Devam eden tardigrade antimikrobiyal peptid araştırma Midwestern Üniversitesi Araştırma Office ve sponsorlu programlar (ORSP) intramural fon tarafından desteklenir. ORSP çalışma tasarım, veri toplama, analiz, yorum veya el yazması hazırlık herhangi bir rolü yoktu.

1. faiz Protein grup tanımlama özelliklerini belirlemek <ol><li>bir fikir birliği grubunun bir parçası olarak kabul için gerekli olan özellikleri ile ilgili olup olmadığını belirlemek için önceki yayınları danışmak. Herhangi bir tutarsızlık veya araştırma grupları arasında görüş farklılıkları dikkate almak ve bir alt grubu diğerinden ayırt etmek için hizmet verebilir özellikleri içerir.</li>
	<li>Önceki edebiyat belirleyici özellikleri gidermez, grubun temsilcisi korunmuş olan özellikleri bulmak için başlangıç noktası olarak kabul edilen dizileri kullanın.</li>
</ol> 2. İlgili serilerini toplamak <ol>Eğer değerlendirmeleri bu yazılı <li>analizleri grubunu gösteren diziler arasında bu dizilere ham veri kümesi içerir. Literatürde başvurulan katılım sayıları kullanarak dizileri almak ve düzenleme programı standart bir sıralama kaydetmek (Örneğin, EditSeq Lasergene oda veya bir çok için kullanılabilir ücretsiz online).</li>
	<li>Söz konusu grup yapısal veritabanları birinde tanımlanmışsa al dizileri veritabanında sağlanan Katılım sayıları kullanarak grup. parçası olmak olarak veritabanını listeler dizileri içerir ve bir standart sıralama düzenleme kaydedin program, yukarıdaki gibi. 
	Not: Örneğin, CS-αβ (Akrep toksin gibi) süper SCOP veritabanındaki kategorize dizileri burada bulunabilir: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.b.h.c.h.html.</li> <li>gerçekleştirmek temel Yerel Genel, online veritabanları literatürde dahil edilmemiş dizileri bulamadı biyoteknoloji bilgi (NCBI) için Ulusal Merkezi aracılığıyla veya yapısal hizalama arama aracı (patlama) 14 arama işlemleri veritabanları. İçin en komple sonuçlar, her iki protein patlama (blastp) kullanma ve patlama protein sorgu (tblastn) programları ile; tercüme Bu elde edilebilir vasıl her ikisi de vardır: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi.
	<ol><li>Bilinen sorgu sırası olarak faiz grubun parçası olmak kullanım dizileri. Ve sıra en üstündeki arama kutusuna yapıştırın veya varsa bir GenBank katılım numarası veya gi tanımlayıcı sağlamak.</li>
		<li>Veritabanı açılır menüden seçin. Gereksiz protein dizileri (nr) blastp seçin ve tblastn için sıra etiketleri dile getirdi.</li>
		<li>Arama sonuçlarında belirli özellikleri canlı organizma veya takson adı yazıp listeden seçerek ayarlama için yazarken görüntülenir. Ek organizmalar veya dışlamak için özellikleri eklemek için tıklatın &#34; + &#34; düğme ve başka bir alan-ecek gözükmek. İstenmeyen herhangi bir takson organizma kutusuna yazarak ve denetimi sırasında görüntülenen listeden seçerek organizma veya takson adını yazarak dışlamak &#34; çıkar &#34; sağ taraftaki kutuya.</li>
		<li>Erişim ek parametreler yanında tıkırtı üstünde &#34; algoritma parametreleri &#34; yakın: sayfanın altındaki. Bir parametrenin değiştirilmesi için bir gerekçe değilse varsayılan bırakın.</li>
		<li>Tıklama &#34; patlama &#34; analizi çalıştırmak için düğme; görünür sonuçlar için biraz zaman alabilir. Genel olarak, sayısı bir bekliyoruz değeri (veya e-değer) ile almak &#34; -05 &#34; veya daha iyi ve düzenleme programı standart bir sıralama içinde kaydedin.
		<ol><li>Tüm sayısı bu eşiğin varsa, arama (bölümündeki algoritma parametreleri) hedef sıralarının artan bir sayıyla ilgili tüm serilerini almak için yeniden çalıştırın.</li>
		</ol></li></ol></li> <li>Gerekirse, ilgisiz bilgiler (CS-αβ kat olgun peptid geçerlidir Örneğin,) dışlamak için sıralarını kırpmak. Sinyal peptidler ve pro-peptidler ProP 15 kullanarak kaldırma için tanımlamak (kullanılabilir çevrimiçi), veya SignalP daha gelişmiş sinyal peptid tahmin 16 (elde edilebilir online).</li>
</ol> 3. Bir elektronik tabloyu alan önemli özellikleri olduğunu tespit edildi üzerinde bir başvuru oluşturmak <ol><li>Grup ilgi belirleyici özelliklerini belirlemek. Örneğin, A Phormia terraenovae ( şekil 1) 8 defensin böcek çözüm yapısını tarafından kesin olarak kurulan CS-αβ kat kullanın.
	<ol><li>Bu kat içeren sistein-sağlamlık helix (CSH) 17 denilen daha küçük bir motif; bu motifi (X nerede herhangi bir amino asit) CXXXC tarafından tanımlamak iki disülfür bağları oluşturmak bir CXC, ters yönde ( Resim 1 , sağlam pembe çizgiler). 
		Not: CS-αβ motifi tamamlamak için üçüncü bir disülfür bağ üzerinden ek katıldı CSH motifi ( şekil 1,) pembe çizgiler noktalı her yarı önce yerleştirilir oluşur.</li>
	</ol></li> <li>Bunlar bir elektronik tabloya özellikleri tanımlama girin. Bkz: Şekil 2.
	<ol><li>Kullanım sütunları korunmuş özellikleri ve bu özellikler arasında boşluk göstermek için. Sütun numaraları uygun ve tutarlı bir genişliğe sahip olduğunuzdan emin olmak için geniş tutun. Genişliği kullanarak &#34; Format | Sütun genişliğini &#34; işlev ( Şekil 2, pembe ok).</li>
		<li>Satırları için sıra adlar kullanın.</li>
