النظام البيئي النموذجي القائم على الأغاروز لزراعة الميثانوتروف في تدرج مضاد للميثان والأكسجين

أردنا تصميم طريقة بسيطة وغير مكلفة لزراعة البكتيريا المؤكسدة للميثان في المختبر والتي تشبه إلى حد كبير البيئة الطبيعية. أردنا القيام بذلك للكشف عن الأنماط الظاهرية البكتيرية المفقودة من ظروف الثقافة المختبرية القياسية ، وفي النهاية ربط هذه الأنماط الظاهرية بمحدداتها الجينية. حقنة التدرج هي النسخة المبسطة من الطرق الموصوفة سابقا لاستزراع الميثانوتروف في تدرج مضاد للميثان والأكسجين.

لا تتطلب هذه الطريقة تدفقات مستمرة من ركائز الغاز ، مما يسمح بتشغيل العديد من النسخ المتماثلة على التوازي. يمكننا أيضا إجراء فحوصات كيميائية حيوية مباشرة على البكتيريا المزروعة داخل الأغاروز. يتمتع الباحثون بوصول غير محدود تقريبا إلى تسلسل الجينوم البكتيري ، ولكن لا يزال من الصعب وضع كل هذه المعلومات في سياقها.

تظهر النتائج التي توصلنا إليها أنه من الأهمية بمكان النظر في البيئة التي تطورت فيها البكتيريا ، لفهم دور الجينات الفردية بشكل أفضل. نخطط لاستخدام تقنيات مثل الأيض المقارن والبروتينات لمعرفة المزيد حول كيفية استجابة الميثانوتروف لموقعها داخل تدرج مضاد الميثان والأكسجين. لدينا أيضا خطط لاستزراع سلالات متعددة في نفس المحقنة المتدرجة لمعرفة كيفية تفاعلها في سياق تم حله مكانيا.