Yazarlar BRF su sporları ekibi Francis Crick Enstitüsü onların kritik giriş ve teknik yardım için teşekkür etmek istiyorum. Bu eser onun çekirdek kanser araştırmaları İngiltere (FC001999), İngiltere'de tıbbi araştırma Konseyi (FC001999) ve Wellcome Trust (FC001999) fon alır Francis Crick Enstitüsü tarafından desteklenmiştir.

1. ön filtrasyon maruz kalma bir dolaşım sisteminden Sentinels
<ol><li>
Dolaşım sistemi temiz 8 L havuzdan ayarlayın. Karterleri gelen suyla doldur. 2 seramik boncuklar ekleyebilir veya küpleri biyo-medya ekrana (şekil 1) sistemlerden sünger. 1-2 D.rerio/l (Yani, 12 balık) ekleyin. Tesis, örneğin AB vahşi türü balık baskın genetik arka plan kullanın
	<ol>
<li>En az 6 balık aşağıdaki gibi seçin: en az bir kadın ve bir 6 ay aşağıda yaş, bir kadın ve bir erkek arasında 6 ve 18 ay ve bir kadın ve bir erkek yukarıda 18 ay-in yaş.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Günde bir yem. Diyetler (örneğin, Kuru diyet, tuzlu su karides) nöbetçiler Zebra balığı tesiste kullanılan tüm diyetler maruz kalır emin olmak için değişir. Pazartesi, Çarşamba ve Cuma, Yani, su 4 ay boyunca haftada üç kez değiştirin.
	<ol>
<li>Su değişiklik yapmak için geçici bir tanka nöbetçiler ve biyo-medya aktarın. Tamamen sentinel tankı boş ve temiz. Karter su sadece ile sentinel tank dolum. Nöbetçiler ve biyo-medya geri koy.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Nöbetçiler karter su 4 aydır ortaya çıkarmak. 2-Fenoksietanol (3 mL/L) aşırı doz çözümünü daldırma gibi onaylı bir yöntem tarafından Balık ötenazi.</li>
	<li>
Ölüm onaylamak için sonra opercula hareketinin bırakma için 10 dk bekle.
	<ol>
<li>Kadavra Forseps ile kapmak ve tanımlanan bir kap içinde-80 ° C'de tamamen dondur. Bu PCR12,15için kullanılacaktır.</li>
		<li>Alternatif olarak, tailat Kaudal peduncle kesmek, karın duvarının nick ve % 4 formalin içinde ayarla. Dikkat: eldiven kullanın ve histopatoloji için kabine duman. Örnek konteyner etiketleyin.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. sump temizleme bezi
<ol><li>Steril bir kuru bez ile plastik bir şaft kullanın. Eldiven giymek. Pamuklu çubuk (su yüzeyine karter duvara) yüzeye bulun ve yüzeye kolay erişimini engelleme herhangi bir öğeyi kaldır. Düşük akış bir karter yüzeyle seçin.</li>
	<li>
Dış ambalaj kaldırarak çubukla unsheathe ve steril pamuk uç hava bulaşmasına neden. Pamuklu çubuk, Çapraz bulaşma denenmemiş yüzeylerin dokunmak bakım alarak kaçının.
	<ol>
<li>Karter duvar üzerinde 5-10 cm su ve biyofilm karter su yüzey düzeyde absorbe temizle.</li>
		<li>Pamuklu çubuk geri kılıf veya ucu steril santrifüj tüpüne bölünürler. Örnek etiket ve PCR test etmek için göndermek veya-80 ° C'de dondurmak</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. P. tomentosa yumurta bir Tank dibinde tespiti
<ol><li>
Mikroskopi göre çamur analiz
	<ol>
<li>Bir karter veya Nöbetçi'yi de dahil olmak üzere balık tutan herhangi bir tank dibinde çamur Aspire için 60 mL şırınga9 kullanın. Örnek 15 mL tüpler içine bölün. Vida üst kısımları tüpler kapatın ve tüplere etiket.</li>
		<li>Doymuş şeker çözeltisi hazırlamak (özgül ağırlık 1,27 =) 227 g 177 mL sıcak su, toz şeker ile manyetik karıştırıcı14karıştırma tarafından.</li>
		<li>175-250 x g salıncak kova ile bir santrifüj 10 min için de 15 mL tüpler santrifüj kapasitesi. Tüpler dikkatle boşaltmak ve tortu onların tüp içinde tutun.</li>
		<li>Doymuş şeker çözeltisi ile yarım tüpleri doldurun. Onların vida üst tüplerini kapatın ve tortu çözüm ile iyice karıştırın.</li>
		<li>Tüpler santrifüj salıncak kova koyun ve onları üst doymuş şeker çözeltisi ile doldurun. Bir cam yavaşça üstünde tepe-in her tüp ve doymuş şeker çözeltisi ile ayarlayın.</li>
		<li>10 dk. bazı cam düşmek ve bu nedenle Santrifüjü sırasında orada kırmak Not için 175-250 x g, santrifüj her 60 mL örnek için 4 tüpler vardır. Cam asansör ve bir cam slayt üzerinde ayarlayın. Slaydı bir kalem veya işaret kalemi ile etiketleyin.<ol>
<li>Çok fazla cam kırılmaları gerçekleşmesi durumunda, çoğu ile doymuş şeker çözeltisi, 10 dk 175-250 x g, santrifüj tüpü doldurmak, doymuş şeker çözeltisi ile üst için doldurun, sonra hafifçe cam ayarla. 30 dk bekle.</li>
		</ol>
</li>
		<li>P. tomentosa yumurta ile mikroskop13 (Şekil 2 ve Video 1) arayın. Büyütme 400 X6kutuplu fiş tanımlayın. Not: 57-78 µm uzun ve 27-39 µm çapı16,17yumurta boyutudur. Bu bir pozitif slayt olumlu bildirilmesi 60 mL örnek için yeterli olduğunu unutmayın.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Karantina P. tomentosa yumurta hayvanlarda ithal tarama
	<ol>
<li>Erkek ve dişi D. rerio içinde a tank ayarlayın. Tank için normalde hasat ve olurken yumurta korumak ama burada dışkı (şekil 3) toplamak için kullanmak için kullanılan bir aygıt ekleyin. Not: Örneğin, bir 1 L üreme deposu dolu (dış tank ve iç tank ile rendelenmiş alt) tamamen balık üreme aygıtı içine ve dışına taşımak ücretsiz erişim sağlayan bir 13 L tank sular altında.</li>
		<li>Bir hafta sonra üreme aygıtı kaldırmak ve üreme aygıtı toplanan çamur adım 3.1 "çamur göre analizi mikroskobu." açıklandığı gibi hasat</li>
	</ol>
</li>
</ol>4. PCR çamur tortu üzerinde
<ol><li>Bir tank veya 60 mL şırınga9 ile karter dibindeki çamuru Aspire edin ve örnek bir 60 mL tüp aktarın. Vida üst ile tüp kapatın ve tüp etiket. Şırınga atmayın.</li>
	<li>60 mL tüp sallamak ve 15 mL 15 mL tüp aktarın. Vida üst ile tüp kapatın ve tüp etiket.</li>
	<li>175-250 x g salıncak kova ile bir santrifüj 10 min için de 15 mL tüp santrifüj kapasitesi. Tüpler dikkatle boşaltmak ve tortu tüp tutun.</li>
	<li>
Dış ambalaj kaldırarak bir çubukla unsheathe ve steril pamuk uç hava bulaşmasına neden. Pamuklu çubuk, Çapraz bulaşma denenmemiş yüzeylerin dokunmak bakım alarak kaçının.
	<ol>
<li>Tortu tüp 15 DNA örneği s.</li>
		<li>Pamuklu çubuk geri kılıf veya ucu steril santrifüj tüpüne bölünürler. Örnek etiket,-80 ° C'de dondurmak ve PCR test için gönderin. Not: 45 mL 60 mL tüp içinde kalır. Bu P. tomentosa yumurta tespiti için çamur analiz tarafından mikroskobu tarafından adım 3.1, örneğin, PCR sonuç onaylamak için açıklandığı gibi tutulabilir. PCR çamur içinde alınan hayvanlar adım 3.2 aşağıdaki eleme için denenebilir.</li>
	</ol>
</li>
</ol>

