TGK maddi destekleri için Technische Universität München Fen ve Mühendislik (IGGSE) Uluslararası Enstitüye kabul eder. HK destekleri için Entegre Protein Bilim Münih için Merkezini (CIPSM) kabul eder.

Not: Bütün reaktifler ve çözücüler, ticari tedarikçilerden elde edildi ve daha fazla saflaştırılmadan kullanıldı. Dikkat: Kullanmadan önce tüm ilgili güvenlik bilgi formuna (MSDS) başvurun. Kimyasal sentezleri (örneğin, davlumbaz, güvenlik gözlüğü, eldiven, laboratuvar önlüğü, boy pantolon ve kapalı parmak ayakkabılardan) gerçekleştirirken tüm uygun güvenlik ekipmanlarını kullanın. Guanidinylation Öncülerinin 1. sentezi <ol><li> Alkile türler <ol><li> Metilli türler <ol><li> Kuru, 10 mL (PPh3, 3.8 mmol, 1.2 eşi.), N, N &#39;1.0 g eritin-di-Boc-1 H-pirazol-1-karboksamidin (3.2 mmol, 1 eşd.) Ve 1.0 g trifenilfosfin oda sıcaklığında (RT), bir kauçuk septum ile bir inert atmosfer içinde bir 50-mL yuvarlak dipli bir şişede tetrahidrofuran (THF). bir şırınga (4.8 mmol, 1.5 eş.) ve l kullanılarak kuru metanol 194 mcLve bu, oda sıcaklığında karıştırın. </li><li> Ayrı olarak, küçük bir cam şişe içinde kuru THF, 2 mL diizopropil azodikarboksilat 747 uL (DIAD, 3.8 mmol, 1.2 eşi.) Içeren bir çözelti hazırlanmıştır. Karıştırılırken, bir şırınga (15 dakika boyunca) kullanılarak N, N&#39;-N&#39;-di-Boc-1 H-pirazol-1-karboksamidin, PPh3, ve metanol çözeltisine damla damla THF içinde DIAD çözeltisi ilave edilir. Oda sıcaklığında 2 saat süre ile çözelti karışmaya bırakıldı. </li><li> Bir döner buharlaştırıcı kullanılarak indirgenmiş basınç altında çözücüyü çıkarın ve 1 mL diklorometan (DCM) içerisinde ham ürün çözülür. Bir pentan çözeltisi içinde% 10 etil asetat içinde 100 g silis (EtOAc) ile bir flaş kolonu (2.5 cm x 20 cm) yükleyin. kolon üzerinde çözülmüş ham ürün yüklenir ve basınçta (1.5 bar) altında çözücü ekleyin. </li><li> (Çözücü sistemi: izokratik% 10 pentan içinde EtOAc) fraksiyonları toplayın, ince tabaka kromatografisi (TLC) ile istenen bileşik nokta belirlemek ve (Rf = 0.4, EtOAc / pentan 1: 9, UV) toplayın. istenilen birleştirinfraksiyonlar san, yapışkan bir yağ (2.6 mmol,% 81 verim) halinde başlıktaki bileşiğin 0.85 gramını elde etmek üzere bir döner buharlaştırıcı kullanılarak düşük basınç altında çözücü buharlaştırılır ve. ileride kullanılmak üzere oda sıcaklığında vermiştir bileşik saklayın. </li></ol></li><li> Heksilamin modifiye türler <ol><li> N 1.0 g çözülür, N&#39;-Di-Boc-1 H-pirazol-1-karboksamidin (3.2 mmol, 1.0 eşi.), DDE-6-aminoheksanol Sentezi (3.8 mmol, 1.2 eşi.), 0.9 g, ve 1.0 g atıl bir atmosfer içinde 50 mL&#39;lik yuvarlak dipli bir şişede kuru 10 mL THF içinde PPh3 (3.8 mmol, 1.2 eşd.) oda sıcaklığında bir kauçuk bölüm ile. </li><li> Ayrı olarak, küçük bir cam şişe içinde DIAD 747 uL (3.8 mmol, 1.2 eşi.), Kuru THF içinde 2 mL bir çözelti hazırlanmıştır. Karıştırılırken, N solüsyonuna damla damla THF içinde DIAD