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细胞透水交联剂DSP [dithiobis(琥珀酰亚胺丙酸)]稳定短暂和不稳定的相互作用在体内,这使得他们的隔离,使用严格的蛋白质复合体的净化技术。在这里,我们目前培养的交联,由免疫蛋白复合物的分离细胞的技术。
蜂窝机械的动态性质经常是建立在瞬态和/或弱蛋白协会。这些低亲和力相互作用排除围绕一个感兴趣的蛋白质,蛋白质网络的隔离和识别的严格方法。使用化学交联剂允许的不稳定相互作用的选择性稳定,从而绕过生化净化的局限性。在这里,我们提出在文化协议细胞适合使用一个homobifunctional交联剂间隔臂12埃,dithiobis(琥珀proprionate)(DSP)。 DSP是一个分子中的二硫键还原裂解。交联与磁珠的利益的蛋白质与免疫层析相结合,使蛋白质复合物,否则将不能承受净化隔离。此协议是与常规免疫印迹技术兼容,它可以扩展为蛋白质鉴定的质谱1。
斯蒂芬妮A. Zlatic和珠江五莱德贡献同样对这项工作。
1。准备交联
2。准备交联解决方案
3。为交联细胞做准备
4。灭活DSP的反应
5。细胞裂解
6。准备免疫磁性沉淀珠
注意:这一步通常是直接开始后2个小时的交联孵化开始。
7。与免疫磁珠孵育交联裂解液
8。从珠清洗不作承诺裂解液
9。变性样品,收集从珠
10。洗脱的抗原肽交联复合物(免疫亲和层析)。
图1。 AP - 3相互作用蛋白复合物和膜蛋白的分离 。HEK293细胞(A)或PC12细胞(二)在处理控制车辆的存在(DMSO,奇的车道图1A)或DSP(甚至车道图。 1A或全部车道图1B)。澄清提取物孵育单独珠(图1A,泳道3-4),转铁蛋白受体抗体(图1A,泳道5-6),或AP - 3(图1A,泳道7-10δ抗体;图1B,车道1-10)。免疫复合物,用SDS - PAGE样品缓冲液(图1A)洗脱,一个单独的缓冲区(图1B,泳道1-2),或缓冲δ抗原肽浓度的增加,相应的680 710个氨基酸的补充人类δadaptin(NCBI的:AAD03777; GI:1923266)(图1B,车道3-10)。这种肽结合的δ抗体。肽洗脱后,上清液(S)和珠(二)免疫印迹分析(图1B)。 AP - 3,这是对δ,β3和σ3亚基抗体的检测,可溶性以下因素:网格蛋白重链(CHC),欧盟1亚基pallidin,和啤酒花复杂的亚基vps33b;以及coprecipitates膜蛋白磷酸肌醇- 4 -激酶II型α(PI4KIIα)和锌转运体3(ZnT3)。注意鼠标肽抗体重链的情况下洗脱图上清。 1B。
DSP,膜渗透,化学还原与12 Å间隔臂的交联剂是用来稳定瞬态蛋白质相互作用 1,2,3,4 。在这里,我们体现这一战略与AP - 3适配器复杂的一种可溶性蛋白复合物,囊泡膜蛋白识别和排序,从内涵体 5 。 AP - 3的选择性结合的锌转运ZnT3和脂质激酶磷酸肌醇4激酶II型阿尔法但不转铁蛋白受体 1,4,6 。我们扩大了这些意见,以确定质谱 1膜蛋白和胞质因素AP - 3蛋白的相互作用网络。低背景免疫磁性降水量如下,以确定相互作用的蛋白质的交联。此外,非选择性磁珠的蛋白质结合的出版目录,允许一个非特定的蛋白质的分离和鉴定的第一关,消除质谱7。 DSP采用胺反应的酯基,伯胺,如赖氨酸或蛋白质的氨基酸总站链接。变性条件后,DSP分子裂解一半,留下联系在一起的氨基酸短的化学基团。对于某些抗原有免疫印迹在免疫信号减少二甲基亚砜控制和DSP处理的细胞(Figure1A)之间比较平等的蛋白质负荷时。这是可能的,在DSP的抗体的亲和力下降,下降的结果修改赖氨酸。除了这些罕见的情况下,使用DSP的化学交联,提高了检测能力密切相互作用的膜相关蛋白。
蛋白质或蛋白质复合体边缘与胞浆膜单张,如AP - 3,本地化膜在正常孵化温度37 ° C。然而,在室温15-20 ° C时,AP - 3复杂慢慢地重新分配到细胞质。因此,为了捕捉到AP - 3和膜相关蛋白之间的相互作用,这些细胞内部温度必须迅速冷却至4 ° C。做到这一点的最佳方式是:1)所有在冰浴中进行孵化之前,从37℃的孵化器,2卸下细胞)的缓冲区,立即删除所有温暖的媒体,从细胞板,取代冰冷的缓冲区,并3)保持细胞暂停全部交联实验的冰浴。
DSP是不溶于水,从而变暖PBS / CA / mg的溶液至37℃前除了DSP / DMSO溶液是可取的。然而,由于细胞需要保持的4 ° C的温度,DSP交联解决方案应放置在冰浴一旦DSP是完全溶解。如果DSP没有完全溶解,会形成大量的沉淀,溶液冷却(少量的沉淀是正常的)。如果出现大量的降水,加热至37 ° C的完整的增溶和recool解决方案。如果DSP多次掉下来的解决方案,你可能需要准备新鲜的交联解决方案。 DSP的解决方案由于不完整的增溶,快速去除不应该混淆缓慢形成一个结晶层出现在DSP处理的细胞井。这个DSP的结晶层的存在并不妨碍在细胞中的交联反应。
这项工作是支持的美国国立卫生研究院的VF(NS42599和GM077569)的赠款。
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Phosphate Buffered Saline | Invitrogen | P4417 | Dissolve 1 tablet in 200 mL water; add MgCl2 to a final concentration of 1 mM and CaCl2 to a final concentration of 0.1 mM |
Dithiobis (succinimidyl propionate) (DSP) | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 22585 | Moisture sensitive, store in air tight container 4°C |
Dimethyl sulphoxide (DMSO) Hybri-Max | Sigma-Aldrich | D2650 | |
Triton X-100, SigmaUltra | Sigma-Aldrich | T9284 | |
Dynabeads, Sheep anti-Mouse IgG | Invitrogen | 110.31 | Beads are also available as sheep anti-rabbit |
Dyna-Mag-2 magnet | Invitrogen | 123-21D |
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