<ol>
	<li>Schroeder, P., Mocho, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+veterinary+perspective+on+laboratory+zebrafish+welfare.">A veterinary perspective on laboratory zebrafish welfare.</a> Fish Veterinary Journal. 14, 37-46 (2014).</li><li>Mason, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Strategies+to+Mitigate+a+Mycobacterium+marinum+Outbreak+in+a+Zebrafish+Research+Facility.">Strategies to Mitigate a Mycobacterium marinum Outbreak in a Zebrafish Research Facility.</a> Zebrafish. 13, 77-87 (2016).</li><li>Barton, C. L., Johnson, E. W., Tanguay, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Facility+Design+and+Health+Management+Program+at+the+Sinnhuber+Aquatic+Research+Laboratory.">Facility Design and Health Management Program at the Sinnhuber Aquatic Research Laboratory.</a> Zebrafish. 13, 39-43 (2016).</li><li>Borges, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Implementation+of+a+Zebrafish+Health+Program+in+a+Research+Facility:+A+4-Year+Retrospective+Study.">Implementation of a Zebrafish Health Program in a Research Facility: A 4-Year Retrospective Study.</a> Zebrafish. 13, 115-126 (2016).</li><li>Collymore, C., Crim, M. J., Lieggi, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recommendations+for+Health+Monitoring+and+Reporting+for+Zebrafish+Research+Facilities.">Recommendations for Health Monitoring and Reporting for Zebrafish Research Facilities.</a> Zebrafish. 13, 138-148 (2016).</li><li>Geisler, R., Borel, N., Ferg, M., Maier, J. V., Str&#228;hle, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maintenance+of+Zebrafish+Lines+at+the+European+Zebrafish+Resource+Center.">Maintenance of Zebrafish Lines at the European Zebrafish Resource Center.</a> Zebrafish. 13, 19-23 (2016).</li><li>Liu, L., Pan, L., Li, K., Zhang, Y., Zhu, Z., Sun, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Zebrafish+Health+Conditions+in+the+China+Zebrafish+Resource+Center+and+20+Major+Chinese+Zebrafish+Laboratories.">Zebrafish Health Conditions in the China Zebrafish Resource Center and 20 Major Chinese Zebrafish Laboratories.</a> Zebrafish. 13, 8-18 (2016).</li><li>Martins, S., Monteiro, J. F., Vito, M., Weintraub, D., Almeida, J., Certal, A. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+an+Integrated+Zebrafish+Health+Management+Program+Supporting+Cancer+and+Neuroscience+Research.">Toward an Integrated Zebrafish Health Management Program Supporting Cancer and Neuroscience Research.</a> Zebrafish. 13, 47-55 (2016).</li><li>Mocho, J. -. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-Dimensional+Screen:+A+Comprehensive+Approach+to+the+Health+Monitoring+of+Zebrafish.">Three-Dimensional Screen: A Comprehensive Approach to the Health Monitoring of Zebrafish.</a> Zebrafish. 13, 132-137 (2016).</li><li>Murray, K. N., Varga, Z. M., Kent, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biosecurity+and+Health+Monitoring+at+the+Zebrafish+International+Resource+Center.">Biosecurity and Health Monitoring at the Zebrafish International Resource Center.</a> Zebrafish. 13, 30-38 (2016).</li><li>Legendre, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RESAMA:+A+Network+for+Monitoring+Health+and+Husbandry+Practices+in+Aquatic+Research+Facilities.">RESAMA: A Network for Monitoring Health and Husbandry Practices in Aquatic Research Facilities.</a> Zebrafish. 13, 56-65 (2016).</li><li>Whipps, C. M., Matthews, J. L., Kent, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distribution+and+genetic+characterization+of+Mycobacterium+chelonae+in+laboratory+zebrafish+Danio+rerio.">Distribution and genetic characterization of Mycobacterium chelonae in laboratory zebrafish Danio rerio.</a> Dis Aquat Organ. 82 (1), 45-54 (2008).</li><li>Murray, K. N., Peterson, T. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pathology+in+practice.+P.+tomentosa+infection+in+zebrafish.">Pathology in practice. P. tomentosa infection in zebrafish.</a> J Am Vet Med Assoc. 246 (2), 201-203 (2015).</li><li>Foreyt, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Veterinary Parasitology Reference Manual. , (2001).</li><li>Whipps, C. M., Lieggi, C., Wagner, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mycobacteriosis+in+zebrafish+colonies.">Mycobacteriosis in zebrafish colonies.</a> ILAR J. 53 (2), 95-105 (2012).</li><li>Kent, M. L., Bishop-Stewart, J. K., Matthews, J. L., Spitsbergen, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pseudocapillaria+tomentosa,+a+nematode+pathogen,+and+associated+neoplasms+of+zebrafish+(Danio+rerio)+kept+in+research+colonies.">Pseudocapillaria tomentosa, a nematode pathogen, and associated neoplasms of zebrafish (Danio rerio) kept in research colonies.</a> Comp Med. 52 (4), 354-358 (2002).</li><li>Moravec, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Observations+on+the+bionomy+of+the+nematode+Pseudocapillaria+brevispicula+(Linstow,+1873).">Observations on the bionomy of the nematode Pseudocapillaria brevispicula (Linstow, 1873).</a> Folia Parasitol. 30, 229-241 (1983).</li><li>Ramsay, J. M., Watral, V., Schreck, C. B., Kent, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pseudoloma+neurophilia+infections+in+zebrafish+Danio+rerio:+effects+of+stress+on+survival,+growth,+and+reproduction.">Pseudoloma neurophilia infections in zebrafish Danio rerio: effects of stress on survival, growth, and reproduction.</a> Dis Aquat Organ. 88 (1), 69-84 (2009).</li><li>Watral, V., Kent, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pathogenesis+of+Mycobacterium+spp.+in+zebrafish+(Danio+rerio)+from+research+facilities.">Pathogenesis of Mycobacterium spp. in zebrafish (Danio rerio) from research facilities.</a> Comp Biochem Physiol C Toxicol Pharmacol. 145, 55-60 (2007).</li><li>Whipps, C. M., Dougan, S. T., Kent, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mycobacterium+haemophilum+infections+of+zebrafish+(Danio+rerio)+in+research+facilities.">Mycobacterium haemophilum infections of zebrafish (Danio rerio) in research facilities.</a> FEMS Microbiol Lett. 270, 21-26 (2007).</li><li>Chow, F. W., Xue, L., Kent, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Retrospective+study+of+the+prevalence+of+Pseudoloma+neurophilia+shows+male+sex+bias+in+zebrafish+Danio+rerio+(Hamilton-Buchanan).">Retrospective study of the prevalence of Pseudoloma neurophilia shows male sex bias in zebrafish Danio rerio (Hamilton-Buchanan).</a> J Fish Dis. 39 (3), 367-370 (2016).</li><li>Murray, K. N., Bauer, J., Tallen, A., Matthews, J. L., Westerfield, M., Varga, Z. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+and+management+of+asymptomatic+Mycobacterium+infections+at+the+Zebrafish+International+Resource+Center.">Characterization and management of asymptomatic Mycobacterium infections at the Zebrafish International Resource Center.</a> J Am Assoc Lab Anim Sci. 50 (5), 675-679 (2011).</li><li>Crim, M. J., Lawrence, C., Livingston, R. S., Rakitin, A., Hurley, S. J., Riley, L. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+Antemortem+and+Environmental+Samples+for+Zebrafish+Health+Monitoring+and+Quarantine.">Comparison of Antemortem and Environmental Samples for Zebrafish Health Monitoring and Quarantine.</a> J Am Assoc Lab Anim Sci. , (2017).</li><li>Jensen, E. S., Allen, K. P., Henderson, K. S., Szabo, A., Thulin, J. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PCR+testing+of+a+ventilated+caging+system+to+detect+murine+fur+mites.">PCR testing of a ventilated caging system to detect murine fur mites.</a> J Am Assoc Lab Anim Sci. 52 (1), 28-33 (2013).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Commission+Regulation+(EC)+No+1168/2006+of+31+July+2006+implementing+Regulation+(EC)+No+2160/2003+as+regards+a+Community+target+for+the+reduction+of+the+prevalence+of+certain+salmonella+serotypes+in+laying+hens+of+Gallus+gallus+and+amending+Regulation+(EC)+No+1003/2005+(Text+with+EEA+relevance).">Commission Regulation (EC) No 1168/2006 of 31 July 2006 implementing Regulation (EC) No 2160/2003 as regards a Community target for the reduction of the prevalence of certain salmonella serotypes in laying hens of Gallus gallus and amending Regulation (EC) No 1003/2005 (Text with EEA relevance).</a> OJ. L. 211, 4-8 (2006).</li><li>Chang, C. T., Colicino, E. G., DiPaola, E. J., Al-Hasnawi, H. J., Whipps, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+effectiveness+of+common+disinfectants+at+preventing+the+propagation+of+Mycobacterium+spp.+isolated+from+zebrafish.">Evaluating the effectiveness of common disinfectants at preventing the propagation of Mycobacterium spp. isolated from zebrafish.</a> Comp Biochem Physiol C Toxicol Pharmacol. 178, 45-50 (2015).</li><li>Le Dantec, C., Duguet, J. P., Montiel, A., Dumoutier, N., Dubrou, S., Vincent, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chlorine+disinfection+of+atypical+mycobacteria+isolated+from+a+water+distribution+system.">Chlorine disinfection of atypical mycobacteria isolated from a water distribution system.</a> Appl Environ Microbiol. 68 (3), 1025-1032 (2002).</li><li>Goto, K., Hayashimoto, N., Ishida, T., Takakura, A., Kagiyama, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=First+trial+in+the+developmental+phase+of+the+&amp;#34;performance+evaluation+program&amp;#34;+based+on+the+ICLAS+animal+quality+network+program:+self-assessment+of+microbiological+monitoring+methods+using+test+samples+supplied+by+ICLAS.">First trial in the developmental phase of the &amp;#34;performance evaluation program&amp;#34; based on the ICLAS animal quality network program: self-assessment of microbiological monitoring methods using test samples supplied by ICLAS.</a> Exp Anim. 58 (1), 47-52 (2009).</li><li>Nogueira, C. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mycobacterium+saopaulense+sp.+nov.,+a+rapidly+growing+mycobacterium+closely+related+to+members+of+the+Mycobacterium+chelonae--Mycobacterium+abscessus+group.">Mycobacterium saopaulense sp. nov., a rapidly growing mycobacterium closely related to members of the Mycobacterium chelonae--Mycobacterium abscessus group.</a> Int J Syst Evol Microbiol. 65 (12), 4403-4409 (2015).</li><li>Massa, S., Armuzzi, R., Tosques, M., Canganella, F., Trovatelli, L. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Note:+susceptibility+to+chlorine+of+Aeromonas+hydrophila+strains.">Note: susceptibility to chlorine of Aeromonas hydrophila strains.</a> J Appl Microbiol. 86 (1), 168-173 (1999).</li><li>Martins, M. L., Watral, V., Rodrigues-Soares, J. P., Kent, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+collecting+eggs+of+Pseudocapillaria+tomentosa+(Nematoda:+Capillariidae)+from+zebrafish+Danio+rerio+and+efficacy+of+heat+and+chlorine+for+killing+the+nematode's+eggs.">A method for collecting eggs of Pseudocapillaria tomentosa (Nematoda: Capillariidae) from zebrafish Danio rerio and efficacy of heat and chlorine for killing the nematode's eggs.</a> J Fish Dis. 40 (2), 169-182 (2017).</li><li>Maley, D., Laird, A. S., Rinkwitz, S., Becker, T. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+and+efficient+protocol+for+the+treatment+of+zebrafish+colonies+infected+with+parasitic+nematodes.">A simple and efficient protocol for the treatment of zebrafish colonies infected with parasitic nematodes.</a> Zebrafish. 10 (3), 447-450 (2013).</li><li>Samaee, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Experimental+Assessment+of+the+Efficacy+of+Five+Veterinary+Broad-Spectrum+Anthelmintics+to+Control+the+Intestinal+Capillariasis+in+Zebrafish+(Danio+rerio).">Experimental Assessment of the Efficacy of Five Veterinary Broad-Spectrum Anthelmintics to Control the Intestinal Capillariasis in Zebrafish (Danio rerio).</a> Zebrafish. 12 (3), 255-267 (2015).</li><li>Collymore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tolerance+and+Efficacy+of+Emamectin+Benzoate+and+Ivermectin+for+the+Treatment+of+Pseudocapillaria+tomentosa+in+Laboratory+Zebrafish+(Danio+rerio).">Tolerance and Efficacy of Emamectin Benzoate and Ivermectin for the Treatment of Pseudocapillaria tomentosa in Laboratory Zebrafish (Danio rerio).</a> Zebrafish. 11 (5), 490-497 (2014).</li><li>Chang, C. T., Whipps, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Activity+of+Antibiotics+against+Mycobacterium+Species+Commonly+Found+in+Laboratory+Zebrafish.">Activity of Antibiotics against Mycobacterium Species Commonly Found in Laboratory Zebrafish.</a> Journal of Aquatic Animal Health. 27 (2), 88-95 (2015).</li><li>Chang, C. T., Doerr, K. M., Whipps, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibiotic+treatment+of+zebrafish+mycobacteriosis:+tolerance+and+efficacy+of+treatments+with+tigecycline+and+clarithromycin.">Antibiotic treatment of zebrafish mycobacteriosis: tolerance and efficacy of treatments with tigecycline and clarithromycin.</a> J Fish Dis. , (2017).</li><li>Peterson, T. S., Ferguson, J. A., Watral, V. G., Mutoji, K. N., Ennis, D. G., Kent, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Paramecium+caudatum+enhances+transmission+and+infectivity+of+Mycobacterium+marinum+and+M.+chelonae+in+zebrafish+Danio+rerio.">Paramecium caudatum enhances transmission and infectivity of Mycobacterium marinum and M. chelonae in zebrafish Danio rerio.</a> Dis Aquat Organ. 106 (3), 229-239 (2013).</li><li>Watts, S. A., Lawrence, C., Powell, M., D'Abramo, L. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Vital+Relationship+Between+Nutrition+and+Health+in+Zebrafish.">The Vital Relationship Between Nutrition and Health in Zebrafish.</a> Zebrafish. 13, 72-76 (2016).</li></ol>

