., Cheng, C. -. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improving+the+collection+efficiency+of+the+liquid+impinger+for+ultrafine+particles+and+viral+aerosols+by+applying+granular+bed+filtration.">Improving the collection efficiency of the liquid impinger for ultrafine particles and viral aerosols by applying granular bed filtration.</a> Journal of Aerosol Science. 101, 133-143 (2016).</li><li>Perez-Mendez, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+simple+and+cost+effective+filter+paper-based+shipping+and+storage+medium+for+environmental+sampling+of+F-RNA+coliphages.">Evaluation of a simple and cost effective filter paper-based shipping and storage medium for environmental sampling of F-RNA coliphages.</a> J Virol Methods. 194 (1-2), 60-66 (2013).</li><li>Chandler, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Field-based+evaluation+of+a+male-specific+(F+)+RNA+coliphage+concentration+method.">Field-based evaluation of a male-specific (F+) RNA coliphage concentration method.</a> Journal of Virological Methods. 239, 9-16 (2017).</li><li>Perez-Mendez, A., Chandler, J. C., Bisha, B., Goodridge, L. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Concentration+of+enteric+viruses+from+tap+water+using+an+anion+exchange+resin-based+method.">Concentration of enteric viruses from tap water using an anion exchange resin-based method.</a> Journal of Virological Methods. 206, 95-98 (2014).</li><li>Perez-Mendez, A., Chandler, J. C., Bisha, B., Goodridge, L. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+an+anion+exchange+resin-based+method+for+concentration+of+F-RNA+coliphages+(enteric+virus+indicators)+from+water+samples.">Evaluation of an anion exchange resin-based method for concentration of F-RNA coliphages (enteric virus indicators) from water samples.</a> Journal of Virological Methods. 204, 109-115 (2014).</li><li>Kammerer, J., Carle, R., Kammerer, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Adsorption+and+ion+exchange:+Basic+principles+and+their+application+in+food+processing.">Adsorption and ion exchange: Basic principles and their application in food processing.</a> Journal of Agricultural and Food Chemistry. 59 (1), 22-42 (2011).</li><li>Chandler, J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+the+improved+detection+of+aerosolized+influenza+viruses+and+the+male-specific+(F+)+RNA+coliphage+MS2.">A method for the improved detection of aerosolized influenza viruses and the male-specific (F+) RNA coliphage MS2.</a> Journal of Virological Methods. 246, 38-41 (2017).</li><li>Friedman, S. D., Cooper, E. M., Calci, K. R., Genthner, F. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+and+assessment+of+a+real+time+reverse+transcription-PCR+method+to+genotype+single-stranded+RNA+male-specific+coliphages+(Family+Leviviridae).">Design and assessment of a real time reverse transcription-PCR method to genotype single-stranded RNA male-specific coliphages (Family Leviviridae).</a> Journal of Virological Methods. 173 (2), 196-202 (2011).</li><li>Selvaraju, S. B., Selvarangan, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+three+influenza+A+and+B+real-time+reverse+transcription-PCR+assays+and+a+new+2009+H1N1+assay+for+detection+of+influenza+viruses.">Evaluation of three influenza A and B real-time reverse transcription-PCR assays and a new 2009 H1N1 assay for detection of influenza viruses.</a> Journal of Clinical Microbiology. 48 (11), 3870-3875 (2010).</li><li>Cademartiri, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immobilization+of+bacteriophages+on+modified+silica+particles.">Immobilization of bacteriophages on modified silica particles.</a> Biomaterials. 31 (7), 1904-1910 (2010).</li><li>Michen, B., Graule, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isoelectric+points+of+viruses.">Isoelectric points of viruses.</a> Journal of Appled Microbiology. 109 (2), 388-397 (2010).</li><li>Turgeon, N., Toulouse, M. J., Martel, B., Moineau, S., Duchaine, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+five+bacteriophages+as+models+for+viral+aerosol+studies.">Comparison of five bacteriophages as models for viral aerosol studies.</a> Applied and Environmental Microbiology. 80 (14), 4242-4250 (2014).</li><li>Vergara, G. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+FRNA+coliphages+as+indicators+of+human+enteric+viruses+in+a+tropical+urban+freshwater+catchment.">Evaluation of FRNA coliphages as indicators of human enteric viruses in a tropical urban freshwater catchment.