Method Article
Ce manuscrit décrit une méthode simple et à haut débit pour l'assemblage des protéines solubles dans l'eau avec des pigments hydrophobes qui est basée sur des émulsions eau-dans-huile. Nous démontrons l'efficacité de la méthode dans l'ensemble des chlorophylles indigènes avec quatre variantes de l' eau-soluble dans la chlorophylle recombinante des protéines de liaison (WSCPs) de plantes Brassica exprimé dans E. coli.
Chlorophylles (CHLS) et bactériochlorophylles (BCHLS) sont les cofacteurs primaires qui effectuent la récolte de lumière photosynthétique et de transport d'électrons. Leur fonctionnalité dépend essentiellement de leur organisation spécifique au sein de grandes et complexes complexes protéiques multimérique transmembranaires. Afin de comprendre au niveau moléculaire comment ces complexes facilitent la conversion de l'énergie solaire, il est essentiel de comprendre la protéine-pigment, et les interactions pigment pigment, et leur effet sur la dynamique excités. Une façon d'obtenir une telle compréhension est par la construction et à l'étude des complexes de CHLS avec des protéines recombinantes solubles dans l'eau simples. Cependant, l'incorporation des CHLS et BCHLS lipophiles dans les protéines solubles dans l'eau est difficile. De plus, il n'y a pas de méthode générale qui pourrait être utilisé pour l'assemblage des protéines solubles dans l'eau avec des pigments hydrophobes. Ici, nous démontrons un système de débit simple et haute à base d'émulsions eau dans l'huile, ce qui permet le culembly de protéines solubles dans l'eau avec CHLS hydrophobes. La nouvelle méthode a été validée par l' assemblage des versions recombinantes de la protéine de liaison à la chlorophylle soluble dans l'eau des plantes brassicacées (WSCP) avec un Chl. Nous démontrons l'assemblage réussi de Chl a l' aide de lysats bruts de WSCP exprimant E. cellule coli, qui peut être utilisé pour le développement d' un système de criblage génétique pour de nouvelles protéines Chl liant soluble dans l'eau, et pour l' étude des interactions Chl-protéine et des procédés d'assemblage.
des pigments hydrophobes tels que les chlorophylles (CHLS), bactériochlorophylles (Bchl) et caroténoïdes sont des cofacteurs primaires dans les centres réactionnels photosynthétiques et les protéines de récolte de lumière qui effectuent le transport d'électrons, et la capture de l'énergie lumineuse et de transfert. Les centres réactionnels et la plupart des antenne collectrice CHL-liaison sont des protéines transmembranaires. La protéine Fenna-Matthews-Olson (FMO) des bactéries vert-soufre photosynthétique non oxygénés 1,2, et la protéine péridinine-Chl (PCP) de dinoflagellés 3 sont des exemples exceptionnels de protéines lumière de récolte solubles dans l'eau. La liaison chlorophylle protéines solubles dans l'eau (WSCPs) de Brassicaceae, Polygonaceae, Chénopodiacées et plantes Amaranthacées 4, 5 sont un autre exemple unique, mais contrairement à FMO et le PCP, ceux - ci ne sont ni impliqués dans la récolte de lumière ni dans aucun de la réaction photosynthétique primaire et leur phy précisefonctions siologique sont pas encore claires 5-8. Leur grande affinité Chl liaison ont conduit à une fonction proposée en tant que porteurs transitoires de CHLS et dérivés de Chl 9,10. Alternativement, il a émis l' hypothèse que WSCP joue un rôle dans la récupération des CHLS dans les cellules endommagées et protège contre les dommages photooxydation Chl-induite 7,11-13. Plus récemment, il a été suggéré que les fonctions de WSCP comme un inhibiteur de protéase et joue un rôle lors de la résistance à l'herbivore et régule la mort cellulaire au cours du développement de la fleur 14. WSCPs sont divisés en deux grandes catégories en fonction de leurs propriétés photophysiques. La première classe (classe I, par exemple. De Chenopodium album) peut subir photoconversion lors de l' illumination. WSCPs de classe II à partir de plantes Brassica, qui ne subissent pas photoconversion 5,10, sont subdivisées en classe IIa (par exemple., De Brassica oleracea, Raphanus sativus) et IIb (par ex., À partir de Lepidium virginicum ). La structure de la classe IIb WSCP de Lepidium virginicum a été résolu par cristallographie aux rayons X à une résolution de 2,0 Å 8. Elle révèle une homotétramère symétrique dans laquelle les sous-unités protéiques forment un noyau hydrophobe. Chaque sous-unité se lie un seul Chl qui se traduit par un arrangement serré de quatre CHLS serrées dans les core.This simples tout arrangement Chl fait WSCPs un système modèle potentiellement utile pour l'étude de la liaison et l'assemblage de complexes Chl-protéine, et les effets de CHLS voisins et les environnements de protéines sur les propriétés spectrales et électroniques de CHLS individuels. En outre, il peut fournir des modèles de construction de protéines artificielles Chl de liaison qui peuvent être utilisés pour des modules collecteurs de lumière dans les dispositifs photosynthétiques artificiels.