çözeltisi ekleyin, bir şırınga kullanılarak N &#39;-di-Boc-1 H-pirazol-1-karboksamidin, PPh3, ve DDE-6-aminoheksanol Sentezi (boyunca 15 dk) . Oda sıcaklığında 2 saat süre ile çözelti karışmaya bırakıldı. </li><li>Bir döner buharlaştırıcı kullanılarak indirgenmiş basınç altında çözücüyü çıkarın ve 1 mL DCM içerisinde ham ürün toplanır. pentan / EtOAc çözeltisi içinde 100 g silis içeren bir flaş kolonu (2.5 cm x 20 cm) yük (2: 1). kolon üzerinde çözülmüş ham sürün ve basınçta (1.5 bar) altında solvent ekleyin. </li><li> Fraksiyonların kazan (çözücü sistemi: izokratik 2: 1 pentan / EtOAc), TLC ile istenen fraksiyonu belirlemek ve bunları toplamak (Rf = 0.66, 2: 1 pentan / EtOAc, UV). İstenen fraksiyonlar bir araya getirin ve bir sarı zor akışlı bir yağ (2.8 mmol,% 88 verim) halinde başlıktaki bileşiğin 1.6 gramını elde etmek üzere döner bir buharlaştırıcı kullanılarak düşük basınç altında çözücü buharlaştırılır. ileride kullanılmak üzere oda sıcaklığında vermiştir bileşik saklayın. </li></ol></li></ol></li><li> Asile türleri (2 reaksiyon adımıyla) <ol><li> S -methylisothiuronium hemisülfatın 1.4 g (10 mmol, 1.0 eşi.) Ve di (tert-butil) dikarbonat 2.2 g çözülür (10 mmol, 1.0 eq.) Kuvvetli bir şekilde karışmaya içindeDCM iki fazlı çözelti halka / sat. su. NaHCO 3 ve oda sıcaklığında 24 saat süre ile karışmaya bırakıldı. </li><li> Bir ayırma hunisi içinde Tabakaları ayırın ve DCM ile sulu faz üç kez ekstrakt edin. Organik fazlar birleştirilir, Na2 SO 4 ile kuru ve bir döner buharlaştırıcı kullanılarak düşük basınç altında çözücüyü çıkarın. heksan 1 mL Ham ürün toplanır. </li><li> 1 heksan / EtOAc: 4 bir çözelti içinde 100 g silis içeren bir flaş kolonu (2.5 cm x 20 cm) yükleyin. kolon üzerinde çözülmüş ham ürün yüklenir. basınç altında çözücü ekleyin. (Rf = 0.30) 254 nm), ve bunları toplamak: 4: 1 izokratik heksan / EtOAc (saptama UV TLC (çözücü sistemi ile istenen fraksiyonu belirlenmesi. </li><li> İstenen fraksiyonlar bir araya getirin ve bir sarı zor akışlı bir yağ (5.8 mmol,% 58 verim) halinde başlıktaki bileşiğin 1.1 gramını elde etmek üzere döner bir buharlaştırıcı kullanılarak düşük basınç altında çözücü buharlaştırılır. (Tert-butoksikarbonil) - - reaktifi, N Mağaza S -meDaha fazla kullanım için oda sıcaklığında thylisothiourea. </li><li> N 250 mg çözülür - bir inert atmosfer içinde bir 50-mL yuvarlak dipli bir şişeye S -methylisothiourea (1.3 mmol, 1.0 eşi.), Kuru N, N-dimetilformamid (DMF), 10 ml de - (tert-butoksikarbonil) RT. Bir şırınga kullanılarak, N, N-diizopropiletilamin (DIPEA), 440 uL (2.6 mmol, 2 eş.) ilave edilir. Karıştırılırken, Ac2O (5.2 mmol, 4.0 eşi.) 245 mcL bir şırınga kullanılarak damla damla ve oda sıcaklığında 1 saat karışmaya bırakıldı. </li><li> Bir şırınga kullanılarak karışıma metanol aşırısı (2 mL) ilave edilir ve oda sıcaklığında 15 dakika karışmaya bırakıldı. Bir döner buharlaştırıcı kullanılarak indirgenmiş basınç altında çözücüyü çıkarın. 