该协议能够评估宿主对各种病原体和疫苗配方的反应。这种技术的主要优点是，它允许使用可操作的动物模型评估体内的细菌负担和免疫反应。证明这个程序的是凯茜·翁特，一个研究生，从我的实验室。
对于免疫接种，确认麻醉的六至十二周大小鼠对手足趾捏没有反应，并加载一毫升胰岛素注射器，配备28.5量针和0.1毫升的疫苗。以 45 度角握住注射器，斜面朝上，将针头插入小鼠的三叶鼠，然后注射疫苗。将针头插入肌肉5至10秒，然后旋转注射器180度，使斜面朝下形成密封，并防止疫苗泄漏，然后慢慢将针头从注射部位缩回。
然后将鼠标返回到其保持架，并进行监控，直到完全恢复。大约两周后，增强，感染免疫小鼠。抓住麻醉小鼠的后胸毛，在肩部刀片和颈部后面，并放置鼠标直立进入鼻子。
使用200微升移液器尖端，慢慢地将感兴趣的20至25微升的细菌 inulum 涂抹在动物的每个幼崽上，将鼠标按住，直到整个孵化被吸入。然后将同等体积的无菌PBS作为负对照。在适当的实验端点，将受感染的小鼠腹侧放在解剖板上，并固定四肢。
用70%乙醇湿身体，用钳子在骨盆中心扣紧腹部以下的皮肤。使用锋利的剪刀，做一个垂直切到下形，并解剖皮肤从内皮墙。将皮肤移动到尸体的两侧，为无菌器官收获创造一个畅通无阻的田地，并抓住肋骨下方、肝脏或肝脏附近的完好无损的围膜。
切切内酮朝肋骨暴露下消化道，并移动结肠到左边，以显示脾脏。使用弯曲钳子，抓住脾脏，用剪刀解剖结缔组织。然后将脾脏放在含有 3 毫升 RPMI 和 5% 胎儿牛血清的 15 毫升锥形管中。
使用钳子在 xyphoid 过程中稳定肋骨，并切开隔膜。肺应该放气，然后向脊柱下降。切开两侧的肋骨以切除胸板，并切开肺动脉和静脉以分离和切除右肺的上叶。
将叶固定在15毫升锥形管中，在室温下至少24小时缓冲甲蛋白，并分离左右肺的剩余叶。然后将叶放在15毫升圆锥管中，在冰上PBS中含有两毫升1%的卡丁。使用一毫升的移液器，用尖端收集充满胸腔的血液，将血液转移到冰面上预先标记的1.5毫升微离心管中。
去除覆盖气管的气管、亚语言和亚大腺和淋巴结，并打开并去除气管周围的保护膜。使用精细钳子和剪刀，小心地将气管从食道和任何其他结缔组织从锁骨顶部分离到软骨底部。使用钳子握住气管，并切断锁骨顶部的气管。
拉下气管，以最大限度地提高弹性，并削减气管底部的软骨，正上方的喉，隔离约一厘米的组织。然后将器官放在预先标记的1.5毫升微离心管中，在冰上PBS中含有0.3毫升1%的卡丁。现在转动鼠标，清除鼻子，用70%乙醇喷洒头部。
手动抓住头骨后面的动物，用剪刀切掉鼻子的软肉，从鼻子底部开始，向上移动。从鼻子周围取下毛皮、皮毛和胡须，并将一双弯曲的剪刀尖插入鼻塞，曲线指向向下。切开朝眼睛的鼻腔，形成V形形成。
然后使用细钳收集鼻膜和形成内的软组织，将组织放在预标记的1.5毫升微离心管中，在PBS中含有0.3毫升1%卡丁，在冰上。要处理肺组织，将整个肺样管内装物转移到无菌的15毫升Dounce均质器中，并使用害虫使组织均质化。分离样品，直到没有大颗粒的组织保持，并返回均质悬浮液到原来的15毫升管。
取出0.3毫升等分，用于电镀聚化形成单位，通过离心收集其余均质。在 Eliza 对细胞因子表达进行分析之前，将 0.5 毫升上一分的上流水液放入预先标记的微离心管中，储存在 20 摄氏度。然后，连续稀释0.1毫升等同的预留均匀性肺悬浮液，每次稀释0.9毫升无菌PBS，并使用无菌三角形扩散器将每一经验选择的0.1毫升的稀释板稀释到预先标记的10%Bordet-Gengou加链霉素板上。
在这里，具有代表性的光学密度600测量和计算，以实现一个光学密度细菌悬浮，准备一百倍稀释细菌孵化交付给小鼠，显示。经过7天的疫苗抗原刺激，免疫脾细胞从联合疫苗组产生干扰素伽马，和IL17，同时显著下降调节IL5，促进一个T帮助器，一个T帮助器17极化免疫反应期间B百日咳感染。从B百日咳感染小鼠的呼吸道问题中回收的细菌的菌群形成单位枚举可用于评估有关疫苗的保护作用。
尽可能快、尽可能高效地工作，以避免组织坏死，将分离的组织储存在冰上，以保持回收细菌的生存能力。ELISpot流细胞学和DNA和RNA分离可以进行评估免疫细胞，分析素生产，并实现表观遗传学和转录分析。当使用百日咳等传染性病原体时，重要的是要记住佩戴适当的 PPE，并在经过认证的生物安全柜中工作，以防止病原体传播。
该协议详细介绍了从呼吸道，特别是鼻咽的CFU枚举。解决疫苗和传染病领域中关于针对鼻子细菌殖民化的问题。