Des études rigoureuses de WSCPs natifs ne sont pas réalisables parce que les complexes purifiés à partir de plantes contiennent toujours un mélange hétérogène de tétramères avec différentes combinaisons de Chl aet Chl b 9. Ainsi, un procédé d'assemblage WSCPs exprimées par recombinaison in vitro avec CHLS est nécessaire. Ceci est contesté par la solubilité dans l' eau négligeable de CHLS ce qui rend impossible d'assembler le complexe in vitro en mélangeant simplement les apoprotéines solubles dans l'eau avec des pigments dans des solutions aqueuses. Assemblage in vitro en mélangeant les apoprotéines avec membranes thylacoïdes 15 a été démontrée, mais cette méthode est limitée à l'indigène CHLS présent dans les thylakoïdes. Schmidt et al. rapport sur l' assemblage de plusieurs dérivés de Chl et BChl avec WSCP de chou - fleur (CaWSCP) en exprimant une protéine recombinante marquée à l' histidine dans E. coli immobilisant sur une colonne Ni-affinité et l' introduction de dérivés de Chl solubilisés dans les détergents 11. Réussir reconstitution de WSCPs recombinants de A. thaliana 6, et les choux de Bruxelles (BoWSCP), radis sauvage japonais (RshWSCP) und Virginia pepperweed (LvWSCP) par un procédé similaire ont également été signalés.
Ici, nous présentons un roman, général, méthode simple pour l'assemblage CHLS avec WSCP qui ne nécessitent pas de marquage ou immobilisant les protéines. Elle repose sur la préparation d'émulsions à partir de leurs solutions aqueuses des apoprotéines solubles dans l'eau dans de l'huile minérale. Les protéines sont ainsi encapsulés dans (E / H) avec des micro - gouttelettes très grande surface dans l'huile dans l'eau à rapport volumétrique 16. Les cofacteurs hydrophobes sont ensuite dissous dans l'huile et sont facilement introduits dans les gouttelettes de la phase huileuse. Nous rapportons sur l' utilisation du procédé d'assemblage de plusieurs variantes de apoprotéines WSCP exprimées par recombinaison dans E. coli avec un Chl. Nous démontrons l'ensemble du lysat brut de bactéries WSCP surexprimant qui peuvent être utilisés en tant que système de criblage pour le développement de nouvelles protéines de liaison Chl.
1. Préparation de Chl un stock Solutions
2. Préparation de la phase organique de l'émulsion
Remarque: la phase organique de l'émulsion est composée d'huile minérale contenant 4,5% (v / v) de Span 80 et 0,4% (v / v) de Tween 80.
3. Préparation de la phase aqueuse de l'émulsion
Note: La phase aqueuse de l'émulsion peut être constituée soit de WSCP purifié, ou d'un extrait brut des bactéries surexprimant WSCP.
