Questo manoscritto descrive un metodo semplice e ad alta produttività per assemblare proteine solubili in acqua con pigmenti idrofobiche che è basato su emulsioni acqua-in-olio. Dimostriamo l'efficacia del metodo per l'assemblaggio di clorofille nativi con quattro varianti di ricombinante solubile in acqua-clorofilla proteine leganti (WSCPs) di piante Brassica espressi in E. coli.
Clorofille (Chls) e batterioclorofilla (BChls) sono i cofattori principali che effettuano la raccolta luce fotosintetica e di trasporto degli elettroni. La loro funzionalità dipende in modo critico dalla loro specifica organizzazione all'interno di grandi ed elaborati complessi proteici multisubunit transmembrana. Per comprendere a livello molecolare come questi complessi facilitano conversione dell'energia solare, è essenziale comprendere proteina-pigmento, e le interazioni pigmenti pigmento, e il loro effetto sulla dinamica eccitati. Un modo per ottenere questo senso sia costruendo e studiando complessi di Chls con semplici proteine ricombinanti solubili in acqua. Tuttavia, incorporando le Chls lipofile e BChls in proteine solubili in acqua è difficile. Inoltre, non esiste un metodo generale, che potrebbero essere utilizzati per l'assemblaggio delle proteine solubili in acqua con pigmenti idrofobi. Qui, dimostriamo un sistema di throughput semplice ed alta basato su emulsioni acqua-in-olio, che consente assembly di proteine solubili in acqua con Chls idrofobi. Il nuovo metodo è stato convalidato assemblando versioni ricombinanti della clorofilla proteina legante idrosolubile di Brassicaceae piante (WSCP) con Chl a. Dimostriamo l'assemblaggio di successo di Chl A utilizzando lisati grezzi di WSCP esprimono E. cellule coli, che può essere usato per sviluppare un sistema di screening genetico per nuove proteine Chl-leganti idrosolubili, e per studi di interazione Chl-proteina e processi di assemblaggio.
pigmenti idrofobi, come clorofille (Chls), batterioclorofilla (BChls) e carotenoidi sono i cofattori primari in centri di reazione fotosintetici e le proteine di raccolta di luce che effettuano trasporto di elettroni, e la cattura l'energia della luce e il trasferimento. I centri di reazione e la maggior parte dei complessi di raccolta della luce Chl-leganti sono proteine transmembrana. La Fenna-Matthews-Olson (FMO) proteine di batteri fotosintetici verde-zolfo non oxygenic 1,2, e la proteina peridinina-Chl (PCP) dei dinoflagellati 3 sono esempi eccezionali di solubili in acqua proteine luce raccolta. Il legame clorofilla proteine solubili in acqua (WSCPs) di Brassicacee, Polygonaceae, Chenopodiaceae e piante Amaranthaceae 4, 5 sono un altro esempio unico, ma a differenza di FMO e PCP, questi non sono coinvolti nella raccolta della luce, né in alcuna della reazione fotosintetica primaria , e la loro precisa pHYfunzioni siological sono ancora poco chiari 5-8. La loro alta affinità Chl vincolante hanno portato ad una funzione suggerito come portatori transitori di Chls e derivati Chl 9,10. In alternativa, è stato ipotizzato che WSCP svolge un ruolo nei collettori Chls in cellule danneggiate e protegge contro Chl-indotta danni photooxidative 7,11-13. Più di recente, è stato suggerito che le funzioni WSCP come un inibitore della proteasi e svolge un ruolo durante la resistenza erbivoro e regola la morte delle cellule durante lo sviluppo del fiore 14. WSCPs sono divisi in due classi principali in base alle loro proprietà fotofisiche. La prima classe (classe I, ad es. Da Chenopodium album) può subire fotoconversione su di illuminazione. WSCPs Classe II da piante del genere Brassica, che non subiscono fotoconversione 5,10, sono ulteriormente suddivisi in classe IIa (ad es., Dalla Brassica oleracea, Raphanus sativus) e IIb (ad es., Da lepidium virginicum ). La struttura di classe IIb WSCP da lepidium virginicum è stato risolto con la cristallografia a raggi X con una risoluzione di 2.0 Å 8. Si rivela un omotetramero simmetrica in cui le subunità proteiche formano un core idrofobico. Ogni subunità lega un singolo Chl che si traduce in una stretta disposizione di quattro Chls stipati all'interno delle core.This semplice tutti convenire Chl rende WSCPs un sistema modello potenzialmente utile per studiare vincolante e assemblaggio di complessi Chl-proteina, e gli effetti della vicina Chls e ambienti proteine sulle proprietà spettrali ed elettroniche di singoli Chls. Inoltre, può fornire modelli per la costruzione di proteine artificiali Chl vincolanti che possono essere utilizzati per i moduli che raccolgono la luce nei dispositivi fotosintetici artificiali.
