이 작품은 스위스 국립 과학 재단 (National Science Foundation)에서 교부금에 의해 제네바의 국가에 의해 지원되었다.

SCBA가 조립되면, 배아의 성장은 며칠에 걸쳐 모니터링된다. 따라서 SCBA의 시드 절개 과정과 조립하기 전에, 하나는 배아 성장 종피 물질의 효과의 적절한 평가를 방지 할 수있는 미래의 오염을 피하기 위하여 종자를 살균 할 필요가있다. 1. 종자 소독 <ol><li> 1.5 ML의 microcentrifuge 관에서 성숙하고 건조 애기 씨의 50 μl를 넣고 70 % 에탄올 용액을 제조. </li><li> 종자를 함유하는 마이크로 원심 분리 튜브에 70 % 에탄올 용액 1 ㎖를 추가하고 vortexer를 1,200 rpm에서 10 분 동안 실온에서 흔들. </li><li> 3 초 동안 원심 분리기의 microcentrifuge 관은 4,000 XG에서 튜브의 바닥에 씨앗을 집중한다. </li><li> 정중 microcentrifuge 관의 하단에 씨앗을 떠나기 진공 흡인 팁을 이용하여 70 % 에탄올 용액을 대기음. </li><li> t에 멸균 증류수 1 ㎖를 추가<html> 그는 microcentrifuge 관은 여전히​​ 씨앗을 포함. </li><li> 1,200 rpm에서 10 분 동안 상온에서 흔들어. </li><li> 3 초 동안 원심 분리기의 microcentrifuge 관은 4,000 XG에서 튜브의 바닥에 씨앗을 집중한다. 조심스럽게 튜브의 하단에 씨앗을 떠나기 진공 흡인 팁을 사용하여 물에 뜨는 기음. </li><li> 아직도 씨앗을 포함하는 microcentrifuge 관에 멸균 증류수 1 ㎖를 추가합니다. 물의 흐름을 균일하게 튜브 안에 씨앗을 일시 중단되었는지 확인합니다. 여기서의 목표는 씨앗의 무결성을 보존하도록 상기 흔들림이다. </li><li> 씨앗은 30 초 동안 계속 튜브를 남겨 튜브의 바닥에 중력에 의해 아래로 정착하자. 조심스럽게 튜브의 하단에 씨앗을 떠나기 진공 흡인 팁을 사용하여 물에 뜨는 기음. </li><li> 1.9 - 1.8 단계를 네 번 반복합니다. 전체 살균하는 데 약 30 분 소요됩니다. </li></ol> 2. 씨 도금 &quot;ontent&gt; 모든 후속 단계는 멸균 조건을 보존하기 위해 층류 캐비닛 내부에서 수행된다. <ol><li> (N-모르 폴리 노) 에탄 술폰산 (MES-KOH - 페트리 접시 플레이트 2.5 mM의 2에서 8.6 g / L 무라 시게 및 스쿡 배지를 함유하는 용액을 오토 클레이브에 의해 제조 발아 배지 30 ㎖를 함유하는 (100mm 직경, 20mm의 높이)를 준비 , 산도 5.7) 및 0.8 g / L 한천. 이 솔루션은 페트리 접시 접시에 붓는 전에 50 ° C의 물을 욕조에 진정하자. </li><li> 씨앗이 들어있는 튜브에 멸균 증류수 200 μl를 추가합니다. 씨앗을 재현 탁하고 1 ㎖ 팁과 표준 피펫을 이용하여 발아 매체의 표면에 그들을 전송. </li><li> 진공 흡인 팁을 이용하여 발아 매체의 표면에 씨앗을 둘러싼 물을 제거한다. </li><li> 추가 건조를 위해 2 시간 동안 층류 캐비닛 내부의 뚜껑없이 씨앗을 포함하는 페트리 접시를 남겨주세요. 뚜껑을 페트리 접시를 닫고이 층류에서 서있게약 4 시간이 종자 소독 절차 (단계 1.2)의 개시 이후 통과되도록 약 90 분 동안 캐비닛 흐름. </li></ol> 3. 종자 해부 다음 단계는 층류 후드 캐비닛 내부에 배치 실체 작업 필요로. 뒤몽의 포셉 # 5립니다 (즉, 무딘) 팁을 크게 씨앗의 처리 (그림 1A)을 용이하게한다. <ol><li> 발아 배지 30 ㎖를 포함하는 새로운 배양 접시 접시를 준비합니다. 매체에 두 개의 병렬 직사각형 멸균 왓트 3MM 논문 (; 그림 1B, 1 단계 1.5 cm × 1.0 cm)의 표면에 장소. 와트 만 3MM 종이는 오토 클레이브 멸균된다. </li><li> 멸균 포셉 (그림 1B, 2 단계)를 사용하여 와트 만 3MM 논문에 씨앗을 전송합니다. </li><li> 부드럽게 절단 집게의 병렬 뭉툭한 팁을 (사용하여 종자를 눌러 와트 만 3MM 종이에 대한 개별 씨앗을 잡고 <st룽&gt; 그림 1B, 3 단계). </li><li> (12.7 mm하기 x 예 : U100 인슐린 주사기 + 1 ML의 주사기, 0.33 mm (29 G)) 주사기 바늘을 사용하여 종자의 종피 (종피와 배유를) 잘라 (그림 1B, 4 단계). 애기 장대 종자의 모양은 타원형이며 그것은 자엽 (즉 멀리 급진적 끝에서) 작은 뿌리에 가입하는 장소에 가능한 한 가까운 긴 반 주축을 따라 종피를 절단하는 것이 좋습니다. 이는 절개 과정의 다음 단계에서 배아의 안전 방출을 돕는다. </li><li> 절단 집게 (그림 1B, 5 단계)의 병렬 무딘 팁을 사용하여 와트 만 3MM 종이에 씨앗을 밀어 넣습니다. 이 단계는 3.4 단계 (그림 1B, 6 단계)에서 만든 구멍을 통해 종피 밖으로 배아를 해제합니다. 그것은 자엽의 끝이 작은 뿌리의 끝 부분에 가까운있는 씨앗 (즉, 멀리 FR의 강요를 적용하는 것이 좋습니다톰 개방). </li></ol> 4. 조립 종피 침구 분석 (SCBA) 종자 코트와 배아의 수의 적절한 선택을위한 설명을 참조하십시오. <ol><li> 발아 배지 30 ㎖를 포함하는 새로운 배양 접시 접시를 준비합니다. 매체의 표면에 놓으 나일론 메쉬의 멸균 사각형 조각 (3.5 cm x 5.0 cm) (그림 2, 1 단계). </li><li> 손상을 피하기 위하여, 태아와 시드 코트 부드럽게 주사기 바늘 (도 2, 단계 2)를 사용하여 밀어 포셉 금속 가장자리의 표면으로 이동 될 수있다. 이식란과 나일론 메쉬 (그림 2, 3 단계)에 씨앗 코트. </li><li> 씨앗 코트 최대한 근접하여 (그림 2, 4 단계)에 있는지 확인하고 무딘 집게와 바늘을 사용하여 종자 코트의 원형 단일 층을 조립합니다. 가능한 한 많이 노출하는 시​​도에 의해 생성 종피 개구위쪽 바늘. 이 단계는 체계적으로 테스트되지 않았습니다. 배아의 성장을 억제하는 확산 성 물질이 직접적으로 멀리에서 배아를 향해 확산 아닌 것으로 예상되기 때문에 그러나, SCBA의 효율을 높일 수있다. </li><li> 4.3 단계에서 조립 종피 침대의 중앙에 원형의 단일 층 (그림 2, 5 단계)로 배아를 놓습니다. 배아 최대한 근접하게되어 있는지 확인합니다. </li><li> 20 ~ 21 ℃에서 연속 광 (40 μmol / ㎡의 EC)에서 SCBAs을 품어 FR 펄스, 발아 체포 일반 조명 아래 SCBA 조립 한 바와 같이 FR 펄스 (9)을 적용하고 어둠 속에서 배양 접시를두고하는 데 사용되는 경우. </li></ol>