Yazarlar ifşa gerek yok.

Teknikleri, kritik adımlar, sınırlamaları ve sorun giderme:
Yaş, cinsiyet, zorlanma ve maruz kalma nöbetçiler uzunluğu standart değil. Bu Tablo 1' de gösterilmiştir. Aşağıda 6 ay yaş ve yaşlı balık Balık çok az tarama vardır. Genç balık büyük nüfus10,18,19,20dakikaya daha yaygın bazı patojen olarak etkileyen bazı patojen olabilir. Benzer şekilde, cinsiyet cinsiyet önyargı bazı patojenlerin21bazı rapor rağmen bazı sentinel gruplar seçimine kabul edilmez. Zorlanma seçimine göre belirli bir patojen izlemek için yapılmış olabilir, ancak bu sorunları çözmek önerilen tekniği çalışır. Örneğin, TU Mycobacterium spp.12,22algılama ile yardımcı olabilir ama nöbetçiler sonra göstermek veya rezervuar klinik belirtiler hareket edeceğini bir risk. Pozlama uzunluğu ile ilgili, Zebra balığı Uluslararası Kaynak Merkezi10 yaklaşım yetersiz kirlenme noktayla cevapsız patojenler algılamak için şansını artırır. Uzunsüre maruz kalanlar için ihtiyaç Nöbetçiler hazır değildir anlamına gelir. Çevre örnekleri ek esneklik ve tarama olayların çarpma sağlar. Örneğin, örnekleme iki ayda bir 4 ay aralığındaki her tarama yöntemi arasında yer alabilir. Bu yeni tanıtılan bir patojen algılanması zaman sukut azaltabilir.
Çevre tarama teknikleri çevre patojenler tespiti güveniyor. Patojenler tarafından Balık tutmak ve bu nedenle sistem suda seyreltilmiş. Patojenler su filtrasyon23 tarafından yakalama olasılığını araştırdı değil. Patojenler balık ve biyofilm algılama izin kirlenme bir eşik ulaşmak için çarpmak için yeterli zaman verilirse biz açıklamak için tek etkili yöntemlerdir. Bu sınırlama teknikleri örnekleme siteleri kritik bir seçime göre küçültülür: çamur içinde belgili tanımlık tank karter çamur yerine örneklenir ve karter bir tank veya yerine sonrası filtrasyon yüzeyde su ve biyofilm örnek. Yine de, aynı sistem üzerinden tüm örneklerini aynı sonuçlar vermek olası değildir. P. tomentosa için olumlu sonuçlar başka bir tahlil (histopatoloji, PCR veya çamur analiz) kullanarak onaylanabilir. Mikobakteriyel PCR olumlu sonuçlar kültür veya başka bir tanı Laboratuvarı tarafından onaylanabilir. Ancak, sağlık durumu kurarken daha fazla örnekleri herhangi bir çevre tarama tekniği olumsuz sonuçları onaylamak için tavsiye edilir.
Mevcut/alternatif yöntemleri ile ilgili olarak teknik önemi:
Mycobacterium spp. ortamında ortak ve karter onların huzurunda onların patojenitesi12tahmin değil. Mocho9 mortalite oranları izleme sağlık sorunları gelişmeleri incelemek için anahtar olduğunu gösterdi. Hayvan örnekleri kullanımı hayvan hastalıklarıyla ilgili herhangi bir soruşturma için gerekli kalır. Sağlık izleme bir tesiste tüm yaygın patojenler tespiti anlamına gelir ve bu çevre tarama teknikleri tek kullanım ile elde edilemez. Yine de, tanı araçları hassasiyetinin eksikliği geciktirebilir veya sistem durumu doğru bir tanımını önlemek. Iken gözcü makine kullanımı yaygın bir mikrop kalabalıkta algılamak için gerekli balık sayısını azaltır, duyarlılık eksikliği çevre tarama5,23gibi yöntemleri kullanarak için ağırlık ekler. Gerçekten de öyle ki çevre ve hayvan örnekleri negatif24,25sınamalısınız belirli patojen ücretsiz durum genellikle tesis içinde bir tür yokluğu olarak tanımlanır.
Mycobacterium spp. tanımlamak için karter çubukla sonuçları örnekleri yanlış olumsuz sağlık durumuna neden olabilir balık güvenerek gösterin. 6 test Mikobakteriyel tür olarak patojenik açıklanan veya potansiyel Zebra balığı15 ve bazı patojen tarafından yumurta yüzey dezenfeksiyon gibi düzenli olarak yapılan karantinada klor26 ile ortadan değil. Bu nedenle, yanlış negatif bazı satırları ithal ortak çalışanlar için sonuçlara yol açabilir. Örneğin, M. fortuitum PCR balık örneği tarafından kaçırılan ancak karter çubukla PCR yarısından fazlası algılandı. Bu mikobakteriler daha klor için su sistemleri27' büyümeye yeteneklerini ve diğerleri daha dayanıklı olduğunu göz önünde bulundurursak, bu sigara-kirlenmiş alma tesisi için bir risk var. Satırlar alma izin vermek için güven ve onların ile ihracat tesisin sağlık raporları karşılaştırmak yöneticileri gerekir. ICLAS performans değerlendirme programı28 kemirgenler bu süreçte anahtarıdır. RESAMA ağ M. gordonae ve M. mucogenicum tespiti Fransız D. rerio11bildirir. Bu mikobakteriler kullandığımız ticari laboratuvarları panellerinde teklif değil. ICLAS program genişletmek için ve patojenik türler29listesinin yanı sıra tanı testleri uyum için yararlı olacaktır.
A. hydrophila klor30 onun duyarlılık onun eleme daha büyük olasılıkla rutin yumurta yüzey dezenfeksiyon sırasında geçici olsa da hayvanlar, içe aktarırken tanıttı olmak potansiyeline sahiptir hastalık da. Karter, pamuklu çubuk ve çamur sonuçları çevre tarama bu patojen tespit etmek için kullanılabileceğini göstermektedir. Diğer bakteriler Mycobacterium spp. gibi çamur içinde PCR23tarafından tespit edildi. Döken patojenler algılanmasını sağlayan bu yana bu tür örnek bir özellikle ilgili. Örneğin, başka bir yeni alınan balık karantinada P. tomentosaiçin ekran için çamur analizi uygulamasıdır. Parazit hayvanın sağlık13 ve neoplazi modelleri16için bir tehdit oluşturuyor. Ayrıca, rutin Zebra balığı yumurta yüzey dezenfeksiyon içinde kullanılan klor konsantrasyonu verimli31değildir. Bu nedenle, bir haftalık cirosu olan ve olmayan herhangi bir balık ötenazi alınan hayvanlar ekran yeteneği çok cazip görünüyor. Bu teknik bir önceliklendirme ithalatın izin vererek karantina ve Biyogüvenlik kuralları etkisi altına alabiliyor. Karar verme sürecinin ardından verilirken tesiste yaygın patojenler, içe aktarılan balık ve alma tesisi10sağlık durumunu ödün riski örnekleri algılanan patojenler göre tasarlanmıştır.
Gelecekteki uygulamalar veya bu teknikleri Mastering sonra yön:
Rutin karantina tedavi seçilen seçeneği olsa bile, bu tür ilaç32,33,34,35,36 etkinliğini üreme aygıtı çamur analizi ile tespit edilebilir. Daha genel olarak, çevre tarama bileşikler bakteri ve parazit karşı test etmek için kullanılan ortadan kaldırılması, Balık biyotop dahil olmak üzere. Başka bir niş çevre tarama patojen nüfus canlı izlemek için37,38yem uygulamadır. Tanı toolbox Zebra balığı tesislerinde izleme sağlık için değerli bir ek olarak ana uygulama bu tekniklerin olmasına rağmen. Bir daha doğru maliyet ve zaman sayesinde sağlık durumu, karter temizleme bezi ve çamur analiz verimli tanımını sentinel gözetim ve rutin karantina uygulama için tamamlayıcı vardır. Gerçekten de, gelecekte bu tekniklerin herhangi bir su laboratuvar sağlık raporu rutin bir parçası olmaktır.

Araştırma ve hayvan refahı1,2korumak için patojenler varlığı içinde hayvan İmkanları izlenir. Zebra balığı söz konusu olduğunda, durum3,4,5,6,7,8,9,10,11 izleme kez analiz hayvanlar post mortem histopatoloji, Bakteriyolojinin kültür veya moleküler yöntemler kullanır. Sadece koloni hayvanların test balık ve patojenler düşük yaygınlık algılamak için gerekli olacaktır ilgili giderleri sayısından dolayı önerilen yöntem değildir. Bu nedenle, tercih edilen yöntem kirletici daha yüksek bir yük hayvanların küçük bir grup ortaya konmasıdır. Bu balık ön filtrasyon gözcü makine adı verilir. Bu poz için ay süren ve an artmak içinde hayvan bakıcı'nın iş yükünü ve/veya amaca uygun yapılmış bazı mühendislik çözüm içerir. İçe aktarılan satır tarama nerede canlı tutulması için bereketli hayvanlardır ve bu leşleri üzerinde rutin deneyleri ile uyumlu değil karantina altında başka bir mücadeledir.
Biz burada su sisteminin çevre eleme tarafından belirli Zebra balığı patojenler (A. hydrophila, Mycobacterium spp. ve P. tomentosa) algılamak için bazı yöntemler açıklanmaktadır. Sağlık kontrolü için kullanılan balık sayısını azaltmak için ve en iyi ciro, maliyet ve algılama hassasiyeti için amaçtır. Tür yöntemler hayvanlar kullanımı için bir alternatif ve karantina tarama İthalat için bazı teknikler uygulanabilir. Örneğin, Mocho9 karter temizleme bezi yerine (Nöbetçi'yi de dahil olmak üzere) Zebra balığı PCR gerçekleştirerek daha fazla patojenik Mikobakteriyel tür tespit edebilmek ve bu daha az örnekleri ile elde edildi. Aynı çalışma o, P. tomentosa yumurta ile daha fazla hassasiyet flotasyon ve mikroskopi kullanarak tank çamur eleme tarafından tespit edildi balık PCR ve histopatoloji tarafından test yerine.
Sentinel programları3,4,5,6,7,8,9,10 çeşitli özellikleri Tablo 1 özetler Zebra balığı özellikleri bir takım tarafından kullanılan. Bu ilk koloni balık tank dağıtılan kez ön filtrasyon nöbetçiler su almak ise sonrası filtrasyon nöbetçiler su herhangi bir koloni balık aynı şekilde alırsınız. Örneğin, ön filtrasyon nöbetçiler dolaşım sisteminde sürekli karter su alarak ayarlanabilir. Bir odada birçok bağımsız sistemler olduğunda bu bir seçenek olmayabilir. Bu durumda, ön filtrasyon nöbetçiler bir tank tüm oda ekran için kullanılabilir. Statik bir havuzdan dolaşım sistemi, nöbetçiler vardır ve onların su düzenli olarak, sadece ön filtrasyon su Yani, karter su odadaki tüm sistemlerden kullanarak değiştirilir. Bu teknik aşağıda çevre tarama etkinliğini ile karşılaştırma için bir temel olarak tanımlanmaktadır. Önerilen kurulum su kalitesi sorunları pH veya azot kirliliği azalma gibi kontrol etmek için tasarlanmıştır.
Bakteri tespit biyofilm gibi su yüzeyi karter duvarında bulunan veya bir tank dibinde çamur hipotez bakteriyel çevre tarama kavramını esas alır. Atık (su, dışkı, besleme ve diğer organik maddeler) topladığı karter bir ideal örnekleme noktasını recirculating yetiştiricilik sisteminde tüm tankları ön filtrasyon görünüyor. Karter yüzeyi genellikle kolayca ulaşılabilir, ev temizliği hızlı ve Çapraz bulaşma (üzerinden örneğin eldiven) örneğinin önlemek için aseptik gerçekleştirilebilir. Kavramı yaygın patojen Mycobacterium spp. Zebra balığı sistemleri9,12tanımlamak için kullanılır. Aşağıda açıklanan tekniği ve ayrıca A. hydrophila algılama Zebra balığı karter yüzey temizleme bezi ve çamur bildiriliyor.
Çevre tarama parazit yumurtaları için algılamayı Murray vd tarafından dayanmaktadır 13 ve flotasyon tekniği kullanılan rutin Parazitoloji ve mikroskobik parazit yumurtaları dışkı14taranması için. Mocho9 alternatif örnekleme işlemi için önerilen ve teknik diğer tür-in balık biyotop algılamak için kullanılan gösterdi. Virüslü D. rerio geçmek P. tomentosa onların dışkı ile yumurta ve çamur içinde belgili tanımlık tank dibinde parazit yumurtaları kalır. Onlar, orada onların yoğunluğu sudan daha büyük olması nedeniyle toplanan olabilir. Yumurta yoğunluğu çevre örnek çok işlemek için kullanılır. Santrifüjü ile ilk bir flotasyon ağır madde su ve ışık enkaz ayırır. İkinci Santrifüjü doymuş şeker çözeltisi ( P. tomentosa yumurta yoğunluk büyük bir yoğunluk ile) tüp yüzeyde ortaya parazit yumurtaları için izin vermek için kullanır.
Biyofilm bakteri ve P. tomentosa --dan belgili tanımlık tank dip tarama sonra ilk Santrifüjü elde edilen çamur örnek tortu üzerinde tüm bu patojenler için PCR gerçekleştirerek birleştirilebilir. Bu örnekleme zaman en iyi duruma getirir. Yöntem aşağıda açıklanmıştır. Ayrıca bir karantina bağlamda bu teknikleri kullanmayı öneriyorum. Canlı tutulması gereken alınan yetişkin Zebra balığı ekran için bir üreme aygıtı karantina deposuna eklenir. Bir hafta sonra dışkı ve diğer atık maddeler üreme aygıtı içinde toplanan ve mikroskopi veya PCR tarafından tarandı. Aşağıda açıklanan tekniği ve P. tomentosa yumurta mikroskobu bu bağlamda tarafından tespit edildi.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="683">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">Aqua-Sed 250 mL</td>
			<td style="width:140px;">Vetark</td>
			<td style="width:124px;"></td>
			<td style="width:191px;">2-phenoxyethanol</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">Tubed Sterile Dryswab Tip</td>
			<td style="width:140px;">mwe</td>
			<td style="width:124px;">MW100</td>
			<td>Sump surface</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:229px;">BD Plastipak Disposable Syringe 50mL Eccentric</td>
			<td style="width:140px;">Becton 
			Dickinson</td>
			<td style="width:124px;">300866</td>
			<td style="width:191px;">They are actually 
			graduated to 60 ml</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">Centrifuge tube 15 mL Corning</td>
			<td style="width:140px;">Corning</td>
			<td style="width:124px;">430766</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:229px;">Centaur 2 benchtop centrifuge with 4 x 200 mL Swing&#8211;Out Rotor (unsealed)</td>
			<td style="width:140px;">Sanyo</td>
			<td style="width:124px;">MSB020.CX1.5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:229px;">Cover Glass 22 mm x22 mm</td>
			<td style="width:140px;">Menzel-Glaser</td>
			<td style="width:124px;">MNJ-350-020H</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:229px;">Plain Swab Sterile Plastic Applicator Rayon Tipped White Cap</td>
			<td style="width:140px;">Sterilin Ltd Thermo Fisher Scientific</td>
			<td style="width:124px;">F155CA</td>
			<td>Swab sediment from sludge</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:229px;">50 mL Self-Standing Centrifuge Tube CentriStar Cap&#160;</td>
			<td style="width:140px;">Corning</td>
			<td style="width:124px;">430921</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:229px;">In-Tank Spawning Tray Set&#160;</td>
			<td style="width:140px;">MBK Installations Ltd</td>
			<td style="width:124px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

