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Questo protocollo stabilisce metodi per estrarre e quantificare le risposte al feromone sessuale volatile in C. elegans, fornendo strumenti per studiare la comunicazione chimica e la traiettoria di navigazione.
La comunicazione chimica è vitale per la salute, la riproduzione e il benessere generale dell'organismo. La comprensione dei percorsi molecolari, dei processi neurali e dei calcoli che governano questi segnali rimane un'area di ricerca attiva. Il nematode Caenorhabditis elegans fornisce un potente modello per lo studio di questi processi in quanto produce un feromone sessuale volatile. Questo feromone è sintetizzato da femmine vergini o ermafroditi impoveriti di sperma e funge da attrattivo per i maschi.
Questo protocollo descrive un metodo dettagliato per isolare il feromone sessuale volatile da diversi ceppi di C. elegans (ceppo WT N2, daf-22 e fog-2) e C. remanei. Forniamo anche un protocollo per quantificare la risposta della chemiotassi maschile al feromone sessuale volatile. La nostra analisi utilizza misurazioni come l'indice di chemiotassi (C.I.), il tempo di arrivo (A.T.) e un grafico della traiettoria per confrontare accuratamente le risposte maschili in varie condizioni. Questo metodo consente di effettuare confronti robusti tra maschi di diverso background genetico o stadi di sviluppo. Inoltre, la configurazione sperimentale qui delineata è adattabile allo studio di altre sostanze chimiche di chemioattrazione.
L'interazione tra comunicazione chimica e successo riproduttivo è un principio fondamentale in tutto il regno animale 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10. I feromoni sessuali innescano una vasta gamma di comportamenti sessualmente dimorfici essenziali per localizzare i compagni, coordinare i passaggi coinvolti nella ricerca e nell'attrazione di un partner e, infine, promuovere la propagazione di una specie 11,12,13,14,15,16,17. Sono stati compiuti progressi significativi nella comprensione della segnalazione dei feromoni, ma i meccanismi molecolari, i circuiti neurali e i processi computazionali che governano queste interazioni rimangono spesso definiti in modo incompleto 18,19,20,21,22,23,24,25,26.
Il nematode Caenorhabditis elegans fornisce un potente modello per sezionare queste domande. In particolare, C. elegans mostra un'insolita strategia riproduttiva: gli ermafroditi possono autofecondarsi ma anche incrociarsi con i maschi 27,28,29,30,31,32,33. Questa flessibilità richiede un robusto sistema di comunicazione per segnalare lo stato riproduttivo. C. elegans è noto per i suoi feromoni idrosolubili ben caratterizzati, gli ascarosidi, che svolgono vari ruoli nello sviluppo, nel comportamento e nelle interazioni sociali. Recenti scoperte hanno svelato una classe distinta di feromoni sessuali volatili impiegati dai nematodi. Questi feromoni sono prodotti specificamente da femmine vergini di C. elegans e C. remanei sessualmente mature e da ermafroditi impoveriti di sperma, fungendo da attrattivo per i maschi adulti 29,34,35. Questo attrattivo mostra un notevole dimorfismo sessuale nella sua produzione e percezione. La gonade somatica femminile governa la sintesi di questo feromone sessuale volatile e la produzione riflette dinamicamente lo stato riproduttivo, cessando dopo l'accoppiamento e riprendendo diverse ore dopo29,34.
La comprensione della comunicazione dei feromoni sessuali dei nematodi fornisce informazioni sull'evoluzione dei sistemi di comunicazione chimica, sull'interazione tra stato riproduttivo e comportamento e sui meccanismi alla base dell'elaborazione neurale sessualmente dimorfica 24,26,36,37,38,39 . Gli studi implicano che il neurone anfido AWA nei maschi sia fondamentale per la rilevazione dei feromoni, con il recettore accoppiato alla proteina G SRD-1 che svolge un ruolo chiave nella rilevazione dei feromoni nei maschi24. C. elegans è adatto per studiare la comunicazione chimica animale, in particolare la segnalazione dei feromoni sessuali, grazie alla sua dipendenza dal sistema olfattivo per la ricerca del compagno. Sebbene si sappia molto sulla segnalazione dell'ascaroside, il sistema volatile dei feromoni sessuali offre opportunità uniche di confronto 25,26,36,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,
51,52,53,54,55,56,57. Inoltre, C. elegans è un potente organismo modello genetico grazie al suo genoma completamente sequenziato, al lignaggio cellulare chiaramente definito e ai mutanti olfattivi ben caratterizzati.
