Epigenom ve Tek Hücre Çözünürlüğünde Gen Ekspresyon Profillemesi için Fare Kardiyak Progenitör Hücrelerinden Çekirdek İzolasyonu

Bu protokolün temel amacı, genetik ve çevresel faktörlerin kalp gelişimi bağlamında etkileşimini ve konjenital kalp defektlerine katkılarını incelemektir. Tek çekirdekli RNA-seq ve tek çekirdekli ataksik gibi tek çekirdekli yaklaşımlar, kalp gelişimi sırasında sağlık ve hastalıkta hücresel heterojenliği incelemek için anahtar yöntemler olarak ortaya çıkmaktadır. Bu deneylerin sınırlayıcı bir adımı, tüm numunenin aynı anda çalıştırılması gerektiğidir.

Tüm deneysel koşullarla çalışırken, yeterince taze malzeme toplamak aynı anda tüm koşullar için zor olabilir. Son yıllarda tek hücreli alanda önemli bir ilerleme olmasına rağmen, asıl zorluk serbest örneklerin işlenmesidir. Zorluktan kaçınmak, konjenital kalp hastalığı defektlerinin altında yatan moleküler mekanizmayı tanımlamak için son derece yararlıdır.

Bu protokol, fare embriyolarından elde edilen dondurulmuş kalp hücresi süspansiyonundan yüksek kaliteli çekirdekleri başarılı bir şekilde izole etmek için izlenecek adımları açıklamaktadır. Protokolümüz, aşağı akış tek çekirdekli RNA-seq ve tek çekirdekli ataksik ile uyumludur. Bu prosedürün ilgilenen araştırmacılara yardımcı olacağını ve araştırmaları için bu güçlü yöntemi kullanmalarını teşvik edeceğini umuyoruz.