本稿では、MYOD1変換尿由来細胞を用いてデュシェンヌ型筋の効率的なモデリングのための詳細なプロトコルを説明し、エキソンスキップ後のジストロフィンmRNAおよびタンパク質レベルの回復を評価する。
進行性および致命的な筋肉疾患であるデュシェンヌ型筋ジストロフィー(DMD)は、ジストロフィンタンパク質の存在を引き起こすDMD遺伝子の突然変異によって引き起こされる。現在までに、エキソン53スキップしやすいモルフォリノオリゴヌクレオチドの全身注射に基づいて、国立神経学・精神医学センターで研究者が開始した最初のヒト研究を完了しました。DMDの効果的な治療のために、臨床試験を行う前に薬物をスクリーニングし、患者の適格性を評価するためにDMD患者由来の筋芽細胞を用いたインビトロ検査が不可欠であると考えられる。ごく最近、ヒストンメチルトランスファーザーゼ阻害剤(3-デアザンプラノシンA塩酸塩)で処理された新しいMYOD1変換尿由来細胞(UDC)をDMDの細胞モデルとして報告しました。新しい自家用UDCは、DMDの疾患特異的な遺伝子型のフェノノコピーを示し、様々な筋肉関連疾患における精密医療の応用につながる可能性がある。本稿では、MYOD1-変換UDCを用いたDMD筋細胞の効率的なモデリングと逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応(RT-PCR)、ウェスタンブロッティング、免疫細胞化学を用いて、エクストンスキップ後のジストロフィンmRNAおよびタンパク質レベルの回復を評価するための詳細なプロトコルについて述べた。
デュシェンヌ型筋ジストロフィー(DMD)は、進行性で致命的な筋肉疾患であり、ジストロフィンタンパク質1の不在をもたらすDMD遺伝子のフレームシフト突然変異によって引き起こされる。アンチセンスオリゴヌクレオチドベースのエキソンスキップ療法は、DMDに有望であると考えられている。この療法は、DMD読み取りフレーム2を復元するためにmRNA前スプライシングを変更することにより、より穏やかなベッカー型筋ジストロフィー様表現型への重症性DMD表現型の変換に基づいている。我々は最近、DMDでエキソン53スキップを誘発することができるリンコオダミドモルフォリノオリゴマー(PMO)絨毛球の静脈内投与を繰り返すことに基づくヒト初の研究を完了し、優れた安全性プロファイル、有望な有効性、および許容可能な薬物動態学的パラメータ(UMINとして登録:000010964およびCLINICALTRIALS.GOV:NCT0286)3
しかし、この疾患に対する費用対効果の高い効率的な治療法を開発するためには、DMD患者から得られた原発性筋細胞を用いたインビトロ試験は、臨床試験を行う前に薬物スクリーニングおよび患者適格性の検証に不可欠であり、また、ヒト試験中のエキソンスキップ療法の有効性を反映したバイオマーカー4。ごく最近、患者特異的なMYOD1変換尿由来細胞(UDC)5,6を,6DMD7の5原発筋芽細胞として開発する新しい技術を報告した。従って、筋芽細胞を生成するために、患者からの尿の採取のみが必要であり、侵襲的処置は必要とされない。本稿では、3-デアザネプラノシンA塩酸塩で処理されたMYOD1変換UDCを用いてDMD筋肉を効率的にモデリングするための詳細なプロトコルを説明し、エキサキのスキップ後に復元されたジストロフィンmRNAおよびタンパク質を評価する。
国立神経精神医学センターの倫理委員会は、この研究を承認しました(承認ID:A2017-018、A2018-029)。すべての個人は尿を提供する前にインフォームド・コンセントを与えました。すべての実験は、関連するガイドラインと規制の下で行われました。
1. UDC の分離と主要な文化
注: UDC は、以前に公開されたプロトコル8、9,、10に従って分離されました。,
2. レトロウイルスコンストラクト
3. UDCにおけるMYOD1-レトロウイルスベクターの感染
4. 3-デアザネプラノシンA塩酸塩(DZNep)で処理されたMYOD1-トランスデュースUDCの筋形成分化
注:最近、ヒストンメチルトランスフェラーゼ阻害剤であるDZNepが、後期筋調節因子の1つであるMYOGENINの発現を有意に促進し、また、ミオチューブ分化7を導く可能性があると報告されている。
5. MYOD1変換された UDC でのエキソンスキップ
注:ここでは、患者由来細胞におけるエキソンスキップを評価する3つのプロトコルが記載されています:1)ジストロフィンmRNAの逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応(RT-PCR)。2)ウェスタンブロットによる回復ジストロフィンタンパク質シグナルの半定量化;3)免疫細胞化学による回復したジストロフィン蛍光シグナルの半定量化。すべての方法は、用量依存的な方法でエキソンスキップを検出することができます。
私たちは、UDCを簡単かつ非侵襲的に収集することができました。UDCは、一次細胞培養を開始してから1週間以内にコロニーを形成し、顕著な増殖能を観察した。UDCの培養は簡単で、手順が正しく行われたときには細菌または真菌汚染はまれでした。
