Biz Rebecca Williams ve Cornell BRC görüntüleme Johanna Dela Cruz ve Andrew Recknagel yararlı öneriler ve teknik yardım için teşekkür ederiz. Bu eser Ulusal Sağlık grant Enstitüleri için desteklenen S10-OD018516 (için Cornell tesis görüntüleme), T32HD057854 J.C.B. için ve R01-GM45415 J.C.S. için

Cornell Üniversitesi'nin kurumsal hayvan bakım ve kullanım Komitesi (IACUC) burada, JCS iletişim kuralına 2004-0038 altında açıklanan tüm yöntemleri onayladı.
1. hazırlanması kültür ortam ve aygıtlar
<ol><li>Çalışma alanı % 10 çamaşır suyu ile temiz ve en az 5 min için çalışma alanı yüzeyinde kalır çamaşır suyu izin silin. 5 dk sonra fazla çamaşır suyu temiz kağıt havlu ve % 70 etanol (alkol) ile kaldırın. % 70 ile iyice diseksiyon mikroskop temiz alkol. Not: Bu çalışma alanının en az yarı steril organ kültürlerin kirlenmesini önlemek için önemlidir.</li>
	<li>Şal temiz forseps ve makas % 70 ile nemlendirilmiş bir kağıt havlu ile alkol kullanım zaman kadar. Not: İdeal diseksiyon araçları yumurtalık yaş/boyutuna göre değişebilir. En iyi sonuçları bir mikro keskin diseksiyon makas, iki iyi ipucu forseps (ya sayı 5 veya 55) kullanarak elde edilir ve bir mikro Iris makas anatomi.</li>
	<li>Konik bir tüp içinde 50 mL yumurtalık kültür medya ve sıcak bir 37 ° C su banyosu içinde olun.<ol>
<li>Yumurtalık kültür orta4yapmak için en az temel medya (MEM) ile %10 Fetal sığır Serum (FBS), 25 mM (4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic asit (HEPES), 100 adet/mL penisilin, 100 µg/mL streptomisin, 0,25 µg/mL x 1 ek Amfoterisin B (Örneğin, MEM, 45 mL 5 mL ısı de inaktive FBS, HEPES 1,25 mL ve penisilin, streptomisin ve Amfoterisin B 100 x stokunun 0.5 mL).</li>
	</ol>
</li>
	<li>Kaplamalar ve ekler yumurtalık kültür önce hazırlayın.<ol>
<li>Bir doku kültürü başlık, bir 35 mm doku kültürü plakasına yumurtalık kültür orta 1 mL ekleyin.</li>
		<li>INSERT membran kültür orta ile önceden ıslatın. Genellikle 0.55 mL başına, 24 iyi taşıyıcı doku kültürü levha ve yer bir hücre kültürü eklemek kuyuda yeterli miktarda ortam ekleyin. Medya Ekle'nın membran dokunur emin olun.</li>
		<li>35 mm plakalar ve wells ile hücre kültür ekler yumurtalık deneyinde beklenen sayısına göre hazırlayın. Kültür medya ve kültür medya ve 37 ° C, % 5 CO2ve atmosferik O2 kuluçka ekler içeren 24-iyi taşıyıcı plaka 1 mL içeren 35 mm tabak koyun.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Sıcak bir tabak diseksiyon kapsamın yanındaki düzenlemek ve 37 ° c sıcaklık ayarla Bir 37 ° C, % 5 CO2 tutun ve atmosferik O2 kuluçka diseksiyon oda yakın.</li>
</ol>2. yumurtalık diseksiyon ve Organ kültür
Not: Sigara-ideal sıcaklık maruz en az olduğu sürece yumurtalık oda sıcaklığında disseke.
<ol><li>Doğum sonrası gündüzleri 5, işten çıkarma, teker teker, dişi fareler ötenazi. Not: Ötenazi araştırma gerçekleştirildiği tesiste mevcut IACUC kurallarına göre yapılmalıdır.</li>
	<li>Hayvan % 70 ile sprey alkol. Hayvan diseksiyon mikroskop altında kuru kağıt havlu üzerine yerleştirin. Yumurtalık kültür ortamı diseksiyon mikroskop yakın içeren bir 35 mm doku kültürü tabak yerleştirin.</li>
	<li>Forseps veya mikro diseksiyon Iris makas ile bağırsak kesmemeye dikkat kullanarak bir kesik deri yoluyla hayvan ve karın boşluğu içine olun. Bağırsak karın boşluğu dışarı itmek ve yumurtalıklar bulun. Yumurtalık ayıklamak ve kültür ortamı içeren 35-mm doku kültürü çanak içine koyun.</li>
	<li>Sonra yumurtalık hayvandan disseke, yumurtalıklar ve ekli herhangi bir doku daha iyi görmek için diseksiyon mikroskop büyütme artırın. İle iyi ipucu forseps temiz, tüm olmayan yumurtalık dokusu, bursa ve yağ dokusu gibi kaldırın. Yumurtalık ne zaman ekli olmayan yumurtalık dokusunu korumak için dikkatli olun.</li>
	<li>Yumurtalık izole olduğunda, çift taşıyıcı 24-şey plaka öncesi hücre kültür ekler yerleştirin (Adım 1.4.2 ve 1.4.3 bakın) ve organ nemli tutmak için yeterli olduğundan emin olmak için orta ses seviyesini (olmadan tamamen Bu batış). Dikkat: hücre kültürü Ekle membran bir delik yumurtalık aktarırken poke değil dikkatli olun.</li>
	<li>Yer organları 37 ° C, % 5 CO2ve atmosferik O2 kuluçka explanted.</li>
	<li>2.1-2.6 her hayvan yumurtalık disseke kadar hücre kültürü üzerinde yerleştirilen yumurtalık kültür ortamı içeren 24-şey Montaj levhası adımları yineleyin.</li>
	<li>Değişiklik yumurtalık kültür orta 2 günde kullanarak Over medya aliquots 37 ° C su banyosundan ısıttı ve Bölüm 3 istenen deneysel zamanda noktada protokolünün geçin.</li>
</ol>3. doku fiksasyon
<ol><li>%4 paraformaldehyde (PFA) 1 fosfat tamponlu tuz çözeltisi (PBS) x 15 mL konik tüp hazırlayın (Örneğin, Ekle % 16 PFA elektron mikroskobu grade 2 mL 1 x PBS için 6 mL). Dikkat: PFA tehlikeli bir maddedir ve kimyasal bir başlık altında ele alınmalıdır.</li>
	<li>Kültürlü yumurtalık dokusu ile taze hazırlanmış % 4 İngiltere'de yılın çözüm kapsayan tarafından gelen Kültür Ekle, doku çıkarmadan düzeltmek. (Buharlaşma) önlemek için plastik yapıştırıcı ile plaka kenarlarını kapatın ve örnekleri gecede 4 ° C'de yer. Not: kullanım ve doku bütünlüğü kolaylaştırmak amacıyla, yumurtalıklar üzerinden hücre kültür Ekle bütün prosedür boyunca yerinden kaçının. Kültürlü yumurtalık ekleme yüzeye bağlı işleme için avantajlı zarar veya organ kaybetme olmadan.</li>
	<li>3 doku durulama x % 70 ile alkol ve ya 4.1 veya mağaza içinde mercek şişeleri dolu ile adım geçin % 70 alkol kadar 4 ° C'de daha fazla işleme. Not: Eğer doku endogenously kullanarak floresan protein, % 70 örnekleriyle depolama ifade alkol büyük ölçüde sinyali azaltabilir. Alternatif olarak, doku durulanır ve PBS ile % 0,2 sodyum azid (NaN3) saklanır. NaN3 olduğunu, ancak, çok zehirli ve ciddi solunum yolu tehlike teşkil etmektedir. Hisse senedi çözüm duman mahallede olun ve uygun kişisel koruyucu ekipman gibi bir laboratuvar mont ve nitril eldiven giyiyor kolu.</li>
</ol>4. bütün Dağı ayirt
<ol><li>4 h permeabilization adım 4.3 önce en az 1 x PBS RT, sabit doku yerleştirin.</li>
	<li>Permeabilization çözüm ve engelleme çözüm hazırlamak.<ol>
<li>Permeabilization çözüm açıklandığı şekilde hazırlayın. 1 x PBS için % 0,2 polivinil alkol (PVA), % 0,1 sodyum borhidrür (NaBH4) çözümden (14 M sodyum hidroksit (NaOH) çözüm içinde 12 wt.%) ve % 1.5 polietilen glikol tert -octylphenyl eter (iyonik olmayan yüzey aktif deterjan) ekleyin. 50 mL konik tüp 10 PBS x 5 mL, PVA, NaBH450 µL ve iyonik olmayan yüzey aktif deterjan 750 µL 0.1 g ekleyin, sonra ultrasaf ekleyin ilâ 50 mL su ve karışım tamamen çözümünde olana de oda sıcaklığında kışkırtmak.</li>
		<li>Engelleme çözüm açıklandığı şekilde hazırlayın. 1 x PBS, % 0,1 iyonik olmayan yüzey aktif deterjan, %0,15 2.5 M glisin pH 7.4 eklemek için % 10 normal keçi serum, % 3 sığır serum albumin (BSA), %0,2 NaN3, 100 adet/mL penisilin, 100 µg/mL streptomisin ve 0,25 µg/mL Amfoterisin B. stok çözeltisi hazırlamak 2.5 glisin ultrasaf su için bir 500 mL son hacim (pH 7,4) 93.8 g ve % 10 NaN3 hisse senedi bir çözüm ultrasaf su 50 ml 5 g çözülerek eriterek tarafından M glisin; sonra bir 50 mL konik tüp içinde 10 x PBS, 50 µL iyonik olmayan yüzey aktif deterjan, 750 µL glisin hisse senedi çözüm, keçi serum, BSA, 1.5 g NaN3 hisse senedi çözüm 1 mL 5 mL 5 mL ekleyerek engelleme çözüm hazırlamak ve penisilin, streptomisin ve Amfoterisin B 100 x stokunun 0.5 mL. 50 mL ve şırınga filtre son hacmi kadar ultrasaf su nihai çözüm ekleyin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Kaldırın ve 1 x PBS şişeyi üzerinden atmak ve sonra yumurtalık tamamen batırmak için yeterli permeabilization çözüm ekleyin. Örnek permeabilization çözüm üzerinde bir orbital Çalkalayıcı (Örneğin, nutator) oda sıcaklığında 4 h için yerleştirin. Not: Kuluçka zaman organ kalınlığı göre değişebilir.</li>
	<li>Permeabilization çözüm yumurtalıklar tamamen batırmak için yeterli engelleme bir çözüm ile değiştirin. Şişe plastik yapıştırıcı ile kapatın ve en az 12 h bir orbital Çalkalayıcı üzerinde oda sıcaklığında kuluçka doku bırakın.</li>
	<li>Başı olarak üreticinin veri sayfası engelleme çözümde birincil antikor seyreltme hazırlayın. : Not tüm antikorlar Temizleme Aracı ile uyumludur. Örnek gerekli ortalama hacmi yaklaşık 750 µL var.<ol>
<li>Oosit miktar için TAp63 kullanın (nükleer oosit marker) ve MVH (sitoplazmik germ hücre işaretçisi). Not: fare anti-p63 ve tavşan anti-MVH ayirt Albümdeki kullanılan antikor vardır). Birincil antikor eriyik-ebilmek var olmak yeniden kullanılan 2 x veya 4 ° C'de Protokoller boyama arasında saklanan ve bakteriyel büyüme önlemek için uygun şekilde yönetilmesini daha fazla.</li>
	</ol>
</li>
	<li>24-şey plaka dokusunda içeren INSERT yerleştirin ve yaklaşık 750 µL birincil antikor çözüm ekleyin. Yumurtalık tamamen batık emin olun. Buharlaşma en aza indirmek ve orbital Çalkalayıcı üzerinde oda sıcaklığında 4 gün için kuluçka doku bırakmak için plastik yapıştırıcı ile plaka mühür.</li>
	<li>Yıkama çözüm hazırlamak.<ol>
<li>Yıkama çözüm açıklandığı şekilde hazırlayın. 1 x PBS, olun % 0,2 PVA ve % 0.15 iyonik olmayan yüzey aktif deterjan ekleyin. 50 mL konik tüp 10 PBS x 5 mL, PVA 0.1 g, 75 µL iyonik olmayan yüzey aktif deterjan ve son hacmi 50 mL kadar ultrasaf su ekleyin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Birincil antikor seyreltme kaldırın ve yıkama çözüm bol miktarda ekleyin. Her zaman yumurtalık daldırın emin olun. Yumurtalık orbital Çalkalayıcı üzerinde oda sıcaklığında gecede çözümde emmek izin.</li>
	<li>Yıkama çözüm yerini ve orbital Çalkalayıcı 2 saat veya daha fazla üzerinde kuluçkaya.</li>
	<li>4,9 adımı yineleyin bir ek süre.</li>
	<li>Çözüm kapatmaktır ikincil antikor seyreltme hazırlayın. Not: kullanılan ikincil antikorlar keçi ve keçi kaldırdı Anti-tavşan 594 floresan boya büyüdü Anti-fare 488 floresan boya vardır. Adım 4.5 bakın. ortalama birim için örnek gerekli.</li>
	<li>Yıkama çözüm yumurtalıklar kaldırın ve ikincil antikor çözüm ekleyin. Işık (alüminyum folyo ile sarma plaka) örnekleri korumak ve buharlaşma en aza indirmek için plastik yapıştırıcı ile plaka mühür. Oda sıcaklığında bir orbital Çalkalayıcı örnekleri için 2 gün kuluçkaya. Not: Alüminyum folyo sırasında tüm sonraki kuluçka adımları kullanarak ışık örnekleri korunmaya devam.</li>
	<li>İkincil antikor çözüm örnekleri kaldırın ve yıkama çözüm ekleyin. Orbital Çalkalayıcı 8 h için üzerinde kuluçkaya. Not: 4,6-Diamidino-2-phenylindole (DAPI) Boyama isterseniz, DAPI 50 ng/mL yıkama için ilk adım (~ 8 h kuluçka) ekleyin.</li>
	<li>Bir gecede yıkama yıkama çözüm değiştirin.</li>
	<li>Hazırlanırken takas çözüm (bakınız Bölüm 5), çözüm ile taze çözüm yıkama gecede değiştirin ve orbital Çalkalayıcı üzerinde örnekleri oda sıcaklığında tutmak.</li>
</ol>5. yumurtalık temizlenmesi ve görüntüleme
<ol><li>ScaleS(0) çözüm temizleyerek hazırlayın.<ol>
<li>Belirli oranda ayıraçlar ekleyerek çözüm10 takas ScaleS(0) hazırlamak: % 40 D-(-) sorbitol (w/v), % 10 gliserol, 4,3 M üre ve % 20 Dimetil sülfoksit (DMSO), pH 8.1 (örneğin bir 50 mL konik tüp 2.5 mL gliserol sorbitol 10 g ekleyin , DMSO 5 mL ve 9 M üre için 25 mL toplam hacmi 12 mL. İnversiyon için 30 dk 50 ° C'de tarafından çözüm mix ve kullanımdan önce degas.)</li>
	</ol>
</li>
	<li>Çamaşır çözümü kaldırmak ve çözüm Temizleme örnekleri daldırın. Daha iyi sonuçlar için orbital Çalkalayıcı örnekleri korumak.</li>
	<li>Takas çözüm 2 yerine doku şeffaf (yaklaşık 2 gün) hale gelinceye kadar her gün x.</li>
	<li>Doku temizlenir sonra örnek bir para cezası ile kültürlü yumurtalık içeren INSERT membran dikkatlice kaldırarak görüntüleme için hazırlamak ipucu neşter ve örnek bir cam slayt üzerinde yerleştirerek.</li>
	<li>Mikroskop optik kesit yetenekli üzerinde örnekleri Imaging'e devam edin.</li>
</ol>6. oosit miktar
Not: Hücreleri ölçmek mümkün birçok farklı bilgisayar programları vardır. Aşağıda açıklanan kullanarak ticari olmayan görüntü işleme paketi, FIJI-ImageJ14yumurta miktar için bir protokoldür.
<ol><li>Z -yığın görüntü serisi bir düzleştirilmiş maksimum yoğunluk projeksiyon (olmadan DAPI kanal) ilgi belirli hücresel işaretleri kullanarak, görüntüyü bir siyah beyaz görüntü açılan 8-bit görüntü türü ' nün altında dönüştürün. menü.</li>
	<li>Görüntü damla-aşağı yemek listesi altında ayarla sekmesini vurgulamak ve Eşikseçin.</li>
	<li>El ile tek tek her yumurta en iyi tanımlayan bir düzeye eşik ayarlayın. Düzeyi belirlendikten sonra siyah ve beyaz bir görüntü oluşturmak için Uygula ' yı tıklatın. Bir kez tam, örnek belirlenmesinde Oval veya Freehand simgesini kullanarak ölçmek. Not: FIJI-ImageJ ince ayar parçacık miktar için kullanılacak görüntü için farklı seçenekler vardır. Örneğin, süreci içinde | İkili sekmesinde, ne sayılır algılama geliştirmek için kullanılabilecek farklı seçenekler vardır. Şekil 4' te, daha iyi köklerinin kişiselleştirmek için kullanılan seçenekleri Erode boşluğu doldurman gerekve dönüm noktasıson olarak takip, yapıldı.</li>
	<li>Analiz açılır menüsünün altında analizseçen. Parametrelere göre istenen çözünürlüğü ayarla.</li>
</ol>

<ol>
	<li>O'Brien, M. J., Pendola, J. K., Eppig, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Revised+Protocol+for+In+Vitro+Development+of+Mouse+Oocytes+from+Primordial+Follicles+Dramatically+Improves+Their+Developmental+Competence.">A Revised Protocol for In Vitro Development of Mouse Oocytes from Primordial Follicles Dramatically Improves Their Developmental Competence.</a> Biology of Reproduction. 68 (5), 1682-1686 (2003).</li><li>Morgan, S., Campbell, L., Allison, V., Murray, A., Spears, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Culture+and+Co-Culture+of+Mouse+Ovaries+and+Ovarian+Follicles.">Culture and Co-Culture of Mouse Ovaries and Ovarian Follicles.</a> Journal of Visualized Experiments. (97), (2015).</li><li>Livera, G., Rouiller-Fabre, V., Valla, J., Habert, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+retinoids+on+the+meiosis+in+the+fetal+rat+ovary+in+culture.">Effects of retinoids on the meiosis in the fetal rat ovary in culture.</a> Molecular and Cellular Endocrinology. 165 (1), 225-231 (2000).</li><li>Livera, G., Petre-Lazar, B., Guerquin, M. -. J., Trautmann, E., Coffigny, H., Habert, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=p63+null+mutation+protects+mouse+oocytes+from+radio-induced+apoptosis.">p63 null mutation protects mouse oocytes from radio-induced apoptosis.</a> Reproduction. 135 (1), 3-12 (2008).</li><li>Tilly, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ovarian+follicle+counts+-+not+as+simple+as+1,+2,+3.">Ovarian follicle counts - not as simple as 1, 2, 3.</a> Reproductive Biology and Endocrinology. 1, 11 (2003).</li><li>Bucci, T. J., Bolon, B., Warbritton, A. R., Chen, J. J., Heindel, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Influence+of+sampling+on+the+reproducibility+of+ovarian+follicle+counts+in+mouse+toxicity+studies.">Influence of sampling on the reproducibility of ovarian follicle counts in mouse toxicity studies.</a> Reproductive Toxicology. 11 (5), 689-696 (1997).</li><li>Skodras, A., Marcelli, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Computer-Generated+Ovaries+to+Assist+Follicle+Counting+Experiments.">Computer-Generated Ovaries to Assist Follicle Counting Experiments.</a> PLOS ONE. 10 (3), e0120242 (2015).</li><li>Malki, S., Tharp, M. E., Bortvin, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Whole-Mount+Approach+for+Accurate+Quantitative+and+Spatial+Assessment+of+Fetal+Oocyte+Dynamics+in+Mice.">A Whole-Mount Approach for Accurate Quantitative and Spatial Assessment of Fetal Oocyte Dynamics in Mice.</a> Biology of Reproduction. 93 (5), (2015).</li><li>Feng, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CLARITY+reveals+dynamics+of+ovarian+follicular+architecture+and+vasculature+in+three-dimensions.">CLARITY reveals dynamics of ovarian follicular architecture and vasculature in three-dimensions.</a> Scientific Reports. 7, (2017).</li><li>Hama, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ScaleS:+an+optical+clearing+palette+for+biological+imaging.">ScaleS: an optical clearing palette for biological imaging.</a> Nature Neuroscience. 18 (10), 1518-1529 (2015).</li><li>Ke, M. -. T., Fujimoto, S., Imai, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SeeDB:+a+simple+and+morphology-preserving+optical+clearing+agent+for+neuronal+circuit+reconstruction.">SeeDB: a simple and morphology-preserving optical clearing agent for neuronal circuit reconstruction.</a> Nature Neuroscience. 16 (8), 1154-1161 (2013).</li><li>Kuwajima, T., Sitko, A. A., Bhansali, P., Jurgens, C., Guido, W., Mason, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ClearT:+a+detergent-+and+solvent-free+clearing+method+for+neuronal+and+non-neuronal+tissue.">ClearT: a detergent- and solvent-free clearing method for neuronal and non-neuronal tissue.</a> Development. 140 (6), 1364-1368 (2013).</li><li>Rinaldi, V. D., Hsieh, K., Munroe, R., Bolcun-Filas, E. M., Schimenti, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pharmacological+Inhibition+of+the+DNA+Damage+Checkpoint+Prevents+Radiation-Induced+Oocyte+Death.">Pharmacological Inhibition of the DNA Damage Checkpoint Prevents Radiation-Induced Oocyte Death.</a> Genetics. , (2017).</li><li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fiji:+an+open-source+platform+for+biological-image+analysis.">Fiji: an open-source platform for biological-image analysis.</a> Nature Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li><li>Obata, Y., Kono, T., Hatada, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oogenesis:+Maturation+of+mouse+fetal+germ+cells+in+vitro.">Oogenesis: Maturation of mouse fetal germ cells in vitro.</a> Nature. 418 (6897), 497 (2002).</li><li>Faire, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Follicle+dynamics+and+global+organization+in+the+intact+mouse+ovary.">Follicle dynamics and global organization in the intact mouse ovary.</a> Developmental Biology. 403 (1), 69-79 (2015).</li><li>Byrne, C., Hardman, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole-Mount+Assays+for+Gene+Induction+and+Barrier+Formation+in+the+Developing+Epidermis.">Whole-Mount Assays for Gene Induction and Barrier Formation in the Developing Epidermis.</a> Epidermal Cells. , 127-136 (2005).</li><li>Lauter, G., S&#246;ll, I., Hauptmann, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multicolor+fluorescent+in+situ+hybridization+to+define+abutting+and+overlapping+gene+expression+in+the+embryonic+zebrafish+brain.">Multicolor fluorescent in situ hybridization to define abutting and overlapping gene expression in the embryonic zebrafish brain.</a> Neural Development. 6, 10 (2011).</li><li>Laronda, M. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+bioprosthetic+ovary+created+using+3D+printed+microporous+scaffolds+restores+ovarian+function+in+sterilized+mice.">A bioprosthetic ovary created using 3D printed microporous scaffolds restores ovarian function in sterilized mice.</a> Nature Communications. 8, (2017).</li></ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Memeli üreme çalışma kullanarak ve hücre kültürü için rutin olarak mükellef olmayan özel hücreler miktarının gerektirir. Ancak, ex vivo kültür sistemleri yumurtalık ve folikül canlılık1,15Bakımı etkilidir. Yumurtalık kültür sırasında doku Difüzyon yoluyla besin alışverişini için geniş bir yüzey alanı gerektirir. Bu nedenle, yumurtalık boyutunda idealdir ve şekil organ kültür için 5 - gün eski fare. Bu iletişim kuralı yumurtalık kültür yedi gün boyunca muhafaza için optimize edildi ama yumurtalık kültür uzunluğu belirli bilimsel soru1,4göre ayarlanabilir. Yumurtalık kadar az üç gündür kültürlü ve on gün (veri gösterilmez) sürece, ama yumurtalık hayvanlardan on gün büyük ve kültür-ebilmek değil var olmak etkili, böylece bir sınırlama Protokolü'nün vurgulayarak daha yaşlı benzer sonuçlar elde ettik.
Ex vivo yumurtalık kültür gerekmiyorsa, düzeltmek ve değişiklikler daha büyük doku boyutu9,-16ayarlamak için gerekli, ancak büyük yumurtalıklar açıklanan, protokolü ile leke mümkündür. Daha büyük yumurtalıklar her iki uzun antikor kuluçka adımlarla veya doku olabilir birkaç küçük parçalar halinde bölümleme tarafından leke mümkün olabileceğini gösterir organ içine antikorların pasif difüzyon açıklanan boyama Protokolü bağlıdır görüntüleme sonra yeniden olabilir. Üre ve sorbitol çünkü bu daha kısa bir kuluçka dönemi gerekli yenidoğan kültürlü yumurtalık için etkili oldu ajan Temizleme ScaleS(0) içinde (ScaleA2)8,10 üre ve gliserol ile takas aracıları için rapor . Ayrıca, düşük yoğunlukta sodyum borhidrür (NaBH4) permeabilization çözümünde kullanımı arka plan gürültü düşmüştür ve, birlikte daha uzun incubations birincil ve ikincil antikorlar ile örneklerinin kolaylaştırdı derin doku içinde boyama. Ayrıca, PVA kullanımında permeabilization ve çözümler yıkama sahte parçacıklar için doku17,18yapışmasını önler.
Sağlıksız yumurtalıklar fiksasyon ve işleme ayırarak iken bu protokol için INSERT membran kültürlü sağlıklı yumurtalık eklemek olacaktır. Forseps ile gevşek doku işleme yumurtalık ve büyük olasılıkla uzlaşma görüntüleme zarar verir. Alternatif olarak, gevşek doku % 5 özel prizler içinde katıştırılmış veya açılış belgili tanımlık uç ona zarar vermemeye kadar geniş olduğu sürece transfer Pipetler ile ele. İle ilgili immunostaining, birincil antikorlar haricinde bu protokol için kullanılan farklı performans gösterebilir ve en iyi duruma getirme permeabilization ve kuluçka adımda gerektirebilir.
Son olarak, protokol ile karşılaştırıldığında geleneksel parafin gömülü seri bölümler genç yumurtalıklar üzerinden köklerinin miktarının doğru alternatif bir yaklaşım açıklar veya diğer daha önce açıklanan bütün Dağı görüntülerden köklerinin hacimsel miktar 5 , 9 , 16. araştırmacı gereksinimleri, yordamı için iletişim kuralında tanımlanan oosit miktar da olabilir bağlı olarak kullanılan karakterize farklı aşamalarında foliküler gelişim19. Yazılım tarafından oluşturulan parçacık alan hücre çapı belirlemek ve böylece foliküler sahne çıkarmak için kullanılabilir.

Hücresel kompozisyon ve memeli yumurtalık morfolojik özelliklerinin çalışması için bilim adamları çoğunlukla parafin gömülü yumurtalık immunohistological boyama tarafından takip vivo deneyler kullanır. Son zamanlarda tüm yumurtalık organı kültür tekniği daha iyi görselleştirme ile birleştiğinde olabilir çünkü yumurtalık işlev1,2,3,4 çalışma için etkili bir alternatif olduğu ispatlanmıştır rağmen daha fazla ve miktar araçları. Geleneksel olarak, yeniden inşa üç boyutlu yumurtalık mimari gömülü parafin seri bölümlerden ama zahmetli ve zaman tüketmek, seri olarak gömülü parafin doku kesit olmanın yanı sıra yumurtalık Morfoloji analizi bağlıdır değil garanti uygun yeniden yapılanma organ yapar ve bölümler kez kaybolan veya süreç içinde yanlış emretti.
Teknik sorunlar seri kesit ile ilişkili ek olarak, ayrıca düzenli olarak yumurtalık5,6başına folikül numara ölçmek için kullanılan yöntemleri değişimler vardır. Şu anda kullanılan metodolojik değişkenlik meta-analiz yumurtalık rezervinin çalışmaları5,7bozar. Örneğin, farklı araştırma makaleleri folikül numaralardan 10 kat veya daha fazla belirli zorlanma6içinde benzer gelişimsel yaş arası değişebilir. Bu büyük farklılıklar bildirilen folikül miktar karışıklığa yol açabilecek ve çapraz-çalışma karşılaştırmalar engel. Deneysel, folikül miktar geleneksel yaklaşımlar seri bölümlerden bölümleri önceden tanımlanmış bir dizi köklerinin sayarak gerçekleştirilir (Örneğin, her beşinci, onuncu, veya diğer bölüm). Bu yaklaşımı kullanarak folikül sayıları değişkenlik değil sadece hangi bölümlerin sayılır içinde periyodik olarak aynı zamanda varyasyonlarından bölüm kalınlığı ve seri bölümler5,6üreten teknik deneyim ortaya çıkar. Onun değişkenliği ek olarak, geleneksel doku kesit başka bir dezavantaj genç hayvanlardan küçük yumurtalıkların kesit özellikle zorlu ve doku yönlendirme8son derece bağımlı olmasıdır.
İletişim kuralı aşağıdaki rutin olarak kullanılan yumurtalık kültür tekniği1 açıklanır ama fiziksel takas doku ile kesit ve optik confocal mikroskopi8 kullanarak kesit yerine kullanarak geleneksel folikül miktar geliştirir ,9. Bir üre ve sorbitol-tabanlı içinde doku daldırma (ezelî belgili tanımlık lüzum için Transkraniyal perfüzyon veya Elektroforez) kullanarak Temizleme (Örneğin, ScaleS(0)10) çözüm immunostaining ile uyumlu olduğunu kanıtladı ve azaltılması için izin zaman görüntüleme derinliğini ödün vermeden temizlemek. Diğer bildirilen yolu (örneğin, ScaleA28,10, SeeDB11, berrak12ve ClearT212) ya daha fazla zaman alıcı veya derinlemesine optik çözünürlük örnek izin vermez. O daha az emek yoğun olması ve organ'ın üç boyutlu mimari7,8tutar optik kesit avantajlıdır. Örnekleri hazırlanması doku temizlemek için pahalı reaktifler gerektirmez ve göreli kolaylıkla yapılabilir Bu yaklaşımın başka bir şeydir.
Özellikle, açıklanan protokol kültürlü fare yumurtalık için doğum sonrası gün beş optimize edilmiş ama doğum sonrası gün 0 - 10 arasında değişen yumurtalıklarda gerçekleştirilmiştir. Yöntem doku doğal olarak membran üzerinde bu kültürlü, organ işleme ve işleme kolaylaştırmak için verdiği bir yumurtalık kültür sistemi kullanır. Açıklanan kültür sistemi 10 güne kadar ve ne kadar farklı deneysel koşullar değerlendirmek için explanted yumurtalıkların yumurta hayatta kalma13ile girişime neden olabilir korumak için kullanılabilir. Açıklanan miktar yordam ticari olmayan görüntü işleme paket FIJI-ImageJ14 kullanılarak gerçekleştirilir ve çoğu kişisel bilgisayarda yapılabilir. Ayrıca, miktar için kullanılan görüntüleri böylece gelecek meta-analiz için izin bilimsel topluluk için yaygın olarak kullanılabilir duruma getirilebilir.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="882">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:341px;">Micro dissecting scissor 4.5&#34;, straight, sharp points</td>
			<td style="width:200px;">Roboz</td>
			<td style="width:117px;">RS-5912</td>
			<td style="width:224px;">Micro dissecting scissor</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Jewelers style forceps 4-3/8&#34;, style 5</td>
			<td>Integra Miltex</td>
			<td>17-305X</td>
			<td>Fine tip forceps</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Micro Iris Scissors 4&#34;, straight, sharp points</td>
			<td>Integra Miltex</td>
			<td>18-1618</td>
			<td>Micro dissecting iris scissor or micro dissecting spring scissor</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">1X Minimal Essential Media (MEM)</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>11090-081</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Fetal Bovine Serium</td>
			<td>Corning</td>
			<td>35011CV</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">HEPES (1M)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>15630080</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Antibiotic-Antimycotic (100X)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>15240062</td>
			<td>Used in Step 1.3.1</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">35mm Tissue Culture Treated Dish</td>
			<td>Corning</td>
			<td>430165</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Nunc&#8482; 24-Well Carrier Plate for Cell Culture Inserts</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>141006</td>
			<td>Pore size: 8&#956;m</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Paraformaldehyde (PFA)</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>15710</td>
			<td>16% solution</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">1X Phosphate-Buffered Saline (PBS)</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>10010023</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Nutator mixer GyroTwister&#8482;</td>
			<td>Labnet</td>
			<td>S1000-A-B</td>
			<td>three dimensional shaker</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Normal Goat Serum</td>
			<td>VWR</td>
			<td>103219-578</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Bovine Serum Albumen (BSA)</td>
			<td>VWR</td>
			<td>97061-416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;">Sodium Azide (NaN3)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S2002-25G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Sodium borohydride solution (NaBH4)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>452904-25ML</td>
			<td>Use the solution, rather than the tablet or powder form&#160;</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Polyvinyl Alcohol (PVA)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P8136-250G</td>
			<td>Cold water soluble</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Triton&#8482; X-100</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>93443-100ML</td>
			<td>polyethylene glycol tert-octylphenyl ether</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Syringe filters</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>725-2520</td>
			<td>25mm</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">10mL Syringes</td>
			<td>BD</td>
			<td>309695</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Mouse anti-p63 antibody (4A4)</td>
			<td>Biocare Medical</td>
			<td>CM 163A</td>
			<td>Dilution 1:500</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Rabbit anti-MVH antibody</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab13840</td>
			<td>Dilution 1:600</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Alexa Fluor&#174; goat anti-mouse 594</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>A-11032</td>
			<td>Dilution 1:1000</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Alexa Fluor&#174; goat anti-rabbit 488</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>A-11034</td>
			<td>Dilution 1:1000</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">4,6-Diamidino-2-phenylindole (DAPI)&#160;</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>62248</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">D-(-)sorbitol&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>240850-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Glycerol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G9012-100ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Urea</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>U5378-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">Dimethyl sulfoxide (DMSO)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D2650-5X10ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">FIJI-ImageJ</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Image processing software</td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;">Disposable plastic transfer pipettes</td>
			<td>VWR</td>
			<td>414044-034</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

whole mount immunofluorescence and follicle quantification of cultured mouse ovaries

Memeli üreme biyolojisi alanında araştırma sık sık yumurtalıklar ve testis genel sağlık değerlendirme içerir. Özellikle, kadın, yumurtalık fitness kez görselleştirme ve köklerinin ve yumurta miktarının değerlendirilir. Çünkü yumurtalık opak bir üç boyutlu dokusu, geleneksel yaklaşımlar zahmetle doku hücreleri tüm organ boyunca görselleştirmek için çok sayıda seri bölümlere Dilimleme gerektirir. Ayrıca, miktar tarafından bu yöntem genellikle yalnızca bir alt kümesini bir oosit yaklaşık çapı tarafından ayrılan bölümler puanlama gerektirir çünkü yanlışlık için eğilimli olduğunu. Burada, bir iletişim kuralı yerine tüm organ doku takas ve köklerinin ve yumurta görselleştirmek için fare yumurtalık ayirt boyama kullanan açıklanmıştır. Daha geleneksel yaklaşımlar, bu iletişim kuralını yumurtalık hücrelerde çok sayıda nedenlerle görselleştirme için avantajlı karşılaştırılır: 1) yumurtalık numune hazırlama ve işleme; bozulmadan kalır 2) bölüm için zor olan küçük yumurtalıkların, kolaylıkla incelenebilir; 3) hücresel miktar daha kolay ve doğru bir şekilde elde edilir; ve 4) yansıma tüm organ.

Bu iletişim kuralı 6 önemli adımları içerir diseksiyon yumurtalıklar, şekil 1' de özetlenen takip. Resim 2 , Şekil 3 , Şekil 4 optimizasyonu yumurtalıklar ve FIJI-ImageJ kullanarak tüm doku oosit miktar için Temizleme doku dahil en yeni şekil-in bu protokolü. Şekil 2A (sağ) ekleyerek takas çözüm yumurtalık için sonra bir kültürsüz 5 günlük doğum sonrası sabit yumurtalık önce (sol) ve 1 h görüntüleri gösterir. Yumurtalık çözüm takas sular altında dakika şeffaf olmaya başlayacak. Bir kez temizlenmiş, şekil 2A görüntüsü bir gibi küçük yumurtalıkların zarar vermeden işlemek zor olur. Bu nedenle, kültürlü explanted yumurtalık ile çalışma çünkü onlar kültürlü olduğunuz Ekle membran gözenekli yüzeye bağlı olmak avantajlıdır. Yumurtalık eki ekle membran için membran Ekle yerine yumurtalık kendisi (şekil 2B ve şekil 3) işlemek deneyci sağlar. Ayrıca, yakın kültürlü yumurtalık sigorta ve şekil 2B gösterir önce (sol) erimiş yumurtalık bağlı ve örnekleri (sağda) Hematoksilen temizledikten sonra lekeli.
Takas mümkün olmadan kültürlü yumurtalık optik kesit gerçekleştirme; Ancak, hücrelerin doku içinde derin arka plandan ayırt etmek zordur bir sinyal ve uygun oosit miktar (şekil 3A) açık sinyal bu eksikliği engellemektedir. Şekil 3Aaksine, şekil 3B oosit miktar tüm organ boyunca olanaklı olduğu temizlenen örneği temsilcisi bir görüntüdür. Şekil 3B bir gösterilmiştir (şekil 3B) kolayca sayısal olarak temizlenen kültürlü yumurtalık bütün organ görüntüleme önemli sinyal derin doku ve görüntü içinde kaybı olmadan yapılabilir olduğunu gösterir. Yumurta gibi bu örnekte miktarının için bir optik bölümleri Z-yığın dizi içine bir maksimum yoğunluk projeksiyon dönüştürerek ve sonra başka bir görüntü işleme paketi dosyasıyla işleme yaklaşımdır. Şekil 4 ve tamamlayıcı şekil 1 şekil 3B yumurta sayısını ölçmek için kullanılan adımları FIJI-ImageJ kullanarak vurgulayın. Ek tablo 1 FIJI-ImageJ'ın parçacık (oosit) miktar içerir. Miktar parçacıkların da bu yöntemi kullanarak verir çünkü her iki parçacık sayısı ve her bir parçacık karşılık gelen alan hakkında bilgi yazılım tarafından hesaplanan ve sağlanan yumurta büyüklüğüne göre farklı köklerinin analizi için kullanıcı.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57593/57593fig1.jpg"> Şekil 1: tüm iletişim kuralının şematik gösterim. Protokolü başında görsel Özeti (1), yumurtalık diseksiyon ile yumurtalık kültür (2), doku fiksasyon % 4 ile izledi PFA (3), belirli antikor (4), (5) görüntüleme, optik bölümünü kullanarak alma derin doku takas kullanarak immunostaining bir confocal mikroskop (6) ve yumurta miktar (7) ile biten. <a href="/files/ftp_upload/57593/57593fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57593/57593fig2.jpg"> Şekil 2: doku opaklık un temizlenmiş ve temizlendi yumurtalık arasındaki farkı. (A) yumurtalıktan postnatal günde beş (solda) takas olmadan ve 1 h (sağda) hafif takas sonra kuçu kuçu. (B) birden fazla yumurtalıkların birbirlerine yakın yedi gün boyunca kültürlü. İki farklı büyüklüklerde her örneğinin gösterilir. Takas ve en sağdaki görüntüleri ile takas olmadan en soldaki görüntülerdir. Yumurtalık kültür Ekle membran için eklemek olacaktır ve daha iyi boyunca protokolünün bağlı tutulması halinde ele alınabilir. Doku beyaz ışık kullanarak görüntüleme için karşıtlığı artırmak amacıyla, yumurtalık Hematoksilen 5 min için yapılan fiksasyon sonra sular altında. <a href="/files/ftp_upload/57593/57593fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57593/57593fig3.jpg"> Şekil 3: un temizlenmiş ve temizlendi yumurtalık ayirt görüntüleme. Yumurtalık doğum sonrası 5 gün pups üzerinden 7 gün boyunca kültürlü ve açıklanan protokol boyama bütün Dağı ayirt göre lekeli. Kırmızıyla gösterilen fare vasa homolog (MVH germ hücreleri tanımlamak için) ile ve yeşil etiketli hücreleri nükleer oosit özgü marker, p63 ile etiketli hücreleri vardır. DAPI, Mavili, tüm hücre çekirdeği etiketlemek için kullanıldı. (A) ayirt görüntüsü yumurtalık takas olmadan. Yumurtalık temizlenmesi ile (B) ayirt görüntüsü. <a href="/files/ftp_upload/57593/57593fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57593/57593fig4.jpg"> Şekil 4: görsel iş akışı için nasıl yumurta FIJI-ImageJ yazılım kullanarak ölçmek için. Veri analizi kolaylaştırmak için confocal uçak elde edilen görüntüleri maksimum yoğunluk projeksiyon bir 3D görüntü yerine azaltılabilir. Maksimum yoğunluk projeksiyon ile kullanıcı hedef parçacıklar belirgin hale gelir şekilde görüntü eşik parametreleri tanımlayabilirsiniz. Basitleştirilmiş görüntü alındıktan sonra yazılımı yumurta saymak için kullanılır. Parametreler ayarlanırken görüntüleri eleştirel incelenmesi çok önemlidir. Bu şekilde nasıl parçacık/oosit eşik ayarlayabilirsiniz bir örnek gösterilmektedir. Her görüntü yukarıdaki metin FIJI-ImageJ o görüntü elde etmek için kullanılan parametre vurgulamaktadır. Belgili tanımlık bilgisayar yazılımı (bkz. ek tablo 1) parçacıklar alan ölçümü içeren bir tablo oluşturur. <a href="/files/ftp_upload/57593/57593fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
Tamamlayıcı şekil 1: görsel iş akışı için nasıl yumurta FIJI-ImageJ yazılım (alt büyütme) kullanarak ölçmek için. Bu şekilde yakın iki yumurtalık için oosit miktar gösterilir. Gerçekleştirilen adımlar şekil 4ile aynıdır. 2,436 parçacıklar/köklerinin yazılım tarafından sayıldı. Yazılım lisansı alınan miktar verileri ek tablo 1' de bulunabilir. <a href="/files/ftp_upload/57593/Supplemental_Figure1_fix.pdf">Bu dosyayı indirmek için buraya tıklayınız.</a>
Ek tablo 1: folikül miktar FIJI-ImageJ tarafından hesaplanan. Bu tablo sayılan köklerinin ve tamamlayıcı şekil 1' deki görüntüden oluşturulan karşılık gelen alan listesini içerir. Miktar için kullanılan partikül büyüklüğü 10 µm2den kuruldu-Infinity. <a href="/files/ftp_upload/57593/Supplementary_table_1.xlsx">Bu dosyayı indirmek için buraya tıklayınız.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Whole Mount Immunofluorescence and Follicle Quantification of Cultured Mouse Ovaries at JoVE.com

Whole Mount Immunofluorescence and Follicle Quantification of Cultured Mouse Ovaries

Burada, köklerinin genç farelerin kültürlü yumurtalık içinde seri kesit olmadan ölçmek için bir protokol mevcut. Ayirt bütün organ ve doku takas kullanarak, fiziksel kesit optik kesit ile değiştirilir. Bu yöntem örnek hazırlama ve görselleştirme organ bütünlüğü korur ve belirli hücre otomatik miktar kolaylaştırır.

Bütün Dağı ayirt ve kültürlü fare yumurtalıklarda folikül miktar

Research in the field of mammalian reproductive biology often involves evaluating the overall health of ovaries and testes. Specifically, in females, ...

whole-mount-immunofluorescence-follicle-quantification-cultured-mouse

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

10.6K Görüntüleme.  Cornell University. Burada, köklerinin genç farelerin kültürlü yumurtalık içinde seri kesit olmadan ölçmek için bir protokol mevcut. Ayirt bütün organ ve doku takas kullanarak, fiziksel kesit optik kesit ile değiştirilir. Bu yöntem örnek hazırlama ve görselleştirme organ bütünlüğü korur ve belirli hücre otomatik miktar kolaylaştırır.

Video: Whole Mount Immunofluorescence and Follicle Quantification of Cultured Mouse Ovaries

Culture and Co-Culture of Mouse Ovaries and Ovarian Follicles

The mammalian ovary is composed of ovarian follicles, each follicle consisting of a single oocyte surrounded by somatic granulosa cells, enclosed together within a basement membrane. A finite pool of follicles is laid down during embryonic development, when oocytes in meiotic arrest form a close association with flattened granulosa cells, forming primordial follicles. By or shortly after birth, mammalian ovaries contain their lifetime&#8217;s supply of primordial follicles, from which point onwards there is a steady release of follicles into the growing follicular pool.
The ovary is particularly amenable to development in vitro, with follicles growing in a highly physiological manner in culture. This work describes the culture of whole neonatal ovaries containing primordial follicles, and the culture of individual ovarian follicles, a method which can support the development of follicles from an immature through to the preovulatory stage, after which their oocytes are able to undergo fertilization in vitro. The work outlined here uses culture systems to determine how the ovary is affected by exposure to external compounds. We also describe a co-culture system, which allows investigation of the interactions that occur between growing follicles and the non-growing pool of primordial follicles.

This protocol describes the primary culture/co-culture of mouse ovarian tissue, using ovaries from neonatal mice and individual ovarian follicles from prepubertal mice. The culture techniques support development in a highly physiological manner, allowing investigation of the effect of extrinsic agents on the ovary, and of interactions between ovarian follicles.

Kültür ve Co-Kültür Mouse Yumurtalıklar ve Yumurtalık Foliküller

The mammalian ovary is composed of ovarian follicles, each follicle consisting of a single oocyte surrounded by somatic granulosa cells, enclosed together ...

Gelişim Biyolojisi

Reprogramming Mouse Embryonic Fibroblasts with Transcription Factors to Induce a Hemogenic Program

This protocol details the induction of a hemogenic program in mouse embryonic fibroblasts (MEFs) via overexpression of transcription factors (TFs). We first designed a reporter screen using MEFs from human CD34-tTA/TetO-H2BGFP (34/H2BGFP) double transgenic mice. CD34+ cells from these mice label H2B histones with GFP, and cease labeling upon addition of doxycycline (DOX). MEFS were transduced with candidate TFs and then observed for the emergence of GFP+ cells that would indicate the acquisition of a hematopoietic or endothelial cell fate. Starting with 18 candidate TFs, and through a process of combinatorial elimination, we obtained a minimal set of factors that would induce the highest percentage of GFP+ cells. We found that Gata2, Gfi1b, and cFos were necessary and the addition of Etv6 provided the optimal induction. A series of gene expression analyses done at different time points during the reprogramming process revealed that these cells appeared to go through a precursor cell that underwent an endothelial to hematopoietic transition (EHT). As such, this reprogramming process mimics developmental hematopoiesis "in a dish," allowing study of hematopoiesis in vitro and a platform to identify the mechanisms that underlie this specification. This methodology also provides a framework for translation of this work to the human system in the hopes of generating an alternative source of patient-specific hematopoietic stem cells (HSCs) for a number of applications in the treatment and study of hematologic diseases.

The protocol described here details the induction of a hemogenic program in mouse embryonic fibroblasts via overexpression of a minimal set of transcription factors. This technology may be translated to the human system to provide platforms for future study of hematopoiesis, hematologic disease, and hematopoietic stem cell transplant.

Transkripsiyon Faktörleri ile fare embriyonik fibroblastlar yeniden programlama bir Hemogenic Programı tetikleyebilecek

This protocol details the induction of a hemogenic program in mouse embryonic fibroblasts (MEFs) via overexpression of transcription factors (TFs). We ...

Organ Culture and Whole Mount Immunofluorescence Staining of Mouse Wolffian Ducts

Tubal morphogenesis is a fundamental requirement for the development of most mammalian organs, including the male reproductive system. The epididymis, an integral part of the male reproductive tract, is responsible for sperm storage, maturation, and transport. The adult epididymis is a highly coiled tube that develops from a simple and straight embryonic precursor known as Wolffian duct (WD). Proper coiling of the epididymis is essential for male fertility, as sperm in the testis are unable to fertilize an oocyte. However, the mechanism responsible for epididymal development and coiling remains unclear, partially due to the lack of whole organ culture and imaging methods. In this study, we describe an in vitro culture system and whole mount immunofluorescence protocol to better visualize the process of WD coiling and development, which may also be applied to study other tubular organs.

We present a method for isolation and culture of the mouse Wolffian duct (WD). We also demonstrate a detailed procedure for whole mount immunostaining of cultured/freshly isolated WDs with fluorescently tagged antibodies. Together, these techniques enable the study of WD development, coiling, and differentiation.

Organ Kültür ve Fare Wolffian Kanallarının Tüm Dağı Immunoflorasan Boyama

Tubal morphogenesis is a fundamental requirement for the development of most mammalian organs, including the male reproductive system. The epididymis, an ...

Visualizing Multiciliated Cells in the Zebrafish Through a Combined Protocol of Whole Mount Fluorescent In Situ Hybridization and Immunofluorescence

In recent years, the zebrafish embryo has emerged as a popular model to study developmental biology due to traits such as ex utero embryo development and optical transparency. In particular, the zebrafish embryo has become an important organism to study vertebrate kidney organogenesis as well as multiciliated cell (MCC) development. To visualize MCCs in the embryonic zebrafish kidney, we have developed a combined protocol of whole-mount fluorescent in situ hybridization (FISH) and whole mount immunofluorescence (IF) that enables high resolution imaging. This manuscript describes our technique for co-localizing RNA transcripts and protein as a tool to better understand the regulation of developmental programs through the expression of various lineage factors.

Visualizing Multiciliated Cells in the Zebrafish Through a Combined Protocol of Whole Mount Fluorescent In Situ Hybridization and Immunofluorescence

Cilia development is vital to proper organogenesis. This protocol describes an optimized method to label and visualize ciliated cells of the zebrafish.

Zebra balığı bütün Dağı Floresan Situ hibridizasyon ve ayirt kombine bir protokol aracılığıyla Multiciliated hücrelerde görüntülenmesi

In recent years, the zebrafish embryo has emerged as a popular model to study developmental biology due to traits such as ex utero embryo development and ...

Whole-mount Clearing and Staining of Arabidopsis Flower Organs and Siliques

Due to its formidable tools for molecular genetic studies, Arabidopsis thaliana is one of the most prominent model species in plant biology and, especially, in plant reproductive biology. However, plant morphological, anatomical, and ultrastructural analyses traditionally involve time-consuming embedding and sectioning procedures for bright field, scanning, and electron microscopy. Recent progress in confocal fluorescence microscopy, state-of-the-art 3-D computer-aided microscopic analyses, and the continuous refinement of molecular techniques to be used on minimally processed whole-mount specimens, has led to an increased demand for developing efficient and minimal sample processing techniques. In this protocol, we describe techniques for properly dissecting Arabidopsis flowers and siliques, basic clearing techniques, and some staining procedures for whole-mount observations of reproductive structures.

Whole-mount Clearing and Staining of Arabidopsis Flower Organs and Siliques

In this protocol, we describe techniques for the proper dissection of Arabidopsis flowers and siliques, some basic clearing techniques, and selected staining procedures for whole-mount observations of reproductive structures.

Bütün Dağı takas ve Arabidopsis çiçek organ ve Siliques boyama

Due to its formidable tools for molecular genetic studies, Arabidopsis thaliana is one of the most prominent model species in plant biology and, ...

Quantitative Whole-mount Immunofluorescence Analysis of Cardiac Progenitor Populations in Mouse Embryos

The use of ever-advancing imaging techniques has contributed broadly to our increased understanding of embryonic development. Pre-implantation development and organogenesis are two areas of research that have benefitted greatly from these advances, due to the high quality of data that can be obtained directly from imaging pre-implantation embryos or ex vivo organs. While pre-implantation embryos have yielded data with especially high spatial resolution, later stages have been less amenable to three-dimensional reconstruction. Obtaining high-quality 3D or volumetric data for known embryonic structures in combination with fate mapping or genetic lineage tracing will allow for a more comprehensive analysis of the morphogenetic events taking place during embryogenesis.
This protocol describes a whole-mount immunofluorescence approach that allows for the labeling, visualization, and quantification of progenitor cell populations within the developing cardiac crescent, a key structure formed during heart development. The approach is designed in such a way that both cell- and tissue-level information can be obtained. Using confocal microscopy and image processing, this protocol allows for three-dimensional spatial reconstruction of the cardiac crescent, thereby providing the ability to analyze the localization and organization of specific progenitor populations during this critical phase of heart development. Importantly, the use of reference antibodies allows for successive masking of the cardiac crescent and subsequent quantitative measurements of areas within the crescent. This protocol will not only enable a detailed examination of early heart development, but with adaptations should be applicable to most organ systems in the gastrula to early somite stage mouse embryo.

