Research reported in this publication was supported by the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) of the NIH under award number R01AI114362 and Welch Foundation grant I-1782 to Iv&#225;n D'Orso.

1. Kaplama Hücreler <ol><li> Bir gün, transfeksiyondan önce,% 10 (h / h) cenin sığır serumu (FBS) ve% 1 (h / h), penisilin / streptomisin ile takviye edilmiş Dulbecco Modified Eagle Medium (DMEM) içinde 10 mL 3.5 x 10 6 HEK293T hücreleri plaka 100 mm tabak başına (10.000 U / ml stok). Plaka 3 - Deney / durum başına 5 100 mm yemekleri yeterli protein iyileşme sağlamak için. Not: plakaların sayısı ilgili protein kompleksi ifade seviyeleri ve çözünürlüğüne bağlı olacaktır, her bir deney / durum için tespit edilmesi gerekir. Daha büyük ölçekli saflaştırma gerektiğinde, alternatif olarak, hücre çizgileri döndürücü şişelere 2 süspansiyonlar büyümeye adapte edilebilir, ancak bu yöntem, geçici nakiller için çalışmaz. </li></ol> 2. Kararlı Hücre Hatları hücrelerin transfekte ya da indükleyici <ol><li> Ertesi gün, mikroskop altında hücrelerin kontrol edin. proce önce% 80 konfluent - Hücreler 70 olmalıEding. </li><li> 100 mm tabak başına transfeksiyon reaktifi 7 plasmid DNA ug ve 21 ul toplam karışımı hücreleri transfekte. Transfeksiyon etkinliğindeki için bir kontrol olarak, bir vektör ifade GFP (Tablo 1) ile transfekt hücre. Not: doksisiklin 14, 15 karşılık olarak iki veya daha fazla kompleks alt birimleri ekspresyonunu indükleyen bir HEK293-T-Rex veya benzer sabit bir hücre doğrusu kullanılıyorsa, indükleyici hücrelere ilave edildi ve 48 saat süre ile inkübe edilmesi gerekecektir. Benzer şekilde, indükleyici ilave edilmesi üzerine GFP ekspresyonunu indükleyen bir dengeli hücre çizgisi, aynı zamanda, doğrulama için gerekli olacaktır. 2.7 adıma geçin. </li><li> 100 mm tabak başına transfeksiyon karışımı hazırlayın. 1.5 ml mikrosantrifüj tüpü içinde, (iki veya daha fazla plazmidin tekabül eder) toplam plazmid DNA 7 ug katkısız DMEM 500 ul karıştırın. Ayrı bir mikrosantrifüj tüpü içinde, katkısız DMEM wi 500 ul karışımıtransfeksiyon reaktifi inci 21 ul. Her transfeksiyon reaksiyon için tekrarlayın. </li><li> plazmid DNA çözeltisi içine transfeksiyon reaktif çözüm pipetle (ters çözüm karışmaz). en az 4 kez pipetleme karıştırın. </li><li> 10, oda sıcaklığında, bu karışım inkübe - 15 dakika, ancak artık, 15 dakika daha. </li><li> Bir medya rezervuar oluşturmak ve dikkatle hücreleri bozmadan plaka iç yüzüne damla damla transfeksiyon karışımı pipetle için plaka yatırın. orijinal düz konumuna çanak dönün ve karışım dağıtmak için hafifçe döndürün. </li><li> (Bu durum, bundan sonra &quot;doku kültür inkübatörü&quot; olarak da adlandırılır),% 5 CO2 ile nemlendirilmiş bir hücre kültürü inkübatöründe 37 ° C&#39;de inkübe hücreleri. Medya 5 saat sonrası transfeksiyon (opsiyonel) değiştirin. </li></ol> 3. kontrolü Transfeksiyon veya İndüksiyon Verimlilik <ol><li> 24 saat sonrası transfeksiyon at, bir grip altında hücrelerin görselleştirmekFlüoresan mikroskop transfeksiyon verimliliği (ya da GFP ifade kontrol HEK293T-rex istikrarlı bir hücre hattı indüksiyonu) kontrol etmek için. bir 24 saat daha inkübe edilir. </li></ol> 4. STREP Affinity saflaştırma (STREP AP) <ol><li> hücrelerin toplanması <ol><li> 48 saat sonra transfeksiyon da ortamını çıkarın ve soğuk 1 x fosfat tamponlu tuzlu su (PBS) içinde 8 ml ekleyin. plaka hücreleri ayırmak için aşağı yukarı pipet ve. </li><li> Toplayın ve 15 ml tüp içine hücre süspansiyonu aktarmak ve 4 ° C&#39;de 4 dakika boyunca 800 xg&#39;de hücreleri aşağı doğru döndürün. </li><li> PBS süpernatantı. herhangi bir artık PBS ortadan kaldırmak için (4 ° C &#39;de 1 dakika boyunca 800 x g) döndürme aşağı tekrarlayın. ileride kullanmak üzere -80 ° C&#39;de hücre pelletini Mağaza veya protein saflaştırma devam etmek için aşağıdaki prosedürü uygulayın. </li></ol></li><li> hücrelerin çözülmesi <ol><li> Pasif Lizis Tamponu hücre peleti hacmi x 5 kullanılarak hücre peletleri (~ plaka başına 250 ul) yeniden süspanse edin(PLB: 20 mM Tris-HCI pH 7.5, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM DTT, proteaz önleyici kokteyl tablet,% 5 h / h gliserol, ve% 1.0 NP-40) ile bir hücre süspansiyonu aktarmak 1.5 ml mikrosantrifüj tüp. </li><li> Kısaca, 4 ° C&#39;de 30 dakika süre ile süspansiyon ve nutate girdap. </li><li> 4 ° C&#39;de 10 dakika boyunca 10,000 x g&#39;de hücre süspansiyonu dönerler. </li><li> Yeni 1.5 ml mikrosantrifüj tüp içine çözünür lizatları aktarın ve hücre pelletleri atın. gibi çözülebilir lizat son hacminin% 10 Kaydet &quot;STREP AP girişi.