environmental screening of aeromonas hydrophila, mycobacterium spp., and pseudocapillaria tomentosa in zebrafish systems

Sağlık izleme sistemleri geliştirilmiş ve Danio rerio Aeromonas hydrophila, Mycobacterium spp. ve Pseudocapillaria tomentosa gibi patojenler için potansiyel var çünkü Zebra balığı araştırma tesislerinde kullanılan hayvan refahı ve araştırma zarar. Mikrop tespit etmek için genellikle analiz post mortem balıklar. Nöbetçi'yi gözetim duyarlılığını artırmak için ve hayvanlar örnek sayısını azaltmak için önerilen bir yol kullanmaktır. Dolaşım sistemi ön filtrasyon sentinel havuzdan ayarı açıklanır. Teknik su kirliliği önlemek için ve balık nüfusu temsil etmek için yaş, cinsiyet ve suşların dikkatli bir seçim tarafından geliştirilmiştir. Hayvanların en az sayıda kullanmak için teknikleri çevre ekran da ayrıntılı olarak açıklanmıştır. Polimeraz zincir tepkimesi (PCR) yüzey karter temizleme bezi üzerinde önemli ölçüde bazı türlerin yaygın ve patojenik Mikobakteriyel Mycobacterium fortuitum, Mycobacterium haemophilumve gibi algılama geliştirmek için kullanılır Yol chelonae. Başka bir çevre yöntemi bir tankı veya P. tomentosa yumurta için bakmak için karter dibindeki çamuru işleme oluşur. Bu karantina uygulanan bir ucuz ve hızlı teknik bir üreme aygıtı alınan hayvanların tankı nerede sular altında. Son olarak, PCR çamur örneğe uygulanır ve A. hydrophila karter'ın alt ve yüzey algılanır. Genel olarak, bu belirli patojenlere uygulanan bu çevre tarama teknikleri ön filtrasyon nöbetçiler test için karşılaştırıldığında bir duyarlılık arttı açmıştır.