		Ne zaman belgili tanımlık şekil, bir sıra vardır <li>dolgu ( Şekil 2, pembe kare) işleviyle kutusuna doldurun. Özellikler arasındaki boşluğu için amino asitler kutusunda girin ve doldurulmamış bırakın. Örneğin, sıra defensin böcek kullanarak tanımlanmış aralıkları ve C5 ve C6 C2 C3 arasında ile altı katıldı içerir bir referans verir.</li>
	</ol></li> <li>Daha önce kurulmuş temsilcisi dizileri yapısal veritabanları ve edebiyat dayalı grubunun üyeleri olarak ekleyin. 
	Not: Örneğin, önceki edebiyat ve yapısal veritabanı eklenmesi için çeşitli gruplar tanımlamak: böcek defensins, kısa Zincirli Akrep toksinler, uzun zincir Akrep toksinler, MGD-1, bitki defensins, Yuvarlak solucanlar ABFs, Drosophila, drosomycins ve macins. Edebiyat da bu süper 18 atası gösterebilir sadece dört katıldı ile bakteriyel bir dizi tanımlar. Bu DNA dizileri ekleyerek katıldı altı on ref'teki sayısını artırır ama önemli yapısal özellikleri ( şekil 3) hizalamasını korur.
	<ol><li>Bir alt sıraları (örneğin, ekstra bir sistein) tanımlamak büyük olasılıkla bir özellik eklemek için kullanın &#34; Ekle &#34; işlev ( şekil 3, pembe ok).</li>
		Verilen diziden eksik özellikleri doldurulmamış kutusunu boş bırakın ve aradan geçen amino asitler temsil eden kutuları ile birleştirmek varsa <li>. Gerekirse, Birleştir ve Ortala özelliğini ( şekil 3, pembe kutu) kullanarak hücreleri birleştirme.</li>
	</ol></li> <li>Daha büyük süper her grupta varyasyonun daha iyi bir görüntü elde etmek için devam serileri gruplara ekleme. Karşılaştırmalar ( şekil 4) kolaylaştırmak için Grup özelliklerini özetlemek.
	<ol><li>Amino asitler Başlıca özellikler arasında sayıda değişiklik gösterdiğinde, 6-12 (6-12 amino asitler) ve göstermek için eğik çizgi gibi bir aralık belirtmek için bir tire işareti kullanın / veya 7/10 (7 veya 10 amino asitler) gibi.</li>
		<li>Şekil-in uygun olmayabilir, ancak yeterince sık meydana gelmez dizileri içinde başvuru eklemek için ek açıklama eklemek için bir yol seçin. Katıldı bu süper önemli olduğundan, örneğin, ek katıldı ( şekil 4, pembe kutuları) etiket.</li>
	</ol></li> <li>Newl Ekley-tespit dizileri için bir kılavuz olarak kurulan dizileri kullanarak elektronik tablo. Örneğin, tardigrades (sarı) dizileri ekleyerek tardigrade dizileri ( şekil 5 gösterir alan amaçlar için sıra başına bir satır yerine özetleri) süper çeşitli farklı gruplar içine düşmek gösterir.</li>
	<li>Göstermek değişkenlik taksonomik grup içindeki satır ( şekil 6) yeniden düzenleyerek.</li>
</ol> 4. Rafine Amino asit hizalamaları referansı kullanın Not: birden fazla sıra hizalamaları için kullanılan birçok program bulunmaktadır, ancak bu gösteri moleküler evrim genetik analiz (MEGA6) kullanır 19 ücretsiz indirmek kullanılabilir çünkü.
<ol><li>Yazılımı yükleyip.</li>
	<li>Seçerek yeni bir uyum içinde MEGA başlamak &#34; Düzenle/Yapı Hizalama &#34; da Hizala sekmesini altında &#34; yeni bir hizalama oluşturmak &#34; kutusunda görünür ve'ı tıklatın &#34; Tamam. &#34; sonra seçin &#34; Protein. &#34;</li>
	<li>Seçin &#34; dosya eklemek serisinden &#34; içinde &#34; düzenleme &#34; menü dizileri alınacak. 
	Not: Dizileri MEGA içe aktarma işlemi için FASTA biçiminde olması gerekir. Arka plan renklerini yansıtan farklı amino asit türleri varsayılan olarak kullanılır, ancak bu seçenek altında devre dışı bırakılabilir &#34; ekran &#34; menü.</li>
	<li>Tüm dizileri girildikten sonra flexing kol simgesini tıklatın ve sonra &#34; hizalamak Protein &#34; 20 kas algoritması kullanarak dizileri hizalamak için. 
	Not: İlogenetik de mevcuttur.
	<ol><li>Hiçbir şey seçili pops kadar yapılmış ve tüm, seçmek sorar bildiren tıklatırsanız &#34; Tamam. &#34;</li> <li>Not: Bu bir pencere açar bir bazı parametreleri değiştirmek izin veren, ancak yalnızca değiştirilmesi gerekir bunu yapmak için bir neden. Bu analiz bir alt kümesini bir önceki kağıt 12 ' analiz dizileri kullanır.</li>
	</ol></li> <li>Kontrol hizalamayı esaslı üzerinde önemli özellikleri; dizileri yukarıda üst çubuğu amino asit tamamen nerede tüm sütunları gösterir Not korunmuş (*). Bkz: Şekil 7. İlk hizalama sadece üç dört korunmuş katıldı ( Şekil 7, pembe kutuları); gösterir görmek sütun boyunca, AlCRP sırası açıkça yanlış hizalanmış ( Şekil 7, pembe ok) bakıyor.</li>
	Ben arasında geniş boşluk kurtulmak için <li>ve tireleri ve basın vurgulamak korunmuş C &#34; Sil &#34; anahtar. Herhangi bir amino asitler vurgulamak değil, ya da onlar-ecek var olmak silmek de.</li>
	<li>Amino asitler sağa taşımak, vurgulamak ve boşluk çubuğu tuşuna basın için
	<ol><li>Not AlCRP şimdi hizalanmış yapısal katıldı vardır ve CXXXC motifi dün C hizalama ( şekil 8) korunmuş. Sıralarının en önemli özellikleri öncelik vermek için gereken hizalamayı ayarlayın.</li>
	</ol></li></ol> 5. Grupları tespit kullanımını filogenetik analiz sonuçları ile başvurusundan karşılaştırma <ol><li>ön hizalamaları, hangi dizileri için küçük bir numara sıralarının; bir Filogenetik analizi dahil edilmesi gereken belirlemek için bu adımı olabilir gereksiz olacak.