Studi rigorosi di WSCPs nativi non sono realizzabili perché i complessi purificati da piante contengono sempre una miscela eterogenea di tetrameri con diverse combinazioni di Chl ae Chl b 9. Pertanto, è necessario un metodo per assemblare WSCPs ricombinanti espresse con Chls in vitro. Questo è contestata dalla trascurabile idrosolubilità Chls che rende impossibile assemblare il complesso in vitro per semplice miscelazione dei apoproteine idrosolubili con pigmenti in soluzioni acquose. In vitro assemblaggio miscelando i apoproteine con membrane tilacoidi 15 è stata dimostrata, ma questo metodo è limitato al nativo Chls presente nei tilacoidi. Schmidt et al. riportato sul montaggio diversi derivati Chl e BCHL con WSCP dal cavolfiore (CaWSCP) esprimendo una proteina ricombinante, istidina-marcato in E. coli immobilizzare esso su una colonna Ni-affinità e l'introduzione di strumenti derivati Chl solubilizzati nei detergenti 11. Con successo della ricostituzione di WSCPs ricombinanti da A. thaliana 6, e cavolini di Bruxelles (BoWSCP), giapponese ravanello selvatico (RshWSCP) unsono stati anche riferito d Virginia pepperweed (LvWSCP) con un metodo simile.
Qui, vi presentiamo un romanzo, in generale, il metodo semplice per l'assemblaggio di Chls con WSCP che non richiede codifica o immobilizzare le proteine. Essa si basa sulla preparazione di emulsioni dalle loro soluzioni acquose dei apoproteine idrosolubili in olio minerale. Le proteine sono quindi incapsulati in acqua-in-olio (W / O) microgocce con un'elevata superficie in rapporto al volume 16. I cofattori idrofobi vengono disciolti nell'olio e vengono facilmente introdotti nelle goccioline della fase oleosa. Riportiamo di utilizzare il metodo per l'assemblaggio di diverse varianti di apoproteine WSCP ricombinante espresse in E. coli con Chl a. Dimostriamo il gruppo dal lisato grezzo di batteri WSCP-iperespressione che possono essere utilizzati come un sistema di screening per lo sviluppo di nuovi Chl proteine leganti.
1. Preparazione Chl uno stock Solutions
2. Preparazione fase organica dell'emulsione
Nota: La fase organica dell'emulsione è composto da olio minerale contenente 4,5% (v / v) Span 80, e 0,4% (v / v) Tween 80.
3. Preparazione della fase acquosa dell'emulsione
Nota: La fase acquosa dell'emulsione può essere composto da uno WSCP purificato, o l'estratto grezzo di batteri iperesprimono WSCP.
4. Montaggio di WSCP con Chl a in emulsione
Apoproteine WSCP ricombinanti sono stati assemblati con Chl a in emulsioni / O W secondo il protocollo descritto nella sezione precedente. Il protocollo è stato implementato utilizzando fasi acquose contenenti sia WSCPs puri, o lisati cellule di E.coli sovraesprimono WSCP (Figura 1). Il protocollo è semplice, veloce e non richiede particolari attrezzature tranne un omogeneizzatore tessuto.
