NIH tarafından desteklenen Celest geliştirme R21AG027513 ve U01AG045864 verir. Veriler ve bazı kısa video gösterimleri Restif ark uyarlanmıştır. Creative Commons Attribution (CC BY) lisansı http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ altında yayınlandı (2014) 8. Biz el yazması yardım için Ricardo Laranjeiro teşekkür ederiz.

1. nematodu Büyüme ve Taşıma <ol><li> NGM besin kaynağı 1-3 olarak OP50-1 Escherichia coli ile benekli içeren standart Petri kapları C. elegans büyütün. </li><li> istenilen sıcaklığı koruyan bir inkübatör kültürleri tutun. C. elegans 20 ° C standart büyüme sıcaklığı olmak üzere, sıra 15 ila 25 ° C kadar büyür. NOT: Yüzme, ancak enerji kültürlerin ve slaytlar kalıplarda kirlenme ve aşırı ısınma dahil olmak üzere çevresel faktörlerden etkilenebilir yüzmek, sağlam bir fenotip olduğunu. kararlı koşulları sağlamak için güçlü çabalar yapılmalıdır. </li><li> Her bir hayvan için 4 transferini yönetmek için bir cam çubuk içinde alev sızdırmaz bir platin telden yapılmış bir ev yapımı nematod çekme kullanın. </li></ol> 2. Swim Analizi için ayarlama <ol><li> Bir stereomikroskop, dijital CCD kamera ve dijital video kayıt yazılımı oluşan entegre bir sistem kullanın. Celest yazılım can ayrı bir bilgisayarda kullanılabilir. <ol><li> Karanlık bir bezle örtün mikroskop mikroskop lamı üzerine yüzmek damla alanında parlamayı önlemek ve görüntü kalitesini artırmak için (örneğin, keçe). </li><li> Tam yüzmek alanının görüntüsü ve arka plana karşı hayvanların keskin kontrast elde etmek için baz ayna mikroskop çalışma mesafesini ve büyütme ayarlayın. hesaplamalı görselleştirme ve yüzmek analiz yazılımı ile izlemek için çok iyi çalışıyor siyah arka plan karşı beyaz yetişkinlerin organları görselleştirmek için koyu alana aydınlatma ayarlayın. </li><li> çalışma alanı, bir mikroskop lamı tutmak ve çok temiz damla yüzmek için özen gösterin. Enkaz yetişkinlerin serbest yüzme tıkayarak analizi engelleyebilir, ve lif ince iplikleri izleme sırasında hayvanların nonmoving olarak tespit edilebilir. </li></ol></li></ol> Sıvı Fiziksel Uygunluk Analizi 3. Hayvan Hazırlık <ol><li> Pipet 60 mcL obir mikroskop lamı üzerine önceden basılmış 10 mm halka içine f 1x M9 tampon. damla tamamen halka iç alanı kaplamaktadır emin olun. yazılımı multiwell plakaları kullanan varsa olduğundan daha bir slayt yer alan bu damla boyutu kullanarak daha fazla yüzme bilgileri ayıklar. </li><li> Tek yetişkin nematod almak ve sıvı bulut bakterilerin taşınmasını en aza indirerek, 1x M9 tampon damla içine aktarabilirsiniz. Önce onları yukarı kaldırarak yavaşça, çok bakteriyel çim içermez plaka bir tarafı transfer için hayvanları yerleştirerek onları tarama sağlayarak, ve bakterilerin en aza indirin. <ol><li> Damla içine nematodları aktarırken, hayvanların 25 davranışını etkileyebilir, yüzmek süreyi azaltmak için analiz istasyonuna yakın bir diseksiyon kapsamı kullanın. </li><li> genellikle şiddetle hareket ve çapraz yolları ise damla sadece 4 yetişkin yerleştirin. (Hesaplamalı analizi boşa olan) yüzücüler örtüşen en aza indirmek için rehberlik gibi, yerleştirmeyi düşününOnlar eski ve daha az canlılığı gösterdiğinizde genç, sağlıklı WT yetişkinler ve damla başına 5 hayvan gibi aktif damla başına 4 hayvan. NOT: Sağlıklı WT nematod içgüdüsel sıvı konuyor kısa bir süre sonra yüzmeye başlar. simlenirler eğer nematod çekme yardımıyla hafifçe açılan yetişkin ayırın. </li></ol></li></ol> Sıvı Fiziksel Uygunluk 4. Analizi - Yüzmenin Video Kayıt <ol><li> kendi yüzme kaydetmek için mikroskop baz yetişkinler yüklü slayt yerleştirin. Sıvı bireysel hayvanın davranışının 30 s videoları yakalama ayrıntıları (Video 1) ve Celest yazılımı 8,26 yardımıyla zaman kolayca gerçekleştirilir bu kayıtların çok sayıda örnekleme; Ancak, daha uzun süreler diğer özel davranışsal çalışmalar 25 için ideal olabilir yüzebilirsiniz. Önemlisi, büyütme farklılıkları affec yana tüm kayıtları boyunca aynı büyütme korumak için emin olunt yüzme analizi ve irade önyargı karşılaştırılması. Not: Bu adımlarda Malzeme tablosunda listelenen dijital video kayıt yazılımı kullanılarak rehber olarak sağlanır; Bu test edilmemiş olmasına rağmen VirtualDub açık erişim yazılımı, yerine olabilir. <ol><li> 696 x 520 piksel görüntü boyutu, 0.02 mm / piksel görüntü çözünürlüğü ve 18 kare / sn hızında: Başarılı yüzmek analizi için rehber olarak aşağıdaki ayarları kullanın. Bu ayarların yüksek çözünürlük sürümleri izleme kolaylaştırabilir ancak program tarafından hesaplanır önlemleri etkilemez. NOT: mikroskop lamı üzerine 1x M9 tampon 60 uL damla tarafından sağlanan yüzmek bölgesi yukarı aza indirir çok derinlik ve aşağı doğru yüzme hareketi yoktur. </li></ol></li><li> Ayarlar altında, &#39;diskte 545 kare&#39; ayarlanmış &#39;Sınır Sıra Boyutu&#39; &#39;Kayıt&#39; gidin. Aynı başlık altında, &#39;kullan Kayıt Yöneticisi&#39; kutusunu işaretleyin. &#39;Edit akım recor tıklayınding komut ... komutlar &#39;düğmesine basın ve altında&#39; &#39;girin,&#39; Dur Koşullar &#39;ve altında&#39; tut Frame &#39;seçeneğini&#39; Dur 0 sonra: 00: 30.00 &#39;. </li><li> kaydetmek için, daha sonra kırmızı &#39;Record&#39; düğmesine basın, ev başlığı altında &#39;RAM Yeni Sırası&#39; seçeneğini seçin. Yazılım dijital kamera ile 30 saniye boyunca 545 kare yakala ve RAM bellek onları tutacaktır. </li></ol> Sıvı Fiziksel Uygunluk 5. Analizi - video Tedavisi <ol><li> ev başlığı tıklayıp video kayıt yazılımı &#39;... İhracat tam dizisini seçerek görüntü karelerinden oluşan bir dizi içine video parçalara. NOT: Dijital video kayıt yazılımı Burada sunulan yüzme analiz programı tarafından okunabilir bütün bunlar .bmp, .jpg, .tif veya .png gibi kare kaydedebilirsiniz. Bu .tif Not dosyaları daha fazla depolama alanı kullanabilirsiniz, ancak .jpg gibi bazı formatlar görüntü kalitesini düşürebilir. </li><li> MATLAB b yüzmek analizi programı başlatmaky çalıştırmak butonuna tıklayarak. </li><li> yüzmek analizi programının ana ekranında, bir defada bir çerçeveleri ya da genotip, tarih, deneme ve süresi gibi ilgili etiketler takarken gruplar halinde görüntü dizileri yüklemek için düğmeler &#39;birden videos Ekle&#39; bir video ekle &#39;ya da kullanımı . Yazılım etiketli dizilerin bir veritabanı oluşturur. </li><li> 1 &#39;tıklayarak yüklenen dizileri birden hayvanların aynı anda izlemeyi etkinleştirin. Süreç videoları &#39;. Yeni ekranda, soldaki kutuda istediğiniz videoları seçmek ve &#39;listesine ekle&#39;, tıklayın. her bir video için sağ alt videonun ilk resmi görüntülemek için sağ üst listede adını tıklatın. halkasının içinde 3 puanı seçerek yüzmek bölgesini ayırmak ve &#39;yukarıda listelenen tüm videoları Süreci&#39; tıklayarak işleme başlatırlar. orta alt kısmında işleme ilerlemesini görüntüleyin. </li><li> video işleme ekran Tamamlandığında, &#39;Close&#39;. </li></ol> 6. Sıvı Fiziksel Uygunluk Analizi - Ölçme <ol><li> 2 &#39;tıklayın. Hesaplamak önlemler &#39;doğrulamak ya da tek hayvanların takibini reddetmek için, işlenmiş videoları teker teker, yüklenebilir yeni bir ekran açmak için. işlenmiş olan videolar video ismi o videoyu yüklemek için tıklanabilir soldaki listede görünecektir. </li><li> Başarılı izleme (yeşil bloklar) aksine cevapsız izleme (kırmızı blokların) alanlarına odaklanmak için bu adımı el kullanın. NOT: Yazılım (404 videoları 8&#39;den 2.020 hayvanlarda gözlendiği gibi% 94.1 geçerlilik) sağlam bir izleme sistemine sahip çünkü Alternatif olarak, bir geçerli izleme otomatik çıkış güvenebilirsiniz. <ol><li> alt yarısında ekran karşısında ilk renkli çubuğunda &#39;parçalı bedenin Geçerlilik&#39; bulun. &#39;Geçerli kare&#39; yüzdesi yeşil ve &#39;Reddedildi kare&#39; yüzdesi kırmızı olduğunu. Geçerli kare ≥80% ima olduğunu izleme iönlemler hesaplamak için kullanılan aberler 30 s 540 üzerinden en az 432 kare gelen 18 kare / sn kaydedildi deneme yüzmek. </li><li> Kolayca gezinmek ve geçerli blokları değiştirmek / &#39;Sonraki blok&#39;, &#39;Anahtar geçerliliğini&#39;, &#39;Bölünmüş blok&#39; ve &#39;İzole çerçeve&#39; seçeneklerini kullanarak çerçeveleri reddetti. 2 hayvan bir uncrowded yüzmek bölgesinde yolları kesişti nadir durumlarda, &#39;Switch&#39; düğmesi ile belirli bir çerçeve aralığında kendi kimlik numaralarını değiştirmek. </li><li> izleme ve üst üste performansları hakkında ek bilgi için, ekranın alt yarısında çubuk grafikler görüntüleyin. Parçalara gövde (kare başına hayvanın vücut uzunluğu) uzunluğu incidences örtüşen ile ilişkilidir. </li></ol></li><li> video üzerinde herhangi bir parlak noktalar analizi ile müdahale ederse, &#39;Glare zonların fonksiyonunu seçerek yüzmek bölgesinde parlak alanlar ayarlayın. </li><li> tıklayın &#39;Kaydet ve Compute önlemler&#39; geçerlilik girişi önce biriktirmekBaşka işlenmiş video yükleme. Yazılım hesaplar Bu aşamada, arka, tek tek hayvanların yüzme performansı eğrilik haritalar (kullanıcıya gösterilmemiştir) ve parametreler aşağıda belirtilen (Video 2). Not: Burada odaklanan parametreler ölçülmüştür Tablo 1 &#39;de tarif edilmiştir. Dalga başlatma hızı, vücut dalga sayısı, asimetri, streç ve kıvırma yazılım hayvanlar için hesaplar eğrilik haritalara göre hesaplanır; Hareket hızı, fırça darbesi ve Etkinlik indeksi parametreleri eğrilik haritalar dayalı değildir. </li><li> &#39;Compute tedbirler&#39; ekranından çıkmak için &#39;Kapat&#39;ı tıklayın. </li></ol> Sıvı Fiziksel Uygunluk 7. Analizi - Sonuçların Çıktı Not: Yazılım kolayca göz attığı değil çok ince için açık davranışsal özellikleri gelen kapak yüzmek hareket birden önlemler hakkında rapor edebilir (Video 3 ve 4). buradaDalga başlatma oranı, Vücut dalga sayısı, Asimetri, Streç, Curling, Sürüş hızı, Fırça inme ve Aktivite endeksi: odak genellikle iyi dinamik aralık 8 parametreleri üzerinde. <ol><li> Programın ana ekranında, 3 &#39;üzerine tıklayın. Ekran sonuçları &#39;analiz sonuçlarını elde etmek için. </li><li> Sol kutusuna kare istenen analiz dizileri seçip ya da &#39;seçilmiş numune ekle&#39; &#39;Yeni Örnek Ekle&#39; butonlara basarak yeni veya mevcut örneklem grubunun taşıyarak istatistiksel tedavi için örnek gruplar oluşturun. </li><li> Ekranın üst kısmında seçimi ile grafikleri ve 8 parametrelerin her biri için numunelerin önemli istatistikleri görüntüleyen ikinci bir ekrana geçmek için &#39;bu örneklerin göster grafikleri tıklayın. <ol><li> İstenirse, &#39;Renkler&#39;, &#39;histogramlar içinde&#39; ve seçiciler &#39;Worms #&#39; kullanarak, ekranın sol üst kısmında çubuk grafikler temsil ayarlayın. </li></ol></li><li> kullanım&#39;2B histogramlar&#39; Ekranın solundaki menüler açılır &#39;Y ekseni üzerinde Tedbir&#39; ve &#39;X eksenindeki Tedbir&#39; üzerinden herhangi iki parametre kombinasyonları çizmek için. Çıkmak ve &#39;Görüntü sonuçları&#39; ekranına dönmek için &#39;Kapat&#39;ı tıklayın. </li><li> açmak ve daha fazla bir tablo programında işlemek için .csv dosyası olarak ayrıntılı sayısal verileri kaydetmek için ekranın sol üst köşesinde &#39;Export ...&#39; düğmesini kullanın. </li><li> Ana ekrana gidin ve analiz video dizileri içeren veritabanının tasarrufu sağlamak için &#39;Quit&#39; tıklayın &#39;Close&#39; &#39;Görüntü sonuçları&#39; ekran. </li></ol>

<ol>
	<li>Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetics+of+Caenorhabditis+elegans.">The genetics of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 77 (1), 71-94 (1974).</li><li>Stiernagle, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maintenance+of+C.+elegans.">Maintenance of C. elegans.</a> WormBook. , 1-11 (2006).</li><li>Gallagher, T., Kim, J., Oldenbroek, M., Kerr, R., You, Y. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ASI+regulates+satiety+quiescence+in+C.+elegans.">ASI regulates satiety quiescence in C. elegans.</a> J Neurosci. 33 (23), 9716-9724 (2013).</li><li>Brown, A. E., Yemini, E. I., Grundy, L. J., Jucikas, T., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+dictionary+of+behavioral+motifs+reveals+clusters+of+genes+affecting+Caenorhabditis+elegans+locomotion.">A dictionary of behavioral motifs reveals clusters of genes affecting Caenorhabditis elegans locomotion.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (2), 791-796 (2013).</li><li>Herndon, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stochastic+and+genetic+factors+influence+tissue-specific+decline+in+ageing+C.+elegans.">Stochastic and genetic factors influence tissue-specific decline in ageing C. elegans.</a> Nature. 419 (6909), 808-814 (2002).</li><li>Restif, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CeleST:+computer+vision+software+for+quantitative+analysis+of+C.+elegans+swim+behavior+reveals+novel+features+of+locomotion.">CeleST: computer vision software for quantitative analysis of C. elegans swim behavior reveals novel features of locomotion.</a> PLoS Comput Biol. 10 (7), e1003702 (2014).</li><li>Ibanez-Ventoso, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modulated+microRNA+expression+during+adult+lifespan+in+Caenorhabditis+elegans.">Modulated microRNA expression during adult lifespan in Caenorhabditis elegans.</a> Aging Cell. 5 (3), 235-246 (2006).</li><li>Hahm, J. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=C.+elegans+maximum+velocity+correlates+with+healthspan+and+is+maintained+in+worms+with+an+insulin+receptor+mutation.">C. elegans maximum velocity correlates with healthspan and is maintained in worms with an insulin receptor mutation.</a> Nat Commun. 6, 8919 (2015).</li><li>Hsu, A. L., Feng, Z., Hsieh, M. Y., Xu, X. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+by+machine+vision+of+the+rate+of+motor+activity+decline+as+a+lifespan+predictor+in+C.+elegans.">Identification by machine vision of the rate of motor activity decline as a lifespan predictor in C. elegans.</a> Neurobiol Aging. 30 (9), 1498-1503 (2009).</li><li>Liu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+aging+in+the+nervous+system+contributes+to+age-dependent+motor+activity+decline+in+C.+elegans.">Functional aging in the nervous system contributes to age-dependent motor activity decline in C. elegans.</a> Cell Metab. 18 (3), 392-402 (2013).</li><li>Gerstbrein, B., Stamatas, G., Kollias, N., Driscoll, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+spectrofluorimetry+reveals+endogenous+biomarkers+that+report+healthspan+and+dietary+restriction+in+Caenorhabditis+elegans.">In vivo spectrofluorimetry reveals endogenous biomarkers that report healthspan and dietary restriction in Caenorhabditis elegans.</a> Aging Cell. 4 (3), 127-137 (2005).</li><li>Husson, S. J., Costa, W. S., Schmitt, C., Gottschalk, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Keeping+track+of+worm+trackers.">Keeping track of worm trackers.</a> WormBook. , 1-17 (2012).</li><li>Yemini, E., Jucikas, T., Grundy, L. J., Brown, A. E., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+database+of+Caenorhabditis+elegans+behavioral+phenotypes.">A database of Caenorhabditis elegans behavioral phenotypes.</a> Nat Methods. 10 (9), 877-879 (2013).</li><li>Wang, S. J., Wang, Z. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Track-a-worm,+an+open-source+system+for+quantitative+assessment+of+C.+elegans+locomotory+and+bending+behavior.">Track-a-worm, an open-source system for quantitative assessment of C. elegans locomotory and bending behavior.</a> PLoS One. 8 (7), e69653 (2013).</li><li>Likitlersuang, J., Stephens, G., Palanski, K., Ryu, W. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=C.+elegans+tracking+and+behavioral+measurement.">C. elegans tracking and behavioral measurement.</a> J Vis Exp. (69), e4094 (2012).</li><li>Tsechpenakis, G., Bianchi, L., Metaxas, D., Driscoll, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+computational+approach+for+simultaneous+tracking+and+feature+extraction+of+C.+elegans+populations+in+fluid+environments.">A novel computational approach for simultaneous tracking and feature extraction of C. elegans populations in fluid environments.</a> IEEE Trans Biomed Eng. 55 (5), 1539-1549 (2008).</li><li>Krajacic, P., Shen, X., Purohit, P. K., Arratia, P., Lamitina, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomechanical+profiling+of+Caenorhabditis+elegans+motility.">Biomechanical profiling of Caenorhabditis elegans motility.</a> Genetics. 191 (3), 1015-1021 (2012).</li><li>Pierce-Shimomura, J. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+analysis+of+crawling+and+swimming+locomotory+patterns+in+C.+elegans.">Genetic analysis of crawling and swimming locomotory patterns in C. elegans.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 105 (52), 20982-20987 (2008).</li><li>Schreiber, M. A., Pierce-Shimomura, J. T., Chan, S., Parry, D., McIntire, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Manipulation+of+behavioral+decline+in+Caenorhabditis+elegans+with+the+Rag+GTPase+raga-1.">Manipulation of behavioral decline in Caenorhabditis elegans with the Rag GTPase raga-1.</a> PLoS Genet. 6 (5), e1000972 (2010).</li><li>Fang-Yen, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomechanical+analysis+of+gait+adaptation+in+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">Biomechanical analysis of gait adaptation in the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (47), 20323-20328 (2010).</li><li>Buckingham, S. D., Partridge, F. A., Sattelle, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated,+high-throughput,+motility+analysis+in+Caenorhabditis+elegans+and+parasitic+nematodes:+Applications+in+the+search+for+new+anthelmintics.">Automated, high-throughput, motility analysis in Caenorhabditis elegans and parasitic nematodes: Applications in the search for new anthelmintics.</a> Int J Parasitol Drugs Drug Resist. 4 (3), 226-232 (2014).</li><li>Ghosh, R., Emmons, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Episodic+swimming+behavior+in+the+nematode+C.+elegans.">Episodic swimming behavior in the nematode C. elegans.</a> J Exp Biol. 211 (Pt 23), 3703-3711 (2008).</li><li>Restif, C., Ibanez-Ventoso, C., Driscoll, M., Metaxas, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tracking+C.+elegans+swimming+for+high-throughput+phenotyping.">Tracking C. elegans swimming for high-throughput phenotyping.</a> 2011 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro. , 1542-1548 (2011).</li><li>Friedman, D. B., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mutation+in+the+age-1+gene+in+Caenorhabditis+elegans+lengthens+life+and+reduces+hermaphrodite+fertility.">A mutation in the age-1 gene in Caenorhabditis elegans lengthens life and reduces hermaphrodite fertility.</a> Genetics. 118 (1), 75-86 (1988).</li><li>Johnson, T. E., Tedesco, P. M., Lithgow, G. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparing+mutants,+selective+breeding,+and+transgenics+in+the+dissection+of+aging+processes+of+Caenorhabditis+elegans.">Comparing mutants, selective breeding, and transgenics in the dissection of aging processes of Caenorhabditis elegans.</a> Genetica. 91 (1-3), 65-77 (1993).</li><li>Morris, J. Z., Tissenbaum, H. A., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+phosphatidylinositol-3-OH+kinase+family+member+regulating+longevity+and+diapause+in+Caenorhabditis+elegans.">A phosphatidylinositol-3-OH kinase family member regulating longevity and diapause in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 382 (6591), 536-539 (1996).</li><li>Lin, K., Dorman, J. B., Rodan, A., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=daf-16:+An+HNF-3/forkhead+family+member+that+can+function+to+double+the+life-span+of+Caenorhabditis+elegans.">daf-16: An HNF-3/forkhead family member that can function to double the life-span of Caenorhabditis elegans.</a> Science. 278 (5341), 1319-1322 (1997).</li><li>Ogg, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Fork+head+transcription+factor+DAF-16+transduces+insulin-like+metabolic+and+longevity+signals+in+C.+elegans.">The Fork head transcription factor DAF-16 transduces insulin-like metabolic and longevity signals in C. elegans.</a> Nature. 389 (6654), 994-999 (1997).</li><li>Ziv, E., Hu, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+variation+in+insulin/IGF-1+signaling+pathways+and+longevity.">Genetic variation in insulin/IGF-1 signaling pathways and longevity.</a> Ageing Res Rev. 10 (2), 201-204 (2011).</li><li>Murphy, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genes+that+act+downstream+of+DAF-16+to+influence+the+lifespan+of+Caenorhabditis+elegans.">Genes that act downstream of DAF-16 to influence the lifespan of Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 424 (6946), 277-283 (2003).</li><li>Sulston, J. E., Horvitz, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Post-embryonic+cell+lineages+of+the+nematode,+Caenorhabditis+elegans.">Post-embryonic cell lineages of the nematode, Caenorhabditis elegans.</a> Dev Biol. 56 (1), 110-156 (1977).</li><li>White, J. G., Southgate, E., Thomson, J. N., Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+structure+of+the+nervous+system+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">The structure of the nervous system of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 314 (1165), 1-340 (1986).</li><li>Varshney, L. R., Chen, B. L., Paniagua, E., Hall, D. H., Chklovskii, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+properties+of+the+Caenorhabditis+elegans+neuronal+network.">Structural properties of the Caenorhabditis elegans neuronal network.</a> PLoS Comput Biol. 7 (2), e1001066 (2011).</li><li>Jarrell, T. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+connectome+of+a+decision-making+neural+network.">The connectome of a decision-making neural network.</a> Science. 337 (6093), 437-444 (2012).</li><li>Greenblum, A., Sznitman, R., Fua, P., Arratia, P. E., Sznitman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caenorhabditis+elegans+segmentation+using+texture-based+models+for+motility+phenotyping.">Caenorhabditis elegans segmentation using texture-based models for motility phenotyping.</a> IEEE Trans Biomed Eng. 61 (8), 2278-2289 (2014).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

Bir model sistem olarak C. elegans kullanımı genetik dövülebilirlik, titiz detay açıklamalı deneysel tractability ve anatomi nedeniyle artmaya devam etmektedir. Örneğin, C. elegans hermafrodit nöronal yapısı ve bağlantı açıkça ölçüde belirli davranışlarını kontrol belirli nöronal devrelerin soruşturma kolaylaştırılması, 34-36 dışarı eşleştirilir. 302 nöronlar lokomosyon gibi temel davranış çıkışlara duyusal girdilerin geniş bir işleme yetişkin hermafrodit en sinir sistemini oluşturmaktadır. Daha karmaşık bir erkek sinir sisteminin yapısı da ele alınması cinsiyete özgü devreyi sağlayan, 37 tarif edilmiştir. 37 C. elegans davranışı yoğun katı ortam içeren standart kültür levhaları üzerinde incelenmiştir. WT C, agar dolu plakaları üzerinde öngörülebilir sinüzoidal dalgalar halinde hareket, sapmaları elegans yanagenel model gözü tarafından algılanabilen ve el attı edilebilir. Bu yaklaşım, ancak deneycinin kritere tabi olup emek yoğundur. Izlemek ve C. katı ortam üzerinde lokomosyon ele alınması daha sofistike biyolojik soruları izin, öznellik önyargı kaldırmak ve büyük ölçekli çalışmalar için izin elegans ölçmek için tasarlanmış donanım ve yazılım araçları. Schafer laboratuarında 16 tarafından oluşturulan son davranışsal veritabanı plakaları üzerinde hareket etmek için bir hesaplama sistemi ile elde edilmiştir analitik uzantısı ve derinlik mükemmel bir örnektir. WT C. elegans sıvı yerleştirildiğinde, hayvan hızla yüzerek başlatarak, yeni ortama hareketini uyarlar. C. yüzme tarama daha hareket daha geniş bir yelpazede kullanır ve 8 daha düzensiz olabilir elegans. Celest gibi yazılım C. detaylı analiz için boşluğu doldurmak için tasarlanmıştır sıvı içinde, Permi davranışı eleganskolayca un destekli gözle ölçülen değil, ya da daha hızlı manuel puanlama daha yapılabilir hareket ilişkili parametrelerin tting kantitatif. 8 sabit h bir birey ~, 200 videoları günde 1000 kayıtları işleme olabilir. Yazılım fiziksel uygunluk ve davranış kapsamlı bir parmak izi olarak hizmet değerlendiren parametreleri yüzme tanımlar. C. elegans sıvı davranış ve bunların altında yatan moleküler yolların karmaşık yönleriyle anlaşılmasını zenginleştirerek yanı sıra, bu yazılım farmakolojik tepkiler, yaşlanma ve farklı davranış da dahil olmak üzere biyoloji birden yönlerini keşfetmek için kullanılabilir. Bu yaş yazılım gibi uygulamanın bir örnek olarak burada sunulan, C fiziksel performans ortaya sayısal değişikliklerin genel yetişkin elegans (daha ayrıntılı bir açıklama için, Restif ve ark. 8). yaşlanma çerçevede, ölçülen parametreler ise azalmıştırDiğerleri artmış veya sürekli vahşi tip değişmedi. Eğilimler uzun ömürlü mutantlar hesaplama profili ile büyük ölçüde teyit edildi ve aynı yaştaki nüfusun zarif ve kötü ager kohortların göreli profilleri homojen çevre koşullarında tuttu. Yazılımın yüksek çözünürlüklü da kapsamlı bir şekilde, özelliği mutant (Şekil 1 &#39;de, örneğin, yaş-1 (hx546)), daha önce bilinmeyen bir ince fenotipleri ortaya çıkarabilir. tarif edilen protokolün bir kaç özellikle kritik adım vardır. deneyci son derece tesadüfi sıcaklık değişiklikleri önlemek için büyük ağrıları gitmek için teşvik böylece yüzmek çevre ve gerilme plaka kültürü arasında bir sabit sıcaklık ortamını koruyarak, yüzmek tekrarlanabilir için önemlidir. Yüzücü ortam plakaları ile aynı sıcaklıkta olmalıdır. Aynı şekilde, yüzmek için damla boyutu dikkatli özen tekrarlanabilirliği sağlamaya yardımcı olur. Son olarak, düşünmek ihtiyatlıbirikir büyük video dosyalarını boşaltma konusunda ilerlemek. video yakalama bilgisayardan ayrı bir sitedeki görüntü işleme tavsiye edilir. yüzmek analiz için burada sunulan yazılımın kullanımı bazı sınırlamalar vardır. programları aynı anda birden fazla hayvan izleyebilirsiniz rağmen beşten fazla hayvan ortaklaşa incelendiğinde ise Birincisi, hayvanlar video görüntüleri birbirlerine yüzerek olacağı artan bir şansı yoktur. Ne zaman programı açıkça bu o veri çerçeveleri censors, hangi hangi hayvan belirleyemiyor. Bu program özelliği, bireysel hayvanlar için veriler yüksek kalitede olmasını sağlar rağmen, verimi sınırlamaktadır. ilişkili sinyaller aynı zamanda görüntü analizleri etkileyebilecek gibi İkincisi, görüntüler oldukça temiz olması gerektiğini, toz, leke ve ışıklar parlama ücretsizdir. protokol Bölüm 2.1.1, büyük ölçüde dalgalanmalar komplikasyonları ortadan kaldırarak görüntü yakalama yardımcı olabilir çok düşük teknolojili yatırım belirtildiği gibi benn çevre aydınlatma ortam ışığı aşamaya ulaşmak için izin vermez bir karanlık bezle sahne alanı kapsayacak etmektir. Üçüncü olarak, program, yetişkin safhasında hayvanlar için optimize edilmiştir. Genç larvalar yüzmek çok hızlı ve program hatası artırır, küçük bedenlere sahip. Dördüncü olarak, bazı yazılım MATLAB kullanır ve sürüm yükseltmeleri ve / veya işletim sistemi yükseltmeleri olduğunda, bazı program bağlantıları bozulabilir. Şu anda, yazılım MATLAB 2015b ve Mac OS sürümü 10.10 kullanım için optimize edilmiş, ama biz yakında bu tür değişikliklere karşı daha dayanıklı bir yazılım sürümünü göndermek için bekliyoruz edilir. Son olarak, video veri dosyaları hızlı geniş olur ve tahsis edilecek depolama alanı gerektirebilir. Özetle, burada sunulan kolayca Celest analizi için yüzme C. elegans videoları oluşturmak için çok yatırım yapmadan herhangi bir laboratuvar tarafından uygulanan basit bir yöntemdir. yazılım paketinin özellikleri sayesinde izleme kapsamlı otomasyon dahilanalizi, aynı anda birden fazla hayvan izleme ve çoğu lokomosyon parametrelerinin kantitatif için matematiksel üsleri (yani eğrilik tedbirler) kullanımı. Yazılım Restif ark ayrıntılı olarak halka açık kod ve demolar ile açık kaynak vardır. 8. Program takibi için gelişmiş bilgisayar vizyonu analizi, diğer yayınlanmış izleme sistemleri özellikleri olsa da (örneğin, Greenblum ve diğ., 2014 38) Burada sunulan yazılımın parametre analizi ile uyumludur. Gelecek gelişmeler yukarıda belirtilen işletim sistemleri (aynı zamanda Malzemelerin Tabloda belirtilen) özel sürümleri için kullanımını kısıtlamak değil daha sağlam bir paket içine dönüştürme yazılımı doğru yönlendirilecektir.

genetik, epigenetik, deneyim ve çevre etkisi davranışı modern biyolojinin önemli bir sorundur nasıl tanımlanması. hesaplama izlenen ve bu hedefe doğru kritik katkılar sağlayabilir ölçülebilir Basit, genetik müsait modelleri. Nematod Caenorhabditis elegans böyle bir modeldir. Bu makalenin amacı, lokomosyon yüzme C. elegans izlenir ve biyolojik alaka ile sekiz yeni özellikleri hakkında bilgi ayıklamak için oranlamr nasıl göstermektir. 3 w ve 20 ° C 1,2 yaklaşık 4 gün bir üreme dönemi - C. elegans yaklaşık 2 nispeten kısa bir ömrü vardır. Standart laboratuvar kültürlerde, bu mikroskobik nematod bakteriyel bir besin kaynağı 3,4 ile yayılır nematodu Büyüme Medya (NGM) içeren Petri kapları yetiştirilir. WT N2 hayvanlar agar dolu plakaları üzerinde zarif sinüzoidal dalgalar aktif hareket; Onlar hareket sıçan değiştirmek(tarama) konut, (gıda arayışı) dolaşım, ya da bir yemek (inaktif tokluk sakinleştikten) kurtarma sırasında es 5. Düşüş 6 veya yaş 7-12 zamanda dramatik plakalar üzerinde hareket değiştirebilir. Healthspan&#39;in ya da yaşlanma davranışı modüle eden genler işlevsel olarak C. elegans hareket paternleri veya lokomosyon analizi ile karakterize edilebilir. Healthspan&#39;in ölçmek için bir yaklaşım olarak şiddetli fiziksel aktivite sınıfı A ve felç olma sınıfının C 7,8,13 ile, plakalar üzerinde kendi hareketin göre üç kategoriye (örneğin, A, B, ve C) içine yaşlanma yetişkin sınıflandırmak etmektir. Böyle nitel sıralama fiziksel uygunluk farklılıkları ortaya çıkarmak için yararlı olsa da, kategoriler net sınırlar olmadan geniştir ve dolayısıyla puanlama önyargı deneyci tabidir. Izci Giderek artan sayıda nesnellik, gelişmişliği yükseltilmiş, ve C analizi hassas hareketini elegansKatı ortam 14-18. Plakalar üzerindeki hareket çok hayvan ortamın katı yüzey ile temas ettiği düzleme sınırlıdır elegans. (C. elegans, birden çok düzlemde elemanların, bir katı yüzey ile temas halinde de vücudun geri kalan kafadan kaldırarak keşif neden olabilir. Bununla birlikte, bu davranış, olağan değildir.), Sıvı yerleştirilmiştir, bu nematod katı yüzeylerdeki hayvanlara kıyasla daha kapsamlı boyutlu hareketi, hız ve hareket derinliği daha geniş bir yelpazede, ve posterior farklı hareket anterior yaşla birlikte artan insidansı özellikleri bir dalgalı hareket, ya da yüzme, başlatır. fiziksel uygunluk ve yeni ortama yanıt hızlı bir analiz olarak, bir deneyci bir sıvı damlası içine tek bir hayvanı yerleştirebilir ve diseksiyon kapsamında vücut kıvıran frekansını puan. Video kayıt yüzme gücü bugünkü ve gelecekteki skorlarının kolaylaştırabilirhayvan. Ancak, manuel yaklaşım atılır olabilir özelliklerin sayısını sınırlar ve tam bir defada bir hayvan puanlama kısıtlıdır. sıvı içindeki Hareket az katı ortam üzerinde hareketin daha incelenmiştir. Nitekim, sıvı 19-24 yılında lokomosyon ölçmek için laboratuarda uygulanması sağlam ve kolay birkaç yazılım seçenekleri vardır. Yazılım Celest (C. elegans Swim Testi) Hareket 8 doğası ile doğrudan alakalı verileri (eğrilik puanları) teslim kullanımı ve matematiksel temelli önlemlerin sadeliği sunar; (Restif ve ark., 8 özellikleri ve avantajları detaylı tanımı). Dahası, hesaplama analizleri insan gözünün puan için imkansız olan fenotipik özelliklerin açıklanmasını sağlar. İşte, bu analiz yaklaşımının çözünürlüğü örneklemek veri sonraki Celest analizi açıklanmıştır için yüzmek denemeler kayıt protokolü uygulamak için kolay sunulmuş ve.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1764">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">REAGENT</td>
			<td style="width:256px;"></td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td style="width:649px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:484px;">N2</td>
			<td style="width:256px;">Caenorhabditis Genetics Center (CGC)</td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td>C. elegans wild type (ancestral).</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:484px;">OP50 Escherichia coli</td>
			<td style="width:256px;">Caenorhabditis Genetics Center (CGC)</td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td>Biosafety Level: BSL-1.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:484px;">OP50-1 Escherichia Coli&#160;</td>
			<td style="width:256px;">Caenorhabditis Genetics Center (CGC)</td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td>Streptomycin resistant strain of OP50.&#160; Biosafety Level: BSL-1.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">Streptomycin sulfate salt</td>
			<td style="width:256px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:375px;">S6501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">Printed Microscope Slides&#160;</td>
			<td style="width:256px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:375px;">Gold Seal Fluorescent Antibody Microslides: 3032-002</td>
			<td>have two etched 10mm diameter circles delineated by white ceramic ink</td>
		</tr>
		<tr height="126">
			<td height="126" style="height:126px;width:484px;">Nematode Growth Medium (NGM)</td>
			<td style="width:256px;">For 1L: 17g Agar, 3g NaCl, 2.5g Peptone, 1mL 1M CaCl2, 1mL 5mg/mL Cholesterol in ethanol, 25mL 1M KPO4 buffer, 1mL 1M MgSO4, H2O to 1 L. Sterilize by autoclaving.</td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td>Stiernagle, T. Maintenance of C. elegans. WormBook, 1-11, doi:10.1895/wormbook.1.101.1 (2006)</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:484px;">M9 buffer</td>
			<td style="width:256px;">For 1L: 3g KH2PO4, 6g Na2HPO4, 5g NaCl, 1mL 1 M MgSO4, H2O to 1 L. Sterilize by autoclaving.</td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td>Stiernagle, T. Maintenance of C. elegans. WormBook, 1-11, doi:10.1895/wormbook.1.101.1 (2006)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;"></td>
			<td style="width:256px;"></td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">EQUIPMENT</td>
			<td style="width:256px;"></td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">CeleST</td>
			<td style="width:256px;">Driscoll Lab, Rutgers University</td>
			<td style="width:375px;">C. elegans Swim Test</td>
			<td>Open Source, see http://celestmod.github.io/CeleST/ and http://celest.mbb.rutgers.edu/</td>
		</tr>
		<tr height="189">
			<td height="189" style="height:189px;width:484px;">MATLAB</td>
			<td style="width:256px;">www.mathworks.com/downloads</td>
			<td style="width:375px;">MatLab version 2015b (best)</td>
			<td style="width:649px;">The CeleST version demonstrated here has best functionality with Mac OS 10.10 and MatLab 2015b. MATLAB 2015B introduced changes to how MATLAB handled graphics, including a new coding convention and syntax. These changes resolved an issue that couldn&#39;t be resolved elegantly (primarily because the internals of MATLAB really needed the major graphics overhaul implemented in MATLAB 2015B). For this reason, CeleST should always be run on MATLAB 2015B or later versions. However for users without access to MATLAB version 2015B or later (or MATLAB at all), we have created a CeleST program that doesn&#39;t need MATLAB on the computer at al. An installer is downloaded by the prospective user and then it installs itself onto the computer through a couple prompts like most programs.&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="126">
			<td height="126" style="height:126px;width:484px;">Mac OS</td>
			<td>www.apple.com</td>
			<td style="width:375px;">Version 10.10</td>
			<td style="width:649px;">Currently, CeleST has been ported to the major operating systems (Windows, Mac, and Linux). The current code can be run on any of the operating systems and there are versions for each operating system that don&#39;t even require users to have MATLAB to use CeleST (this version requires a large download). The Windows version has been tested the least and is most prone to bugs as such. Linux has been moderately tested. And Mac has been and continues to be tested extensively (primarily because it&#39;s the operating system in our lab).</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">Stereomicroscope&#160;</td>
			<td style="width:256px;">Zeiss</td>
			<td style="width:375px;">Stemi 2000-C&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">Transmitted Light Base</td>
			<td style="width:256px;">Diagnostic Instruments</td>
			<td style="width:375px;">TLB 3.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">Digital CCD Camera</td>
			<td style="width:256px;">QImaging</td>
			<td style="width:375px;">Rolera-XR Mono Fast 1394 (ROL-XR-F-M-12)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">Digital Video Recording Software</td>
			<td style="width:256px;">Norpix</td>
			<td style="width:375px;">Streampix Version 3.17.2</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

automated analysis of c. elegans swim behavior using celest software

davranışı düzenleyen nöronal ve nöromüsküler devreleri Kesme biyoloji önemli bir sorun olmaya devam etmektedir. Nematod Caenorhabditis elegans aslında temel fonksiyonel desen spesifik moleküler sürücüleri aydınlatan, insan beyninin connectome bina, teknolojik yaklaşımlar ilham verici, bu meydan mücadele için yardımcı paha biçilmez bir model organizmadır olduğu kanıtlanmıştır. C. elegans davranışsal çalışmalar dökme katı substratlar üzerinde gerçekleştirilmiştir. sıvı içinde, hayvanlar 3D hızları aralığında hareket yanı sıra kantitatif için yeni zorluklar tanıtmak gibi ön şekil değişikliği olmadan posterior kıvrılma gibi kısmi vücut hareketleri, dahil davranış sergilerler. Basit bir işlem aşamaları ve C. elegans yüksek çözünürlüklü analiz davranışını yüzmek sağlayan bir yazılımın kullanımı, burada sunulmuştur. Celest adlı yazılım, izleyen bir uzman bilgisayar programı kullananC. birden aynı anda hayvanlar ve sağlayan yeni önlemler sıvı (yüzme) &#39;de lokomosyon elegans. önlemler çoğunlukla eşik kesilmelerine karşı hesaplama gereksinimleri olmadan, bilgisayar vizyonu ve örüntü tanıma kullanılan matematik hayvan duruş topraklı ve dayanır. Her iki kombine küçük parti çalışmalardan elde edilen hayvanların yüzlerce genel yüzme cesaret değerlendirmek ve hatta yeni fenotipleri iyi karakterize genetik mutantlar ortaya çıkarmak için yazılım aracı kullanılabilir. Celest ile analiz için örneklerin hazırlanması bilimsel topluluk tarafından geniş adaptasyonunu sağlayarak, basit ve düşük teknoloji olduğunu. Burada açıklanan hesaplama yaklaşımının kullanılması dolayısıyla C. elegans modeli davranış ve davranış devrelerin daha iyi anlaşılması için katkıda bulunmalıdır.

Sıvı (yüzme) &#39;de lokomosyon analiz ederek, (emekleme) katı ortam üzerinde kolayca anlaşılır olmayan fenotipleri açıklığa edilebilir. Yüzme lokomosyon ölçmek için biz yüzme davranışı 8 on yeni parametreleri ölçen özel bir yazılım geliştirdi. Bu parametrelerin sekiz en yararlı Tablo 1 &#39;de ayrıntılı olarak tarif edilmiştir. Bu parametreler Dalga başlatma oranı, Vücut dalga sayısı, Asimetri, Streç, Curling, Sürüş hızı, Fırça inme ve Aktivite endeksi olarak adlandırılır. Yazılımın gücünü örnekleyen Çalışmalar, WT, mutant davranışsal ya da uzun ömürlü kökenden 8 ile yaşlanma yetişkinlerin yüzlerce fonksiyonel düşüş tanımladığınız ve iyi çalışılmış uzun ömürlü mutantlar yaş-1 (hx546) ve daƒ-16 (mgDƒ50) analiz ettik hangi normal insülin sinyal yolunu bozan mutasyonu taşıyan. Gen yaş 1 (a phosphatidylinositide 3-kinaz PIK3 kodlayanBu mutasyon hx546 barındırdığı) katalitik alt birim ve, ömür uzatma ve stres direnci 27-29 neden olur. Gen daƒ-16 ömrünü kısaltır ve 30-33 silinen zaman stres yanıtı bozan bir forkhead kutusu O (Foxo) transkripsiyon faktörü kodlayan. Dalga başlatma oranı, Seyahat hızı, Fırça inme ve Etkinlik indeksi gibi yüzme belirli parametreler giderek daha olumlu genetik geçmişleri (Şekil 1) yaşla birlikte azalmıştır. Mevcut bilgi doğrultusunda, uzun ömürlü yaş 1 (hx546) mutantlar, gelişmiş ve son derece ileri yaslarda WT daha şiddetli fiziksel performans gösterdi. Beklenen olarak da, kısa ömürlü daƒ-16 (mgDƒ50) mutantlar özellikle son derece ileri yaslarda, performans tehlikeye görüntülenen. Enteresandır ki, sadece Celest bilgisayarla görme ve matematiksel algoritma paketinin SuperIO incelemesine altındayaş 1 (hx546) mutantlar r yüzmek performansı yetişkinlik başlangıcında saptanabilir oldu. Yaş 1 (hx546) genç erişkin yaşamda gelişmiş fiziksel performans sonuçları bu mutasyon daha önce (Şekil 1) takdir şekilde normal gelişimini ve / veya genç erişkin fenotip etkilediğini düşündürmektedir gerçeği. Vücut dalga sayısı, Asimetri, Stretch ve Curling parametreleri WT yaş ve yaşlanma mutant yetişkinler (Şekil 2) ile yukarı yönlü seyir. İlginçtir, yazılım çözünürlük seviyesi germek ve aynı ölçüde bükmek için yaş-1 (hx546) yaşamlarının ve aşırı eski daƒ-16 (mgDƒ50) mutantlar yetersizlik boyunca mutantlar sürekli simetri gibi ince davranış özellikleri ortaya daha yukarı yaştaki WT ve yaş 1 (hx546) yetişkinler. Fiziksel perfo genel kaçınılmaz kaybına ek olarakyaş, her yetişkin yaşlanma sürecinde eşsiz bir ilerleme desen görüntüler nedeniyle genetik ve çevre 7 neredeyse homojen olsa bile rmance. (Genetik ve çevre kontrol ederek, bu faktörlerin olası karıştırıcı etkileri yaşa bağlı dejenerasyon stochasticity önemli katkısı açıklanması, en aza indirilir.) Benzer genetik arka plan bir senkronize C. elegans nüfus kontrollü bir ortamda tutulan hala bir karışımını içerir onların yaşlanma özelliklerine göre bireylerin farklı sınıflar. Tüm sağlıklı yetişkinler başlar rağmen diğerleri daha uzun süre (zarif agers, sınıf A) canlılığını muhafaza ederken, bazıları hızla kendi fiziksel uygunluk (kötü Agers, C sınıfı) kaybedersiniz. Kötü: agers Böylece zarif agers nazaran daha kısa bir Healthspan&#39;in var gibi görünmektedir. Gibi diğer çalışmamızda 8 ayrıntılı, zarif agers genç fiziksel fitn muhafazaess daha genç yetişkinlerin yüzme profili ile karşılaştırıldığında gözlemlediği gibi (3, 4 ve Şekiller 5). Bu sürekli spor sonrası üreme çağındaki uzun ömürlü yaş 1 (hx546) mutantlar fiziksel performans (D 11) ile karşılaştırılabilir (Şekil 1 ve 2). Aksine, kötü agers dramatik aşırı eski ve progerik daƒ-16 (mgDƒ50) yetişkinler (- 4 Şekil 1) benzer seviyelerde performans, kısa bir süre üreme sonra fiziksel kapasite çoğunu kaybetti. Bu benzerlikler brüt karşılaştırma yoluyla çizilebilir, ancak belirli imzalar yakından bakmak kolaylıkla fark edilir. Streç ve curling aşırı eski vahşi türleri ve yaşlanma mutantlar hem yaygınlığı arasında bazı korelasyon (Şekil 2) olmasına rağmen Örneğin, bu ilişki kötü agers görülmez (Şekil 4 ve 5), kıvrılmaya yüksek eğilimi göstermektedir ki yukarı amaTest örnekleri germek değil. Sunduğumuz yazılım böylece daha önce uysal değildi daha gelişmiş çalışmalar için araçlar sağlayarak fiziksel uygunluk veya lokomotor kapasite analizi boyut katar. Özetle, Celest belirli koşulların imzaları olabilir benzersiz ve ortak parametre kalıplarının belirlenmesini (sağlayan sekiz özgü genetik, epigenetik davranışsal parmak izi tanımlamak burada vurgulanan yeni önlemler ve çevre kökenden şeklinde kapsamlı okumalar sağlar bu Healthspan&#39;in çevre, farmakolojik, beslenme), biyolojik işlemler, ya da organizma belirtir. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/54359/54359fig1.jpg" /> Şekil 1: Dalga Başlatma Oranı (A) Aktivite İndeksi (B), Fırça Darbesi (C) ve WT, yaş-1 (hx546) için Sürüş Hızı (D) ve daƒ-16 Celest Yazılım Raporları (mgDƒ50)<html> D 4 (genç yetişkinlik), 11 (post-üreme) ve 20 (aşırı eski) hakkında Yetişkinler. y ekseni anlamı &#39;numarası&#39; &#39;#&#39;. WTS yeşil ve daƒ-16 kırmızı, gri, yaş-1 renklidir. Hata çubukları, ortalamanın (SEM), standart hatalarıdır. Aynı yaş WT ve yaşlanma mutantlar ANOVA Dunnett çoklu karşılaştırma testi ile takip tek yönlü kullanarak istatistiksel anlamlılık için karşılaştırıldı. ** P = 0.001 - &lt;0.01; *** P = 0.0001 - &lt;0.001. n = her veri 62 dört bağımsız çalışmalarda etmektedir. Burada dikkat ve Şekil 2, her 30 s Video 4 hayvanlar ile yapılır ve her deneme için biz 4 yüzme videoları 16 hayvanların toplam puanı, bu gösterilen her bir veri noktası için 4 biyolojik çoğaltır için yapılır. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/54359fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <html> ntent &quot;fo: keep-together.within-page =&quot; 1 &quot;&gt; <img alt="şekil 2" src="/files/ftp_upload/54359/54359fig2.jpg" /> Şekil 2: Vücut Dalga sayısı (A), Asimetri (B), Stretch (C) ve WT Curling (D), yaş-1 (hx546) ve daƒ-16 D 4 (mgDƒ50) Yetişkinler Yazılım Raporları (genç yetişkinlik), 11 (post-üreme) ve 20 (aşırı eski). y ekseni anlamı &#39;numarası&#39; &#39;#&#39;. WT kırmızı, gri, yaş-1 yeşil ve daf-16 renklidir. Hata çubukları, ortalamanın (SEM), standart hatalarıdır. Aynı yaş WT ve yaşlanma mutantlar ANOVA Dunnett çoklu karşılaştırma testi ile takip tek yönlü kullanarak istatistiksel anlamlılık için karşılaştırıldı. * P = 0.01 - &lt;0.05; ** P = 0.001 - &lt;0.01; *** P = 0.0001 - &lt;0.001. n = her veri noktası 62 bağımsız dört itibaren, 30 s denemeler yüzmek.e.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayınız. <img alt="Şekil 3," src="/files/ftp_upload/54359/54359fig3.jpg" /> Şekil 3: Dalga Başlatma Oranı (A) Aktivite İndeksi (B), Fırça Darbesi (C) ve genç WT yetişkinler için Sürüş Hızı (D) (D 4) ve aynı yaş Zarif ve Kötü Agers (D10 Yazılım Raporları ve 11). y ekseni anlamı &#39;numarası&#39; &#39;#&#39;. Genç WTS bir yeşil zarif Agers ve C sınıfı kötü agers kırmızı, gri, sınıfta renklidir. Hata çubukları, ortalamanın (SEM), standart hatalarıdır. Sınıf A zarif agers ve C sınıfı kötü agers Dunnett çoklu karşılaştırma testi ile takip tek yönlü ANOVA D 4 genç yetişkinler karşılaştırıldı. ****, P &lt;0.0001. n = bağımsız ikisinden her veri noktası 27, 30 s denemeler yüzmek. Grafik biraz Restif et al modifiye edilir. Creative altında yayınlandı (2014) 8,Commons Attribution (CC BY) lisansı http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/54359fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 4," src="/files/ftp_upload/54359/54359fig4.jpg" /> Şekil 4: Genç WT Yetişkinler için Vücut Dalga sayısı (A), Asimetri (B) ve Curling (C) Yazılım Raporları (D 4) ve aynı yaş zarif ve Kötü Agers (D 10 ve 11). y ekseni anlamı &#39;numarası&#39; &#39;#&#39;. Genç WTS kırmızı, gri, sınıfta yeşil ve C sınıfı kötü agers bir zarif Agers renklidir. Hata çubukları, ortalamanın (SEM), standart hatalarıdır. Sınıf A zarif agers ve C sınıfı kötü agers Dunnett çoklu karşılaştırma testi ile takip tek yönlü ANOVA D 4 genç yetişkinler karşılaştırıldı. ** P = 0.001 - &lt;0.01; ****, P &lt;0.0001; <strong&gt; n / a, toplam örnek büyüklüğünün sadece biri hayvan kıvrılmış beri sigara uygulanabilir. n = bağımsız ikisinden her veri noktası 27, 30 s denemeler yüzmek. Grafik biraz Restif et al modifiye edilir. (2014) 8, Creative Commons Attribution (CC BY) lisansı http yazıyı hangi: /creativecommons.org/licenses/by/4.0/. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/54359fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Şekil 5," src="/files/ftp_upload/54359/54359fig5.jpg" /> Şekil 5: Genç WT yetişkinler için Stretch Yazılım Raporu (D 4) ve aynı yaş Zarif ve Kötü Agers (D 10 ve 11). Genç WTS kırmızı, gri, sınıfta yeşil ve C sınıfı kötü agers bir zarif Agers renklidir. Hata çubukları, ortalamanın (SEM), standart hatalarıdır. A sınıfı zarif agers ve C sınıfı kötü agers D 4 y karşılaştırıldıDunnett çoklu karşılaştırma testi ile takip tek-yönlü ANOVA kullanılarak genç yetişkinler. n = her verilerde 27 iki bağımsız çalışmalarda etmektedir. Grafik biraz Restif et al modifiye edilir. (2014) 8, Creative Commons Attribution (CC BY) lisansı http yazıyı hangi: /creativecommons.org/licenses/by/4.0/. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/54359fig5large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.</a> <img alt="Video 1" src="/files/ftp_upload/54359/54359video1.jpg" /> Video 1: C. Temsilci grup Yüzme yetişkin elegans. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/Video1.mov" target="_blank">Bu videoyu görmek için lütfen buraya tıklayınız. (Indirmek için sağ tıklatın.)</a> <img alt="Video 2" src="/files/ftp_upload/54359/54359video2.jpg" /> Video 2: Test Hayvanlar yüzün Performansları bireysel eğriliği Haritalarının Celest Yazılım Hesaplama. Eğrilik haritaları arka planda hesaplanır; onlar kullanıcı ile yazılım arayüzü görünmez. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/Video2.mov" target="_blank">Bu videoyu görmek için lütfen buraya tıklayınız. (Indirmek için sağ tıklatın.)</a> <img alt="Video 3" src="/files/ftp_upload/54359/54359video3.jpg" /> Video 3: Bireysel Eğriliği Maps dayalı yüzmek Önlemleri Yazılım hesaplama. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/Video3.mov" target="_blank">Bu videoyu görmek için lütfen buraya tıklayınız. (Indirmek için sağ tıklatın.)</a> <img alt="Video 4" src="/files/ftp_upload/54359/54359video4.jpg" /> Video 4: Eğrilik güvenin yok Yüzücü Tedbirlerinin Yazılım HesaplamaHaritalar. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/Video4.mov" target="_blank">Bu videoyu görmek için lütfen buraya tıklayınız. (Indirmek için sağ tıklatın.)</a>

Watch this Scientific Journal Video about Automated Analysis of C. elegans Swim Behavior Using CeleST Software at JoVE.com

Automated Analysis of C. elegans Swim Behavior Using CeleST Software

sıvı içinde nematod yüzme davranış bilgisayar tabanlı analiz için etkin ve basit bir yöntem tarif edilmektedir. Yöntem C. elegans laboratuarlar için hiçbir yatırım çok az gerektirir. kullanılan donanım standart ve davranışsal analizi (Celest) için bilgisayar yazılımı açık kaynak kodlu bir tanesidir.

ve Otomatik Analizi<em&gt; C. elegans</emCelest Yazılım Kullanma&gt; Deniz Davranışı

Dissecting the neuronal and neuromuscular circuits that regulate behavior remains a major challenge in biology. The nematode Caenorhabditis elegans has ...

automated-analysis-of-c-elegans-swim-behavior-using-celest-software

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Automated Analysis of C. elegans Swim Behavior Using CeleST Software

12.3K Görüntüleme.  Rutgers University.  sıvı içinde nematod yüzme davranış bilgisayar tabanlı analiz için etkin ve basit bir yöntem tarif edilmektedir. Yöntem C. elegans laboratuarlar için hiçbir yatırım çok az gerektirir. kullanılan donanım standart ve davranışsal analizi (Celest) için bilgisayar yazılımı açık kaynak kodlu bir tanesidir. 

Video: Automated Analysis of C. elegans Swim Behavior Using CeleST Software

Assaying &beta;-amyloid Toxicity using a Transgenic C. elegans Model

Accumulation of the &beta;-amyloid peptide (A&beta;) is generally believed to be central to the induction of Alzheimer's disease, but the relevant mechanism(s) of toxicity are still unclear. A&beta; is also deposited intramuscularly in Inclusion Body Myositis, a severe human myopathy. The intensely studied nematode worm Caenorhabditis elegans can be transgenically engineered to express human A&beta;. Depending on the tissue or timing of A&beta; expression, transgenic worms can have readily measurable phenotypes that serve as a read-out of A&beta; toxicity. For example, transgenic worms with pan-neuronal A&beta; expression have defects is associative learning (Dosanjh et al. 2009), while transgenic worms with constitutive muscle-specific expression show a progressive, age-dependent paralysis phenotype (Link, 1995; Cohen et al. 2006). One particularly useful C. elegans model employs a temperature-sensitive mutation in the mRNA surveillance system to engineer temperature-inducible muscle expression of an A&beta; transgene, resulting in a reproducible paralysis phenotype upon temperature upshift (Link et al. 2003). Treatments that counter A&beta; toxicity in this model [e.g., expression of a protective transgene (Hassan et al. 2009) or exposure to Ginkgo biloba extracts (Wu et al. 2006)] reproducibly alter the rate of paralysis induced by temperature upshift of these transgenic worms. Here we describe our protocol for measuring the rate of paralysis in this transgenic C. elegans model, with particular attention to experimental variables that can influence this measurement.

Assaying &#946;-amyloid Toxicity using a Transgenic C. elegans Model

The intensely studied nematode worm Caenorhabditis elegans can be transgenically engineered to express the human &beta;-amyloid peptide (A&beta;). Induced expression of A&beta; in C. elegans muscle leads to a rapid, reproducible paralysis phenotype that can be used to monitor treatments that modulate A&beta; toxicity.

Transgenik kullanarak Assaying β-amiloid Toksisite C. elegans Model

Accumulation of the &beta;-amyloid peptide (A&beta;) is generally believed to be central to the induction of Alzheimer's disease, but the relevant ...

Nörobilim

In vivo Laser Axotomy in C. elegans

Neurons communicate with other cells via axons and dendrites, slender membrane extensions that contain pre- or post-synaptic specializations. If a neuron is damaged by injury or disease, it may regenerate. Cell-intrinsic and extrinsic factors influence the ability of a neuron to regenerate and restore function. Recently, the nematode C. elegans has emerged as an excellent model organism to identify genes and signaling pathways that influence the regeneration of neurons1-6. The main way to initiate neuronal regeneration in C. elegans is laser-mediated cutting, or axotomy. During axotomy, a fluorescently-labeled neuronal process is severed using high-energy pulses. Initially, neuronal regeneration in C. elegans was examined using an amplified femtosecond laser5. However, subsequent regeneration studies have shown that a conventional pulsed laser can be used to accurately sever neurons in vivo and elicit a similar regenerative response1,3,7.
We present a protocol for performing in vivo laser axotomy in the worm using a MicroPoint pulsed laser, a turnkey system that is readily available and that has been widely used for targeted cell ablation. We describe aligning the laser, mounting the worms, cutting specific neurons, and assessing subsequent regeneration. The system provides the ability to cut large numbers of neurons in multiple worms during one experiment. Thus, laser axotomy as described herein is an efficient system for initiating and analyzing the process of regeneration.

In vivo Laser Axotomy in C. elegans

A protocol to cut neurons in C. elegans with a MicroPoint pulsed laser is presented. We describe setting up the system, immobilizing worms, and severing labeled neurons. Advantages include a relatively low-cost system and the ability to sever neuronal processes or ablate cells in vivo.

C in vivo Lazer Axotomy elegans

Neurons communicate with other cells via axons and dendrites, slender membrane extensions that contain pre- or post-synaptic specializations. If a neuron ...

VisioTracker, an Innovative Automated Approach to Oculomotor Analysis

Investigations into the visual system development and function necessitate quantifiable behavioral models of visual performance that are easy to elicit, robust, and simple to manipulate. A suitable model has been found in the optokinetic response (OKR), a reflexive behavior present in all vertebrates due to its high selection value. The OKR involves slow stimulus-following movements of eyes alternated with rapid resetting saccades. The measurement of this behavior is easily carried out in zebrafish larvae, due to its early and stable onset (fully developed after 96 hours post fertilization (hpf)), and benefitting from the thorough knowledge about zebrafish genetics, for decades one of the favored model organisms in this field. Meanwhile the analysis of similar mechanisms in adult fish has gained importance, particularly for pharmacological and toxicological applications.
Here we describe VisioTracker, a fully automated, high-throughput system for quantitative analysis of visual performance. The system is based on research carried out in the group of Prof. Stephan Neuhauss and was re-designed by TSE Systems. It consists of an immobilizing device for small fish monitored by a high-quality video camera equipped with a high-resolution zoom lens. The fish container is surrounded by a drum screen, upon which computer-generated stimulus patterns can be projected. Eye movements are recorded and automatically analyzed by the VisioTracker software package in real time.
Data analysis enables immediate recognition of parameters such as slow and fast phase duration, movement cycle frequency, slow-phase gain, visual acuity, and contrast sensitivity.
Typical results allow for example the rapid identification of visual system mutants that show no apparent alteration in wild type morphology, or the determination of quantitative effects of pharmacological or toxic and mutagenic agents on visual system performance.

The VisioTracker is an automated system for the quantitative analysis of visual performance of larval and small adult fish based on the recording of eye movements. It features full control over visual stimulus properties and real-time analysis, enabling high-throughput research in fields such as visual system development and function, pharmacology, neural circuit studies and sensorimotor integration.

VisioTracker, Okülomotor Analizi Yenilikçi Otomatik Yaklaşım

Investigations into the visual system development and function necessitate quantifiable behavioral models of visual performance that are easy to elicit, ...

The Mouse Forced Swim Test

The forced swim test is a rodent behavioral test used for evaluation of antidepressant drugs, antidepressant efficacy of new compounds, and experimental manipulations that are aimed at rendering or preventing depressive-like states. Mice are placed in an inescapable transparent tank that is filled with water and their escape related mobility behavior is measured. The forced swim test is straightforward to conduct reliably and it requires minimal specialized equipment. Successful implementation of the forced swim test requires adherence to certain procedural details and minimization of unwarranted stress to the mice. In the protocol description and the accompanying video, we explain how to conduct the mouse version of this test with emphasis on potential pitfalls that may be detrimental to interpretation of results and how to avoid them. Additionally, we explain how the behaviors manifested in the test are assessed.

The forced swim test is validated as an experimental approach to assess potential antidepressant efficacy in rodents. Experimental animals are placed in a tank of water and escape-related mobility behavior is quantified. The common procedures for the mouse version of this test are described.

Fare Zorla Swim Testi

The forced swim test is a rodent behavioral test used for evaluation of antidepressant drugs, antidepressant efficacy of new compounds, and experimental ...

Automated Quantification of Synaptic Fluorescence in C. elegans

Synapse strength refers to the amplitude of postsynaptic responses to presynaptic neurotransmitter release events, and has a major impact on overall neural circuit function. Synapse strength critically depends on the abundance of neurotransmitter receptors clustered at synaptic sites on the postsynaptic membrane. Receptor levels are established developmentally, and can be altered by receptor trafficking between surface-localized, subsynaptic, and intracellular pools, representing important mechanisms of synaptic plasticity and neuromodulation. Rigorous methods to quantify synaptically-localized neurotransmitter receptor abundance are essential to study synaptic development and plasticity. Fluorescence microscopy is an optimal approach because it preserves spatial information, distinguishing synaptic from non-synaptic pools, and discriminating among receptor populations localized to different types of synapses. The genetic model organism Caenorhabditis elegans is particularly well suited for these studies due to the small size and relative simplicity of its nervous system, its transparency, and the availability of powerful genetic techniques, allowing examination of native synapses in intact animals.
Here we present a method for quantifying fluorescently-labeled synaptic neurotransmitter receptors in C. elegans. Its key feature is the automated identification and analysis of individual synapses in three dimensions in multi-plane confocal microscope output files, tabulating position, volume, fluorescence intensity, and total fluorescence for each synapse. This approach has two principal advantages over manual analysis of z-plane projections of confocal data. First, because every plane of the confocal data set is included, no data are lost through z-plane projection, typically based on pixel intensity averages or maxima. Second, identification of synapses is automated, but can be inspected by the experimenter as the data analysis proceeds, allowing fast and accurate extraction of data from large numbers of synapses. Hundreds to thousands of synapses per sample can easily be obtained, producing large data sets to maximize statistical power. Considerations for preparing C. elegans for analysis, and performing confocal imaging to minimize variability between animals within treatment groups are also discussed. Although developed to analyze C. elegans postsynaptic receptors, this method is generally useful for any type of synaptically-localized protein, or indeed, any fluorescence signal that is localized to discrete clusters, puncta, or organelles.
The procedure is performed in three steps: 1) preparation of samples, 2) confocal imaging, and 3) image analysis. Steps 1 and 2 are specific to C. elegans, while step 3 is generally applicable to any punctate fluorescence signal in confocal micrographs.

Automated Quantification of Synaptic Fluorescence in C. elegans

The abundance of neurotransmitter receptors clustered at synapses strongly influences synaptic strength. This method quantifies fluorescently-labeled neurotransmitter receptors in three dimensions with single-synapse resolution in C. elegans, allowing hundreds of synapses to be rapidly characterized within a single sample without distortions introduced by z-plane projection.

Içinde Synaptic florasan Otomatik Sayısallaştırma<em&gt; C. elegans</em

Synapse strength refers to the amplitude of postsynaptic responses to presynaptic neurotransmitter release events, and has a major impact on overall ...

C. elegans Tracking and Behavioral Measurement

We have developed instrumentation, image processing, and data analysis techniques to quantify the locomotory behavior of C. elegans as it crawls on the surface of an agar plate. For the study of the genetic, biochemical, and neuronal basis of behavior, C. elegans is an ideal organism because it is genetically tractable, amenable to microscopy, and shows a number of complex behaviors, including taxis, learning, and social interaction1,2. Behavioral analysis based on tracking the movements of worms as they crawl on agar plates have been particularly useful in the study of sensory behavior3, locomotion4, and general mutational phenotyping5. Our system works by moving the camera and illumination system as the worms crawls on a stationary agar plate, which ensures no mechanical stimulus is transmitted to the worm. Our tracking system is easy to use and includes a semi-automatic calibration feature. A challenge of all video tracking systems is that it generates an enormous amount of data that is intrinsically high dimensional. Our image processing and data analysis programs deal with this challenge by reducing the worms shape into a set of independent components, which comprehensively reconstruct the worms behavior as a function of only 3-4 dimensions6,7. As an example of the process we show that the worm enters and exits its reversal state in a phase specific manner.

C. elegans Tracking and Behavioral Measurement

We have developed a video-rate tracking microscope system that can record and quantify C. elegans behavior at high resolution and high speeds. We have also developed computational methods to reduce the dimensionality of the worm images to a fundamental set of measurements that completely describe the shape of the worm.

C. elegans Takip ve Davranış Ölçme

We have developed instrumentation, image processing, and data analysis techniques to quantify the locomotory behavior of C. elegans as it crawls on the ...

A Molecular Readout of Long-term Olfactory Adaptation in C. elegans

During sustained stimulation most sensory neurons will adapt their response by decreasing their sensitivity to the signal. The adaptation response helps shape attention and also protects cells from over-stimulation. Adaptation within the olfactory circuit of C. elegans was first described by Colbert and Bargmann1,2. Here, the authors defined parameters of the olfactory adaptation paradigm, which they used to design a genetic screen to isolate mutants defective in their ability to adapt to volatile odors sensed by the Amphid Wing cells type C (AWC) sensory neurons. When wildtype C. elegans animals are exposed to an attractive AWC-sensed odor3 for 30 min they will adapt their responsiveness to the odor and will then ignore the adapting odor in a chemotaxis behavioral assay for ~1 hr. When wildtype C. elegans animals are exposed to an attractive AWC-sensed odor for ~1 hr they will then ignore the adapting odor in a chemotaxis behavioral assay for ~3 hr. These two phases of olfactory adaptation in C. elegans were described as short-term olfactory adaptation (induced after 30 min odor exposure), and long-term olfactory adaptation (induced after 60 min odor exposure). Later work from L'Etoile et al.,4 uncovered a Protein Kinase G (PKG) called EGL-4 that is required for both the short-term and long-term olfactory adaptation in AWC neurons. The EGL-4 protein contains a nuclear localization sequence that is necessary for long-term olfactory adaptation responses but dispensable for short-term olfactory adaptation responses in the AWC4. By tagging EGL-4 with a green fluorescent protein, it was possible to visualize the localization of EGL-4 in the AWC during prolonged odor exposure. Using this fully functional GFP-tagged EGL-4 (GFP::EGL-4) molecule we have been able to develop a molecular readout of long-term olfactory adaptation in the AWC5. Using this molecular readout of olfactory adaptation we have been able to perform both forward and reverse genetic screens to identify mutant animals that exhibit defective subcellular localization patterns of GFP::EGL-4 in the AWC6,7. Here we describe: 1) the construction of GFP::EGL-4 expressing animals; 2) the protocol for cultivation of animals for long-term odor-induced nuclear translocation assays; and 3) the scoring of the long-term odor-induced nuclear translocation event and recovery (re-sensitization) from the nuclear GFP::EGL-4 state.

A Molecular Readout of Long-term Olfactory Adaptation in C. elegans

Here we describe a molecular readout of long-term olfactory adaptation in Caenorhabditis elegans. The Protein Kinase G, EGL-4, is necessary for stable adaptation responses in the primary sensory neuron pair called AWC. During prolonged odor exposure EGL-4 translocates from the cytosol to nucleus of the AWC.

Uzun vadeli Olfaktör İntibak A Moleküler Saati<em&gt; C. elegans</em

During sustained stimulation most sensory neurons will adapt their response by decreasing their sensitivity to the signal. The adaptation response helps ...

In vivo Neuronal Calcium Imaging in C. elegans

The nematode worm C. elegans is an ideal model organism for relatively simple, low cost neuronal imaging in vivo. Its small transparent body and simple, well-characterized nervous system allows identification and fluorescence imaging of any neuron within the intact animal. Simple immobilization techniques with minimal impact on the animal's physiology allow extended time-lapse imaging. The development of genetically-encoded calcium sensitive fluorophores such as cameleon 1 and GCaMP 2 allow in vivo imaging of neuronal calcium relating both cell physiology and neuronal activity. Numerous transgenic strains expressing these fluorophores in specific neurons are readily available or can be constructed using well-established techniques. Here, we describe detailed procedures for measuring calcium dynamics within a single neuron in vivo using both GCaMP and cameleon. We discuss advantages and disadvantages of both as well as various methods of sample preparation (animal immobilization) and image analysis. Finally, we present results from two experiments: 1) Using GCaMP to measure the sensory response of a specific neuron to an external electrical field and 2) Using cameleon to measure the physiological calcium response of a neuron to traumatic laser damage. Calcium imaging techniques such as these are used extensively in C. elegans and have been extended to measurements in freely moving animals, multiple neurons simultaneously and comparison across genetic backgrounds. C. elegans presents a robust and flexible system for in vivo neuronal imaging with advantages over other model systems in technical simplicity and cost.

In vivo Neuronal Calcium Imaging in C. elegans

With its small transparent body, well-documented neuroanatomy and a host of amenable genetic techniques and reagents, C. elegans makes an ideal model organism for in vivo neuronal imaging using relatively simple, low-cost techniques. Here we describe single neuron imaging within intact adult animals using genetically encoded fluorescent calcium indicators.

C. vivo Nöronal Kalsiyum Imaging&#39;de elegans

The nematode worm C. elegans is an ideal model organism  for relatively simple, low cost neuronal imaging in vivo. Its small transparent body and simple, ...

Visualizing Neuroblast Cytokinesis During C. elegans Embryogenesis

This protocol describes the use of fluorescence microscopy to image dividing cells within developing Caenorhabditis elegans embryos. In particular, this protocol focuses on how to image dividing neuroblasts, which are found underneath the epidermal cells and may be important for epidermal morphogenesis. Tissue formation is crucial for metazoan development&#160;and relies on external cues from neighboring tissues. C. elegans is an excellent model organism to study tissue morphogenesis in vivo due to its transparency and simple organization, making its tissues easy to study via microscopy. Ventral enclosure is the process where the ventral surface of the embryo is covered by a single layer of epithelial cells. This event is thought to be facilitated by the underlying neuroblasts, which provide chemical guidance cues to mediate migration of the overlying epithelial cells. However, the neuroblasts are highly proliferative and also may act as a mechanical substrate for the ventral epidermal cells. Studies using this experimental protocol could uncover the importance of intercellular communication during tissue formation, and could be used to reveal the roles of genes involved in cell division within developing tissues.

Visualizing Neuroblast Cytokinesis During C. elegans Embryogenesis

This protocol describes how to image dividing cells within a tissue in Caenorhabditis elegans embryos. While several protocols describe how to image cell division in the early embryo, this protocol describes how to image cell division within a developing tissue during mid late embryogenesis.

Sırasında Neuroblast Sitokinez görselleştirme<em&gt; C. elegans</em&gt; Embriyo

This protocol describes the use of fluorescence microscopy to image dividing cells within developing Caenorhabditis elegans embryos. In particular, this ...

In Vivo Imaging of Dauer-specific Neuronal Remodeling in C. elegans

The mechanisms controlling stress-induced phenotypic plasticity in animals are frequently complex and difficult to study in vivo. A classic example of stress-induced plasticity is the dauer stage of C. elegans. Dauers are an alternative developmental larval stage formed under conditions of low concentrations of bacterial food and high concentrations of a dauer pheromone. Dauers display extensive developmental and behavioral plasticity. For example, a set of four inner-labial quadrant (IL2Q) neurons undergo extensive reversible remodeling during dauer formation. Utilizing the well-known environmental pathways regulating dauer entry, a previously established method for the production of crude dauer pheromone from large-scale liquid nematode cultures is demonstrated. With this method, a concentration of 50,000 - 75,000 nematodes/ml of liquid culture is sufficient to produce a highly potent crude dauer pheromone. The crude pheromone potency is determined by a dose-response bioassay. Finally, the methods used for in vivo time-lapse imaging of the IL2Qs during dauer formation are described.

In Vivo Imaging of Dauer-specific Neuronal Remodeling in C. elegans

Following exposure to specific environmental stressors, the nematode Caenorhabditis elegans undergoes extensive phenotypic plasticity to enter into a stress-resistant &#8216;dauer&#8217; juvenile stage. We present methods for the controlled induction and imaging of neuroplasticity during dauer.

C. Dauer-spesifik nöronal Yaptırma Vivo Görüntülemede elegans

The mechanisms controlling stress-induced phenotypic plasticity in animals are frequently complex and difficult to study in vivo. A classic example of ...