</a> Water Research. 79, 39-47 (2015).</li><li>Tung-Thompson, G., Libera, D. A., Koch, K. L., de Los Reyes, F. L., Jaykus, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aerosolization+of+a+human+norovirus+surrogate,+bacteriophage+MS2,+during+simulated+vomiting.">Aerosolization of a human norovirus surrogate, bacteriophage MS2, during simulated vomiting.</a> PLoS One. 10 (8), e0134277 (2015).</li></ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Bu iletişim kuralı değiştirilmiş sıvı impingers kullanarak bioaerosols hassas viral yakalama için bir yöntem özetliyor. Yöntem algılama ve bioaerosols viral yük miktar için optimize edilmiştir. Burada gösterilen belirli değişiklik anyon Satım reçine ortak bir sıvı darbe ölçer içinde bulunan sıvı için ek içerir. Santrifüjü, filtrasyon ve yağış tabanlı yöntemleri gibi diğer örnek işleme teknikleri böyle bir avantaj sağlamaz, ancak bu yöntem aşağı akım örnek işleme, sadeliği için geliştirilmiştir. Nükleik asitler çıkarımı doğrudan birden çok örnek hazırlık adımları, sonuçta etkili örnek azalma yöntemle geliştirilmiş algılama hassasiyeti katkıda bulunmak ve yüksek miktarda elutions için gerek obviating reçine, üzerinden gerçekleştirilir birim. Ayrıca, aynı o immobilizasyon viral parçacıkların katı üzerinde gösterilmiştir yüzeyler artan istikrar viral nükleik asit veya saklama viral infektivite17,25için katkıda bulunabilir. İmmobilizasyon daha fazla kayıp nedeniyle reaerosolization16azaltarak artan yakalama verimliliği için katkıda bulunabilir. Yöntem kolayca aşağı akım moleküler analizleri (qRT-PCR aşağıda gösterildiği) ile birleştiğinde olabilir. Anyon Satım reçine alan çıkarılan ve hava-örnekleme donanımları örnekleme alanında izleme için adanmış kalırken bir referans laboratuvar analiz için sevk. Bir net-negatif yüzey ücret taşıyan virüs belirsiz yakalama yordamı arkasındaki ilke karıştırmak gibi Yöntem önem insan sağlığı ve veteriner ilaçları birden fazla patojenik virüs tespiti için mükellef olması bekleniyor. Michen ve Graule26tarafından gözden gibi virüsler genel ve hayvan sağlığı için önemli bir sayıda net negatif yüzey ücretleri, rotaviruses ve polioviruses belirli suşları gibi az bilinen istisnalar var.
Bu iletişim kuralı doğrudan çevre koşullarının etkisi algılama hassasiyeti değerlendirmek değil; Ancak, ne zaman hava örnekleme alanı ayarlarında yapılan, bağıl nem ve sıcaklık gibi değişkenler hava numune12birden çok türleri arasında toplama verimliliği etkileyebilir akla yatkın. Böylece, koşullar bioaerosol odası içinde çevre bu parametreleri gerektiği gibi uyacak şekilde değiştirilebilir. Anyon değişimi reçine yöntemi etkili su örneklerinden Fizikokimyasal özellikleri, partiküler madde, bakteri ve diğer çevresel o müdahalelerden gösteren geniş bir yelpazesi ile birden çok virüs konsantre olduğu gösterilmiştir kirletici en az18olması bekleniyor. Ayrıca, koleksiyon arabellekleri bu koleksiyon arabellek en iyi duruma getirme viral istikrar27gelişmiş saklama için sebep olabilir bu gösterilmiştir bazı durumlarda olduğu gibi belirli virüs için en iyi duruma getirme gerektirebilir. Ana dezavantajı olarak sunulan yöntem viral infektivite belirleyemiyor gerçektir. Bu iletişim kuralı başka bir dezavantajı nebulization olası olumsuz etkilerini değerlendirmek ve kurutulma, yamultma ve non-spesifik adsorpsiyon bioaerosol odası yüzeyler22gibi viral istikrar üzerindeki örnekleme hava yetersizlik olmasıdır.
Değiştirilmiş bioaerosol örnekleme aygıtlar alan bazlı örnekleme, hastaneler, okullar, tarım işlemleri ve diğer yerleri de dahil olmak üzere birden çok ayarlarý için müsait olabilir. Çünkü değişiklik mevcut hava örnekleme donanımları için yapılan, bu değiştirilmiş aygıtları kolayca adoptable olurdu şu anda bioaerosols virüs örnekleme operatörleri tarafından bekleniyor. İletişim kuralı gerçeğini temsil ettikleri sigara saran ve saran virüs örnekleri nedeniyle hangi yararlı yöntem kalkınma hedefleridir, MS2 ve grip virüsleri, kullanarak bir özel olarak oluşturulmuş bioaerosol odasında gösterdi burada MS2 olarak tanınan bir vekil enterik virüsler ve yaygın olarak istihdam impingers22,26,27,28,29değerlendirme içinde.
Yapılacak çalışmalar örnekleme koşulları (Yani, Hava örnekleme hızı, koleksiyon arabellekleri) duruma getirilmesi ve protokolleri test ek ilgili virüs dahil içerecektir.