Balık örnekleri için karşılaştırıldığında yaygın Mycobacterium spp. tanımlamak için karter bezlerden faydaları şekil 4sonuçlarında destekler. Test 115 balık M. chelonae ve M. haemophilum ve örnekleri, %3 %5 sırasıyla tespit edildi. Hiçbir patojen diğer Mikobakteriyel tür tespit edilmiştir. Aynı sistemlerden 49 karter temizleme bezi 5 Mikobakteriyel türlerin varlığı saptandı. Oran oranı M. chelonae ve M. fortuitum daha sık PCR tarafından yüzey karter bezlerden balık örnek olarak algılanır hipotez ile hesaplanır. Bu 11 ilgili oran oranıyla istatistiksel olarak anlamlı (% 95 GA: 4-29; p < 0.0001) ve 306 (% 95 GA: 18-5208; p = 0.0001). Yüzey karter çubukla tekniği için Nöbetçi'yi ekrana Zebra balığı tesisi tek kullanım Mycobacterium spp. için değerli bir alternatiftir sonuçları göster Çevre örnekleri de kullanılmıştır için A. hydrophilaekran. Bu bakterilerin balık, çamur ve yüzey örnekleri (şekil 4) tespit edildi. Bu da önerilen teknikleri balık biyotop ekran yeteneğini destekler.
Yumurta aynı sistem üzerinden analiz çamur % 93 olarak tespit edildi, ancak P. tomentosa yumurta algılamak için çamur analizi ile ilgili Mocho9 parazit PCR ve histopatoloji balık örneklerin % 27 algılandı. Burada, teknik karantina tarama yeniden üretmek için meydan okuma geldi. Bu bağlamda, ithal hayvan örneklenmiş olamaz, ve onların sağlık zamanında değerlendirme Biyogüvenlik yönetimi ile yardımcı olur. Balık bir P. tomentosa olumlu tesisten bilinmeyen Sağlık durumunun aygıtları ıslahı ile 8 tankları ayarla: en fazla 16 balık/13 L tank, 7 transgenik ve cinsiyet, karışık 1 vahşi türü satır 4-24 ay yaşlı. Çamur cihazlardan bir hafta sonra hasat ve mikroskopi tarafından analiz. P. tomentosa yumurta 7 (%88) örneklerinde görüldü. Son olarak, parazit PCR tespiti karter temizleme bezi ve çamur çökeller yargılandın. 4 ve 6 çamur örnekleri PCR olumlu olduğunu ve tüm sonuçları yüzey temizleme bezi için negatif çıktı. Çamur tarama yeteneğine yumurta tankın altına düşmeye dayalı bu şaşırtıcı değil. Bu çamur analiz teknikleri D. rerio akvaryumlar için P. tomentosa istila ve yöntemleri alınan hayvanlar tarama için adapte edilebilir ekran için kullanılabileceğini gösterir.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55306/55306fig1.jpg"> Şekil 1: dolaşım sistemi ön filtrasyon sentinel havuzdan. Bir 8 L tankı su ve biyo-medya sistemleri karterleri ekrana ile doludur. İki beyaz seramik biyo-medya boncuk (ortasında resmi) tank dibinde oturmak. 12 balık kendi yaş, zorlanma ve cinsiyet göre seçilir ve sentinel deposuna eklenir. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/55306/55306fig1large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55306/55306fig2.jpg"> Şekil 2: P. tomentosa yumurta çamur Çözümleme sırasında mikroskobu tarafından algılandı. Büyütme kullanılan 400 X yapıldı. Oklar İki kutuplu fiş gösterir. Ölçek çubuğu 50 µm. = <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/55306/55306fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55306/55306fig3.jpg"> Şekil 3: aygıt ıslahı batık çamur analiz için toplamak için bir balık tankı içinde. Bu tank resmi amacıyla bir bankta ayarlanır; Aksi halde dolaşım sisteminde ayarlanır. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/55306/55306fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/55306/55306fig4.jpg"> Şekil 4: Balık, Mycobacterium spp., A. hydrophilave P. tomentosa PCR tarafından kimlik yüzdesi yüzey karter temizleme bezi ve karter çamur. Yüzde her patojen türün için olumlu sonuç sayısını test örnekleri sayısına bölünmesi ile elde edilir. Olumlu sonuçlar yüzdesini örnek türüne göre balık, yüzey veya çamur verilen ve bakteri adından sonra gösterilir. 115 balık ve 49 yüzey karter temizleme bezi tarafından PCR Mycobacterium spp. tanımlanması için test edildi Bu çalışmanın bir uzantısı olduğundan veri Mocho'nın9 sonuçları ile derlenir. Özellikle ön filtrasyon nöbetçiler Protokolü Bölüm 1 göre balıklar. Nadiren, nöbetçiler were değil elde edilebilir ne zaman balık kaçakların ve eski koloni (> 18 ay) örneklenmiş. Tüm test sistemleri Mycobacterium spp. için balık ve karter temizleme bezi üzerinde test edildi. Oran oranı M. chelonae ve M. fortuitum daha sık PCR tarafından yüzey karter bezlerden balık örnek olarak algılanır hipotez ile hesaplanır. Bu 11 ilgili oran oranıyla istatistiksel olarak anlamlı (% 95 GA: 4-29; p < 0.0001) ve 306 (% 95 GA: 18-5208; p = 0.0001). Mycobacterium marinum PCR tüm örnekleri için negatif ve bu nedenle bu tesislerinden yok sayılır ve analize dahil değil. 12 balık, 14 yüzey karter temizleme bezi ve 6 karter çamur PCR tarafından A. hydrophilavarlığı için test edildi. 6 karterleri yüzeyi ve çamur içinde P. tomentosa varlığı için test edildi. PCR Polimeraz zincir reaksiyonu =. CI güven aralığı =. * ve ** istatistiksel anlamlılık; belirtmek diğer karşılaştırmalar istatistiksel olarak anlamlı değildi. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/55306/55306fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.</a>
<img alt="Video 1" src="/files/ftp_upload/55306/55306vid1.jpg"> Video 1: yumurta için tarama P. tomentosa mikroskop ile. 3.1. adımda açıklandığı gibi slayt çamur analizinden elde edilir. Alanı P. tomentosabir yumurta algılamak için taranır. Bir kez bir yapı kabul edilmektedir, bu daha yüksek çözünürlükte kimlik doğrulamak için Yakınlaştırılmış. Bu videoyu izlemek için <a href="https://cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/55306/video_scan_for_egg.avi" target="_blank">lütfen buraya tıklayın. (İndirmek için sağ tıklatın.)</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>Yazarlar</td>
			<td>Pozlama başında yaş</td>
			<td>Pozlama uzunluğu</td>
			<td>Örnekleme yaş</td>
			<td>Öncesi veya sonrası Filtrasyon</td>
			<td>Cinsiyet</td>
			<td>Strain(s)</td>
		</tr>
<tr>
<td>Barton vd. 3
</td>
			<td>4 ay</td>
			<td>6 ay</td>
			<td>10 ay</td>
			<td>Ön filtrasyon</td>
			<td>N/A</td>
			<td>N/A</td>
		</tr>
<tr>
<td>Borges vd. 4
</td>
			<td>6 ay</td>
			<td>6 ay</td>
			<td>12 ay</td>
			<td>Ön filtrasyon</td>
			<td>N/A</td>
			<td>AB vahşi türü</td>
		</tr>
<tr>
<td>Collymore vd. 5
</td>
			<td>Mümkün olduğu kadar genç</td>
			<td>3 ay</td>
			<td>< 6 ay</td>
			<td>Ön filtrasyon</td>
			<td>N/A</td>
			<td>N/A</td>
		</tr>
<tr>
<td>Geisler vd. 6
</td>
			<td>4 ay</td>
			<td>4 ay</td>
			<td>8 ay</td>
			<td>Öncesi ve sonrası Filtrasyon</td>
			<td>N/A</td>
			<td>AB vahşi türü</td>
		</tr>
<tr>
<td>Liu vd. 7
</td>
			<td>3 ay</td>
			<td>1-6 ay</td>
			<td>4-9 ay</td>
			<td>Öncesi ve sonrası Filtrasyon</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Vahşi türü</td>
		</tr>
<tr>
<td>Martins vd. 8
</td>
			<td>3 ay</td>
			<td>3 ay</td>
			<td>6 ay</td>
			<td>Ön filtrasyon</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Vahşi türü</td>
		</tr>
<tr>
<td>Mocho9
</td>
			<td>< 6 ay, 6 - 12 ay > 18 ay</td>
			<td>4 ay</td>
			<td>7 - 24 ay</td>
			<td>Ön filtrasyon</td>
			<td>1 kadın ve 1 erkek her yaş grubu</td>
			<td>AB vahşi türü</td>
		</tr>
<tr>
<td>Murray vd. 10
</td>
			<td>3-4 ay</td>
			<td>3 ay, 6 ay, 1 yıl</td>
			<td>7, 10 ve 16 ay</td>
			<td>Öncesi ve sonrası Filtrasyon</td>
			<td>N/A</td>
			<td>AB vahşi türü</td>
		</tr>
</tbody></table>Tablo 1: sentinel ayarları Zebra balığı tesislerinde karşılaştırılması. Sentinel balık onların yaşı, cinsiyeti ya da zorlanma göre seçilebilir. Tanımlanan bir dönem için sunulur ve öncesi ya da sonrası filtrasyon sistemi su aldıkları. 2016 özel sayı sağlık Zebra balığı günlük3,4,5,6,7,8,9, gelen verileri derlenmiş 10.

Watch this Scientific Journal Video about Environmental Screening of Aeromonas hydrophila, Mycobacterium spp., and Pseudocapillaria tomentosa in Zebrafish Systems at JoVE.com

Environmental Screening of Aeromonas hydrophila, Mycobacterium spp., and Pseudocapillaria tomentosa in Zebrafish Systems

Bu iletişim kuralı karter temizleme bezi kullanımı ve Zebra balığı sistemleri, hangi nöbetçiler tek kullanım göre artan algılama patojen Aeromonas hydrophila, Mycobacterium spp. ve gibi algılamaya yol çamur analizini açıklar Pseudocapillaria tomentosa. P. tomentosa yumurta karantinada izlemek için bir sistem de önerilmiştir.

Aeromonas hydrophila, Mycobacterium spp. ve Pseudocapillaria tomentosa Zebra balığı sistemlerinde çevre tarama

Health monitoring systems are developed and used in zebrafish research facilities because pathogens of Danio rerio such as Aeromonas hydrophila, ...

environmental-screening-aeromonas-hydrophila-mycobacterium-spp

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Biology

Environmental Screening of Aeromonas hydrophila, Mycobacterium spp., and Pseudocapillaria tomentosa in Zebrafish Systems

9.7K Görüntüleme.  The Francis Crick Institute. Bu iletişim kuralı karter temizleme bezi kullanımı ve Zebra balığı sistemleri, hangi nöbetçiler tek kullanım göre artan algılama patojen Aeromonas hydrophila, Mycobacterium spp. ve gibi algılamaya yol çamur analizini açıklar Pseudocapillaria tomentosa. P. tomentosa yumurta karantinada izlemek için bir sistem de önerilmiştir.

Video: Environmental Screening of Aeromonas hydrophila, Mycobacterium spp., and Pseudocapillaria tomentosa in Zebrafish Systems

Using Micro-Electro-Mechanical Systems (MEMS) to Develop Diagnostic Tools

Using Micro-Electro-Mechanical Systems MEMS to Develop Diagnostic Tools

Teşhis Araçları Geliştirmek İçin Mikro-Elektro-Mekanik Sistemler (MEMS)

Biyoloji

Window on a Microworld: Simple Microfluidic Systems for Studying Microbial Transport in Porous Media

Microbial growth and transport in porous media have important implications for the quality of groundwater and surface water, the recycling of nutrients in the environment, as well as directly for the transmission of pathogens to drinking water supplies. Natural porous media is composed of an intricate physical topology, varied surface chemistries, dynamic gradients of nutrients and electron acceptors, and a patchy distribution of microbes. These features vary substantially over a length scale of microns, making the results of macro-scale investigations of microbial transport difficult to interpret, and the validation of mechanistic models challenging. Here we demonstrate how simple microfluidic devices can be used to visualize microbial interactions with micro-structured habitats, to identify key processes influencing the observed phenomena, and to systematically validate predictive models. Simple, easy-to-use flow cells were constructed out of the transparent, biocompatible and oxygen-permeable material poly(dimethyl siloxane). Standard methods of photolithography were used to make micro-structured masters, and replica molding was used to cast micro-structured flow cells from the masters. The physical design of the flow cell chamber is adaptable to the experimental requirements: microchannels can vary from simple linear connections to complex topologies with feature sizes as small as 2 &mu;m. Our modular EcoChip flow cell array features dozens of identical chambers and flow control by a gravity-driven flow module. We demonstrate that through use of EcoChip devices, physical structures and pressure heads can be held constant or varied systematically while the influence of surface chemistry, fluid properties, or the characteristics of the microbial population is investigated. Through transport experiments using a non-pathogenic, green fluorescent protein-expressing Vibrio bacterial strain, we illustrate the importance of habitat structure, flow conditions, and inoculums size on fundamental transport phenomena, and with real-time particle-scale observations, demonstrate that microfluidics offer a compelling view of a hidden world.