Tuttavia, l'intero circuito neurale coinvolto nell'elaborazione di questo feromone, i calcoli che traducono la sua percezione in comportamenti mirati di ricerca del compagno e la sua regolazione della biosintesi rimangono da chiarire completamente. Ulteriori indagini su questi processi sono fondamentali per comprendere i diversi meccanismi che regolano la comunicazione animale e i comportamenti riproduttivi. L'identificazione di geni chiave coinvolti nella sintesi, nella secrezione e nella percezione dei feromoni promette di svelare nuovi attori molecolari nella comunicazione animale. I saggi qui descritti forniscono una base per rispondere a queste domande.
1. Estrazione di feromoni sessuali grezzi da femmine ed ermafroditi
2. Estrazione di feromoni sessuali grezzi da femmine vergini di un giorno (Figura 1A)
NOTA: Adottiamo un protocollo24 precedentemente stabilito per estrarre feromoni sessuali da femmine mutanti vergini di nebbia-2 (femminilizzazione della linea germinale) di C . elegans e femmine WT di C. remanei.
3. Una grande quantità di estrazione di feromoni sessuali grezzi da ermafroditi vergini di 6 giorni (Figura 1A)
4. Saggio di chemioattrazione dei feromoni sessuali volatili
NOTA: Il test di chemioattrazione dei feromoni sessuali volatili è stato adattato da metodi precedentemente stabiliti utilizzati in altri studi di chemioattrazione 24,29,59,60,61. Queste modifiche sono state implementate per ottimizzare la sensibilità e la specificità del test per rilevare le risposte ai feromoni sessuali volatili. Questo approccio personalizzato migliora l'applicabilità del test a specifiche esigenze di ricerca.
5. Linee guida per la tempistica e il punteggio del test di chemioattrazione
6. Modifiche facoltative
7. Analisi dei dati
Analisi della traiettoria del ceppo difettoso della percezione del feromone sessuale volatile nel saggio di chemioattrazione
Questo test di chemioattrazione distingue in modo affidabile tra ceppi wild-type e mutanti di C. elegans nella loro risposta ai feromoni sessuali volatili. Esperimenti di successo con maschi lui-5 dimostrano costantemente una robusta chemiotassi verso la fonte di feromoni. Ciò si riflette in un alto indice di chemiotassi (C.I.) (Figura 2), spesso superiore a 0,5, indica una forte preferenza per la fonte di feromoni. Al contrario, gli esperimenti con il mutante del recettore dei feromoni srd-1 producono costantemente risultati negativi. L'IC per i maschi srd-1 è tipicamente intorno a zero24. Ciò conferma la capacità del test di rilevare l'assenza di una risposta chemiotattica.
Negli esperimenti non ottimali, numerosi fattori possono influenzare i risultati. Ad esempio, una concentrazione insufficiente di feromoni può portare a risposte deboli nei maschi him-5 , mentre la contaminazione o la manipolazione impropria potrebbero causare movimenti imprevedibili in entrambi i ceppi. Questi scenari si traducono in valori di C.I. più bassi per i maschi lui-5 e valori potenzialmente fuorvianti diversi da zero per i maschi srd-1 . Pertanto, il successo dell'implementazione di questo protocollo è caratterizzato da una chiara distinzione negli indici di chemiotassi tra ceppi wild-type e mutanti, supportata dall'analisi della traiettoria che conferma visivamente le differenze comportamentali (Figura 3). L'analisi dei dati dovrebbe includere confronti statistici dei valori di IC per garantire che le differenze osservate siano significative.