Bu yöntemin amacı olumsuz ücret virüslerden bioaerosols moleküler algılama kolaylaştırmak için bir son derece hassas bioaerosol örnekleme platform sağlamaktır. Mikroorganizmalar, viral parçacıkların, dahil olmak üzere bioaerosols içinde zaman1uzun süre hayatta kalabilir. Bioaerosols nispeten uzun mesafelerde seyahat ve canlılığı ve infektivite, soğutma kuleleri etkilenen kişilerden 6 km mesafede yer alan sanayi kökenli lejyonerler'hastalığı salgını kanıtladığı gibi korumak ve 18 ölümlerin2' de sonuçlandı. Bioaerosols tarafından aracılı insanlara virüslerin dolaylı iletim birden fazla ayarlarında oluşabilir ve norovirus salgınlar okullar ve restoranlar3,4için kanıtlanmıştır. Benzer şekilde, bioaerosol iletim virüslerin domuz ve tavuk çiftlikleri, tarım ayarları gibi üretim imkanları5, arasındaki virüslerin hareketinde önemli bir faktör olarak kabul ediliyor bu bulaşma yolları ile meydana gelebilir 6 , 7 , 8 , 9.
Virüs yüklü bioaerosols etkili örnekleme sağlar hızlı teşhis ve hazırlık salgını önleme, iyileşme için hangi H5 canlı hayvan bioaerosols üzerinden bir virüs algılandı grip pazarlar Çin'gösteriler gösterildiği gibi ve Amerika Birleşik Devletleri10,11. Geçerli bioaerosol örnekleme teknolojileri farklı parçacık yakalama ilkeleri bir dizi içerir ve geniş impingers, siklonlar, kırıcılar ve filtreler12kategorize edilebilir. Etraflıca tüm avantajları kapsayacak şekilde bu protokol kapsamında ve bu platformlar bioaerosols virüslerden örnekleme için dezavantajları dışındadır; Ancak, bu örnekleme aygıtlar çoğunluğu virüs ve bacteriophages13koleksiyonu için optimize edilmiştir değil ki belirtilebilir. Ayrıca, viral parçacıkların infektivite türden, sıvı impingers viral infektivite aygıt öyle aynı derecede sağlam kırıcılar veya filtreler14örnekleme daha etkili bir şekilde korumak için kabul ile etkilenir. Ancak, sıvı sıkışma dezavantaj bir virüs içinde nispeten büyük miktarda (genellikle ≥20 mL) sıvı koleksiyonu gemi içinde toplanan çünkü oluşan hedef seyreltme etkisi olduğunu. Bir diğer önemli dezavantajı parçacıklar konsantre sıvı impingers suboptimal verimliliğini içerir < boyutu15dakika sonra 0.5 µM. Ancak, immobilizasyon-ebilmek arttırmak viral nükleik asitler ve viral infektivite16,17korunması gibi yakalama verimliliği bu cihazların üzerinde katı matrisler, immobilizasyon tarafından geliştirilebilir.
Biz daha önce anyon Satım reçine yakalama ve virüslere karşı sıvı matrisler F-RNA bacteriophages, Hepatit A virüsü, insan adenovirus ve Rotavirüs18,19 da dahil olmak üzere, konsantrasyon için etkili bir araç olduğunu göstermiştir ,20. Üretici tarafından tanımlandığı gibi bu çalışmada kullanılan anyon Satım reçine macroreticular polistren güçlü temel anyon Satım reçine içinde functionalized kuaterner Amin grupları aracılık cazibe ve anyon sıvı orta21 yakalanması olduğunu . Sonuç olarak, anyon Satım reçine virüsler birçok enterik virüs, grip virüsleri ve diğer virüsler genel ve hayvan sağlığı için ilgili de dahil olmak üzere net negatif yüzey ücretleri ile yakalamak için bekleniyor.
Geçerli protokol anyon Satım reçine sıvı darbe ölçer için ek içerir. Bu sistemde, reçine için viral parçacıkların darbe ölçer sıvı içinde yakalanan bir ikincil konsantrasyon adım olarak hizmet vermektedir. Nükleik asitler sonra doğrudan küçük miktarlar, konsantre bir örnek için moleküler analiz sağlayan eluted. Böylece, bu yöntemin ana avantajı öncelikle numune hacmi azalma ile viral algılama duyarlılık gelişmedir. Ayrıca, nedeniyle doğal belirsiz yakalama olumsuz ücret virüslerin yöntemi muhtemeldir çok sayıda ilgi virüs tespiti için uygulanabilir. Burada, yöntem aşı suşları A tipi ve B tipi grip virüsleri ve FRNA coliphage MS2 için (MS2) gösterilmiştir. Bu virüsler daha sonra yukarıda açıklanan22standart qRT-PCR deneyleri kullanarak tespit edilir. Son nokta Kullanıcı çünkü bu yöntem yerine zorluklarla karşılaşmaya beklemek değil şu an mevcut olan için değişiklikleri ekipman bioaerosol örnekleme ve analiz geleneksel akışını büyük kesintileri teşkil etmez.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Escherichia coli bacteriophage MS2 (ATCC 15597-B1)</td>
			<td>American Type Culture Collection</td>
			<td>ATCC 15597-B1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FluMist Quadrivalent</td>
			<td>AstraZeneca</td>
			<td>Contact manufacturer</td>
			<td>Viral constitutents of this vaccine are subject to change on an annual basis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CFX96 Touch Real-Time PCR Detection System</td>
			<td>Bio-Rad</td>
			<td>1855195</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Primers and probes</td>
			<td>Integrated DNA Technologies</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.2 &#181;M sterile filter</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1 L pyrex bottles or equivalent</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1 mL pipet tips</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1 mL pipettor</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mL serological pipet</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR tubes</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipet-aid or equivalent</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAamp Viral RNA Mini Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>52904</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QuantiTect Probe RT-PCR Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>204443</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amberlite IRA-900 chloride form</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>216585-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate buffered saline</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P5368-10PAK</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water (molecular biology grade)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>W4502-1L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf DNA LoBind Microcentrifuge Tubes</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>13-698-791</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Falcon 50 mL Conical Centrifuge Tubes&#160;</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>14-432-22</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Falcon Polypropylene Centrifuge Tubes</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>05-538-62</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SuperScript III Platinum One-Step qRT-PCR Kit w/ROX</td>
			<td>ThermoFisher</td>
			<td>11745100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SKC Biosampler 20 mL, 3-piece glass set</td>
			<td>SKC Inc.</td>
			<td>225-9593</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vac-u-Go sample pumps</td>
			<td>SKC Inc.</td>
			<td>228-9695</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Collison nebulizer (6-jet)</td>
			<td>BGI Inc.</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPA capsule</td>
			<td>PALL</td>
			<td>12144</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Q-TRAK indoor air quality monitor 8554</td>
			<td>TSI Inc.</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Alnor velometer thermal anemometer AVM440-A</td>
			<td>TSI Inc.</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SidePak AM510 personal aerosol monitor</td>
			<td>TSI Inc.</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bioaerosol chamber</td>
			<td>NA</td>
			<td>NA</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

