Burada açıklanan solunum patojen deneyleri üzerinde çalışma Cornell Hayvan Sağlığı Tanı Merkezi iç gelişim fonları tarafından desteklenmiştir. nano PCR iş akışı ve ilgili kalite güvence sistemlerinin geliştirilmesi kısmen (FOA PA-13-244) tarafından finanse edilen ve hibe sayılı 1U18FD005144- altında Gıda ve İlaç İdaresi Veteriner Laboratuar Araştırma ve Müdahale Ağı (FDA Vet-LIRN) ile işbirliği içinde gerçekleştirildi 01. yayın ücretleri VWR ve Quanta Biosciences tarafından desteklenmiştir. Biz yazma ve protokol gözden onların yardım için Gabrielle Nickerson, Roopa Venugopalan, Veldina Camo, Xiulin Zhang, Jinzhi Yu, Weihua Wang ve Katrina Walker teşekkür ederiz. Biz yazar röportajlar filme Mike Carroll teşekkür ederiz. Sonunda onların yararlı açıklamalar editörü ve üç anonim hakemleri teşekkür ederim.

Hiçbir insan denekler veya deney hayvanları bu protokolün geliştirilmesi için kullanıldı. Kontroller dizisi doğrulanmış amplikonların saflaştırma ve RNA hedefleri için in vitro transkripsiyonu ile üretildi. Klinik örnekler Cornell Hayvan Sağlığı Tanı Merkezi&#39;ne rutin tanısal testler için sunuldu. 1. Plaka Tasarımı <ol><li> her tahlil primer prob testi aracını kullanarak 60 ° C tavlama standart prob-tabanlı gerçek zamanlı PCR çevrim koşullarına uygunluğunu doğrulamak için astar tasarım yazılımını kullanın (varsayılan parametreleri ile ayarını miktar prob seçin). NOT:. Kullanılan temsili RNA hedef evrensel grip Shu ve arkadaşları tarafından yayınlanan bir matris hedeflenen tahlil 7 uyarlanmıştır. aşağıdaki gibi primerler ve prob vardır: İleri primer: AGGGCATTYTGGACAAAKCGTCTA, Probe: Fam-TGCAGTCCTCGCTCACTGGGCACG-QSY GACCRATCCTGTCACCTCTGAC, Primer Ters. Burada kullanılan temsili DNA testi fro uyarlanmıştırElia ve arkadaşları tarafından yayımlanan, at herpes virüs tip 1 (EHV-1) tespit metodu m. 8. aşağıdaki gibi primerler ve prob vardır: İleri primer: CTTTACCCAGGCCCTTGAAA, Probe: GCTCTCAGGTTTTACGACATC, Primer Ters FAM-TCAACGTGGACAATACCGCAGTGATTAT-QSY. </li><li> İstenilen yapılandırmada nano PCR plakaları sipariş edin. NOT: Bu çalışma için, 18x3 gen ekspresyon biçimi kullanılmıştır (Tablo 1). üreticiye her hedef için tüm primer ve prob (veya envanteri tahlil kimlikleri) için sekansları sağlamaktadır. </li></ol> 2. Nükleik Asit Ekstraksiyon <ol><li> arzu edilen herhangi bir yöntem ile, toplam nükleik asit (DNA ve RNA) ekstrakte edin. Not: Otomatik bir manyetik boncuk esaslı çıkarma Kiti, üreticinin talimatlarına göre burada kullanılan (daha fazla ayrıntı için malzeme tabloya bakınız). </li><li> Örnekler şu şekilde hazırlayın: <ol><li> iyice% 10 çamaşır suyu ve kuru her numune kabının dışını temizleyin. eldivenli f Wipeçapraz bulaşmayı önlemek için örnekler arasında% 10 çamaşır suyu ile inger ipuçları. </li><li> Talep nazal veya tuz birkaç damla (örneğin kırmızı En kan toplama tüpü) herhangi bir steril, sızdırmaz bir şişede derin yutak çubuklar işleme öncesinde kuruma önlemek için ilave edildi. NOT: Pamuk, plastik, tahta saplı ve Dacron ve diğer sentetik bezlerden tüm kabul edilebilir, ancak kalsiyum aljinat bezlerden kaçının. </li><li> sıvının en azından 1-2 ml olacak şekilde çubuklar ve trakeal yıkama için, Dulbecco Modifiye Eagle ortamı (DMEM) ilave edin. tüp içinde kuvvetlice bez ve DMEM karıştırın. Daha sonra, yeni bir tüpe ortamın yaklaşık 1 ml aktarmak için bir pipet kullanın. </li><li> 825 x g&#39;de 3 dakika boyunca santrifüj ile ve ardından üreticinin talimatlarına göre, bir doku Topu ile mekanik olarak lize dokular (DMEM 1 ml 100-200 mg) eklenmiştir. yeni bir tüpe süpernatan 500 ul aktarın. </li><li> dışkı için, 1 x fosfat tamponlu sa 800 ul dışkı 400 mg kombinehattı pH 7.4 (PBS). Numune homojenize veya tamamen askıya kadar 1 dakika veya daha uzun süreyle askıya karıştırın. Bir kez homojenize edilmiş, daha sonra yeni bir tüpe 400 ul transfer 18.000 x g&#39;de 10 dakika süre ile süspansiyon santrifüj. </li><li> Bütün uncoagulated kan, örnek vorteks ve 250 ul tablet yapmak. karıştırmak için parçalayıcı reaktifle ve vorteks altı damla ekleyin. 37 ° C&#39;de 15 dakika kuluçkalayın. </li></ol></li><li> üreticinin talimatlarına uygun olarak parçalama ve yıkama tamponları hazırlayın. MS2 faj veya bir iç pozitif çıkarma kontrol 9 olarak liziz tamponu için tercih edilen bir iç kontrol ekleyin. </li><li> her bir tane boruya lizis tamponu 235 ul (negatif kontrol ya da PBS) örnek 175 ul ekle. üreticinin protokol ile devam edin. Not: Arıtılmış tüm nükleik asit 90 ul burada elüt edilmiştir. </li></ol> 3. Ters transkripsiyon / ön amplifikasyon (pre-amp) NOT: kullanılan tüm reaktifler ve örnekleri tutunher zaman buz üzerine preamplifikatör reaksiyonu. preamp sonra, oda sıcaklığında, tüm reaktifler tutun. <ol><li> elüt DNA ve / veya RNA, PCR reaksiyon karışımı, nükleaz içermeyen su bir negatif kontrol olarak ve pozitif amplifikasyon kontrolü için bir araya getirilmiş standart bir araya getirin. NOT: 48 numuneye kadar kontrolleri de dahil olmak üzere bir amplifikasyon plaka üzerinde çalıştırılabilir (numuneler çekilecek olan her çıkarma plaka için en az bir negatif çıkarma kontrolü içerir). </li><li> Bir örnek haritası çıktı. harita ve örnek düzeni maç olduğunu ikinci bir kişi kontrol var. </li><li> 1.5 ml tüp içinde, preamp ana karışımı hazırlamak için aşağıdaki ekleyin. Not: 14 ul&#39;lik bir nihai hacim burada kullanılmıştır. <ol><li> her bir hedeften önceden karıştırılmış bir primer havuzu ekleme şekilde, her primerin son konsantrasyonu 900 nM&#39;dir. Not: Burada kullanılan havuz 10x konsantrasyonda hazırlanmış ve 1.4 ul reaksiyon başına ilave edildi. </li><li> 600 nM ya da 0.1x nihai konsantrasyona kadar rastgele primerler ekleyin. </li&gt; <li> Nihai hacminin yarısına (7 ul Burada) 2x RT-qPCR karışımı ekleyin. </li><li> hafifçe karıştırın ve aşağı iplik birlikte master miks bileşenleri karıştırın. </li></ol></li><li> levhanın yalnızca (sütunlar 1-6) sol tarafını kullanılarak standart bir 96-çukurlu plaka içinde preamp gerçekleştirin. </li><li> preamp ana karışımı 8.5 ul ve her DNA / RNA örnek 5.5 ul iyi ekleyin. </li><li> Tüm reaktifler (örnekleri, pozitif kontrol ve Ön amfi karışımı ile negatif kontroller) birleştirilmesinden sonra, iyice açık bir yapışkan contası ile standart 96 oyuklu plaka mühür. bisiklete binme sırasında mühür boşlukları oluşmasını önlemek için bir jilet kullanarak herhangi bir aşırı contasını çıkartın. PCR plaka eğiren kullanarak 20 saniye boyunca mühürlü plaka santrifüjleyin. tüm reaktifler plaka kuyuların dibine kombine emin olmak için kontrol edin. </li><li> aşağıdaki koşullar altında bilinen bir ısıl ilgili ön amplifikatör deneyi çalıştırın: 50 ° C&#39;de 15 dakika; 95 ° C&#39;de 1 dakika; 95 ° C, 2 dakika 60 ° C&#39;de 15 saniye 20 döngü; 99.9 &amp; #176; 10 dakika boyunca ° C; 4 ° C&#39;de tutun. Program başlamadan önce, bu koşullar. </li><li> Geleneksel PCR açmak preamp bisiklet programı seçin ve programı başlatın. PCR (değil kapak) alt kısmı ekranda okuma sıcaklığının kontrolü ile cDNA üretimi (50 ° C) için gerekli sıcaklığa ulaştığında sadece PCR 96-plaka koyun. Bundan önce, yalancı pozitif sonuç üretme riskini en aza indirmek için plaka soğuk tutmak. </li><li> preamp çalışma tamamlandıktan sonra, plaka mühürlü kaldı doğrulayın. </li><li> 4.1 adıma hemen geçin. Gece boyunca, bu plaka depolamak yerine gevşek plaka kaplama hariç adım 4.2 ila 4.5 de tarif edildiği gibi seyreltme gerçekleştirmek için, 4 ° C&#39;de depolanan bir fermuar kilidi torba içinde berrak bir yapışkan contası ve yeri, plaka kapatın. </li></ol> Preamp Plate 4. seyreltilmesi <ol><li> fro amplifikasyon plakaların uygun sayıda kaldırdondurucu (4&#39;e kadar tek seferde çalıştırmak olabilir) m. ambalaj açmayın. Plaka, oda sıcaklığında en az 15 dakika ısıtın. plaka seri numarası ve lot numarasını kaydedin. NOT: Açılmamış plakaları 24 saat kadar oda sıcaklığında kalması, ancak en iyi uygulama, önce gerekli fazla 30 dakika daha dondurucudan bu kaldırabilirsiniz. </li><li> PCR plaka eğiren kullanarak 20 sn tamamlanan preamp plaka santrifüj. amplifikasyon makine ve bilgisayarı açın ve ilişkili programı başlatın. </li><li> Bir PCR kurulum alanından tüm gereksiz öğeleri kaldırın. çift ​​eldiven ve kol kapakları koyun. </li><li> preamp plakasından mühür çıkarın ve dikkatlice çıkarın ve dış eldiven atın. Yukarı ve aşağı pipetleme sütun 96 oyuklu preamplifikatör plaka 1-6 ve karıştırma her bir kuyu için TE tamponu 56 ul ekleyerek 5: 1 ile ön-amplifikatör ürünleri seyreltilir. alttan aspire ve daha yukarı dağıtım fakat yaratmak değil, sadece pipet ilk durağı gitkabarcıklar. Kullanılmayan kuyuların ne olursa olsun 6 sütun TE tamponu ekleyin. </li><li> net bir yapıştırıcı veya folyo mühür ya plaka Reseal ve PCR plaka eğiren kullanarak 20 sn için santrifüj. kenara bu plakayı ayarlayın (gevşek kapalı) adım 6.1 tamamlanana kadar. Kalan eldiven ve kol kapakları atın. </li></ol> Amplifikasyon Plate 384-kuyu Transferi 5. Hazırlık <ol><li> kapak, fiş, daldırma sıvısı, plaka basın, etanol fışkırtma şişe ve havsız laboratuvar mendil şırınga: amplifikasyon plakasını kapsayacak ve mühür gerekli malzemeleri ayarlayın. (Kuvvet gerektirir) şırınga kapağını çıkarın ve şırınga üzerine küçük bir plastik ucu kilitleyin. Hava birikintisini temizlemek için kağıt havlu üzerine daldırma sıvısı küçük bir miktar çıkarın (bazı küçük hava kabarcıkları ucunda kalır eğer ok). Vakum mühürlü alüminyum torbasından şırınga çıkarmadan 60 dakika içinde daldırma sıvısı kullanın. bir şırınga açıldığında, daha sonra kullanılmak üzere bir başlık takın değildir. </li><li> Kontrolplaka yükleme sıvı işleyici atık depo boş ve ipuçları kutusunu açmak söyledi. Yeni bir kutu açıldığında uç kutusu kapağının ipuçları son kullanma tarihini yazın ve ipuçları dolmamış olduğundan emin olun. Sıvı işleyici ve bilgisayarı açın ve kendi kendine test gerçekleştirecektir sıvı işleyici yazılımı açın. </li><li> &quot;Kurulum ve Yükleme&quot; tıklayın. Örnek Tracker yazılımı oluşturulan CSV dosyasını seçmek için &quot;Browse&quot; düğmesine tıklayın. Dosya görünmüyorsa, &quot;Enstrüman / Düzenleme Tercihler&quot; gidin ve ardından &quot;Örnek Plaka Dosya Klasör&quot; tarafından &quot;Değiştir&quot; e tıklayın. csv dosyası kaydedilir klasörü seçin. Sonra, sonra &quot;Browse&quot; ve dosyayı seçin, &quot;Kurulum ve Yükleme&quot; seçeneğini tıklatın. </li><li> Sonraki sonraki &quot;Plaka Tutucu Pozisyonu 1&quot; &quot;Gözat&quot; ı tıklayın ve plaka ile aynı seri numarası vardır (üretici tarafından sağlanan) TPF dosyasını seçin. </li></ol> 6. Sıvı Tutucu Transferi Not: fi başlatmak etmeyinYukarıdaki tüm adımları tamamlanıncaya kadar 384-plaka lling. Buharlaşma küçük hacimli bir husustur - 384-plaka içindeki sıvı ile ortaya oturup izin vermeyin. <ol><li> Bir kez tüm yukarıdaki adımların yeni, iyi donatılmış çift eldiven koymak tamamlanmış ve kol kapsar. Daha sonra, 384 oyuklu plaka amplifikasyon ana karışımı 2.5 ul ekle. </li><li> Tablo 2&#39;de haritaya göre 384 plaka seyreltilmiş pre-amp ürünün 2.5 ul transferi ve hemen folyo conta ile sıkıca plaka kapsamaktadır. Dış eldiven ve kol kapakları atın. </li><li> Santrifüj PCR plaka spinner 20 saniye boyunca 384-plaka. </li><li> folyo mühür kaldırmak, ancak sıvı işleyici 384-plaka koymayın. </li><li> Bir kaplı amplifikasyon plakasını içeren paketi açın ve sağdaki seri numarası ile ilk yuvaya sıvı işleyici dikkatlice yerleştirin - yüzey o dokunmadan kenarlarından tutun davayıplaka f. açıklığın bir saat içinde kullanıcıya plakalar kullanılmıştır. Not: Davanın amacı dokundu olmaktan plaka korumak, bu geçiş delikleri içinde astar ve prob küçük miktarlarda rahatsız olabilir çünkü. </li><li> Her şey yerinde olduğunu bir kez sıvı işleyicisi içinde 384-plaka folyo mühür çıkarın. İleri&#39;yi tıklatın ve sonra her adım tamamlandığında tüm onay kutularını. koşmak başlatmak için Tamam&#39;a tıklayın. </li><li> Sıvı işleyici kapağını kapatın ve hemen doldurma işlemini başlatın. Sıvı işleyicisi yanında kalmak ve plaka doldurulur kez hemen bir sonraki adıma geçin. </li><li> Sıvı işleyici çalışırken, bir vaka kapağın altından koruyucu filmi çıkarın. NOT: Olgu kapağının altındaki yapışkan bir bürokrasi ve koruyucu film ile kaplıdır. Film bürokrasiyi erişmek için ilk kaldırılması gerekiyor. <ol><li> Adım 6.15 kadar yerinde üst filmi bırakın. Releas hafifçe çekerek Başbakan bürokrasiyapışkan o e. </li></ol></li><li> Sıvı işleyici yüklenen (dolu) amplifikasyon plakasını çıkarın ve yavaşça sağda seri numarası ile plaka basın yerleştirin. </li><li> (Plaka bakacak) alt sağ ve yapıştırıcı üzerinde girintili ucu ile plaka üzerine kapağını yerleştirin. </li><li> dikkatlice kapatarak plaka pres kolu aşağı çekin; Işık 20 saniye boyunca yanıp söner. Bu süre içinde plaka basın dokunmayın. Işık yeşil renkte sürekli yanar sonra, dikkatlice kolu yukarı kaldırın ve dikkatlice kenarlarda tutarak mühürlü plaka kaldırmak. </li><li> Davanın kenarlarından dikey mühürlü amplifikasyon plakasını tutarken, hemen davanın sonunda yükleme ağzının içine şırınga ucu yerleştirin, daha sonra plaka arasındaki boşluğu doldurmak için bir yumuşak sürekli hareket halinde yavaş yavaş daldırma sıvısı dağıtmak kapak. Plaka batırılır sonra köşede küçük bir hava kabarcığı bırakın. </li><li> h devam ederkenEski plaka dikey kenarlarından, sap kopana kadar yeterli basınç uygulayarak, limana fişini takmadan ve fiş saat yönünde çevirerek yükleme noktasını kapatın. Kavrama durumunda kenarları sıkıca sap kırma gücü durumda bırakmasına neden kalmaması. Bir tabak düştü ise, onu atın. </li><li> Tüy bırakmayan bir o silme iyice etanol ile püskürtülür olmuştur ile davayı temizleyin. davayı kurutmak için, silin temiz ile aşağı doğru silin. Yavaşça davayı ele; kuyular üzerinde camına baskı uygulamak değil emin olun. </li><li> Amplifikasyon makinesine sızdırmaz plaka getirin. &quot;Enstrüman&quot; sekmesi altında, &quot;Enstrüman Konsolu&quot; i seçin. sonra amplifikasyon makineyi seçin &quot;Açık Kapı&quot; butonuna tıklayın. </li><li> adaptörü doğru sol üst köşede A1 ile dizilmiş olduğunu kontrol plaka adaptörünün ilk yuvaya amplifikasyon plaka koyun. Barkodlu plaka yukarı bakacak ve doğru yönlendirmekCihazın ön. &quot;Kapağını kapatın&quot; düğmesine tıklayın. Adaptör tepsisinin kullanımına dikkat edin - 10 kullanımların bir sınırı vardır. </li><li> Ekranın alt kısmındaki Ana Sayfa sekmesinde Çalıştır menüsü altında, OpenArray seçin. &quot;Plaka kimlikleri alın.&quot; Tıklayın Boş kutular otomatik plaka hakkında bilgi ile doldurulur. çalıştırmak başlamak için, &quot;Başlat Çalıştır&quot; a tıklayın. </li><li> Sıvı işleyici yazılımını kapatın ve sıvı tutucu kapatın. ucu raf üzerinde uç kapağı yerleştirin. çöp kutusu ipuçlarını atın ve temizleyin. Temiz ve çalışma yüzeyi, pipet, atık kovası ve ipuçları kutuları da dahil olmak üzere tüm öğeleri dekontamine. </li><li> -20 ° C&#39;de berrak yapışkan mühür ve mağaza ile preamp plakasını kapatın. </li></ol> 7. Sonuç Analizi <ol><li> çalışma tamamlandıktan sonra, dosyayı kaydedin ve sonra dosyayı kapatmak için ekranın altındaki çalışma adıyla sekmesinde &quot;X&quot; üzerine tıklayın. </li><li> &quot;The Open Door tıklayın&quot;Kapıyı açmak için ekranın üst kısmındaki. Hiçbir daldırma sıvısı dışarı sızdırılmış olduğunu kontrol amplifikasyon plakasını sökün. Tıklayın&quot; kapıyı kapatmak için ekranın üst kısmındaki Kapat Door &quot;. </li><li> &quot;Aç&quot; ı tıklayın ve açmak için çalışma dosyasını seçin. Yeşil ekranın sağ üst kısmındaki düğmesine Analiz basın. (.txt Dosyası olarak) sonuçları ihracat daha sonra ekranın sol tarafında ve &quot;Başlat İhracat&quot; konulu &quot;Export&quot; düğmesine tıklayın. o açıldıktan sonra dosyayı en aza indirin. Ardından, &quot;İhracat QC Images&quot; i tıklayın. </li><li> Aşağıdaki kriterlere göre görüntü analiz programı QC görüntüleri gözden: <ol><li> Hiçbir karanlık noktalar veya lekeler olduğunu kontrol ederek, ÖNCESİ READ_CHANNEL_4.tiff ve POST-READ_CHANNEL_4.tiff kullanarak yükleme kalitesini değerlendirmek. NOT: Bu kanal tarafından algılanan bir boya Reaksiyon yüklendiğinde çözelti içine serbest primerler ve problar için imalatçı tarafından ilave edilir. Bu kanal okuma reaksiyonları doğru olduğunu göstermektedirYüklenen ve boya ile karışık primerler ve prob mevcut olduğunu. </li><li> S02_C001_t03_p001_m1_x2_e1_cp # _spotfind.tiff kullanarak yükleme sonrasında plaka sızıntı veya ajitasyon kontrol edin. görüntü karanlık görünüyorsa, parlaklık (Ctrl + Shift + kontrolleri açmak için C) tüm plaka görülene kadar artar. Görüntü yok gölgeler, kabarcıklar, ya da yerinden numuneler ile formasını görünüyor olmadığını kontrol edin. </li><li> STAGE2_CYCLE1_CHANNEL_1.tiff ve STAGE2_CYCLE40_CHANNEL_1.tiff kullanarak kapak (parlak noktalar) altında kapak yerleştirme ve enkaz değerlendirin. </li></ol></li><li> İsteğe bağlı: Sonuçlar makro (Company kod dosyası) içeren bir tabloyu açın. Dışa aktarılan veri dosyasında, ekranın sağ alt kısmında sekmesine tıklayın ve &quot;Taşı veya Kopyala&quot; yı seçin. &quot;Kitaba&quot; alanında, &quot;Macro.xlsm Sonuçları&quot; seçeneğini seçin. Tıklayın ve kutu &quot;kopyasını oluşturun&quot; kontrol &quot;sonuna kadar taşı&quot;. Ardından, Tamam&#39;ı tıklayın. <ol><li> Sonuçlar Makro seçeneği &quot;kitap&quot; alanında görünmüyorsa, simkat Dışa aktarılan veri dosyasının çalışma sayfasının içeriğini kopyalamak (tüm hücreleri vurgulamak için sol üst hücreye tıklayın ve Ctrl-C) ve yeni bir sekmede yapıştırın. </li></ol></li><li> Eski &quot;İhracat&quot; sekmesine silin ve ardından &quot;Export&quot; olarak yeni eklenen sekme yeniden adlandırın. </li><li> &quot;Alt-F8&quot; Click (veya makrolar Görünüm tıklayın) sonra &quot;Makro&quot; seçin ve &quot;Çalıştır&quot; a tıklayın. Ardından &quot;Alt-F8&quot; sonra &quot;Macro2&quot; seçerek ve &quot;Çalıştır&quot; tıklayarak tıklayarak Macro2 için bu tekrarlayın. </li><li> ilgili bilgileri (tarih ve seri numarası) kullanarak Sonuçları Makro dosyasını yeniden adlandırın, tablonun üzerindeki bu bilgileri koymak ve İhraç Sonuçları klasörüne aynı dosya adıyla kaydedin. Son olarak, makro oluşturulan sonuçlar tablo çıktı. </li><li> amplifikasyon makine yazılımında, ekranın sol tarafındaki Analizi / Büyütme Plot seçerek makro tabloya karşı her numune ve kontrol için eğrileri kontrol edin. Sonra, Örnek sekmesini seçin ve her bir numune üzerine tıklayınTabloda olumlu sonuçlar her biri için 2 veya 3 pozitif amplifikasyon eğrileri vardır emin olun. </li><li> amplifikasyon Makineyi kapatın. </li></ol>

<ol>
	<li>Kalinina, O., Lebedeva, I., Brown, J., Silver, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nanoliter+scale+PCR+with+TaqMan+detection.">Nanoliter scale PCR with TaqMan detection.</a> Nucleic Acids Res. 25 (10), 1999-2004 (1997).</li><li>Morrison, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nanoliter+high+throughput+quantitative+PCR.">Nanoliter high throughput quantitative PCR.</a> Nucleic Acids Res. 34 (18), e123 (2006).</li><li>Bustin, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+mRNA+using+real-time+reverse+transcription+PCR+(RT-PCR):+trends+and+problems.">Quantification of mRNA using real-time reverse transcription PCR (RT-PCR): trends and problems.</a> J Mol Endocrinol. 29 (1), 23-39 (2002).</li><li>McCall, M. N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+benchmark+for+microRNA+quantification+algorithms+using+the+OpenArray+platform.">A benchmark for microRNA quantification algorithms using the OpenArray platform.</a> BMC bioinformatics. 17 (1), 138 (2016).</li><li>Pozzi, A., Previtali, C., Cenadelli, S., Gandini, L., Galli, A., Bongioni, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+traceability+of+cattle+using+an+OpenArray+genotyping+platform.">Genetic traceability of cattle using an OpenArray genotyping platform.</a> Anim Genet. 47 (1), 133-134 (2016).</li><li>Grigorenko, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplex+screening+for+blood-borne+viral,+bacterial,+and+protozoan+parasites+using+an+OpenArray+platform.">Multiplex screening for blood-borne viral, bacterial, and protozoan parasites using an OpenArray platform.</a> J Mol Diagn. 16 (1), 136-144 (2014).</li><li>Shu, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+and+performance+of+the+CDC+real-time+reverse+transcriptase+PCR+swine+flu+panel+for+detection+of+2009+A+(H1N1)+pandemic+influenza+virus.">Design and performance of the CDC real-time reverse transcriptase PCR swine flu panel for detection of 2009 A (H1N1) pandemic influenza virus.</a> J Clin Microbiol. 49 (7), 2614-2619 (2011).</li><li>Elia, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+equine+herpesvirus+type+1+by+real+time+PCR.">Detection of equine herpesvirus type 1 by real time PCR.</a> J Virol Methods. 133 (1), 70-75 (2006).</li><li>Dreier, J., St&#246;rmer, M., Kleesiek, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+Bacteriophage+MS2+as+an+Internal+Control+in+Viral+Reverse+Transcription-PCR+Assays.">Use of Bacteriophage MS2 as an Internal Control in Viral Reverse Transcription-PCR Assays.</a> J Clin Microbiol. 43 (9), 4551-4557 (2005).</li><li>Pusterla, N., Hussey, G. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Equine+Herpesvirus+1+Myeloencephalopathy.">Equine Herpesvirus 1 Myeloencephalopathy.</a> Vet Clin North Am Equine Pract. 30 (3), 489-506 (2014).</li><li>Firth, C., Lipkin, W. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genomics+of+emerging+pathogens.">The genomics of emerging pathogens.</a> Annu Rev Genomics Hum Genet. 14, 281-300 (2013).</li><li>Lecuit, M., Eloit, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+potential+of+whole+genome+NGS+for+infectious+disease+diagnosis.">The potential of whole genome NGS for infectious disease diagnosis.</a> Expert Rev Mol Diagn. 15 (12), 1517-1519 (2015).</li><li>Dunne, G., Gurfield, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Local+Veterinary+Diagnostic+Laboratory,+a+Model+for+the+One+Health+Initiative.">Local Veterinary Diagnostic Laboratory, a Model for the One Health Initiative.</a> Vet Clin North Am Small Anim Pract. 39 (2), 373-384 (2009).</li><li>Moutailler, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Co-infection+of+Ticks:+The+Rule+Rather+Than+the+Exception.">Co-infection of Ticks: The Rule Rather Than the Exception.</a> PLOS Negl Trop Dis. 10 (3), e0004539 (2016).</li></ol>

Marcia Slater ve Elen Ortenberg bu yazıda kullanılan reaktifler ve aletleri üreten Thermo Fisher Scientific Inc. çalışanlarıdır.

Bu prosedür, altı aylık (hafta 2-3 kez) boyunca laboratuarda solunum patojenlerinin rutin test için kullanılmıştır. Biz de bir ayrı özelleştirilmiş plaka üzerinde dışkı örnekleri ve bakteriyel izolatların enterik patojen profil için aynı prosedürü kullanarak başarıya sahiptir. Plakalar elde edildikten sonra, deneyimli kadrosu bir standart iş günü içinde 2-7 adımları tamamlayın. en kritik adımlar preamp plakasının uygun sızdırmazlık, (buharlaşmayı önlemek için hızla yapılmalıdır) plakalar arasında preamplified örneklerin transferi ve amplifikasyon plakasının son kaplama vardır. büyük ölçüde bu işlem için gereken süre ve evrak miktarı azalır olarak sonuç analizi (numune ve kontroller için eğrileri kontrol) için bir rehber olarak makro-tablonun kullanımı da eleştirdi. sağlanan makro tablo bir örnektir; farklı konfigürasyonları ile plakaları için değiştirilmiş veya yeniden oluşturulmuş olması gerekir. Bu kolayca pe olabilirtemel tablo bilgisi olan birisi tarafından rformed. Nedeniyle amplifikasyon plakasına (33 nl) üzerine yüklendi numunenin çok küçük bir miktarı ile, ön amplifikasyon gerekir. Bu protokol (gösterilmemiştir) optimizasyonunda, önceden amplifikasyon ana karışımı, rastgele primerler ilavesi döngüsü sayısı, tavlama süresi ve seyreltme içeren amplifikasyon bir dizi parametre karşılaştırıldı. Her hedef, kendi optimal koşulları vardı ve burada tarif edilen bizim panelin algılama genel klasmanda en iyi sınırını vermiştir o temsil etmektedir. Bu panel patojenik hedefler ve rutin veteriner teşhis testleri karşılaşılan örnek türleri geniş bir yelpazesini kapsayan, ancak amplifikasyon prosedürlerine değişiklikler farklı panelleri için gerekli olabilir. Üretici optimize edilmiş amplifikasyon koşulları 95 ° C ve ann denatürasyon, ardından 95 ° C enzim aktivasyonu bir 10 dakika ile standart prob-tabanlı gerçek zamanlı PCR protokolü dayanmaktadır60 ° C&#39;de Ealing / uzatma. primerleri ve sondaları önceden basılmış aynı zamanda üretici optimize koşulları kullanarak ve bu nedenle titrasyonu gerekmez plakalar üzerinde bulunmaktadır. (Ne olursa olsun hedef Çeşidi) tüm örnekler için ters transkripsiyon ve ön amplifikasyon adımlarını birleştirerek iş akışı verimliliğini sağlamak için gerekliydi. Tüm örnekler, ters transkribe olması da duyarlılığı maksimize etmek için faydalıdır. Ayrıca, en aza indirilmesi inhibitörleri için optimize edilmiştir preamp için bir ana karışımı kullanılması, aynı plaka üzerinde farklı numune türleri birleştirerek çok yönlülük sağlar. Hastalık Kontrol Merkezi (CDC) nanolitre ölçekli reaksiyonlar için Shu ve diğ. 7 tarafından tarif uyarlanmış grip matris deneyi için Merkezi evrensel influenza insanlar ve eşlik eden hayvanlar test örnekleri için uygun olan bir deneydir. Bu mikrolitre ölçekli rea kullanarak tüm influenza A virüsleri matris geninin evrensel tespiti için dizayn edilmiştirseksiyonlar. Bir CDC İnsan Gribi Virüsü Paneli ve CDC Domuz Gribi Panel parçası olarak tüm dünyada kullanılmaktadır. Burada uyarlanmış EHV- 1 tahlil 8 kürtaj ve nörolojik hastalığı (Pusterla ve Hussey 10 tarafından gözden) neden olabilir atların önemli bir solunum patojeni algılar. Bir türün bağımsız iç kontrol ile yüksek verimli bir platforma, bu testler adapte önemi bir OneHealth gözetim yaklaşım dahil edilebilmesidir. yüksek verimli bir test platformu bu tahlillerin her ikisine birden sahip klinik tesisleri, barınaklar ve performans etkinlikleri için acil durum hazırlık kolaylaştıracaktır. Yukarıda tarif edilen sonuçlar, analitik performansı önemli ölçüde daha fazla varyasyon gösterdi Mycoplasma cynos hariç, plaka üzerinde, tüm hedeflerin temsil etmektedir. Bu durum, ideal bir 58-60 ve olmalıdır primerlerin optimal erime sıcaklığına (Tm), muhtemel olduğunu# 176; C (ideal bir prob Tm 68-70 ° C). Bu platformun bir sınırlama hızla dizileri değiştirme yeteneği sınırlar bireysel sondalar, sipariş için daha plakaları tasarımı ve üretimi için daha uzun sürer olmasıdır. Genel olarak real-time PCR başka sınırlama roman veya beklenmeyen patojenleri algılamak için yetersizliğidir. Bu, birden fazla türde sekansları ile örtüşmek tahlilleri tasarlayarak bir ölçüde üstesinden, ancak tarafsız tüm genom sekanslama göre yöntemler, yeni maddelerin keşfedilmesi için daha uygundur. 11,12 Nano ölçekli real-time PCR için yeni bir paradigma izin veren sendromu tabanlı yüksek verimli moleküler tanı reaktif ve işçilik maliyetlerini azaltmak için yararlıdır türler tabanlı test, yerine. Bu yaklaşım büyük ölçekli panel test örneğin Dunne ve Gurfield 13 ve Moutailler ve ark., 14 tarafından tarif edilenler gibi OneHealth kontrol çabalarını kolaylaştırabilir. Erken sürüntü örneklerinin toplanması,genellikle klinik başlangıcından 3 gün içinde, solunum patojenlerin varlığı tanımlamak için en iyi şansı sağlar. Bulaşıcı hastalığın ortaya çıkması, genellikle öngörülemeyen ve reaktifler modifikasyonu için gerek kalmadan farklı türleri üzerinde yapılabilir testler hazırlık için idealdir. Bu teknolojinin gelecekte uygulamaları patotiplendirme, antimikrobiyal direnç profilleme ve ayrıca sendrom dayalı klinik tanı panellerde olması muhtemeldir. Nano ölçekli real-time PCR çoklu örnek ve patojen türleri hızlı, yüksek verimli tarama için en yararlı olan, yeni ve acil patojenleri belirlemek için tarafsız veya kısmen önyargılı sıralama temelli yaklaşımlar ile tamamlanmaktadır olacaktır.

Tek bir hastalık için test edilen örneklerin büyük sayılar için kullanılan sürece insanlar ve hayvanlar için klinik teşhis birden ajanların hızlı ve kapsamlı tespiti için talebin, patojen tespiti için tek organizma moleküler tanı yöntemleri külfetli bulunmaktadır. Veteriner bağlamda, yüksek verimli teşhis yöntemleri nedeniyle türlerin çeşitli patojenleri kapsayan ek ihtiyaca özellikle önemlidir. bakteri sayısını içerir test ihtiyaçları örnekleridir OneHealth gıda kaynaklı hastalığın tedavisi ve ortaya çıkan bir patojen gözetim yaklaşımlar, virüsler (DNA ya da RNA bazlı), parazit ve mantar. test verimliliğini artırmak amacıyla birlikte birden fazla analitlerin (çoğullama) testleri birleştirerek meydan duyarlılık olası bir kayıp ve optimizasyon ve tahliller onaylanması için büyük bir yüktür. Nanoliter ölçekli gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) bir alter olduğunubirçok ayrı reaksiyonlar aynı örnek 1 üzerinde aynı anda çalışmasına olanak sağlayan çoğullama uygulamasına yerli. OpenArray platformu bu ilkenin 2 bir uygulamadır; gerçek zamanlı PCR ile mikroarray teknolojisini birleştiriyor. mekansal çoğullama kavramına göre, her örnekten geçiş delikleri farklı hedeflerin çok sayıda test edilir. Bu platform, başlangıçta cyanine tabanlı çift sarmallı DNA bağlayıcı kimya 2 ile kullanılabilir ve karanlık söndürme sondalar 3 kullanılarak prob tabanlı kimya için kullanılabilir oldu. Bu platform, esas olarak, insanlarda ve hayvanlarda 4 5 genetik profil oluşturma için kullanılmıştır. Bu en son Grigorenko ve diğerleri tarafından kan yoluyla DNA ve RNA patojenleri tespit etmek için adapte edilmiştir. Şekil 6, iki aşamalı bir ters transkripsiyon / ön amplifikasyon (pre-amp) prosedürü kullanılarak. Bu, solunum sn patojen her iki tip tespit için tek aşamalı bir preamplifikatör tabanlı bir prosedür tarifretions ve standart bir iş günü tamamen gerçekleştirilebilir diğer numune türleri çeşitli. tek-aşamalı preamplifikatörün tamamlanmasından sonra, numuneler bu nano PCR platform ile birlikte otomatik bir sıvı taşıma sistemi tarafından kabul biçimi olan bir 384 gözlü plakaya aktarılır. Sistem aynı anda en fazla 4 plakaları (192 numuneleri ve kontrolleri) yüzeyi boyunca ana karışımı ve örnek çizer. Bu yükleme işlemi takiben, numuneler yükseltilir ve basılan tek bir sayfaya sığan bir tablodaki her numune / hedef kombinasyonu için 3 teknik çoğaltır ortalamasını özetleyen bir makro tablo kullanarak nasıl analiz edildiği açıklanmaktadır. Bu platformu kullanarak örneklerinden çıkarılan DNA ve / veya RNA analiz etmek için bir tek tip bir yöntem kurulmuştur. numune çok çeşitli ekstre ters transkribe ve olası hataları en aza indirmek, 96 oyuklu bir formatta önceden amplifiye edilmiştir. Test Solunum örnekleri nazal bezlerden, derin farengeal bezlerden dahil,Trans-trakeal yıkar, bronkoalveoler lavaj ve akciğer dokusu. Ayrıca, periferal kan ya da dışkıların mevcut olabilir test maddelerinin bazıları için, biz prosedürü Alınan numunelerin bu tür dahil. Bu aerodinamik iş akışı bireysel test yerine panel tabanlı patojen ve toksin geni tespiti yoluyla verimli test sağlayarak birden fazla plakalar deneyler çalışan kıyasla zaman ve kaynak tasarrufu sağlar. Burada gösterilen solunum paneli 18 deneyleri her plaka başına 48 numuneye kadar uzlaşmacı,-deliklerden üç nüsha olarak basılan vardı. Tespit at patojenler at adenovirüs 1 ve 2, at arterit virüsü, at rinit virüsü A ve B, at herpes virüsü (EHV) tip 1 ve tip 4 ve Streptococcus equi dahildir. Köpek patojenler köpek solunum koronavirüsünün (betacoronavirus), köpek distemper virüsü, Kanin adenovirüs, Kanin parainfluenza virüsü, köpek Pneumovirus, Bordetella bronchiseptica, ve Mycoplasma cynos dahildir. birEvrensel İnfluenza A tahlil ve iç kontrol (MS2 RNA faj) da dahil edildi.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="751">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="31">
			<td height="31" style="height:31px;width:227px;">Zap-OGlobin II lytic reagent</td>
			<td style="width:239px;">Beckman Coulter</td>
			<td style="width:119px;">7546138</td>
			<td style="width:167px;">Optional reagent for preparing blood samples.</td>
		</tr>
		<tr height="44">
			<td height="44" style="height:45px;width:227px;">Extraction kit (MagMAX Total Nucleic Acid Isolation Kit)</td>
			<td style="width:239px;">Thermo-Fisher/Applied Biosystems</td>
			<td style="width:119px;">AM1840</td>
			<td>Other extraction kits appropriate for the desired sample types may be substituted. This kit comes with PBS, lysis buffer, and wash buffer.</td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:42px;width:227px;">2X One-Step RT-qPCR mix (qScript XLT One-Step RT-qPCR ToughMix )</td>
			<td style="width:239px;">Quanta Biosciences</td>
			<td style="width:119px;">95134-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:227px;">Gene-specific primer pool</td>
			<td style="width:239px;">IDT</td>
			<td style="width:119px;">custom order</td>
			<td>Can be generated by the user or purchased with the amplification plates.</td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:227px;">Random primer mix</td>
			<td style="width:239px;">New England Biolabs</td>
			<td style="width:119px;">S1330S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="24">
			<td height="24" style="height:25px;width:227px;">Standard 96-well plate</td>
			<td style="width:239px;">Thermo-Fisher/Applied Biosystems</td>
			<td style="width:119px;">N8010560</td>
			<td>This can be any plate that fits into the conventional PCR machine used.</td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:41px;width:227px;">Amplification master mix (OpenArray master mix)</td>
			<td style="width:239px;">Thermo-Fisher/Applied Biosystems</td>
			<td style="width:119px;">4462164</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:227px;">Clear adhesive seal</td>
			<td style="width:239px;">Thermo-Fisher</td>
			<td style="width:119px;">430611</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:227px;">Foil seal</td>
			<td style="width:239px;">Excel Scientific</td>
			<td style="width:119px;">AF-100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="27">
			<td height="27" style="height:27px;width:227px;">384-well plate</td>
			<td style="width:239px;">Thermo-Fisher/Applied Biosystems</td>
			<td style="width:119px;">4406947</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="46">
			<td height="46" style="height:47px;width:227px;">Amplification plate (QuantStudio 12K Flex OpenArray plate)</td>
			<td style="width:239px;">Thermo-Fisher/Applied Biosystems</td>
			<td style="width:119px;">4470813</td>
			<td>Can be customized with any assays conforming to standard TaqMan conditions.&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="29">
			<td height="29" style="height:30px;width:227px;">Accessories kit</td>
			<td style="width:239px;">Thermo-Fisher/Applied Biosystems</td>
			<td style="width:119px;">4469576</td>
			<td>Contains the case lids, plugs, and immersion fluid.</td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:26px;width:227px;">AccuFill tips</td>
			<td style="width:239px;">Thermo-Fisher/Applied Biosystems</td>
			<td style="width:119px;">4457246</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:227px;">Amplification machine (QuantStudio 12K Flex Real-Time PCR System)</td>
			<td style="width:239px;">Thermo-Fisher/Applied Biosystems</td>
			<td style="width:119px;">4471090</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:42px;width:227px;">Liquid handler (OpenArray AccuFill System)</td>
			<td style="width:239px;">Thermo-Fisher/Applied Biosystems</td>
			<td style="width:119px;">4457243</td>
			<td>This is purchased with the amplification machine.</td>
		</tr>
		<tr height="36">
			<td height="36" style="height:37px;width:227px;">Primer design software (Primer Express)</td>
			<td style="width:239px;">Thermo-Fisher/Applied Biosystems</td>
			<td style="width:119px;">4363991</td>
			<td>See manufacturer&#39;s instructions for detailed primer and probe specifications.</td>
		</tr>
		<tr height="28">
			<td height="28" style="height:29px;width:227px;">Image analysis program (ImageJ)</td>
			<td style="width:239px;">NIH</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Available at http://imagej.nih.gov/ij/</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:227px;">Spreadsheet program (Excel)</td>
			<td style="width:239px;">Microsoft</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>Available at https://products.office.com/en-us/excel</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:227px;">PCR plate spinner</td>
			<td style="width:239px;">VWR</td>
			<td style="width:119px;">89184-608</td>
			<td>This device has only one speed (2500 rpm); the rotor starts when the lid is closed and stops when the button is pushed.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:227px;">TE buffer</td>
			<td style="width:239px;">Millipore</td>
			<td style="width:119px;">8890-100ML</td>
			<td>10mM Tris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride, 1mM Ethylenediaminetetraacetic acid, pH 8.0</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:227px;">DMEM</td>
			<td style="width:239px;">Thermo-Fisher/Gibco</td>
			<td style="width:119px;">11965-092</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:227px;">Tissue disruptor (TissueLyser II)</td>
			<td style="width:239px;">Qiagen</td>
			<td style="width:119px;">85300</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:42px;width:227px;">Conventional thermal cycler (Veriti)</td>
			<td style="width:239px;">Thermo-Fisher/Applied Biosystems</td>
			<td style="width:119px;">4375786</td>
			<td>Any conventional thermal cycler with a heated lid can be used.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-throughput detection of respiratory pathogens in animal specimens by nanoscale pcr

Nanoliter ölçekli real-time PCR birden deneyleri birbirine tepkileri birleştiren tipik dezavantajları olmadan tek plaka üzerinde paralel çalışmasına izin vermek için mekansal çoğullama kullanır. Biz tasarlanmış ve hızla akut solunum yolu hastalığı olan köpek ve atlarda yaygın bir hastalıktır ajanların varlığını belirlemek için bu ilkeye dayanan bir panel değerlendirdi. Bu yazıda mikrolitre ölçekli reaksiyonlar farklı prosedürler odaklanarak, örnek hazırlama, yükseltme ve hedef patojen dizilerin analizi için bir nano ölçekli teşhissel PCR akışını tarif eder. sunulan solunum panelinde, 18 deneyleri her plaka başına 48 numuneye kapasiteli, üç nüsha olarak kuruldu. Evrensel bir ekstre ve ön amplifikasyon akışı çok matrisler ve DNA ve RNA göre patojenleri karşılamak için yüksek verimli örneği hazırlanması için optimize edilmiştir. Temsilcisi veri bir RNA hedefinin (influenza A matrisi) ve bir DNA hedefe (at herpes virüsü sunulmuştur1). hızlı ve doğru patojen kapsamlı, sendrom tabanlı grup için test etme yeteneği verimlilik ve tanısal testlerin ergonomisini geliştirmek için ve akut solunum hastalığı tanı ve tedavisi için değerli bir araçtır.

Sonuçlar pozitif kontroller rutin tanı testleri için sunulan klinik numuneler bir kombinasyonu ile temsil eden bir RNA deneyi (grip matris) ve DNA deneyi (EHV-1), Şekil 1 ve 2&#39;de gösterilmiştir. Bu tipik reaksiyon boyunca yayılan floresan sinyalleri döngüsü başına ham floresans değerlerini grafik olarak gösteren Şekil 1 &#39;de gösterilmiştir. Tüm göreli döngü eşiği (Ct) değerleri otomatik olarak büyütme makine yazılımı tarafından üretildi. Arkaplan floresan Ct değerlerini hesaplamak önce floresan okumaları içine dahil ziyade yükleme kalitesinin değerlendirilmesi için ayrı bir ölçüt olarak kullanılmıştır. Her hedef için tespit analitik sınırı (LOD) hesaplandı kontrollerin bir havuz için Ct% 95 algılama düzeyinde değerler artı 2 standart sapma genel ortalama dayalıTüm hedefler. replika en az% 95 Örnek deneyleri için pozitif en yüksek dilüsyon 50 kopya vardı; 5 kopya algılama çoğaltır% 50 başarılı oldu. Ne tahlil aşağıda bir kopya tespit edildi. RNA ve DNA testi için LODs 21.92 ve 20.05 Ct değerleri hesaplandı. Bu değerler şüpheli vs olarak pozitif (potansiyel olarak değil tekrarlanabilir) raporlama değerleri için sınır değerler olarak kabul edildi. Hedeflerin Analitik performans diğer yönleri, üç farklı günde (Şekil 2) üzerinde çalışan bir araya getirilmiş pozitif kontrol seri dilüsyonları kullanılarak değerlendirildi. temsili RNA ve DNA testlerinin ortalama verimleri 101.1 ve% 106.6,% idi; Tüm hedefler için, ortalama etkinlik 101.3% idi. Deneyleri de iyi doğrusallık (&gt; 0.98 R2) vardı. çoğaltmak içinde Varyasyon geçiş delikleri genellikle hem klinik örnekler için 0.2 standart sapmaları içinde olan bird kontroller. hedefleri arasında hiçbir çapraz reaktivite gözlemlenmedi. ek dosyada Final Sonuçları çalışma 10 klinik tanı örnekleri ve 4 denetimler için temsili nicel sonuçlarını gösterir. Klinik örnekler örneklerin türlerinin bir alt rutin burun / orofaringeal bezlerden, akciğer dokusu ve dışkı örneklerinin de dahil olmak üzere test edilmiştir. Bu sette biri (at) fekal örnek numunede inhibitörlerinin varlığını gösterir başarısız bir MS2 iç kontrol, gösterir. Bu, tipik olarak elüt numune ve / veya yeniden ekstre seyreltilmesiyle yönetilmektedir. Burada olduğu gibi, negatif amplifikasyon kontrolü tüm hedefler için negatif olmalıdır ve negatif çıkarma kontrolü sadece iç kontrol içermelidir. Klinik setinde numuneler betacoronavirus, Bordetella bronchiseptica&#39;dan, köpek distemper virüsü A, Kanin parainfluenza virüsü, köpek Pneumovirus ve grip için Ct değerleri ürettiA. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/54781/54781fig1.jpg" /> Şekil 1. amplifikasyon çizimini. Fluoresans ölçümleri RNA deneyi (A) ve DNA deneyi (B) amplifikasyon döngüsü karşı çizilmiştir. Üçgenler Ct değerleri gösteren gösterilmiştir edilir. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54781/54781fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="şekil 2" src="/files/ftp_upload/54781/54781figure2.jpg" /> Şekil 2. standart eğriler. Üç farklı günlerde test RNA ve DNA deneyi Standart eğriler pozitif kontroller kullanan amplifikasyon doğrusallık ve ortaya koymak amacıyla çizilmiştir. Döngü eşiği (Ct) değerleri RNA (A) ya da DNA kopya sayısı log (10) (karşı çizilmiştir <strong&gt; B) standart. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54781/54781fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="tablo 1" src="/files/ftp_upload/54781/54781table1.jpg" /> Amplifikasyon plakası ve hedef nokta Tablo 1. şematik. Bu platform üzerinde nano ölçekli gerçek-zamanlı PCR testleri için kullanılan tabaklar mikroskop lamı boyutlu ve delik 3.072 bir toplam, geçiş delikleri 64, 48 altdizilimlerden düzenlenir Belirli tepkimelerde. Bir altdizilim üçlü olarak 18 hedeflerle, burada gösterilir. Her bir numune, sıvı tutucu yolu ile, bir alt dizisinde eklenir. Plakalar yüzey gerilimi vasıtasıyla geçiş delikleri reaktifleri korumak için, hidrofilik ve hidrofobik bileşikler ile kaplanır. Paslanmaz çelik çip &quot;photolithographically desenli ve 3.072 mikro makinede, 320 um Diamete bir doğrusal dizi oluşturmak için ıslak-kazınmış. aşağıdaki gibi r hedefler için 33 nl her &quot;2 Kısaltmalar delikleri vardır: BCOR, köpek solunum coronavirüs (betacoronavirus); Bord, Bordetella bronchiseptica CAV, köpek adenovirüs, CPIV, köpek parainfluenza virüsü, CPNv, köpek Pneumovirus; Dista / B, köpek distemper virüsü A ve B; EADV1 / 2, at adenovirüs 1/2, EAV, at arterit virüsü; EHV1 / 4, at herpes virüs tip 1/4; ERVA / B, at rinit virüsü A / B; IVM, influenza A matris; MCYNOS, Mycoplasma cynos; MS2, iç kontrol (MS2 RNA faj); dizisine, Streptococcus equi. <img alt="Tablo 2" src="/files/ftp_upload/54781/54781table2.jpg" /> Tablo 2. Plaka transferi haritası. 384-plaka 96-kuyu preamp plaka aktarmak için sabit 8-kanallı pipet kullanarak bir renk kodlu plaka transfer haritası gösterilir. Alternatif olarak, ayarlanabilir bir pipet kullanılabilir. Aynı prosedür, h bağımsız olarak, her zaman gerçekleştirilmektedir<html> ow birçok örnekleri plaka bulunmaktadır. <img alt="Company Dosya" src="/files/ftp_upload/54781/54781sup.jpg" /> Company dosyası. Özet tabloya biçimlendirme sonuçları için iki makro içeren bir makro etkin tablo dosyası (protokol açıklandığı gibi) sağlanır. makroları tarafından oluşturulan tipik bir sonuç tablosu (Final Sonuçları altında) dosyası yer almaktadır. İki makro örnek adları ilk sütunda (48 örneğe kadar) ve olumlu sonuçlar olanlar için her hedef için üç Ct değerleri ortalama dolduracaktır; yükseltmek vermedi hedefler bu tabloda boş göründüğüne dikkat edin. Bu kolay bir kağıt parçası üzerine basılmış ve verimli bir ham veri kontrol için bir referans olarak kullanılabilir. nihai sonuçlar sekmesinde, 10 klinik örneklerden ve 4 kontroller için temsili sonuçlar gösterilmiştir. Tahlil isimleri için kısaltmalar Tablo 1&#39;de efsanesi listelenmiştir.www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54781/supplemental_code_file_R1.xlsm &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; Bu dosyayı indirmek için tıklayınız.

Watch this Scientific Journal Video about High-throughput Detection of Respiratory Pathogens in Animal Specimens by Nanoscale PCR at JoVE.com

High-throughput Detection of Respiratory Pathogens in Animal Specimens by Nanoscale PCR

Nano ölçekli PCR ile DNA ve RNA bazlı patojenlerin yüksek verimlilik testi bir sendromik köpek ve at solunum PCR panelini kullanarak tarif edilir.

Nano PCR ile Hayvan Örnekler Solunum Patojenler yüksek verimlilik Algılama

Nanoliter scale real-time PCR uses spatial multiplexing to allow multiple assays to be run in parallel on a single plate without the typical drawbacks of ...

high-throughput-detection-respiratory-pathogens-animal-specimens

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

11.9K Görüntüleme.  Cornell University Animal Health Diagnostic Center.  Nano ölçekli PCR ile DNA ve RNA bazlı patojenlerin yüksek verimlilik testi bir sendromik köpek ve at solunum PCR panelini kullanarak tarif edilir. 

Video: High-throughput Detection of Respiratory Pathogens in Animal Specimens by Nanoscale PCR

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

This protocol describes a simple approach for adhesive-tape-based sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by on-tape fluorescence in situ hybridization (FISH) for rapid culture-independent detection of Salmonella spp. Cell-charged tapes can also be placed face-down on selective agar for solid-phase enrichment prior to detection. Alternatively, low-volume liquid enrichments (liquid surface miniculture) can be performed on the surface of the tape in non-selective broth, followed by FISH and analysis via flow cytometry. To begin, sterile adhesive tape is brought into contact with fresh produce, gentle pressure is applied, and the tape is removed, physically extracting microbes present on these surfaces. Tapes are mounted sticky-side up onto glass microscope slides and the sampled cells are fixed with 10% formalin (30 min) and dehydrated using a graded ethanol series (50, 80, and 95%; 3 min each concentration). Next, cell-charged tapes are spotted with buffer containing a Salmonella-targeted DNA probe cocktail and hybridized for 15 - 30 min at 55&deg;C, followed by a brief rinse in a washing buffer to remove unbound probe. Adherent, FISH-labeled cells are then counterstained with the DNA dye 4',6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) and results are viewed using fluorescence microscopy. For solid-phase enrichment, cell-charged tapes are placed face-down on a suitable selective agar surface and incubated to allow in situ growth of Salmonella microcolonies, followed by FISH and microscopy as described above. For liquid surface miniculture, cell-charged tapes are placed sticky side up and a silicone perfusion chamber is applied so that the tape and microscope slide form the bottom of a water-tight chamber into which a small volume (&le; 500 &mu;L) of Trypticase Soy Broth (TSB) is introduced. The inlet ports are sealed and the chambers are incubated at 35 - 37&deg;C, allowing growth-based amplification of tape-extracted microbes. Following incubation, inlet ports are unsealed, cells are detached and mixed with vigorous back and forth pipetting, harvested via centrifugation and fixed in 10% neutral buffered formalin. Finally, samples are hybridized and examined via flow cytometry to reveal the presence of Salmonella spp. As described here, our "tape-FISH" approach can provide simple and rapid sampling and detection of Salmonella on tomato surfaces. We have also used this approach for sampling other types of fresh produce, including spinach and jalape&ntilde;o peppers.

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

This protocol describes a simple adhesive-tape-based approach for sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by rapid whole cell detection of Salmonella using fluorescence in situ hybridization (FISH).

Yapışkan bant tabanlı Örnekleme ve Floresans kombinasyonu In situ</emHızlı Algılama> Hibridizasyon Salmonella Taze üretin

This protocol describes a simple approach for adhesive-tape-based sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by on-tape fluorescence in ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

'Bioluminescent' Reporter Phage for the Detection of Category A Bacterial Pathogens

Yersinia pestis and Bacillus anthracis are Category A bacterial pathogens that are the causative agents of the plague and anthrax, respectively 1. Although the natural occurrence of both diseases&#39; is now relatively rare, the possibility of terrorist groups using these pathogens as a bioweapon is real. Because of the disease&#39;s inherent communicability, rapid clinical course, and high mortality rate, it is critical that an outbreak be detected quickly. Therefore methodologies that provide rapid detection and diagnosis are essential to ensure immediate implementation of public health measures and activation of crisis management.
Recombinant reporter phage may provide a rapid and specific approach for the detection of Y. pestis and B. anthracis. The Centers for Disease Control and Prevention currently use the classical phage lysis assays for the confirmed identification of these bacterial pathogens 2-4. These assays take advantage of naturally occurring phage which are specific and lytic for their bacterial hosts. After overnight growth of the cultivated bacterium in the presence of the specific phage, the formation of plaques (bacterial lysis) provides a positive identification of the bacterial target. Although these assays are robust, they suffer from three shortcomings: 1) they are laboratory based; 2) they require bacterial isolation and cultivation from the suspected sample, and 3) they take 24-36 h to complete. To address these issues, recombinant &#34;light-tagged&#34; reporter phage were genetically engineered by integrating the Vibrio harveyi luxAB genes into the genome of Y. pestis and B. anthracis specific phage 5-8. The resulting luxAB reporter phage were able to detect their specific target by rapidly (within minutes) and sensitively conferring a bioluminescent phenotype to recipient cells. Importantly, detection was obtained either with cultivated recipient cells or with mock-infected clinical specimens 7.
For demonstration purposes, here we describe the method for the phage-mediated detection of a known Y. pestis isolate using a luxAB reporter phage constructed from the CDC plague diagnostic phage &#934;A1122 6,7 (Figure 1). A similar method, with minor modifications (e.g. change in growth temperature and media), may be used for the detection of B. anthracis isolates using the B. anthracis reporter phage W&#946;::luxAB 8. The method describes the phage-mediated transduction of a biolumescent phenotype to cultivated Y. pestis cells which are subsequently measured using a microplate luminometer. The major advantages of this method over the traditional phage lysis assays is the ease of use, the rapid results, and the ability to test multiple samples simultaneously in a 96-well microtiter plate format.
<img alt="Figure 1" src="/files/ftp_upload/2740/2740fig1.jpg" /> 
Figure 1. Detection schematic. The phage are mixed with the sample, the phage infects the cell, luxAB are expressed, and the cell bioluminesces. Sample processing is not necessary; the phage and cells are mixed and subsequently measured for light.

A simple method for the identification of priority bacterial pathogens is to use genetically engineered reporter phage. These reporter phage, which are specific to their particular host species, are capable of rapidly transducing a bioluminescent signal response to host cells. Herein, we describe the use of reporter phage for the detection of Yersinia pestis.

Kategori Algılama Bir Bakteriyel Patojenler &#39;Bioluminescent&#39; Muhabir Faj

Yersinia pestis and Bacillus anthracis are Category A bacterial pathogens that are the causative agents of the plague and anthrax, respectively 1. ...

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, precise diagnosis of the infecting strain and rapid high-throughput screening of vast numbers of clinical samples is paramount to control the spread of pandemic infections. Current clinical diagnoses of influenza infections are based on serologic testing, polymerase chain reaction, direct specimen immunofluorescence and cell culture 1,2.
Here, we report the development of a novel diagnostic technique used to detect live influenza viruses. We used the mouse-adapted human A/PR/8/34 (PR8, H1N1) virus 3 to test the efficacy of this technique using MDCK cells 4. MDCK cells (104 or 5 x 103 per well) were cultured in 96- or 384-well plates, infected with PR8 and viral proteins were detected using anti-M2 followed by an IR dye-conjugated secondary antibody. M2 5 and hemagglutinin 1 are two major marker proteins used in many different diagnostic assays. Employing IR-dye-conjugated secondary antibodies minimized the autofluorescence associated with other fluorescent dyes. The use of anti-M2 antibody allowed us to use the antigen-specific fluorescence intensity as a direct metric of viral quantity. To enumerate the fluorescence intensity, we used the LI-COR Odyssey-based IR scanner. This system uses two channel laser-based IR detections to identify fluorophores and differentiate them from background noise. The first channel excites at 680 nm and emits at 700 nm to help quantify the background. The second channel detects fluorophores that excite at 780 nm and emit at 800 nm. Scanning of PR8-infected MDCK cells in the IR scanner indicated a viral titer-dependent bright fluorescence. A positive correlation of fluorescence intensity to virus titer starting from 102-105 PFU could be consistently observed. Minimal but detectable positivity consistently seen with 102-103 PFU PR8 viral titers demonstrated the high sensitivity of the near-IR dyes. The signal-to-noise ratio was determined by comparing the mock-infected or isotype antibody-treated MDCK cells.
Using the fluorescence intensities from 96- or 384-well plate formats, we constructed standard titration curves. In these calculations, the first variable is the viral titer while the second variable is the fluorescence intensity. Therefore, we used the exponential distribution to generate a curve-fit to determine the polynomial relationship between the viral titers and fluorescence intensities. Collectively, we conclude that IR dye-based protein detection system can help diagnose infecting viral strains and precisely enumerate the titer of the infecting pathogens.

This method describes the use of Infrared dye based imaging system for detection of H1N1 in bronchioalveolar lavage (BAL) fluid of infected mice at a high sensitivity. This methodology can be performed in a 96- or 384-well plate, requires &lt;10 &mu;l volume of test material and has the potential for concurrent screening of multiple pathogens.

Gribi için yüksek verimlilik Tespit Yöntemi

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

Detection of MicroRNAs in Microglia by Real-time PCR in Normal CNS and During Neuroinflammation

Microglia are cells of the myeloid lineage that reside in the central nervous system (CNS)1. These cells play an important role in pathologies of many diseases associated with neuroinflammation such as multiple sclerosis (MS)2. Microglia in a normal CNS express macrophage marker CD11b and exhibit a resting phenotype by expressing low levels of activation markers such as CD45. During pathological events in the CNS, microglia become activated as determined by upregulation of CD45 and other markers3. The factors that affect microglia phenotype and functions in the CNS are not well studied. MicroRNAs (miRNAs) are a growing family of conserved molecules (~22 nucleotides long) that are involved in many normal physiological processes such as cell growth and differentiation4 and pathologies such as inflammation5. MiRNAs downregulate the expression of certain target genes by binding complementary sequences of their mRNAs and play an important role in the activation of innate immune cells including macrophages6 and microglia7. In order to investigate miRNA-mediated pathways that define the microglial phenotype, biological function, and to distinguish microglia from other types of macrophages, it is important to quantitatively assess the expression of particular microRNAs in distinct subsets of CNS-resident microglia. Common methods for measuring the expression of miRNAs in the CNS include quantitative PCR from whole neuronal tissue and in situ hybridization. However, quantitative PCR from whole tissue homogenate does not allow the assessment of the expression of miRNA in microglia, which represent only 5-15% of the cells of neuronal tissue. Hybridization in situ allows the assessment of the expression of microRNA in specific cell types in the tissue sections, but this method is not entirely quantitative. In this report we describe a quantitative and sensitive method for the detection of miRNA by real-time PCR in microglia isolated from normal CNS or during neuroinflammation using experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE), a mouse model for MS. The described method will be useful to measure the level of expression of microRNAs in microglia in normal CNS or during neuroinflammation associated with various pathologies including MS, stroke, traumatic injury, Alzheimer's disease and brain tumors.

Microglia are resident macrophages that provide the first line of defense and immune surveillance of the central nervous system. MicroRNAs are regulatory molecules that play an important role in many physiological processes including activation and differentiation of macrophages. In this article, we describe the method for measurement of microRNAs in microglia.

Normal MSS Real-time PCR ve Nöro sırasında mikroglia içinde microRNA tespiti

Microglia are cells of the myeloid lineage that reside in the central nervous system (CNS)1. These cells play an important role in pathologies of many ...

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

The apical and basolateral surfaces of airway epithelial cells demonstrate directional responses to pathogen exposure in vivo. Thus, ideal in vitro models for examining cellular responses to respiratory pathogens polarize, forming apical and basolateral surfaces. One such model is differentiated normal human bronchial epithelial cells (NHBE). However, this system requires lung tissue samples, expertise isolating and culturing epithelial cells from tissue, and time to generate an air-liquid interface culture.
Calu-3 cells, derived from a human bronchial adenocarcinoma, are an alternative model for examining the response of proximal airway epithelial cells to respiratory insult1, pharmacological compounds2-6, and bacterial7-9 and viral pathogens, including influenza virus, rhinovirus and severe acute respiratory syndrome - associated coronavirus10-14. Recently, we demonstrated that Calu-3 cells are susceptible to respiratory syncytial virus (RSV) infection in a manner consistent with NHBE15,16 . Here, we detail the establishment of a polarized, liquid-covered culture (LCC) of Calu-3 cells, focusing on the technical details of growing and culturing Calu-3 cells, maintaining cells that have been cultured into LCC, and we present the method for performing respiratory virus infection of polarized Calu-3 cells.
To consistently obtain polarized Calu-3 LCC, Calu-3 cells must be carefully subcultured before culturing in Transwell inserts. Calu-3 monolayer cultures should remain below 90% confluence, should be subcultured fewer than 10 times from frozen stock, and should regularly be supplied with fresh medium. Once cultured in Transwells, Calu-3 LCC must be handled with care. Irregular media changes and mechanical or physical disruption of the cell layers or plates negatively impact polarization for several hours or days. Polarization is monitored by evaluating trans-epithelial electrical resistance (TEER) and is verified by evaluating the passive equilibration of sodium fluorescein between the apical and basolateral compartments17,18 . Once TEER plateaus at or above 1,000 &Omega;&times;cm2, Calu-3 LCC are ready to use to examine cellular responses to respiratory pathogens.

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

The findings and conclusions in this report are those of the authors and do not necessarily represent the views of the Centers for Disease Control and Prevention.

Polarize İnsan Havayolu bir sıvı kaplı Kültürünün Oluşturulması Solunum Patojenler için Host Hücre Yanıtı Okumak Epitel Calu-3 Hücreler<em&gt; In vitro</em

The  apical and basolateral surfaces of airway epithelial cells demonstrate  directional responses to pathogen exposure in  vivo. Thus, ideal in vitro ...

High-throughput Gene Tagging in Trypanosoma brucei

Improvements in mass spectrometry, sequencing and bioinformatics have generated large datasets of potentially interesting genes. Tagging these proteins can give insights into their function by determining their localization within the cell and enabling interaction partner identification. We recently published a fast and scalable method to generate Trypanosoma brucei cell lines that express a tagged protein from the endogenous locus. The method was based on a plasmid we generated that, when coupled with long primer PCR, can be used to modify a gene to encode a protein tagged at either terminus. This allows the tagging of dozens of trypanosome proteins in parallel, facilitating the large-scale validation of candidate genes of interest. This system can be used to tag proteins for localization (using a fluorescent protein, epitope tag or electron microscopy tag) or biochemistry (using tags for purification, such as the TAP (tandem affinity purification) tag). Here, we describe a protocol to perform the long primer PCR and the electroporation in 96-well plates, with the recovery and selection of transgenic trypanosomes occurring in 24-well plates. With this workflow, hundreds of proteins can be tagged in parallel; this is an order of magnitude improvement to our previous protocol and genome scale tagging is now possible.

High-throughput Gene Tagging in Trypanosoma brucei

Addition of a tag to a protein is a powerful way of gaining insight into its function. Here, we describe a protocol to endogenously tag hundreds of Trypanosoma brucei proteins in parallel such that genome scale tagging is achievable.

Yüksek verimli Gen Etiketleme içinde<em&gt; Trypanosoma brucei</em

Improvements in mass spectrometry, sequencing and bioinformatics have generated large datasets of potentially interesting genes. Tagging these proteins ...

Genotyping of Staphylococcus aureus by Ribosomal Spacer PCR (RS-PCR)

The ribosomal spacer PCR (RS-PCR) is a highly resolving and robust genotyping method for S. aureus that allows a high throughput at moderate costs and is, therefore, suitable to be used for routine purposes. For best resolution, data evaluation and data management, a miniaturized electrophoresis system is required. Together with such an electrophoresis system and the in-house developed software (freely available here) assignment of the pattern of bands to a genotype is standardized and straight forward. DNA extraction is simple (boiling prep), setting-up of the reactions is easy and they can be run on any standard PCR machine. PCR cycling is common except prolonged ramping and elongation times. Compared to spa typing and Multi Locus Sequence Typing (MLST), RS-PCR does not require DNA sequencing what simplifies the analysis considerably and allows a high throughput. Furthermore, the resolution for bovine strains of S. aureus is at least as good as spa typing and better than MLST or pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). The RS-PCR data base includes presently a total of 141 genotypes and variants. The method is highly associated with the virulence gene pattern, contagiosity and pathogenicity of S. aureus strains involved in bovine mastitis. S. aureus genotype B (GTB) is contagious and causes herds problems causing large costs in the Switzerland and other European countries. All the other genotypes observed in Switzerland infect individual cows and quarters. Genotyping by RS-PCR allows the reliable prediction of the epidemiological and the pathogenic potential of S. aureus involved in bovine intramammary infection (IMI), two key factors for clinical veterinary medicine. Because of these beneficial properties together with moderate costs and a high sample throughput the goal of this publication is to give a detailed, step-by-step protocol for easily establishing and running RS-PCR for genotyping S. aureus in other laboratories.

Genotyping of Staphylococcus aureus by Ribosomal Spacer PCR RS-PCR

Here, ribosomal spacer PCR (RS-PCR) is used together with a miniaturized electrophoresis system as a fast and high resolution method for genotyping S. aureus at moderate costs allowing a high throughput.

bir Genotiplendirme<em&gt; Staphylococcus aureus</em&gt; Tarafından Ribozomal Spacer PCR (RS-PCR)

The ribosomal spacer PCR (RS-PCR) is a highly resolving and robust genotyping method for S. aureus that allows a high throughput at moderate costs and is, ...

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella spp./Shigella spp. The gold standard method for the detection of Salmonella spp./Shigella spp. is direct culture but this is labor-intensive and time-consuming. Here, we describe a high-throughput platform for Salmonella spp./Shigella spp. screening, using real-time polymerase chain reaction (PCR) combined with guided culture. There are two major stages: real-time PCR and the guided culture. For the first stage (real-time PCR), we explain each step of the method: sample collection, pre-enrichment, DNA extraction and real-time PCR. If the real-time PCR result is positive, then the second stage (guided culture) is performed: selective culture, biochemical identification and serological characterization. We also illustrate representative results generated from it. The protocol described here would be a valuable platform for the rapid, specific, sensitive and high-throughput screening of Salmonella spp./Shigella spp.

A High-throughput Platform for the Screening of Salmonella spp./Shigella spp.

Salmonella spp./Shigella spp. are common pathogens attributed to diarrhea. Here, we describe a high-throughput platform for the screening of Salmonella spp./Shigella spp. using real-time PCR combined with guided culture.

Salmonella spp. testi ile taranması için yüksek üretilen iş platformu /Shigella spp.

Fecal-oral transmission of acute gastroenteritis occurs from time to time, especially when people who handled food and water are infected by Salmonella ...

Immunohistochemistry Test for the Lyssavirus Antigen Detection from Formalin-Fixed Tissues

One of the primary diagnostic modalities for rabies is the detection of viral ribonucleoprotein (RNP) complex (antigen) in the infected tissue samples. While the direct fluorescent antibody (DFA) test or the direct rapid immunohistochemical test (DRIT) are most commonly utilized for the antigen detection, both tests require fresh and/or frozen tissues for impressions on slides prior to the antigen detection using antibodies. If samples are collected and fixed in formalin, neither test is optimal for the antigen detection, however, testing can be performed by conventional immunohistochemistry (IHC) after embedding in paraffin blocks and sectioning. With this IHC method, tissues are stained with anti-rabies antibodies, sections are deparaffinized, antigen retrieved by partial proteolysis or other methods, and incubated with primary and secondary antibodies. Antigens are stained using horseradish peroxidase / amino ethyl carbazole and counterstained with hematoxylin for the visualization using a light microscope. In addition to the specific antigen detection, formalin fixation offers other advantages like the determination of histological changes, relaxed conditions for specimen storage and transport (under ambient temperatures), ability to test retrospective cases and improved biological safety through the inactivation of infectious agents.

Here, we present an immunohistochemistry test protocol for the detection of rabies virus antigen as an alternative diagnostic test for formalin-fixed tissues.

Formalin-Sabit Dokulardan Lyssavirüs Antijen Tespiti için İmmünohistokiniti Testi

One of the primary diagnostic modalities for rabies is the detection of viral ribonucleoprotein (RNP) complex (antigen) in the infected tissue samples. ...

Detection of SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies using High-Throughput Fluorescent Imaging of Pseudovirus Infection

As the COVID-19 pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) continues to evolve, it has become evident that the presence of neutralizing antibodies against the virus may provide protection against future infection. Thus, as the creation and translation of effective COVID-19 vaccines continues at an unprecedented speed, the development of fast and effective methods to measure neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 will become increasingly important to determine long-term protection against infection for both previously infected and immunized individuals. This paper describes a high-throughput protocol using vesicular stomatitis virus (VSV) pseudotyped with the SARS-CoV-2 spike protein to measure the presence of neutralizing antibodies in convalescent serum from patients who have recently recovered from COVID-19. The use of a replicating pseudotyped virus eliminates the necessity for a containment level 3 facility required for SARS-CoV-2 handling, making this protocol accessible to virtually any containment level 2 lab. The use of a 96-well format allows for many samples to be run at the same time with a short turnaround time of 24 h.

The protocol described here outlines a fast and effective method for measuring neutralizing antibodies against the SARS-CoV-2 spike protein by evaluating the ability of convalescent serum samples to inhibit infection by an enhanced green fluorescent protein-labeled vesicular stomatitis virus pseudotyped with spike glycoprotein.

Psödovirüs Enfeksiyonunun Yüksek Verimli Floresan Görüntülemesi Kullanılarak SARS-CoV-2 Nötralize Edici Antikorların Tespiti

As the COVID-19 pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) continues to evolve, it has become evident that the ...