1 mL DCM içerisinde ham ürün toplanır. </li><li> 1 heksan / EtOAc 3: 3&#39;ün bir çözelti içinde 60 g silis içeren bir flaş kolonu (2.5 cm x 20 cm) yükleyin 1. kolona çözülmüş ham ürün uygulanır. Ekle çözücü (3: 1 heksan / EtOAc) ve basınçta (1.5 bar). (1: heksan / EtOAc, UV: 220 nm 3), ve sütun TLC istenen fraksiyonlar belirlenmesibunları (Rf = 0.62) Lect. </li><li> İstenen fraksiyonlar bir araya getirin ve (0.9 mmol,% 70 verim) beyaz bir katı olarak başlıkta adı geçen bileşiği 210 mg olarak elde edilmesi için bir döner buharlaştırıcı kullanılarak düşük basınç altında çözücü buharlaştırılır. Daha fazla kullanım için oda sıcaklığında bileşik saklayın. </li></ol></li></ol> Siklik Peptit Öncülerinin 2. sentezi <ol><li> Yükleme ve TCP reçine kapatma <ol><li> bir cam hamuru ile plastik bir 20 mL&#39;lik bir şırıngaya 2-chlortriyl klorür (CTC) reçinesi (0.9 mmol / g) ve Fmoc-Gly-OH (1.2 eq.) 320 mg, 1.00 g ekleyin. Kuru DCM 5 mL DIPEA 313 uL (2 eşi.) ihtiva eden bir çözelti hazırlanması ve bir şırıngaya ekleyin. Bu, döner bir ünite ile, oda sıcaklığında 1 saat boyunca dönüşümlü olsun. </li><li> (; Örtücü çözeltisi h / h) 1 metanol / DIPEA: Bu arada, 5 2 ml solüsyon hazırlanır. şırıngaya kapatma çözüm ekleyin ve 15 dakika daha çevirin edelim. DCM (5 x) ve DMF (3x) ile reçine yıkanır. </li></ol></li><li> Fmoc koruması giderildikten reçine üzerinde<ol><li> 5 dakika boyunca, daha sonra 10 dakika süre ile, DMF içinde% 20 piperidin ile Resin bağlı Fmoc-Gly tedavi ve. DMF (3x) ile reçine yıkanır. </li></ol></li><li> On-reçinesi yerine Fmoc-Orn (DDE) bağlanması -OH <ol><li> Fmoc-L-Orn (Dde) -OH 934 mg ekleyin (2 eşi.), 1- 684 mg [bis (dimetilamino) metilen] -1 H-1,2,3-triazolo [4,5-b] piridinyum 3-oksit (HATU) (2 eşi.) ve 1-hidroksi-7-azabenzotriazol (HOAt) 245 mg (2 eş.), küçük bir cam şişeye ve 5 mL DMF içinde çözülür. DIPEA 814 uL ekleyin. </li><li> Fmoc-korumalı yıkandı, ve reçineye bağlı Gly Bu solüsyon ilave edin ve 1 saat boyunca dönmesine izin verin. DMF (3x) ile reçine yıkanır. </li></ol></li><li> Fmoc koruması giderildikten reçine üzerinde <ol><li> 5 dakika daha sonra -Gly 10 dakika süre ile, DMF içinde% 20 piperidin ile Resin bağlı Fmoc-Orn (Dde) ve Treat ve. DMF (3x) ile reçine yıkanır. </li></ol></li><li> Fmoc-Val-OH On-reçine bağlama <ol><li> (2 eşi.), Fmoc-Val-OH 610 mg ekleme, 6HATU 84 mg (2 eşd.), Ve 245 bir küçük cam şişeye HOAt mg (2 eq.) Ve 5 mL DMF içinde çözülür. DIPEA 814 uL ekleyin. </li><li> Bu çözüm, Fmoc koruma grubu çıkarılır yıkandı, ve reçineye bağlı Orn (Dde) -Gly ve 1 saat boyunca dönmesine izin verin. </li></ol></li><li> Fmoc koruması giderildikten reçine üzerinde <ol><li> 5 dakika daha sonra -Gly 10 dakika süre ile, DMF içinde% 20 piperidin ile Resin bağlı Fmoc-Val-Orn (Dde) ve Treat ve. DMF (3x) ile reçine yıkanır. </li></ol></li><li> On-reçine N-metillenmesi <ol><li> DCM (3x) ile reçine yıkayın. DCM içinde 2-nitrobenzen sulfonilklorid (O -NBS-CI, 4 eş.) 887 mg çözülür ve 2,4,6-kollidin 1.2 mL eklemek (10 eşi.). </li><li> resin bağlı peptite solüsyonu ilave edin ve oda sıcaklığında 20 dakika boyunca inkübe edin. </li><li> CH2C! 2 (3x) ile ve THF (5x) ile reçine yıkanır. PPh3, 1.18 g (5 eşi.) Ve THF içinde bir metanol 365 uL bir çözelti hazırlayın. bu çözümü ekleşırınga. </li><li> 2 mL THF içindeki bir DIAD 883 uL olan bir çözelti hazırlanır ve şırıngaya ekleyin. 15 dakika boyunca kuluçkaya edelim. THF (5x) ile ve DMF (5x) ile reçine yıkanır. </li></ol></li><li> O -NS koruma kaldırma <ol><li> merkaptoetanol 570 uL (10.0 eşi.) ve 2 mL DMF içerisinde diazabicycloundecen 672 uL (DBU) ile bir çözelti hazırlayın. şırıngaya bu çözümü ekleyin ve 5 dakika boyunca inkübe izin verin. </li><li> koruma kaldırma adımı tekrar edin ve daha sonra DMF (5x) ile reçinenin yıkanması. </li></ol></li><li> Fmoc-D-Phe-OH üzerine reçine bağlama <ol><li> Fmoc-D-Phe-OH 697 mg ekleyin (2 eşi.), HATU 684 mg (2 eşd.) Ve küçük bir cam şişeye HOAt (2 eşi.) 245 mg ve 5 mL DMF içinde çözülür . DIPEA 814 uL ekleyin. </li><li> Fmoc-korumalı yıkandı, ve reçineye bağlı peptidi bu solüsyonu ekleyin ve 1 st için dönmesine izin verin. </li></ol></li><li> Fmoc koruması giderildikten reçine üzerinde <ol><li> Reçine-b tedaviound DMF içinde% 20 piperidin, 10 dakika boyunca ve daha sonra 5 dakika süre ile birlikte peptit. DMF (3x) ile reçine yıkanır. </li></ol></li><li> Fmoc-Asp (Ot-Bu) -OH On-reçine bağlama <ol><li> 5 mL içinde (2 eq.) Fmoc-Asp (Ot-Bu) -OH 741 mg ekleme, HATU 684 mg (2 eşd.) Ve küçük bir cam şişeye HOAt 245 mg (2 eşd.) Ve çözülür DMF. DIPEA 814 uL ekleyin. </li><li> Fmoc-korumalı yıkandı, ve reçineye bağlı peptidi bu solüsyonu ekleyin ve 1 st için dönmesine izin verin. </li></ol></li><li> Reçineden doğrusal peptidin bölünmesi <ol><li> DCM&#39;de (HFIP) içindeki bir çözeltisi 10 ml hazırlamak, daha sonra DCM (3x) ile reçine yıkanır ve (1: 4 v / v). </li><li> reçineye çözüm ekleyin ve 15 dakika dönmesine izin verin. yuvarlak tabanlı bir şişe içinde çözelti toplayın. bölünmesini tekrar edin ve bir döner buharlaştırıcı kullanılarak çözücü buharlaştırılır. </li></ol></li><li> Lineer peptid siklizasyonu <ol><li> DiNaHCO 3 (5.0 eq.) ve 50 mL DMF içerisinde difenilfosforil azit 582 uL (DPPA) (3.0 eşi.) 384 mg ssolve ve ham ürün ekleyin. Bu, gece boyunca karışmaya olsun ya da doğrusal bir peptid, ESI-MS (10 saat) 17 ile gözlenen kadar. </li><li> indirgenmiş basınç altında, bir döner buharlaştırıcı kullanılarak küçük bir hacme azaltır. NaCl (tuzlu su), doymuş bir sulu çözelti hazırlayın. Pasteur pipeti kullanılarak, bir santrifüj tüpü içinde NaCI doymuş sulu solüsyon, 40 mL siklize peptid damla damla ilave edilir. </li><li> süspansiyonu (5.000 x g, 5 dakika) santrifüj ve HPLC-grade, su (2x) ile bir çökelti yıkayın. Ürünü liyofilize edin. </li></ol></li></ol> Çözeltide 3. Guanidinylation ve korumasının bozulması <ol><li> Kişiye özel öncüleri ile Guanidinylation <ol><li> DMF, küçük bir hacim içinde (örneğin, 25 mg), dik olarak koruması siklik peptid küçük bir miktar içinde çözündürülür (örneğin, 2 mL) eklenmiştir. 