Dimostrazione dell'analisi e visualizzazione dei dati del saggio di chemioattrazione basato su video
Risultati positivi del test: la Figura 3 mostra la robusta risposta chemiotattica dei maschi him-5 a un feromone sessuale volatile. Le traiettorie codificate a colori rivelano (A) il costo del tempo, (B) la distanza: aumentando la vicinanza alla fonte di feromoni nel tempo, confermando l'attrazione dei vermi. (C) velocità: variare le velocità lungo le traiettorie, fornendo informazioni sulla dinamica delle risposte chemiotattiche. (D) rettilineità: quanto direttamente i vermi si muovono verso la fonte di feromoni. Più il percorso è rettilineo, più efficiente e mirato è il loro movimento in risposta all'attrattivo chimico. (E) Correttezza della direzione: mostra la capacità dei vermi di orientarsi con precisione e di muoversi verso la fonte del feromone, l'attrattivo chimico. Essenzialmente misura quanto bene i vermi possono percepire il gradiente chimico e navigare lungo di esso per raggiungere il loro obiettivo.
Un calo della velocità a zero indica in genere un arresto o una svolta. La combinazione delle informazioni sulla velocità con i dati sulla rettilineità può aiutare a identificare gli eventi di svolta. In particolare, un evento di svolta è indicato quando la velocità scende a zero e anche la rettilineità è molto bassa. Al contrario, gli esperimenti con mutanti difettosi sensoriali o quelli condotti in condizioni non ottimali (ad esempio, bassa concentrazione di feromoni, densità del verme inappropriata) possono produrre risultati diversi.
Confrontando le traiettorie e quantificando parametri come la direzionalità, la velocità e la rettilineità, i ricercatori possono ottenere informazioni sui meccanismi alla base della chemiotassi. Esperimenti riusciti con traiettorie chiare e dirette verso la fonte di feromoni convalidano la capacità del test di rilevare stimoli attraenti. Al contrario, l'assenza di tali pattern nei controlli negativi o nei ceppi mutanti conferma la specificità del test e la capacità di identificare i difetti sensoriali. Il test di chemioattrazione di massa basato su video, come illustrato nella Figura 3, fornisce un potente strumento per sezionare i dettagli del comportamento della chemiotassi dei vermi. Analizzando le traiettorie individuali, i ricercatori possono scoprire non solo la presenza o l'assenza di attrazione, ma anche la differenza nella risposta, offrendo una comprensione più profonda dei meccanismi genetici e neurali sottostanti che regolano la chemiotassi.
Figura 1: Flusso di lavoro dell'estrazione del feromone sessuale grezzo. Il feromone sessuale grezzo viene estratto da femmine mutanti vergini fog-2 sincronizzate di un giorno di C. elegans e femmine WT di C. remanei, dove i vermi vengono sincronizzati, lavati, isolati e incubati in tampone M9 per la produzione di feromoni. Il surnatante estratto contenente feromoni viene conservato a -80 °C per un massimo di 1 anno per l'uso in saggi di chemioattrazione, con test di controllo qualità condotti utilizzando maschi N2 o him-5 per verificare l'attrattiva. Per l'estrazione su larga scala da ermafroditi vergini di C. elegans di 6 giorni, i vermi vengono sincronizzati e lavati ripetutamente per 6 giorni, con feromoni sessuali estratti in modo simile ma modificati in base al volume dei pellet di vermi e mescolati in modo omogeneo per uso sperimentale. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Figura 2: Il test di chemioattrazione dei feromoni sessuali volatili e il calcolo dell'indice di chemioattrazione. (A) Questo test prevede la preparazione di maschi WT N2 o him-5 con un protocollo standardizzato di sincronizzazione della candeggina, testando la loro risposta a una sostanza di controllo positiva prima del test di chemioattrazione dei feromoni sessuali volatili. L'esperimento include la marcatura delle piastre per il controllo e i punti di prova e l'uso del sodio da parte per immobilizzare i vermi in questi punti per un punteggio accurato. I risultati vengono in genere valutati 30 minuti dopo l'inizio dell'esperimento (indicato dalla chiusura del coperchio). (B) Vista laterale della configurazione del saggio di chemioattrazione con due distanze distinte. (C) Calcolo C.I. e interpretazione. L'I.C. è una misura quantitativa dell'attrattiva o della repulsività di uno stimolo di prova. L'IC varia da 1, che indica una forte attrazione, a -1, che indica una forte repulsione. Un basso valore di C.I. può derivare da due scenari: o un piccolo numero di vermi sia nel punto sperimentale che in quello di controllo o una distribuzione uguale di vermi tra i due punti. (D) Indici di chemioattrazione per i maschi di C. elegans lui-5 e srd-1 in risposta ai feromoni sessuali volatili delle femmine di C. remanei e C. elegans. I maschi di diverso background genetico rispondono in modo diverso allo stimolo dei feromoni sessuali. I maschi di him-5 mostrano una risposta a entrambi i feromoni, con un indice notevolmente più alto ai feromoni delle femmine di C. remanei. Al contrario, i maschi del ceppo mutante chemocettore srd-1 non mostrano alcuna risposta a nessuno dei due feromoni in questa analisi. p < 0,01. Abbreviazioni: WT = wild type; C.I. = indice di chemioattrazione. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Figura 3: Analisi della traiettoria dei maschi lui-5 in risposta al feromone sessuale volatile. Questa figura illustra i modelli di movimento dei vermi maschi him-5 durante un test di chemioattrazione con uno stimolo volatile a feromoni sessuali. Le traiettorie individuali sono codificate a colori per rappresentare (A) Tempo: progressione della traiettoria nel corso dell'esperimento. Il colore rappresenta il tempo trascorso dall'inizio del saggio. (B) Distanza dal feromone: vicinanza alla fonte di feromone in ogni momento. (C) Velocità: Velocità del verme in ogni punto. (D) Rettilineità: Immediatezza del percorso intrapreso dal verme. (E) Correttezza della direzione: Allineamento del movimento con la direzione della sorgente di feromoni. In tutti e tre gli esempi, i vermi maschi hanno raggiunto con successo la posizione del feromone. I dati sono stati calcolati in media su 20 fotogrammi per filtrare il movimento causato dalla torsione del corpo. Gli esperimenti vengono eseguiti su una piastra di Petri da 10 cm e seguono il metodo del saggio di chemioattrazione di massa basato su video (vedere la sezione 7.3.7.2 del protocollo) menzionato in questo protocollo. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Questo protocollo fornisce una solida metodologia per l'estrazione di feromoni sessuali volatili da C. elegans, oltre a stabilire un robusto test di chemioattrazione per misurare le risposte di chemioattrazione maschile. Ulteriori informazioni sono disponibili nella guida per l'utente di WormLab (vedere la Tabella dei materiali); Per un codice di base per visualizzare la traiettoria del movimento del worm, vedere la sezione 7.3.8.5 del protocollo. Diversi passaggi cruciali del protocollo sono importanti per il risultato. In primo luogo, un'attenta sincronizzazione delle popolazioni di vermi è essenziale per controllare l'età e lo stato riproduttivo, garantendo il successo dell'estrazione di feromoni sessuali volatili da femmine vergini o ermafroditi impoveriti di sperma29,34. In secondo luogo, sono necessarie ripetute fasi di lavaggio per rimuovere completamente i batteri, riducendo al minimo la contaminazione che potrebbe interferire con la segnalazione dei feromoni nei successivi test di chemiotassi. Successivamente, la scelta dei parametri del saggio, come la concentrazione dell'attrattivo, la dimensione della piastra e la durata del saggio, può influenzare i risultati e deve essere adattata agli obiettivi sperimentali specifici.
