Method Article
המאמר מסביר כיצד להסיר באופן כירורגי עיניים מזחלי דגי זברה חיים כצעד ראשון לקראת חקירת האופן שבו קלט רשתית משפיע על צמיחת והתפתחות של טקטום אופטי. בנוסף, המאמר מספק מידע על הרדמה של זחלים, קיבוע וכריתת מוח, ולאחר מכן אימונוהיסטוכימיה והדמיה קונפוקלית.
דגי זברה מפגינים יכולות צמיחה והתחדשות יוצאות דופן לאורך כל החיים. לדוגמה, נישות מיוחדות של תאי גזע שהוקמו במהלך העובריות תומכות בצמיחה מתמשכת של מערכת הראייה כולה, הן בעין והן במוח. צמיחה מתואמת בין הרשתית לבין טקטום אופטי מבטיחה מיפוי רטינוטופי מדויק כאשר נוירונים חדשים מתווספים לעיניים ולמוח. כדי לענות על השאלה אם אקסונים של הרשתית מספקים מידע חיוני לוויסות התנהגויות של גזע טקטלי ותאי אב כגון הישרדות, התפשטות ו/או התמיינות, יש צורך להיות מסוגלים להשוות אונות טקטליות מופנמות ומנוכרות בתוך אותה חיה ובין בעלי חיים.
הסרה כירורגית של עין אחת מדגי זברה זחליים חיים ולאחר מכן תצפית על טקטום אופטי משיגה מטרה זו. הסרטון הנלווה מדגים כיצד להרדים זחלים, לחדד באופן אלקטרוליטי מחטי טונגסטן ולהשתמש בהם כדי להסיר עין אחת. לאחר מכן הוא מראה כיצד לנתח מוחות מזחלי דגי זברה קבועים. לבסוף, הסרטון מספק סקירה כללית של הפרוטוקול לאימונוהיסטוכימיה והדגמה כיצד להרכיב עוברים מוכתמים באגרוז בעל נקודת התכה נמוכה לצורך מיקרוסקופיה.
מטרת שיטה זו היא לחקור כיצד קלט רשתית משפיע על הגדילה וההתפתחות של טקטום אופטי, מרכז העיבוד החזותי במוח דגי הזברה. על ידי הסרת עין אחת ולאחר מכן השוואת שני הצדדים של טקטום אופטי, ניתן לצפות ולנרמל שינויים טקטליים בתוך אותה דגימה, מה שמאפשר השוואה בין דגימות מרובות. גישות מולקולריות מודרניות בשילוב עם טכניקה זו יניבו תובנות על המנגנונים העומדים בבסיס הצמיחה וההתפתחות של מערכת הראייה, כמו גם על ניוון והתחדשות אקסונאלית.
מערכות חושיות - חזותיות, שמיעתיות וסומטוסנסוריות - אוספות מידע מאיברים חיצוניים ומעבירות את המידע הזה למערכת העצבים המרכזית, ויוצרות "מפות" של העולם החיצוני על פני המוח האמצעי 1,2. ראייה היא השיטה החושית הדומיננטית עבור כמעט כל בעלי החוליות, כולל דגים רבים. הרשתית, הרקמה העצבית בעין, אוספת מידע עם מעגל עצבי המורכב בעיקר מפוטורצפטורים, תאים דו קוטביים ותאי גנגליון רשתית (RGCs), נוירוני ההקרנה של הרשתית. ל-RGCs יש אקסונים ארוכים שמוצאים את דרכם על פני השטח הפנימיים של הרשתית אל ראש עצב הראייה, שם הם מתפתלים ונעים יחד דרך המוח, ובסופו של דבר מסתיימים במרכז העיבוד החזותי במוח האמצע הגבי. מבנה זה נקרא טקטום אופטי בדגים ובבעלי חוליות אחרים שאינם יונקים והוא הומולוגי לקוליקולוס העליון ביונקים3.