L'assorbanza e spettri CD di Chl a complessi di quattro varianti WSCP ricombinanti, vale a dire RshWSCP, CaWSCP, BoWSCP e LvWSCP sono mostrati in Figura 2. Questi sono simili nella forma di banda e la posizione di spettri precedentemente riportato dei rispettivi complessi nativi 10,18, 19. Questi risultati mostrano chiaramente che WSCP / complessi Chl ricostituiti nel sistema I / O emulsione W assomiglia complessi nativi.
Per dimostrare il potenziale di emulsioni W / O come un sistema di screening rapido per l'assemblaggio positivo WSCPs con Chls, lisati grezzi di cellule di E.coli che esprimono WSCPs stati usati come fase acquosa dell'emulsione. Lisati di batteri che non esprimono WSCPs stati usati come controllo negativo. Assemblaggio positiva di WSCP con Chl a viene facilmente osservata dal colore verde della fase acquosa, ma solo in lisati di cellule esprimenti WSCP (Figura 3). Goccioline contenenti questi lisati caratteristica distinta Chl a fluorescenza in immagini al microscopio confocale. Questo implica che l'assemblaggio successo WSCP / Chl complessi può essere rilevata direttamente in goccioline d'acqua, che può essere la base per sistemi di screening basati su emulsioni W / O.
Figura 1: Assemblea dei WSCP con Chls in W / O Emulsioni (A. ) In un protocollo preparativa, la fase organica viene miscelato con una fase acquosa, contenente WSCP purificato o lisati cellulari esprimenti E.coli WSCP. Quando l'emulsione è pronto, Chls sono aggiunti all'emulsione. Dopo ricostituzione, goccioline d'acqua sono separati da fase organica mediante centrifugazione. (B) W sistema di emulsione / O può essere utilizzato per throughput screening veloce e di alta per la ricostituzione positivo di WSCPs con Chls. La fluorescenza del complesso / Chl WSCP può essere rilevato direttamente dalle microgocce d'acqua da parte di un microscopio confocale. Clicca qui per vedere una versione più grande di questa figura.
Figura 2: Assorbanza e spettri CD di WSCP / Chl a Complessi apoproteine di quattro.Varianti WSCP sono stati ricostituiti con 10 volte eccesso molare di Chl a. Gli spettri di assorbimento (a) sono stati normalizzati per 1 a 673nm per BoWSCP (nero), CaWSCP (verde), e RshWSCP (blu) e 663nm per LvWSCP (rosso). Gli stessi fattori di normalizzazione sono stati applicati al CD (b). Riprodotto con il permesso di 16. Cliccate qui per vedere una versione più grande di questa figura.
Figura 3: la scansione microscopia a fluorescenza e Visual Proiezione di WSCP / Chl Assembly Complex (A) SDS-PAGE di E.. lisati cellulari coli BL21 prima e dopo ricostituzione con Chl a nelle emulsioni W / O. Corsia 1: cellule BL21 senza il plasmide WSCP, corsia 2: le cellule BL21 con il PLA WSCPSmid senza induzione con IPTG, corsia 3: cellule BL21 con il plasmide WSCP indotta con IPTG. Corsia 4, 5 e 6 sono gli stessi campioni come corsie 1, 2 e 3, rispettivamente, ma dopo separazione dell'acqua fase organica dalla fase dell'emulsione. Piccole aliquote di ciascun campione sono stati analizzati su un gel SDS-proteina. Corsia M: marcatore dimensioni delle proteine. Immagini dei campioni prima e dopo la separazione di fase sono mostrati in cima a ciascuna corsia. (B) immagini al microscopio confocale di goccioline W / O preparate con Chl a nella fase oleosa. Le goccioline sulla immagine a sinistra non contenevano alcuna proteina, mentre quelle sul diritto di immagine conteneva proteine WSCP. La fluorescenza è stata monitorata a 682 nm. Riprodotto con il permesso di 16. Cliccate qui per vedere una versione più grande di questa figura.