Tempi di essiccazione accurati e una spaziatura costante dei punti di prova sono fondamentali per ottenere risultati affidabili dei test di chemiotassi. Le piastre bagnate influenzano significativamente l'indice di chemiotassi. Se uno strato d'acqua rimane sulla superficie dell'agar, le forze capillari possono intrappolare i vermi al punto di partenza. Questo può ostacolare il loro movimento, portando a risultati falsi negativi nel test. Inoltre, i tempi di asciugatura prolungati rappresentano una sfida diversa per coloro che vengono rilasciati più tardi. Quando la piastra si asciuga, i componenti volatili dei feromoni evaporano e si diffondono, creando un gradiente di concentrazione meno distinto. Ciò rende difficile per i vermi rilasciati in seguito localizzare il feromone bersaglio, anche se sono liberi di muoversi in seguito. Pertanto, assicurarsi che le piastre siano sufficientemente asciutte per eliminare l'umidità superficiale che potrebbe influire sui risultati dell'esperimento.
Il volume della soluzione di agar aggiunto alle piastre deve essere regolato in base ai requisiti specifici dell'esperimento, garantendo condizioni di analisi ottimali. Lo spessore dello strato di agar, regolato variando la quantità di soluzione di agar versata nel piatto. In genere, una distanza più breve tra l'attrattivo e la piastra di agar porta a risultati più robusti. Al contrario, una distanza maggiore può aiutare a eliminare gli effetti dei componenti non volatili, fornendo una valutazione più chiara dell'influenza dell'attrattivo volatile. Lo spessore dell'agar può essere adattato alle specifiche esigenze sperimentali, come mostrato nella Figura 2B.
Il processo di raccolta di 20 vermi non deve superare 1-2 minuti per evitare che i vermi raccolti in anticipo si secchino e diventino malsani, il che potrebbe influire sui risultati. Assicurarsi che i vermi vengano rilasciati contemporaneamente sulla piastra del saggio per evitare che i vermi rilasciati precocemente camminino in modo casuale troppo lontano dal punto di partenza. I ritardi in questa fase possono portare a posizioni di partenza variabili tra i campioni, con conseguenti confronti inequi. L'intero processo, dalla raccolta degli uomini alla chiusura del coperchio, dovrebbe durare tra i 2 e i 5 minuti.
Personalizzare la spaziatura tra i punti sperimentali/di controllo e il punto di partenza sulla piastra del saggio in base alle dimensioni della piastra e agli obiettivi specifici dell'esperimento. L'aumento della distanza tra i punti può rendere il test più impegnativo, il che è vantaggioso per rilevare effetti sottili. Al contrario, la riduzione della distanza crea un test di analisi più robusto che evidenzia gravi difetti.
La risoluzione dei problemi può essere necessaria in vari punti del protocollo. Se il feromone estratto non induce una risposta chemiotassica, verificare attentamente l'età e lo stato riproduttivo delle femmine e degli ermafroditi di origine. Solo le femmine vergini o gli ermafroditi impoveriti di sperma produrranno il feromone bersaglio. A causa dell'elevata efficienza di accoppiamento dei maschi di C. elegans , la presenza anche di un solo maschio sulla placca di isolamento femmina L4 può influire drasticamente sui risultati. Inoltre, garantire il controllo della contaminazione batterica durante tutto il processo di estrazione. Sebbene questo protocollo di estrazione offra un modo semplice per ottenere feromoni sessuali volatili grezzi, presenta alcune limitazioni. L'estratto grezzo di feromone può contenere tracce di altre molecole di segnalazione, rendendo difficile isolare definitivamente gli effetti specifici del feromone sessuale stesso. I componenti funzionali del feromone sessuale volatile non sono ancora stati identificati. Sebbene non sia stata riportata alcuna differenza funzionale tra i feromoni sessuali delle femmine vergini di un giorno e degli ermafroditi di sei giorni, la possibilità di una sottile differenza non può essere esclusa.