טקטום אופטי הוא מבנה רב שכבתי סימטרי דו-צדדי במוח האמצע הגבי. בדגי זברה וברוב הדגים האחרים, כל אונה של טקטום אופטי מקבלת קלט חזותי אך ורק מהעין הקונטרולטרלית, כך שעצב הראייה השמאלי מסתיים באונה הטקטלית הימנית ועצב הראייה הימני מסתיים באונה הטקטלית השמאלית4 (איור 1). בדומה למקבילו היונקים, הקוליקולוס המעולה, טקטום אופטי משלב מידע חזותי עם קלטים חושיים אחרים, כולל אודישן וסומטוסנסציה, שליטה בשינויים בקשב החזותי ובתנועות עיניים כגון סקאדות 1,5,6. עם זאת, שלא כמו הקוליקולוס העליון של היונקים, הטקטום האופטי מייצר ברציפות נוירונים וגליה חדשים מגומחת תאי גזע מיוחדת ליד הקצוות המדיאליים והקאודלים של האונות הטקטליות הנקראות אזור ההתרבותהטקטלית 7. תחזוקה של אבות מתרבים בטקטום האופטי ובאזורים אחרים במערכת העצבים המרכזית תורמת, בין השאר, ליכולת ההתחדשות המדהימה המתועדת בדגי זברה8.
עבודות קודמות שבחנו את מוחותיהם של דגים עיוורים או חדי עין גילו כי גודל טקטום אופטי עומד ביחס ישר לכמות העצבנות ברשתית שהוא מקבל 9,10,11. בדגי מערות בוגרים, שעיניהם מתנוונות באמבריוגנזה מוקדמת, טקטום הראייה קטן באופן ניכר מזה של דגי פני השטח הקרובים, בעלי הראייה הקרובה9. ניתן לחסום את ניוון העיניים של דגי המערות על ידי החלפת העדשה האנדוגנית בעדשה של דג פני השטח במהלך העובר. כאשר דגי מערות חדי עין אלה גדלים לבגרות, האונה הטקטלית העצבנית מכילה כ-10% יותר תאים מאשר האונה הטקטלית שאינה מוחננת9. באופן דומה, בדגי קטל זחלים שעברו טיפולים כימיים כדי ליצור עיניים בגדלים שונים בתוך אותו אדם, הצד של הטקטום עם יותר עצבנות היה גדול יותר והכיל יותר נוירונים10. עדויות מניסויים בריסוק עצבי ראייה בדגי זהב בוגרים מצביעות על כך שהתרבות העצבנות מקדמת התפשטות, כאשר התפשטות תאי הכרק פוחתת כאשר העצבנות שובשה11.
כדי לאשר ולהרחיב את המחקרים הקלאסיים האלה, כמה דיווחים עדכניים מספקים נתונים המצביעים על כך שהתפשטות בתגובה להפנמה מווסתת, לפחות בחלקה, על ידי מסלול BDNF-TrkB12,13. שאלות פתוחות רבות לגבי גדילה והתפתחות של טקטום אופטי נותרו בעינן, כולל כיצד מערכת חושית מתפתחת מתמודדת עם פציעה וניוון אקסון, אילו אותות תאיים ומולקולריים מאפשרים לקלט רשתית לווסת את צמיחת הטקטום האופטי, מתי מנגנונים אלה הופכים לפעילים, והאם התפשטות והתמיינות הקשורות לעירוי העצבנות מאפשרות לרשתית ולרקמת היעד שלה לתאם את קצבי הגדילה ולהבטיח מיפוי רטינוטופי מדויק. בנוסף, ישנן שאלות הרבה יותר גדולות על התפתחות תלוית פעילות שניתן לטפל בהן על ידי חקירת מערכת הראייה של דגי הזברה עם גישות כירורגיות כמו זו המתוארת להלן.
כדי לחקור את המנגנונים התאיים והמולקולריים שבאמצעותם פעילות עצבית, במיוחד מתוך קלט חזותי, משנה את הישרדות התאים ואת התפשטותם, הגישה המתוארת משווה באופן ישיר בין אונות טקטליות עצבוניות ומנוכרות (איור 1) בתוך זחלי דגי זברה בודדים. שיטה זו מאפשרת תיעוד של התנוונות אקסון RGC בטקטום האופטי ואישור לכך שמספר התאים המיטוטיים מתואם עם העצבנות.