2 eq ekleyin. guanidinylation ön ve 2 ek. ve çözeltiye DIPEA bu ​​oda sıcaklığında 2 saat karışmaya bırakıldı. </li><li> HPLC-MS ile reaksiyon ilerleme izleyin. Reaksiyon tamamlandıktan sonra, asetonitril çözücü yeniden çözülür guanidinylated siklik peptid kaldırmak ve yarı preparatif HPLC saflaştırma 16 gerçekleştirin. </li></ol></li><li> Asit labil yan zincir koruma gruplarının çıkarılması <ol><li> trifluoroasetik asit (TFA), su, ve triisopropilsilan (TIPS) ihtiva eden bir çözeltiye, 2 mL hazırlama (95 / 2.5 / 2.5 v / v / v). küçük bir cam şişe içinde saflaştırılmış ürün, bu solüsyonu ekleyin ve en az 1 saat boyunca oda sıcaklığında karışmaya bırakıldı. ESI-MS 17 ile tam deproteksiyon dikkate alınmalıdır. </li><li> küçük bir hacme kadar indirgenmiş basınç altında çözücüyü buharlaştınn. buz soğukluğunda eter hazırlamak ve bir 50-ml santrifüj tüpü içinde 10 mL ekleyin. ekleyerek bir Pasteur pipeti kullanılarak, buzla soğutulmuş eter içinde deprotekte Peptidi çöktürmekilave edildi. bir pelet elde etmek üzere süspansiyonu (5.000 x g, 5 dakika) santrifüj. </li><li> (5000 xg, 5 dakika, 2 x), buz soğukluğunda eter ile çökelti yıkanır ve santrifüj. HPLC-grade 2 mL su içinde ürününü ve yarı preparatif HPLC 16 ile saflaştırılması. </li></ol></li></ol> 4. Analitik Veriler ve Arıtma için parametreler <ol><li> Analitik HPLC-ESI-MS <ol><li> Bir C 18 sütunu (12 nm gözenek büyüklüğü, 3-um parçacık büyüklüğü, 125 mm x 2.1 mm) ya da bir C8 sütunu (20 nm gözenek boyutlu ve 5 mikron partikül kullanarak bir LCQ kütle spektrometresi ile analitik HPLC-ESI-MS gerçekleştirme büyüklüğü, taşıyıcı olarak, H2O (% 0.1 v / v formik asit) / asetonitril (% 0.1 v / v formik asit) ile 250 mm 2,1 mm x). </li></ol></li><li> Yarı hazırlayıcı HPLC, <ol><li> bir ODS-A sütunu (20 x 250 mm, 5 um), 8 ml / dakikalık bir akış oranı ve lineer değişim dereceleriyle bir HPLC aleti kullanılarak yarı-preparatif HPLC gerçekleştirmeH2 (TFA hac% 0.1 v /) (% 0.1 TFA hac h /) ve asetonitril. </li></ol></li></ol>

<ol>
	<li>Saczewski, F., Balewski, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biological+activities+of+guanidine+compounds.">Biological activities of guanidine compounds.</a> Exp. Opin. Ther. Patents. 19 (10), 1417-1448 (2009).</li><li>Saczewski, F., Balewski, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biological+activities+of+guanidine+compounds,+2008-2012+update.">Biological activities of guanidine compounds, 2008-2012 update.</a> Exp. Opin. Ther. Patents. 23 (8), 965-995 (2013).