detection of viruses from bioaerosols using anion exchange resin

Bu iletişim kuralı virüsler için özelleştirilmiş bioaerosol örnekleme yöntem gösterir. Bu sistemde, anyon Satım reçine bioaerosols sıvı sıkışma tabanlı hava örnekleme cihazları olumsuz ücret virüslerin etkili yoğunlaşması ile birleştirilmiştir. Böylece, reçine bioaerosol örnekleme akışındaki bir ek konsantrasyon adım olarak hizmet vermektedir. Nükleik asit ayıklama viral parçacıkların sonra doğrudan doğruya--dan anyon Satım reçine elde edilen örnek moleküler analizleri için uygun ile gerçekleştirilir. Ayrıca, bu iletişim kuralı bir ölçüye göre bioaerosol odası virüs yüklü bioaerosols çevre koşulları ve sıcaklık, nem gibi çevresel değişkenleri sürekli izlenmesi için izin çeşitli altında üretebilecek açıklar, Rüzgar hızı ve aerosol kitle konsantrasyon. Bu iletişim kuralını kullanan ana avantajı viral algılama, duyarlılık arttı değiştirilmemiş bir geleneksel sıvı darbe ölçer için doğrudan karşılaştırma yoluyla değerlendirildi gibidir. Diğer avantajı çeşitli olumsuz ücret virüsler, düşük maliyetli anyon Satım reçine (~$0.14 örnek başına) ve kullanım kolaylığı konsantre potansiyeline içerir. Ve potansiyel olarak sıvı örnekleme arabellek getirilmesi ihtiyacını darbe ölçer içinde kullanılan dezavantajları infektivite reçine adsorbe viral parçacıkların değerlendirmek için bu protokolü yetersizliği içerir.

Şekil 1 bioaerosols sıvı tabanlı impingers reçine eklenmesi ile üzerinden ücret tabanlı yakalama virüslerin arkasındaki ilke gösterir. Şekil 2 özel olarak oluşturulmuş bioaerosol odası kurulumu gösterir. Şekil 3 kloroformu deney ve önlemler kalite kontrolü sağlamak için ayarlama adımları açıklanır. Şekil 4 bioaerosols yakalanan olumsuz ücret virüs tespiti qRT-PCR güçlendirme eğrileri gösterir. Tablo 1 astar ve sondalar qRT-PCR Bu çalışmada kullanılan örnek virüs için kullanılan gösterir.
Grip aşısı içinde özel bioaerosol odası modellerinde bulunan MS2 ve grip virüsleri kullanarak, sıvı impingers yaklaşık 3 x 9 x iyileşme bağlı olarak belirli virüs algılama için izin anyon Satım reçine ile değiştirildi virüs, doğrudan sıkışma sıvı22/ test için karşılaştırıldığında. Doğrudan sıkışma sıvı test için karşılaştırıldığında anyon Satım reçine kullanıldığında temsilcisi qRT-PCR güçlendirme eğrileri (Şekil 4) görüldüğü gibi grip virüsleri 3,26 kadar elde edilebilir türü algılama er döngüleri. Bir qRT-% 100 verimli PCR içinde bir kazanç bir CT hedef konsantrasyonu logosuna 2 kat artışa karşılık gelen göz önüne alındığında, bu fark algılama 9.58 x düzelme eşdeğerdir.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58111/58111fig1.jpg"> Şekil 1: sıvı sıkışma anyon Satım reçine ile birleştiğinde. Değiştirilmiş bioaerosol örnekleme aygıtlarının her birine kendi tasarım içine bir anyon Satım reçine içermektedir. Gözenekli yüzey, anyon Satım yüzey alanını artırır bir özelliği ile 0.5-1.0 mm küre değil, her reçine boncuk. Bu protokol için model organizmalar (bir kuyruklu kullanılan MS2 coliphages ve grip virüsleri, dahil olmak üzere net negatif yüzey ücretleri ile virüs yakalanması arabuluculuk iyonları sıvı ortamda, yakalanması için fonksiyonel kuaterner amonyum grubu izin bakteriyofaj çizilir burada örnek yakalanan virüslere karşı olarak). Nükleik asit yalıtım sonra en moleküler algılama stratejileri (qRT-PCR burada istihdam) için uygun örnek ile doğrudan (ticari olarak mevcut kitleri kullanarak), reçine gerçekleştirilir. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/58111/58111fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58111/58111fig2.jpg"> Şekil 2: özel bioaerosol odası şematik. Re: 6-jet filtre uygulanmış ve kuru hava 6.9 kPa; üreten bir basınç ile sağlanan Nebulizatör B: Aksiyel fanlar üniforma bioaaerosol karıştırma kolaylaştırmak için; C: göreli bioaerosol konsantrasyonları tanımlamak için aerosol ekranın; D: sıvı reçine ile darbe ölçer; E: sıvı reçine olmadan darbe ölçer; F: termal Anemometre rüzgar hızını ölçmek için; G: hava kalitesi monitör; sıcaklık, karbon dioksit ve yüzde bağıl nem oranı da dahil olmak üzere diğer ortam değişkenleri ölçmek için H: etkin örnekleme pompalar 12.5 L/dak için kalibre; I: Pnömatik örnekleme donanımları bioaerosol odası içinde konumlandırma için eldiven bağlantı noktaları kapalı; J: gözetleme penceresi. Bu rakam önceki işten publisher22izniyle yeniden kullanılmış. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/58111/58111fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58111/58111fig3.jpg"> Şekil 3: iş akışı bioaerosolization denemenin. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/58111/58111fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/58111/58111fig4.jpg"> Şekil 4: anyon Satım reçine qRT-PCR tabanlı virüs algılama analizine olumsuz ücret bioaerosols içinde geliştirir. Bioaerosol kütle konsantrasyonu 5 mg/m3ulaşana kadar bu örnekte türü A grip virüsleri inoculum konsantrasyonu 103.5 FFU/mL, özel bioaerosol odasına aerosolize. Sıvı impingers ve reçine olmadan aynı anda her örneğe bioaerosol (500 M) meşgul edildi. Viral RNA anyon Satım reçine veya darbe ölçer sıvı aldığınız ve qRT-PCR tarafından denetlesinler. Deneme nüsha tekrarlandı. Darbe ölçer sıvı örnekleri 30.02 (3,26 ΔCt) ortalama bir Ct tespit edildi, ancak nükleik asitler reçine örneklerinden elde edilen 26.76, ortalama bir Ct tespit edildi. Ct Bu farklılığı algılama anyon Satım reçine bir 9.58 x iyileşme eşdeğerdir. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/58111/58111fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>Virüs</td>
			<td>Astar adı</td>
			<td colspan="2">Astar sıra</td>
			<td>Başvuru</td>
		</tr>
<tr>
<td rowspan="6">MS2</td>
			<td>GI ileri sar</td>
			<td colspan="2">5'-ATCCATTTTGGTAACGCCG-3'</td>
			<td>23</td>
		</tr>
<tr>
<td>GI sonda</td>
			<td colspan="2">5'-(6-FAM)-TAGGCATCTACGGGGACGA-(BBQ)-3'</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>GI Rev</td>
			<td colspan="2">5'-TGCAATCTCACTGGGACATAT-3'</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>YDK Fwd (46F)</td>
			<td colspan="2">5'-GACATCGATATGGGTGCCG-3'</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>YDK sonda</td>
			<td colspan="2">5'-(Cy5) - CACATTCACCAGGGAGACGCATGAGA-(Barbekü) -3 '</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>YDK Rev (186R)</td>
			<td colspan="2">5'-CGAGACGATGCAGCCATTC-3'</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td rowspan="3">tip bir grip virüsleri</td>
			<td>CDC evrensel grip A virüs ileri astar</td>
			<td colspan="2">5'-GAC MKK TCC TGT CAC CTC TGA C-3'</td>
			<td>24</td>
		</tr>
<tr>
<td>CDC evrensel grip bir virüs ters astar</td>
			<td colspan="2">5'-AGG GCA TTY TGG ACA AAK CGT CTA-3'</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>CDC evrensel grip A virüs sonda</td>
			<td colspan="2">5'-(FAM) - TGC AGT SKK CGC TCA CTG GGC ACG-(BHQ1) -3 '</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td rowspan="3">B tipi grip virüsleri</td>
			<td>CDC evrensel grip B virüs ileri astar</td>
			<td colspan="2">5'-TCCTCAACTCACTCTTCGAGCG-3'</td>
			<td>24</td>
		</tr>
<tr>
<td>CDC evrensel grip B virüsü ters astar</td>
			<td colspan="2">5'-CGGTGCTCTTGACCAAATTGG-3'</td>
			<td></td>
		</tr>
<tr>
<td>CDC evrensel grip B virüs sonda</td>
			<td colspan="2">5'-(JOE) - CCAATTCGAGCAGCTGAAACTGCGGTG-(BHQ1) -3 '</td>
			<td></td>
		</tr>
</tbody></table>Tablo 1: astar ve bu çalışmada kullanılan problar. Tüm astar ve sondalar Friedman ve ark. 201123 ve Selvaraju & Selvarangan 201024idi.