Microfluidic devices can be used to visualize complex natural processes in real time and at the appropriate physical scales. We have developed a simple microfluidic device that mimics key features of natural porous media for studying growth and transport of bacteria in the subsurface.

Gözenekli Ortam Mikrobiyal Ulaştırma incelenmesi için basit mikroakışkan Sistemleri: Mikrodünya Pencere

Microbial growth and transport in porous media have important implications for the quality of groundwater and surface water, the recycling of nutrients in ...

Lineage Labeling of Zebrafish Cells with Laser Uncagable Fluorescein Dextran

A central problem in developmental biology is to deduce the origin of the myriad cell types present in vertebrates as they arise from undifferentiated precursors. Researchers have employed various methods of lineage labeling, such as DiI labeling1 and pressure injection of traceable enzymes2 to ascertain cell fate at later stages of development in model systems. The first fate maps in zebrafish (Danio rerio) were assembled by iontophoretic injection of fluorescent dyes, such as rhodamine dextran, into single cells in discrete regions of the embryo and tracing the labeled cell's fate over time3-5. While effective, these methods are technically demanding and require specialized equipment not commonly found in zebrafish labs. Recently, photoconvertable fluorescent proteins, such as Eos and Kaede, which irreversibly switch from green to red fluorescence when exposed to ultraviolet light, are seeing increased use in zebrafish6-8. The optical clarity of the zebrafish embryo and the relative ease of transgenesis have made these particularily attractive tools for lineage labeling and to observe the migration of cells in vivo7. Despite their utility, these proteins have some disadvantages compared to dye-mediated lineage labeling methods. The most crucial is the difficulty we have found in obtaining high 3-D resolution during photoconversion of these proteins. In this light, perhaps the best combination of resolution and ease of use for lineage labeling in zebrafish makes use of caged fluorescein dextran, a fluorescent dye that is bound to a quenching group that masks its fluorescence9. The dye can then be "uncaged" (released from the quenching group) within a specific cell using UV light from a laser or mercury lamp, allowing visualization of its fluorescence or immunodetection. Unlike iontophoretic methods, caged fluorescein can be injected with standard injection apparatuses and uncaged with an epifluorescence microscope equipped with a pinhole10. In addition, antibodies against fluorescein detect only the uncaged form, and the epitope survives fixation well11. Finally, caged fluorescein can be activated with very high 3-D resolution, especially if two-photon microscopy is employed 12,13. This protocol describes a method of lineage labeling by caged fluorescein and laser uncaging. Subsequenctly, uncaged fluorescein is detected simultaneously with other epitopes such as GFP by labeling with antibodies.

This protocol delineates a way to label and trace the fate of small groups of cells zebrafish embryos using UV-uncaging of caged fluorescein, followed by whole mount immunolabeling to amplify the signal from the uncaged fluorescein.

Lazer Uncagable Floresein Dextran&#39;ın Zebra balığı Hücre Lineage Etiketleme

A central problem in developmental biology is to deduce the origin of the myriad cell types present in vertebrates as they arise from undifferentiated ...

In vivo Electroporation of Morpholinos into the Adult Zebrafish Retina

Many devastating inherited eye diseases result in progressive and irreversible blindness because humans cannot regenerate dying or diseased retinal neurons. In contrast, the adult zebrafish retina possesses the robust ability to spontaneously regenerate any neuronal class that is lost in a variety of different retinal damage models, including retinal puncture, chemical ablation, concentrated high temperature, and intense light treatment 1-8. Our lab extensively characterized regeneration of photoreceptors following constant intense light treatment and inner retinal neurons after intravitreal ouabain injection 2, 5, 9. In all cases, resident M&uuml;ller glia re-enter the cell cycle to produce neuronal progenitors, which continue to proliferate and migrate to the proper retinal layer, where they differentiate into the deficient neurons. 
	We characterized five different stages during regeneration of the light-damaged retina that were highlighted by specific cellular responses. We identified several differentially expressed genes at each stage of retinal regeneration by mRNA microarray analysis 10. Many of these genes are also critical for ocular development. To test the role of each candidate gene/protein during retinal regeneration, we needed to develop a method to conditionally limit the expression of a candidate protein only at times during regeneration of the adult retina. 
	Morpholino oligos are widely used to study loss of function of specific proteins during the development of zebrafish, Xenopus, chick, mouse, and tumors in human xenografts 11-14. These modified oligos basepair with complementary RNA sequence to either block the splicing or translation of the target RNA. Morpholinos are stable in the cell and can eliminate or "knockdown" protein expression for three to five days 12. 
	Here, we describe a method to efficiently knockdown target protein expression in the adult zebrafish retina. This method employs lissamine-tagged antisense morpholinos that are injected into the vitreous of the adult zebrafish eye. Using electrode forceps, the morpholino is then electroporated into all the cell types of the dorsal and central retina. Lissamine provides the charge on the morpholino for electroporation and can be visualized to assess the presence of the morpholino in the retinal cells. 
	Conditional knockdown in the retina can be used to examine the role of specific proteins at different times during regeneration. Additionally, this approach can be used to study the role of specific proteins in the undamaged retina, in such processes as visual transduction and visual processing in second order neurons.

In vivo Electroporation of Morpholinos into the Adult Zebrafish Retina

A method to conditionally knockdown a target protein&#x2019;s expression in the adult zebrafish retina is described, which involves intravitreally injecting antisense morpholinos and electroporating them into the retina. The resulting protein is knocked down for several days, which allows testing the protein&#x2019;s role in the regenerating or intact retina.

Morpholinos in vivo Elektroporasyon Yetişkin Zebra balığı Retina

Many devastating inherited eye diseases result in progressive and irreversible blindness because humans cannot regenerate dying or diseased retinal ...

Long-term Lethal Toxicity Test with the Crustacean Artemia franciscana

Our research activities target the use of biological methods for the evaluation of environmental quality, with particular reference to saltwater/brackish water and sediment. The choice of biological indicators must be based on reliable scientific knowledge and, possibly, on the availability of standardized procedures. In this article, we present a standardized protocol that used the marine crustacean Artemia to evaluate the toxicity of chemicals and/or of marine environmental matrices. Scientists propose that the brine shrimp (Artemia) is a suitable candidate for the development of a standard bioassay for worldwide utilization. A number of papers have been published on the toxic effects of various chemicals and toxicants on brine shrimp (Artemia). The major advantage of this crustacean for toxicity studies is the overall availability of the dry cysts; these can be immediately used in testing and difficult cultivation is not demanded1,2. Cyst-based toxicity assays are cheap, continuously available, simple and reliable and are thus an important answer to routine needs of toxicity screening, for industrial monitoring requirements or for regulatory purposes3. The proposed method involves the mortality as an endpoint. The numbers of survivors were counted and percentage of deaths were calculated. Larvae were considered dead if they did not exhibit any internal or external movement during several seconds of observation4. This procedure was standardized testing a reference substance (Sodium Dodecyl Sulfate); some results are reported in this work. This article accompanies a video that describes the performance of procedural toxicity testing, showing all the steps related to the protocol.

Long-term Lethal Toxicity Test with the Crustacean Artemia franciscana

This study concerns the development and standardization of a valuable methodological protocol to determine long-term (14 days) lethal toxicity exerted by chemical substances, industrial wastewater or sewage and liquid environmental samples on the saltwater crustacean, Artemia franciscana.

Kabuklu uzun vadeli Lethal Toksisite Testi Artemia Franciscana</em

Our research activities target the use of biological methods for the evaluation of environmental quality, with particular reference to saltwater/brackish ...