&quot; 4 ° C&#39;de saklayın. </li></ol></li><li> STREP boncuk dengeleme NOT: İlk AP adım için kullanın STREP boncuk! STREP boncuk BAYRAK boncuklar ile aşağı çekti göre anlamlı olarak daha fazla protein kurtarmak ile kompleksler aşağı çekti. <ol><li> çıkartın (n 40 ul ×) + n% 50 STREP boncuk bulamacı ul (n = örnek sayısı) ve 4 ° C&#39;de 2 dakika süreyle 1500 xg&#39;de aşağı doğru döndürün. NOT: Geniş m kullanınpipet tanelerine outhed ipuçları. </li><li> Süpernatantı ve boncuk PLB 500 ul ekleyin. 4 ° C&#39;de 5 dakika boyunca boncuk karışımı Nutate. 4 ° C&#39;de 2 dakika boyunca 1500 x g&#39;de Spin. <ol><li> 3 yıkama toplam tekrarlayın. 40 ul x n nihai bir hacme kadar PLB boncuk tekrar. </li></ol></li><li> 4 ° C&#39;de 2 saat boyunca her bir hücre lizatı numunesi ve nutate% 50 STREP boncuk çamuru 40 ul ekle. </li></ol></li><li> STREP AP <ol><li> 4 ° C&#39;de 2 dakika süreyle 1500 xg&#39;de çözüm aşağı doğru döndürün. </li><li> 4 ° C&#39;de &quot;STREP AP Akış-through (FT)&quot; olarak supernatant ve mağaza çıkarın. </li><li> I (20 mM Tris-HCI pH 7.5, 250 mM NaCI, 1.5 mM MgCl2, 1 mM DTT,% 5 gliserol ve% 0.2 NP-40) STREP AP Yıkama Tamponu tanelere 500 ul ekle. 4 ° C&#39;de 2 dakika boyunca 1500 x g&#39;de 5, 4 ° C&#39;de dakikada santrifüj için boncuk karışımı Nutate. süpernatant atın. <ol><li> 4 yıkar toplam için tekrarlayın. <br/&gt; NOT: Dördüncü yıkamadan önce, protein arka plan azaltmak için yeni bir 1.5 ml mikrosantrifüj tüp boncuk çözüm aktarın. Bu adım gereklidir. </li></ol></li><li> 500 ul yıkama tamponu II (100 mM Tris-HCI, pH 8.0, 150 mM NaCl ve 1 mM EDTA) ilave edilir ve tüpler ters çevrilerek boncuk dengeye. 4 ° C&#39;de 2 dakika süreyle 1500 xg&#39;de Spin ve süpernatant atın. </li><li> STREP elüsyon tamponu (100 mM Tris-HCI, pH 8.0, 150 mM NaCI, 1 mM EDTA ve 2.5 mM destiobiyotin) 50 ul ilgili proteini Zehir. 4 ° C&#39;de 15 dakika boyunca 800 rpm&#39;de vorteksleyin. </li><li> 4 ° C&#39;de 1 dakika için 1500 x g&#39;de boncuk Spin. süpernatant toplayın. Bu fraksiyon &quot;STREP AP elüsyon&quot; örnek karşılık gelir. </li><li> İlk elüsyon ile elde edilen protein miktarının yarısı kadar verim olabilir ikinci elüsyon, 4 ° C &#39;de boncuk fraksiyonu kaydedin. gümüş boyama ve / veya batı blot STREP AP Tasfiye Kısım 10%16. </li></ol></li><li> BAYRAK boncuk dengeleme <ol><li> (Nx 16 ul) + n BAYRAK boncuk çözümünün ul (numune n = sayı) çıkarın ve 4 ° C&#39;de 2 dakika süreyle 1500 xg&#39;de aşağı doğru döndürün. NOT: pipet boncuk geniş ağızlı ipuçlarını kullanın. </li><li> Süpernatantı ve FLAG yıkama tamponu 500 ul ekle (100 mM Tris-HCI, pH 8.0, 150 mM NaCI, 1 mM EDTA ve% 0.1 NP-40) ile boncuklara. 4 ° C&#39;de 2 dakika boyunca 1500 x g&#39;de Spin. 3 yıkama toplam tekrarlayın. </li><li> nx 16 ul bir son hacme FLAG yıkama tamponu boncuk tekrar. </li><li> 4 ° C &#39;de geri kalan STREP AP elüsyon ve nutate gece boyunca FLAG boncuk çamuru 16 ul ekle. </li></ol></li></ol> 5. BAYRAK IP <ol><li> 4 ° C&#39;de 2 dakika boyunca 1500 x g&#39;de FLAG boncuk süspansiyonu dönerler. 4 ° C&#39;de &quot;BAYRAK IP Akış-through&quot; (FT) olarak süpernatant ve mağaza kaydedin. </li><li> 500 ekle81; çözeltiye FLAG yıkama tamponu. 4 ° C&#39;de 2 dakika boyunca 1500 x g&#39;de 5, 4 ° C&#39;de dakikada santrifüj için Nutate. 4 yıkar toplam tekrarlayın ve her yıkamadan sonra süpernatant kaldırmak. NOT: Dördüncü yıkamadan önce, arka plan azaltmak için yeni bir 1.5 ml mikrosantrifüj tüpüne protein boncuk çözüm aktarın. Bu adım gereklidir. </li><li> Final spin süpernatantı ve boncuk haline FLAG peptit 200 ng / ul içeren BAYRAK yıkama tamponu 30 uL ekleyin. 4 ° C&#39;de 2 saat boyunca 800 rpm&#39;de vorteksleyin. </li><li> 4 ° C&#39;de 2 dakika boyunca 1500 x g&#39;de süspansiyon Spin. olarak 4 ° C&#39;de supernatant ve mağaza Hasat &quot;FLAG IP Elüsyon.&quot; NOT: elüsyon numuneleri standart protokoller 16 kullanılarak gümüş leke ve / veya western blot ile teyit ve daha fazla protein deneyleri için hazır olabilir. (1) STREP AP Giriş, (2) STREP AP FT, (3) STREP AP Eluti: Batı leke kurarken, aşağıdaki örneklerin hepsi koşmak(4) BAYRAK IP FT, ve (5) BAYRAK IP Tasfiye üzerinde. Yüklenen Birimleri her bir deney için belirlenecek gerekecektir. Toplanan tüm örnekler ve boncuk kısa süreli depolama ve uzun süreli depolama için -80 ° C &#39;de 4 ° C&#39; de muhafaza edilebilir. TAP örnekleri, bileşenlerinin kimliğini doğrulamak için yeni bir post-translasyonel modifikasyonlar (PTMS) tespit etmek, ve / veya saflaştırılmış kompleksi 2, 17 ile herhangi bir yeni protein etkileşimi keşfetmek için kütle spektrometresi ile analiz edilmiştir. Bu amaçla, Coomassie jel veya gümüş leke çalıştırdıktan sonra, bantlar, temiz bir neşter kullanılarak jelden edilebilir. Kütle spektrometresi yöntemlerini tartışmak birkaç mükemmel değerlendirmeleri daha önce, 19 18 yayınlandı. </li></ol>