Nel test di chemioattrazione, un basso indice di chemiotassi potrebbe indicare un problema con la salute o lo stadio di sviluppo dei maschi testati. Per garantire risultati ottimali, utilizzare maschi adulti sani di un giorno cresciuti a 20 °C su una piastra OP50 pulita e priva di contaminazione. Variazioni brusche di temperatura da temperature di conservazione più basse (come 15 °C) a 20 °C possono influenzare negativamente il comportamento di chemioattrazione per un massimo di tre generazioni. Per le migliori pratiche, lasciare che i ceppi scongelati di recente o mantenuti a temperature più basse si adattino a 20 °C per oltre tre generazioni prima dell'uso. Sebbene sia consigliabile isolare i maschi in prova allo stadio L4 il giorno prima del giorno del test, non è strettamente necessario. La pre-esposizione agli ermafroditi adulti non influisce in modo significativo sui risultati del test di chemioattrazione. Gli ermafroditi di un giorno non producono feromoni sessuali volatili a causa dell'esistenza di autospermatozoi. Pertanto, l'isolamento maschile L4 può essere saltato quando si esegue uno screening su larga scala. Tuttavia, per gli studi che indagano specificamente gli effetti di precedenti esperienze di accoppiamento o altri studi correlati, è necessario isolare i maschi allo stadio L4 1 giorno prima del giorno del test.
La mutazione him-5 in C. elegans causa un'alta incidenza di maschi a causa di un aumento del tasso di non disgiunzione del cromosoma X durante la meiosi nel genitore dei maschi. Pertanto, il sistema chemiosensoriale dei maschi necessario per la chemiotassi è ancora intatto. Ciò rende più facile ottenere un gran numero di maschi per il test. Di conseguenza, i maschi him-5 mostrano una robusta chemiotassi paragonabile ai maschi WT N2, il che li rende un controllo adatto nei saggi di chemiotassi con feromoni sessuali.
Considerazioni aggiuntive:
Sostituzione dell'azide di sodio: L'azide di sodio utilizzata per paralizzare i vermi durante la registrazione video può essere evitata. Utilizzare invece una goccia di soluzione M9 per immobilizzare temporaneamente i vermi, anche se la tensione superficiale è sufficiente per il saggio basato su video.
Densità del coclea: Limitare il numero di vermi per piatto per evitare il sovraffollamento e mantenere condizioni ottimali. Il sovraffollamento influenzerà l'analisi post-video in quanto il programma avrà difficoltà a identificare i worm se si sovrappongono tra loro. Si consiglia un massimo di 20 vermi per una capsula di Petri di 6 cm e 100 vermi per una piastra di 10 cm.
I test di chemioattrazione tradizionali offrono un approccio semplice, che richiede uno sforzo minimo per l'acquisizione dei dati. Sebbene questi test forniscano una rapida panoramica della risposta chemiotassica, catturano solo il punto finale di una risposta comportamentale complessa. Ciò limita la loro capacità di rivelare i dettagli della percezione dei feromoni e della risposta locomotoria. Al contrario, l'analisi avanzata della traiettoria fornisce informazioni sui modelli di movimento individuali e collettivi. Questo approccio scopre le differenze che non si notano solo le misure basate sugli endpoint. Consentendo l'esplorazione dettagliata dei modelli cinetici e della variabilità della risposta all'interno delle popolazioni di test, questo metodo migliora significativamente la nostra comprensione dei meccanismi chemiosensoriali. Ciò evidenzia l'applicabilità del test a diverse domande di ricerca e sottolinea l'importanza di considerare la variabilità individuale nel disegno sperimentale.
Questa metodologia offre un quadro per lo studio dei feromoni sessuali volatili in C. elegans. Può facilitare la scoperta di geni correlati alla sintesi, alla secrezione e alla percezione dei feromoni sessuali volatili, migliorando la nostra comprensione della comunicazione chimica a livello molecolare e di circuito neurale. Inoltre, il saggio di chemioattrazione e l'analisi dei dati di traiettoria possono essere utilizzati per studiare altri chemioattrattivi in C. elegans.
Gli autori non hanno conflitti di interesse da rivelare.
Siamo grati al Dr. Tingtao Zhou per aver progettato e scritto il codice per le visualizzazioni delle traiettorie utilizzate nella nostra analisi. Questo lavoro è stato sostenuto da finanziamenti: R01 NS113119 (PWS), borsa di studio post-dottorato senior Chen e Tianqiao e Chrissy Chen Institute for Neuroscience.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
10 cm Petri dishes | Falcon | 25373-100 | Falcon bacteriological Petri dish 100 x 15 mm |
6 cm Petri dishes | Falcon | 25373-085 | Falcon bacteriological Petri dish 60 x 15 mm |
C. remanei (EM464) | CGC | ||
Centrifuge | Eppendorf | centrifuge 5418 | Any brand should work. |
Chemoattraction assay plates | Homemade solution | N/A | 1.5% agar, 25 mM NaCl, 1.5 mM Tris-base, and 3.5 mM Tris-Cl |
Cholesterol | Alfa Aesar | 57-88-5 | |
Dissecting Microscope | Leica | LeicaMZ75 | Any brand should work. |
E. Coli OP50 | CGC | ||
Ethanol | Koptec | 64-17-5 | |
fog-2(q71) (JK574) | CGC | ||
him-5(e1490)(CB4088) | CGC | ||
Household bleach | Clorox Germicidal bleach concentrated | Bleach | |
M9 buffer | Homemade solution | N/A | 3 g KH2PO4, 11.3 g Na2HPO4.7H2O, 5 g NaCl, H2O to 1 L. Sterilize by autoclaving. Add 1 mL 1 M MgSO4 after cool down to room temperature. |
Magnesium Sulfate, Anhydrous, Powder | Macron | M1063-500GM-EA | |
Microwave | TOSHIBA | N/A | Any brand should work. |
N2 | CGC | ||
NaOH | Sigma-aldrich | S318-3 | 1 M |
NGM plates solution | Homemade solution | N/A | 2.5 g Peptone, 18 g agar, 3 g NaCl, H2O to 1 L.Sterilize by autoclaving. Once the autoclave is done (2 h), wait until the temperature of the medium drops to 65 °C. Put on a hotplate at 65 °C and stir. Then add the following, waiting 5 min between each to avoid crystallization: 1 mL CaCl2 (1 M), 1 mL MgSO4 (1 M), 25 mL K3PO4 (1 M, pH=6), 1 mL Cholesterol ( 5 mg/mL in ethanol). |
Parafilm | Bemis | 13-374-10 | Bemis Parafilm M Laboratory Wrapping Film |
Peptone | VWR | 97063-324 | |
Pipet- aid | Drummond Scientific | 4-000-100 | Any brand should work. |
Plastic paper | Octago | Waterproof Screen Printing Inkjet Transparency Film | https://www.amazon.com/Octago-Waterproof-Transparency-Printing-Printers/dp/B08HJQWFGD |
Potassium chloride | Sigma-aldrich | SLBP2366V | |
Potassium phosphate | Spectrum | 7778-77-0 | |
Pipette | Eppendorf | SKU: EPPR4331; MFG#: 2231300006 | 20 - 200 µL, 100 - 1000 µL, any brand should work. |
Rotator | Labnet | SKU: LI-H5500 | Labnet H5500 Mini LabRoller with Dual Direction Rotator. Any brand should work. |
Sodium chloride | VWR | 7647-14-5 | |
sodium phosphate dibasic | Sigma-aldrich | SLCG3888 | |
Tris-base | Sigma-aldrich | 77-86-1 | |
Tris-Cl | Roche | 1185-53-1 | |
Tryptone | VWR | 97063-390 | |
Vortex | Scientific industries | Vortex-Genie 2 | Any brand should work. |
WormLab system | MBF Bioscience | N/A | https://www.mbfbioscience.com/help/WormLab/Content/home.htm; https://www.mbfbioscience.com/products/wormlab/ |
Wormpicker | Homemade | N/A | made with platinum and glass pipet tips |
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