	<ol><li>Tüm dizileri içeren bir hizalama dosyayı tutmak, ancak gereksiz dizileri bir Filogenetik analizi için kaldırmak ( Şekil 9, pembe kutuları Haritayı çift gereksiz dizileri).</li>
		<li>Serileri, çok sayıda veri kümesi içeriyorsa, ön analizler ve gruplardan seçin temsilcileri her zaman bir clade form.</li>
	</ol></li> <li>En iyi amino asit ikame modeli belirlemek.
	<ol><li>Hizalama (Veri sekmesinin altında) MEGA formatında dışa.</li>
		<li>Modelleri menüsüne gidin ve seçin &#34; bulmak en iyi DNA/Protein modeli. &#34; az önce kaydettiğiniz dosyayı seçin ve aç; bu değiştirilebilir bazı parametreler içeren bir pencere açar.</li>
		Onları değiştirmek için bir neden olmadığı sürece <li>varsayılan parametrelerini kullanın. ' I tıklatın &#34; hesaplamak &#34; çözümlemesi'ni başlatmak için.</li>
	</ol></li> <li>MEGA içinde maksimum olabilirlik (ML) analizler.
	<ol><li>Seç &#34; yapı/Test maksimum olabilirlik ağaç &#34; Phylogeny menüsünden.</li>
		<li>Model kararlı adım 5.2 veri için en uygun olmak seçin (çıkış yanı sıra en iyi oyuncu değişikliği modeli verecek &#34; gore siteler arasında &#34; parametre).</li>
		<li>1.000 seçin önyükleme çoğaltır önlemleri ağaç için destek elde etmek için.</li>
		<li>Tıklama &#34; hesaplamak &#34; analiz; çalıştırmak için MEGA vardır bir &#34; ağacı Explorer &#34; ağaç görselleştirmek için.</li>
	</ol></li> <li>MrBayes açık kaynak yazılım 21 ' Bayesian analizler. 
	Not: MrBayes el kitabı da bu siteden kullanılabilir. Bu temel adımlar sağlamak amacıyla hazırlanmıştır ve Bayesian filogenetik analiz için kapsamlı bir rehber değil.
	<ol><li>MrBayes programın bulunduğu klasöre MEGA hizalama PAUP (Nexus) formatında verilecek.</li>
		<li>Açık MrBayes ve türü &#34; exe dosya adı &#34; (Örneğin, &#34; exe Alignment.nex &#34;).</li>
		<li>Model ve analiz parametrelerini belirtin. 5.2. adımda belirtilen her iki modeli seçin veya seçim &#34; karışık &#34; çeşitli modelleri denemek ayarı ve en iyi posterior olasılıklar ağaçlarıyla modelinde sıklığını rapor (prset aamodelpr = karışık). Türü &#34; showmodel &#34; geçerli modeli ayarlarını rapor etmek ve &#34; mcmc yardımcı &#34; her biri kısa bir açıklama ile geçerli parametre ayarları göstermek için.</li>
		<li>Kullanarak nesil sayısı ayarla &#34; mcmcp ngen = &#34; komutu (1 milyon tipik).</li>
		<li>Türü &#34; mcmc &#34; çözümlemesi'ni başlatmak için.</li>
		<li>, Nesil sayısı tamamlandığında daha fazla nesiller eklemek program sorar. Split Frekanslar ortalama standart sapması 0,1 daha az ise, hayır yazın. 0,1 olduğunu, analiz devam etmek için izin gerektiğini veya bazı parametreleri (el kitabına bakın) değiştirilmelidir.</li>
		<li>Kullanım &#34; sumt &#34; ağacı dosyaları oluşturmak için komut.</li>
		<li>Analizleri tamamlandıktan sonra bir fikir birliği ağacı oluşturulur, ağaç-ebilmek var olmak görüş içinde FigTree (elde edilebilir online).</li>
	</ol></li> <li>Yöntemleri tutarlı sonuçlar elde görmek için ağaçlar karşılaştırın. 
	Not: Bazı dizileri bir sürü bilgi sağlamaz: ağaçlar de çözülmüş olabilir onu da dallar en az destek ( şekil 10).</li>
	<li>Karşılaştırmak ağaçlar başvurusu Filogenetik analizi bu gruplar destekleyip desteklemediğini görmek için kullanarak tanımlanan gruplar için.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Matsuyama, K., Natori, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Purification+of+Three+Antibacterial+Proteins+from+the+Culture+Medium+of+NIH-Sape-4,+an+Embryonic+Cell+Line+of+Sarcophaga+peregrina.">Purification of Three Antibacterial Proteins from the Culture Medium of NIH-Sape-4, an Embryonic Cell Line of Sarcophaga peregrina.</a> J Biol Chem. 263 (32), 17112-17116 (1988).</li><li>Lambert, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insect+immunity:+Isolation+from+immune+blood+of+the+dipteran+Phormia+terranovae.+of+two+insect+antibacterial+peptides+with+sequence+homology+to+rabbit+lung+macrophage+bactericidal+peptides.">Insect immunity: Isolation from immune blood of the dipteran Phormia terranovae. of two insect antibacterial peptides with sequence homology to rabbit lung macrophage bactericidal peptides.</a> PNAS. 86 (262-266), (1989).</li><li>Dimarcq, J. -. L., Bulet, P., Hetru, C., Hoffmann, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cysteine-rich+antimicrobial+peptides+in+invertebrates.">Cysteine-rich antimicrobial peptides in invertebrates.</a> Biopolymers. 47, 465-477 (1998).</li><li>Shafee, T. M. A., Lay, F. T., Hulett, M. D., Anderson, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Defensins+Consist+of+Two+Independent,+Convergent+Protein+Superfamilies.">The Defensins Consist of Two Independent, Convergent Protein Superfamilies.</a> Mol Biol Evol. 33 (9), 2345-2356 (2016).</li><li>Zhu, S., Gao, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nematode-derived+drosomycin-type+antifungal+peptdies+provide+evidence+for+plant-to-ecdysozoan+horizontal+transfer+of+a+disease+resistance+gene.">Nematode-derived drosomycin-type antifungal peptdies provide evidence for plant-to-ecdysozoan horizontal transfer of a disease resistance gene.</a> Nat Commun. 5, (2014).</li><li>Zhu, S., Gao, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolutionary+origin+of+b-defensins.">Evolutionary origin of b-defensins.</a> Dev. Comp. Immunol. 39, 79-84 (2013).</li><li>Bonmatin, J. -. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-dimensional+1H+NMR+study+of+recombinant+insect+defensin+A+in+water:+Resonance+assignments,+secondary+structure+and+global+folding.">Two-dimensional 1H NMR study of recombinant insect defensin A in water: Resonance assignments, secondary structure and global folding.</a> J Biomol NMR. 2 (3), 235-256 (1992).</li><li>Cornet, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Refined+three-dimensional+solution+structure+of+insect+defensin+A.">Refined three-dimensional solution structure of insect defensin A.</a> Structure. 3 (5), 435-448 (1995).</li><li>Murzin, A. G., Brenner, S. E., Hubbard, T., Chothia, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SCOP:+a+structural+classification+of+proteins+database+for+the+investigations+of+sequences+and+structures.">SCOP: a structural classification of proteins database for the investigations of sequences and structures.</a> J Mol Biol. 247, 536-540 (1995).</li><li>Sillitoe, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CATH:+comprehensive+structural+and+functional+annotations+for+genome+sequences.">CATH: comprehensive structural and functional annotations for genome sequences.</a> Nucleic Acids Res. 43, 376-381 (2015).</li><li>Lam, S. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene3D:+expanding+the+utility+of+domain+assignments.">Gene3D: expanding the utility of domain assignments.</a> Nucleic Acids Res. 44, 404-409 (2016).</li><li>Tarr, D. E. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Establishing+a+reference+array+for+the+CS-ab+superfamily+of+defensive+peptides.">Establishing a reference array for the CS-ab superfamily of defensive peptides.</a> BMC Res Notes. 9, 490 (2016).</li><li>Shafee, T. M. A., Robinson, A. J., van der Weerden, N., Anderson, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+homology+guided+alignment+of+cysteine+rich+proteins.">Structural homology guided alignment of cysteine rich proteins.</a> SpringerPlus. 5 (27), (2016).</li><li>Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W., Lipman, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basic+Local+Alignment+Search+Tool.">Basic Local Alignment Search Tool.</a> J Mol Biol. 215 (3), 403-410 (1990).</li><li>Duckert, P., Brunak, S., Blom, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prediction+of+proprotein+convertase+cleavage+sites.">Prediction of proprotein convertase cleavage sites.</a> Protein Eng Des Sel. 17 (1), 107-112 (2004).</li><li>Petersen, T. N., Brunak, S., von Heijne, G., Nielsen, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SignalP+4.0:discriminating+signal+peptides+from+transmembrane+regions.">SignalP 4.0:discriminating signal peptides from transmembrane regions.</a> Nat Methods. 8, 785-786 (2011).</li><li>Kobayashi, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+cysteine-stabilized+a-helix:+A+common+structural+motif+of+ion-channel+blocking+neurotoxic+peptides.">The cysteine-stabilized a-helix: A common structural motif of ion-channel blocking neurotoxic peptides.</a> Biopolymers. 31, 1213-1220 (1991).</li><li>Gao, B., del Carmen Rodriguez, M., Lanz-Mendoza, H., Zhu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=AdDLP,+a+bacterial+defensin-like+peptide,+exhibits+anti-Plasmodium.+activity.">AdDLP, a bacterial defensin-like peptide, exhibits anti-Plasmodium. activity.</a> Biochem Biophys Res Commun. 387, 393-398 (2009).</li><li>Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., Kumar, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MEGA6:+Molecular+Evolutionary+Genetics+Analysis.">MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis.</a> Mol Biol Evol. 30 (12), 2725-2729 (2013).</li><li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MUSCLE:+multiple+sequence+alignment+with+high+accuracy+and+high+throughput.">MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput.</a> Nucleic Acids Res. 32 (5), 1792-1797 (2004).</li><li>Ronquist, F., Huelsenbeck, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MrBayes+3:+Bayesian+phylogenetic+inference+under+mixed+models.">MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models.</a> Bioinformatics. 19 (12), 1572-1574 (2003).</li><li>Altschul, S. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST:+a+new+generation+of+protein+database+search+programs.">Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.</a> Nucleic Acids Res. 25 (17), 3389-3402 (1997).</li><li>Zhang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+sequence+similarity+searches+using+patterns+as+seeds.">Protein sequence similarity searches using patterns as seeds.</a> Nucleic Acids Res. 26 (17), 3986-3990 (1998).</li></ol>

Yazar ifşa etmek hiçbir şey vardır.

Bir grup içindeki bir protein adlandırma için ölçütleri açık olmalıdır, ancak bu her zaman böyle değildir. CS-αβ kat var dizileri organizmalar çeşitli kullanarak, farklı adlandırma sistemlerinde kaynaklanan yanı sıra karakterizasyonu düzeyleri değişen birçok laboratuvarlarda inceledik. Tamamen yeni bir adlandırma kabul ettirmeye çalışırken makul değildir ve karışıklık büyük bir önceki edebiyat danışmanlık zaman neden olur. Bir başvuru sistemi numaralandırma bir protein adına ek ...

Özellikleri ve diğer proteinler için ilişki onlarda protein ad. Ne yazık ki, adları genellikle bulma zamanında atanmış olan ve araştırma devam ettikçe, büyük içerik anlayışı değişebilir. Bu bir protein bağımsız olarak birden fazla laboratuvar, adlandırma veya adı atarken kesin olması düşünülen özellikleri değişiklikleri ve artık yeterince protein ayırt adı tespit edildi, birden çok adda yol açabilir diğerlerinden.
Omurgasız defensins dejenerasyon isimlendirme ve sınıflandırma içinde iyi bir örnek sağlar. İlk omurgasız defensins böcekler rapor edilmiştir ve adı "böcek defensin" dayalı algılanan homoloji memeli defensins1,2olarak önerilmiş. Dönem defensin hala kullanılan, şimdi açık olsa bile o omurgasız ve memeli defensins paylaşmak ortak bir atası3,4. Türe bağlı olarak, bir omurgasız "defensin" (üç ya da dört disülfür bağları oluşturan) altı ya da sekiz katıldı ve çeşitli antimikrobiyal etkinlikler olabilir. Olarak defensins her zaman "defensins," denir değil durumu, aynı özelliklere sahip proteinler Caenorhabditis remanei5son zamanlarda tespit cremycins gibi karmaşık için. Buna ek olarak, omurgasız büyük defensins evrimsel omurgalı β-defensins diğer omurgasız defensins6ile ilgili olasılığı daha yüksektir. Buna rağmen bazen adı "hangi dizileri analizleri içinde dahil edilmesi gerektiğini belirlerken defensin olarak" araştırmacılar güveniyor.
Böcek defensins ve Akrep toksinler7arasındaki benzerliği yapısal çalışmalar ortaya ve CS-αβ kat daha sonra böcek defensins8belirleyici yapısal özelliği ilan edildi. Bu kat Akrep toksin gibi (CS-αβ) süper şu anda içeren beş ailenin yapısal sınıflandırma, proteinler (yapısal) veritabanı9' da tanımlar: böcek defensins, kısa Zincirli Akrep toksinler, uzun zincir Akrep toksinler, MGD-1 (üzerinden bir yumuşakça) ve bitki defensins. Bu süper son zamanlarda açıklanan CIS-defensins4 ve süper 3.30.30.10 CATH/genetik 3D veritabanı10,11' deki yönergeleri ile eş anlamlıdır. Omurgasız takson, bitki ve mantarlar Haritayı bu kat içeren proteinler adlarını açıkça sistein numarası veya bağ desen, antimikrobiyal aktivite veya fiziksel özellikleri12ilişkili değil çeşitli çalışmalardan.
Tutarlılık ve açık ölçütleri eksikliği yeniden adlandırıp yeni tanımlanan dizileri bu süper sınıflandırmak zor yapmak. Proteinler bu süper karşılaştırmak için büyük bir engel olduğunu katıldı (her sıradaki ilk sistein C1 ise) her bireysel dizisi, yapısal rol için hesap yolu ile ilgili olarak numaralandırılır. Bu yalnızca diziler aynı sayıda katıldı ile karşılaştırılabilir anlamına gelir. İşte küçük sıra koruma dışında hizalamaları ve Filogenetik analizi zor yapar CS-αβ kat şekillendirme katıldı. Yapısal özellikleri öncelik bir numaralandırma sistemini geliştirerek, üst sıraları daha kolay karşılaştırıldığında hizalanmış ve. Hızlı bir şekilde korunmuş özellikleri yanı sıra bu alt gruplar, tanımlama görselleştirildiği ve yeni diziler daha kolay uygun bağlam içine yerleştirilebilir.
Bu kağıt numaralandırma sistemi için CS-αβ süper bir başvuru oluşturmak için bir elektronik tablo yazılımı (Örneğin, Excel) kullanır. Nasıl bu dizileri arasındaki karşılaştırmaları açıklar ve tardigrades tanımlanan yeni CS-αβ diziler uygulandığı gösterir. CS-αβ süper örnek olarak kullanarak, protokol dizileri ilgi kullanırken bir kılavuz sağlamak için yazılmıştır; Ancak, o bu süper veya sistein zengini diziler özgü olmak üzere tasarlanmamıştır. Bu yöntem büyük olasılıkla bağımsız olarak farklı özellikleri araştırılmış ve/veya kolayca moleküler analiz yazılımı tarafından tanınmayabilir ayrı özelliklere sahip küçük genel sıra homoloji sahip proteinler grupları için en yararlı olacaktır. Hiçbir önemli özellikleri tespit edilmiştir Eğer sınırlı yarar olur, böylece bu yöntem önemli özellikleri, bir temanın bazı kararlar gerektirir. Birincil hedefi nasıl basit bir görsel öğe sırası ilişkilerin elde edilebilir göstermektir. Bu daha sonra dizi hizalaması ve analiz bilgilendirmek için kullanılabilir ama hizalama ve çözümleme birincil hedefleri ise, bir barkod yöntem otomasyon13için daha fazla kapasiteye sahip uygun bir alternatif olacaktır. 3D yapısı doğrudan görselleştirme için yararlı olmayacaktır böylece geçerli yöntem her peptid özellikleri doğrusal bir formda görüntüler.

<table width="573">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="width:216px;height:42px;">BLAST webpage</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="width:216px;height:21px;">EditSeq (Lasergene suite)</td>
			<td style="width:71px;">DNASTAR</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">https://www.dnastar.com/t-allproducts.aspx</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="width:216px;height:21px;">Excel 2013</td>
			<td style="width:71px;">Microsoft</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;"></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="width:216px;height:63px;">FigTree</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">&#160;http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="width:216px;height:21px;">MEGA</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td>www.megasoftware.net</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="width:216px;height:42px;">MrBayes</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">http://mrbayes.sourceforge.net/</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="width:216px;height:42px;">SCOP database</td>
			<td style="width:71px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td style="width:167px;">http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

creating and applying a reference to facilitate the discussion and classification of proteins in a diverse group

Değişik organizmaların kullanarak farklı Labs'de inceledik ilgili proteinler zor bir bütün olarak grup görüşmek üzere ve yeni diziler uygun bağlam içine yerleştirmek için yapım bir Tekdüzen adlandırma ve sistem sınıflandırma, olmayabilir. Önemli sıra özellikleri öncelik bir referans geliştirme yapısı ilgili ve/veya faaliyet kurulan adlarına ek olarak bazı tutarlılık proteinlerin farklı bir gruba eklemek için kullanılabilir. Bu kağıt sistein-sağlamlık alpha sarmalının (CS-αβ) süper nasıl elektronik tablo yazılımı içinde oluşturulan bir referans süper varolan proteinler arasındaki ilişkileri netleştirmek yanı sıra yanı sıra yeni kolaylaştırmak göstermek için örnek olarak kullanılmıştır dizileri. Ayrıca nasıl başvurusu Filogenetik analizi geçerliliğini etkileri yaygın olarak kullanılan yazılım içinde oluşturulan sıra hizalamaları iyileştirmek için yardımcı olabilir gösterir. Bir başvurusu kullanımını büyük olasılıkla takson, yeterince moleküler analiz tarafından yakalanan değil özellikleri geniş bir yelpazede üzerinden son derece ıraksak dizileri içeren protein gruplar için yardımcı olacaktır.

Literatürde bildirilen CS-αβ süper serileri grupları şekil 4' te gösterilmiştir. Her sıra için numaralandırmasına bağlı sistein eşlendirme beş temel gruplar (Tablo 1, orta sütunda) öneririm. Grup 1, üç disülfür üzerinden Tahvil ve böcekler, arachnids, yumuşakçalar, nematodlar ve mantarlar dizileri içeren altı katıldı vardır. Grup 2, 3 ve 4 dört disülfür bağları oluştururlar 8 katıldı var. Grup 2 böcek, ...

Watch this Scientific Journal Video about Creating and Applying a Reference to Facilitate the Discussion and Classification of Proteins in a Diverse Group at JoVE.com

Creating and Applying a Reference to Facilitate the Discussion and Classification of Proteins in a Diverse Group

Oluşturma ve tartışma ve proteinler arasında farklı grup sınıflandırılması kolaylaştırmak için bir başvuru uygulama

Bu iletişim kuralının amacı farklı proteinler arasında tutarlı terminoloji ve sınıflandırma ölçütlerini yoksun bir grup için bir referans geliştirmektir. Bu başvuru analizleri ve bir bütün olarak grup tartışma kolaylaştıracak ve kurulan adlarına ek olarak kullanılabilir.

Related proteins that have been studied in different labs using varying organisms may lack a uniform system of nomenclature and classification, making it ...

creating-applying-reference-to-facilitate-discussion-classification

Research

JoVE Journal

Behavior

7.0K Görüntüleme.  Midwestern University. Bu iletişim kuralının amacı farklı proteinler arasında tutarlı terminoloji ve sınıflandırma ölçütlerini yoksun bir grup için bir referans geliştirmektir. Bu başvuru analizleri ve bir bütün olarak grup tartışma kolaylaştıracak ve kurulan adlarına ek olarak kullanılabilir.

Video: Creating and Applying a Reference to Facilitate the Discussion and Classification of Proteins in a Diverse Group

The Crossmodal Congruency Task as a Means to Obtain an Objective Behavioral Measure in the Rubber Hand Illusion Paradigm

The rubber hand illusion (RHI) is a popular experimental paradigm. Participants view touch on an artificial rubber hand while the participants' own hidden hand is touched. If the viewed and felt touches are given at the same time then this is sufficient to induce the compelling experience that the rubber hand is one's own hand. The RHI can be used to investigate exactly how the brain constructs distinct body representations for one's own body. Such representations are crucial for successful interactions with the external world. To obtain a subjective measure of the RHI, researchers typically ask participants to rate statements such as "I felt as if the rubber hand were my hand". Here we demonstrate how the crossmodal congruency task can be used to obtain an objective behavioral measure within this paradigm.
The variant of the crossmodal congruency task we employ involves the presentation of tactile targets and visual distractors. Targets and distractors are spatially congruent (i.e. same finger) on some trials and incongruent (i.e. different finger) on others. The difference in performance between incongruent and congruent trials - the crossmodal congruency effect (CCE) - indexes multisensory interactions. Importantly, the CCE is modulated both by viewing a hand as well as the synchrony of viewed and felt touch which are both crucial factors for the RHI.
The use of the crossmodal congruency task within the RHI paradigm has several advantages. It is a simple behavioral measure which can be repeated many times and which can be obtained during the illusion while participants view the artificial hand. Furthermore, this measure is not susceptible to observer and experimenter biases. The combination of the RHI paradigm with the crossmodal congruency task allows in particular for the investigation of multisensory processes which are critical for modulations of body representations as in the RHI.

We demonstrate how an objective measure can be employed in the widely employed rubber hand illusion paradigm. This measure is obtained by modifying the well-established crossmodal congruency task. This task allows the investigation of multisensory processes which are critical for modulations of body representations as in the rubber hand illusion.

Kauçuk El Illusion Paradigma bir Amaç Davranış Tedbir Alınması Aracı Olarak Crossmodal Congruency Görev

The rubber hand illusion (RHI) is a popular experimental paradigm. Participants view touch on an artificial rubber hand while the participants' own hidden ...

Davranış

Uncovering Beat Deafness: Detecting Rhythm Disorders with Synchronized Finger Tapping and Perceptual Timing Tasks

A set of behavioral tasks for assessing perceptual and sensorimotor timing abilities in the general population (i.e., non-musicians) is presented here with the goal of uncovering rhythm disorders, such as beat deafness. Beat deafness is characterized by poor performance in perceiving durations in auditory rhythmic patterns or poor synchronization of movement with auditory rhythms (e.g., with musical beats). These tasks include the synchronization of finger tapping to the beat of simple and complex auditory stimuli and the detection of rhythmic irregularities (anisochrony detection task) embedded in the same stimuli. These tests, which are easy to administer, include an assessment of both perceptual and sensorimotor timing abilities under different conditions (e.g., beat rates and types of auditory material) and are based on the same auditory stimuli, ranging from a simple metronome to a complex musical excerpt. The analysis of synchronized tapping data is performed with circular statistics, which provide reliable measures of synchronization accuracy (e.g., the difference between the timing of the taps and the timing of the pacing stimuli) and consistency. Circular statistics on tapping data are particularly well-suited for detecting individual differences in the general population. Synchronized tapping and anisochrony detection are sensitive measures for identifying profiles of rhythm disorders and have been used with success to uncover cases of poor synchronization with spared perceptual timing. This systematic assessment of perceptual and sensorimotor timing can be extended to populations of patients with brain damage, neurodegenerative diseases (e.g., Parkinson&#8217;s disease), and developmental disorders (e.g., Attention Deficit Hyperactivity Disorder).

Behavioral tasks that allow for the assessment of perceptual and sensorimotor timing abilities in the general population (i.e., non-musicians) are presented. Synchronization of finger tapping to the beat of an auditory stimuli and detecting rhythmic irregularities provides a means of uncovering rhythm disorders.

The Beat Sağırlık Uncovering: Algılama Ritim Bozuklukları Vurma Senkronize Finger ve algısal Zamanlama Görevleri ile

A set of behavioral tasks for assessing perceptual and sensorimotor timing abilities in the general population (i.e., non-musicians) is presented here ...

Using the Threat Probability Task to Assess Anxiety and Fear During Uncertain and Certain Threat

Fear of certain threat and anxiety about uncertain threat are distinct emotions with unique behavioral, cognitive-attentional, and neuroanatomical components. Both anxiety and fear can be studied in the laboratory by measuring the potentiation of the startle reflex. The startle reflex is a defensive reflex that is potentiated when an organism is threatened and the need for defense is high. The startle reflex is assessed via electromyography (EMG) in the orbicularis oculi muscle elicited by brief, intense, bursts of acoustic white noise (i.e., &#8220;startle probes&#8221;). Startle potentiation is calculated as the increase in startle response magnitude during presentation of sets of visual threat cues that signal delivery of mild electric shock relative to sets of matched cues that signal the absence of shock (no-threat cues). In the Threat Probability Task, fear is measured via startle potentiation to high probability (100% cue-contingent shock; certain) threat cues whereas anxiety is measured via startle potentiation to low probability (20% cue-contingent shock; uncertain) threat cues. Measurement of startle potentiation during the Threat Probability Task provides an objective and easily implemented alternative to assessment of negative affect via self-report or other methods (e.g., neuroimaging) that may be inappropriate or impractical for some researchers. Startle potentiation has been studied rigorously in both animals (e.g., rodents, non-human primates) and humans which facilitates animal-to-human translational research. Startle potentiation during certain and uncertain threat provides an objective measure of negative affective and distinct emotional states (fear, anxiety) to use in research on psychopathology, substance use/abuse and broadly in affective science. As such, it has been used extensively by clinical scientists interested in psychopathology etiology and by affective scientists interested in individual differences in emotion.

Potentiation of the startle reflex is measured via electromyography of the orbicularis oculi muscle during low (uncertain) and high (certain) probability electric shock threat in the Threat Probability Task. This provides an objective measure of distinct negative emotional states (fear/anxiety) for research on psychopathology, substance use/abuse, and broad affective science.

Tehdit Olasılık Görevi kullanma Belirsiz ve belirli Tehdit sırasında Anksiyete ve Korku değerlendirin

Fear of certain threat and anxiety about uncertain threat are distinct emotions with unique behavioral, cognitive-attentional, and neuroanatomical ...

The Modified Hole Board - Measuring Behavior, Cognition and Social Interaction in Mice and Rats

This protocol describes the modified hole board (mHB), which combines features from a traditional hole board and open field and is designed to measure multiple dimensions of unconditioned behavior in small laboratory mammals (e.g., mice, rats, tree shrews and small primates). This paradigm is a valuable alternative for the use of a behavioral test battery, since a broad behavioral spectrum of an animal&#8217;s behavioral profile can be investigated in one single test.
The apparatus consists of a box, representing the &#8216;protected&#8217; area, separated from a group compartment. A board, on which small cylinders are staggered in three lines, is placed in the center of the box, representing the &#8216;unprotected&#8217; area of the set-up. The cognitive abilities of the animals can be measured by baiting some cylinders on the board and measuring the working and reference memory. Other unconditioned behavior, such as activity-related-, anxiety-related- and social behavior, can be observed using this paradigm. Behavioral flexibility and the ability to habituate to a novel environment can additionally be observed by subjecting the animals to multiple trials in the mHB, revealing insight into the animals&#8217; adaptive capacities.
Due to testing order effects in a behavioral test battery, na&#239;ve animals should be used for each individual experiment. By testing multiple behavioral dimensions in a single paradigm and thereby circumventing this issue, the number of experimental animals used is reduced. Furthermore, by avoiding social isolation during testing and without the need to food deprive the animals, the mHB represents a behavioral test system, inducing if any, very low amount of stress.

This protocol describes the modified hole board, which is a behavioral test set-up that comprises the characteristics of an open field and a traditional hole board. This set-up enables the differential analysis of unconditioned behavior of small laboratory mammals as well as the analysis of cognitive abilities.

Modifiye Delik Kurulu - Fareler ve Sıçanlarda Davranışı, Biliş ve Sosyal Etkileşim Ölçme

This protocol describes the modified hole board (mHB), which combines features from a traditional hole board and open field and is designed to measure ...

Applying Stereotactic Injection Technique to Study Genetic Effects on Animal Behaviors

Stereotactic injection is a useful technique to deliver high titer lentiviruses to targeted brain areas in mice. Lentiviruses can either overexpress or knockdown gene expression in a relatively focused region without significant damage to the brain tissue. After recovery, the injected mouse can be tested on various behavioral tasks such as the Open Field Test (OFT) and the Forced Swim Test (FST). The OFT is designed to assess locomotion and the anxious phenotype in mice by measuring the amount of time that a mouse spends in the center of a novel open field. A more anxious mouse will spend significantly less time in the center of the novel field compared to controls. The FST assesses the anti-depressive phenotype by quantifying the amount of time that mice spend immobile when placed into a bucket of water. A mouse with an anti-depressive phenotype will spend significantly less time immobile compared to control animals. The goal of this protocol is to use the stereotactic injection of a lentivirus in conjunction with behavioral tests to assess how genetic factors modulate animal behaviors.

Stereotactic injection of lentiviruses expressing cDNAs or shRNAs can modulate gene expression in specific brain areas of mice. Here, we present a protocol to combine stereotactic injections with behavioral tasks, such as the Open Field Test (OFT) and the Forced Swim Test (FST).

Stereotaktik Enjeksiyon Tekniği uygulamak Hayvan Davranışları üzerinde Genetik Etkileri Eğitim için

Stereotactic injection is a useful technique to deliver high titer lentiviruses to targeted brain areas in mice. Lentiviruses can either overexpress or ...

The Social Dimension of Stress: Experimental Manipulations of Social Support and Social Identity in the Trier Social Stress Test

In many situations humans are influenced by the behavior of other people and their relationships with them. For example, in stressful situations supportive behavior of other people as well as positive social relationships can act as powerful resources to cope with stress. In order to study the interplay between these variables, this protocol describes two effective experimental manipulations of social relationships and supportive behavior in the laboratory. In the present article, these two manipulations are implemented in the Trier Social Stress Test (TSST)&#8212;a standard stress induction paradigm in which participants are subjected to a simulated job interview. More precisely, we propose (a) a manipulation of the relationship between different protagonists in the TSST by making a shared social identity salient and (b) a manipulation of the behavior of the TSST-selection committee, which acts either supportively or unsupportively. These two experimental manipulations are designed in a modular fashion and can be applied independently of each other but can also be combined. Moreover, these two manipulations can also be integrated into other stress protocols and into other standardized social interactions such as trust games, negotiation tasks, or other group tasks.

Previous research on the social dimension of stress has focused on two important variables: social identity and social support. This protocol introduces an effective experimental manipulation of these two social variables and describes their implementation in a standard stress induction paradigm (Trier Social Stress Test).

Stres Sosyal Boyutu: Trier Sosyal Sosyal Destek ve Sosyal Kimlik Deneysel manipülasyonları Testi Stres

In many situations humans are influenced by the behavior of other people and their relationships with them. For example, in stressful situations ...

Psychophysical Tracking Method to Measure Taste Preferences in Children and Adults

The Monell two-series, forced-choice, paired-comparison tracking method provides a reliable measure of sweet taste preferences from childhood to adulthood. The method, which is identical for children, adolescents, and adults, is of short duration (&#60; 15 min), does not rely on sustained attention or place demands on memory (which would yield spurious age differences), and minimizes the impact of language development, making this method amenable to the cognitive limitations of pediatric populations. In this whole-mouth tasting method, subjects are asked to taste (without swallowing) pairs of solutions of different sucrose concentrations and to point to the solution they prefer. Each subsequent pair contains the participant&#39;s preceding preferred concentration and an adjacent stimulus concentration. The procedure continues until the subject chooses either a given concentration of sucrose when paired with both a higher and a lower concentration, or the highest or lowest concentration two consecutive times. Subjects are prevented from reaching response criteria on the basis of first or second position bias by the two-series design of the method, which counterbalances the order of solution presentation within each pair between the series (the weaker concentration is presented first in Series 1, second in Series 2). The geometric mean of the two sucrose concentrations chosen in Series 1 and 2 is an estimate of the participant&#39;s most preferred level of sucrose. Sucrose preference as determined with this laboratory-based measure has been shown to be associated with preference for sugars in foods and beverages and with taste receptor genotype, family history of alcoholism, and race/ethnicity, as well as depressive symptomatology among pediatric populations. The method has real-world relevance and has been applied to determine most preferred level of other tastes (e.g., salt), making it a valuable psychophysical tool.

Sweet taste has powerful hedonic appeal among people of all ages, particularly children. Described herein is a reliable and valid method that can be used to determine the level of sweetness most preferred, making it a valuable psychophysical tool for scientists.

Psikofiziksel İzleme Yöntemi Çocuklarda ve Yetişkinlerde Tat Tercihler Tedbir için

The Monell two-series, forced-choice, paired-comparison tracking method provides a reliable measure of sweet taste preferences from childhood to ...

Behavioral Disturbances: An Innovative Approach to Monitor the Modulatory Effects of a Nutraceutical Diet

In dogs, diets are often used to modulate behavioral disturbances related to chronic anxiety and stress caused by intense and restless activity. However, the traditional ways to monitor behavioral changes in dogs are complicated and not efficient. In the current clinical evaluation, a new, simple monitoring system was used to assess the effectiveness of a specific diet in positively modulating the intense and restless activity of 24 dogs of different ages and breeds. This protocol describes how to easily and rapidly evaluate improvement in a set of symptoms related to generalized anxiety by using a specific sensor, a mobile phone app, a wireless router, and a computer. The results showed that dogs treated with specific diets showed significant improvement in the times spent active and at rest after 10 days (p &lt; 0.01 and p &lt; 0.05, respectively). These dogs also showed an overall significant improvement in clinical and behavioral symptoms. A specific sensor, along with its related hardware, was demonstrated to successfully monitor behavioral changes relating to movement in dogs.

We report a simple approach to evaluate the effectiveness of a specific diet in positively modulating the daily activity and clinical and behavioral symptoms of dogs with evident behavioral disturbances.

Davranış bozuklukları: Bir Nutraceutical Diyet düzenleyici etkileri izlemek için Yenilikçi Bir Yaklaşım

In dogs, diets are often used to modulate behavioral disturbances related to chronic anxiety and stress caused by intense and restless activity. However, ...

Using a Virtual Store As a Research Tool to Investigate Consumer In-store Behavior

People&#39;s responses to products and/or choice environments are crucial to understanding in-store consumer behaviors. Currently, there are various approaches (e.g., surveys or laboratory settings) to study in-store behaviors, but the external validity of these is limited by their poor capability to resemble realistic choice environments. In addition, building a real store to meet experimental conditions while controlling for undesirable effects is costly and highly difficult. A virtual store developed by virtual reality techniques potentially transcends these limitations by offering the simulation of a 3D virtual store environment in a realistic, flexible, and cost-efficient way. In particular, a virtual store interactively allows consumers (participants) to experience and interact with objects in a tightly controlled yet realistic setting. This paper presents the key elements of using a desktop virtual store to study in-store consumer behavior. Descriptions of the protocol steps to: 1) build the experimental store, 2) prepare the data management program, 3) run the virtual store experiment, and 4) organize and export data from the data management program are presented. The virtual store enables participants to navigate through the store, choose a product from alternatives, and select or return products. Moreover, consumer-related shopping behaviors (e.g., shopping time, walking speed, and number and type of products examined and bought) can also be collected. The protocol is illustrated with an example of a store layout experiment showing that shelf length and shelf orientation influence shopping- and movement-related behaviors. This demonstrates that the use of a virtual store facilitates the study of consumer responses. The virtual store can be especially helpful when examining factors that are costly or difficult to change in real life (e.g., overall store layout), products that are not presently available in the market, and routinized behaviors in familiar environments.

This paper describes the use of a desktop virtual store to create virtual shopping environments to investigate in-store consumer behavior. A description of the protocol to build and run experiments, example results from an experiment concerning store layout, and important considerations when conducting virtual store experiments are presented.

Sanal Mağazayı Tüketici Mağazada Davranışını Araştırmak İçin Bir Araştırma Aracı Olarak Kullanma

People&#39;s responses to products and/or choice environments are crucial to understanding in-store consumer behaviors. Currently, there are various ...

Using the FishSim Animation Toolchain to Investigate Fish Behavior: A Case Study on Mate-Choice Copying In Sailfin Mollies

Over the last decade, employing computer animations for animal behavior research has increased due to its ability to non-invasively manipulate the appearance and behavior of visual stimuli, compared to manipulating live animals. Here, we present the FishSim Animation Toolchain, a software framework developed to provide researchers with an easy-to-use method for implementing 3D computer animations in behavioral experiments with fish. The toolchain offers templates to create virtual 3D stimuli of five different fish species. Stimuli are customizable in both appearance and size, based on photographs taken of live fish. Multiple stimuli can be animated by recording swimming paths in a virtual environment using a video game controller. To increase standardization of the simulated behavior, the prerecorded swimming path may be replayed with different stimuli. Multiple animations can later be organized into playlists and presented on monitors during experiments with live fish.
In a case study with sailfin mollies (Poecilia latipinna), we provide a protocol on how to conduct a mate-choice copying experiment with FishSim. We utilized this method to create and animate virtual males and virtual model females, and then presented these to live focal females in a binary choice experiment. Our results demonstrate that computer animation may be used to simulate virtual fish in a mate-choice copying experiment to investigate the role of female gravid spots as an indication of quality for a model female in mate-choice copying.
Applying this method is not limited to mate-choice copying experiments but can be used in various experimental designs. Still, its usability depends on the visual capabilities of the study species and first needs validation. Overall, computer animations offer a high degree of control and standardization in experiments and bear the potential to &#39;reduce&#39; and &#39;replace&#39; live stimulus animals as well as to &#39;refine&#39; experimental procedures.

Using the FishSim Animation Toolchain to Investigate Fish Behavior: A Case Study on Mate-Choice Copying In Sailfin Mollies

Using the novel FishSim Animation Toolchain, we present a protocol for non-invasive visual manipulation of public information in the context of mate-choice copying in sailfin mollies. FishSim Animation Toolchain provides an easy-to-use framework for the design, animation and presentation of computer-animated fish stimuli for behavioral experiments with live test fish.