</li><li>Wirth, T. H., Davidson, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mercury+(II)+Comlexes+of+Guanidine+and+Ammonia,+and+a+general+discussion+of+the+Complexing+of+Mercury+(II)+by+Nitrogen+Bases.">Mercury (II) Comlexes of Guanidine and Ammonia, and a general discussion of the Complexing of Mercury (II) by Nitrogen Bases.</a> J. Am. Chem. Soc. 86 (20), 4325-4329 (1964).</li><li>Berlinck, R. G., Burtoloso, A. C., Kossuga, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+chemistry+and+biology+of+organic+guanidine+derivatives.">The chemistry and biology of organic guanidine derivatives.</a> Nat. Prod. Rep. 25, 919-954 (2008).</li><li>Peterlin-Ma&#353;i&#269;, L., Kikelj, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arginine+mimetics.">Arginine mimetics.</a> Tetrahedron. 57 (33), 7073-7105 (2001).</li><li>Peterlin-Ma&#353;i&#269;, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arginine+mimetic+structures+in+biologically+active+antagonists+and+inhibitors.">Arginine mimetic structures in biologically active antagonists and inhibitors.</a> Curr. Med. Chem. 13 (30), 3627-3648 (2006).</li><li>Hynes, R. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integrins:+bidirectional,+allosteric+signaling+machines.">Integrins: bidirectional, allosteric signaling machines.</a> Cell. 110 (6), 673-687 (2002).</li><li>Liddington, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+aspects+of+integrins.">Structural aspects of integrins.</a> Adv. Exp. Med. Biol. 819, 111-126 (2014).</li><li>Plow, E. F., Haas, T. A., Zhang, L., Loftusi, J., Smith, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ligand+binding+to+integrins.">Ligand binding to integrins.</a> J. Biol. Chem. 275 (29), 21785-21788 (2000).</li><li>Kapp, T. G., Fottner, M., Maltsev, O. V., Kessler, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Small+cause,+great+impact+-+modification+of+guanidine+group+in+RGD+controls+subtype+selectivity.">Small cause, great impact - modification of guanidine group in RGD controls subtype selectivity.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 55, 1540-1543 (2016).</li><li>Xiong, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Crystal+structure+of+the+extracellular+segment+of+integrin+alpha+Vbeta3.">Crystal structure of the extracellular segment of integrin alpha Vbeta3.</a> Science. 294, 339-345 (2001).</li><li>Xiong, J. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Crystal+structure+of+the+extracellular+segment+of+integrin+alpha+Vbeta3+in+complex+with+an+Arg-Gly-Asp+ligand.">Crystal structure of the extracellular segment of integrin alpha Vbeta3 in complex with an Arg-Gly-Asp ligand.</a> Science. 296 (5565), 151-155 (2002).</li><li>Nagae, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Crystal+structure+of+&#945;5&#946;1+integrin+ectodomain:+atomic+details+of+the+fibronectin+receptor.">Crystal structure of &#945;5&#946;1 integrin ectodomain: atomic details of the fibronectin receptor.</a> J. