Method Article
Der Artikel erklärt, wie man Augen von lebenden Zebrafischlarven chirurgisch entfernt, als ersten Schritt zur Untersuchung, wie der retinale Input das Wachstum und die Entwicklung des optischen Tektums beeinflusst. Darüber hinaus enthält der Artikel Informationen über Larvenanästhesie, Fixierung und Hirndissektion, gefolgt von Immunhistochemie und konfokaler Bildgebung.
Zebrafische weisen ein bemerkenswertes lebenslanges Wachstum und regenerative Fähigkeiten auf. Zum Beispiel unterstützen spezialisierte Stammzellnischen, die während der Embryogenese etabliert wurden, das kontinuierliche Wachstum des gesamten visuellen Systems, sowohl im Auge als auch im Gehirn. Koordiniertes Wachstum zwischen der Netzhaut und dem optischen Tectum gewährleistet eine genaue retinotopische Kartierung, wenn neue Neuronen in den Augen und im Gehirn hinzugefügt werden. Um zu untersuchen, ob retinale Axone entscheidende Informationen für die Regulierung des Verhaltens von tektalen Stamm- und Vorläuferzellen wie Überleben, Proliferation und / oder Differenzierung liefern, ist es notwendig, innervierte und denervierte tektale Lappen innerhalb desselben Tieres und zwischen Tieren vergleichen zu können.
Die chirurgische Entfernung eines Auges aus lebenden Larvenzebrafischen mit anschließender Beobachtung des optischen Tectums erreicht dieses Ziel. Das begleitende Video zeigt, wie man Larven betäubt, Wolframnadeln elektrolytisch schärft und damit ein Auge entfernt. Als nächstes wird gezeigt, wie man Gehirne aus festsitzenden Zebrafischlarven seziert. Schließlich bietet das Video einen Überblick über das Protokoll für die Immunhistochemie und eine Demonstration, wie gefärbte Embryonen in Agarose mit niedrigem Schmelzpunkt für die Mikroskopie gemountet werden können.
Ziel dieser Methode ist es zu untersuchen, wie der retinale Input das Wachstum und die Entwicklung des optischen Tektums, des visuellen Verarbeitungszentrums im Zebrafischgehirn, beeinflusst. Durch Entfernen eines Auges und anschließenden Vergleich der beiden Seiten des optischen Tektums können tektale Veränderungen innerhalb derselben Probe beobachtet und normalisiert werden, was einen Vergleich zwischen mehreren Proben ermöglicht. Moderne molekulare Ansätze in Kombination mit dieser Technik werden Einblicke in die Mechanismen liefern, die dem Wachstum und der Entwicklung des visuellen Systems sowie der axonalen Degeneration und Regeneration zugrunde liegen.
Sensorische Systeme - visuelle, auditive und somatosensorische - sammeln Informationen von externen Organen und leiten diese Informationen an das zentrale Nervensystem weiter, wodurch "Karten" der äußeren Welt im Mittelhirn erzeugtwerden 1,2. Das Sehen ist die dominierende sensorische Modalität für fast alle Wirbeltiere, einschließlich vieler Fische. Die Netzhaut, das Nervengewebe im Auge, sammelt Informationen mit einem neuronalen Schaltkreis, der hauptsächlich aus Photorezeptoren, bipolaren Zellen und retinalen Ganglienzellen (RGCs), den Projektionsneuronen der Netzhaut, besteht. RGCs haben lange Axone, die ihren Weg über die innere Oberfläche der Netzhaut zum Sehnervenkopf finden, wo sie faszikulieren und gemeinsam durch das Gehirn wandern und schließlich im visuellen Verarbeitungszentrum im dorsalen Mittelhirn enden. Diese Struktur wird bei Fischen und anderen Nicht-Säugetierwirbeltieren als optisches Tectum bezeichnet und ist homolog zum Colliculus superior bei Säugetieren3.