Here, we describe a protocol for whole mount immunofluorescence and image-based quantitative volumetric analysis of early stage mouse embryos. We present this technique as a powerful approach to qualitatively and quantitatively assess cardiac structures during development, and propose that it may be widely adaptable to other organ systems.

Nicel bütün Dağı ayirt analiz fare embriyo kardiyak progenitör nüfusun

The use of ever-advancing imaging techniques has contributed broadly to our increased understanding of embryonic development. Pre-implantation development ...

Dissection and Staining of Drosophila Pupal Ovaries

Unlike adult Drosophila ovaries, pupal ovaries are relatively difficult to access and examine due to their small size, translucence, and encasing within a pupal case. The challenge of dissecting pupal ovaries also lies in their physical location within the pupa: the ovaries are surrounded by fat body cells inside the pupal abdomen, and these fat cells must be removed to allow for proper antibody staining. To overcome these challenges, this protocol utilizes customized Pasteur pipets to extract fat body cells from the pupal abdomen. Moreover, a chambered coverglass is used in place of a microcentrifuge tube during the staining process to improve visibility of the pupae. However, despite these and other advantages of the tools used in this protocol, successful execution of these techniques may still involve several days of practice due to the small size of pupal ovaries. The techniques outlined in this protocol could be applied to time course experiments in which ovaries are analyzed at various stages of pupal development.

Dissection and Staining of Drosophila Pupal Ovaries

The Drosophila ovary is an excellent model system for studying stem cell niche development. Though methods for dissecting larval and adult ovaries have been published, pupal ovary dissections require different techniques that have not been published in detail. Here we outline a protocol for dissecting, staining, and mounting pupal ovaries.

Diseksiyon ve Drosophila pupa yumurtalık boyama

Unlike adult Drosophila ovaries, pupal ovaries are relatively difficult to access and examine due to their small size, translucence, and encasing within a ...

Visualizing the Node and Notochordal Plate In Gastrulating Mouse Embryos Using Scanning Electron Microscopy and Whole Mount Immunofluorescence

The post-implantation mouse embryo undergoes major shape changes after the initiation of gastrulation and morphogenesis. A hallmark of morphogenesis is the formation of the transient organizers, the node and notochordal plate, from cells that have passed through the primitive streak. The proper formation of these signaling centers is essential for the development of the body plan and techniques to visualize them are of high interest to mouse developmental biologists. The node and notochordal plate lie on the ventral surface of gastrulating mouse embryos around embryonic day (E) 7.5 of development. The node is a cup-shaped structure whose cells possess a single slender cilium each. The proper subcellular localization and rotation of the cilia in the node pit determines left-right asymmetry. The notochordal plate cells also possess single cilia albeit shorter than those of the node cells. The notochordal plate forms the notochord which acts as an important signaling organizer for somitogenesis and neural patterning. Because the cells of the node and notochordal plate are transiently present on the surface and possess cilia, they can be visualized using scanning electron microscopy (SEM). Among other techniques used to visualize these structures at the cellular level is whole mount immunofluorescence (WMIF) using the antibodies against the proteins that are highly expressed in the node and notochordal plate. In this report, we describe our optimized protocols to perform SEM and WMIF of the node and notochordal plate in developing mouse embryos to help in the assessment of tissue shape and cellular organization in wild-type and gastrulation mutant embryos.

The node and notochordal plate are transient signaling organizers in developing mouse embryos that can be visualized using several techniques. Here, we describe in detail how to perform two of the techniques to study their structure and morphogenesis: 1) scanning electron microscopy (SEM); and 2) whole mount immunofluorescence (WMIF).

Düğüm ve Notochordal plaka Gastrulating fare embriyo Tarama elektron mikroskobu ve bütün Dağı ayirt kullanarak görselleştirme

The post-implantation mouse embryo undergoes major shape changes after the initiation of gastrulation and morphogenesis. A hallmark of morphogenesis is ...

Analysis of Cardiac Chamber Development During Mouse Embryogenesis Using Whole Mount Epifluorescence

The goal of this protocol is to describe a method for the dissection of mouse embryos and visualization of embryonic mouse ventricular chambers during heart development using ventricular specific fluorescent reporter knock-in mice (MLC-2v-tdTomato mice). Heart development involves a linear heart tube formation, the heart tube looping, and four chamber septation. These complex processes are highly conserved in all vertebrates. The mouse embryonic heart has been widely used for heart developmental studies. However, due to their extremely small size, dissecting mouse embryonic hearts is technically challenging. In addition, visualization of cardiac chamber formation often needs in situ hybridization, beta-galactosidase staining using LacZ reporter mice, or immunostaining of sectioned embryonic hearts. Here, we describe how to dissect mouse embryonic hearts and directly visualize ventricular chamber formation of MLC-2v-tdTomato mice using whole mount epifluorescent microscopy. With this method, it is possible to directly examine heart tube formation and looping, and four chamber formation without further experimental manipulation of mouse embryos. Although the MLC-2v-tdTomato reporter knock-in mouse line is used in this protocol as an example, this protocol can be applied to other heart-specific fluorescent reporter transgenic mouse lines.

We present the protocols to examine mouse heart development using whole mount epifluorescent microscopy on mouse embryos dissected from ventricular specific MLC-2v-tdTomato reporter knock-in mice. This method allows us to directly visualize each stage of the ventricular formation during mouse heart development without labor-intensive histochemical methods.

Bütün Mount Epifluorescence kullanarak fare embriyogenez sırasında kalp odası gelişimin analizi

The goal of this protocol is to describe a method for the dissection of mouse embryos and visualization of embryonic mouse ventricular chambers during ...

Laser Capture Microdissection of Mouse Embryonic Cartilage and Bone for Gene Expression Analysis

Laser capture microdissection (LCM) is a powerful tool to isolate specific cell types or regions of interest from heterogeneous tissues. The cellular and molecular complexity of skeletal elements increases with development. Tissue heterogeneity, such as at the interface of cartilaginous and osseous elements with each other or with surrounding tissues, is one obstacle to the study of developing cartilage and bone. Our protocol provides a rapid method of tissue processing and isolation of cartilage and bone that yields high quality RNA for gene expression analysis. Fresh frozen tissues of mouse embryos are sectioned and brief cresyl violet staining is used to visualize cartilage and bone with colors distinct from surrounding tissues. Slides are then rapidly dehydrated, and cartilage and bone are isolated subsequently by LCM. The minimization of exposure to aqueous solutions during this process maintains RNA integrity. Mouse Meckel&rsquo;s cartilage and mandibular bone at E16.5 were successfully collected and gene expression analysis showed differential expression of marker genes for osteoblasts, osteocytes, osteoclasts, and chondrocytes. High quality RNA was also isolated from a range of tissues and embryonic ages. This protocol details sample preparation for LCM including cryoembedding, sectioning, staining and dehydrating fresh frozen tissues, and precise isolation of cartilage and bone by LCM resulting in high quality RNA for transcriptomic analysis.

This protocol describes laser capture microdissection for the isolation of cartilage and bone from fresh frozen sections of the mouse embryo. Cartilage and bone can be rapidly visualized by cresyl violet staining and collected precisely to yield high quality RNA for transcriptomic analysis.

Gen Ekspresyonu Analizi için Fare Embriyonik Kıkırdağı ve Kemiğinin Lazer Yakalama Mikrodizmesi

Laser capture microdissection (LCM) is a powerful tool to isolate specific cell types or regions of interest from heterogeneous tissues. The cellular and ...