Isolamento di nuclei da cellule progenitrici cardiache di topo per il profilo dell'epigenoma e dell'espressione genica a risoluzione di singole cellule

L'obiettivo principale di questo protocollo è studiare l'interazione di fattori genetici e ambientali nel contesto dello sviluppo cardiaco e il loro contributo ai difetti cardiaci congeniti. Gli approcci a singoli nuclei come l'RNA-seq a singolo nucleo e l'atassicità a nucleo singolo stanno emergendo come metodi chiave per studiare l'eterogeneità cellulare nella salute e nella malattia durante lo sviluppo del cuore. Un passo limitante di questi esperimenti è che tutto il campione deve essere eseguito contemporaneamente.

Mentre si lavora con tutte le condizioni sperimentali, raccogliere materiale abbastanza fresco per tutte le condizioni contemporaneamente potrebbe essere difficile. Sebbene negli ultimi anni ci siano stati progressi significativi nel campo in cella singola, la difficoltà principale è l'elaborazione di campioni liberi. Evitare la difficoltà è estremamente utile per identificare il meccanismo molecolare alla base dei difetti delle cardiopatie congenite.

Questo protocollo descrive i passi da seguire per isolare con successo nuclei di alta qualità da sospensioni di cellule cardiache congelate ottenute da embrioni di topo. E il nostro protocollo è compatibile con i singoli nuclei a valle RNA-seq e i singoli nuclei atassici. Speriamo che questa procedura aiuti i ricercatori interessati e li incoraggi a utilizzare questo potente metodo per le loro ricerche.