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저자는 더 경쟁 재정적 이익이 없다는 것을 선언합니다.

여기에 설명 된 씨앗 코트 침구 분석 (SCBA) 절차는 원칙적으로 애기 장대 종자 발아가 차단 (또는 지연)와 배젖이 체포를 구현하기 위해 의심되는 모든 상황에 적용 할 수있다. 후자 종피 (종피 및 배유)를 제거하고 배아 종피 둘러싸여 때 상대 속도 배아 성장이 진행이 관찰한다는 관찰에 의해 입증 될 수있다. 발아는 특정 환경 물리적 매개 변수 (예를 들면 물 전위 또는 가벼운 질) 또는 특정 유전 적 배경에서 (GA1 돌연변이와 같이 GA 합성의 예 부재, 그림 3 참조)에 대한 응답으로 차단 될 수 있습니다. 씨앗 코트와 SCBA에 사용되는 배아의 수에 관한 더 일반적인 규칙은 없습니다. 이것은 시드 배치 (및 특히 그것의 선도)에 따라 실험의 분류가 수행 될. 그것은 adjus하는 것이 중요합니다매일 시드 코트의 침대에 배아의 성장을 모니터링하여 각각의 특정한 경우에 대한 해부 물질의 양을 t. 높은 휴면 애기 장대 생태형를 사용하는 경우에는 일반적으로 몇 가지 씨앗 코트가 필요합니다. SCBAs 조립시 성공적으로 사용 된 종자 코트와 배아의 전형적인 양의는 아래에 표시된 : 휴면 종자 소재 6 SCBA : 사용 10 배아 20 씨 코트 : * 갓 (즉, 휴면) 카보 베르데 아일랜드 생태형 (CVI) 수확. * 갓 수확 란츠 베르크 (LER) 씨 : 사용 10 배아 80 씨 코트. 지베렐린 (GA)의 생합성 (그림 3)의 부재에 SCBA : * GA1 돌연변이 씨 (컬럼비아 - 골 - 생태형) : 사용 10 배아 80 씨 코트. 사용 10 배 : 10 μM의 paclobutrazol 발아 매체 (GA 생합성의 억제)와 * 와일드 타입 골 씨앗의 100 씨앗 코트. 매체는 페트리 접시에 쏟아져 전에 50 ° C로 냉각 될 때 Paclobutrazol를 추가합니다. SCBA까지 빨간색 (FR) 등 9의 펄스 후 : * 12 배아와 100 종의 코트를 사용합니다. SCBA 기술의 유일한 제한은 배아를 살해하지 않으면 서 신속하게 해부 시드 자료를 준비 할 수 있도록 그것은 인내와 손재주를 필요로한다는 것입니다. 경험이 풍부한 연구원은 20 ~ 30 분 이내에 100 마리를 해부 할 수 있습니다. 그러나, 경험이 적은 사용자는 1 시간이 필요하고 배아의 손상을 예상 할 수 있습니다. 우리의 상식으로 종자 발아의 컨트롤의 배젖의 역할을 탐구하는 대안 기술은 지금까지 없다.

애기 성숙한 종자, 종피가 종피, 산모 원 죽은 조직의 외부 층과, 배유, 직접 한 배아를 둘러싸고 살아있는 조직의 단일 셀 층으로 구성된다. 배유 및 배아는 별도의 수정 이벤트에서 파생 된 : 배아는 하나의 임산부와 한 아버지의 게놈 2 배체 조직 반면 배유는 임산부와 한 아버지의 게놈 2 개 배체 조직이다. 전통적 배유에 할당 된 주 기능은 영양 조직의 점이다. 그러나, 배유 또한 종자 발아를 제어하기위한 중심적인 역할을하는 것이 점차 명백 해지고있다. 이 개념은, 수면의 경우 새로 생성 된 씨앗에 의해 전시 특성 첫 번째 명백하게되었다. 휴면 종자 발아 유리한 조건의 존재에도 불​​구하고 발아하지 못한다. 씨앗은 숙성 기간 후 자신의 수면을 잃고 nondorman가유리한 발아 조건에 노출되었을 때 t, 즉, 그들은 발아합니다. 이 모델 식물 애기 장대를 포함한 많은 식물 종에서, 종피는 절대적으로 종피 제거 배아의 성장과 3,4 녹색화를 트리거 이후 휴면 종자의 발아를 방지하기 위해 필요합니다. 애기 장대에서 Bethke는 외. 발아 배유 5를 둘러싼 배젖을 유지하면서 종피를 제거한 후 남아 억압 된 것을 관찰했다. 이러한 관측은 강하게 배유 배아에 억압적인 활동을 발휘 종피 내에서 조직이라고 지적했다. 그러나, 시드 코트 제거 실험 반드시 종피 제공 발아 억압 활동의 본질을 명확히 않으며 구현 유전자를 식별하는 데 도움이되지 않는다. 우리는 최근에 씨앗 코트와 태아가 물리적으로 분리하지만 가까운 proxi에 보관 종피 침구 분석 (SCBA)를 도입Science AG로서는 배유 제공 억압 발아 활성은 6 유지되도록. SCBA는 휴면 nondormant 및 유전자 변형 종자 코트와 배아 재료의 조합 사용할 수 있습니다. 그 결과, 발아 구체적 배유 및 배아에서 동작을 제어하는​​ 유전자 경로는 해부 될 수있다. SCBA는 배유 6의 성장을 억제하기 위해 배아으로 식물 호르몬 아브 산 (ABA)를 출시 것을 보여주기 위해 수면 상태의 맥락에서 사용되었다. 또한 우리는 수면을 촉진하는 신호 배유에서 작동 경로와 배아 조직을 식별 할 SCBA를 사용할 수 있습니다. 발아를 제어하는​​ 배유의 역할은 더욱 작게 레드 (FR) 광의 펄스에 노출 nondormant 씨의 경우를 고려하여 강화 하였다. 초기 시드 imbibition에 FR 광 펄스는 발아 7,8을 억제하는 것으로 알려져있다. 종자 코트는 씨앗에서 FR 빛의 펄스를 제거 할 때강하게 배유도 nondormant 씨 (9)의 발아를 억제 할 수있는 제안, 발아를 억제 할 수 없습니다. 현저하게, SCBA는 발아의 FR-의존적 억제를 요점을 되풀이하는 데 사용할 수 있습니다. 이 종자 발아의 FR 의존 억제는 또한 배유 9 ABA 자료를 포함하는 과정입니다 것을 보여주기 위해 허용했다. 또한, SCBA는 배유 및 광 신호 9,10에 응답 nondormant 종자 발아를 제어하는 배아에서 동작 다른 광 신호 전달 경로를 식별 허용. SCBA 종자 발아의 제어의 맥락에서 배유의 기능을 탐구 확실한 기술 할 수에 따라서 나타난다. 또한 발아를 제어하기 위해 의심되는 유전자가 배유, 배아 또는 두 조직에서 작동 여부를 시험 관내에서 평가하는 강력한 도구입니다. 여기에 디테일이 SCBA를 조립하는 데 필요한 여러 단계를 우리는.

