מודל אקולוגי מבוסס אגרוז לטיפוח מתאנוטרופים בשיפוע מונה מתאן-חמצן

רצינו לתכנן דרך פשוטה וזולה לגדל חיידקים מחמצני מתאן במעבדה שדומים יותר לסביבה הטבעית. רצינו לעשות זאת כדי לחשוף פנוטיפים חיידקיים שחסרים בתנאי תרבית מעבדה סטנדרטיים, ובסופו של דבר לקשר את הפנוטיפים האלה לגורמים הגנטיים שלהם. מזרק השיפוע הוא הגרסה הפשוטה של שיטות שתוארו קודם לכן לתרבית מתאנוטרופים בשיפוע מונה מתאן-חמצן.

שיטה זו אינה דורשת זרימה רציפה של מצעי גז, מה שמאפשר להריץ מספר העתקים במקביל. אנו יכולים גם לבצע בדיקות ביוכימיות ישירות על החיידקים המתורבתים בתוך האגרוז. לחוקרים יש גישה כמעט בלתי מוגבלת לרצפי גנום חיידקיים, אך עדיין קשה לשים את כל המידע הזה בהקשר.

הממצאים שלנו מראים כי חיוני לקחת בחשבון את הסביבה שבה התפתח חיידק, כדי להבין טוב יותר את תפקידם של גנים בודדים. אנו מתכננים להשתמש בטכניקות כמו מטבולומיקה השוואתית ופרוטאומיקה כדי ללמוד עוד על האופן שבו מתאנוטרופים מגיבים למיקומם בתוך שיפוע מונה מתאן-חמצן. יש לנו גם תוכניות לתרבית זנים מרובים באותו מזרק הדרגתי כדי לראות כיצד הם מתקשרים בהקשר שנפתר מרחבית.