Il nostro obiettivo era quello di sviluppare un nuovo sistema generale per l'assemblaggio delle proteine clorofilla-binding solubili in acqua con pigmenti idrofobiche. Qui si dimostra che il nuovo sistema di ricostituzione basato su W / O emulsione è un approccio generale dimostrato di funzionare per l'assemblaggio di apoproteine WSCP da cavolini di Bruxelles, cavolfiore, rafano giapponese e Virginia pepperweed ricombinante espresse in E. coli. Qui i risultati sono presentati dalla ricostituzione di 1 mg di WSCP con 10 volte eccesso molare di Chl a. Tuttavia è anche possibile utilizzare concentrazioni più basse di WSCP per ricostruzioni e differenti / proteina rapporti molari Chl. La quantità minima di proteine, che siamo stati in grado di assemblare in emulsioni / O W era 100 mg, mentre il pigmento rapporto proteina potrebbe variare da 5: 1 e fino a 20: 1. Inoltre, il volume della fase acquosa potrebbe essere abbassata fino a 50 microlitri. In questo lavoro viene presentato l'assemblaggio di WSCP con Chl a. Tuttavia, è anche possibile montareWSCP con altri Chls idrofobici, BChls e loro derivati. Attualmente, stiamo testando il nostro sistema con altre proteine pigmento-binding solubili in acqua, come FMO e PCP.
Anche se, il nostro metodo è semplice e veloce ci sono alcuni passaggi critici, che devono essere considerati durante la preparazione / O W e la ricostituzione di WSCP con Chl. Le fiale di vetro, che sono utilizzati per la preparazione dell'emulsione, devono essere puliti e privi di detersivo. Anche piccole tracce di detergenti in fiale influenzerà la preparazione dell'emulsione e causare bassa qualità dell'emulsione. Inoltre, i flaconcini devono essere completamente asciutti. Altro passaggio fondamentale, che possa influenzare l'efficienza di ricostituzione, è completamente dispersione di Chl in fase organica di emulsione. Pertanto, è importante mescolare completamente un piccolo volume di Chl in 5 ml di emulsione. È altresì importante fare altrettante fasi necessarie per abbattere emulsione e rimuovere completamente l'olio minerale da fase acquosa. Eventuali tracce di oli minerali in acqua pHase potrebbe influenzare ulteriori esperimenti.
W / O emulsione è un approccio alternativo per il metodo stabilito dalla Schmidt et al. 11, che si basava su immobilizzare WSCP His-tag sulla cromatografia su colonna di affinità e incubazione con Chls. Anche se, il metodo di Schmidt et al., Ha dimostrato di lavorare per diverse WSCPs, richiede proteine His-tag e può provocare legame non specifico di Chls mediante legatura alle istidine del tag. Inoltre, immobilizzare proteine su una superficie solida può influenzare la struttura della proteina, influenzando così il processo di assemblaggio con pigmenti. Inoltre, Chl, che è stato utilizzato per il montaggio di WSCPs in questo sistema è stato sciolto in tampone contenente sia detersivi o 40% metanolo 11,12. Tali solventi possono causare aggregazione pigmento e / o non specifico legame Chl a WSCP. Il nostro nuovo sistema di ricostituzione basato su W / O emulsione non si basa su immobilizzare le proteine di supporto solido. therefore, non è richiesto alcun tag purificazione fuso WSCPs, e proteine ricombinanti con sequenza nativa può essere montato. Un altro importante vantaggio del metodo W / O è in minimizzare pigmenti aggregazione che possono influenzare l'efficienza ricostituzione, oligomerizzazione e stechiometria pigmento / proteina. Questo perché i pigmenti idrofobi sono disciolti nella fase oleosa e la loro introduzione nelle goccioline W / O è abilitato dalla superficie elevata in rapporto al volume di quest'ultimo. Inoltre, il legame aspecifico di Chls di WSCP sia aggirata dal pigmenti idrofobi non possono diffondere tra fasi organica ed acquosa dell'emulsione. Solo pigmenti che sono attivamente assemblati dal WSCP Durante la ricostituzione può entrare nel microgocce d'acqua dell'emulsione.