<table><tbody><tr><td>Thermomixer Comfort</td><td>Eppendorf AG</td><td>5355 000.011</td><td>Eppendorf AG, Hamburg, Germany</td></tr><tr><td>Vacusafe Comfort</td><td>INTEGRA Biosciences AG</td><td>158 310</td><td>Integra Biosciences AG, Zizers, Switzerland</td></tr><tr><td>Petri dish plate (100 mm x 20 mm)</td><td>Greiner Bio-One GmbH</td><td>664 102</td><td>Greiner Bio-One GmbH, Frickenhausen, Germany</td></tr><tr><td>Murashige and Skoog</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M5524</td><td>Sigma-Aldrich, St Louis, MO, USA</td></tr><tr><td>MES</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M3671</td><td>Sigma-Aldrich, St Louis, MO, USA</td></tr><tr><td>Agar (plant agar)</td><td>Duchefa Biochemie B.V.</td><td>P1001</td><td>Duchefa Biochemie, Haarlem, Netherlands</td></tr><tr><td>Dumont forceps #5</td><td>Fine Science Tools GmbH</td><td>11251-10</td><td>Fine Science Tools GmbH, Heidelberg Germany</td></tr><tr><td>Syringe needle</td><td>BD Micro-Fine</td><td>324827</td><td>BD, Franklin Lakes, NJ USA</td></tr><tr><td>Nylon mesh (SEFAR NYTEX)</td><td>SEFAR AG</td><td>03-50/31</td><td>Sefar AG, Heiden, Switzerland</td></tr><tr><td>Growth chamber</td><td>CLF Plant Climatics</td><td>Percival I-30BLLX</td><td>CLF plant Climatics, Wertingen, Germany</td></tr><tr><td>Paclobutrazol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>46046</td><td>Sigma-Aldrich, St Louis, MO, USA</td></tr></tbody></table>

a seed coat bedding assay to genetically explore in vitro how the endosperm controls seed germination in arabidopsis thaliana

애기 장대의 배유는 성숙한 배아를 둘러싸고 휴면 종자의 발아 또는 (FR)까지 붉은 빛 펄스에 의해 조사 nondormant 씨의 방지에 필수적인 역할을하는 하나의 세포 층으로 구성되어 있습니다. 더 배유에 의해 가해지는 발아 억압적인 활동의 기초가되는 분자 유전 학적 메커니즘에 대한 통찰력을 얻기 위해, &quot;종피 침구&quot;분석 (SCBA)를 고안했다. SCBA 물리적 씨앗 코트의 기본 레이어에 태아의 성장을 확인할 수 있도록 해줍니다 씨앗에서 씨앗 코트와 배아를 분리하는 절개 절차입니다. 현저하게, SCBA 종자 휴면 종자 발아의 FR 의존 제어의 맥락에서 종피의 발아 억압 활동을 재구성한다. SCBA는 휴면 nondormant 및 유전자 변형 종자 코트와 배아 재료, 발아를 제어하는​​ 유전자 경로의 조합 사용이 가능하며 특히 영업 이익 때문에배유 및 배아 erating 해부 할 수 있습니다. 여기서 세부 SCBA 조립 절차를 우리.

이전 작업은 GA를 합성 할 수없는 돌연변이 종자 씨앗 (11, 12)에서 높은 ABA 축적의 결과로 발아 할 수 없음을 보여 주었다. 그것의 제거가 배아의 성장 (13)을 트리거하기 때문에, 발아 할 수없는이 씨 외투가 필요합니다. 이 강력 GA를 합성 할 수없는 종자의 배유가 배아의 성장을 차단하는 ABA를 발표합니다 지적했다. 따라서 우리는 GA와 ABA를 합성 할 수없는 씨앗 코트와 달리 SCBA에서 배아의 성장을 차단하는 GA를 합성 할 씨앗 코트가없는 것으로 예상된다. 여기에 우리가 사용 GA1-21 (솔크 삽입 라인 Salk_109115) GA 생합성 14 GA1에서 (SALK_109115 삽입 라인 (필수적이다 ENT-copalyl 인산 합성 효소를 코딩하는 GA1 유전자 (가입시 AT4G02780을) 중단 T-DNA 삽입을 들고 돌연변이 종자 골 생태형)는 솔크 신호 데이터베이스 (15) (에서 참조 <a href="http://signal.salk.edu/" target="_blank">http://signal.salk</a>. 에듀 /). 이전 결과 13 일치, GA1-21 돌연변이 종자는 종자 imbibition 후 80 시간 (그림 3, 패널 1) 발아 할 수 없습니다. ABA (그림 3, 패널 3) 매체에 존재하지 않는 반면 이전 결과 13 더 일관성에서, 종피 제거는 GA1-21 배아 성장 (그림 3, 패널 2)가 발생. 그림 3의 패널 4 종 imbibition 후 80 시간을 촬영하고 80 GA1-21 씨 코트의 침대에 GA1-21 배아와 SCBA을 표시했다. 우리의 가설과 일치, GA1-21 돌연변이 종자 코트 GA1-21 태아의 성장을 차단. 이전 작업은 휴면 종자의 종피가 흡수 된에서 ABA의 축적을 촉진 GA-응답 DELLA 인자 RGL2의 구성 적 표현의 결과로 배아으로 ABA를 합성 해제 것으로 나타났다씨앗 6,11. GA 합성이 차단 된 조건에서 DELLA 인자 RGL2는 구조적으로 누적 ABA 축적 (11)를 추진하고 있습니다. RGL2의 부재와 GA1-21 씨 코트에서 ABA 합성 따라서 SCBA에 GA1-21 태아의 성장을 허용 할 것으로 예상된다. 우리가 코딩하는 유전자 Xanthosin 탈수소 효소 (AT1G52340)의 점 돌연변이 및 rgl2-14 T-DNA 삽입 선 (Salk_027654의 결과로서 ABA 합성 결실 aba2-1 돌연변이 체 대립 유전자 (골 생태형)를 사용이 가설을 시험하기 위하여, 코르 생태형) 16. <img alt="그림 1" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/50732/50732fig1.jpg" /> 그림 1. 종자 해부 절차. A)도 종자 해부 용 절단 집게를 만드는 방법을 설명. 집게 가위 나 집게를 사용하여 절단 할 수 있습니다. 집게는 나란히 절단 팁 수오을 닫을 때. LD 커버 씨앗의 크기에 대한 표면 B) 1 단계 : 가로 직사각형 멸균 왓트 3MM 논문으로 두면이 MS 고체 배지를 포함하는 페트리 접시 접시에 배치됩니다. 2 단계 : 종자 4 시간 imbibition 후 와트 만 종이의 표면에 전사된다. 3 단계 : 해부 과정은 절단 집게를 사용 왓트 만 종이에 씨앗을 들고가 필요합니다. 단계 4 : 주사기 바늘 같이 종피를 절단하는 데 사용된다. 5 단계와 6 단계는 : 폐쇄 포셉 나란히 팁은 부드럽게 컷의 사이트를 통해 종자 코트의 배아를 밀어하는 데 사용됩니다. <img alt="그림 2" fo:content-width="5in" src="/files/ftp_upload/50732/50732fig2.jpg" /> 그림 2. . 씨 외투 침구 분석의 조립을위한 절차 1 단계 : 나일론 메쉬의 사각형 조각이 MS 고체 배지를 포함하는 페트리 접시 접시에 배치됩니다. 2 단계와 3 : 해부 배아 및 종자 코트 부드럽게합니다나일론 메쉬로 그들을 전송하기 전에 주사기 바늘을 사용하여 집게의 가장자리로 이동. 4 단계와 5 : 씨앗 코트의 원형 단일 층을 조립하고 조립 종피 침대의 중앙에 원형의 단일 층으로 배아를 폐기하십시오. <img alt="그림 3" fo:content-width="2in" src="/files/ftp_upload/50732/50732fig3.jpg" /> 그림 3. GA를 합성 할 수없는 씨앗 소재로 대표적인 결과. GA를 합성 할 수없는 GA1 (GA1-21) 돌연변이 씨앗에서 해부 씨의 코트와 배아를 사용하여 종자 코트 침구 분석. 종자 imbibition 후 그림 80 시간에 설명 된대로 패널 식물 재료를 보여줍니다.

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A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

우리는 애기 장대 씨앗에서 씨앗 코트 침구 분석 (SCBA)를 조립하는 절차를 제시한다. SCBA는 유전자와 체외에서 탐색 할 수있는 강력한 도구가 될 수 있도록 표시 방식 휴면 종자의 빛 신호에 대한 응답으로 배유 컨트롤 종자 발아. SCBA는 배유가 배아의 성장에 영향을 미칠 것으로 의심되는 모든 상황에서 적용 할 수있는 원리입니다.

유전자 탐구하는 종피 침구 분석<em&gt; 체외</em&gt; 어떻게 배젖 컨트롤 종자 발아에<em&gt; 애기 장대</em

The Arabidopsis endosperm consists of a single cell layer surrounding the mature embryo and playing an essential role to prevent the germination of ...

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Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Biology

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

13.4K 조회수.  Université de Genève.  우리는 애기 장대 씨앗에서 씨앗 코트 침구 분석 (SCBA)를 조립하는 절차를 제시한다. SCBA는 유전자와 체외에서 탐색 할 수있는 강력한 도구가 될 수 있도록 표시 방식 휴면 종자의 빛 신호에 대한 응답으로 배유 컨트롤 종자 발아. SCBA는 배유가 배아의 성장에 영향을 미칠 것으로 의심되는 모든 상황에서 적용 할 수있는 원리입니다. 

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Reliable Method for Assessing Seed Germination, Dormancy, and Mortality under Field Conditions

We describe techniques for approximating seed bank dynamics over time using Helianthus annuus as an example study species. Strips of permeable polyester fabric and glue can be folded and glued to construct a strip of compartments that house seeds and identifying information, while allowing contact with soil leachate, water, microorganisms, and ambient temperature. Strips may be constructed with a wide range of compartment numbers and sizes and allow the researcher to house a variety of genotypes within a single species, different species, or seeds that have experienced different treatments. As opposed to individual seed packets, strips are more easily retrieved as a unit. While replicate packets can be included within a strip, different strips can act as blocks or can be retrieved at different times for observation of seed behavior over time. We used a high temperature glue gun to delineate compartments and sealed the strips once the seed and tags identifying block and removal times were inserted. The seed strips were then buried in the field at the desired depth, with the location marked for later removal. Burrowing animal predators were effectively excluded by use of a covering of metal mesh hardware cloth on the soil surface. After the selected time interval for burial, strips were dug up and seeds were assessed for germination, dormancy and mortality. While clearly dead seeds can often be distinguished from ungerminated living ones by eye, dormant seeds were conclusively identified using a standard Tetrazolium chloride colorimetric test for seed viability.

