Name: epa method 1615. measurement of enterovirus and norovirus occurrence in water by culture and rt-qpcr. i. collection of virus samples
Uploaded: 2015-03-28T15:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 48 s
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저자는 그의 공헌 ICR과 동안 진행 모니터링을 만든 수많은 EPA 직원을 감사 할 수 UCMR3,보고 다른 EPA 연구의 다음 리드 연구자 : 다니엘 Dahling, 알프레드 푸르, 안드레이 에고 로프, 수잔 Glassmeyer, Asja Korajkic, 리처드 리버맨, 로버트 Safferman, 그리고 팀 웨이드; 결정적으로이 원고를 검토 섀넌 그리핀과 마이클 도자기합니다. 저자는 시료 채취를 보여주기 위해 자신의 펌프 주택 중 하나의 사용을 인도 힐 물 작품 감사합니다. 이 작품은 USEPA 검토 및 게시를 위해 승인되었지만, 반드시 공식 기관의 정책을 반영하지 않을 수 있습니다. 상표 이름 또는 상업적 제품에 대한 언급은 사용 승인 또는 추천을 구성하지 않습니다.

1. 예비 절차 <ol><li> 보충 자료에 기술 된 바와 같이 흡기 모듈 카트리지 하우징 모듈, 및 배출 모듈로 이루어진도 1에 도시 된 바와 같이 표준 필터 장치를 조립한다. </li><li> 처음 사용하기 전에 샘플링에 사용되는 유속 유량계 / 적산을 보정합니다. 첫 번째 사용 후 교정을 확인하고 사용 후 1 개월 후. 유량 교정 중 제 사용 후 또는 사용 첫 달 후에 변경된 경우 보충 자료에서 설명한 바와 같이, 보정 확인의 주파수를 결정한다. <ol><li> 흡기 모듈에 방전 모듈을 연결 한 후 탭에 흡기 모듈을 연결합니다. 유량을 읽​​어 유량계 / 적산을 설정한다. 완전히 탭 켠 다음 청동 글로브 밸브를 사용하여 10 L / 분의 유량을 조정합니다. 유량은 10 L / 분으로 안정되면, 총 부피를 읽어 유량계 / 적산 재설정. </li><li> 밖으로 배치4 L로 배출 모듈의하자 또는 더 큰 실린더를 졸업하고 동시에 제로로 적산을 재설정합니다. 4-L 시점에서 적산계와 실린더에 4 L 점수에 도달하는 데 필요한 시간을 측정한다. 유량을 다시 설정 유량계 / 적산을 변경합니다. 참고 : 유량이 아래 9.95 L로 떨어 뜨리거나 단계 1.2.2를 완료 한 후 이상 10.05 L로 증가했다 경우 유량이 안정적이고 반복 단계 1.2.2 때까지 기다립니다. 올바르게 교정 미터는 4.0 ± 0.04 L.의 적산계 24 ± 1 초에 눈금 실린더에 4 L 점수에 도달합니다 </li><li> 적산계 미만 또는 3.96 이상 4.04 L 인 경우, 관찰 된 차이를 조정하기 위해 필요한 보정 계수를 계산한다. 유량계 / 적산 눈금 실린더에 4 L 표선에서 3.9 L를 읽는 경우, 예를 들어, 보정 계수는 1.026 (4 ÷ 3.9) 일 것이다. 필드 샘플의 원하는 용적은 300 L였다 따라서 경우 ​​볼륨은 R을 따라 수집유량계 / 적산에 eading는해야 300 ÷ 1.026 = 292.4 L. </li></ol></li><li> 표준 필터 장치를 소독하고 시료 채취 준비를합니다. <ol><li> 어느 완전히 솔루션 모듈을 침지 또는 모듈은 펌프를 이용하면서도, 차아 염소산 나트륨을 순환함으로써 각각의 사용 전에 적어도 30 분 동안 0.525 %의 차아 염소산 나트륨 섭취량 및 카트리지 하우징 모듈 멸균. 멸균 dH보다 2 O 모듈로 헹구어 낸 후 5 분 동안 멸균 시약 등급 물 리터당 1 M 티오 황산나트륨 50 ㎖를 함유하는 용액에서 탈염 소화. 필터 샘플링 장치 모듈은 무균 알루미늄 호일로 끝나는 커버. </li><li> 카트리지 하우징 모듈 무균에 전성 카트리지 필터를 추가합니다. 참고 :이 카트리지 필터가 제대로 하우징에 장착하기 위해주의하십시오. 올바르게 장착 필터는 누설되지 않으며 흔들어도 필터는 하우징 내에서 이동하지 않는다. AP에 가스켓roperly 장착 필터는 어디 필터 접점을 보여주는 볼 들여 쓰기를해야합니다. 가스켓은 항상 필터 하우징으로부터 제거 직후 만입 점검되어야한다. </li><li> 샘플 데이터 시트의 고유 샘플 번호를 기록 (예를 들어 보충 자료 참조) 다음 걸릴 또는 샘플에 관한 필요한 지시를 따라, 필터 샘플링 장치 및 필드 샘플을 수집되는 개인에 대한 샘플 데이터 시트를 제공 컬렉션 (예를 들어, 샘플 볼륨, 샘플링 위치 등). </li></ol></li></ol> 샘플링 사이트에서 샘플 컬렉션 2. 