図2は、一次培養後の1週間のUDCコロニーの代表的な位相コントラスト画像を示す(図2A)とMYOD1-UPCが分化後の1週間(図2B)。図3は、RT-PCRによりDMD患者から得られたUDCにおけるエキソンスキップの正常な検出を示す。図3Aは、DMD遺伝子にエキソン45-54欠失を有する6歳の雄由来のDZNep処理されたMYOD1-UDCにおけるアンチセンスオリゴヌクレオチド処理後のジストロフィンのRT-PCR分析を示す。オープンリーディングフレームは、exon 44スキップによって復元されました。分化後の14日目に、用量依存的にエキソンスキップの誘導を確認した(図3B)。上のバンドはネイティブ製品を示し、下のバンドはオープンリーディングフレームを復元したexon 44スキップされた製品を示します。
図4は、用量依存的にウェスタンブロッティングによってDMD患者から得られたUDCでのエキソンスキップ後のジストロフィンの検出に成功したことを示す。また、免疫細胞化学を用いて復元されたジストロフィン発現を検出した(図5)。96ウェルプレート上のアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)トランスフェクションの1週間後に蛍光顕微鏡でジストロフィンの強度を測定した(図5A)。対照ASOで処理されたMYOD1-UDCよりもASOで処理されたMYOD1-UDCでは、著しく高い蛍光シグナルが観察された(図5B)。 MYOD1
これらの結果は、我々の新しいアッセイがmRNAおよびタンパク質レベルでDMD患者から得られたMYOD1-UDCで効率的にエキソンスキップを評価できることを示唆している。
図1:セミドライウェスタンブロットの転写スタックの概略図。ブロッティングバッファーに浸した 2 つのペーパーを負の端子に置き、その上に 2 つのペーパーをバッファーに浸した。緩衝液に浸したゲルをPVDF膜の上にそっと敷いた。この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。
図 2: UDC の代表的なイメージ。(A) 一次培養の1週間後のUDCの位相コントラスト画像。スケールバー = 200 μm. インセット: 白い長方形の領域の拡大画像。(B) 分化後1週間のMYOD1-UDCの位相コントラスト画像。スケールバー= 50 μmこの図は、滝沢ら7.7から変更されました。この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。
図3:DMD患者から得られた尿由来細胞(UDC)におけるエキソンスキップの評価に成功したRT-PCR。(A)3-デアザネプラノシンA塩酸塩(DZNep)処理したMYOD1-UDCをエキソン45-54欠失で、3-デアザネプラノシンA塩酸塩中のアンチセンスオリゴヌクレオチド処理後のジストロフィンのRT-PCR解析。DZNep処理されたMYOD1-UDCも、コントロール濃度1~10μMのコントロールアンチセンスでコントロールとして処理しました。上のバンドは、読み取りフレームから残ったスキップされていない製品(Ex 45-54削除)でした。下のバンドは、オープンリーディングフレームを復元したexon 44スキップされた製品(Ex 44-54削除とEx 44スキップ)でした。(B)スキップ効率(エキソン44スキップ転写モルリティ)/(ネイティブ+エキソン44スキップ転写モルリティ[矢印でマーク])x 100%マイクロチップ電気泳動システムを用いて計算した。一方向の ANOVA とそれに続くボンフェローニのポスト ホック テストは、スキップ効率を比較するために使用されました (n = 3 各グループの場合、****P < 0.0001)。データは平均±SEMとして表される。この図は、滝沢ら7.7から変更されました。この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。
図4:ウェスタンブロットによるDMD患者からの尿由来細胞(UDC)におけるエキソンスキップの評価に成功した。(A)DZNep処理されたMYOD1-UDCのジストロフィンの代表的なウェスタンブロットは、エキソン44スキップ後にエキソン45-54欠失を伴うDMD患者から。Aジストロフィン検出には、抗ジストロフィン(C末端に対して)が用いられた。(B)αチューブリン発現に正規化されたバンドの相対強度を、一方向ANOVAを行い、続いてボンフェローニのポストホック検査を行うことによって、アンチセンスオリゴヌクレオチド処理の有無にかかわらず患者由来細胞で比較した(n = 3各群、**P<0.01、***P;0.001、HI=健康個体数)。この図は、滝沢ら7.7から変更されました。この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。
図5:DZNep処理されたMYOD1-UDCにおけるアンチセンスオリゴヌクレオチド処理後のジストロフィンに対する免疫細胞化学のヒートマップ-45-54欠失を伴うDMD患者から得た。(A)exon 45-54の削除は、エクソン44のエキソンスキップに基づいてオープンリーディングフレームを復元した。A(B)シグナル強度を、96ウェルプレート上のアンチセンスオリゴヌクレオチドトランスフェクションの1週間後に蛍光顕微鏡を用いて定量した。一方向の ANOVA とそれに続くボンフェローニのポスト ホック テストが比較に使用されました (n = 各グループに対して 3-4、 ****P < 0.0001)。この図は、滝沢ら7.7から変更されました。この図の大きなバージョンを表示するには、ここをクリックしてください。