4. Assemblée des WSCP avec Chl a en Emulsion
Apoprotéines WSCP recombinants ont été assemblés avec un Chl dans les émulsions E / H selon le protocole décrit dans la section précédente. Le protocole a été réalisé en utilisant des phases aqueuses contenant soit WSCPs purs, ou des lysats de E. coli surexprimant les cellules WSCP (figure 1). Le protocole est simple, rapide et ne nécessite aucun équipement spécial, sauf un homogénéisateur de tissu.
L'absorbance et les spectres CD de Chl a des complexes de quatre variantes de WSCP recombinantes, à savoir RshWSCP, CaWSCP, BoWSCP et LvWSCP sont présentés dans la figure 2. Elles sont similaires en forme de bande et la position des spectres précédemment rapporté des complexes natifs respectifs 10,18, 19. Ces résultats montrent clairement que WSCP / Chl complexes reconstitués dans le système W / O émulsion ressemble à des complexes natifs.
Pour démontrer le potentiel de W / O émulsion comme un système de dépistage rapide pour l' assemblage positif de WSCPs avec CHLS, lysats bruts de cellules de E. coli exprimant WSCPs ont été utilisés comme phase aqueuse de l'émulsion. Les lysats de bactéries qui n'exprimaient WSCPs ont été utilisés comme témoin négatif. Ensemble positif de WSCP avec un Chl est facilement observée par la couleur verte de la phase aqueuse, mais seulement dans des lysats de cellules exprimant le WSCP (figure 3). Gouttelettes contenant ces lysats caractéristique distincte Chl une fluorescence dans les images de microscopie confocale. Cela implique que l'assemblage réussi de complexes WSCP / Chl peut être détectée directement dans les gouttelettes d'eau, qui peuvent être à la base de systèmes de criblage à base d'émulsion E / S.
Figure 1: Assemblage de WSCP avec CHLS en W / O Emulsions (A. ) Dans un protocole préparative, la phase organique est mélangée avec une phase aqueuse, qui contient WSCP E. coli purifiée ou des lysats de cellules exprimant WSCP. Lorsque l'émulsion est prête, CHLS sont ajoutés à l'émulsion. Après reconstitution, les gouttelettes d'eau sont séparées de la phase organique par centrifugation. (B) W / système d'émulsion O peut être utilisé pour le criblage à haut rapide et pour la reconstitution positive de WSCPs avec CHLS. La fluorescence du complexe / Chl de WSCP peut être détectée directement à partir des microgouttelettes d'eau par un microscope confocal. S'il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.
Figure 2: Absorbance et spectres CD de WSCP / Chl a Complexes apoprotéines de quatre.Variantes de WSCP ont été reconstitués avec 10 fois en excès molaire de Chl a. Les spectres d'absorption (a) ont été normalisées à 1 à 673nm pour BoWSCP (noir), CaWSCP (vert), et RshWSCP (bleu) et 663nm pour LvWSCP (rouge). Les mêmes facteurs de normalisation ont été appliqués sur le CD - ROM (b). Reproduit avec la permission de 16. S'il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.
Figure 3: Numérisation Fluorescence Microscopy and Screening visuelle de l' Assemblée Complex WSCP / Chl (A) SDS-PAGE de E.. coli BL21 lysats cellulaires avant et après reconstitution avec une Chl dans les émulsions E / H. Lane 1: cellules BL21 sans le plasmide WSCP, piste 2: les cellules BL21 avec le ferm WSCPsmid sans induction par l'IPTG, piste 3: cellules BL21 avec le plasmide WSCP induite par IPTG. Piste 4, 5 et 6 sont les mêmes échantillons que les voies 1, 2 et 3, respectivement, mais après séparation de la phase aqueuse de la phase organique de l'émulsion. De petites aliquotes de chaque échantillon ont été entraînés sur un gel de SDS-protéine. Lane M: protéine marqueur de taille. Des images des échantillons avant et après la séparation de phase sont représentés sur le dessus de chaque voie. (B) images de microscopie confocale de W gouttelettes / S préparés avec Chl a dans la phase huileuse. Les gouttelettes sur l'image de gauche ne contiennent pas de protéines alors que celles sur l'image de droite contenait la protéine WSCP. Fluorescence a été contrôlée à 682 nm. Reproduit avec la permission de 16. S'il vous plaît cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.