Here we present a protocol for assessing seed survivorship, germination and dormancy under field conditions using buried, labeled seed strips and tetrazolium chloride (TZ) viability testing.

이 필드 조건에서 종자 발아, 휴면 및 사망률을 평가하기위한 신뢰할 수있는 방법

We describe techniques for approximating seed bank dynamics over time using Helianthus annuus as an example study species. Strips of permeable polyester ...

연구

환경과학

A Method for Characterizing Embryogenesis in Arabidopsis

Given the highly predictable nature of their development, Arabidopsis embryos have been used as a model for studies of morphogenesis in plants. However, early stage plant embryos are small and contain few cells, making them difficult to observe and analyze. A method is described here for characterizing pattern formation in plant embryos under a microscope using the model organism Arabidopsis. Following the clearance of fresh ovules using Hoyer's solution, the cell number in and morphology of embryos could be observed, and their developmental stage could be determined by differential interference contrast microscopy using a 100X oil immersion lens. In addition, the expression of specific marker proteins tagged with Green Fluorescent Protein (GFP) was monitored to annotate cell identity specification during embryo patterning by confocal laser scanning microscopy. Thus, this method can be used to observe pattern formation in wild-type plant embryos at the cellular and molecular levels, and to characterize the role of specific genes in embryo patterning by comparing pattern formation in embryos from wild-type plants and embryo-lethal mutants. Therefore, the method can be used to characterize embryogenesis in Arabidopsis.

A Method for Characterizing Embryogenesis in Arabidopsis

This protocol outlines a method for observing embryogenesis in Arabidopsis via ovule clearance followed by the inspection of embryo pattern formation under a microscope.

애기 에서 Embryogenesis를 특성화 하는 방법

Given the highly predictable nature of their development, Arabidopsis embryos have been used as a model for studies of morphogenesis in plants. However, ...

발생학

Atomic Force Microscopy to Study the Physical Properties of Epidermal Cells of Live Arabidopsis Roots

A method is described here to characterize the physical properties of the cell wall of epidermal cells of living Arabidopsis roots through nanoindentations with an atomic force microscope (AFM) coupled with an optical inverted fluorescence microscope. The method consists of applying controlled forces to the sample while measuring its deformation, allowing quantifying parameters such as the apparent Young's modulus of cell walls at subcellular resolutions. It requires a careful mechanical immobilization of the sample and correct selection of indenters and indentation depths. Although it can be used only in external tissues, this method allows characterizing mechanical changes in plant cell walls during development and enables the correlation of these microscopic changes with the growth of an entire organ.

Atomic Force Microscopy to Study the Physical Properties of Epidermal Cells of Live Arabidopsis Roots

The atomic force microscopy indentation protocol offers the possibility to dissect the role of the physical properties of the cell wall of a particular cell of a tissue or organ during normal or constrained growth (i.e., under water deficit).

살아있는 애기장대 뿌리의 표피 세포의 물리적 특성을 연구하기 위한 원자력 현미경

A method is described here to characterize the physical properties of the cell wall of epidermal cells of living Arabidopsis roots through ...

Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm

Arabidopsis thaliana is an excellent model organism for studying epigenetic mechanisms. One of the reasons is the loss-of-function null mutant of DNA methyltransferases is viable, thus providing a system to study how loss of DNA methylation in a genome affects growth and development. Imprinting refers to differential expression of maternal and paternal alleles and plays an important role in reproduction development in both mammal and plants. DNA methylation is critical for determining whether the maternal or paternal alleles of an imprinted gene is expressed or silenced. In flowering plants, there is a double fertilization event in reproduction: one sperm cell fertilizes the egg cell to form embryo and a second sperm fuses with the central cell to give rise to endosperm. Endosperm is the tissue where imprinting occurs in plants. MEDEA, a SET domain Polycomb group gene, and FWA, a transcription factor regulating flowering, are the first two genes shown to be imprinted in endosperm and their expression is controlled by DNA methylation and demethylation in plants. In order to determine imprinting status of a gene and methylation pattern in endosperm, we need to be able to isolate endosperm first. Since seed is tiny in Arabidopsis, it remains challenging to isolate Arabidopsis endosperm and examine its methylation. In this video protocol, we report how to conduct a genetic cross, to isolate endosperm tissue from seeds, and to determine the methylation status by bisulfite sequencing.

Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm

Imprinting is a phenomenon in plant and mammal reproduction. DNA methylation plays an important role in mechanisms of imprinting. Isolating endosperm and determining methylation status of imprinted genes in Arabidopsis can be difficult. In this protocol, we describe how to isolate endosperm and determine methylation by bisulfite sequencing.

에 각인 유전자의 DNA Methylation의 결정 Arabidopsis 배젖

Arabidopsis thaliana is an excellent model organism for studying epigenetic mechanisms. One of the reasons is the loss-of-function null mutant of DNA ...