Watch this Scientific Journal Video about Detection of Viruses from Bioaerosols Using Anion Exchange Resin at JoVE.com

Detection of Viruses from Bioaerosols Using Anion Exchange Resin

Bir anyon reçine tabanlı yöntemi bioaerosol sıkışma tabanlı örnekleme virüslerin gösterdi sıvı için uyarlanmış değişimi. Aşağı akım moleküler algılama ile birleştiğinde, yöntem bioaerosols virüslerden facile ve hassas algılanması için izin verir.

Anyon Exchange reçine kullanma Bioaerosols--dan virüs tespiti

This protocol demonstrates a customized bioaerosol sampling method for viruses. In this system, anion exchange resin is coupled with liquid ...

detection-of-viruses-from-bioaerosols-using-anion-exchange-resin

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Environment

8.1K Görüntüleme.  Colorado State University. Bir anyon reçine tabanlı yöntemi bioaerosol sıkışma tabanlı örnekleme virüslerin gösterdi sıvı için uyarlanmış değişimi. Aşağı akım moleküler algılama ile birleştiğinde, yöntem bioaerosols virüslerden facile ve hassas algılanması için izin verir.

Video: Detection of Viruses from Bioaerosols Using Anion Exchange Resin

Colorimetric Paper-based Detection of Escherichia coli, Salmonella spp., and Listeria monocytogenes from Large Volumes of Agricultural Water

This protocol describes rapid colorimetric detection of Escherichia coli, Salmonella spp., and Listeria monocytogenes from large volumes (10 L) of agricultural waters. Here, water is filtered through sterile Modified Moore Swabs (MMS), which consist&#160;of a simple gauze filter enclosed in a plastic cartridge, to concentrate bacteria. Following filtration, non-selective or selective enrichments for the target bacteria are performed in the MMS. For colorimetric detection of the target bacteria, the enrichments are then assayed using paper-based analytical devices (&#181;PADs) embedded with bacteria-indicative substrates. Each substrate reacts with target-indicative bacterial enzymes, generating colored products that can be detected visually (qualitative detection) on the &#181;PAD. Alternatively, digital images of the reacted &#181;PADs can be generated with common scanning or photographic devices and analyzed using ImageJ software, allowing for more objective and standardized interpretation of results. Although the biochemical screening procedures are designed to identify the aforementioned bacterial pathogens, in some cases enzymes produced by background microbiota or the degradation of the colorimetric substrates may produce a false positive. Therefore, confirmation using a more discriminatory diagnostic is needed. Nonetheless, this bacterial concentration and detection platform is inexpensive, sensitive (0.1 CFU/ml detection limit), easy to perform, and rapid (concentration, enrichment, and detection are performed within approximately 24&#160;hr), justifying its use as an initial screening method for the microbiological quality of agricultural water.

