Ecosistema modelo basado en agarosa para el cultivo de metanótrofos en un contragradiente de metano-oxígeno

Queríamos diseñar una forma sencilla y económica de cultivar bacterias oxidantes de metano en el laboratorio que se asemejara más al entorno natural. Queríamos hacer esto para descubrir fenotipos bacterianos que faltan en las condiciones estándar de cultivo de laboratorio y, en última instancia, vincular estos fenotipos con sus determinantes genéticos. La jeringa de gradiente es la versión simplificada de los métodos descritos anteriormente para cultivar metanótrofos en un contragradiente de metano-oxígeno.

Este método no requiere flujos continuos de sustratos de gas, lo que permite ejecutar múltiples réplicas en paralelo. También podemos realizar ensayos bioquímicos directamente sobre las bacterias cultivadas dentro de la agarosa. Los investigadores tienen acceso prácticamente ilimitado a las secuencias del genoma bacteriano, pero aún es difícil poner toda esta información en contexto.

Nuestros hallazgos muestran que es fundamental considerar el entorno en el que evolucionó una bacteria, para comprender mejor el papel de los genes individuales. Planeamos utilizar técnicas como la metabolómica comparativa y la proteómica para aprender más sobre cómo responden los metanótrofos a su posición dentro del contragradiente de metano-oxígeno. También tenemos planes para cultivar múltiples cepas en la misma jeringa de gradiente para ver cómo interactúan en un contexto espacialmente resuelto.