Das optische Tectum ist eine bilateral symmetrische Mehrschichtstruktur im dorsalen Mittelhirn. Bei Zebrafischen und den meisten anderen Fischen erhält jeder Lappen des optischen Tektums visuelleEingaben ausschließlich vom kontralateralen Auge, so dass der linke Sehnerv im rechten Tektallappen und der rechte Sehnerv im linken Tektallappen 4 endet (Abbildung 1). Wie sein Gegenstück bei Säugetieren, der Colliculus superior, integriert das optische Tectum visuelle Informationen mit anderen sensorischen Eingaben, einschließlich Vorsprechen und Somatosensation, und steuert Verschiebungen der visuellen Aufmerksamkeit und Augenbewegungen wie Sakkaden 1,5,6. Im Gegensatz zum Colliculus superior des Säugetiers erzeugt das optische Tectum jedoch kontinuierlich neue Neuronen und Glia aus einer spezialisierten Stammzellnische in der Nähe der medialen und kaudalen Ränder der tektalen Lappen, der sogenannten tektalen Proliferationszone7. Die Aufrechterhaltung proliferativer Vorläufer im optischen Tectum und anderen Regionen des zentralen Nervensystems trägt zum Teil zu der bemerkenswerten Regenerationsfähigkeit bei, die in Zebrafisch8 dokumentiert ist.
Frühere Arbeiten, die das Gehirn von blinden oder einäugigen Fischen untersuchten, ergaben, dass die Größe des optischen Tektums direkt proportional zur Menge der retinalen Innervation ist, die sie erhält 9,10,11. Bei erwachsenen Höhlenfischen, deren Augen in der frühen Embryogenese degenerieren, ist das optische Tectum merklich kleiner als bei eng verwandten, gesichteten Oberflächenfischen9. Die Degeneration der Höhlenfischaugen kann blockiert werden, indem die endogene Linse während der Embryogenese durch eine Linse von einem Oberflächenfisch ersetzt wird. Wenn diese einäugigen Höhlenfische bis ins Erwachsenenalter aufgezogen werden, enthält der innervierte Tektallappen etwa 10% mehr Zellen als der nicht innervierte Tektallappen9. In ähnlicher Weise war bei Larvenkillifischen, die mit chemischen Behandlungen inkubiert wurden, um Augen unterschiedlicher Größe innerhalb desselben Individuums zu erzeugen, die Seite des Tektums mit mehr Innervation größer und enthielt mehr Neuronen10. Beweise aus Experimenten zur Quetschung des Sehnervs an erwachsenen Goldfischen deuten darauf hin, dass die Innervation die Proliferation fördert, wobei die Proliferation der tektalen Zellen abnimmt, wenn die Innervation gestört ist11.
Mehrere neuere Berichte, die diese klassischen Studien bestätigen und erweitern, liefern Daten, die darauf hindeuten, dass die Proliferation als Reaktion auf Innervation zumindest teilweise durch den BDNF-TrkB-Signalweg12,13 moduliert wird. Es bleiben viele offene Fragen zum Wachstum und zur Entwicklung des optischen Tektums, einschließlich der Frage, wie ein sich entwickelndes sensorisches System mit Verletzungen und Axondegeneration fertig wird, welche zellulären und molekularen Signale es ermöglichen, dass der Netzhauteintrag das Wachstum des optischen Tektums reguliert, wann diese Mechanismen aktiv werden und ob die innervationsbedingte Proliferation und Differenzierung es der Netzhaut und ihrem Zielgewebe ermöglicht, Wachstumsraten zu koordinieren und eine genaue retinotopische Kartierung zu gewährleisten. Darüber hinaus gibt es viel größere Fragen zur aktivitätsabhängigen Entwicklung, die durch die Befragung des visuellen Systems des Zebrafisches mit chirurgischen Ansätzen wie dem unten beschriebenen beantwortet werden können.
Um die zellulären und molekularen Mechanismen zu untersuchen, durch die neuronale Aktivität, insbesondere durch visuellen Input, das Überleben und die Proliferation von Zellen verändert, vergleicht der beschriebene Ansatz direkt innervierte und denervierte tektale Lappen (Abbildung 1) innerhalb einzelner Zebrafischlarven. Diese Methode ermöglicht die Dokumentation der RGC-Axondegeneration im optischen Tectum und die Bestätigung, dass die Anzahl der mitotischen Zellen mit der Innervation korreliert.
Abbildung 1: Skizzen von Zebrafischlarven vor und nach einseitiger Augenentfernung . (A) Zeichnung von 5 dpf-Larven unter einem Seziermikroskop. Jede Larve ist in Agarose mit niedrigem Schmelzpunkt eingebettet und seitlich ausgerichtet, bevor eine Wolframnadel mit einer scharfen, hakenförmigen Spitze verwendet wird, um das nach oben gerichtete Auge (in diesem Beispiel linkes Auge) herauszuholen. (B) Zeichnung der dorsalen Ansicht einer 9 dpf Larve, die aus der in A dargestellten Operation resultiert. Nur drei hochschematisierte RGC-Axone aus dem rechten Auge sind defaszikulierend und verbinden sich mit Neuronen im linken tektalen Lappen. Abkürzungen: dpf = Tage nach der Befruchtung; dps = Tage nach der Operation; RGC = retinale Ganglienzellen. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.
Die Methoden in diesem Papier wurden in Übereinstimmung mit den Richtlinien und der Genehmigung der Institutional Animal Care and Use Committees des Reed College und des University College London durchgeführt. Weitere Informationen zu den in dieser Studie verwendeten Zebrafischstämmen finden Sie in der Materialtabelle .
1. Bereiten Sie Materialien und Werkzeuge vor
2. Embryonenentnahme und -aufzucht
3. Bereiten Sie Larven auf die Operation vor
4. Augenentfernung
5. Nachsorge bis zum experimentellen Endpunkt
6. Fixieren von Larven
7. Sezieren von Larven, um Gehirne zu enthüllen (angepasst von 15)
8. Dehydrierung und Speicherung des Gehirns
9. Immunhistochemie
HINWEIS: Etablierte Protokolle für viele nützliche Wholemount-Techniken in Zebrafischen finden Sie auf ZFIN20. Dieses Manuskript enthält Beispiele für den Vergleich von einäugigen und zweiäugigen Larven, die immungefärbt waren, mit Antikörpern, die entweder das rot fluoreszierende Protein (RFP) erkennen, das in Sehnervaxonen in der Tg [atoh7: RFP] -Linie exprimiert wird (Abbildung 2), oder phosphoryliertes Histon H3 (PH3), das mitotische Zellen hervorhebt (Abbildung 3). Ein Standard-Immunhistochemie-Protokoll für Embryonen und Larven im ganzen Gebirge ist unten zusammengefasst.
10. Montage und Bildgebung
Um zu bestätigen, ob die Augenentfernung abgeschlossen war und um zu beurteilen, wie sich das optische Tectum verändert, wurden Operationen im Tg[atoh7:RFP]-Stamm durchgeführt, der alle RGCs mit einem membrangerichteten RFP und damit alle Axone markiert, die aus der Netzhaut ragen und den Sehnerv24 bilden. Obwohl die Verwendung dieser Belastung nicht unbedingt erforderlich ist, ermöglicht sie eine einfache Beobachtung und Visualisierung der Sehnerventermini im optischen Tectum neuropil. Auch andere Ansätze zur Markierung des Sehnervs, wie die Axonverfolgung mit lipophilen DiI- oder DiO-Farbstoffen 25,26 oder die multispektrale Markierung mit brainbow27, wären möglich.
Wie in Abbildung 2 gezeigt, wurde eine fortschreitende Degeneration von retinalen Axonen im optischen Tectum Neuropil nach der Entfernung der Augen beobachtet. Zwei Tage nach der Operation zeigten RFP-markierte Axone Merkmale einer schnellen Wallerschen Degeneration28 wie Blebbing und Fragmentierung (Abbildung 2A, B). Neuere Arbeiten haben gezeigt, dass Mikroglia mehr Myelinmaterial verschlingen, wenn Neuronen zum Schweigen gebracht werden29. In Übereinstimmung mit Mikroglia, die Teile der degenerierenden RGC-Axone verschlingen und von der Quelle der Degeneration wegwandern, wurden helle RFP-markierte Puncta innerhalb und außerhalb des tektalen Neuropils festgestellt (Abbildung 1B, Pfeile). Vier Tage nach der Operation werden fragmentierte Axone und RFP-markierte axonale Ablagerungen in beiden tektalen Lappen erheblich reduziert, was auf eine relativ schnelle Clearance der sterbenden und degenerierenden Axone hinweist (Abbildung 2C, D).