Notre objectif était de développer un nouveau système général pour l'assemblage des protéines de chlorophylle liant soluble dans l'eau avec des pigments hydrophobes. Ici , il est indiqué que le nouveau système de reconstitution basée sur émulsion E / H est une approche générale éprouvée à travailler pour l' assemblage des apoprotéines WSCP de choux de Bruxelles, chou - fleur, raifort japonais et Virginia pepperweed exprimées par recombinaison dans E. coli. Voici les résultats sont présentés à partir de la reconstitution de 1 mg de WSCP avec un excès molaire de 10 fois de Chl a. Cependant, il est également possible d'utiliser des concentrations plus faibles de WSCP et différents pour les reconstitutions / protéine rapports molaires Chl. La quantité minimale de protéines, ce qui nous a permis de monter dans les émulsions E / H a été de 100 ug, tandis que le rapport du pigment à la protéine peut varier de 5: 1 jusqu'à 20: 1. En outre, le volume de la phase aqueuse peut être abaissée jusqu'à 50 ul. Dans ce travail , l'assemblage de WSCP avec Chl a est présenté. Pourtant, il est également possible d'assemblerWSCP avec d'autres CHLS hydrophobes, BCHLS et leurs dérivés. À l'heure actuelle, nous testons notre système avec d'autres protéines de pigment liant soluble dans l'eau tels que les FMO et le PCP.
Bien, notre méthode est simple et rapide il y a quelques étapes essentielles qui doivent être pris en considération lors de la préparation W / S et la reconstitution de WSCP avec Chl. Les flacons de verre, qui sont utilisés pour la préparation de l'émulsion, doivent être propres et exempts de détergent. Même de petites traces de détergents dans des flacons auront une incidence sur la préparation de l'émulsion et entraîner une faible qualité de l'émulsion. En outre, les flacons doivent être complètement sec. Autre étape cruciale, ce qui pourrait influer sur l'efficacité de la reconstitution, est soigneusement dispersion de Chl en phase organique de l'émulsion. Par conséquent, il est important de mélanger complètement un petit volume de Chl dans 5 ml d'émulsion. Il est également important de faire autant d'étapes que nécessaire pour briser l'émulsion et supprimer complètement l'huile minérale de la phase d'eau. Toute trace d'huile minérale dans l'eau pHase pourrait influencer d'autres expériences.
Émulsion E / H est une approche alternative pour la méthode établie par Schmidt et al. 11, qui était basée sur immobilisant WSCP His-tagged sur une colonne de chromatographie d' affinité et l' incubation avec CHLS. Bien que, la méthode de Schmidt et al., A prouvé à travailler pour différents WSCPs, il exige des protéines His-tagged et peut entraîner une liaison non-spécifique de CHLS par ligature des histidines de la balise. De plus, immobiliser des protéines sur une surface solide peut influencer la structure des protéines, influençant ainsi le processus d'assemblage avec des pigments. En outre, CHL, qui a été utilisé pour l' assemblage de WSCPs dans ce système a été dissous soit dans un tampon contenant des détergents ou 40% de methanol 11,12. De tels solvants peuvent entraîner une agrégation de pigment et / ou une liaison non spécifique à la Chl WSCP. Notre nouveau système de reconstitution basée sur émulsion E / H ne repose pas sur l'immobilisation des protéines support solide. Therefore, aucune étiquette de purification fusionnée à WSCPs est nécessaire, et des protéines recombinantes avec la séquence naturelle peut être assemblé. Un autre avantage important du procédé W / O est en réduisant au minimum l'agrégation des pigments qui peuvent influer sur l'efficacité de reconstitution, d'oligomérisation et de pigment / protéine stoechiométrie. En effet, les pigments hydrophobes sont dissous dans la phase huileuse et leur introduction dans les gouttelettes W / O est activé par la surface à haut rapport de volume de celui-ci. En outre, la liaison non spécifique de CHLS par WSCP est contourné puisque les pigments hydrophobes ne peuvent pas diffuser entre phases organique et aqueuse de l'émulsion. Seuls les pigments qui sont activement assemblés par WSCP lors de la reconstitution peuvent entrer dans les microgouttes d'eau de l'émulsion.