איור 1: רישומים של זחלי דגי זברה לפני ואחרי הסרת עיניים חד-צדדית. (A) ציור של 5 זחלי dpf כפי שנצפו תחת מיקרוסקופ מנתח. כל זחל משובץ באגרוז בעל נקודת התכה נמוכה ומכוון לרוחב לפני שמחט טונגסטן עם קצה חד ומחובר משמשת כדי להוציא את העין הפונה כלפי מעלה (עין שמאל בדוגמה זו). (B) ציור הנוף הגבי של זחל 9 dpf כתוצאה מהניתוח המתואר ב-A. רק שלושה אקסוני RGC שעברו מיפוי גבוה מעין ימין נראים מתייבשים ומתחברים לנוירונים באונה הטקטלית השמאלית. קיצורים: dpf = ימים לאחר ההפריה; dps = ימים לאחר הניתוח; RGC = תאי גנגליון רשתית. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.
השיטות במאמר זה נערכו בהתאם להנחיות ולאישור הוועדות המוסדיות לטיפול ושימוש בבעלי חיים של ריד קולג' ויוניברסיטי קולג' בלונדון. עיין בטבלת החומרים לקבלת פרטים על זני דגי זברה ששימשו במחקר זה.
1. הכינו חומרים וכלים
2. איסוף וגידול עוברים
3. הכינו זחלים לניתוח
4. הסרת עיניים
5. טיפול לאחר הניתוח עד לנקודת הסיום הניסויית
6. תיקון זחלים
7. ניתוח זחלים כדי לחשוף מוחות (מותאמים מ-15)
8. התייבשות המוח ואחסון
9. אימונוהיסטוכימיה
הערה: פרוטוקולים מבוססים עבור טכניקות שימושיות רבות של Wholemount בדגי זברה ניתן למצוא ב- ZFIN20. כתב היד הזה מספק דוגמאות להשוואה בין זחלים חדי עין וזחלים בעלי שתי עיניים שהיו נגועים בנוגדנים שמזהים את החלבון הפלואורסצנטי האדום (RFP), המבוטא באקסונים של עצב הראייה בקו Tg[atoh7:RFP] (איור 2), או בהיסטון H3 (PH3) שעבר זרחון, המדגיש תאים מיטוטיים (איור 3). פרוטוקול אימונוהיסטוכימיה סטנדרטי לעוברים וזחלים שלמים מסוכם להלן.
10. הרכבה והדמיה
כדי לוודא אם הסרת העיניים הושלמה ולהעריך כיצד הטקטום האופטי משתנה, בוצעו ניתוחים בזן Tg[atoh7:RFP], המסמנת את כל ה-RGCs עם RFP ממוקד ממברנה, וכך גם את כל האקסונים המקרינים מהרשתית ויוצרים את עצב הראייה24. למרות ששימוש בזן זה אינו הכרחי לחלוטין, הוא מאפשר תצפית והדמיה פשוטה של עצב הראייה בנוירופיל טקטום אופטי. גישות אחרות לתיוג עצב הראייה, כגון מעקב אחר אקסון עם צבעי DiI ליפופיליים או DiO25,26 או תיוג מולטיספקטרלי עם brainbow27, יהיו אפשריות גם הן.
כפי שניתן לראות באיור 2, התנוונות הדרגתית של אקסונים ברשתית בנוירופיל טקטום אופטי נצפתה לאחר הסרת העיניים. במשך יומיים לאחר הניתוח, אקסונים שסומנו על ידי RFP הפגינו סימני היכר של התנוונות וולרית מהירה28 כגון בליבה ופיצול (איור 2A,B). עבודות אחרונות הראו כי מיקרוגליה בולעת יותר חומר מיאלין כאשר נוירונים מושתקים29. בהתאם למיקרוגליה שבלעה פיסות של אקסוני ה-RGC המתנוונים ונודדת הרחק ממקור הניוון, נצפתה פונקטה בהירה המסומנת על-ידי RFP בתוך ומחוץ לנוירופיל הטקטלי (איור 1B, חצים). בארבעה ימים לאחר הניתוח, אקסונים מקוטעים ופסולת אקסונאלית המסומנת על ידי RFP מופחתים במידה ניכרת באחת מהאונה הטקטלית, מה שמעיד על פינוי מהיר יחסית של האקסונים הגוססים והמתנוונים (איור 2C,D).
כדי לבצע אימונוהיסטוכימיה מלאה ולדמיין את הטקטום האופטי של דגי הזברה הזחליים, המוח נחשף על ידי ניתוח העיניים, הלסת, האוזניים וכובע הגולגולת של העור ורקמות החיבור. באופן אידיאלי, המוח נשאר שלם במהלך ההליך הזה (למשל, איור 2C,D). עם זאת, חלקים של המוח הקדמי, במיוחד נורת חוש הריח, צפויים להינזק או להיות מוסרים לחלוטין כאשר מכסה הגולגולת של העור או הלסת מוסר (איור 2A, ראש החץ). יתר על כן, לפעמים ניתן לפרוס את הקצה הצדדי של הטקטום בעת פירסינג או צביטה של העור כדי למשוך אותו מהמוח (למשל, איור 2A; קרע על האונה הטקטלית הימנית).
אימונוהיסטוכימיה שימשה גם להערכת מספר התאים המיטוטיים באונות העצבוניות והלא מופנמות של הטקטום האופטי על ידי הכתמת מוחות שלמים בנוגדן PH3. נתונים אלה מראים הרבה פחות תאים מיטוטיים בצד המנוכר של דגי זחל חד-עין (p = 0.00033, מבחן ה-t של וולש; איור 3).
איור 2: הסרת עיניים ב-5 dpf גורמת לניוון של אקסונים של עצב הראייה. (א-ד) הקרנות מייצגות בעוצמה מרבית המציגות מראות גב של מוחות מסוג פראי מזחלים שלמים הקבועים ב-7 dpf (A) או 9 dpf (C), או זחלים חד-עין מניתוחי הכחדת עיניים ב-5 dpf, קבועים 2 dps (B) או 4 dps (D). כל הגרעינים מוכתמים ב-DAPI (ירוק), ואקסונים של עצב הראייה המסתיימים בנוירופיל של הטקטום האופטי מסומנים על ידי atoh7:RFP transgene (מג'נטה). כוכבית מצביעה על נוירופיל טקטלי עצבני בזחלים כאשר רק עין ימין שלמה. חיצים מצביעים על דוגמאות של שברים של אקסוני RGC מנוונים הנובעים מהטקטום האופטי המנוון. ראש החץ מציין חלקים חסרים של המוח הקדמי. סרגל קנה מידה = 50 מיקרומטר. קיצורים: dpf = ימים לאחר ההפריה; dps = ימים לאחר הניתוח; RGC = תאי גנגליון רשתית; DAPI = 4',6-diamidino-2-פנילינדול. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.
איור 3: מספר התאים המיטוטיים בטקטום האופטי גדל עם העצבנות. (A-B) הקרנות מייצגות בעוצמה מרבית המראות תצוגות גביות של מוחות מסוג פראי מתוך זחלים שלמים (A) או חד-עין (B) 9 dpf חיסון עם נוגדנים עבור הסמן המיטוטי PH3 (magenta) וגרעינים נגדיים עם DAPI (ירוק). כוכבית מציינת נוירופיל טקטלי פנימי מעין ימין שלמה. (C) תרשים תיבה עם כל נקודות הנתונים הבודדות בשכבת-על המראה את הכמות של היחס בין תאי PH3+ באונה טקטלית מופנמת (שמאלית) לעומת אונה טקטלית מנוכרת (ימין) כיחס הפרש (שמאל-ימין/סה"כ) עבור זחלים חד-עין (n = 12) וזחלים דו-עיניים (n = 8) 9 dpf. אמצעי שני התנאים בהשוואה למבחן t של וולש (***, p < 0.0005). סרגל קנה מידה = 50 מיקרומטר. קיצורים: dpf = ימים לאחר ההפריה; dps = ימים לאחר הניתוח; PH3 = היסטון H3 זרחני; DAPI = 4',6-diamidino-2-פנילינדול. אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של נתון זה.
קובץ משלים: חלוקה לרמות והוראות לעלילה המוצגות באיור 3C. קובץ זה מכיל את כל הנתונים והקוד, כך שכל אחד יכול לשחזר את תרשים התיבה כאשר כל נקודות הנתונים מכוסות בשכבת-על, כפי שמוצג באיור 3C. אנא לחץ כאן כדי להוריד קובץ זה.