<ol>
	<li>Sharan, R., Ulitsky, I., Shamir, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Network-based+prediction+of+protein+function.">Network-based prediction of protein function.</a> Mol Syst Biol. 3, 88-99 (2007).</li><li>Jager, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+landscape+of+HIV-human+protein+complexes.">Global landscape of HIV-human protein complexes.</a> Nature. 481, 365-370 (2012).</li><li>Fields, S., Song, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+genetic+system+to+detect+protein-protein+interactions.">A novel genetic system to detect protein-protein interactions.</a> Nature. 340, 245-246 (1989).</li><li>Luo, Y., Batalao, A., Zhou, H., Zhu, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mammalian+two-hybrid+system:+a+complementary+approach+to+the+yeast+two-hybrid+system.">Mammalian two-hybrid system: a complementary approach to the yeast two-hybrid system.</a> Biotechniques. 22, 350-352 (1997).</li><li>Lee, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coimmunoprecipitation+assay.">Coimmunoprecipitation assay.</a> Methods Mol Biol. 362, 401-406 (2007).</li><li>Puig, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+tandem+affinity+purification+(TAP)+method:+a+general+procedure+of+protein+complex+purification.">The tandem affinity purification (TAP) method: a general procedure of protein complex purification.</a> Methods. 24, 218-229 (2001).</li><li>Jager, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Purification+and+characterization+of+HIV-human+protein+complexes.">Purification and characterization of HIV-human protein complexes.</a> Methods. 53, 13-19 (2011).</li><li>Price, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=P-TEFb,+a+cyclin-dependent+kinase+controlling+elongation+by+RNA+polymerase+II.">P-TEFb, a cyclin-dependent kinase controlling elongation by RNA polymerase II.</a> Mol Cell Biol. 20, 2629-2634 (2000).</li><li>Peterlin, B. M., Price, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlling+the+elongation+phase+of+transcription+with+P-TEFb.">Controlling the elongation phase of transcription with P-TEFb.</a> Mol Cell. 23, 297-305 (2006).</li><li>McNamara, R. P., McCann, J. L., Gudipaty, S. A., D'Orso, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcription+factors+mediate+the+enzymatic+disassembly+of+promoter-bound+7SK+snRNP+to+locally+recruit+P-TEFb+for+transcription+elongation.">Transcription factors mediate the enzymatic disassembly of promoter-bound 7SK snRNP to locally recruit P-TEFb for transcription elongation.</a> Cell Rep. 5, 1256-1268 (2013).</li><li>Adelman, K., Lis, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Promoter-proximal+pausing+of+RNA+polymerase+II:+emerging+roles+in+metazoans.">Promoter-proximal pausing of RNA polymerase II: emerging roles in metazoans.</a> Nat Rev Genet. 13, 720-731 (2012).</li><li>D'Orso, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=7SKiing+on+chromatin:+move+globally,+act+locally.">7SKiing on chromatin: move globally, act locally.</a> RNA Biol. 13, 545-553 (2016).</li><li>McNamara, R. P., Bacon, C. W., D'Orso, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcription+Elongation+Control+by+the+7SK+snRNP+Complex:+Releasing+the+Pause.">Transcription Elongation Control by the 7SK snRNP Complex: Releasing the Pause.</a> Cell Cycle. 15, 2115-2123 (2016).</li><li>Yao, F., Svensjo, T., Winkler, T., Lu, M., Eriksson, C., Eriksson, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tetracycline+repressor,+tetR,+rather+than+the+tetR-mammalian+cell+transcription+factor+fusion+derivatives,+regulates+inducible+gene+expression+in+mammalian+cells.">Tetracycline repressor, tetR, rather than the tetR-mammalian cell transcription factor fusion derivatives, regulates inducible gene expression in mammalian cells.</a> Hum Gene Ther. 9, 1939-1950 (1998).</li><li>McNamara, R. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KAP1+Recruitment+of+the+7SK+snRNP+Complex+to+Promoters+Enables+Transcription+Elongation+by+RNA+Polymerase+II.">KAP1 Recruitment of the 7SK snRNP Complex to Promoters Enables Transcription Elongation by RNA Polymerase II.</a> Mol Cell. 61, 39-53 (2016).</li><li>Ausubel, F. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Current Protocols in Molecular Biology. , (1994).</li><li>Trudgian, D. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+evaluation+of+label-free+SINQ+normalized+spectral+index+quantitation+in+the+central+proteomics+facilities+pipeline.">Comparative evaluation of label-free SINQ normalized spectral index quantitation in the central proteomics facilities pipeline.</a> Proteomics. 11, 2790-2797 (2011).</li><li>Choudhary, C., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Decoding+signalling+networks+by+mass+spectrometry-based+proteomics.">Decoding signalling networks by mass spectrometry-based proteomics.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 11, 427-439 (2010).</li><li>Bensimon, A., Heck, A. J., Aebersold, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry-based+proteomics+and+network+biology.">Mass spectrometry-based proteomics and network biology.</a> Annu Rev Biochem. 81, 379-405 (2012).</li><li>Rogers, S., Wells, R., Rechsteiner, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amino+acid+sequences+common+to+rapidly+degraded+proteins:+the+PEST+hypothesis.">Amino acid sequences common to rapidly degraded proteins: the PEST hypothesis.</a> Science. 234, 364-368 (1986).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