Um eine Ganzkörper-Immunhistochemie durchzuführen und das optische Tectum von Larvenzebrafischen zu visualisieren, wurde das Gehirn durch Sezieren des Auges/der Augen, des Kiefers, der Ohren und der Schädeldecke der Haut und des Bindegewebes freigelegt. Idealerweise bleibt das Gehirn während dieses Eingriffs intakt (z.B. Abbildung 2C,D). Es ist jedoch wahrscheinlich, dass Teile des Vorderhirns, insbesondere der Riechkolben, beschädigt oder vollständig entfernt werden, wenn die Schädeldecke der Haut oder des Kiefers entfernt wird (Abbildung 2A, Pfeilspitze). Darüber hinaus kann manchmal der seitliche Rand des Tektums geschnitten werden, wenn die Haut durchbohrt oder eingeklemmt wird, um sie vom Gehirn zu ziehen (z. B. Abbildung 2A; Riss am rechten tektalen Lappen).
Die Immunhistochemie wurde auch verwendet, um die Anzahl der mitotischen Zellen in innervierten und nicht innervierten Lappen des optischen Tectums zu beurteilen, indem ganze Gehirne mit einem PH3-Antikörper gefärbt wurden. Diese Daten zeigen deutlich weniger mitotische Zellen auf der entnervten Seite von einäugigen Larvenfischen (p = 0,00033, Welchs t-Test; Abbildung 3).
Abbildung 2: Die Augenentfernung bei 5 dpf löst eine Degeneration von Sehnervaxonen aus. (A-D) Repräsentative Projektionen mit maximaler Intensität, die dorsale Ansichten von Wildtyp-Gehirnen aus intakten Larven zeigen, die bei 7 dpf (A) oder 9 dpf (C) fixiert sind, oder einäugige Larven von Augenexstirpationsoperationen bei 5 dpf, fixiert 2 dps (B) oder 4 dps (D). Alle Kerne sind mit DAPI (grün) gefärbt, und die im Neuropil des optischen Tektums endenden Axone des Sehnervs werden durch das atoh7:RFP-Transgen (Magenta) markiert. Das Sternchen zeigt innerviertes tektales Neuropil in Larven an, bei denen nur das rechte Auge intakt ist. Pfeile zeigen Beispiele für Fragmente degenerierter RGC-Axone, die vom denervierten optischen Tektum ausgehen. Pfeilspitze zeigt fehlende Teile des Vorderhirns an. Maßstabsleiste = 50 μm. Abkürzungen: dpf = Tage nach der Befruchtung; dps = Tage nach der Operation; RGC = retinale Ganglienzellen; DAPI = 4',6-Diamidino-2-phenylindol. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.
Abbildung 3: Die Anzahl der mitotischen Zellen im optischen Tectum nimmt mit der Innervation zu. (A-B) Repräsentative Projektionen mit maximaler Intensität, die dorsale Ansichten von Wildtyp-Gehirnen aus intakten (A) oder einäugigen (B) 9 dpf-Larven zeigen, die mit Antikörpern für den mitotischen Marker PH3 (Magenta) und mit DAPI (grün) gefärbten Kernen immunisiert sind. Das Sternchen weist auf einen innervierten tektalen Neuropil aus dem intakten rechten Auge hin. (C) Box-Diagramm mit allen einzelnen Datenpunkten überlagert, das die Quantifizierung des Verhältnisses von PH3+-Zellen in innervierten (links) versus denervierten (rechts) tektalen Lappen als Differenzverhältnis (links-rechts/total) für einäugige (n = 12) und zweiäugige (n = 8) 9 dpf-Larven zeigt. Mittel der beiden Bedingungen im Vergleich zu Welchs t-Test (***, p < 0,0005). Maßstabsleiste = 50 μm. Abkürzungen: dpf = Tage nach der Befruchtung; dps = Tage nach der Operation; PH3 = phosphoryliertes Histon H3; DAPI = 4',6-Diamidino-2-phenylindol. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.
Ergänzende Datei: Gliederung und Anweisungen für das Diagramm in Abbildung 3C. Diese Datei enthält alle Daten und Codes, sodass jeder das Boxplot mit allen überlagerten Datenpunkten reproduzieren kann, wie in Abbildung 3C dargestellt. Bitte klicken Sie hier, um diese Datei herunterzuladen.
Die in diesem Artikel beschriebenen Techniken veranschaulichen einen von vielen Ansätzen zur Untersuchung der visuellen Systementwicklung von Wirbeltieren bei Zebrafischen. Andere Forscher haben Methoden veröffentlicht, um die embryonale Netzhaut zu sezieren und Genexpressionsanalysendurchzuführen 19 oder neuronale Aktivität im optischen Tectum30 zu visualisieren. Dieses Papier bietet einen Ansatz, um zu untersuchen, wie differentieller Netzhauteintrag das Zellverhalten im optischen Tektum beeinflussen kann.
Um eine erfolgreiche Augenexstirpation und das Überleben der Larven nach der Operation zu gewährleisten, ist es wichtig, dass die Larven gesund, ausreichend betäubt und in 1% Agarose immobilisiert sind. Es ist auch wichtig, dass Pinzetten und Wolframnadeln sehr scharf und sauber sind. Larven überleben am besten, wenn sie vor oder nach der Operation nicht 24 h gefüttert werden, und die Aufzucht von Larven in MMR, ergänzt durch Antibiotika, beschleunigt den Heilungsprozess. Wichtig ist, dass die höhere Ionenstärke von MMR und insbesondere die höhere Konzentration von Kalzium die Heilungfördert 14. Eine längere Exposition gegenüber dem höheren Salzgehalt kann jedoch das Überleben verringern, ähnlich wie bei embryonalen Zebrafischen31. Ein äußerst kritischer Schritt ist die Fixierung, um erfolgreiche Hirndissektionen zu gewährleisten, die für die Datenanalyse von Bildern immungefärbter Proben unerlässlich sind. Die Verwendung von frisch hergestelltem 4% PFA, ergänzt mit 4% Saccharose (liebevoll Sweet Fix genannt), neigt dazu, die Leichtigkeit der Hautentfernung und der Erhaltung des Gehirngewebes zu erhöhen. Wie bei den Operationen sind scharfe und saubere Werkzeuge ein Muss für die Sezierung von Gehirnen.
Eine der größten Herausforderungen dieses Protokolls ist die Einbettung von Larven für Augenausrottungen. Es ist wichtig, dass jede Person den Weg findet, der für sie am besten funktioniert, damit sie das Larvenauge sicher und schnell entfernen kann. Wenn die Larve während der Operation versehentlich erstochen wird, töten Sie sie human durch Enthauptung. Eine weitere Herausforderung besteht darin, die effektivsten Antikörperkonzentrationen für die Immunfärbung im ganzen Mount-Bereich zu bestimmen. Verwenden Sie bei der Bestimmung der geeigneten Antikörperkonzentrationen die veröffentlichte Literatur als Ausgangspunkt und optimieren Sie das Protokoll, da die Verwendung von veröffentlichten Reagenzien auf verschiedenen Geweben (insbesondere auf größeren Geweben oder älteren Tieren) erhöhte Konzentrationen und/oder Inkubationszeiten erfordern kann.
Die Haupteinschränkung dieser Methode ist die Zeit, die ein einzelnes Experiment von Anfang bis Ende in Anspruch nimmt, und die Anzahl der Fische, die zu einem bestimmten Zeitpunkt untersucht werden können. Beispielsweise dauerten alle in Abbildung 3 gezeigten Daten etwa einen Monat von der ersten Paarung der Fische bis zur endgültigen Datenerhebung und -analyse. Dieser relativ niedrige Durchsatzansatz könnte durch heterologe genetische Ansätze ergänzt werden, die entweder selektiv die neuronale Aktivität im visuellen Systemzum Schweigen bringen 32,33 oder durch Mutanten, denen RGC-Axone oder Aktivität 34,35 fehlen.
Die Bedeutung dieser Methode besteht darin, dass sie eine traditionelle embryologische Technik auf modernen transgenen Fischlinien zum Tragen bringt und einen direkten Vergleich der zellulären und genetischen Mechanismen ermöglicht, die in jedem der tektalen Lappen innerhalb desselben Individuums funktionieren. Darüber hinaus ist diese Methode reif für die Anwendung auf andere experimentelle Systeme, einschließlich Astyanax-Oberflächenfisch 36 und / oder transgener Zebrafischlarven mit fluoreszierend markierten Mikroglia37,38,39 und Astrozyten40, um zu untersuchen, wie das sich entwickelnde Nervensystem der Fische auf eine so dramatische Verletzung reagiert.
Die Autoren haben keine Interessenkonflikte offenzulegen.
Die Finanzierung dieser Arbeit wurde in erster Linie durch Startkapital vom Reed College an KLC, Helen Stafford Research Fellowship-Mittel an OLH und ein Reed College Science Research Fellowship an YK unterstützt. Dieses Projekt begann im Labor von Steve Wilson als Zusammenarbeit mit HR, die von einer Wellcome Trust Studentship (2009-2014) unterstützt wurde. Wir danken Máté Varga, Steve Wilson und anderen Mitgliedern des Wilson-Labors für die ersten Diskussionen über dieses Projekt, und wir danken insbesondere Florencia Cavodeassi und Kate Edwards, die als erste KLC beigebracht haben, wie man Embryonen in Agarose besteigt und Zebrafisch-Hirndissektionen durchführt. Wir danken auch Greta Glover und Jay Ewing für die Hilfe bei der Montage unseres Wolfram-Nadelschärfgeräts.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Equipment and supplies: | |||
Breeding boxes | Aquaneering | ZHCT100 | |
Dow Corning high vacuum grease | Sigma or equivalent supplier | Z273554 | |
Erlenmeyer flasks (125 mL) | For making Marc's Modified Ringers (MMR) with antibiotics for post-surgery incubation. | ||
Fine forceps - Dumont #5 | Fine Science Tools (FST) | 11252-20 | |
Glass Pasteur pipettes | DWK Lifescience | 63A53 & 63A53WT | For pipetting embryos and larvae. |
Glass slides for microscopy | VWR or equivalent supplier | 48311-703 | Standard glass microscope slides can be ordered from many different laboratory suppliers. |
Glassware including graduated bottles and graduated cylinders | For making and storing solutions. | ||
2-part epoxy resin | ACE Hardware or other equivalent supplier of Gorilla Glue or equivalent | 0.85 oz syringe | https://www.acehardware.com/departments/paint-and-supplies/tape-glues-and-adhesives/glues-and-epoxy/1590793 |
Microcentrifuge tube (1.7 mL) | VWR or equivalent supplier | 22234-046 | |
Nickel plated pin holder (17 cm length) | Fine Science Tools (FST) | 26018-17 | To hold tungsten wire while sharpening and performing surgeries/dissections. |
Nylon mesh tea strainer or equivalent | Ali Express or equivalent | For harvesting zebrafish eggs after spawning; https://www.aliexpress.com/item/1005002219569756.html | |
Paper clip | For Tungsten needle sharpening device. | ||
Petri dishes 100 mm | Fischer Scientific or equivalent supplier | 50-190-0267 | |
Petri dishes 35 mm | Fischer Scientific or equivalent supplier | 08-757-100A | |
Pipette pump | SP Bel-Art or equivalent | F37898-0000 | |
Potassium hydroxide (KOH) | Sigma | 909122 | For Tungsten needle sharpening device. Make a 10% w/v solution of KOH in the hood by adding pellets to deionized water. |
Power supply (variable voltage) | For Tungsten needle sharpening device. Any power supply with variable voltage will work (even one used for gel electrophoresis). | ||
Sylgard 184 Elastomer kit | Dow Corning | 3097358 | |
Tungsten wire (0.125 mm diameter) | World Precision Instruments (WPI) | TGW0515 | Sharpen to remove eye and dissect larvae. |
Variable temperature heat block | The Lab Depot or equivalent supplier | BSH1001 or BSH1002 | Set to 40-42 °C ahead of experiments. |
Wide-mouth glass jar with lid (e.g., clean jam or salsa jar) | For Tungsten needle sharpening device. | ||