Colorimetric Paper-based Detection of Escherichia coli, Salmonella spp., and Listeria monocytogenes from Large Volumes of Agricultural Water

A protocol involving integrated concentration, enrichment, and end-point colorimetric detection of foodborne pathogens in large volumes of agricultural water is presented here. Water is filtered through Modified Moore Swabs (MMS), enriched with selective or non-selective media, and detection is performed using paper-based analytical devices (&#181;PAD) imbedded with bacterial-indicative colorimetric substrates.

Kolorimetrik Algılama Paper-based<em&gt; Escherichia coli</em&gt;<em&gt; Salmonella</em&gt; Spp. Ve<em&gt; Listeria monocytogenes</em&gt; Tarım Su geniş hacimli

This protocol describes rapid colorimetric detection of Escherichia coli, Salmonella spp., and Listeria monocytogenes from large volumes (10 L) of ...

Çevre

Measurement of Greenhouse Gas Flux from Agricultural Soils Using Static Chambers

Measurement of greenhouse gas (GHG) fluxes between the soil and the atmosphere, in both managed and unmanaged ecosystems, is critical to understanding the biogeochemical drivers of climate change and to the development and evaluation of GHG mitigation strategies based on modulation of landscape management practices. The static chamber-based method described here is based on trapping gases emitted from the soil surface within a chamber and collecting samples from the chamber headspace at regular intervals for analysis by gas chromatography. Change in gas concentration over time is used to calculate flux. This method can be utilized to measure landscape-based flux of carbon dioxide, nitrous oxide, and methane, and to estimate differences between treatments or explore system dynamics over seasons or years. Infrastructure requirements are modest, but a comprehensive experimental design is essential. This method is easily deployed in the field, conforms to established guidelines, and produces data suitable to large-scale GHG emissions studies.

This article showcases the static chamber-based method for measurement of greenhouse gas flux from soil systems. With relatively modest infrastructure investments, measurements may be obtained from multiple treatments/locations and over timeframes ranging from hours to years.

Statik Chambers kullanma Tarım Topraklarının Sera Gazı Flux Ölçümü

Measurement of greenhouse gas (GHG) fluxes between the soil and the atmosphere, in both managed and unmanaged ecosystems, is critical to understanding the ...

Detection of Foodborne Bacterial Pathogens from Individual Filth Flies

There is unanimous consensus that insects are important vectors of foodborne pathogens. However, linking insects as vectors of the pathogen causing a particular foodborne illness outbreak has been challenging. This is because insects are not being aseptically collected as part of an environmental sampling program during foodborne outbreak investigations and because there is not a standardized method to detect foodborne bacteria from individual insects. To take a step towards solving this problem, we adapted a protocol from a commercially available PCR-based system that detects foodborne pathogens from food and environmental samples, to detect foodborne pathogens from individual flies.Using this standardized protocol, we surveyed 100 wild-caught flies for the presence of Cronobacter spp., Salmonella enterica, and Listeria monocytogenes and demonstrated that it was possible to detect and further isolate these pathogens from the body surface and the alimentary canal of a single fly. Twenty-two percent of the alimentary canals and 8% of the body surfaces from collected wild flies were positive for at least one of the three foodborne pathogens. The prevalence of Cronobacter spp. on either body part of the flies was statistically higher (19%) than the prevalence of S. enterica (7%) and L.monocytogenes (4%). No false positives were observed when detecting S. enterica and L. monocytogenes using this PCR-based system because pure bacterial cultures were obtained from all PCR-positive results. However, pure Cronobacter colonies were not obtained from about 50% of PCR-positive samples, suggesting that the PCR-based detection system for this pathogen cross-reacts with other Enterobacteriaceae present among the highly complex microbiota carried by wild flies. The standardized protocol presented here will allow laboratories to detect bacterial foodborne pathogens from aseptically collected insects, thereby giving public health officials another line of evidence to find out how the food was contaminated when performing foodborne outbreak investigations.

A PCR-based protocol was adapted to detect Cronobacter spp., Salmonella enterica, and Listeria monocytogenes from body surfaces and alimentary canals of individual wild-caught flies. The goal of this protocol is to detect and isolate bacterial pathogens from individual insects collected as part of an environmental sampling program during foodborne outbreak investigations.

Bireysel Filth Sinekler gelen Gıda Kaynaklı Bakteriyel Patojenler Algılama

There is unanimous consensus that insects are important vectors of foodborne pathogens. However, linking insects as vectors of the pathogen causing a ...

Measurement of H2S in Crude Oil and Crude Oil Headspace Using Multidimensional Gas Chromatography, Deans Switching and Sulfur-selective Detection

A method for the analysis of dissolved hydrogen sulfide in crude oil samples is demonstrated using gas chromatography. In order to effectively eliminate interferences, a two dimensional column configuration is used, with a Deans switch employed to transfer hydrogen sulfide from the first to the second column (heart-cutting). Liquid crude samples are first separated on a dimethylpolysiloxane column, and light gases are heart-cut and further separated on a bonded porous layer open tubular (PLOT) column that is able to separate hydrogen sulfide from other light sulfur species. Hydrogen sulfide is then detected with a sulfur chemiluminescence detector, adding an additional layer of selectivity. Following separation and detection of hydrogen sulfide, the system is backflushed to remove the high-boiling hydrocarbons present in the crude samples and to preserve chromatographic integrity. Dissolved hydrogen sulfide has been quantified in liquid samples from 1.1 to 500 ppm, demonstrating wide applicability to a range of samples. The method has also been successfully applied for the analysis of gas samples from crude oil headspace and process gas bags, with measurement from 0.7 to 9,700 ppm hydrogen sulfide.