İfade ve ökaryotik hücrelerde protein komplekslerinin izolasyonu için açıklanan protokol, moleküler düzeneklerinin biyokimyasal karakterizasyonu ile sınırlı değildir, aynı zamanda işlevini düzenleyen olabilir yeni interactors ve post-translasyonel modifikasyonlar tanımlanması için de kullanılabilir. afinite etiketleri kullanımı Bu protokolde belirtilen ne ile sınırlı değildir; ancak deneyimi ilk AP adım olarak Strep kullanımı ile önemli ölçüde nihai protein-protein kompleksinin verimi art...

<html> Protein-protein etkileşimleri (PPİ) işlevleri yaklaşık 2 bilgilendirebilir biyolojik süreçler 1, bu PPI üzerinde ileri çalışmalar hassas düzenlenmesi için kritik öneme sahiptir. Çeşitli yaklaşımlar PPI çalışma ve karakterizasyonu için, ayrıca bu yeni düzenleyici protein bileşenlerinin de novo tanımlanması için geliştirilmiştir. 1989 yılında, Stanley Alanlar ve arkadaşları maya iki hibrit (Y2H) tahlil 3 bildirdi. Bu yaklaşım, Saccharomyces cerevisiae &#39;interactors oranı (yem) tanımlanmış bir protein için (avlayan) tarafsız ve kapsamlı bir tanımlanmasına izin verir. PPIs keşfetmek için dikkate değer yardımcı ek olarak, Y2H deneyi, maya hücrelerinde protein çiftleri karakterize az etkileşim alanları tanımlamak ve bu etkileşimi ortadan kaldırmak başkalaşımların teşhis edilmesi için kullanılabilir. Y2H deneyi değiştirerek, PPIs, aynı zamanda, memeli hücrelerinde incelenebilirclass = &quot;xref&quot;&gt; 4. Y2H tahlilinde (örneğin, maya, üç-hibrid sistemi) varyasyonları da protein-RNA ve hücrelerde protein küçük organik ligand etkileşimlerini incelemek için uygulanabilir. Homolog bir sistemde PPIs incelemek için bir başka genel olarak kullanılan bir araç ko-immünopresipitasyon (ko-IP) deney 5&#39;tir. ilgili bir proteini immünopresipitasyon bir antikor kullanılarak, CO-IP deney araştırmacılar, çeşitli çevre koşulları ve deneysel durumlarda hücrelere PPI izlemesine izin verir. Epitop etiketli proteinler (örneğin, FLAG, myc, Strep ve HA, diğerleri arasında) afinite temizliği (AP) yöntemleri, batı lekesi de dahil olmak üzere çok sayıda alt-tahliller için kompleks protein karışımları proteinlerin izole edilmesini kolaylaştırmıştır, gümüş leke kullanımı ve enzimatik analizi. Bununla birlikte, bu daha önceki yaklaşımların hiçbiri, in vitro bir de dahil olmak üzere daha ayrıntılı karakterizasyon için protein kompleksleri büyük miktarlarda izole edilmesini sağlamakssays, kütle spektrometresi, ve post-translasyonel modifikasyonlar tanımlanması ile düzenleyici alt birimlerin bulunması. AP yöntemin geliştirilmiş bir versiyonu, iki takip eden AP 6, 7 aracılığıyla saflaştırılır iki epitop bir füzyon proteini oluşturarak PPIs çalışmak için bir saflaştırma tekniğidir Tandem AP (TAP) olarak adlandırılır. Bu makalede, iki alt birimi farklı epitoplar ile etiketlenir ve daha sonra iki ardışık AP (STREP AP FLAG IP elde edilmiş) ile saflaştırılmış edildiği arıtma protein kompleksleri TAP yöntemin bir varyasyonu sunulmuştur. Araştırmacılar kendi ilgi protein kompleksine bunları uygulamak, böylece Biz ilk, TAP minimalist bakış (Şekil 1) ve sonra tüm deneysel adımlar ayrıntılı bir açıklama (Şekil 2) sağlarlar. TAP yöntemin uygulanabilirliğini göstermek için, (karmaşık, iyi karakterize edilmiş siklin cdk PT şu şekilde de ifade seçtikDüzenleyici alt birim, siklin T1 (CycT1) ve bir kinaz (CDK9) oluşmaktadır, ve RNA polimeraz II (pol II), 8, 9, 10 ile transkripsiyonun düzenlenmesinde görevli EFP kinaz). P-TEFb Pol II ve promoter de transkripsiyon duraklatma hafifletir ilişkili olumsuz uzama faktörleri, C-terminal sahasını fosforilleyen ve böylece transkripsiyon uzama 11, 12, 13 kolaylaştırır. Bu akılda bilinen etkileşim sayesinde, CycT1 STREP-etiketli ve FLAG-etiketli CDK9 HEK293T hücrelerinde ifade üzerindeydi. Bir karşılıklı TAP deney daha protein etkileşim kullanılan epitopların bağımsız olduğunu doğrulamak için STREP etiketli CDK9 ve FLAG-etiketli CycT1 ile gerçekleştirildi. Hücreler toplandı ve 48 saat sonra transfeksiyon parçalanmıştır. Çözünür lizat TAP ile saflaştırılmıştır (STREP AP FLAG ardındanIP). Giriş ve saflaştırılmış proteinler Western blot ve gümüş leke (Şekil 3) ile analiz edilmiştir.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Dulbecco&#39;s Modified Eagle Medium (DMEM)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>SH30022FS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal bovine serum</td>
			<td>Hyclone</td>
			<td>SH30071</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin/Streptomycin</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>MP091670049</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PolyJet</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-478-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protease inhibitor cocktail&#160;</td>
			<td>Roche&#160;</td>
			<td>11836153001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>STREP-Tactin Superflow</td>
			<td>IBA</td>
			<td>2-1208-010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>STREP-tag elution buffer</td>
			<td>IBA</td>
			<td>2-1000-025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EZview Red ANTI-FLAG M2 Affinity Gel</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>SLBQ1981V</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Corning 100mm &#215; 20 mm style Dish cell culture treated nonpyrogenic polystyrene 20/sleeve</td>
			<td>Corning&#160;</td>
			<td>430167</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protein Lo-Bind Eppendorf</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-698-794</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Digital Vortex Mixer</td>
			<td>Fisher Scientific&#160;</td>
			<td>02-215-370</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>48 hole micro tube foam rack</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>02-215-386</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Labquake shaker rotisserie&#160;</td>
			<td>Thermo&#160;</td>
			<td>415110</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

tandem affinity purification of protein complexes from eukaryotic cells

Aktif protein-protein, protein-nükleik asit komplekslerinin saflaştırılması enzimsel faaliyetlerin ve yeni alt birimleri ve post-translasyonel modifikasyonlar de novo tanımlanması karakterizasyonu için çok önemlidir. Bakteriyel sistemlerde bir polipeptidler ve protein kompleksleri çok çeşitli ekspresyon ve saflaştırma için izin verir. Bununla birlikte, bu sistem, post-translasyonel modifikasyonları (örneğin, fosforilasyon ve asetilasyon) içeren protein alt birimlerinin temizleme, ve ökaryotik sisteminde ifade, sadece mevcut olan yeni düzenleyici alt birimlerin / belirlenmesini sağlamaz. Burada, ökaryotik hücrelerden geçici veya stabil ifade epitop etiketli proteinler ile protein komplekslerinin saflaştırılması kolaylaştıran bir roman, sağlam ve streptokok kullanarak verimli tandem yakınlık arıtma (TAP) yöntemiyle ve FLAG-etiketli proteinlerin ayrıntılı bir açıklama sağlar. Bu protokol, Prot karakterize uygulanabilirein karmaşık işlevsellik, kompleks alt birimlerin üzerine post-translasyonel modifikasyonlar keşfetmek ve kütle spektrometresi ile yeni düzenleyici kompleks bileşenleri tanımlamak için. Özellikle, bu TAP yöntemi ve böylece alt deney imkanları geniş bir dizi elde ökaryotik veya patojenik (viral ve bakteriyel) bileşenlerinin oluşturduğu protein kompleksleri çalışma uygulanabilir. Biz protein kompleksleri ile çalışan araştırmacılar, çok farklı şekillerde bu yaklaşımı kullanmak olabilir öneriyoruz.

Bu yazıda, (aynı zamanda P-TEFb kinaz olarak da bilinir), karmaşık iyi karakterize CycT1-CDK9 TAP yönteminin uygulanabilirliğini göstermek. Ve CDK9,-FLAG (CDK9: F) ya da CDK9-Strep (CDK9: G) ve siklin T1 bayrağı (CycT1: F): Sikline T1 Strep (s CycT1) kodlayan plazmidler (Tablo 1), HEK293T hücrelerine transfekte edildi . F ya da CycT1: (sırasıyla Şekil 3A ve B,) F ...

Watch this Scientific Journal Video about Tandem Affinity Purification of Protein Complexes from Eukaryotic Cells at JoVE.com

Tandem Affinity Purification of Protein Complexes from Eukaryotic Cells

We describe here a novel, robust, and efficient tandem affinity purification (TAP) method for the expression, isolation, and characterization of protein complexes from eukaryotic cells. This protocol could be utilized for the biochemical characterization of discrete complexes as well as the identification of novel interactors and post-translational modifications that regulate their function.

Ökaryotik Hücrelerde Protein Kompleksleri Tandem Affinity Arıtma

The purification of active protein-protein and protein-nucleic acid complexes is crucial for the characterization of enzymatic activities and de novo ...

tandem-affinity-purification-protein-complexes-from-eukaryotic

Research

JoVE Journal

Biochemistry

14.8K Görüntüleme.  The University of Texas Southwestern Medical Center. We describe here a novel, robust, and efficient tandem affinity purification (TAP) method for the expression, isolation, and characterization of protein complexes from eukaryotic cells. This protocol could be utilized for the biochemical characterization of discrete complexes as well as the identification of novel interactors and post-translational modifications that regulate their function.

Video: Tandem Affinity Purification of Protein Complexes from Eukaryotic Cells

Isolation of Cognate RNA-protein Complexes from Cells Using Oligonucleotide-directed Elution

Ribonucleoprotein particles direct the biogenesis and post-transcriptional regulation of all mRNAs through distinct combinations of RNA binding proteins. They are composed of position-dependent, cis-acting RNA elements and unique combinations of RNA binding proteins. Defining the composition of a specific RNP is essential to achieving a fundamental understanding of gene regulation. The isolation of a select RNP is akin to finding a needle in a haystack. Here, we demonstrate an approach to isolate RNPs associated at the 5' untranslated region of a select mRNA in asynchronous, transfected cells. This cognate RNP has been demonstrated to be necessary for the translation of select viruses and cellular stress-response genes.
The demonstrated RNA-protein co-precipitation protocol is suitable for the downstream analysis of protein components through proteomic analyses, immunoblots, or suitable biochemical identification assays. This experimental protocol demonstrates that DHX9/RNA helicase A is enriched at the 5' terminus of cognate retroviral RNA and provides preliminary information for the identification of its association with cell stress-associated huR and junD cognate mRNAs.

This manuscript describes an approach to isolate select cognate RNPs formed in eukaryotic cells via a specific oligonucleotide-directed enrichment. We demonstrate the applicability of this approach by isolating a cognate RNP bound to the retroviral 5' untranslated region that is composed of DHX9/RNA helicase A.

Oligonükleotid yönelik elüsyon kullanılarak Hücreler Aynı Kökenli RNA-protein kompleksleri izolasyonu

Ribonucleoprotein particles direct the biogenesis and post-transcriptional regulation of all mRNAs through distinct combinations of RNA binding proteins. ...

Biyokimya

Protein Complex Affinity Capture from Cryomilled Mammalian Cells

Affinity capture is an effective technique for isolating endogenous protein complexes for further study. When used in conjunction with an antibody, this technique is also frequently referred to as immunoprecipitation. Affinity capture can be applied in a bench-scale and in a high-throughput context. When coupled with protein mass spectrometry, affinity capture has proven to be a workhorse of interactome analysis. Although there are potentially many ways to execute the numerous steps involved, the following protocols implement our favored methods. Two features are distinctive: the use of cryomilled cell powder to produce cell extracts, and antibody-coupled paramagnetic beads as the affinity medium. In many cases, we have obtained superior results to those obtained with more conventional affinity capture practices. Cryomilling avoids numerous problems associated with other forms of cell breakage. It provides efficient breakage of the material, while avoiding denaturation issues associated with heating or foaming. It retains the native protein concentration up to the point of extraction, mitigating macromolecular dissociation. It reduces the time extracted proteins spend in solution, limiting deleterious enzymatic activities, and it may reduce the non-specific adsorption of proteins by the affinity medium. Micron-scale magnetic affinity media have become more commonplace over the last several years, increasingly replacing the traditional agarose- and Sepharose-based media. Primary benefits of magnetic media include typically lower non-specific protein adsorption; no size exclusion limit because protein complex binding occurs on the bead surface rather than within pores; and ease of manipulation and handling using magnets.

Here we describe protocols to disrupt mammalian cells by solid-state milling at a cryogenic temperature, produce a cell extract from the resulting cell powder, and isolate protein complexes of interest by affinity capture upon antibody-coupled micron-scale paramagnetic beads.

Cryomilled memeli hücrelerinden protein kompleksi olan ele geçirme kapasitesini

Affinity capture is an effective technique for isolating endogenous protein complexes for further study. When used in conjunction with an antibody, this ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological processes. Affinity purification coupled to mass spectrometry (AP-MS) has become the method of choice for identifying protein-protein interactions. However, conventional AP-MS studies provide information on protein interactions, but the organizational information is lost. To address this issue, we developed a strategy to unravel the distinct functional assemblies a protein might be involved in, by resolving affinity-purified protein complexes prior to their characterization by mass spectrometry. Protein complexes isolated through affinity purification of a bait protein using an epitope tag and competitive elution are separated through blue native electrophoresis. Comparison of protein migration profiles through correlation profiling using quantitative mass spectrometry allows assignment of interacting proteins to distinct molecular entities. This method is able to resolve protein complexes of close molecular weights that might not be resolved by traditional chromatographic techniques such as gel filtration. With little more work than conventional AP-geLC-MS/MS, we demonstrate this strategy may in many cases be adequate for obtaining protein complex topological information concomitantly to identifying protein interactions.

Here we present protocols for affinity purification of protein complexes and their separation by blue native PAGE, followed by protein correlation profiling using label free quantitative mass spectrometry. This method is useful to resolve interactomes into distinct protein complexes.

Mavi Yerli PAGE ve Protein İlişkisi Profil Yöntemi ile Affinity Saf protein Kompleksler çözümleniyor

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

2 in 1: One-step Affinity Purification for the Parallel Analysis of Protein-Protein and Protein-Metabolite Complexes

Cellular processes are regulated by interactions between biological molecules such as proteins, metabolites, and nucleic acids. While the investigation of protein-protein interactions (PPI) is no novelty, experimental approaches aiming to characterize endogenous protein-metabolite interactions (PMI) constitute a rather recent development. Herein, we present a protocol that allows simultaneous characterization of the PPI and PMI of a protein of choice, referred to as bait. Our protocol was optimized for Arabidopsis cell cultures and combines affinity purification (AP) with mass spectrometry (MS)-based protein and metabolite detection. In short, transgenic Arabidopsis lines, expressing bait protein fused to an affinity tag, are first lysed to obtain a native cellular extract. Anti-tag antibodies are used to pull down protein and metabolite partners of the bait protein. The affinity-purified complexes are extracted using a one-step methyl tert-butyl ether (MTBE)/methanol/water method. Whilst metabolites separate into either the polar or the hydrophobic phase, proteins can be found in the pellet. Both metabolites and proteins are then analyzed by ultra-performance liquid chromatography-mass spectrometry (UPLC-MS or UPLC-MS/MS). Empty-vector (EV) control lines are used to exclude false positives. The major advantage of our protocol is that it enables identification of protein and metabolite partners of a target protein in parallel in near-physiological conditions (cellular lysate). The presented method is straightforward, fast, and can be easily adapted to biological systems other than plant cell cultures.

Protein-protein and protein-metabolite interactions are crucial for all cellular functions. Herein, we describe a protocol that allows parallel analysis of these interactions with a protein of choice. Our protocol was optimized for plant cell cultures and combines affinity purification with mass spectrometry-based protein and metabolite detection.

2 in 1: tek adımlı benzeşme arıtma paralel analizi için Protein-Protein ve Protein-metaboliti kompleksleri

Cellular processes are regulated by interactions between biological molecules such as proteins, metabolites, and nucleic acids. While the investigation of ...

An Oligonucleotide-based Tandem RNA Isolation Procedure to Recover Eukaryotic mRNA-Protein Complexes

RNA-binding proteins (RBPs) play key roles in the post-transcriptional control of gene expression. Therefore, biochemical characterization of mRNA-protein complexes is essential to understanding mRNA regulation inferred by interacting proteins or non-coding RNAs. Herein, we describe a tandem RNA isolation procedure (TRIP) that enables the purification of endogenously formed mRNA-protein complexes from cellular extracts. The two-step protocol involves the isolation of polyadenylated mRNAs with antisense oligo(dT) beads and subsequent capture of an mRNA of interest with 3&#39;-biotinylated 2&#39;-O-methylated antisense RNA oligonucleotides, which can then be isolated with streptavidin beads. TRIP was used to recover in vivo crosslinked mRNA-ribonucleoprotein (mRNP) complexes from yeast, nematodes and human cells for further RNA and protein analysis. Thus, TRIP is a versatile approach that can be adapted to all types of polyadenylated RNAs across organisms to study the dynamic re-arrangement of mRNPs imposed by intracellular or environmental cues.

A tandem RNA isolation procedure (TRIP) for recovery of endogenously formed mRNA-protein complexes is described. Specifically, RNA-protein complexes are crosslinked in vivo, polyadenylated RNAs are isolated from extracts with oligo(dT) beads, and particular mRNAs are captured with modified RNA antisense oligonucleotides. Proteins bound to mRNAs are detected by immunoblot analysis.

Ökaryotik mRNA-Protein kompleksleri kurtarmak için bir Tandem oligonükleotid tabanlı RNA izolasyon yordamı

RNA-binding proteins (RBPs) play key roles in the post-transcriptional control of gene expression. Therefore, biochemical characterization of mRNA-protein ...

Affinity Purification of Chloroplast Translocon Protein Complexes Using the TAP Tag

Chloroplast biogenesis requires the import of thousands of nucleus-encoded proteins into the plastid. The import of these proteins depends on the translocon at the outer (TOC) and inner (TIC) chloroplast membranes. The TOC and TIC complexes are multimeric and probably contain yet unknown components. One of the main goals in the field is to establish the complete inventory of TOC and TIC components. For the isolation of TOC-TIC complexes and the identification of new components, the preprotein receptor TOC159 has been modified N-terminally by the addition of the tandem affinity purification (TAP) tag resulting in TAP-TOC159. The TAP-tag is designed for two sequential affinity purification steps (hence "tandem affinity"). The TAP-tag used in these studies consists of a N-terminal IgG-binding domain derived from Staphylococcus aureus Protein A (ProtA) followed by a calmodulin-binding peptide (CBP). Between these two affinity tags, a tobacco etch virus (TEV) protease cleavage site has been included. Therefore, TEV protease can be used for gentle elution of TOC159-containing complexes after binding to IgG beads. In the protocol presented here, the second Calmodulin-affinity purification step was omitted. The purification protocol starts with the preparation and solubilization of total cellular membranes. After the detergent-treatment, the solubilized membrane proteins are incubated with IgG beads for the immunoisolation of TAP-TOC159-containing complexes. Upon binding and extensive washing, TAP-TOC159 containing complexes are cleaved and released from the IgG beads using the TEV protease whereby the S. aureus IgG-binding domain is removed. Western blotting of the isolated TOC159-containing complexes can be used to confirm the presence of known or suspected TOC and TIC proteins. More importantly, the TOC159-containing complexes have been used successfully to identify new components of the TOC and TIC complexes by mass spectrometry. The protocol that we present potentially allows the efficient isolation of any membrane-bound protein complex to be used for the identification of yet unknown components by mass spectrometry.

We here present a proven and tested protocol for the purification of chloroplast protein import complexes (TOC-TIC complex) using the TAP-tag. The one-step affinity-isolation protocol can potentially be applied to any protein and be used to identify new interaction partners by mass spectrometry.

Kloroplast Translocon Protein kompleksleri dokunun etiketini kullanarak benzeşme arıtma

Chloroplast biogenesis requires the import of thousands of nucleus-encoded proteins into the plastid. The import of these proteins depends on the ...

Expression, Solubilization, and Purification of Eukaryotic Borate Transporters

The Solute Carrier 4 (SLC4) family of proteins is called the bicarbonate transporters and includes the archetypal protein Anion Exchanger 1 (AE1, also known as Band 3), the most abundant membrane protein in the red blood cells. The SLC4 family is homologous with borate transporters, which have been characterized in plants and fungi. It remains a significant technical challenge to express and purify membrane transport proteins to homogeneity in quantities suitable for&#160;structural or functional studies. Here we describe detailed procedures for the overexpression of borate transporters in Saccharomyces cerevisiae, isolation of yeast membranes, solubilization of protein by detergent, and purification of borate transporter homologs from S. cerevisiae, Arabidopsis thaliana, and Oryza sativa. We also detail a glutaraldehyde cross-linking experiment to assay multimerization of homomeric transporters. Our generalized procedures can be applied to all three proteins and have been optimized for efficacy. Many of the strategies developed here can be utilized for the study of other challenging membrane proteins.

Here we present a protocol to express, solubilize, and purify several eukaryotic borate transporters with homology to the SLC4 transporter family using yeast. We also describe a chemical cross-linking assay to assess the purified homomeric proteins for multimeric assembly. These protocols can be adapted for other challenging membrane proteins.

İfade, Solubilization ve ökaryotik Bor taşıyıcılar arıtma

The Solute Carrier 4 (SLC4) family of proteins is called the bicarbonate transporters and includes the archetypal protein Anion Exchanger 1 (AE1, also ...

Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) for RNA Isolation from Endothelial Cells In Vivo

Many studies have been limited to using in vitro cellular assays and whole tissues or isolating of specific cell types from animals for in vitro analysis of transcriptome and gene expression by qPCR and RNA sequencing. Comprehensive transcriptome and gene expression analysis of specific cell types in complex tissues and organs will be critical to understand cellular and molecular mechanisms by which genes are regulated and their association with tissue homeostasis and organ functions. In this article, we demonstrate the methodology for isolation of ribosome-bound RNA directly in vivo in the vascular endothelia of animal lungs as an example. The specific materials and procedures for tissue processing and RNA purification will be described, including the assessment of RNA quality and yield as well as real time qPCR for arteriogenic gene assays. This approach, known as translating ribosome affinity purification (TRAP) technique, can be utilized for characterization of gene expression and transcriptome analysis of certain cell types directly in vivo in any specific type in complex tissues.

Translating Ribosome Affinity Purification TRAP for RNA Isolation from Endothelial Cells In Vivo

We present an approach to purify ribosome-bound mRNA from vascular endothelial cells (ECs) directly in mouse brain, lung and heart tissues via EC-specific genetic tag of enhanced green fluorescence protein (EGFP)in ribosomes in combination with RNA purification.

Endotel hücrelerinden RNA yalıtım için Ribosome affinity arıtma (TRAP) çevirisi In vivo

Many studies have been limited to using in vitro cellular assays and whole tissues or isolating of specific cell types from animals for in vitro analysis ...

Bacterial Expression and Purification of Human Matrix Metalloproteinase-3 using Affinity Chromatography

Matrix metalloproteinases (MMPs) belong to the family of metzincin proteases with central roles in extracellular matrix (ECM) degradation and remodeling, as well as interactions with several growth factors and cytokines. Overexpression of specific MMPs is responsible in several diseases such as cancer, neurodegenerative diseases, and cardiovascular disease. MMPs have been the center of attention recently as targets to develop therapeutics that can treat diseases correlated to MMP overexpression.
To study the MMP mechanism in solution, more facile and robust recombinant protein expression and purification methods are needed for the production of active, soluble MMPs. However, the catalytic domain of most MMPs cannot be expressed in Escherichia coli (E. coli) in soluble form due to lack of posttranslational machinery, whereas mammalian expression systems are usually costly and have lower yields. MMP inclusion bodies must undergo the tedious and laborious process of extensive purification and refolding, significantly reducing the yield of MMPs in native conformation. This paper presents a protocol using Rosetta2(DE3)pLysS (hereafter referred to as R2DP) cells to produce matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd), which contains an N-terminal His-tag followed by pro-domain (Hisx6-pro-MMP-3cd) for use in affinity purification. R2DP cells enhance the expression of eukaryotic proteins through a chloramphenicol-resistant plasmid containing codons normally rare in bacterial expression systems. Compared to the traditional cell line of choice for recombinant protein expression, BL21(DE3), purification using this new strain improved the yield of purified Hisx6-pro-MMP-3cd. Upon activation and desalting, the pro domain is cleaved along with the N-terminal His-tag, providing active MMP-3cd for immediate use in countless in vitro applications. This method does not require expensive equipment or complex fusion proteins and describes rapid production of recombinant human MMPs in bacteria.

His-tag purification, dialysis, and activation are employed to increase yields of soluble, active matrix metalloproteinase-3 catalytic domain protein expression in bacteria. Protein fractions are analyzed via SDS-PAGE gels.

Afinite Kromatografisi Kullanılarak İnsan Matriksi Metalloproteinaz-3'ün Bakteriyel İfadesi ve Saflaştırılması

Matrix metalloproteinases (MMPs) belong to the family of metzincin proteases with central roles in extracellular matrix (ECM) degradation and remodeling, ...

Extraction and Purification of FAHD1 Protein from Swine Kidney and Mouse Liver

Fumarylacetoacetate hydrolase domain-containing protein 1 (FAHD1) is the first identified member of the FAH superfamily in eukaryotes, acting as oxaloacetate decarboxylase in mitochondria. This article presents a series of methods for the extraction and purification of FAHD1 from swine kidney and mouse liver. Covered methods are ionic exchange chromatography with fast protein liquid chromatography (FPLC), preparative and analytical gel filtration with FPLC, and proteomic approaches. After total protein extraction, ammonium sulfate precipitation and ionic exchange chromatography were explored, and FAHD1 was extracted via a sequential strategy using ionic exchange and size-exclusion chromatography. This representative approach may be adapted to other proteins of interest (expressed at significant levels) and modified for other tissues. Purified protein from tissue may support the development of high-quality antibodies, and/or potent and specific pharmacological inhibitors.

This protocol describes how to extract fumarylacetoacetate hydrolase domain-containing protein 1 (FAHD1) from swine kidney and mouse liver. The listed methods may be adapted to other proteins of interest and modified for other tissues.