Procédé d'assemblage WSCP avec des pigments en mélangeant avec WSCP thylakoïdes isolés 10 est similaire au système d'émulsion E / H présenté ici. Il ne nécessite des détergents ou des solvants organiques pour solubilizing les CHLS, ni marquage des protéines. Cependant, la méthode W / O peut être utilisé avec tous les pigments qui est soluble dans la phase huileuse alors que la méthode précédente est limitée à CHLS qui sont nativement présentes dans les membranes thylakoïdes. Ainsi, l' assemblage avec pur Chl a ou Chl d est possible à partir car ceux - ci sont disponibles auprès de thylakoïdes cyanobactériens de par exemple. Synechocystis PCC 6803 ou Acaryochloris marina, respectivement. Cependant, il est impossible de reconstituer le WSCP avec Chl b étant donné que ce pigment est toujours accompagné d'un Chl dans thylakoïdes. En revanche, l'ensemble de WSCP en émulsion E / H peut être testée avec toute Chl, BChl ou les dérivés de porphyrines naturelles ou artificielles. Il ne nécessite pas l'aide de membranes photosynthétiques et, par conséquent, il est libre de toute interférence des composants extra-membranaires tels que phycobilisome qui peuvent être attachés à des membranes de cyanobactéries. Le procédé W / O est limitée uniquement par la solubilité des pigments dans la phase huileuse d'unend donc approprié pour le montage de WSCP avec des Chl, BChl ou porphyrine dérivés naturels ou artificiels.
En résumé, nous avons présenté ici une méthode générale pour l'assemblage des protéines solubles dans l'eau avec des pigments hydrophobes. Ses avantages ont été démontrés par l'assemblage réussi de Chl a avec différents WSCPs recombinants à partir de plantes Brassica aussi clairement indiquées par spectroscopique et les résultats biochimiques. De plus, nous avons démontré comment le protocole d'assemblage W / O peut être utilisé pour le criblage rapide de WSCP / Chl assemblage complexe en utilisant des lysats de cellules de E. coli recombinantes surexprimant WSCPs et extraits bruts Chl. De cette façon, nous pouvons passer du temps des étapes de purification des protéines et de la nécessité de briser les émulsions afin de séparer les gouttelettes d'eau de la phase organique peut également être évité en utilisant la microscopie à fluorescence pour visualiser directement l'ensemble dans des gouttelettes d'eau. L'applicabilité générale de la nouvelle méthode permet une utilisationoutil ful pour étudier la liaison cofacteur et d'assemblage, et des mécanismes à l'énergie et transfert d'électrons dans les complexes protéine-cofacteur transmembranaires en concevant et en construisant leurs analogues protéiques simplifiés artificiels solubles dans l'eau.
Les auteurs déclarent qu'ils ont aucun intérêt financier concurrents.
DN reconnaît le soutien de projets européens FP7 PEPDIODE (GA 256672) et REGPOT-2012-2013-1 (GA 316.157), et une subvention de recherche personnelle (n ° 268/10) de la Science Foundation Israël. Nous remercions le Pr Shmuel Rubinstein, École d'ingénierie et de sciences appliquées, Université de Harvard, Cambridge MA, États-Unis pour prendre les images de microscopie confocale.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Mineral oil | Sigma | M5904 | |
Span80 | Sigma | 85548 | |
Tween80 | Sigma | P8074 | |
Bio-Scale Mini Profinity eXact Cartridges | Bio Rad | 10011164 | Affinity chromatography for WSCP purification with native sequence. |
His Trap HF column | GE Healthcare Life Science | 17-5248-02 | Affinity chromatography for WSCP purification with His-tag |
DEAE Sepharose Fast Flow | GE Healthcare Life Science | 17-0709-01 | Chromatography medium for chlorophyll purification |
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