Measurement of H2S in Crude Oil and Crude Oil Headspace Using Multidimensional Gas Chromatography, Deans Switching and Sulfur-selective Detection

A multidimensional gas chromatography method for the analysis of dissolved hydrogen sulfide in liquid crude oil samples is presented. A Deans switch is used to heart-cut light sulfur gases for separation on a secondary column and detection on a sulfur chemiluminescence detector.

H ölçümü<sub&gt; 2</sub&gt; Ham Petrol ve Gaz Kromatografisi kullanarak çok boyutlu Ham Petrol üst kısmında S, Dekanlar Switching ve Kükürt-seçici algılama

A method for the analysis of dissolved hydrogen sulfide in crude oil samples is demonstrated using gas chromatography. In order to effectively eliminate ...

The Benthic Exchange of O2, N2 and Dissolved Nutrients Using Small Core Incubations

The measurement of sediment-water exchange of gases and solutes in aquatic sediments provides data valuable for understanding the role of sediments in nutrient and gas cycles. After cores with intact sediment-water interfaces are collected, they are submerged in incubation tanks and kept under aerobic conditions at in situ temperatures. To initiate a time course of overlying water chemistry, cores are sealed without bubbles using a top cap with a suspended stirrer. Time courses of 4-7 sample points are used to determine the rate of sediment water exchange. Artificial illumination simulates day-time conditions for shallow photosynthetic sediments, and in conjunction with dark incubations can provide net exchanges on a daily basis. The net measurement of N2 is made possible by sampling a time course of dissolved gas concentrations, with high precision mass spectrometric analysis of N2:Ar ratios providing a means to measure N2 concentrations. We have successfully applied this approach to lakes, reservoirs, estuaries, wetlands and storm water ponds, and with care, this approach provides valuable information on biogeochemical balances in aquatic ecosystems.

The Benthic Exchange of O2, N2 and Dissolved Nutrients Using Small Core Incubations

Here, we present small core incubations for the measurement of sediment-water gas and solute exchange. These will provide reliable measurements of sediment-water exchange that assess the role of sediment in influencing biological and biogeochemical processes in aquatic ecosystems.

O Bentik Değişim<sub&gt; 2</sub&gt; K<sub&gt; 2</subKüçük Çekirdek KUluçkalar Kullanma&gt; ve Çözünmüş Besinler

The measurement of sediment-water exchange of gases and solutes in aquatic sediments provides data valuable for understanding the role of sediments in ...

Building Double-decker Traps for Early Detection of Emerald Ash Borer

Emerald ash borer (EAB) (Agrilus planipennis Fairmaire), the most destructive forest insect to have invaded North America, has killed hundreds of millions of forest and landscape ash (Fraxinus spp.) trees. Several artificial trap designs to attract and capture EAB beetles have been developed to detect, delineate, and monitor infestations. Double-decker (DD) traps consist of two corrugated plastic prisms, one green and one purple, attached to a 3 m tall polyvinyl chloride (PVC) pipe supported by a t-post. The green prism at the top of the PVC pipe is baited with cis-3-hexenol, a compound produced by ash foliage. Surfaces of both prisms are coated with sticky insect glue to capture adult EAB beetles. Double-decker traps should be placed near ash trees but in open areas, exposed to sun. Double-decker trap construction and placement are presented here, along with a summary of field experiments demonstrating the efficacy of DD traps in capturing EAB beetles. In a recent study in sites with relatively low EAB densities, double-decker traps captured significantly more EAB than green or purple prism traps or green funnel traps, all of which are designed to be suspended from a branch in the canopy of ash trees. A greater percentage of double decker traps were positive, i.e., captured at least one EAB, than the prism traps or funnel traps that were hung in ash tree canopies.

Effective traps to attract and capture the emerald ash borer (EAB) are a key element of detecting and managing this invasive pest. Double-decker traps, placed in full sun near ash trees, incorporate visual and olfactory cues and were more likely to capture EAB than other trap designs in field trials.

Çift katlı tuzakları zümrüt kül matkap erken teşhis için bina

Emerald ash borer (EAB) (Agrilus planipennis Fairmaire), the most destructive forest insect to have invaded North America, has killed hundreds of millions ...

On-Site Molecular Detection of Soil-Borne Phytopathogens Using a Portable Real-Time PCR System

On-site diagnosis of plant diseases can be a useful tool for growers for timely decisions enabling the earlier implementation of disease management strategies that reduce the impact of the disease. Presently in many diagnostic laboratories, the polymerase chain reaction (PCR), particularly real-time PCR, is considered the most sensitive and accurate method for plant pathogen detection. However, laboratory-based PCRs typically require expensive laboratory equipment and skilled personnel. In this study, soil-borne pathogens of potato are used to demonstrate the potential for on-site molecular detection. This was achieved using a rapid and simple protocol comprising of magnetic bead-based nucleic acid extraction, portable real-time PCR (fluorogenic probe-based assay). The portable real-time PCR approach compared favorably with a laboratory-based system, detecting as few as 100 copies of DNA from Spongospora subterranea. The portable real-time PCR method developed here can serve as an alternative to laboratory-based approaches and a useful on-site tool for pathogen diagnosis.

Rapid and accurate detection of plant pathogens on-site, especially soil-borne pathogens, is crucial to prevent further inoculum production and proliferation of plant diseases in the field. The method developed here using a portable real-time PCR detection system enables on-site diagnosis under field conditions.

Toprak kaynaklı Phytopathogens bir taşınabilir gerçek zamanlı PCR sistemi kullanarak yerinde moleküler tespiti

On-site diagnosis of plant diseases can be a useful tool for growers for timely decisions enabling the earlier implementation of disease management ...

Specific and Accurate Detection of the Citrus Greening Pathogen Candidatus liberibacter spp. Using Conventional PCR on Citrus Leaf Tissue Samples

Citrus greening, also known as huanglongbing, is a destructive citrus disease ravaging citrus farms globally. This disease causes asymmetrical yellow leaf mottling, vein yellowing, defoliation, root decay, and ultimately, the death of the citrus plant. When infected, the citrus plants have stunted growth and produce flowers out of season. These flowers rarely yield fruit, and those that do yield small, bitter, irregularly shaped citrus fruit that are not desirable. This disease is spread by the Asian citrus psyllid, Diaphorina citri, and by the grafting of infected citrus tissue. The pathogen has a long and variable incubation period within the citrus plant&#8212;sometimes years, before symptoms appear. Attempts to culture this pathogen in vitro have been unsuccessful, possibly due to the low and uneven concentration of the pathogen within infected citrus tissue, or because it is difficult to replicate the environmental conditions conducive to growth of the pathogen. It is very difficult to identify the disease before it has spread, due to its long incubation period and researchers&#39; inability to culture the pathogen. As a result, the disease only becomes apparent after suddenly destroying a citrus farmer&#39;s entire yield. Presented here is a method for the accurate and specific detection of the citrus greening pathogen, Candidatus liberibacter spp. using a genomic DNA extraction kit and PCR. This method is simple, efficient, cost effective, and adaptable for quantitative analysis. This method can be adapted for use on any citrus tissue; however, it is potentially limited by the amount of pathogen present in the tissue. Nevertheless, this method will allow citrus farmers to identify infected citrus plants earlier, and curb the spread of this destructive disease before it can further spread.

Specific and Accurate Detection of the Citrus Greening Pathogen Candidatus liberibacter  spp. Using Conventional PCR on Citrus Leaf Tissue Samples

Citrus Greening is a particularly destructive disease affecting citrus crops globally. Presented here is a simple method using PCR and genomic DNA extraction of citrus leaf tissue for the accurate and precise identification of the citrus greening pathogen, Candidatus liberibacter spp.

Belirli ve narenciye Greening patojen olan liberibacter spp. kullanma geleneksel PCR narenciye yaprak doku örnekleri üzerinde doğru tespiti

Citrus greening, also known as huanglongbing, is a destructive citrus disease ravaging citrus farms globally. This disease causes asymmetrical yellow leaf ...

An Anaerobic Biosensor Assay for the Detection of Mercury and Cadmium

Mercury (Hg) bioavailability to microbes is a key step to toxic Hg biomagnification in food webs. Cadmium (Cd) transformations and bioavailability to bacteria control the amount that will accumulate in staple food crops. The bioavailability of these metals is dependent on their speciation in solution, but more particularly under anoxic conditions where Hg is methylated to toxic monomethylmercury (MeHg) and Cd persists in the rhizosphere. Whole-cell microbial biosensors give a quantifiable signal when a metal enters the cytosol and therefore are useful tools to assess metal bioavailability. Unfortunately, most biosensing efforts have so far been constrained to oxic environments due to the limited ability of existing reporter proteins to function in the absence of oxygen. In this study, we present our effort to develop and optimize a whole-cell biosensor assay capable of functioning anaerobically that can detect metals under anoxic condition in quasi-real time and within hours. We describe how the biosensor can help assess how chemical variables relevant to the environmental cycling of metals affect their bioavailability. The following protocol includes methods to (1) prepare Hg and Cd standards under anoxic conditions, (2) prepare the biosensor in the absence of oxygen, (3) design and execute an experiment to determine how a series of variable affects Hg or Cd bioavailability, and (4) to quantify and interpret biosensor data. We show the linear ranges of the biosensors and provide examples showing the method's ability to distinguish between metal bioavailability and toxicity by utilizing both metal-inducible and constitutive strains.

Here, we present a protocol to use an anaerobic whole-cell microbial biosensor to evaluate how different environmental variables affect the bioavailability of Hg and Cd to bacteria in anoxic environments.

Bir anaerobik biyoalgılayıcı tahlil civa ve kadmiyum tespiti için

Mercury (Hg) bioavailability to microbes is a key step to toxic Hg biomagnification in food webs. Cadmium (Cd) transformations and bioavailability to ...

A Precise and Autonomous System for the Detection of Insect Emergence Patterns

Existing systems to measure insect emergence patterns have limitations; they are only partially automated and are limited in the maximum number of emerging insects they can detect. In order to obtain precise measurement of insect emergence, it is necessary for systems to be semi-automated and able to measure large numbers of emerging insects. We addressed these issues by designing and building a system that is automated and can measure emergence of up to 1200 insects. We modified the existing &#34;falling-ball&#34; system using Arduino microcontrollers to automate data collection and expand the sample size through multiple data channels. Multiple data channels enable the user to not only increase their sample size, but also allows for multiple treatments to be run simultaneously in a single experiment. Furthermore, we created an R script to automatically visualize the data as a bubble plot, while also calculating the median day and time of emergence. The current system was designed using 3D printing so the user can modify the system to be adjusted for different species of insects. The goal of this protocol is to investigate important questions in chronobiology and stress physiology, using this precise and automated system to measure insect emergence patterns.

Measurement of insect emergence patterns requires precision. Existing systems are only semi-automated and sample size is limited. We addressed these issues by designing a system using microcontrollers to precisely measure the time of emergence of large numbers of emerging insects.