Metodo per assemblare WSCP con pigmenti mescolando WSCP con tilacoidi isolati 10 è simile al sistema di emulsione W / O qui presentata. Si richiede detergenti o solventi organici per Solubilizing le Chls, non codifica le proteine. Tuttavia, il metodo W / O può essere utilizzato con pigmenti che è solubile nella fase oleosa che il metodo precedente è limitato a Chls che sono nativamente presenti nelle membrane tilacoidi. Così, il montaggio con puro Chl a Chl o D è possibile da perché questi sono disponibili da tilacoidi cianobatteri di esempio. Synechocystis PCC 6803 o Acaryochloris marina, rispettivamente. Tuttavia, non è possibile ricostituire WSCP con Chl b poiché questo pigmento è sempre accompagnato da un Chl in tilacoidi. Al contrario, il montaggio WSCP in emulsione / O W può essere testato con qualsiasi Chl, BCHL o porfirina derivati naturali o artificiali. Non richiede utilizzando membrane fotosintetiche e, quindi, è libero da interferenze di componenti extra-membrana, come ficobilisoma che possono essere associate alle membrane di cianobatteri. Il metodo W / O è limitata solo dalla solubilità dei pigmenti nella fase oleosa unaND quindi adatto per il montaggio WSCP con qualsiasi Chl, BCHL o porfirina derivati naturali o artificiali.
In sintesi, abbiamo presentato qui un metodo generale per l'assemblaggio di proteine solubili in acqua con pigmenti idrofobiche. I suoi vantaggi sono stati di dimostrata dall'assemblea successo di Chl a diverse WSCPs ricombinanti da piante del genere Brassica, come chiaramente indicato dal spettroscopiche e risultati biochimici. Inoltre, abbiamo dimostrato come il protocollo di montaggio W / O può essere utilizzato per una rapida proiezione di WSCP / Chl assieme complesso utilizzando lisati cellulari E.coli iperespressione WSCPs ricombinanti ed estratti Chl greggio. In questo modo si può ignorare tempo fasi di purificazione di proteine e la necessità di rompere emulsioni per separare le goccioline d'acqua dalla fase organica può essere evitata anche mediante microscopia a fluorescenza per visualizzare direttamente l'assemblaggio in goccioline d'acqua. L'applicabilità generale del nuovo metodo permette un usostrumento per lo studio Ful vincolante cofattore e l'assemblaggio, e meccanismi energetico e trasferimento di elettroni in transmembrana complessi proteici-cofattore progettando e costruendo le loro semplificate analoghi proteine solubili in acqua artificiali.
Gli autori dichiarano di non avere interessi finanziari concorrenti.
DN riconosce il sostegno dell'Unione europea del 7 ° PQ progetti PEPDIODE (GA 256.672) e REGPOT-2012-2013-1 (GA 316.157), e un assegno di ricerca personale (n ° 268/10) dalla Israel Science Foundation. Ringraziamo il Prof. Shmuel Rubinstein, Facoltà di Ingegneria e Scienze Applicate, Università di Harvard, Cambridge, MA, USA per prendere le immagini di microscopia confocale.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Mineral oil | Sigma | M5904 | |
Span80 | Sigma | 85548 | |
Tween80 | Sigma | P8074 | |
Bio-Scale Mini Profinity eXact Cartridges | Bio Rad | 10011164 | Affinity chromatography for WSCP purification with native sequence. |
His Trap HF column | GE Healthcare Life Science | 17-5248-02 | Affinity chromatography for WSCP purification with His-tag |
DEAE Sepharose Fast Flow | GE Healthcare Life Science | 17-0709-01 | Chromatography medium for chlorophyll purification |
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