試薬 | ボリューム | 最終濃度 |
2x PCR プレミックス | 12.5 μL | 1x |
フォワードプライマー | 5 pmol | 0.2 μM |
リバースプライマー | 5 pmol | 0.2 μM |
テンプレート | 80 ng | |
殺菌された蒸留水 | 最大25 μL | |
反応ごとの総体積 | 25 μL |
表1:RT-PCRによるMYOD1増幅のための混合物。
98°C | 10 s | |
55°C | 10 s | } 35 サイクル |
72°C | 10 s |
表2:MYOD1増幅のためのサーマルサイクラーの条件。
試薬 | ボリューム |
10x K バッファ | 2 μL |
レトロウイルスベクター(500 ng/μL) | 2 μL |
制限酵素1(2-15 U) | 1 μL |
制限酵素2(2-15 U) | 1 μL |
殺菌された蒸留水 | 14 μL |
総量 | 20 μL |
表3:レトロウイルスベクターを消化するチューブの混合物。
試薬 | ボリューム |
精製されたミオド1フラグメント | 100 ng |
消化されたレトロウイルスベクター | 100 ng |
5x酵素プレミックス | 4 μL |
殺菌された蒸留水 | 最大20 μL |
総量 | 20 μL |
表4:インフュージョンクローニング反応のための混合物。
ソリューション | ボリューム/リアクション (μL) | 最終濃度 |
RNaseフリーウォーター | 変数 | - |
ワンステップ RT-PCR バッファー | 4 | 1x |
dNTP ミックス (各 dNTP の 10 mM を含む) | 0.8 | 各 dNTP の 400 mM |
フォワードプライマー(10mM) | 1.2 | 0.6 mM |
リバースプライマー(10mM) | 1.2 | 0.6 mM |
ワンステップ RT-PCR 酵素ミックス | 0.8 | - |
RNase阻害剤(オプション) | 変数 | 5-10単位/反応 |
テンプレート RNA | 50-400 ng | |
総量 | 20 |
表5:ワンステップRT-PCRの1回の反応に必要な化合物。
1サイクル | 逆転写 | 30分 | 50°C |
1サイクル | 初期 PCR 活性化ステップ | 15分 | 95°C |
1サイクル | 変性 | 1分 | 94°C |
焼鈍 | 1分 | 60°C | |
拡張子 | 1分 | 72°C | |
1サイクル | 最終拡張 | 7分 | 72°C |
保持 | ∞ | 4°C |
表6:ワンステップRT-PCRのサーマルサイクラー状態
試薬 | ボリューム |
タンパク質(15μg) | 10 μL |
サンプルバッファー (4x) | 5 μL |
還元剤(10倍) | 2 μL |
脱イオン水 | 3 μL |
総量 | 20 μL |
表7:ドデシル硫酸ポリアクリルアミドゲル電気泳動用サンプルの調製(SDS-PAGE)。
ここでは、DMD患者から得られたMYOD1変換されたUDCにおけるエキソンスキップの詳細なプロトコルについて説明する。アッセイシステムを用いて、最適なアンチセンス配列を効率的にスクリーニングした。MYOD1変換されたUDCは、疾患の病態生理学の調査に有用であると仮定する。
臨床試験を実施する前に、新薬のスクリーニングや患者の適格性評価には、mRNAレベルで患者由来細胞を使用したエキソンスキップの評価が不可欠です。エキソンスキップ効率の計算は、mRNAレベルでのみ評価することができる。
ジストロフィンの修復はエキソンスキップの利点を予測する代理バイオマーカーとして重要であるため、タンパク質レベルでのエキソンスキップの評価も重要です。現在までに、ヒト横紋筋肉腫(RD)細胞を含む一次筋細胞株または不死化筋芽細胞株を用いてアンチセンスオリゴヌクレオチド配列のスクリーニングが行われることが多いが、このタンパク質を内因的に発現するため、筋細胞株やRD細胞株を用いたジストロフィンレベルの回復を測定することはできない。DMD患者由来MYOD1-UDCにおけるジストロフィンの回復を用量依存的に明確に検出することができる。今回の新しいアッセイでは、ウェスタンブロッティングによる復元タンパク質の評価が定量性に優れていると考えています。一方、96のウェルプレートを用いた免疫細胞化学による評価は、多くの候補化合物を同時にスクリーニングするのに理想的である。
本稿では、MYOD1-変換UDCを用いた効率的なDMD筋の詳細なモデル化プロトコルと、RT-PCR、ウェスタンブロッティング、免疫細胞化学を用いて、エキサクスキップ後のmRNAおよびタンパク質レベルで復元されたジストロフィンを評価する。UDCは非侵襲的かつ容易に収集することができる。したがって、新しいインビトロアッセイは、筋肉疾患の種類に関係なく、幅広い基礎的および翻訳的研究に適用できると仮定しています。
国立神経精神医学センターは現在、日本新薬有限公司と共に、DMD用のエキソン53スキップ薬であるNS-065/NCNP-01を開発中です。
This work was supported by the Japan Society for the Promotion of Science Grant-in-Aid for Scientific Research (C) [grant no. 18K07544 to Y.A.], Grants-in-Aid for Research on Nervous and Mental Disorders [grant no. 28-6 to Y.A.], and the Japan Agency for Medical Research and Development [grant nos. 18ek0109239h0002, 18lm0203066h0001, and 18lm0203069h0001 to Y.A.].
Name | Company | Catalog Number | Comments |
1% P/S Solution Stabilized | Thermo Fisher | 15070-063 | Cell culture |
Amphotericin B | Sigma Aldrich | A2942 | |
Anti-dystrophin | Abcam | ab15277 | Western blot (WB) |
Anti-dystrophin | Leica | NCL-DYS1 | Immunocytochemistry(ICC) |
Anti-mouse IgG, Dylight 488 | Vector Laboratories | DK-2488 | ICC |
Anti-α-tubulin | Sigma | T6199 | Western bot and ICC |
BZ-X800 | KEYENCE | BZ-800 | Fluorescent microscope |
CELLBANKER | ZENOAQ | CB011 | Cell stock in liquid nitrogen |
ChemiDoc MP Imaging System | Bio-Rad | 170-8280J1 | WB |
CloneAmp HiFi PCR premix | Clontech | 639298 | Retroviral production |
cOmplete Protease Inhibitor Cocktail | Roche | 4693116001 | Protein extraction for WB |
E.coli DH5 α Competent Cells | TAKARA | 9057 | |
ECL Prime Western Blotting Detection Reagent | GE healthcare | RPN2232 | WB |
EGF | Peprotech | AF-100-15 | Cell culture |
Endo-Porter | GeneTools | 2922498000 | ASO transfection |
Extra Thick Blot Filter Paper | Bio-Rad | 1703965 | WB |
EzFastBlot HMW | Atto | AE-1460 | WB |
fibroblast growth factor-basic | Sigma-Aldrich | F0291 | Cell culture |
Glutamax | Thermo Fisher Scientific | 35050-061 | Cell culture |
GP2-293 packaging cells | Clontech | 631458 | Retroviral production |
Ham's F-12 Nutrient Mix | Thermo Fisher Scientific | 11765-054 | Cell culture |
High glucose DMEM with GlutaMAX-I | Thermo Fisher Scientific | 10569-010 | Cell culture |
High glucose DMEM without sodium pyruvate | GE Healthcare | SH30022.01 | Cell culture |
HiSpeed Plasmid Purification Kit | QIAGEN | 12643 | Retroviral production |
Histofine Simple Stain MAX PO | NICHIREI BIOSCIENCE INC. | 424151 | WB |
Hoechst 33342 | Thermo Fisher Scientific | H3570 | ICC |
Human PDGF-AB | Peprotech | 100-00AB-10UG | Cell culture |
iBind Flex Solution | Thermo Fisher Scientific | SLF2020 | WB |
iBind Flex Western Device | Thermo Fisher Scientific | SLF2000 | WB (Automated mestern-processing device) |
Immobilon-P Transfer Membrane (PVDF) | MERCK | IPVH304F0 | WB |
In-Fusion HD cloning Kit | Clontech | 639648 | Retroviral production |
ITS Liquid Media Supplement | Sigma-Aldrich | I3146 | Cell culture |
MILTEX HV 0.45 μm filter | MERCK | SLHV033RS | Retroviral production |
MultiNA | SHIMADZU | MCE-202 | Microchip electrophoresis |
MYOD1 (GFP-tagged) | ORIGENE | RG209108 | Retroviral production |
NanoDrop | Thermo Fisher | ND-ONE-W | Spectrophotometer |
Nonessential amino acids | Thermo Fisher | 11140-050 | Cell culture |
NucleoSpin Gel and PCR Clean-Up Kit | Clontech | 740986.20 | PCR clean up |
NuPAGE 3-8% Tris-Acetate Protein Gels | Invitrogen | EA03785BOX | WB |
NuPAGE Antioxidant | Invitrogen | NP0005 | WB |
NuPAGE LDS Sample Buffer | Invitrogen | NP0007 | WB |
NuPAGE Sample Reducing Agent | Invitrogen | NP0009 | WB |
NuPAGE Tris-Acetate SDS Running Buffer | Invitrogen | LA0041 | WB |
One Step TB Green PrimeScript RT-PCR Kit | TAKARA | RR066A | Titer check of retroviral vector |
PBS | Thermo Fisher Scientific | 14190-250 | Cell culture |
Pierce BCA Protein Assay Kit | Thermo Scientific | 23227 | WB |
Polybrene Infection / Transfection Reagent | Sigma-Aldrich | TR-1003 | Retroviral infection |
pRetroX-TetOne-Puro Vector | Clontech | 634307 | Retroviral vecor |
Puromycin | Clontech | 631305 | Cell culture |
QIAGEN OneStep RT-PCR Kit | Qiagen | 210212 | PCR |
REGM Bullet Kit | Lonza | CC-3190 | Material for growth medium of UDCs |
REGM SingleQuots | Lonza | CC-4127 | Material for primary medium of UDCs |
Retrovirus Titer Set | TAKARA | 6166 | Titer check of retroviral vector |
Retro-X Concentrator | Clontech | 631455 | Retroviral production |
RIPA buffer | Thermo Fisher Scientific | 89901 | WB |
RNeasy kit | Qiagen | 74104 | RNA extraction for PCR |
Tetracycline-free foetal bovine serum | Clontech | 631106 | Cell culture |
Triton-X | MP Biomedicals | 9002-93-1 | ICC |
Trypsin-EDTA (0.05%) | Gibco | 25300054 | Cell culture |
XCell SureLock Mini-Cell | Invitrogen | EI0001 | WB |
Xfect transfection reagent | Clontech | 631317 | Transfection of plasmids into packaging cells |
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