Wires with alligator clip leads | For Tungsten needle sharpening device. | ||
Microscopes: | |||
Dissecting microscope | Any type will work but having adjustable transmitted light on a mirrored base is preferred. | ||
Laser scanning confocal microscope | High NA, 20-25x water dipping objective lens is recommended. Microscope control and image capture software (NIS-Elements by Nikon) is used here but any confocal microscope will work. | ||
Reagents for surgeries and dissections: | |||
Calcium chloride dihydrate | Sigma | C7902 | For Marc's Modified Ringers (MMR) and embryo medium (E3). |
HEPES | Sigma | H7006 | For Marc's Modified Ringers (MMR). |
Low melting point agarose | Invitrogen | 16520-050 | Make 1% in embryo medium (E3) or Marc's Modified Ringers (MMR). |
Magnesium chloride hexahydrate | Sigma | 1374248 | For embryo medium (E3). |
Magnesium sulfate | Sigma | M7506 | For Marc's Modified Ringers (MMR). |
Paraformaldehyde | Electron Microscopy Sciences | 19210 | Dilute 8% (w/v) stock with 2x concentrated PBS (diluted from 10x PBS stock). |
Penicillin/Streptomycin | Sigma | P4333-20ML | Dilute 1:100 in Marc's Modified Ringers. |
Phosphate buffered saline (PBS) tablets | Diagnostic BioSystems | DMR E404-01 | Make 10x stock in deionized water, autoclave and store at room temperature. Dilute to 1x working concentration. |
Potassium chloride | Sigma | P3911 | For Marc's Modified Ringers (MMR) and embryo medium (E3). |
Sodium chloride | Sigma | S9888 | For Marc's Modified Ringers (MMR) and embryo medium (E3). |
Sodium hydroxide | Sigma | S5881 | Make 10 M and use to adjust pH of MMR to 7.4. |
Sucrose | Sigma | S9378 | |
Tricaine-S | Pentair | 100G #TRS1 | Recipe: https://zfin.atlassian.net/wiki/spaces/prot/pages/362220023/TRICAINE |
Reagents for immunohistochemistry: | |||
Alexafluor 568 tagged Secondary antibody to detect rabbit IgG | Invitrogen | A-11011 | Use at 1:500 dilution for wholemount immunohistochemistry. |
DAPI or ToPro3 | Invitrogen | 1306 or T3605 | Make up 1 mg/mL solutions in DMSO; 1:5,000 dilution for counterstaining. |
Dimethyl sulfoxide (DMSO) | Sigma | D8418 | A component of immunoblock buffer. |
Methanol (MeOH) | Sigma | 34860 | Mixing MeOH with aqueous solutions like PBST is exothermic. Make the MeOH/PBST solutions at least several hours ahead of time or cool them on ice before using. |
Normal goat serum | ThermoFisher Scientific | 50-062Z | A component of immunoblock buffer. Can be aliquoted in 1-10 mL volumes and stored at -20 °C. |
Primary antibody to detect phosphohistone H3 | Millipore | 06-570 | Use at 1:300 dilution for wholemount immunohistochemistry. |
Primary antibody to detect Red Fluorescent Protein (RFP; detects dsRed derivatives) | MBL International | PM005 | Use at 1:500 dilution for wholemount immunohistochemistry. |
Proteinase K (PK) | Sigma | P2308-10MG | Make up 10 mg/mL stock solutions in PBS and use at 10 µg/mL. |
Triton X-100 | Sigma | T8787 | Useful to make a 20% (v/v) stock solution in PBS. |
Software for data analysis | |||
ImageJ (Fiji) | Freeware for image analysis; https://imagej.net/software/fiji/ | ||
RStudio | Freeware for statistical analysis and data visualization; https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ | ||
Adobe Photoshop or GIMP | Proprietary image processing software (Adobe Photoshop and Illustrator) are often used to compose figures). A freeware alternative is Gnu Image Manipulation Program (GIMP; https://www.gimp.org/) | ||
Zebrafish strains. This study used the AB, TU, Tg[atoh7:RFP] strains. | Available from the Zebrafish International Resource Centers in the US (https://zebrafish.org/home/guide.php) or in Europe (https://www.ezrc.kit.edu/). Specialized transgenic strains that have not yet been deposited in either resource center can be requested from individual labs after publication. |
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