생물학

Pattern-Triggered Oxidative Burst and Seedling Growth Inhibition Assays in Arabidopsis thaliana

Plants have evolved a robust immune system to perceive pathogens and protect against disease. This paper describes two assays that can be used to measure the strength of immune activation in Arabidopsis thaliana following treatment with elicitor molecules. Presented first is a method for capturing the rapidly-induced and dynamic oxidative burst, which can be monitored using a luminol-based assay. Presented second is a method describing how to measure immune-induced inhibition of seedling growth. These protocols are fast and reliable, do not require specialized training or equipment, and are widely used to understand the genetic basis of plant immunity.

Pattern-Triggered Oxidative Burst and Seedling Growth Inhibition Assays in Arabidopsis thaliana

This paper describes two methods for quantifying defense responses in Arabidopsis thaliana following exposure to immune elicitors: the transient oxidative burst, and the inhibition of seedling growth.

애기장대에서 패턴 트리거 산화 버스트와 모종 성장 억제 어세

Plants have evolved a robust immune system to perceive pathogens and protect against disease. This paper describes two assays that can be used to measure ...

면역학 및 감염병학

Efficient and Rapid Isolation of Early-stage Embryos from Arabidopsis thaliana Seeds

In flowering plants, the embryo develops within a nourishing tissue - the endosperm - surrounded by the maternal seed integuments (or seed coat). As a consequence, the isolation of plant embryos at early stages (1 cell to globular stage) is technically challenging due to their relative inaccessibility. Efficient manual dissection at early stages is strongly impaired by the small size of young Arabidopsis seeds and the adhesiveness of the embryo to the surrounding tissues. Here, we describe a method that allows the efficient isolation of young Arabidopsis embryos, yielding up to 40 embryos in 1 hr to 4 hr, depending on the downstream application. Embryos are released into isolation buffer by slightly crushing 250-750 seeds with a plastic pestle in an Eppendorf tube. A glass microcapillary attached to either a standard laboratory pipette (via a rubber tube) or a hydraulically controlled microinjector is used to collect embryos from droplets placed on a multi-well slide on an inverted light microscope. The technical skills required are simple and easily transferable, and the basic setup does not require costly equipment. Collected embryos are suitable for a variety of downstream applications such as RT-PCR, RNA sequencing, DNA methylation analyses, fluorescence in situ hybridization (FISH), immunostaining, and reporter gene assays.

Efficient and Rapid Isolation of Early-stage Embryos from Arabidopsis thaliana Seeds

We report an efficient and simple method to isolate embryos at early stages of development from Arabidopsis thaliana seeds. Up to 40 embryos can be isolated in 1 hr to 4 hr, depending on the downstream application. The procedure is suitable for transcriptome, DNA methylation, reporter gene expression, immunostaining and fluorescence in situ hybridization analyses.

에서 초기 단계의 배아의 효율적이고 신속한 분리<em&gt; 애기 장대</em&gt; 씨앗

In flowering plants, the embryo develops within a nourishing tissue - the endosperm - surrounded by the maternal seed integuments (or seed coat). As a ...

Standardized Method for High-throughput Sterilization of Arabidopsis Seeds

Arabidopsis thaliana (Arabidopsis) seedlings often need to be grown on sterile media. This requires prior seed sterilization to prevent the growth of microbial contaminants present on the seed surface. Currently, Arabidopsis seeds are sterilized using two distinct sterilization techniques in conditions that differ slightly between labs and have not been standardized, often resulting in only partially effective sterilization or in excessive seed mortality. Most of these methods are also not easily scalable to a large number of seed lines of diverse genotypes. As technologies for high-throughput analysis of Arabidopsis continue to proliferate, standardized techniques for sterilizing large numbers of seeds of different genotypes are becoming essential for conducting these types of experiments. The response of a number of Arabidopsis lines to two different sterilization techniques was evaluated based on seed germination rate and the level of seed contamination with microbes and other pathogens. The treatments included different concentrations of sterilizing agents and times of exposure, combined to determine optimal conditions for Arabidopsis seed sterilization. Optimized protocols have been developed for two different sterilization methods: bleach (liquid-phase) and chlorine (Cl2) gas (vapor-phase), both resulting in high seed germination rates and minimal microbial contamination. The utility of these protocols was illustrated through the testing of both wild type and mutant seeds with a range of germination potentials. Our results show that seeds can be effectively sterilized using either method without excessive seed mortality, although detrimental effects of sterilization were observed for seeds with lower than optimal germination potential. In addition, an equation was developed to enable researchers to apply the standardized chlorine gas sterilization conditions to airtight containers of different sizes. The protocols described here allow easy, efficient, and inexpensive seed sterilization for a large number of Arabidopsis lines.

The objective of this study was to determine the effects of bleach and chlorine gas sterilization on seed germination of a range of Arabidopsis genotypes grown on sterile media. Optimized sterilization protocols have been developed to prevent the growth of microbial contaminants while providing satisfactory seed survival.

애기 씨의 높은 처리 살 균에 대 한 표준화 된 방법

Arabidopsis thaliana (Arabidopsis) seedlings often need to be grown on sterile media. This requires prior seed sterilization to prevent the growth of ...