הטכניקות המתוארות במאמר זה ממחישות אחת מגישות רבות לחקר התפתחות מערכת הראייה של בעלי חוליות בדגי זברה. חוקרים אחרים פרסמו שיטות לנתח את הרשתית העוברית ולבצע ניתוחי ביטוי גנים19 או לדמיין פעילות עצבית בטקטום אופטי30. מאמר זה מספק גישה לבחינת האופן שבו קלט רשתית דיפרנציאלי עשוי להשפיע על התנהגויות תאים בטקטום האופטי.
כדי להבטיח הכחדת עיניים מוצלחת והישרדות זחלים לאחר הניתוח, חשוב שהזחלים יהיו בריאים, מורדמים כראוי ומשותקים ב-1% אגרוז. חשוב גם שהמלקחיים ומחטי הטונגסטן יהיו חדים ונקיים מאוד. הזחלים שורדים בצורה הטובה ביותר כאשר הם אינם מוזנים 24 שעות לפני הניתוח או אחריו, וגידול זחלים ב-MMR בתוספת אנטיביוטיקה מאיץ את תהליך הריפוי. חשוב לציין כי העוצמה היונית הגבוהה יותר של MMR ובמיוחד הריכוז הגבוה יותר של סידן מקדם ריפוי14. עם זאת, חשיפה ארוכה יותר למליחות הגבוהה יותר עלולה להפחית את ההישרדות, בדומה למה שתועד אצל דגי זברה עובריים31. שלב קריטי ביותר הוא קיבוע כדי להבטיח ניתוחי מוח מוצלחים, החיוניים לניתוח נתונים של תמונות של דגימות מוכתמות חיסוניות. שימוש ב-4% PFA טריים עם תוספת של 4% סוכרוז (הנקרא בחיבה Sweet fix) נוטה להגביר את הקלות של הסרת העור ושימור רקמות המוח. כמו בניתוחים, כלים חדים ונקיים הם חובה לניתוח מוחות.
אחד האתגרים הגדולים ביותר של פרוטוקול זה הוא הטמעת זחלים להכחדת עיניים. חשוב שכל אדם ימצא את הדרך המתאימה ביותר עבורו, כך שיוכלו להסיר בביטחון ובמהירות את עין הזחל. אם הזחל נדקר בטעות במהלך הניתוח, הרגו אותו באופן אנושי על ידי עריפה. אתגר נוסף הוא קביעת ריכוזי הנוגדנים היעילים ביותר לשמירה חיסונית מלאה. בעת קביעת ריכוזי הנוגדנים המתאימים, השתמש בספרות שפורסמה כנקודת מוצא וייעל את הפרוטוקול שכן שימוש בריאגנטים שפורסמו על רקמות שונות (במיוחד על רקמות גדולות יותר או על בעלי חיים מבוגרים יותר) עשוי לדרוש ריכוזים מוגברים ו /או זמני דגירה.
המגבלה העיקרית של שיטה זו היא הזמן שלוקח לניסוי בודד מתחילתו ועד סופו ומספר הדגים שניתן לחקור בכל זמן נתון. לדוגמה, כל הנתונים המוצגים באיור 3 ארכו כחודש מהזיווג הראשוני של הדגים ועד לאיסוף הנתונים הסופי ולניתוחם. גישה זו של תפוקה נמוכה יחסית יכולה להיות מושלמת על ידי גישות גנטיות הטרולוגיות שמשתיקות באופן סלקטיבי את הפעילות העצבית במערכת הראייה32,33 או על ידי מוטנטים חסרי אקסונים של RGC או פעילות34,35.
משמעותה של שיטה זו היא בכך שהיא מביאה טכניקה אמבריולוגית מסורתית שתתבסס על קווי דגים מהונדסים מודרניים, ומאפשרת השוואה ישירה של מנגנונים תאיים וגנטיים הפועלים בכל אחת מהאונות הטקטליות בתוך אותו אדם. יתר על כן, שיטה זו בשלה ליישום במערכות ניסיוניות אחרות, כולל דגי פני השטח של Astyanax 36 ו/או זחלי דגי זברה מהונדסים עם מיקרוגליה 37,38,39 עם תווית פלואורסצנטית ואסטרוציטים40 כדי לחקור כיצד מערכת העצבים המתפתחת של הדגים מגיבה לפציעה כה דרמטית.
למחברים אין ניגודי עניינים לחשוף.
המימון לעבודה זו נתמך בעיקר על ידי קרנות סטארט-אפ ממכללת ריד ל-KLC, קרנות מלגת המחקר של הלן סטאפורד ל-OLH, ומלגת מחקר מדעי של מכללת ריד ל-YK. פרויקט זה החל במעבדתו של סטיב וילסון כשיתוף פעולה עם משאבי אנוש, שנתמך על ידי סטודנטית של Wellcome Trust (2009-2014). אנו מודים למט וארגה, סטיב וילסון וחברים אחרים במעבדת וילסון על הדיונים הראשוניים על הפרויקט הזה, ואנו מודים במיוחד לפלורנסיה קאבודאסי וקייט אדוארדס, שהיו הראשונות שלימדו את KLC כיצד להרכיב עוברים באגרוס ולבצע ניתוחי מוח של דגי זברה. אנו מודים גם לגרטה גלובר ולג'יי יואינג על העזרה בהרכבת המכשיר שלנו להשחזת מחט טונגסטן.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Equipment and supplies: | |||
Breeding boxes | Aquaneering | ZHCT100 | |
Dow Corning high vacuum grease | Sigma or equivalent supplier | Z273554 | |
Erlenmeyer flasks (125 mL) | For making Marc's Modified Ringers (MMR) with antibiotics for post-surgery incubation. | ||
Fine forceps - Dumont #5 | Fine Science Tools (FST) | 11252-20 | |
Glass Pasteur pipettes | DWK Lifescience | 63A53 & 63A53WT | For pipetting embryos and larvae. |
Glass slides for microscopy | VWR or equivalent supplier | 48311-703 | Standard glass microscope slides can be ordered from many different laboratory suppliers. |
Glassware including graduated bottles and graduated cylinders | For making and storing solutions. | ||
2-part epoxy resin | ACE Hardware or other equivalent supplier of Gorilla Glue or equivalent | 0.85 oz syringe | https://www.acehardware.com/departments/paint-and-supplies/tape-glues-and-adhesives/glues-and-epoxy/1590793 |
Microcentrifuge tube (1.7 mL) | VWR or equivalent supplier | 22234-046 | |
Nickel plated pin holder (17 cm length) | Fine Science Tools (FST) | 26018-17 | To hold tungsten wire while sharpening and performing surgeries/dissections. |
Nylon mesh tea strainer or equivalent | Ali Express or equivalent | For harvesting zebrafish eggs after spawning; https://www.aliexpress.com/item/1005002219569756.html | |
Paper clip | For Tungsten needle sharpening device. | ||
Petri dishes 100 mm | Fischer Scientific or equivalent supplier | 50-190-0267 | |
Petri dishes 35 mm | Fischer Scientific or equivalent supplier | 08-757-100A | |
Pipette pump | SP Bel-Art or equivalent | F37898-0000 | |
Potassium hydroxide (KOH) | Sigma | 909122 | For Tungsten needle sharpening device. Make a 10% w/v solution of KOH in the hood by adding pellets to deionized water. |
Power supply (variable voltage) | For Tungsten needle sharpening device. Any power supply with variable voltage will work (even one used for gel electrophoresis). | ||
Sylgard 184 Elastomer kit | Dow Corning | 3097358 | |
Tungsten wire (0.125 mm diameter) | World Precision Instruments (WPI) | TGW0515 | Sharpen to remove eye and dissect larvae. |
Variable temperature heat block | The Lab Depot or equivalent supplier | BSH1001 or BSH1002 | Set to 40-42 °C ahead of experiments. |
Wide-mouth glass jar with lid (e.g., clean jam or salsa jar) | For Tungsten needle sharpening device. | ||
Wires with alligator clip leads | For Tungsten needle sharpening device. | ||
Microscopes: | |||
Dissecting microscope | Any type will work but having adjustable transmitted light on a mirrored base is preferred. | ||
Laser scanning confocal microscope | High NA, 20-25x water dipping objective lens is recommended. Microscope control and image capture software (NIS-Elements by Nikon) is used here but any confocal microscope will work. | ||
Reagents for surgeries and dissections: | |||
Calcium chloride dihydrate | Sigma | C7902 | For Marc's Modified Ringers (MMR) and embryo medium (E3). |
HEPES | Sigma | H7006 | For Marc's Modified Ringers (MMR). |
Low melting point agarose | Invitrogen | 16520-050 | Make 1% in embryo medium (E3) or Marc's Modified Ringers (MMR). |
Magnesium chloride hexahydrate | Sigma | 1374248 | For embryo medium (E3). |
Magnesium sulfate | Sigma | M7506 | For Marc's Modified Ringers (MMR). |
Paraformaldehyde | Electron Microscopy Sciences | 19210 | Dilute 8% (w/v) stock with 2x concentrated PBS (diluted from 10x PBS stock). |
Penicillin/Streptomycin | Sigma | P4333-20ML | Dilute 1:100 in Marc's Modified Ringers. |
Phosphate buffered saline (PBS) tablets | Diagnostic BioSystems | DMR E404-01 | Make 10x stock in deionized water, autoclave and store at room temperature. Dilute to 1x working concentration. |
Potassium chloride | Sigma | P3911 | For Marc's Modified Ringers (MMR) and embryo medium (E3). |
Sodium chloride | Sigma | S9888 | For Marc's Modified Ringers (MMR) and embryo medium (E3). |
Sodium hydroxide | Sigma | S5881 | Make 10 M and use to adjust pH of MMR to 7.4. |
Sucrose | Sigma | S9378 | |
Tricaine-S | Pentair | 100G #TRS1 | Recipe: https://zfin.atlassian.net/wiki/spaces/prot/pages/362220023/TRICAINE |
Reagents for immunohistochemistry: | |||
Alexafluor 568 tagged Secondary antibody to detect rabbit IgG | Invitrogen | A-11011 | Use at 1:500 dilution for wholemount immunohistochemistry. |
DAPI or ToPro3 | Invitrogen | 1306 or T3605 | Make up 1 mg/mL solutions in DMSO; 1:5,000 dilution for counterstaining. |
Dimethyl sulfoxide (DMSO) | Sigma | D8418 | A component of immunoblock buffer. |
Methanol (MeOH) | Sigma | 34860 | Mixing MeOH with aqueous solutions like PBST is exothermic. Make the MeOH/PBST solutions at least several hours ahead of time or cool them on ice before using. |
Normal goat serum | ThermoFisher Scientific | 50-062Z | A component of immunoblock buffer. Can be aliquoted in 1-10 mL volumes and stored at -20 °C. |
Primary antibody to detect phosphohistone H3 | Millipore | 06-570 | Use at 1:300 dilution for wholemount immunohistochemistry. |
Primary antibody to detect Red Fluorescent Protein (RFP; detects dsRed derivatives) | MBL International | PM005 | Use at 1:500 dilution for wholemount immunohistochemistry. |
Proteinase K (PK) | Sigma | P2308-10MG | Make up 10 mg/mL stock solutions in PBS and use at 10 µg/mL. |
Triton X-100 | Sigma | T8787 | Useful to make a 20% (v/v) stock solution in PBS. |
Software for data analysis | |||
ImageJ (Fiji) | Freeware for image analysis; https://imagej.net/software/fiji/ | ||
RStudio | Freeware for statistical analysis and data visualization; https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ | ||
Adobe Photoshop or GIMP | Proprietary image processing software (Adobe Photoshop and Illustrator) are often used to compose figures). A freeware alternative is Gnu Image Manipulation Program (GIMP; https://www.gimp.org/) | ||
Zebrafish strains. This study used the AB, TU, Tg[atoh7:RFP] strains. | Available from the Zebrafish International Resource Centers in the US (https://zebrafish.org/home/guide.php) or in Europe (https://www.ezrc.kit.edu/). Specialized transgenic strains that have not yet been deposited in either resource center can be requested from individual labs after publication. |
Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article
Request PermissionThis article has been published
Video Coming Soon
Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved