تطوير CeleST كان مدعوما من المعاهد الوطنية للصحة تمنح R21AG027513 وU01AG045864. يتم تكييفها البيانات وبعض التأكيدات فيديو قصيرة من Restif وآخرون. (2014) 8، التي نشرت تحت المشاع المبدع مؤلفه (CC BY) رخصة http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/. نشكر ريكاردو ارانجيرو لمساعدة المخطوطات.

1. نيماتودا النمو والمناولة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تنمو C. ايليجانس على لوحات بيتري القياسية التي تحتوي على NGM رصدت مع OP50-1 كولاي كمصدر الغذاء 1-3. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إبقاء الثقافات في حاضنة التي تحافظ على درجة الحرارة المطلوبة. C. ايليجانس تنمو جيدا 15-25 درجة مئوية، مع 20 ° C كونها درجة حرارة النمو القياسية. ملاحظة: السباحة هو النمط الظاهري قوية، ولكن السباحة قوة يمكن أن تتأثر بالعوامل البيئية بما في ذلك التلوث على لوحات وارتفاع درجة حرارة الثقافات والشرائح. وينبغي بذل جهود قوية للحفاظ على ظروف مستقرة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام معول الخيطية محلية الصنع مصنوعة من سلك البلاتين اللهب مختومة إلى قضيب من الزجاج للتعامل مع نقل الحيوانات واحدة (4). </li></ol> 2. إعداد تحليل السباحة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام نظام متكامل يتألف من مجهر تشريحي، كاميرا CCD الرقمية، والرقمية برامج تسجيل الفيديو. في كاليفورنيا البرمجيات CeleSTن استخدامها على كمبيوتر منفصل. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تغطية المجهر بقطعة قماش سوداء (على سبيل المثال، رأى) لمنع الوهج في منطقة الهبوط السباحة على شريحة المجهر وتحسين جودة الصورة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ضبط المسافة العمل المجهر والتكبير على مرأى ومسمع من منطقة السباحة، ومرآة قاعدة للحصول على النقيض تماما من الحيوانات ضد الخلفية. ضبط الإضاءة إلى حقل مظلم لتصور جثث البالغين بيضاء على خلفية سوداء، الذي يعمل بشكل جيد جدا لرؤية الحسابية وتعقب مع برامج التحليل السباحة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احرص على إبقاء منطقة العمل، شريحة المجهر، والسباحة إسقاط نظيفة جدا. الحطام يمكن أن تتداخل مع التحليل الذي يسد السباحة الحرة من البالغين، ويمكن الكشف عن المواضيع رقيقة من الألياف كما nonmoving الحيوانات خلال تتبع. </li></ol></li></ol> 3. إعداد الحيوان للتحليل اللياقة البدنية في السائل <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ماصة 60 ميكرولتر سعازلة و 1X M9 في حلقة 10 مم مطبوع مسبقا على شريحة المجهر. تأكد من أن انخفاض يغطي تماما على منطقة داخل الحلبة. البرنامج مقتطفات مزيد من المعلومات السباحة باستخدام هذا الحجم قطرة الواردة على شريحة من أنه إذا باستخدام لوحات multiwell. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> اختيار الديدان الخيطية الكبار واحدة ونقلها إلى قطرة من العازلة 1X M9، والتقليل من نقل البكتيريا التي يمكن أن تلقي بظلالها على السائل. تقليل البكتيريا عن طريق وضع لأول مرة حيوانات لنقلها إلى الجانب من لوحة التي لا تحتوي على الكثير من العشب البكتيرية، والسماح لهم الزحف، وبلطف ثم رفع لهم. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عند نقل النيماتودا في انخفاض، واستخدام نطاق تشريح بالقرب من محطة تحليل للحد من طول الفترة الزمنية السباحة، والتي يمكن أن تؤثر على سلوك الحيوانات 25. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع 4 فقط من البالغين في الانخفاض اذا تحركت بقوة ومسارات عبر كثير من الأحيان. كتوجيه للحد من السباحين متداخلة (الذي يفند التحليل الحسابي)، والنظر في وضع4 حيوانات من كل قطرة ماء عندما تكون نشطة مثل الشباب والبالغين وزن صحي و 5 حيوانات من كل قطرة ماء عندما يتقدمن في السن وتظهر أقل قوة. ملاحظة: الديدان الخيطية صحي WT تبدأ غريزي السباحة قريبا بعد وضعه في السائل. مع المعونة من اختيار الخيطية، فصل بلطف بالغ في انخفاض إذا كانت تتجمع. </li></ol></li></ol> 4. تحليل للياقة البدنية في السائل - تسجيل فيديو للسباحة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ضع الشريحة محملة البالغين على قاعدة من المجهر لتسجيل السباحة. 30 ثانية تفاصيل القبض على أشرطة الفيديو للسلوك حيوان الفرد في السائل (فيديو 1)، وأخذ عينات من أعداد كبيرة من يتم إنجاز بسهولة عندما بمساعدة برنامج CeleST 8،26 هذه السجلات. ومع ذلك، تعد السباحة فترات قد يكون مثاليا للدراسات سلوكية محددة أخرى 25. الأهم من ذلك، تأكد للحفاظ على نفس التكبير في جميع التسجيلات منذ الاختلافات التكبير affecتحليل السباحة ر والمقارنة إرادة التحيز. ملاحظة: يتم توفير هذه الخطوات التوجيه باستخدام برنامج تسجيل الفيديو الرقمي المدرجة في جدول المواد. فيرتوالدوب برامج الوصول المفتوح قد بديلا، على الرغم من أننا لم تختبر هذا. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام الإعدادات التالية للاسترشاد بها تحليل السباحة الناجح: حجم الصورة 696 س 520 بكسل، دقة وضوح الصورة من 0.02 ملم / بكسل، وبمعدل 18 لقطة / ثانية. إصدارات دقة أعلى من هذه الإعدادات قد يسهل تتبع لكنها لن تؤثر على المقاييس المحسوبة من قبل البرنامج. ملاحظة: منطقة السباحة التي تقدمها انخفاض 60 ميكرولتر من العازلة 1X M9 على شريحة المجهر لا يملك الكثير من العمق، مما يقلل إلى أعلى والحركة الهبوطية السباحة. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ضمن إعدادات، انتقل إلى &quot;تسجيل&quot;، تعيين &quot;الحد تسلسل الحجم&quot; إلى &quot;545 الإطارات على القرص &#39;. تحت العنوان نفسه، والتحقق من مربع &quot;استخدام إدارة تسجيل. انقر على &quot;تحرير RECOR الحاليدينغ النصي ... &#39;زر، وتحت عنوان &quot;أوامر&quot;، حدد &quot;الاستيلاء على الإطار، وتحت عنوان&quot; شروط وقف&#39;، أدخل &quot;أوقفوا بعد 0: 00: 30.00. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لتسجيل، اختر &#39;تسلسل جديد في ذاكرة الوصول العشوائي &quot;تحت عنوان المنزل، ثم اضغط على الزر الأحمر&#39; سجل &#39;. يقوم البرنامج انتزاع 545 إطارات خلال 30 ثانية مع الكاميرا الرقمية والاحتفاظ بها في ذاكرة الوصول العشوائي. </li></ol> 5. تحليل للياقة البدنية في السائل - معالجة الفيديو <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تفتيت الفيديو إلى سلسلة من إطارات الصور من خلال النقر على عنوان المنزل واختيار &quot;تصدير تسلسل كامل ل... &#39;في برنامج تسجيل الفيديو. ملاحظة: البرنامج تسجيل الفيديو الرقمي يمكن أن ينقذ قطة كما BMP. و. jpg و TIF، أو بابوا نيو غينيا، والتي يمكن قراءتها من قبل برنامج تحليل السباحة المقدمة هنا. لاحظ أن ملفات .tif استخدام المزيد من مساحة التخزين، ولكن بعض الأشكال مثل .jpg قد يقل جودة الصورة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إطلاق برنامج تحليل السباحة من MATLAB بذ النقر على زر التشغيل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> على الشاشة الرئيسية للبرنامج تحليل السباحة، استخدم &quot;إضافة فيديو واحد &#39;أو&#39; إضافة عناصر متعددة فيديو&quot; أزرار لتحميل تسلسل صورة إطارات في وقت واحد أو في مجموعات في حين ربط العلامات ذات الصلة مثل التركيب الوراثي والتاريخ والتجربة ومدتها . البرنامج بإنشاء قاعدة بيانات للمتواليات المسمى. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تمكين تتبع في وقت واحد من الحيوانات متعددة في تسلسل التي تم تحميلها خلال النقر على &quot;1. عملية أشرطة الفيديو. في الشاشة الجديدة، اختر الفيديو المطلوب في المربع الأيسر وانقر، &quot;إضافة إلى قائمة&quot;. لكل فيديو، انقر اسمها في القائمة اليمنى لعرض الصورة الأولى من الفيديو في أسفل اليمين. ترسيم منطقة السباحة عن طريق اختيار 3 نقاط داخل الحلبة، والشروع في معالجة بالنقر على &quot;معالجة كافة أشرطة الفيديو المذكورة أعلاه. عرض تقدم المعالجة في أسفل المركز. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وبمجرد الانتهاء، &#39;إغلاق&#39; الشاشة معالجة الفيديو. </li></ol> 6. تحليل للياقة البدنية في السائل - قياس <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على &quot;2. تدابير حساب &quot;لفتح شاشة جديدة حيث الفيديو معالجتها يمكن تحميلها، واحدة في وقت واحد، للتحقق من صحة أو رفض تتبع الحيوانات وحيدة. ستظهر مقاطع الفيديو التي تم تجهيزها في القائمة على اليسار حيث يمكن النقر على اسم الفيديو لتحميل هذا الفيديو. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدم هذه الخطوة اليدوي للتركيز على مجالات تتبع (كتل حمراء) غاب على النقيض من تتبع الناجح (كتل خضراء). ملاحظة: بدلا من ذلك، يمكن للمرء أن تعتمد على الانتاج الآلي للتتبع ساري المفعول منذ البرمجيات لديها نظام تتبع قوي (94.1٪ صلاحية كما لوحظ في 2020 الحيوانات من 404 أشرطة الفيديو 8). <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> العثور على &quot;صحة الجسم مجزأة&quot; في أول شريط الألوان عبر الشاشة في النصف السفلي. النسبة المئوية لل&quot;إطارات صالحة&quot; هي باللون الأخضر، والنسبة المئوية لل&quot;إطارات رفض &#39;هو باللون الأحمر. ≥80٪ من إطارات صالحة تدل على أن تتبع طتفقد المعلومات المستخدمة لحساب التدابير يأتي من 432 على الأقل إطارات من 540 في 30 ثانية السباحة محاكمة سجلت في 18 لقطة / ثانية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> التنقل بسهولة وتعديل كتل صالحة / رفض إطارات الاستفادة من &quot;كتلة التالي &#39;،&#39; تبديل صحة &#39;،&#39; كتلة تقسيم&quot;، والخيارات &quot;إطار عزل&quot;. في حدث نادر أن 2 الحيوانات عبرت مسارات في منطقة السباحة غير مزدحم، تبديل أرقام بطاقات الهوية الخاصة بهم على نطاق وإطار محدد مع زر &quot;تبديل&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عرض الرسوم البيانية في النصف السفلي من الشاشة للحصول على معلومات إضافية حول تتبع والعروض المتداخلة. طول الجسم مجزأة (الحيوان طول الجسم في الإطار) يرتبط مع تداخل حوادث. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا كان أي من النقاط المضيئة على الفيديو تتداخل مع التحليل، وضبط المناطق مشرق في منطقة السباحة عن طريق اختيار وظيفة &quot;مناطق الوهج. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> اضغط على &quot;حفظ والتدابير حساب&quot; لحفظ المدخلات صحة قبل ما يصلتحميل آخر فيديو معالجتها. في هذه المرحلة يحسب البرنامج في الخلفية (لا يظهر للمستخدم)، وخرائط انحناء أداء السباحة الحيوانات الفردية والمعلمات هو موضح أدناه (فيديو 2). ملاحظة: يتم وصف المعلمات قياس التي تركز على هنا في الجدول 1. وتحسب الموجة معدل البدء، عدد موجة الجسم، والتباين، وتمتد، والشباك على أساس خرائط انحناء أن يحسب البرنامج للحيوانات. لا تستند سرعة السفر، والسكتة الدماغية أمامي، وآخر المعلمات مؤشر على الخرائط انحناء. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر فوق &quot;إغلاق&quot; للخروج من شاشة &quot;التدابير حساب. </li></ol> 7. تحليل للياقة البدنية في السائل - إخراج النتائج ملاحظة: يمكن للبرنامج بتقديم تقارير عن التدابير متعددة من حركة السباحة، والتي تغطي من العلنية إلى دقيق جدا الصفات السلوكية لم يسجل بسهولة بالعين (فيديو 3 و 4). هناالتركيز على 8 المعلمات التي تظهر عادة مجموعة ديناميكية جيدة: موجة معدل البدء، عدد موجة الجسم، عدم التماثل، الإمتداد، الضفر، سرعة السفر، والسكتة الدماغية الفرشاة، ومؤشر آخر. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> على الشاشة الرئيسية للبرنامج، انقر على &#39;3. عرض النتائج &#39;للحصول على نتيجة التحليل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إنشاء مجموعات عينة للعلاج الإحصائية عن طريق تحديد تسلسل تحليل المطلوب من الإطارات في المربع الأيسر ونقلها إلى مجموعة العينة الجديدة أو القائمة بالضغط على &quot;إضافة إلى العينة المختارة &#39;أو&#39; إضافة إلى نموذج جديد&quot; أزرار. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر على &quot;عرض الرسوم البيانية لهذه العينات&quot; للذهاب إلى الشاشة الثانية التي تعرض الرسوم البيانية والإحصاءات الأساسية من العينات لكل من المعلمات 8 عن طريق الانتقاء في الجزء العلوي من الشاشة. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا رغبت في ذلك، وضبط تمثيل الرسوم البيانية في الجزء العلوي الأيسر من الشاشة باستخدام &#39;ألوان&#39;، &#39;# رسوم بيانية&#39;، و &#39;# من الديدان محددات. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استعمال&quot;رسوم بيانية 2D&quot; إلى مؤامرة مجموعات من أي معلمتين عن طريق &quot;القياس على المحور X&quot; و &quot;قياس على المحور Y &#39;القوائم المنسدلة على الجانب الأيسر من الشاشة. انقر فوق &quot;إغلاق&quot; للخروج والعودة إلى شاشة &quot;عرض النتائج&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام &#39;تصدير ...&#39; زر في أعلى يسار الشاشة لحفظ بيانات رقمية مفصلة على النحو ملف csv لفتح ومزيد من التلاعب في برنامج جدول بيانات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> &quot;إغلاق&quot; شاشة &quot;عرض النتائج من العودة إلى الشاشة الرئيسية وانقر على &#39;إنهاء&#39; لضمان توفير قاعدة بيانات تحتوي على تسلسل الفيديو تحليلها. </li></ol>

<ol>
	<li>Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+genetics+of+Caenorhabditis+elegans.">The genetics of Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 77 (1), 71-94 (1974).</li><li>Stiernagle, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maintenance+of+C.+elegans.">Maintenance of C. elegans.</a> WormBook. , 1-11 (2006).</li><li>Gallagher, T., Kim, J., Oldenbroek, M., Kerr, R., You, Y. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ASI+regulates+satiety+quiescence+in+C.+elegans.">ASI regulates satiety quiescence in C. elegans.</a> J Neurosci. 33 (23), 9716-9724 (2013).</li><li>Brown, A. E., Yemini, E. I., Grundy, L. J., Jucikas, T., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+dictionary+of+behavioral+motifs+reveals+clusters+of+genes+affecting+Caenorhabditis+elegans+locomotion.">A dictionary of behavioral motifs reveals clusters of genes affecting Caenorhabditis elegans locomotion.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (2), 791-796 (2013).</li><li>Herndon, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stochastic+and+genetic+factors+influence+tissue-specific+decline+in+ageing+C.+elegans.">Stochastic and genetic factors influence tissue-specific decline in ageing C. elegans.</a> Nature. 419 (6909), 808-814 (2002).</li><li>Restif, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CeleST:+computer+vision+software+for+quantitative+analysis+of+C.+elegans+swim+behavior+reveals+novel+features+of+locomotion.">CeleST: computer vision software for quantitative analysis of C. elegans swim behavior reveals novel features of locomotion.</a> PLoS Comput Biol. 10 (7), e1003702 (2014).</li><li>Ibanez-Ventoso, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modulated+microRNA+expression+during+adult+lifespan+in+Caenorhabditis+elegans.">Modulated microRNA expression during adult lifespan in Caenorhabditis elegans.</a> Aging Cell. 5 (3), 235-246 (2006).</li><li>Hahm, J. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=C.+elegans+maximum+velocity+correlates+with+healthspan+and+is+maintained+in+worms+with+an+insulin+receptor+mutation.">C. elegans maximum velocity correlates with healthspan and is maintained in worms with an insulin receptor mutation.</a> Nat Commun. 6, 8919 (2015).</li><li>Hsu, A. L., Feng, Z., Hsieh, M. Y., Xu, X. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+by+machine+vision+of+the+rate+of+motor+activity+decline+as+a+lifespan+predictor+in+C.+elegans.">Identification by machine vision of the rate of motor activity decline as a lifespan predictor in C. elegans.</a> Neurobiol Aging. 30 (9), 1498-1503 (2009).</li><li>Liu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+aging+in+the+nervous+system+contributes+to+age-dependent+motor+activity+decline+in+C.+elegans.">Functional aging in the nervous system contributes to age-dependent motor activity decline in C. elegans.</a> Cell Metab. 18 (3), 392-402 (2013).</li><li>Gerstbrein, B., Stamatas, G., Kollias, N., Driscoll, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+spectrofluorimetry+reveals+endogenous+biomarkers+that+report+healthspan+and+dietary+restriction+in+Caenorhabditis+elegans.">In vivo spectrofluorimetry reveals endogenous biomarkers that report healthspan and dietary restriction in Caenorhabditis elegans.</a> Aging Cell. 4 (3), 127-137 (2005).</li><li>Husson, S. J., Costa, W. S., Schmitt, C., Gottschalk, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Keeping+track+of+worm+trackers.">Keeping track of worm trackers.</a> WormBook. , 1-17 (2012).</li><li>Yemini, E., Jucikas, T., Grundy, L. J., Brown, A. E., Schafer, W. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+database+of+Caenorhabditis+elegans+behavioral+phenotypes.">A database of Caenorhabditis elegans behavioral phenotypes.</a> Nat Methods. 10 (9), 877-879 (2013).</li><li>Wang, S. J., Wang, Z. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Track-a-worm,+an+open-source+system+for+quantitative+assessment+of+C.+elegans+locomotory+and+bending+behavior.">Track-a-worm, an open-source system for quantitative assessment of C. elegans locomotory and bending behavior.</a> PLoS One. 8 (7), e69653 (2013).</li><li>Likitlersuang, J., Stephens, G., Palanski, K., Ryu, W. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=C.+elegans+tracking+and+behavioral+measurement.">C. elegans tracking and behavioral measurement.</a> J Vis Exp. (69), e4094 (2012).</li><li>Tsechpenakis, G., Bianchi, L., Metaxas, D., Driscoll, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+computational+approach+for+simultaneous+tracking+and+feature+extraction+of+C.+elegans+populations+in+fluid+environments.">A novel computational approach for simultaneous tracking and feature extraction of C. elegans populations in fluid environments.</a> IEEE Trans Biomed Eng. 55 (5), 1539-1549 (2008).</li><li>Krajacic, P., Shen, X., Purohit, P. K., Arratia, P., Lamitina, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomechanical+profiling+of+Caenorhabditis+elegans+motility.">Biomechanical profiling of Caenorhabditis elegans motility.</a> Genetics. 191 (3), 1015-1021 (2012).</li><li>Pierce-Shimomura, J. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+analysis+of+crawling+and+swimming+locomotory+patterns+in+C.+elegans.">Genetic analysis of crawling and swimming locomotory patterns in C. elegans.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 105 (52), 20982-20987 (2008).</li><li>Schreiber, M. A., Pierce-Shimomura, J. T., Chan, S., Parry, D., McIntire, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Manipulation+of+behavioral+decline+in+Caenorhabditis+elegans+with+the+Rag+GTPase+raga-1.">Manipulation of behavioral decline in Caenorhabditis elegans with the Rag GTPase raga-1.</a> PLoS Genet. 6 (5), e1000972 (2010).</li><li>Fang-Yen, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomechanical+analysis+of+gait+adaptation+in+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">Biomechanical analysis of gait adaptation in the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (47), 20323-20328 (2010).</li><li>Buckingham, S. D., Partridge, F. A., Sattelle, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated,+high-throughput,+motility+analysis+in+Caenorhabditis+elegans+and+parasitic+nematodes:+Applications+in+the+search+for+new+anthelmintics.">Automated, high-throughput, motility analysis in Caenorhabditis elegans and parasitic nematodes: Applications in the search for new anthelmintics.</a> Int J Parasitol Drugs Drug Resist. 4 (3), 226-232 (2014).</li><li>Ghosh, R., Emmons, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Episodic+swimming+behavior+in+the+nematode+C.+elegans.">Episodic swimming behavior in the nematode C. elegans.</a> J Exp Biol. 211 (Pt 23), 3703-3711 (2008).</li><li>Restif, C., Ibanez-Ventoso, C., Driscoll, M., Metaxas, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tracking+C.+elegans+swimming+for+high-throughput+phenotyping.">Tracking C. elegans swimming for high-throughput phenotyping.</a> 2011 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro. , 1542-1548 (2011).</li><li>Friedman, D. B., Johnson, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mutation+in+the+age-1+gene+in+Caenorhabditis+elegans+lengthens+life+and+reduces+hermaphrodite+fertility.">A mutation in the age-1 gene in Caenorhabditis elegans lengthens life and reduces hermaphrodite fertility.</a> Genetics. 118 (1), 75-86 (1988).</li><li>Johnson, T. E., Tedesco, P. M., Lithgow, G. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparing+mutants,+selective+breeding,+and+transgenics+in+the+dissection+of+aging+processes+of+Caenorhabditis+elegans.">Comparing mutants, selective breeding, and transgenics in the dissection of aging processes of Caenorhabditis elegans.</a> Genetica. 91 (1-3), 65-77 (1993).</li><li>Morris, J. Z., Tissenbaum, H. A., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+phosphatidylinositol-3-OH+kinase+family+member+regulating+longevity+and+diapause+in+Caenorhabditis+elegans.">A phosphatidylinositol-3-OH kinase family member regulating longevity and diapause in Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 382 (6591), 536-539 (1996).</li><li>Lin, K., Dorman, J. B., Rodan, A., Kenyon, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=daf-16:+An+HNF-3/forkhead+family+member+that+can+function+to+double+the+life-span+of+Caenorhabditis+elegans.">daf-16: An HNF-3/forkhead family member that can function to double the life-span of Caenorhabditis elegans.</a> Science. 278 (5341), 1319-1322 (1997).</li><li>Ogg, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Fork+head+transcription+factor+DAF-16+transduces+insulin-like+metabolic+and+longevity+signals+in+C.+elegans.">The Fork head transcription factor DAF-16 transduces insulin-like metabolic and longevity signals in C. elegans.</a> Nature. 389 (6654), 994-999 (1997).</li><li>Ziv, E., Hu, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+variation+in+insulin/IGF-1+signaling+pathways+and+longevity.">Genetic variation in insulin/IGF-1 signaling pathways and longevity.</a> Ageing Res Rev. 10 (2), 201-204 (2011).</li><li>Murphy, C. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genes+that+act+downstream+of+DAF-16+to+influence+the+lifespan+of+Caenorhabditis+elegans.">Genes that act downstream of DAF-16 to influence the lifespan of Caenorhabditis elegans.</a> Nature. 424 (6946), 277-283 (2003).</li><li>Sulston, J. E., Horvitz, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Post-embryonic+cell+lineages+of+the+nematode,+Caenorhabditis+elegans.">Post-embryonic cell lineages of the nematode, Caenorhabditis elegans.</a> Dev Biol. 56 (1), 110-156 (1977).</li><li>White, J. G., Southgate, E., Thomson, J. N., Brenner, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+structure+of+the+nervous+system+of+the+nematode+Caenorhabditis+elegans.">The structure of the nervous system of the nematode Caenorhabditis elegans.</a> Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 314 (1165), 1-340 (1986).</li><li>Varshney, L. R., Chen, B. L., Paniagua, E., Hall, D. H., Chklovskii, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+properties+of+the+Caenorhabditis+elegans+neuronal+network.">Structural properties of the Caenorhabditis elegans neuronal network.</a> PLoS Comput Biol. 7 (2), e1001066 (2011).</li><li>Jarrell, T. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+connectome+of+a+decision-making+neural+network.">The connectome of a decision-making neural network.</a> Science. 337 (6093), 437-444 (2012).</li><li>Greenblum, A., Sznitman, R., Fua, P., Arratia, P. E., Sznitman, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caenorhabditis+elegans+segmentation+using+texture-based+models+for+motility+phenotyping.">Caenorhabditis elegans segmentation using texture-based models for motility phenotyping.</a> IEEE Trans Biomed Eng. 61 (8), 2278-2289 (2014).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

استمر استخدام C. ايليجانس كنظام نموذج لزيادة نظرا لسهولة تشكيل وراثية، قابلية الإستطراق التجريبي وعلم التشريح المشروح بالتفصيل الدقيق. على سبيل المثال، يتم تعيين بنية الخلايا العصبية والتواصل بين C. ايليجانس خنثى بوضوح 34-36، يسهل كثيرا التحقيقات الدوائر العصبية الخاصة التي تتحكم في تصرفات معينة. تشكل 302 الخلايا العصبية الجهاز العصبي للخنثى الكبار، التي تقوم بتصنيع مجموعة واسعة من المدخلات الحسية إلى مخرجات السلوكية الأساسية مثل الحركة. كما تم وصف هيكل الجهاز العصبي الذكور أكثر تعقيدا 37، تمكين الدوائر الجنس محددة لمعالجتها. 37 وقد درس جيم السلوك ايليجانس على نطاق واسع على لوحات ثقافة القياسية التي تحتوي على وسائل الاعلام الصلبة. منذ WT C. ايليجانس يتحرك في موجات جيبية يمكن التنبؤ بها على لوحات مليئة أجار، الانحرافات عنيمكن الكشف عن النمط العام عن طريق العين وسجل يدويا. هذا النهج، ومع ذلك، يخضع لمعيار مجرب وغير كثيفة العمالة. الأجهزة والبرامج الأدوات المصممة لتتبع وقياس جيم ايليجانس الحركة على وسائل الاعلام الصلبة إزالة التحيز الذاتية وتسمح للدراسات واسعة النطاق، والسماح الأسئلة البيولوجية أكثر تطورا لمعالجتها. قاعدة البيانات السلوكية الأخيرة التي تم إنشاؤها من قبل مختبر شافر 16 هي مثال ممتاز على تمديد التحليلي والعمق الذي تم تحقيقه مع النظام الحسابي للتحرك على لوحات. عندما يتم وضع WT C. ايليجانس في السائل، والحيوان بسرعة يتكيف حركته مع البيئة الجديدة، وبدء السباحة. C. ايليجانس السباحة تستخدم مجموعة أكبر من الحركة من الزحف ويمكن أن تكون أكثر غير النظامية 8. ويهدف البرنامج مثل CeleST لملء الفراغ لتحليل مفصل لجيم ايليجانس السلوك في السائل، permiالكميات tting من معلمات المرتبطة الحركة التي لا تقاس بسهولة بالعين بمساعدة الامم المتحدة، أو التي يمكن إنجازها بسرعة أكبر من اليدوي التهديف. في 8 ساعات الصعبة يمكن لفرد ومعالجة ما يصل الى 200 أشرطة الفيديو، ~ 1000 سجلات يوميا. البرنامج وتعرف السباحة المعلمات تقييم هذا بمثابة بصمة شاملة من اللياقة البدنية والسلوك. بالإضافة إلى إثراء فهم جوانب معقدة من جيم السلوك ايليجانس في السائل والمسارات الجزيئية التي تقوم عليها، وهذا البرنامج يمكن أن تستخدم لاستكشاف جوانب متعددة من علم الأحياء بما في ذلك ردود الدوائية، والشيخوخة، وسلوك متميز. المقدمة هنا، نظرة عامة على التغيرات كميا التي تحدث في الأداء البدني من C. ايليجانس البالغين عند تقدمهم في السن هو مثال واحد من هذا الطلب من البرنامج (لحساب أكثر تفصيلا، انظر Restif وآخرون. 8). في سياق الشيخوخة، انخفضت بعض المعلمات قياس حينارتفع الآخرين أو لم تتغير باستمرار في النوع البري. وتأكدت الاتجاهات إلى حد كبير من قبل الشخصية الحسابية من المسوخ طول العمر، والشخصية النسبية للأفواج اجير رشيقة والسيئة من السكان في السن من نفس أبقى في ظروف بيئية موحدة. يمكن عالية الدقة من البرنامج أيضا تكشف الظواهر خفية لم تكن معروفة سابقا في المسوخ تتميز على نطاق واسع (على سبيل المثال، في سن 1 (hx546) في الشكل رقم 1). هناك عدد قليل من الخطوات الحاسمة ولا سيما من بروتوكول صفها. الحفاظ على بيئة درجة حرارة ثابتة بين البيئة السباحة وثقافة لوحة سلالة من المهم بالنسبة للاستنساخ السباحة، لذلك يتم تشجيع غاية المجربون للذهاب إلى آلام كبيرة لتجنب التغيرات في درجات الحرارة عشوائية. وينبغي أن تكون وسائل الإعلام السباحة في نفس درجة حرارة لوحات. وبالمثل، فإن الاهتمام الدقيق لحجم قطرة للالسباحة تساعد على ضمان التكاثر. وأخيرا، فإنه من الحكمة أن نفكر فيدفع عن تفريغ ملفات الفيديو الكبيرة التي تتراكم. معالجة الصور على موقع وبصرف النظر عن الكمبيوتر التقاط الفيديو الموصى بها. استخدام البرامج المقدمة هنا لتحليل تسبح له بعض القيود. أولا، على الرغم من أن برامج يمكن أن تتبع في وقت واحد الحيوانات متعددة، إذا تم تحليلها أكثر من خمسة الحيوانات معا، وهناك زيادة فرصة أن الحيوانات والسباحة عبر بعضها البعض في صور الفيديو. إذا كان البرنامج لا يمكن تحديد بشكل لا لبس فيه الحيوان الذي كان الذي كان تراقب تلك الأطر البيانات. على الرغم من أن هذه الميزة برنامج يضمن أن البيانات عن الحيوانات الفردية هي ذات جودة عالية، فإنه يحد من الإنتاجية. ثانيا، يجب أن تكون الصور نظيفة إلى حد ما، وهذا هو خال من الغبار والأوساخ وعلى مرأى ومسمع من الأضواء، والإشارات المرتبطة يمكن أيضا أن يربك تحليل الصور. كما لوحظ في القسم بروتوكول 2.1.1، استثمار منخفضة جدا التكنولوجيا التي يمكن أن تساعد إلى حد كبير التقاط الصور عن طريق القضاء على التعقيدات مع تقلبات طالإضاءة البيئية ن هي لتغطية المنطقة مرحلة بقطعة قماش سوداء لا تسمح للضوء المحيط لتصل إلى هذه المرحلة. ثالثا، تم تحسين البرنامج للحيوانات في مرحلة البلوغ. الشباب اليرقات السباحة بسرعة جدا ولها أجسام صغيرة، مما يزيد من الخطأ البرنامج. رابعا، بعض البرامج تستخدم MATLAB، وعندما تكون هناك ترقية الإصدار و / أو ترقيات نظام التشغيل، قد تتعطل بعض وصلات البرنامج. حاليا، هو الأمثل البرامج لاستخدامها في MATLAB 2015b و Mac OS الإصدار 10.10، ولكننا نتوقع قريبا لمرحلة ما بعد إصدار البرنامج الذي هو أكثر قوة ضد هذه التغييرات. وأخيرا، يمكن للملفات البيانات والفيديو تصبح كبيرة بسرعة، وتتطلب مساحة التخزين التي ينبغي تخصيصها. وباختصار، المعروضة هنا هي منهجية بسيطة التي يمكن تنفيذها بسهولة من قبل أي مختبر من دون استثمار الكثير لإنشاء ملفات الفيديو جيم ايليجانس السباحة لتحليل CeleST. وتشمل الميزات من حزمة برامج التشغيل الآلي واسعة من تتبع من خلالتحليل، في وقت واحد تتبع متعددة الحيوان، واستخدام القواعد الرياضية (أي تدابير منحي) لتحديد الكميات من معظم المعلمات الحركة. هذا البرنامج هو مفتوح المصدر، مع رمز والعروض متاحة للجمهور على النحو المفصل في Restif وآخرون. 8. على الرغم من أن البرنامج يتميز تحليل الرؤية الحاسوبية المتقدمة لتتبع، وغيرها من نظم تتبع المنشورة (على سبيل المثال، Greenblum وآخرون، 2014 38) متوافقة مع تحليل معلمة من البرامج المقدمة هنا. وسيتم توجيه التحسينات المستقبلية نحو تحويل البرنامج إلى مجموعة أكثر قوة لا يقيد استخدام لإصدارات معينة من أنظمة التشغيل المذكورة أعلاه (المشار إليها أيضا في جدول المواد).

تحديد كيفية السلوك وعلم الوراثة، علم التخلق، والخبرة، والبيئة تأثير يمثل تحديا كبيرا في علم الأحياء الحديث. بسيطة، ونماذج قابلة راثيا التي يمكن تتبعها حسابيا وقياس يمكن تقديم مساهمات حاسمة لتحقيق هذا الهدف. في انواع معينة ايليجانس الخيطية هي واحدة من هذه النماذج. والغرض من هذه المقالة هو لشرح كيفية يمكن تتبع C. ايليجانس السباحة تحرك وquantitated لاستخراج المعلومات عن ثمانية ميزات جديدة مع أهميتها البيولوجية. C. ايليجانس لديه لمدة قصيرة نسبيا من حوالي 2-3 ث وفترة الإنجاب ما يقرب من 4 د عند 20 درجة مئوية 1،2. في الثقافات المختبر القياسية، ويزرع هذا الخيطية المجهرية على لوحات بتري تحتوي على نيماتودا نمو وسائل الإعلام (NGM) التي تنتشر مع مصدر غذاء للبكتيريا 3،4. الحيوانات WT N2 تتحرك بنشاط في موجات جيبية أنيقة على لوحات مليئة أجار. يغيروا حركة الفئرانوفاق عند التجوال (بحثا عن الغذاء)، مسكن (تصفح)، أو للشفاء من وجبة (هدوء الشبع غير نشط) 5. ضعف 6 أو سن 7-12 يمكن أيضا أن يغير بشكل كبير حركة على لوحات. الجينات التي تعدل السلوك، healthspan أو الشيخوخة، يمكن وصف وظيفيا من خلال تحليل جيم أنماط الحركة ايليجانس أو الحركة. نهج واحد لقياس healthspan هو تصنيف الكبار في السن إلى ثلاث فئات (على سبيل المثال، A، B، و C) وفقا لتنقل على لوحات، مع نشاط حثيث المادي كونها فئة A و الشلل كونها الفئة C 7،8،13. على الرغم من أن هذا الفرز النوعي هو مفيد للكشف عن الاختلافات في اللياقة البدنية، وفئات واسعة من دون حدود واضحة، وبالتالي التهديف من يخضع لمجرب التحيز. وقد رفع عدد متزايد من بتتبع الموضوعية والتطور، ودقة التحليل من جيم ايليجانس حركةعلى وسائل الاعلام الصلبة 14-18. C. ايليجانس الحركة على لوحات يقتصر في معظمه إلى الطائرة التي الحيوان يجعل الاتصال مع سطح صلب وسائل الإعلام. (C. ايليجانس ويمكن أيضا حمل الاستكشاف من خلال رفع رأسه بعيدا عن بقية أجزاء الجسم التي لا تزال على اتصال مع سطح صلب، وتحديد المواقع الجسم في الطائرات متعددة. ومع ذلك، فإن هذا السلوك غير عادي.) عندما وضعت في السائل، وهذا الخيطية يبادر حركة الموجية، أو السباحة، الذي يضم حركة أوسع الأبعاد، مجموعة أكبر من سرعة وعمق الحركة، وزيادة في حدوث مع التقدم في السن الأمامي يتحرك بشكل مختلف من الخلفي بالمقارنة مع الحيوانات على الأسطح الصلبة. ونتيجة لتحليل سريع من اللياقة البدنية وردا على البيئة الجديدة، يمكن للمجرب وضع حيوان الفردي إلى قطرة السائل ويسجل ترددها من الانحناءات الجسم تحت نطاق تشريح. تسجيل الفيديو يمكن أن تسهل تحززات الحالية والمستقبلية للقوة السباحة للالحيوان. ومع ذلك، فإن نهج اليدوي يحد من عدد من الميزات التي يمكن أن يسجل هدف ومقيدة تماما بتسجيله حيوان واحد في وقت واحد. تم أقل استكشاف الحركة في السائل من الحركة على وسائل الاعلام الصلبة. في الواقع، هناك عدد قليل من الخيارات البرامج التي قوية وسهلة التنفيذ في المختبر لقياس الحركة في السائل 19-24. وCeleST برنامج (جيم ايليجانس السباحة اختبار) تقدم بساطة إجراءات استخدام والرياضية على أساس أن تقديم البيانات (عشرات انحناء) ذات الصلة مباشرة إلى طبيعة الحركة 8؛ (وصف مفصل من الميزات والمزايا في Restif وآخرون. 8). وعلاوة على ذلك، التحليل الحسابي يمكن استجلاء ملامح المظهرية التي من المستحيل للعين البشرية للتسجيل. هنا، يتم عرض البيانات التي تجسد قرار من هذا النهج التحليل وسيلة سهلة لتنفيذ بروتوكول لتسجيل التجارب السباحة لليوصف تحليل CeleST لاحق.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="1764">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">REAGENT</td>
			<td style="width:256px;"></td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td style="width:649px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:484px;">N2</td>
			<td style="width:256px;">Caenorhabditis Genetics Center (CGC)</td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td>C. elegans wild type (ancestral).</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:484px;">OP50 Escherichia coli</td>
			<td style="width:256px;">Caenorhabditis Genetics Center (CGC)</td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td>Biosafety Level: BSL-1.</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:484px;">OP50-1 Escherichia Coli&#160;</td>
			<td style="width:256px;">Caenorhabditis Genetics Center (CGC)</td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td>Streptomycin resistant strain of OP50.&#160; Biosafety Level: BSL-1.</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">Streptomycin sulfate salt</td>
			<td style="width:256px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:375px;">S6501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">Printed Microscope Slides&#160;</td>
			<td style="width:256px;">Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:375px;">Gold Seal Fluorescent Antibody Microslides: 3032-002</td>
			<td>have two etched 10mm diameter circles delineated by white ceramic ink</td>
		</tr>
		<tr height="126">
			<td height="126" style="height:126px;width:484px;">Nematode Growth Medium (NGM)</td>
			<td style="width:256px;">For 1L: 17g Agar, 3g NaCl, 2.5g Peptone, 1mL 1M CaCl2, 1mL 5mg/mL Cholesterol in ethanol, 25mL 1M KPO4 buffer, 1mL 1M MgSO4, H2O to 1 L. Sterilize by autoclaving.</td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td>Stiernagle, T. Maintenance of C. elegans. WormBook, 1-11, doi:10.1895/wormbook.1.101.1 (2006)</td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:484px;">M9 buffer</td>
			<td style="width:256px;">For 1L: 3g KH2PO4, 6g Na2HPO4, 5g NaCl, 1mL 1 M MgSO4, H2O to 1 L. Sterilize by autoclaving.</td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td>Stiernagle, T. Maintenance of C. elegans. WormBook, 1-11, doi:10.1895/wormbook.1.101.1 (2006)</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;"></td>
			<td style="width:256px;"></td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">EQUIPMENT</td>
			<td style="width:256px;"></td>
			<td style="width:375px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">CeleST</td>
			<td style="width:256px;">Driscoll Lab, Rutgers University</td>
			<td style="width:375px;">C. elegans Swim Test</td>
			<td>Open Source, see http://celestmod.github.io/CeleST/ and http://celest.mbb.rutgers.edu/</td>
		</tr>
		<tr height="189">
			<td height="189" style="height:189px;width:484px;">MATLAB</td>
			<td style="width:256px;">www.mathworks.com/downloads</td>
			<td style="width:375px;">MatLab version 2015b (best)</td>
			<td style="width:649px;">The CeleST version demonstrated here has best functionality with Mac OS 10.10 and MatLab 2015b. MATLAB 2015B introduced changes to how MATLAB handled graphics, including a new coding convention and syntax. These changes resolved an issue that couldn&#39;t be resolved elegantly (primarily because the internals of MATLAB really needed the major graphics overhaul implemented in MATLAB 2015B). For this reason, CeleST should always be run on MATLAB 2015B or later versions. However for users without access to MATLAB version 2015B or later (or MATLAB at all), we have created a CeleST program that doesn&#39;t need MATLAB on the computer at al. An installer is downloaded by the prospective user and then it installs itself onto the computer through a couple prompts like most programs.&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="126">
			<td height="126" style="height:126px;width:484px;">Mac OS</td>
			<td>www.apple.com</td>
			<td style="width:375px;">Version 10.10</td>
			<td style="width:649px;">Currently, CeleST has been ported to the major operating systems (Windows, Mac, and Linux). The current code can be run on any of the operating systems and there are versions for each operating system that don&#39;t even require users to have MATLAB to use CeleST (this version requires a large download). The Windows version has been tested the least and is most prone to bugs as such. Linux has been moderately tested. And Mac has been and continues to be tested extensively (primarily because it&#39;s the operating system in our lab).</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">Stereomicroscope&#160;</td>
			<td style="width:256px;">Zeiss</td>
			<td style="width:375px;">Stemi 2000-C&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">Transmitted Light Base</td>
			<td style="width:256px;">Diagnostic Instruments</td>
			<td style="width:375px;">TLB 3.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">Digital CCD Camera</td>
			<td style="width:256px;">QImaging</td>
			<td style="width:375px;">Rolera-XR Mono Fast 1394 (ROL-XR-F-M-12)</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:484px;">Digital Video Recording Software</td>
			<td style="width:256px;">Norpix</td>
			<td style="width:375px;">Streampix Version 3.17.2</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

automated analysis of c. elegans swim behavior using celest software

تشريح الدوائر العصبية والعصبية والعضلية التي تنظم سلوك لا يزال يشكل تحديا كبيرا في علم الأحياء. وقد أثبتت الديدان الخيطية انواع معينة ايليجانس أن يكون كائن نموذجا لا تقدر بثمن في المساعدة على مواجهة هذا التحدي، من الملهم النهج التكنولوجية، بناء connectome الدماغ البشري، لتسليط الضوء على الواقع السائقين الجزيئية محددة من أنماط الوظيفية الأساسية. وقد أجريت معظم الدراسات السلوكية في C. ايليجانس على ركائز متينة. في السائل، والحيوانات يحمل الأنماط السلوكية التي تشمل الحركة في مجموعة من السرعات في 3D، وكذلك حركات الجسم جزئية، مثل حليقة الخلفية دون تغيير شكل الأمامي، الذي يعرض تحديات جديدة لتحديد الكميات. ، يتم عرض خطوات إجراء بسيط، واستخدام البرمجيات التي تمكن من تحليل عالية الدقة من جيم ايليجانس السباحة السلوك هنا. البرنامج، واسمه CeleST، يستخدم برنامج كمبيوتر متخصص أن يتتبعمتعددة في وقت واحد الحيوانات وتوفر تدابير جديدة للجيم ايليجانس الحركة في السائل (السباحة). ترتكز التدابير معظمها في الموقف الحيوانية وعلى أساس الرياضيات المستخدمة في رؤية الكمبيوتر والتعرف على الأنماط، دون المتطلبات الحسابية لعتبة قطع العرضية. يمكن استخدام أداة البرمجيات على حد سواء تقييم براعة السباحة العامة في مئات من الحيوانات من التجارب دفعة صغيرة مجتمعة والكشف عن الظواهر الجديدة حتى في المسوخ وراثية تتميز بشكل جيد. إعداد العينات للتحليل مع CeleST بسيطة ومنخفضة التكنولوجيا، مما يتيح التكيف واسعة من قبل المجتمع العلمي. ولذلك ينبغي استخدام النهج الحسابي هو موضح هنا يساهم في زيادة فهم السلوك ودوائر السلوكية في C. نموذج ايليجانس.

من خلال تحليل الحركة في السائل (السباحة)، الظواهر التي ليست بادية للعيان على وسائل الاعلام الصلبة (الزحف) ويمكن إجمال. ل quantitate الحركة السباحة وضعنا برامج معينة يقيس عشرة المعلمات جديدة من السلوك السباحة 8. موصوفة الأكثر فائدة ثمانية من هذه المعايير بالتفصيل في الجدول 1. تتم تسمية هذه المعايير الموجة معدل البدء، عدد موجة الجسم، عدم التماثل، الإمتداد، الضفر، سرعة السفر، والسكتة الدماغية الفرشاة، ومؤشر آخر. وقد حددت الدراسات تجسد قوة البرنامج التراجع الوظيفي لمئات من الكبار في السن مع WT، سلوكية أو طول العمر متحولة الخلفيات 8، ووحللت المدروس المسوخ طول العمر سن 1 (hx546) وdaƒ-16 (mgDƒ50)، التي ترعى الطفرات التي تعطل العادي مسار الانسولين الإشارات. عمر-1 الجين يشفر لفسفاتيديل إينوزيتيد 3-كيناز (PIK3) فرعية الحفازة، وعندما تأوي إلى hx546 الطفرة، تسبب تمديد عمر والإجهاد المقاومة 27-29. وdaƒ 16 الجين يشفر لعامل النسخ مربع forkhead O (FOXO) أن يقصر عمر ويضعف الاستجابة للضغط النفسي عند حذف 30-33. ورفض بعض المعلمات من السباحة مثل معدل الموجة بدء، سرعة السفر، والسكتة الدماغية فرشاة ومؤشر آخر تدريجيا مع التقدم في العمر حتى في خلفيات وراثية مواتية (الشكل 1). وتماشيا مع المعرفة الحالية، أظهرت طويل العمر سن 1 (hx546) المسوخ على الأداء البدني أكثر قوة من WT في الأعمار المتقدمة وقديمة جدا. أيضا كما كان متوقعا، المعروضة قصيرة الأجل daƒ-16 (mgDƒ50) المسوخ الأداء للخطر، وخاصة في سن قديمة جدا. بشكل ملحوظ، إلا أنها كانت تحت إشراف من رؤية الكمبيوتر CeleST وحزمة خوارزمية رياضية أن superioوكان أداء السباحة ص من 1 سن (hx546) المسوخ اكتشافها في بداية مرحلة البلوغ. حقيقة أن عمر-1 (hx546) النتائج في تحسين الأداء البدني في حياة الشباب البالغين تشير إلى أن هذه الطفرة تؤثر التطور الطبيعي و / أو الشباب النمط الظاهري الكبار بطريقة لا تقدر سابقا (الشكل 1). الهيئة عدد موجة، عدم التماثل، وتمتد، والضفر المعلمات اتجهت حتى مع التقدم في السن في WT والكبار في السن متحولة (الشكل 2). ومن المثير للاهتمام، ومستوى دقة البرنامج كشف الصفات السلوكية الدقيقة مثل التماثل المستدام من المسوخ طيلة حياتها وعجز 16 daƒ (mgDƒ50) المسوخ القديمة المتطرفة سن 1 (hx546) لتمتد وعقص لدرجة أن نفس قم بتقديم وزن وعمر-1 (hx546) يفعل الكبار. وبالإضافة إلى خسارة حتمية العامة للPERFO البدنيrmance نظرا لكبر سنه، يعرض كل الكبار الفردي نمط تطور فريد من نوعه من خلال عملية الشيخوخة، حتى عندما علم الوراثة والبيئة متجانسة تقريبا 7. (من خلال التحكم الوراثة والبيئة، والتقليل من آثار الخلط المحتملة لهذه العوامل، إزاحة الستار عن مساهمة كبيرة من stochasticity إلى انحطاط المرتبطة بالعمر). وتزامن C. ايليجانس السكان من خلفية وراثية مماثلة الاحتفاظ بها في بيئة تسيطر عليها لا يزال يحتوي على مزيج من فئات مختلفة من الأفراد وفقا لخصوصيات المسنين. على الرغم من أن تبدأ جميع البالغين كما صحي، بعض تفقد بسرعة لياقتهم البدنية المادية (معمرون سيئة، والطبقة C)، في حين تحتفظ دول أخرى حيوية لفترة أطول من الزمن (معمرون رشيقة، فئة A). وبالتالي تظهر معمرون سيئة لديك healthspan أقصر بكثير من معمرون رشيقة. كما هو مفصل في دراستنا 8، حافظ معمرون رشيقة fitn البدني الشبابوفاق سطيف كما لوحظ من خلال المقارنة مع البيانات الشخصية السباحة من البالغين الأصغر سنا بكثير (أرقام 3 و 4 و 5). هذه لياقة بدنية مستمرة غير قابلة للمقارنة لأداء البدني في سن 1 (hx546) المسوخ طويلة الأمد في سن ما بعد الإنجاب (د 11) (الشكلان 1 و 2). على العكس من ذلك، معمرون سيئة خسر بشكل كبير بكثير من القدرة الجسدية بعد الإنجاب قريبا، وأداء على مستويات مماثلة لتلك التي daƒ-16 (mgDƒ50) البالغين من العمر وprogeric المدقع (الشكلان 1-4). هذه التشابهات التي يمكن استخلاصها من خلال المقارنة الصارخة، والتوقيعات ومع معينة هي ملحوظة بسهولة في نظرة فاحصة. على سبيل المثال، على الرغم من أن هناك بعض الارتباط بين مدى على حد سواء وتمتد الشباك في أنواع البرية القديمة المتطرفة والمسوخ الشيخوخة (الشكل 2)، لا تلاحظ هذه العلاقة في معمرون سيئة (الأرقام 4 و 5)، والتي تظهر أعلى الميل إلى حليقة تصل ولكنلا أن تمتد في العينات التي تم اختبارها. البرنامج نقدم مما يضيف بعدا لتحليل اللياقة البدنية أو القدرة تحركي من خلال توفير الأدوات اللازمة لدراسات أكثر تعقيدا التي لم تكن لين العريكة من قبل. وباختصار، يوفر CeleST قراءات شاملة في شكل ثمانية اجراءات جديدة تسليط الضوء هنا، التي تحدد بصمة السلوكية محددة وراثية، جينية، والخلفيات البيئية، مما يتيح تحديد أنماط المعلمة الفريدة والمشتركة التي يمكن أن تكون تواقيع شروط محددة ( البيئة والدوائية والغذائية)، والعمليات البيولوجية، أو كائن دول مثل healthspan. <img alt="شكل 1" src="/files/ftp_upload/54359/54359fig1.jpg" /> الشكل 1: تقارير البرامج CeleST على الموجة بدء معدل (A)، ومؤشر آخر (B)، فرشاة السكتة الدماغية (C) وسرعة السفر (D) لWT، عمر-1 (hx546)، وdaƒ-16 (mgDƒ50)<html> الكبار على D 4 (مرحلة الشباب)، 11 (بعد استنساخ) و 20 (أقصى من العمر). &#39;#&#39; في &#39;رقم&#39; ذ الوسائل المحور. والملونة تشرف WTs في الرمادي، عمر-1 باللون الأخضر وdaƒ-16 باللون الأحمر. أشرطة الخطأ هي الخطأ المعياري للمتوسط ​​(SEM). وتمت مقارنة WT-العمر نفسه، والمسوخ الشيخوخة إحصائيا باستخدام باتجاه واحد يتبع أنوفا من التجارب المقارنة متعددة Dunnett ل. **، ع = 0.001 - &lt;0.01. ***، ص = 0.0001 - &lt;0.001. ن = 62 في كل البيانات تشير من أربع محاكمات مستقلة. نلاحظ هنا، والشكل 2، ويتكون كل فرد 30 ثانية الفيديو مع 4 الحيوانات، ولكل محاكمة نسجل ما مجموعه 16 حيوانات من 4 أشرطة الفيديو السباحة، يتم ذلك لمدة 4 مكررات البيولوجية لكل نقطة البيانات الواردة. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/54359fig1large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> <html> ntent &quot;FO: المحافظة على together.within الصفحات =&quot; 1 &quot;&gt; <img alt="الشكل 2" src="/files/ftp_upload/54359/54359fig2.jpg" /> الشكل 2: تقارير البرنامج على جسم موجة عدد (A)، عدم التماثل (B)، وتمتد (C)، والضفر (D) لWT، عمر-1 (hx546) و (mgDƒ50) أشخاص على D 4 16 daƒ (الشباب سن البلوغ)، 11 (بعد استنساخ) و 20 (أقصى القديم). &#39;#&#39; في &#39;رقم&#39; ذ الوسائل المحور. والملونة WT في الرمادي، عمر-1 باللون الأخضر، وداف-16 باللون الأحمر. أشرطة الخطأ هي الخطأ المعياري للمتوسط ​​(SEM). وتمت مقارنة WT-العمر نفسه، والمسوخ الشيخوخة إحصائيا باستخدام باتجاه واحد يتبع أنوفا من التجارب المقارنة متعددة Dunnett ل. * ص = 0.01 - &lt;0.05. **، ع = 0.001 - &lt;0.01. ***، ص = 0.0001 - &lt;0.001. ن = 62 في كل نقطة من نقاط البيانات من أربعة مستقلة، 30 ثانية تسبح المحاكمات.e.jpg من &quot;الهدف =&quot; _ فارغة &quot;&gt; الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم. <img alt="الشكل (3)" src="/files/ftp_upload/54359/54359fig3.jpg" /> الرقم 3: تقارير البرامج على الموجة بدء معدل (A)، وآخر مؤشر (B)، فرشاة السكتة الدماغية (C)، وسرعة السفر (D) للبالغين WT الشباب (D 4)، والعمر نفس رشيقة وباد معمرون (D10 و11). &#39;#&#39; في &#39;رقم&#39; ذ الوسائل المحور. والملونة تشرف WTs الشباب في الرمادي، وفئة A معمرون رشيقة باللون الأخضر، والدرجة C معمرون سيئة باللون الأحمر. أشرطة الخطأ هي الخطأ المعياري للمتوسط ​​(SEM). الطبقة تمت مقارنة ومعمرون رشيقة والدرجة C معمرون سيئة لD 4 الشباب باستخدام في اتجاه واحد أنوفا تليها التجارب المقارنة متعددة Dunnett ل. ****، ف &lt;0.0001. ن = 27 في كل نقطة من نقاط البيانات من اثنين من المستقلين، 30 ثانية تسبح المحاكمات. الرسم البياني يتم معدلة بشكل طفيف من Restif وآخرون. (2014) 8، والتي نشرت تحت الإبداعيالعزو (CC BY) رخصة http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/54359fig3large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> <img alt="الشكل (4)" src="/files/ftp_upload/54359/54359fig4.jpg" /> الشكل 4: تقارير البرنامج على جسم موجة عدد (A)، عدم التماثل (B)، والضفر (C) للشباب WT الكبار (د 4)، ومعمرون في سن نفس رشيقة والسيئة (د 10 و 11). &#39;#&#39; في &#39;رقم&#39; ذ الوسائل المحور. يتم تلوين تشرف WTs الشباب في الرمادي، وفئة A معمرون رشيقة في معمرون الأخضر والفئة C سيئة باللون الأحمر. أشرطة الخطأ هي الخطأ المعياري للمتوسط ​​(SEM). الطبقة تمت مقارنة ومعمرون رشيقة والدرجة C معمرون سيئة لD 4 الشباب باستخدام في اتجاه واحد أنوفا تليها التجارب المقارنة متعددة Dunnett ل. **، ع = 0.001 - &lt;0.01. ****، ف &lt;0.0001. <sترونج&gt; ن / أ، غير قابلة للتطبيق منذ حيوان واحد فقط من مجموع حجم العينة كرة لولبية. ن = 27 في كل نقطة من نقاط البيانات من اثنين من المستقلين، 30 ثانية تسبح المحاكمات. الرسم البياني يتم معدلة بشكل طفيف من Restif وآخرون. (2014) 8، والتي نشرت تحت المشاع المبدع مؤلفه (CC BY) رخصة HTTP: /creativecommons.org/licenses/by/4.0/. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/54359fig4large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> <img alt="الرقم 5" src="/files/ftp_upload/54359/54359fig5.jpg" /> الرقم 5: تقرير البرنامج على امتداد للبالغين الشباب WT (د 4)، ومن نفس العمر رشيقة وباد معمرون (د 10 و 11). يتم تلوين تشرف WTs الشباب في الرمادي، وفئة A معمرون رشيقة في معمرون الأخضر والفئة C سيئة باللون الأحمر. أشرطة الخطأ هي الخطأ المعياري للمتوسط ​​(SEM). الفئة (أ) معمرون رشيقة والدرجة C معمرون سيئة قورنت إلى D 4 صoung البالغين باستخدام في اتجاه واحد أنوفا تليها التجارب المقارنة متعددة Dunnett ل. ن = 27 في كل البيانات تشير من تجربتين مستقلة. الرسم البياني يتم معدلة بشكل طفيف من Restif وآخرون. (2014) 8، والتي نشرت تحت المشاع المبدع مؤلفه (CC BY) رخصة HTTP: /creativecommons.org/licenses/by/4.0/. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/54359fig5large.jpg" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a> <img alt="فيديو 1" src="/files/ftp_upload/54359/54359video1.jpg" /> الفيديو 1: السباحة مجموعة التمثيلية للجيم ايليجانس البالغين. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/Video1.mov" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض هذا الفيديو. (انقر بزر الماوس الأيمن للتحميل.)</a> <img alt="فيديو 2" src="/files/ftp_upload/54359/54359video2.jpg" /> فيديو 2: CeleST البرامج احتساب خرائط انحناء الفردية من الأداء السباحة من الحيوانات التي تم اختبارها. يتم احتساب الخرائط انحناء في الخلفية. لا تظهر في واجهة البرنامج مع المستخدم. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/Video2.mov" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض هذا الفيديو. (انقر بزر الماوس الأيمن للتحميل.)</a> <img alt="فيديو 3" src="/files/ftp_upload/54359/54359video3.jpg" /> فيديو 3: حساب البرامج من التدابير السباحة على أساس خرائط انحناء الفردية. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/Video3.mov" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض هذا الفيديو. (انقر بزر الماوس الأيمن للتحميل.)</a> <img alt="فيديو 4" src="/files/ftp_upload/54359/54359video4.jpg" /> فيديو 4: حساب البرامج من التدابير السباحة التي لا تعتمد على انحناءخرائط. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54359/Video4.mov" target="_blank">الرجاء انقر هنا لعرض هذا الفيديو. (انقر بزر الماوس الأيمن للتحميل.)</a>

Watch this Scientific Journal Video about Automated Analysis of C. elegans Swim Behavior Using CeleST Software at JoVE.com

Automated Analysis of C. elegans Swim Behavior Using CeleST Software

ووصف منهجية فعالة وبسيطة لتحليل الكمبيوتر المستندة إلى السلوك السباحة الخيطية في السائل. الطريقة يتطلب القليل من أي استثمار لجيم مختبرات ايليجانس. الأجهزة المستخدمة هو المعيار، وبرامج الكمبيوتر لتحليل السلوكي (CeleST) هو مفتوح المصدر واحد.

تحليل الآلي لل<em&gt; C. ايليجانس</em&gt; السباحة السلوك باستخدام CeleST البرمجيات

Dissecting the neuronal and neuromuscular circuits that regulate behavior remains a major challenge in biology. The nematode Caenorhabditis elegans has ...

automated-analysis-of-c-elegans-swim-behavior-using-celest-software

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Neuroscience

Automated Analysis of C. elegans Swim Behavior Using CeleST Software

12.3K Views.  Rutgers University.  ووصف منهجية فعالة وبسيطة لتحليل الكمبيوتر المستندة إلى السلوك السباحة الخيطية في السائل. الطريقة يتطلب القليل من أي استثمار لجيم مختبرات ايليجانس. الأجهزة المستخدمة هو المعيار، وبرامج الكمبيوتر لتحليل السلوكي (CeleST) هو مفتوح الم...

Video: Automated Analysis of C. elegans Swim Behavior Using CeleST Software

Assaying &beta;-amyloid Toxicity using a Transgenic C. elegans Model

Accumulation of the &beta;-amyloid peptide (A&beta;) is generally believed to be central to the induction of Alzheimer's disease, but the relevant mechanism(s) of toxicity are still unclear. A&beta; is also deposited intramuscularly in Inclusion Body Myositis, a severe human myopathy. The intensely studied nematode worm Caenorhabditis elegans can be transgenically engineered to express human A&beta;. Depending on the tissue or timing of A&beta; expression, transgenic worms can have readily measurable phenotypes that serve as a read-out of A&beta; toxicity. For example, transgenic worms with pan-neuronal A&beta; expression have defects is associative learning (Dosanjh et al. 2009), while transgenic worms with constitutive muscle-specific expression show a progressive, age-dependent paralysis phenotype (Link, 1995; Cohen et al. 2006). One particularly useful C. elegans model employs a temperature-sensitive mutation in the mRNA surveillance system to engineer temperature-inducible muscle expression of an A&beta; transgene, resulting in a reproducible paralysis phenotype upon temperature upshift (Link et al. 2003). Treatments that counter A&beta; toxicity in this model [e.g., expression of a protective transgene (Hassan et al. 2009) or exposure to Ginkgo biloba extracts (Wu et al. 2006)] reproducibly alter the rate of paralysis induced by temperature upshift of these transgenic worms. Here we describe our protocol for measuring the rate of paralysis in this transgenic C. elegans model, with particular attention to experimental variables that can influence this measurement.

Assaying &#946;-amyloid Toxicity using a Transgenic C. elegans Model

The intensely studied nematode worm Caenorhabditis elegans can be transgenically engineered to express the human &beta;-amyloid peptide (A&beta;). Induced expression of A&beta; in C. elegans muscle leads to a rapid, reproducible paralysis phenotype that can be used to monitor treatments that modulate A&beta; toxicity.

يعاير β اميلويد السمية باستخدام المعدلة وراثيا C. ايليجانس النموذجي

Accumulation of the &beta;-amyloid peptide (A&beta;) is generally believed to be central to the induction of Alzheimer's disease, but the relevant ...

In vivo Laser Axotomy in C. elegans

Neurons communicate with other cells via axons and dendrites, slender membrane extensions that contain pre- or post-synaptic specializations. If a neuron is damaged by injury or disease, it may regenerate. Cell-intrinsic and extrinsic factors influence the ability of a neuron to regenerate and restore function. Recently, the nematode C. elegans has emerged as an excellent model organism to identify genes and signaling pathways that influence the regeneration of neurons1-6. The main way to initiate neuronal regeneration in C. elegans is laser-mediated cutting, or axotomy. During axotomy, a fluorescently-labeled neuronal process is severed using high-energy pulses. Initially, neuronal regeneration in C. elegans was examined using an amplified femtosecond laser5. However, subsequent regeneration studies have shown that a conventional pulsed laser can be used to accurately sever neurons in vivo and elicit a similar regenerative response1,3,7.
We present a protocol for performing in vivo laser axotomy in the worm using a MicroPoint pulsed laser, a turnkey system that is readily available and that has been widely used for targeted cell ablation. We describe aligning the laser, mounting the worms, cutting specific neurons, and assessing subsequent regeneration. The system provides the ability to cut large numbers of neurons in multiple worms during one experiment. Thus, laser axotomy as described herein is an efficient system for initiating and analyzing the process of regeneration.

In vivo Laser Axotomy in C. elegans

A protocol to cut neurons in C. elegans with a MicroPoint pulsed laser is presented. We describe setting up the system, immobilizing worms, and severing labeled neurons. Advantages include a relatively low-cost system and the ability to sever neuronal processes or ablate cells in vivo.

في Axotomy الليزر المجراة في C. ايليجانس

Neurons communicate with other cells via axons and dendrites, slender membrane extensions that contain pre- or post-synaptic specializations. If a neuron ...

VisioTracker, an Innovative Automated Approach to Oculomotor Analysis

Investigations into the visual system development and function necessitate quantifiable behavioral models of visual performance that are easy to elicit, robust, and simple to manipulate. A suitable model has been found in the optokinetic response (OKR), a reflexive behavior present in all vertebrates due to its high selection value. The OKR involves slow stimulus-following movements of eyes alternated with rapid resetting saccades. The measurement of this behavior is easily carried out in zebrafish larvae, due to its early and stable onset (fully developed after 96 hours post fertilization (hpf)), and benefitting from the thorough knowledge about zebrafish genetics, for decades one of the favored model organisms in this field. Meanwhile the analysis of similar mechanisms in adult fish has gained importance, particularly for pharmacological and toxicological applications.
Here we describe VisioTracker, a fully automated, high-throughput system for quantitative analysis of visual performance. The system is based on research carried out in the group of Prof. Stephan Neuhauss and was re-designed by TSE Systems. It consists of an immobilizing device for small fish monitored by a high-quality video camera equipped with a high-resolution zoom lens. The fish container is surrounded by a drum screen, upon which computer-generated stimulus patterns can be projected. Eye movements are recorded and automatically analyzed by the VisioTracker software package in real time.
Data analysis enables immediate recognition of parameters such as slow and fast phase duration, movement cycle frequency, slow-phase gain, visual acuity, and contrast sensitivity.
Typical results allow for example the rapid identification of visual system mutants that show no apparent alteration in wild type morphology, or the determination of quantitative effects of pharmacological or toxic and mutagenic agents on visual system performance.

The VisioTracker is an automated system for the quantitative analysis of visual performance of larval and small adult fish based on the recording of eye movements. It features full control over visual stimulus properties and real-time analysis, enabling high-throughput research in fields such as visual system development and function, pharmacology, neural circuit studies and sensorimotor integration.

VisioTracker، نهجا مبتكرا لتحليل الآلي المحرك للعين

Investigations into the visual system development and function necessitate quantifiable behavioral models of visual performance that are easy to elicit, ...

The Mouse Forced Swim Test

The forced swim test is a rodent behavioral test used for evaluation of antidepressant drugs, antidepressant efficacy of new compounds, and experimental manipulations that are aimed at rendering or preventing depressive-like states. Mice are placed in an inescapable transparent tank that is filled with water and their escape related mobility behavior is measured. The forced swim test is straightforward to conduct reliably and it requires minimal specialized equipment. Successful implementation of the forced swim test requires adherence to certain procedural details and minimization of unwarranted stress to the mice. In the protocol description and the accompanying video, we explain how to conduct the mouse version of this test with emphasis on potential pitfalls that may be detrimental to interpretation of results and how to avoid them. Additionally, we explain how the behaviors manifested in the test are assessed.

The forced swim test is validated as an experimental approach to assess potential antidepressant efficacy in rodents. Experimental animals are placed in a tank of water and escape-related mobility behavior is quantified. The common procedures for the mouse version of this test are described.

اختبار ماوس القسري السباحة

The forced swim test is a rodent behavioral test used for evaluation of antidepressant drugs, antidepressant efficacy of new compounds, and experimental ...

Automated Quantification of Synaptic Fluorescence in C. elegans

Synapse strength refers to the amplitude of postsynaptic responses to presynaptic neurotransmitter release events, and has a major impact on overall neural circuit function. Synapse strength critically depends on the abundance of neurotransmitter receptors clustered at synaptic sites on the postsynaptic membrane. Receptor levels are established developmentally, and can be altered by receptor trafficking between surface-localized, subsynaptic, and intracellular pools, representing important mechanisms of synaptic plasticity and neuromodulation. Rigorous methods to quantify synaptically-localized neurotransmitter receptor abundance are essential to study synaptic development and plasticity. Fluorescence microscopy is an optimal approach because it preserves spatial information, distinguishing synaptic from non-synaptic pools, and discriminating among receptor populations localized to different types of synapses. The genetic model organism Caenorhabditis elegans is particularly well suited for these studies due to the small size and relative simplicity of its nervous system, its transparency, and the availability of powerful genetic techniques, allowing examination of native synapses in intact animals.
Here we present a method for quantifying fluorescently-labeled synaptic neurotransmitter receptors in C. elegans. Its key feature is the automated identification and analysis of individual synapses in three dimensions in multi-plane confocal microscope output files, tabulating position, volume, fluorescence intensity, and total fluorescence for each synapse. This approach has two principal advantages over manual analysis of z-plane projections of confocal data. First, because every plane of the confocal data set is included, no data are lost through z-plane projection, typically based on pixel intensity averages or maxima. Second, identification of synapses is automated, but can be inspected by the experimenter as the data analysis proceeds, allowing fast and accurate extraction of data from large numbers of synapses. Hundreds to thousands of synapses per sample can easily be obtained, producing large data sets to maximize statistical power. Considerations for preparing C. elegans for analysis, and performing confocal imaging to minimize variability between animals within treatment groups are also discussed. Although developed to analyze C. elegans postsynaptic receptors, this method is generally useful for any type of synaptically-localized protein, or indeed, any fluorescence signal that is localized to discrete clusters, puncta, or organelles.
The procedure is performed in three steps: 1) preparation of samples, 2) confocal imaging, and 3) image analysis. Steps 1 and 2 are specific to C. elegans, while step 3 is generally applicable to any punctate fluorescence signal in confocal micrographs.

Automated Quantification of Synaptic Fluorescence in C. elegans

The abundance of neurotransmitter receptors clustered at synapses strongly influences synaptic strength. This method quantifies fluorescently-labeled neurotransmitter receptors in three dimensions with single-synapse resolution in C. elegans, allowing hundreds of synapses to be rapidly characterized within a single sample without distortions introduced by z-plane projection.

الآلي الكمي من الإسفار متشابك في<em&gt; C. ايليجانس</em

Synapse strength refers to the amplitude of postsynaptic responses to presynaptic neurotransmitter release events, and has a major impact on overall ...

C. elegans Tracking and Behavioral Measurement

We have developed instrumentation, image processing, and data analysis techniques to quantify the locomotory behavior of C. elegans as it crawls on the surface of an agar plate. For the study of the genetic, biochemical, and neuronal basis of behavior, C. elegans is an ideal organism because it is genetically tractable, amenable to microscopy, and shows a number of complex behaviors, including taxis, learning, and social interaction1,2. Behavioral analysis based on tracking the movements of worms as they crawl on agar plates have been particularly useful in the study of sensory behavior3, locomotion4, and general mutational phenotyping5. Our system works by moving the camera and illumination system as the worms crawls on a stationary agar plate, which ensures no mechanical stimulus is transmitted to the worm. Our tracking system is easy to use and includes a semi-automatic calibration feature. A challenge of all video tracking systems is that it generates an enormous amount of data that is intrinsically high dimensional. Our image processing and data analysis programs deal with this challenge by reducing the worms shape into a set of independent components, which comprehensively reconstruct the worms behavior as a function of only 3-4 dimensions6,7. As an example of the process we show that the worm enters and exits its reversal state in a phase specific manner.

C. elegans Tracking and Behavioral Measurement

We have developed a video-rate tracking microscope system that can record and quantify C. elegans behavior at high resolution and high speeds. We have also developed computational methods to reduce the dimensionality of the worm images to a fundamental set of measurements that completely describe the shape of the worm.

C. ايليجانس تتبع وقياس السلوكية

We have developed instrumentation, image processing, and data analysis techniques to quantify the locomotory behavior of C. elegans as it crawls on the ...

A Molecular Readout of Long-term Olfactory Adaptation in C. elegans

During sustained stimulation most sensory neurons will adapt their response by decreasing their sensitivity to the signal. The adaptation response helps shape attention and also protects cells from over-stimulation. Adaptation within the olfactory circuit of C. elegans was first described by Colbert and Bargmann1,2. Here, the authors defined parameters of the olfactory adaptation paradigm, which they used to design a genetic screen to isolate mutants defective in their ability to adapt to volatile odors sensed by the Amphid Wing cells type C (AWC) sensory neurons. When wildtype C. elegans animals are exposed to an attractive AWC-sensed odor3 for 30 min they will adapt their responsiveness to the odor and will then ignore the adapting odor in a chemotaxis behavioral assay for ~1 hr. When wildtype C. elegans animals are exposed to an attractive AWC-sensed odor for ~1 hr they will then ignore the adapting odor in a chemotaxis behavioral assay for ~3 hr. These two phases of olfactory adaptation in C. elegans were described as short-term olfactory adaptation (induced after 30 min odor exposure), and long-term olfactory adaptation (induced after 60 min odor exposure). Later work from L'Etoile et al.,4 uncovered a Protein Kinase G (PKG) called EGL-4 that is required for both the short-term and long-term olfactory adaptation in AWC neurons. The EGL-4 protein contains a nuclear localization sequence that is necessary for long-term olfactory adaptation responses but dispensable for short-term olfactory adaptation responses in the AWC4. By tagging EGL-4 with a green fluorescent protein, it was possible to visualize the localization of EGL-4 in the AWC during prolonged odor exposure. Using this fully functional GFP-tagged EGL-4 (GFP::EGL-4) molecule we have been able to develop a molecular readout of long-term olfactory adaptation in the AWC5. Using this molecular readout of olfactory adaptation we have been able to perform both forward and reverse genetic screens to identify mutant animals that exhibit defective subcellular localization patterns of GFP::EGL-4 in the AWC6,7. Here we describe: 1) the construction of GFP::EGL-4 expressing animals; 2) the protocol for cultivation of animals for long-term odor-induced nuclear translocation assays; and 3) the scoring of the long-term odor-induced nuclear translocation event and recovery (re-sensitization) from the nuclear GFP::EGL-4 state.

A Molecular Readout of Long-term Olfactory Adaptation in C. elegans

Here we describe a molecular readout of long-term olfactory adaptation in Caenorhabditis elegans. The Protein Kinase G, EGL-4, is necessary for stable adaptation responses in the primary sensory neuron pair called AWC. During prolonged odor exposure EGL-4 translocates from the cytosol to nucleus of the AWC.

A قراءات الجزيئية من التكيف على المدى الطويل في الشم<em&gt; C. ايليجانس</em

During sustained stimulation most sensory neurons will adapt their response by decreasing their sensitivity to the signal. The adaptation response helps ...

In vivo Neuronal Calcium Imaging in C. elegans

The nematode worm C. elegans is an ideal model organism for relatively simple, low cost neuronal imaging in vivo. Its small transparent body and simple, well-characterized nervous system allows identification and fluorescence imaging of any neuron within the intact animal. Simple immobilization techniques with minimal impact on the animal's physiology allow extended time-lapse imaging. The development of genetically-encoded calcium sensitive fluorophores such as cameleon 1 and GCaMP 2 allow in vivo imaging of neuronal calcium relating both cell physiology and neuronal activity. Numerous transgenic strains expressing these fluorophores in specific neurons are readily available or can be constructed using well-established techniques. Here, we describe detailed procedures for measuring calcium dynamics within a single neuron in vivo using both GCaMP and cameleon. We discuss advantages and disadvantages of both as well as various methods of sample preparation (animal immobilization) and image analysis. Finally, we present results from two experiments: 1) Using GCaMP to measure the sensory response of a specific neuron to an external electrical field and 2) Using cameleon to measure the physiological calcium response of a neuron to traumatic laser damage. Calcium imaging techniques such as these are used extensively in C. elegans and have been extended to measurements in freely moving animals, multiple neurons simultaneously and comparison across genetic backgrounds. C. elegans presents a robust and flexible system for in vivo neuronal imaging with advantages over other model systems in technical simplicity and cost.

In vivo Neuronal Calcium Imaging in C. elegans

With its small transparent body, well-documented neuroanatomy and a host of amenable genetic techniques and reagents, C. elegans makes an ideal model organism for in vivo neuronal imaging using relatively simple, low-cost techniques. Here we describe single neuron imaging within intact adult animals using genetically encoded fluorescent calcium indicators.

الكالسيوم في الجسم الحي التصوير الخلايا العصبية في C. ايليجانس

The nematode worm C. elegans is an ideal model organism  for relatively simple, low cost neuronal imaging in vivo. Its small transparent body and simple, ...

Visualizing Neuroblast Cytokinesis During C. elegans Embryogenesis

This protocol describes the use of fluorescence microscopy to image dividing cells within developing Caenorhabditis elegans embryos. In particular, this protocol focuses on how to image dividing neuroblasts, which are found underneath the epidermal cells and may be important for epidermal morphogenesis. Tissue formation is crucial for metazoan development&#160;and relies on external cues from neighboring tissues. C. elegans is an excellent model organism to study tissue morphogenesis in vivo due to its transparency and simple organization, making its tissues easy to study via microscopy. Ventral enclosure is the process where the ventral surface of the embryo is covered by a single layer of epithelial cells. This event is thought to be facilitated by the underlying neuroblasts, which provide chemical guidance cues to mediate migration of the overlying epithelial cells. However, the neuroblasts are highly proliferative and also may act as a mechanical substrate for the ventral epidermal cells. Studies using this experimental protocol could uncover the importance of intercellular communication during tissue formation, and could be used to reveal the roles of genes involved in cell division within developing tissues.

Visualizing Neuroblast Cytokinesis During C. elegans Embryogenesis

This protocol describes how to image dividing cells within a tissue in Caenorhabditis elegans embryos. While several protocols describe how to image cell division in the early embryo, this protocol describes how to image cell division within a developing tissue during mid late embryogenesis.

تصور أرومة عصبية خلال الانقسام السيتوبلازمي<em&gt; C. ايليجانس</em&gt; مرحلة التطور الجنيني

This protocol describes the use of fluorescence microscopy to image dividing cells within developing Caenorhabditis elegans embryos. In particular, this ...

In Vivo Imaging of Dauer-specific Neuronal Remodeling in C. elegans

The mechanisms controlling stress-induced phenotypic plasticity in animals are frequently complex and difficult to study in vivo. A classic example of stress-induced plasticity is the dauer stage of C. elegans. Dauers are an alternative developmental larval stage formed under conditions of low concentrations of bacterial food and high concentrations of a dauer pheromone. Dauers display extensive developmental and behavioral plasticity. For example, a set of four inner-labial quadrant (IL2Q) neurons undergo extensive reversible remodeling during dauer formation. Utilizing the well-known environmental pathways regulating dauer entry, a previously established method for the production of crude dauer pheromone from large-scale liquid nematode cultures is demonstrated. With this method, a concentration of 50,000 - 75,000 nematodes/ml of liquid culture is sufficient to produce a highly potent crude dauer pheromone. The crude pheromone potency is determined by a dose-response bioassay. Finally, the methods used for in vivo time-lapse imaging of the IL2Qs during dauer formation are described.

In Vivo Imaging of Dauer-specific Neuronal Remodeling in C. elegans

Following exposure to specific environmental stressors, the nematode Caenorhabditis elegans undergoes extensive phenotypic plasticity to enter into a stress-resistant &#8216;dauer&#8217; juvenile stage. We present methods for the controlled induction and imaging of neuroplasticity during dauer.

في فيفو التصوير من داور محددة العصبية في إعادة عرض C. ايليجانس

The mechanisms controlling stress-induced phenotypic plasticity in animals are frequently complex and difficult to study in vivo. A classic example of ...