A Labor-saving and Repeatable Touch-force Signaling Mutant Screen Protocol for the Study of Thigmomorphogenesis of a Model Plant Arabidopsis thaliana

Plants responding to both intracellular and extracellular mechanical stimulations (or force signals) and develop special morphological changes, a called thigmomorphogenesis. In past decades, several signaling components have been identified and reported for being involved in the mechanotransduction (e.g., calcium ion binding proteins and jasmonic acid biosynthesis enzymes). However, the relatively slow pace of research in the study of force signaling or thigmomorphogenesis is largely attributed to two reasons: the requirement for laborious human hand-manipulated touch induction of thigmomorphogenesis and the force strength errors associated with people&#8217;s hand-touch. To enhance the efficiency of external force loading on a plant organism, an automatic touch-force loading machine was built. This robotic arm-driven hair brush touches provide a labor-saving and easily repeatable touch-force simulation, unlimited rounds of touch repetition and adjustable touch strength. This hair touch-force loading machine can be used for both large scale screening of touch-force signaling mutants and the phenomics study of plant thigmomorphogenesis. In addition, touch materials such as human hair, can be replaced with other natural materials like animal hair, silk threads and cotton fibers. The automated moving arms on the machine may be equipped with water sprinkling nozzles and air blowers to mimic the natural forces of rain drops and wind, respectively. By using this automatic hair touch-force loading machine in combination with the hand-performed cotton swab touching, we have investigated the touch response of two force signaling mutants, MAP KINASE KINASE 1 (MKK1) and MKK2 plants. The phenomes of the touch-force loaded wild type plants and two mutants were evaluated statistically. They have exhibited significant differences in touch response.

A Labor-saving and Repeatable Touch-force Signaling Mutant Screen Protocol for the Study of Thigmomorphogenesis of a Model Plant Arabidopsis thaliana

A gentle touch-force loading machine is built from human hair brushes, robotic arms and a controller. The hair brushes are driven by robotic arms installed on the machine and move periodically to apply touch-force on plants. The strength of machine-driven hair touches is comparable to that of manually applied touches.

모델 식물 애기장대 의 Thigmomorphogenesis의 연구를 위한 노동 절약 및 반복 가능한 터치 포스 신호 돌연변이 스크린 프로토콜

Plants responding to both intracellular and extracellular mechanical stimulations (or force signals) and develop special morphological changes, a called ...

High-throughput, Robust and Highly Time-flexible Method for Surface Sterilization of Arabidopsis Seeds

Arabidopsis is by far the plant model species most widely used for functional studies. The surface sterilization of Arabidopsis seeds is a fundamental step required towards this end. Thus, it is paramount to establish high-throughput Arabidopsis seed surface sterilization methods to handle tens to hundreds of samples (e.g., transgenic lines, ecotypes, or mutants) at once. A seed surface sterilization method based on the efficient elimination of liquid in tubes with a homemade suction device constructed from a common vacuum pump is presented in this study. By dramatically reducing labor-intensive hands-on time with this method handling several hundreds of samples in one day is possible with little effort. Series time-course analyses further indicated a highly flexible time range of surface sterilization by maintaining high germination rates. This method could be easily adapted for surface sterilization of other kinds of small seeds with simple customization of the suction device according to the seed size, and the speed desired to eliminate the liquid.

A high-throughput protocol for the surface sterilization of Arabidopsisthaliana (Arabidopsis) seeds is provided, optimizing the liquid handling steps with a simple suction device constructed with a vacuum pump. Hundreds of seed samples can be surface-sterilized in one day.

애기장염 씨앗의 표면 살균을 위한 높은 처리량, 견고하고 매우 시간 유연한 방법

Arabidopsis is by far the plant model species most widely used for functional studies. The surface sterilization of Arabidopsis seeds is a fundamental ...

Identification of the Genes Involved in Stomatal Development via Epidermal Phenotype Scoring

Stomata are small pores on the surface of land plants that are involved in gas exchange and water vapor release, and their function is critical for plant productivity and survival. As such, understanding the mechanisms by which stomata develop and pattern has tremendous agronomic value. This paper describes two phenotypic methods using Arabidopsis cotyledons that can be used to characterize the genes controlling stomatal development and patterning. Presented first are procedures for analyzing the stomatal phenotypes using toluidine blue O-stained cotyledons. This method is fast and reliable and does not require the use of epidermal peels, which are widely used for phenotypic analyses but require specialized training. Due to the presence of multiple cysteine residues, the identification and generation of bioactive EPF peptides that have a role in stomatal development have been challenging. Thus, presented second is a procedure used to identify stomatal ligands and monitor their biological activity by bioassays. The main advantage of this method is that it produces reproducible data relatively easily while reducing the amount of peptide solution and the time required to characterize the role of the peptides in controlling stomatal patterning and development. Overall, these well-designed protocols enhance the efficiency of studying the potential stomatal regulators, including cysteine-rich secretory peptides, which require highly complex structures for their activity.

Identification of the Genes Involved in Stomatal Development via Epidermal Phenotype Scoring

This paper describes two phenotyping methods without the use of epidermal peels to characterize the genes controlling stomatal development. The first method demonstrates how to analyze a stomatal phenotype using a toluidine blue O-stained plant epidermis. The second method describes how to identify stomatal ligands and monitor their biological activities.

표피 표현형 점수를 통한 기공 발달에 관여하는 유전자 식별

Stomata are small pores on the surface of land plants that are involved in gas exchange and water vapor release, and their function is critical for plant ...

유전자 탐구하는 종피 침구 분석

요약

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