준비 <ol><li> 수거 장소에 도착했을 때 손을 씻으 샘플 오염 가능성을 최소화하기 위해 수술 장갑을 돈. 장 또는 호흡기 증상을 경험하는 경우 샘플을 수집하지 마십시오. 변경 장갑은 자주, 특히 수도꼭지 및 기타 항목을 터치 한 후 계속 될 수 있음아미 노화. </li><li> 샘플 데이터 시트에 대한 정보를 추적 기록 관련 샘플. 관련 정보는 사이트 및 샘플 식별, 샘플러의 이름 및 장비 모델과 일련 번호를 포함한다. </li><li> 라인에 정착 한 모든 파편을 취소 한 2-3 분 동안 수도꼭지를 켭니다. 필요한 경우,이 단계에 도달하는 드레인 정원 호스 또는 튜브를 사용한다. </li><li> 샘플링 장치 모듈이 연결되어있을 경우, 그것들을 분리하고 멸균 호일로 카트리지 하우징 모듈의 개방 단부를 보호한다. 흡기 모듈에 방전 모듈을 연결 한 후 수도꼭지에 모두 연결합니다. 방전 모듈의 끝에서 정원 호스를 연결하고 1 L 폴리 프로필렌 용기의 끝을 배치합니다. </li><li> 탭의 전원을 켜고 물을 최소 75 L이 장치를 통해 샘플링 패스. <ol><li> 측정 및 폴리 프로필렌 용기 염소 잔유로 흐르는 물에 세척 기간 동안 물 품질 파라미터를 기록연간, 산도, 온도, 탁도. </li><li> 수돗물에서 물을 끈 후, 흡기 모듈로부터의 방전 모듈을 분리 한 다음, 흡기 모듈의 출구와 카트리지 하우징 모듈의 출구로 배출 모듈 카트리지 하우징 모듈을 연결한다. 제로에게 책을 읽어 적산계를 재설정합니다. </li></ol></li></ol> 3. 필드 샘플 컬렉션 <ol><li> 날짜와 시간으로 초기 적산계를 함께 기록하고 천천히 수도꼭지를 엽니 다. <ol><li> 카트리지 하우징이 수직 위치에 있는지가 완전히 물을 채우고 있는지 확인합니다. 일부 하우징은 충전 공정 동안 하우징으로부터 공기를 배출하도록 가압 될 수 벤트 버튼을 가지고있다. </li><li> 완전히 탭을 엽니 다. 청동 글로브 밸브를 이용하여 10 L / 분의 유량을 조정하고, 초기 유동 속도를 기록한다. </li></ol></li><li> 표면의 물 300 L 또는 장치를 통해 지하수의 1,500 ~ 1,800 L 사용하여 전달적산 수치 (필요한 경우로는, 조정). 필요한 부피 전에 필터 막힘 도달 절반 이상 부피가 수집 된 경우, 가능한 경우, 잔여 시료를 수집하는 제 2 필터 하우징 모듈을 사용한다. </li><li> 샘플 량은 샘플링주기의 단부에 접근함에 따라 유량을 관찰 한 다음 샘플 수돗물에서 물의 흐름을 해제. 최종 유속, 날짜, 시간, 최종 적산계, 및 총 샘플 부피를 기록한다. </li><li> 탭에서 필터 샘플링 장치를 분리합니다. 다른 모듈에서 카트리지 하우징 모듈을 분리합니다. <ol><li> 거꾸로 필터 하우징 (들)을 켜고 여분의 물이 모두 입구와 출구 포트에서 배출됩니다 더 이상 물까지 유출 할 수 있습니다. </li><li> 똑바로 주택을 켜고 멸균 알루미늄 호일 양쪽 끝의 빠른 연결을 커버합니다. 하나 이상의 밀봉 비닐 봉지에 주택을 놓습니다. </li><li> 섭취와 D에서 물을 드레인ischarge 모듈. 하나 이상의 밀봉 비닐 봉지에 모듈을 놓습니다. </li></ol></li></ol> 필드 샘플 4. 출하 <ol><li> 절연 저장 및 전송 쿨러에 필터 샘플링 장치 모듈을 놓습니다. </li><li> 스토리지에 얼어 붙은 얼음 팩 또는 이중 겹으로 싸서 얼음 조각을 추가하고 샘플 출하시 ~ 10 ° C의 사이에 유지되도록하는 쿨러​​ 운반 할 것. 큰 두 개 6-8 작은 얼음 팩은 충분합니다. </li><li> 얼음 팩이나 얼음 가방에 접촉하지 않고있는 위치에 절연 저장 및 전송 가슴에 온도 기록 장치를 놓습니다. 주 : 분석 실험실 바로 도착시 카트리지 하우징과 용기의 개구부의 온도를 측정하는 적외선 체온계 시각적 사용할 경우 온도 기록 장치는 선택 사항이다. </li><li> 포장 재료를 어떤 빈 공간을 채우고 다음 t에 밀봉 비닐 봉지에 보호 샘플 데이터 시트를 배치작전. 이 물 누출을 방지하기 위해 절연 저장 및 전송 가슴과 테이프를 닫습니다. </li><li> 전송 또는 분석 실험실에 샘플을 보내주십시오. 샘플 현장 시료 채취 시작 후 늦어도 24 시간보다 분석 실험실에 도착 없는지 확인합니다 (즉, 3.1 단계에서 기록 된 시간). </li></ol>

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The authors have nothing to disclose.

환경 워터스 바이러스를 농축하는 다른 필터 유형은 26 년 이상 사용되어왔다. 현재의 방법은 ultrafilters (27), 전기 음성 필터 13,28,29, 유리 섬유 필터 (23), 및 전기 양성 필터 (30)를 사용합니다. 전성 필터는 수년 동안 널리 사용되었지만, 염 및 첨가 전 또는 도중 샘플링 필드 물의 pH를 조정 요구 (13)는 그 유용성을 제한한다. 필드 샘플링을위한 가장 실용적인 필터의 선택은 전기 양성 필터입니다. 이러한 필터는 높은 유속에서 물과 임의의 물 조절없이 대량의 샘플링을 허용한다. 유리면 필터는 최소 비용 옵션이지만 전성 필터보다 느린 유속이 시판되지 않는다. Ultrafilters 수질의 넓은 범위에 걸쳐 높은 바이러스 회수율을 제공하지만 장비 sampli 필요한NG 용이 필드 휴대용 아닌 샘플들을 수집하는데 필요한 시간 (27)은 훨씬 더 길다. 방법은 최근 사용이 필드 조정에 대한 필요성을 회피하는 데에 전성 필터를 미리 조정하는 것이 개발되었지만, 이들은 큰 양의 샘플을 수집하기 위해 28, ​​29 적용될 수 없다. EPA 1615 방법은 알루미나 나노 파이버 또는 4 차 아민 중 하나에서 자신의 양전하를 구 전성 카트리지 필터를 사용한다. 후자 위에 전자의 이점은 덜 비싸고 효율적 30,31 천연의 pH 값의 넓은 범위에 걸쳐 바다로부터 바이러스를 수집한다; 그러나, 각각의 카트리지뿐만 아니라, 보 차트 및 동료에 의해 ​​사용되는 유리 섬유 필터는 물 23,31,32 (Cashdollar, 미발표)에서 노로 바이러스 및 엔테로 바이러스 유사 회수율을 준다. 카트리지 필터는 샘플의 수집을 단순화하기 위해 설계된 단순한 샘플링 장치에 배치된다샘플링하는 동안 오염을 줄일 수 있습니다. 많은 연구가 여러 분석 실험실을 사용하여 수행 할 때 표준 방법은 매우 중요하다. EPA 방법은 1615 표준 절차 및이 기간 동안 수집 된 데이터에 영향을 줄 수있는 두 가지 시료 채취 문제를 최소화하기위한 지침을 제공하는 연구를 거짓 오염 시료를 수집하는 동안 또는 부적절하게 소독 장치 구성 요소 및 구성 요소에 의해 필터 구멍의 막힘에 따른 긍정적 인 결과 물은 샘플링된다. 장용성 바이러스 부적절한 위생 일대일 확산 될 수있는 것처럼, 바이러스 오염 장갑 33 저조한 손이나 손 세척에서 샘플로 도입 될 수있다. 그것은 샘플러 오염의 잠재적 경로를 이해하고 샘플링하는 동안 무균 기술을 사용하는 것이 필수적이다. 샘플러 장갑은 주로 페이지에 노출되지 샘플러를 보호하기 위해 사용하지 않는 것을 이해한다오염 장치를 rotect. 샘플링 및 관리의 시작은 오염을 장갑에 손을 방지하기 위해 장갑을 걸치고 동안 촬영해야하기 전에 손 세척해야합니다. 그들은 높은 수준에서 엔테로 바이러스 또는 noroviruses을 발산 할 수 있으므로 장염이나 호흡기 증상이있는 샘플러는 샘플을 수집하지 않아야합니다. 둘째,주의가 이전의 샘플링 이벤트에서 바이러스의 이월을 방지하기 위해주의해야한다. 이러한 오염의 가능성을 최소화하기 위해 소스 방법 1615에서 샘플링 장치는 입구 및 카트리지 하우징 모듈의 압력 조정기 및 압력 측정기를 포함하지 않음으로써 ICR와는 개질 하였다. 샘플링 이벤트 동안 관찰 압력이 최대 주택 평가 아래에 항상 있었기 때문에 이러한 구성 요소가 제거 된 (예를 들어, 125 5 인치 카트리지 하우징에 대한 PSI)과 그들이 소독이 어려운 때문이다. 후자의 문제는 보안 목표 명세서의 장비 빈 컨트롤의 사용을 통해 입증되었다ICR 6,20 이후 udies. 정도는이 ICR 데이터를 알 수없는 영향을하지만, 가능성이 작은 하였다; 두 위양성 성능에 부정적인 평가 용 샘플은 연구 중에 있었다 (데이타 미기재). 상기 잔효 오염의 가능성을 줄이기 위해, 또한 입구 모듈 튜빙 각 샘플링 이벤트 후에 교환 할 것을 권장한다. 이 장치는 바이러스 글로리 품질이나 성능 제어에 사용 된 경우 충분한 소독을 보장하는 것이 특히 중요하다. 살균을 수행하기 전에, 잔류 염소 농도는 보관 중에 손실을 측정한다. 상술 한 장치의 구성을 변경하는 것뿐만 아니라, 그것을 정규 장비 블랭크 그 소독 효과가 입증 실행하는 것이 필수적이다. 방법 1615 장비 공백 바이러스 시드 컨트롤에 사용 후 소독 된 장치를 사용하여 수행 할 의무하여 단순화필요가 없으므로 절차 전에 소독 장치를 통해 바이러스 시드 용액을 통과. 이 농도가 가능한 장비에있는 어떠한 바이러스를 불활 화하는 핵산을 분해하는 동시에 필요로 살균제의 농도는 방법 1615 위해 0.525 % 차아 염소산으로 증가시켰다. 따라서, 장비 공백 세포 배양 및 qPCR에 분석을 모두 사용하여 분석해야합니다. 전기 양성 필터의 두 가지 유형은 표 1에보고 된 연구 중 막힘의 대상이었다. 감소 볼륨이있는 샘플의 알 수없는 수는 적산의 오독 또는 다른 사항을 충족하기 위해 샘플링의 의도적 인 초 정지로 인해 샘플링 오류되었을 수도 있습니다 특히 20 NTU 미만의 탁도 수치와 물에 대한 마감. 폐색의 정도는 필터 종별 수질 파라미터들 모두에 의존한다. 프리 필터는 어느 정도 개선을 제공하지만, 사용 된 경우, 처리 및 분석해야별도로 전기 양성 필터에서. UCMR3 대한 현재 샘플 포인트는 적어도 절반 부피가 제 1 필터를 사용하여 수집 될 수 있다면 두 알루미늄 산화물 계 나노 섬유 필터를 사용하여 사전 필터없이 수집 할 수 있느냐하는 것이다.

인간의 장내 바이러스 위장관 내에서 복제하고 분변 - 구강 경로를 통해 확산됩니다. 이 바이러스는 종종 높은 농도 1-3 하수에서 발견된다. 그들은 하수 폐수 4,5 고집하고, 표면 6, 7, 지상 8 ~ 10, 그리고 11 물을 마시는 처리 할 수 있습니다. 존재하는 경우, US 환경에서 물에서 바이러스의 농도는 통상적으로 직접 측정 (12, 13)에 대해 너무 낮다. 이 바이러스는 다량의 물에서 집중해야합니다. 정보 수집 규칙 (ICR)가 미국 환경 보호청 (USEPA) (14)에 의해 실시 모니터링을하는 동안 감염 단위의 19.7 가능성이 가장 높은 번호로 전국 0.009에서 원거리 큰 유틸리티의 소스 물에 긍정적 인 샘플의 바이러스 농도 (MPN) / L. 긍정적 인 샘플의 중간 값과 평균 농도는 0.03 흐르는 스트림에서 수원 0.17 MPN / L, 0.01이었다호수와 저수지에서 사람들을 위해 0.07 MPN / L, 및 지하수 11 (2000년 4월 25일 일자 ICR 여유 포트 18개월 액세스 데이터베이스에서 데이터)를 사용하여 사람들을 위해 0.04-0.74 MPN / L이다. 국가 지하수의 USEPA 연구에서 긍정적 인 샘플의 바이러스 농도는 0.009 2.12에 감염 단위 / 평균 0.13과 0.29 감염 단위 / L (8)의 평균 농도가 L에서였다. 포지티브 지하수 시료에서 바이러스 농도가 흐르는 스트림에 비해 높았다. 이 연구에서 지하수를 사용하는 시설의 대부분은 카르스트 지역에있는 대수층에서 물을 얻을. 이들은 석회암과 결정에있는 사람들과 함께 (파쇄 암반) 설정은 다른 설정 8,15,16보다 더 높은 바이러스 농도를 가질 가능성이 있습니다. USEPA 바이러스 방법은 표면 물 200 L 300 L에 (ICR) (1,615 방법) 및 지하수 (17, 18)의 1000 L 1,500 L에 (ICR) (1,615 방법)의 샘플링 볼륨을 지정합니다. 그러나,의 사용과큰 샘플 볼륨은 대부분의 표면과 지하수 샘플은 바이러스 8,11,19,20 부정적이다. 지표수에 존재하는 바이러스는 식수의 소비자들에게 잠재적 인 건강 위험. 표면 수처리 규칙 적어도 4- 로그의 바이러스에 의해 농도를 감소시키는 표면 수를 사용하여 모든 처리 설비를 필요로한다. 비록 4 로그 감소, 0.0044 MPN / L만큼 작을 원수에서 감염성 바이러스의 농도는 평균 노광 및 처리 조건으로 로타 바이러스 11, 21에 대한 투여 량 반응 파라미터를 가정하면 하루 이상의 감염으로 이어질 수있다. 처리되지 않은 지하수에서 바이러스로부터 위험으로 인해 치료 및 바이러스 발생의 부족으로 더 큰 수 있습니다. 보 차트와 동료들은 성인에서 급성 위장염의 22 %와 63 %까지의 어린이 5 년 미만은 치료 지하수 (19)를 사용하여 지역 사회에서 물을 마시는 바이러스로 인해이 될 수 있다고 추정하고있다. USEPA Method 1615 보 차트의 결과와 동료 19, 23까지 따라 국가와 비 규제 오염 물질 모니터링 규정의 세 번째 모니터링주기 (UCMR3) 22시 장 바이러스와 노로 바이러스를 검출하기 위해 개발되었다. USEPA 방법은, 주로 미처리 지하수를 사용하는 시스템에서 바이러스를 측정하기 위해 설계 되었으나, 다른 물 매트릭스 유형을 포함하도록보다 일반적으로 기록 하였다. 새로운 방법은 ICR 17 동안 사용 이전 바이러스 방법과 많은 구성 요소를 유지 하이브리드 분자 절차 첨가 노로 24 보 차트 등. 19, 23, 및 추가의 프라이머 세트에 기초 방법. 본 연구의 목적은 샘플링 절차와 수집 및 운송 중에 시료의 무결성을 유지하는 데 필요한 단계를 설명하는 것이다. 전체 방법의 평가 Cashdollar 등. (25)에 대해 설명한다. 이 프로토콜은 간단한 필드 collectio을 커버펌프와 프리 필터가 필요하지 않습니다 및 조정이 pH와 물에 살균제의 존재에 필요하지 않은 경우 표면과 지하수의 n은 샘플링합니다. 더 복잡한 샘플링 요구는 Fout 등. (17, 18)에 기재되어있다.

<table><tbody><tr><td>1-L polypropylene bottle</td><td>Nalgene</td><td>2104-0032</td><td></td></tr><tr><td>Aluminum foil squares</td><td>Cole-Parmer</td><td>06275-40</td><td></td></tr><tr><td>Autoclave</td><td>Steris</td><td>Amsco Lab Series</td><td></td></tr><tr><td>Bubble wrap</td><td>U.S. Plastics</td><td>50776</td><td></td></tr><tr><td>Closable bag</td><td>Uline</td><td>S-12283</td><td></td></tr><tr><td>Closable bag</td><td>Fisher Scientific</td><td>S31798C</td><td></td></tr><tr><td>Commercial ice packs</td><td>Cole-Parmer</td><td>06345-20</td><td></td></tr><tr><td>Cool safe box</td><td>Diversified Biotech</td><td>CSF-BOX</td><td></td></tr><tr><td>Gauze sponge</td><td>Fisher Scientific</td><td>22-415-469</td><td></td></tr><tr><td>Graduated cylinder</td><td>Cole-Parmer</td><td>06135-90</td><td>4-L or larger</td></tr><tr><td>Hype Wipe</td><td>Fisher Scientific</td><td>14-412-56</td><td></td></tr><tr><td>iButtons temperature data logger</td><td>Maxim</td><td>DS1921G</td><td></td></tr><tr><td>Insulated storage and transport chest</td><td>Fisher Scientific</td><td>11-676-12</td><td></td></tr><tr><td>Packing tape</td><td>U.S. Plastics</td><td>50083</td><td></td></tr><tr><td>Portable chlorine colorimeter II test kit</td><td>Hach</td><td>5870062</td><td></td></tr><tr><td>Portable pH and temperature probe</td><td>Omega</td><td>PHH-830</td><td></td></tr><tr><td>Portable turbidity meter</td><td>Omega</td><td>TRB-2020-E</td><td></td></tr><tr><td>PTFE thread tape</td><td>Cole-Parmer</td><td>08270-34</td><td>Use on all threaded connections</td></tr><tr><td>Pump, Centrifugal Magnetic Drive</td><td>Cole-Parmer</td><td>72010-20</td><td></td></tr><tr><td>Reduction nipple</td><td>Cole-Parmer</td><td>06349-87</td><td></td></tr><tr><td>Sodium hypochlorite (NaClO)</td><td></td><td></td><td>Use locally available household bleach</td></tr><tr><td>Sodium thiosulfate (Na&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;S&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O&lt;sub&gt;3&lt;/sub&gt;)</td><td>Sigma Aldrich</td><td>217247</td><td></td></tr><tr><td>Surgical gloves</td><td>Fisher Scientific</td><td>19-058-800</td><td></td></tr><tr><td>Waterproof marker</td><td>Fisher Scientific</td><td>22-290546</td><td></td></tr><tr><td>Media</td><td>Composition</td><td></td><td></td></tr><tr><td>0.525% sodium hypochlorite (NaClO)</td><td>Prepare a 0.525% NaClO solution by diluting household bleach 1:10 in dH&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O.&amp;nbsp; Store 0.525% NaClO solutions for up to 1 week at room temperature.</td><td></td><td>&amp;nbsp;&lt;br /&gt;&amp;nbsp;&lt;br /&gt;&amp;nbsp;&lt;br /&gt;&amp;nbsp;&lt;br /&gt;&amp;nbsp;</td></tr><tr><td colspan="4">[header]</td></tr><tr><td>1 M sodium thiosulfate (Na&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;S&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O&lt;sub&gt;3&lt;/sub&gt;) pentahydrate</td><td>Prepare a 1 M solution by dissolving 248.2 g of Na&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;S&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O&lt;sub&gt;3&lt;/sub&gt; in 1 L of dH&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;O.&amp;nbsp; Store sodium thiosulfate for up to 6 months at room temperature.</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

epa method 1615. measurement of enterovirus and norovirus occurrence in water by culture and rt-qpcr. i. collection of virus samples

EPA Method 1615 was developed with a goal of providing a standard method for measuring enteroviruses and noroviruses in environmental and drinking waters. The standardized sampling component of the method concentrates viruses that may be present in water by passage of a minimum specified volume of water through an electropositive cartridge filter. The minimum specified volumes for surface and finished/ground water are 300 L and 1,500 L, respectively. A major method limitation is the tendency for the filters to clog before meeting the sample volume requirement. Studies using two different, but equivalent, cartridge filter options showed that filter clogging was a problem with 10% of the samples with one of the filter types compared to 6% with the other filter type. Clogging tends to increase with turbidity, but cannot be predicted based on turbidity measurements only. From a cost standpoint one of the filter options is preferable over the other, but the water quality and experience with the water system to be sampled should be taken into consideration in making filter selections.

필터 막힘 막힘은 필터를 통해 물의 흐름 속도를 감소 방법 (1615)으로 발생 될 수있는 잠재적 인 큰 문제이다. 일부 경우에 이러한 큰 흐름을 허용하도록 글로브 밸브를 개방함으로써 극복 될 수있다. 필요한 부피가 통과하기 전에 다른 경우, 상기 필터가 완전히 막힌해질 것이다. 표 1은 필터 타입, 물 타입, 탁도의 함수로서 감소 된 볼륨이있는 샘플의 비율을 나타낸다. 막힘은 반대의 표면 물 시료의 경우 동안 산화 알루미늄 나노 섬유 기반의 필터는 지하수 샘플 급 아민 계 필터를 능가로, 지하수 및 지표수 모두 샘플 발생했습니다. 알루미늄 산화물 계 나노 섬유 필터로 수집 한 샘플의 10 %에 의한 막힘 필요한 최소한 지정된 볼륨 불합격하면서 전체적으로 급 아민 - 기반 필터를 이용하여 수집 한 샘플의 6 % 부피 불충분했다. 장군에서난, 탁도 증가 막힘,하지만 다른 구성 요소의 수는 탁도에 기여 이들 중 일부는 막힘으로 이어질하지 않습니다. 예를 들어, ICR 연구 중에 발생하는 모든 사건의 막힘은 43 % (데이터는 미도시) 두 강 시스템에 국한되었다. ICR 동안 표면의 물에 대한 최소한의 대상 볼륨은 연구 기간 동안 수집 된 평균 볼륨이 208 L의 평균 부피가 217 ± 32 L이었다 200 L.이었다 (ICR 여유 포트 18개월 액세스 데이터베이스에서 데이터가 2000년 4월 25일 일자) . 따라서, 전체 부피는 심지어 고 탁도으로 많은 물로부터 회수 할 수있다. 탁도 75 NTU 이상있을 때 ICR은 프리 필터를 사용하는 샘플러를 요구하지만, 심지어 프리 필터와, 75 탁도와 바다에서 수집 된 샘플의 34 %는 NTU 막혔습니다. 방법 1615 50 NTU 이상의 물과 함께 프리 필터의 사용을 권장합니다 그러나, 방법 1615의 발행 이후, 상기 방법에서 설명한 것 이외에도 여러 가지 옵션이 프리 필터왔다테스트. 샘플 량에 상당한 개선이 초래 중에 (데이터는 도시하지 않음). <img alt="그림 1" src="/files/ftp_upload/52067/52067fig1.jpg" /> 그림 1. 표준 필터 장치. 표준 필터 장치는 흡입, 필터 하우징, 방전 모듈 (각 모듈에 대한 설명은 보충 자료 참조)로 구성되어있다. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/52067/52067fig1large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td> 총 샘플 </td><td> 불충분 한 샘플 B의 수 </td><td> 비율 결핍 샘플 </td><td> 탁도 (NTU) </td></tr><tr><td colspan="4" fo:padding-left="200px" style="text-align:center"> NanoCeram를 사용하여 지하수<html> 필터 C </td></tr><tr><td> (113) </td><td> (1) </td><td> (1) </td><td> &lt;20 </td></tr><tr><td colspan="4" fo:padding-left="200px" style="text-align:center"> 표면 물 NanoCeram 필터 C를 사용하여 </td></tr><tr><td> (83) </td><td> (12) </td><td> (14) </td><td> &lt;20 D </td></tr><tr><td> 8 </td><td> 4 </td><td> (50) </td><td> 20 - &lt;50 </td></tr><tr><td> (6) </td><td> (5) </td><td> (83) </td><td> ≥ 50 D </td></tr><tr><td colspan="4" fo:padding-left="230px" style="text-align:center"> 총 NanoCeram의 C </td></tr><tr><td> (210) </td><td> (22) </td><td> (10) </td><td> ≥ 0 </td></tr><tr><td colspan="4" fo:padding-left="200px" style="text-align:center"> 1MDS 필터 C를 이용하여 지하수 </td></tr><tr><td> (374) </td><td> (75) </td><td> (20) </td><td> &lt;20 </td></tr><tr>1MDS 필터 C를 이용하여 중심 &quot;&gt; 표면 물 : EXT-정렬 </td></tr><tr><td> 2,693 </td><td> (27) </td><td> (1) 전자 </td><td> &lt;20 전자 </td></tr><tr><td> (505) </td><td> (36) </td><td> 7 F </td><td> 20 - &lt;50 F </td></tr><tr><td> (122) </td><td> (19) </td><td> (16) 전자 </td><td> (50) - &lt;75g </td></tr><tr><td> (175) </td><td> (60) </td><td> 34 E, F </td><td> ≥ 75 E, F, G, </td></tr><tr><td colspan="4" fo:padding-left="240px" style="text-align:center"> 총 1MDS의 C </td></tr><tr><td> 3,869 </td><td> (217) </td><td> (6) </td><td> ≥ 0 </td></tr></tbody></table> 표 1. 필터 생산 능력 샘플은 다음 볼륨 및 탁도 데이터를 사용할 수있는 연구에서 다음과 같습니다. 4/2 일자 ICR 여유 포트 18개월 액세스 데이터베이스에서 1) USEPA의 ICR 연구 (데이터2천분의 5), 2) USEPA 지하수 연구 8, 3) USEPA 로렌스 로웰, MA 연구 (게시되지 않은 데이터), 4) USEPA 미시시피 강 연구 (게시되지 않은 데이터), 5) USEPA 마시는 물 처리장 연구 (게시되지 않은 데이터) 6) USEPA 방법 1615 평가 연구 25, 7) 각각의 연구를 위해 지정된 물의 최소량 전에 막힌 필터 수집 하였다 UCMR3 모니터링의 첫 3 개월 (미발표). 샘플 B. 이 지표수 200 L 및 지하수 1,500 L했지만, USEPA 지하수 연구를위한 USEPA ICR에서 지하수 및 1893 L이었다 소스 물 200 L이었다. 볼륨 지정된 전체 최소를 수집 할 수있는 기능 C는 크게 다르다 샘플은 모두 전체 (P &lt;0.001) NanoCeram 및 지표수 및 지하수 사이 1MDS 필터 (P = 0.002)를 사용하고 각 필터 유형 (P &lt;0.001) 맨 - 휘트니 순위 ​​합계 테스트를 사용하여. D &amp; # 수집 된8211; 같은 첨자 값 g 그룹 (P &lt;0.05) 순위 테스트에 분산의 크루스 칼 - 월리스 편도 분석 및 던의 인접 쌍 다중 비교 절차에 따라 크게 다르다. 모든 통계 학적 시험에서 종속 변수가 있지만 1.0의 최대 값으로, 지정된 최소의 부피 분율로서 필터에 통과 부피이다.

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EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. I. Collection of Virus Samples

EPA Method 1615 uses an electropositive filter to concentrate enteroviruses and noroviruses in environmental and drinking waters. This manuscript describes the procedure for collecting samples for Method 1615 analyses.

엔테로 바이러스 및 문화 RT-qPCR에 의해 물에서 노로 바이러스의 발생의 EPA 방법 1615 측정. 바이러스 샘플의 I. 컬렉션

EPA Method 1615 was developed with a goal of providing a standard method for measuring enteroviruses and noroviruses in environmental and drinking waters. ...

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12.1K 조회수.  U.S Environmental Protection Agency. EPA Method 1615 uses an electropositive filter to concentrate enteroviruses and noroviruses in environmental and drinking waters. This manuscript describes the procedure for collecting samples for Method 1615 analyses.

비디오: EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. I. Collection of Virus Samples

A Small Volume Procedure for Viral Concentration from Water

Small-scale concentration of viruses (sample volumes 1-10 L, here simulated with spiked 100 ml water samples) is an efficient, cost-effective way to identify optimal parameters for virus concentration. Viruses can be concentrated from water using filtration (electropositive, electronegative, glass wool or size exclusion), followed by secondary concentration with beef extract to release viruses from filter surfaces, and finally tertiary concentration resulting in a 5-30 ml volume virus concentrate. In order to identify optimal concentration procedures, two different electropositive filters were evaluated (a glass/cellulose filter [1MDS] and a nano-alumina/glass filter [NanoCeram]), as well as different secondary concentration techniques; the celite technique where three different celite particle sizes were evaluated (fine, medium and large) followed by comparing this technique with that of the established organic flocculation method. Various elution additives were also evaluated for their ability to enhance the release of adenovirus (AdV) particles from filter surfaces. Fine particle celite recovered similar levels of AdV40 and 41 to that of the established organic flocculation method when viral spikes were added during secondary concentration. The glass/cellulose filter recovered higher levels of both, AdV40 and 41, compared to that of a nano-alumina/glass fiber filter. Although not statistically significant, the addition of 0.1% sodium polyphosphate amended beef extract eluant recovered 10% more AdV particles compared to unamended beef extract.

An approach was developed for identifying optimal viral concentration conditions for small volume water samples using spikes of human adenovirus. The techniques described here are used to identify concentration parameters for other viral targets, and applied to large-scale viral concentration experimentation.

물에서 바이러스 농도에 대한 작은 볼륨 절차

Small-scale concentration of viruses (sample volumes 1-10 L, here simulated with spiked 100 ml water samples) is an efficient, cost-effective way to ...

연구

환경과학

EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. II. Total Culturable Virus Assay

A standardized method is required when national studies on virus occurrence in environmental and drinking waters utilize multiple analytical laboratories. The U.S Environmental Protection Agency&#8217;s (USEPA) Method 1615 was developed with the goal of providing such a standard for measuring Enterovirus and Norovirus in these waters. Virus is concentrated from water using an electropositive filter, eluted from the filter surface with beef extract, and then concentrated further using organic flocculation. Herein we present the protocol from Method 1615 for filter elution, secondary concentration, and measurement of total culturable viruses. A portion of the concentrated eluate from each sample is inoculated onto ten replicate flasks of Buffalo Green Monkey kidney cells. The number of flasks demonstrating cytopathic effects is used to quantify the most probable number (MPN) of infectious units per liter. The method uses a number of quality controls to increase data quality and to reduce interlaboratory and intralaboratory variation. Laboratories must meet defined performance standards. Method 1615 was evaluated by examining virus recovery from reagent-grade and ground waters seeded with Sabin poliovirus type 3. Mean poliovirus recoveries with the total culturable assay were 111% in reagent grade water and 58% in groundwaters.

Here we present a procedure to measure total culturable viruses using the Buffalo Green Monkey kidney cell line. The procedure provides a standardized tool for measuring the occurrence of infectious viruses in environmental and drinking waters.

엔테로 바이러스 및 문화 RT-qPCR에 의해 물에서 노로 바이러스의 발생의 EPA 방법 1615 측정. II. 총 배양 가능한 바이러스 분석

A standardized method is required when national studies on virus occurrence in environmental and drinking waters utilize multiple analytical laboratories. ...

EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. Part III. Virus Detection by RT-qPCR

EPA Method 1615 measures enteroviruses and noroviruses present in environmental and drinking waters. This method was developed with the goal of having a standardized method for use in multiple analytical laboratories during monitoring period 3 of the Unregulated Contaminant Monitoring Rule. Herein we present the protocol for extraction of viral ribonucleic acid (RNA) from water sample concentrates and for quantitatively measuring enterovirus and norovirus concentrations using reverse transcription-quantitative PCR (RT-qPCR). Virus concentrations for the molecular assay are calculated in terms of genomic copies of viral RNA per liter based upon a standard curve. The method uses a number of quality controls to increase data quality and to reduce interlaboratory and intralaboratory variation. The method has been evaluated by examining virus recovery from ground and reagent grade waters seeded with poliovirus type 3 and murine norovirus as a surrogate for human noroviruses. Mean poliovirus recoveries were 20% in groundwaters and 44% in reagent grade water. Mean murine norovirus recoveries with the RT-qPCR assay were 30% in groundwaters and 4% in reagent grade water.

Here we present a procedure to quantify enterovirus and norovirus in environmental and drinking waters using reverse transcription-quantitative PCR. Mean virus recovery from groundwater with this standardized procedure from EPA Method 1615 was 20% for poliovirus and 30% for murine norovirus.

엔테로 바이러스 및 문화와 RT-qPCR에 의해 물에서 노로 바이러스의 발생의 EPA 방법 1615 측정. 파트 III. RT-qPCR에 의한 바이러스 검출

EPA Method 1615 measures enteroviruses and noroviruses present in environmental and drinking waters. This method was developed with the goal of having a ...

Automated Gel Size Selection to Improve the Quality of Next-generation Sequencing Libraries Prepared from Environmental Water Samples

Next-generation sequencing of environmental samples can be challenging because of the variable DNA quantity and quality in these samples. High quality DNA libraries are needed for optimal results from next-generation sequencing. Environmental samples such as water may have low quality and quantities of DNA as well as contaminants that co-precipitate with DNA. The mechanical and enzymatic processes involved in extraction and library preparation may further damage the DNA. Gel size selection enables purification and recovery of DNA fragments of a defined size for sequencing applications. Nevertheless, this task is one of the most time-consuming steps in the DNA library preparation workflow. The protocol described here enables complete automation of agarose gel loading, electrophoretic analysis, and recovery of targeted DNA fragments. 
In this study, we describe a high-throughput approach to prepare high quality DNA libraries from freshwater samples that can be applied also to other environmental samples. We used an indirect approach to concentrate bacterial cells from environmental freshwater samples; DNA was extracted using a commercially available DNA extraction kit, and DNA libraries were prepared using a commercial transposon-based protocol. DNA fragments of 500 to 800 bp were gel size selected using Ranger Technology, an automated electrophoresis workstation. Sequencing of the size-selected DNA libraries demonstrated significant improvements to read length and quality of the sequencing reads.

This manuscript describes an automated gel size selection approach for purifying DNA fragments for next-generation sequencing. The Ranger Technology provides complete automation of the entire process of agarose gel loading, electrophoretic analysis, and recovery of targeted DNA fragments allowing for high-throughput and high quality next-generation sequencing libraries.

자동 젤 사이즈 선택은 환경 물 샘플에서 준비 차세대 시퀀싱 라이브러리의 질을 향상시키기 위해

Next-generation sequencing of environmental samples can be challenging because of the variable DNA quantity and quality in these samples. High quality DNA ...

A Simple Method for Automated Solid Phase Extraction of Water Samples for Immunological Analysis of Small Pollutants

A new method for solid phase extraction (SPE) of environmental water samples is proposed. The developed prototype is cost-efficient and user friendly, and enables to perform rapid, automated and simple SPE. The pre-concentrated solution is compatible with analysis by immunoassay, with a low organic solvent content. A method is described for the extraction and pre-concentration of natural hormone 17&#946;-estradiol in 100 ml water samples. Reverse phase SPE is performed with octadecyl-silica sorbent and elution is done with 200 &#181;l of methanol 50% v/v. Eluent is diluted by adding di-water to lower the amount of methanol. After preparing manually the SPE column, the overall procedure is performed automatically within 1 hr. At the end of the process, estradiol concentration is measured by using a commercial enzyme-linked immune-sorbent assay (ELISA). 100-fold pre-concentration is achieved and the methanol content in only 10% v/v. Full recoveries of the molecule are achieved with 1 ng/L spiked de-ionized and synthetic sea water samples.

A protocol for the extraction and pre-concentration of estradiol from water samples by using an automated and miniaturized system is presented.

작은 오염 물질의 면역 학적 분석을위한 물 샘플의 자동화 된 고체상 추출을위한 간단한 방법

A new method for solid phase extraction (SPE) of environmental water samples is proposed. The developed prototype is cost-efficient and user friendly, and ...

Use of a Filter Cartridge for Filtration of Water Samples and Extraction of Environmental DNA

Recent studies demonstrated the use of environmental DNA (eDNA) from fishes to be appropriate as a non-invasive monitoring tool. Most of these studies employed disk fiber filters to collect eDNA from water samples, although a number of microbial studies in aquatic environments have employed filter cartridges, because the cartridge has the advantage of accommodating large water volumes and of overall ease of use. Here we provide a protocol for filtration of water samples using the filter cartridge and extraction of eDNA from the filter without having to cut open the housing. The main portions of this protocol consists of 1) filtration of water samples (water volumes &#8804;4 L or &gt;4 L); (2) extraction of DNA on the filter using a roller shaker placed in a preheated incubator; and (3) purification of DNA using a commercial kit. With the use of this and previously-used protocols, we perform metabarcoding analysis of eDNA taken from a huge aquarium tank (7,500 m3) with known species composition, and show the number of detected species per library from the two protocols as the representative results. This protocol has been developed for metabarcoding eDNA from fishes, but is also applicable to eDNA from other organisms.

We describe a protocol for filtration of water samples with a filter cartridge and extraction of environmental DNA (eDNA) without having to cut open the housing to remove the filter. This protocol is developed for metabarcoding eDNA from fishes, but is also applicable to eDNA from other organisms.

여과 물 샘플 및 환경 DNA의 추출을위한 필터 카트리지의 사용

Recent studies demonstrated the use of environmental DNA (eDNA) from fishes to be appropriate as a non-invasive monitoring tool. Most of these studies ...

Detection and Genogrouping of Noroviruses from Children's Stools By Taqman One-step RT-PCR

Noroviruses (NoVs) are the leading cause of outbreaks of sporadic acute gastroenteritis worldwide in humans of all ages. They are important cause of hospitalizations in children with a public health impact similar to that of Rotavirus. NoVs are RNA viruses of great genetic diversity and there is a continuous appearance of new strains. Five genogroups are recognized; GI and GII with their many genotypes and subtypes being the most important for human infection. However, the diagnosis of these two genotypes remains problematic, delaying diagnosis and treatment. 1, 2, 3
For RNA extraction from stool specimens the most commonly used method is the QIAmp Viral RNA commercial kit from Qiagen. This method combines the binding properties of a silica gel membrane, buffers that control RNases and provide optimum binding of the RNA to the column together with the speed of microspin. This method is simple, fast and reliable and is carried out in a few steps that are detailed in the description provided by the manufacturer. 
 Norovirus is second only to rotavirus as the most common cause of diarrhea. Norovirus diagnosis should be available in all studies on pathogenesis of diarrhea as well as in outbreaks or individual diarrhea cases. At present however norovirus diagnosis is restricted to only a few centers due to the lack of simple methods of diagnosis. This delays diagnosis and treatment 1, 2, 3. In addition, due to costs and regulated transportation of corrosive buffers within and between countries use of these manufactured kits poses logistical problems. As a result, in this protocol we describe an alternative, economic, in-house method which is based on the original Boom et al. method4 which uses the nucleic acid binding properties of silica particles together with the anti-nuclease properties of guanidinium thiocyanate.
For the detection and genogrouping (GI and GII) of NoVs isolates from stool specimens, several RT-PCR protocols utilizing different targets have been developed. The consensus is that an RT-PCR using TaqMan chemistry would be the best molecular technique for diagnosis, because it combines high sensitivity, specificity and reproducibility with high throughput and ease of use. Here we describe an assay targeting the open reading frame 1 (ORF1)-ORF2 junction region; the most conserved region of the NoV genome and hence most suitable for diagnosis. For further genetic analysis a conventional RT-PCR that targets the highly variable N-terminal-shell from the major protein of the capsid (Region C) using primers originally described by Kojima et al. 5 is detailed. Sequencing of the PCR product from the conventional PCR enables the differentiation of genotypes belonging to the GI and GII genogroups.

A One-Step RT-PCR assay for detection and genogroup identification of Norovirus isolates from children&#x2019;s stools, that utilizes primers and TaqMan probes specific to the open reading frame 1 (ORF1)-ORF2 junction region, the most conserved region of the Norovirus genome is described. A non-commercial, cost-effective RNA extraction method is detailed.

Taqman함으로써 어린이 Stools에서 Noroviruses의 감지 및 Genogrouping 한 단계 RT-PCR

Noroviruses (NoVs) are the leading cause of outbreaks of sporadic acute gastroenteritis worldwide in humans of all ages. They are important cause of ...

의학

A Lipid Extraction and Analysis Method for Characterizing Soil Microbes in Experiments with Many Samples

Microbial communities are important drivers and regulators of ecosystem processes. To understand how management of ecosystems may affect microbial communities, a relatively precise but effort-intensive technique to assay microbial community composition is phospholipid fatty acid (PLFA) analysis. PLFA was developed to analyze phospholipid biomarkers, which can be used as indicators of microbial biomass and the composition of broad functional groups of fungi and bacteria. It has commonly been used to compare soils under alternative plant communities, ecology, and management regimes. The PLFA method has been shown to be sensitive to detecting shifts in microbial community composition.
An alternative method, fatty acid methyl ester extraction and analysis (MIDI-FA) was developed for rapid extraction of total lipids, without separation of the phospholipid fraction, from pure cultures as a microbial identification technique. This method is rapid but is less suited for soil samples because it lacks an initial step separating soil particles and begins instead with a saponification reaction that likely produces artifacts from the background organic matter in the soil. 
This article describes a method that increases throughput while balancing effort and accuracy for extraction of lipids from the cell membranes of microorganisms for use in characterizing both total lipids and the relative abundance of indicator lipids to determine soil microbial community structure in studies with many samples. The method combines the accuracy achieved through PLFA profiling by extracting and concentrating soil lipids as a first step, and a reduction in effort by saponifying the organic material extracted and processing with the MIDI-FA method as a second step.

The article describes a method that increases throughput while balancing effort and accuracy for extraction of lipids from the cell membranes of microorganisms for use in characterizing both total lipids and the relative abundance of indicator lipids to determine soil microbial community structure in studies with many samples.

많은 샘플을 이용한 실험에서 토양 미생물을 특성화하기위한 지질 추출 및 분석 방법

Microbial communities are important drivers and regulators of ecosystem processes. To understand how management of ecosystems may affect microbial ...

Swab Sampling Method for the Detection of Human Norovirus on Surfaces

Human noroviruses are a leading cause of epidemic and sporadic gastroenteritis worldwide. Because most infections are either spread directly via the person-to-person route or indirectly through environmental surfaces or food, contaminated fomites and inanimate surfaces are important vehicles for the spread of the virus during norovirus outbreaks.
We developed and evaluated a protocol using macrofoam swabs for the detection and typing of human noroviruses from hard surfaces. Compared with fiber-tipped swabs or antistatic wipes, macrofoam swabs allow virus recovery (range 1.2-33.6%) from toilet seat surfaces of up to 700 cm2. The protocol includes steps for the extraction of the virus from the swabs and further concentration of the viral RNA using spin columns. In total, 127 (58.5%) of 217 swab samples that had been collected from surfaces in cruise ships and long-term care facilities where norovirus gastroenteritis had been reported tested positive for GII norovirus by RT-qPCR. Of these 29 (22.8%) could be successfully genotyped. In conclusion, detection of norovirus on environmental surfaces using the protocol we developed may assist in determining the level of environmental contamination during outbreaks as well as detection of virus when clinical samples are not available; it may also facilitate monitoring of effectiveness of remediation strategies.

A macrofoam based sampling methodology was developed and evaluated for the detection and quantification of norovirus on environmental hard surfaces.

표면에 인간의 노로 바이러스의 검출을위한 면봉 표본 추출 방법

Human noroviruses are a leading cause of epidemic and sporadic gastroenteritis worldwide. Because most infections are either spread directly via the ...

면역학 및 감염병학

VirWaTest, A Point-of-Use Method for the Detection of Viruses in Water Samples

Viruses excreted by humans and animals may contaminate water sources and pose a risk to human health when this water is used for drinking, food irrigation, washing, etc. The classical fecal bacteria indicator does not always check for the presence of viral pathogens so the detection of viral pathogens and viral indicators is relevant in order to adopt measures of risk mitigation, especially in humanitarian scenarios and in areas where water-borne viral outbreaks are frequent.
At present, several commercial tests allowing the quantification of fecal indicator bacteria (FIB) are available for testing at the point of use. However, such commercial tests are not available for the detection of viruses. The detection of viruses in environmental water samples requires concentrating several liters into smaller volumes. Moreover, once concentrated, the detection of viruses relies on methods such as nucleic acid extraction and molecular detection (e.g., polymerase chain reaction [PCR]-based assays) of the viral genomes.
The method described here allows the concentration of viruses from 10 L water samples, as well as the extraction of viral nucleic acids at the point of use, with simple and portable equipment. This allows the testing of water samples at the point of use for several viruses and is useful in humanitarian scenarios, as well as at any context where an equipped laboratory is not available. Alternatively, the method allows concentrating viruses present in water samples and the shipping of the concentrate to a laboratory at room temperature for further analysis.

Here we present VirWaTest, which is a simple, affordable and portable method for the concentration and detection of viruses from water samples at the point of use.