HeLa Based Cell Free Expression Systems for Expression of Plasmodium Rhoptry Proteins

Malaria causes significant global morbidity and mortality. No routine vaccine is currently available. One of the major reasons for lack of a vaccine is the challenge of identifying suitable vaccine candidates. Malarial proteins expressed using prokaryotic and eukaryotic cell based expression systems are poorly glycosylated, generally insoluble and undergo improper folding leading to reduced immunogenicity. The wheat germ, rabbit reticulocyte lysate and Escherichia coli lysate cell free expression systems are currently used for expression of malarial proteins. However, the length of expression time and improper glycosylation of proteins still remains a challenge. We demonstrate expression of Plasmodium proteins in vitro using HeLa based cell free expression systems, termed &#8220;in vitro human cell free expression systems&#8221;. The 2 HeLa based cell free expression systems transcribe mRNA in 75 min and 3 &#181;l of transcribed mRNA is sufficient to translate proteins in 90 min. The 1-step expression system is a transcription and translation coupled expression system; the transcription and co-translation occurs in 3 hr. The process can also be extended for 6 hr by providing additional energy. In the 2-step expression system, mRNA is first transcribed and then added to the translation mix for protein expression. We describe how to express malaria proteins; a hydrophobic PF3D7_0114100 Maurer&#8217;s Cleft &#8211; 2 transmembrane (PfMC-2TM) protein, a hydrophilic PF3D7_0925900 protein and an armadillo repeats containing protein PF3D7_1361800, using the HeLa based cell free expression system. The proteins are expressed in micro volumes employing 2-step and 1-step expression strategies. An affinity purification method to purify 25 &#181;l of proteins expressed using the in vitro human cell free expression system is also described. Protein yield is determined by Bradford&#8217;s assay and the expressed and purified proteins can be confirmed by western blotting analysis. Expressed recombinant proteins can be used for immunizations, immunoassays and protein sequencing.

HeLa Based Cell Free Expression Systems for Expression of Plasmodium Rhoptry Proteins

Expression of malarial proteins in cell based systems remains challenging. We demonstrate two step and one step IVT (in vitro translation) cell free expression systems for expressing malarial recombinant rhoptry proteins from HeLa cells. We use a Ni-resin affinity based purification system to purify the rhoptry proteins.

İfadesi için HeLa Tabanlı Hücre Özgür İfade Sistemleri<em&gt; Plasmodium</em&gt; Rhoptry Proteinler

Malaria causes significant global morbidity and mortality. No routine vaccine is currently available. One of the major reasons for lack of a vaccine is ...

Nephrotoxin Microinjection in Zebrafish to Model Acute Kidney Injury

The kidneys are susceptible to harm from exposure to chemicals they filter from the bloodstream. This can lead to organ injury associated with a rapid decline in renal function and development of the clinical syndrome known as acute kidney injury (AKI). Pharmacological agents used to treat medical circumstances ranging from bacterial infection to cancer, when administered individually or in combination with other drugs, can initiate AKI. Zebrafish are a useful animal model to study the chemical effects on renal function in vivo, as they form an embryonic kidney comprised of nephron functional units that are conserved with higher vertebrates, including humans. Further, zebrafish can be utilized to perform genetic and chemical screens, which provide opportunities to elucidate the cellular and molecular facets of AKI and develop therapeutic strategies such as the identification of nephroprotective molecules. Here, we demonstrate how microinjection into the zebrafish embryo can be utilized as a paradigm for nephrotoxin studies.

Renal injuries incurred from nephrotoxins, which include drugs ranging from antibiotics to chemotherapeutics, can result in complex disorders whose pathogenesis remains incompletely understood. This protocol demonstrates how zebrafish can be used for disease modeling of these conditions, which can be applied to the identification of renoprotective measures.

Zebra balığı Nephrotoxin Mikroenjeksiyon Akut Böbrek Yaralanması Model

The kidneys are susceptible to harm from exposure to chemicals they filter from the bloodstream. This can lead to organ injury associated with a rapid ...

High-throughput Screening for Protein-based Inheritance in S. cerevisiae

The encoding of biological information that is accessible to future generations is generally achieved via changes to the DNA sequence. Long-lived inheritance encoded in protein conformation (rather than sequence) has long been viewed as paradigm-shifting but rare. The best characterized examples of such epigenetic elements are prions, which possess a self-assembling behavior that can drive the heritable manifestation of new phenotypes. Many archetypal prions display a striking N/Q-rich sequence bias and assemble into an amyloid fold. These unusual features have informed most screening efforts to identify new prion proteins. However, at least three known prions (including the founding prion, PrPSc) do not harbor these biochemical characteristics. We therefore developed an alternative method to probe the scope of protein-based inheritance based on a property of mass action: the transient overexpression of prion proteins increases the frequency at which they acquire a self-templating conformation. This paper describes a method for analyzing the capacity of the yeast ORFeome to elicit protein-based inheritance. Using this strategy, we previously found that &gt;1% of yeast proteins could fuel the emergence of biological traits that were long-lived, stable, and arose more frequently than genetic mutation. This approach can be employed in high throughput across entire ORFeomes or as a targeted screening paradigm for specific genetic networks or environmental stimuli. Just as forward genetic screens define numerous developmental and signaling pathways, these techniques provide a methodology to investigate the influence of protein-based inheritance in biological processes.

High-throughput Screening for Protein-based Inheritance in S. cerevisiae

This protocol describes a high-throughput methodology to functionally screen for protein-based inheritance in S. cerevisiae.

S. cerevisiae Protein bazlı miras için yüksek üretilen iş tarama

The encoding of biological information that is accessible to future generations is generally achieved via changes to the DNA sequence. Long-lived ...

A Robust Method for the Large-Scale Production of Spheroids for High-Content Screening and Analysis Applications

High-content screening (HCS) and high-content analysis (HCA) are technologies that provide researchers with the ability to extract large-scale quantitative phenotypic measurements from cells. This approach has proved powerful for deepening our understanding of a wide range of both fundamental and applied events in cell biology. To date, the majority of applications for this technology have relied on the use of cells grown in monolayers, although it is increasingly realized that such models do not recapitulate many of the interactions and processes that occur in tissues. As such, there has been an emergence in the development and use of 3-dimensional (3D) cell assemblies, such as spheroids and organoids. Although these 3D models are particularly powerful in the context of cancer biology and drug delivery studies, their production and analysis in a reproducible manner suitable for HCS and HCA present a number of challenges. The protocol detailed here describes a method for the generation of multicellular tumor spheroids (MCTS), and demonstrates that it can be applied to three different cell lines in a manner that is compatible with HCS and HCA. The method facilitates the production of several hundred spheroids per well, providing the specific advantage that when used in a screening regime, data can be obtained from several hundred structures per well, all treated in an identical manner. Examples are also provided, which detail how to process the spheroids for high-resolution fluorescence imaging and how HCA can extract quantitative features at both the spheroid level as well as from individual cells within each spheroid. This protocol could easily be applied to answer a wide range of important questions in cell biology.

This protocol details a method for the production of three different types of spheroids in a manner that makes them suitable for large-scale high-content screening and analysis. In addition, examples are presented showing how they can be analyzed at spheroid and individual cell levels.

Yüksek İçerikli Tarama ve Analiz Uygulamaları için Büyük Ölçekli Sferoid Üretimi için Sağlam Bir Yöntem

High-content screening (HCS) and high-content analysis (HCA) are technologies that provide researchers with the ability to extract large-scale ...

Isolation and Screening from Soil Biodiversity for Fungi Involved in the Degradation of Recalcitrant Materials

Environmental pollution is an increasing problem, and identifying fungi involved in the bioremediation process is an essential task. Soil hosts an incredible diversity of microbial life and can be a good source of these bioremediative fungi. This work aims to search for soil fungi with bioremediation potential by using different screening tests. Mineral culture media supplemented with recalcitrant substances as the sole carbon source were used as growth tests. First, soil dilutions were plated on Petri dishes with mineral medium amended with humic acids or lignocellulose. The growing fungal colonies were isolated and tested on different substrates, such as complex mixtures of hydrocarbons (petrolatum and used motor oil) and powders of different plastic polymers (PET, PP, PS, PUR, PVC). Qualitative enzymatic tests were associated with the growth tests to investigate the production of esterases, laccases, peroxidases, and proteases. These enzymes are involved in the main degradation processes of recalcitrant material, and their constitutive secretion by the examined fungal strains could have the potential to be exploited for bioremediation. More than 100 strains were isolated and tested, and several isolates with good bioremediation potential were found. In conclusion, the described screening tests are an easy and low-cost method to identify fungal strains with bioremediation potential from the soil. In addition, it is possible to tailor the screening tests for different pollutants, according to requirements, by adding other recalcitrant substances to minimal culture media.

Here, we present a protocol for screening soil biodiversity to look for fungal strains involved in the degradation of recalcitrant materials. First, fungal strains able to grow on humic acids or lignocellulose are isolated. Their activity is then tested both in enzymatic assays and on pollutants such as hydrocarbons and plastics.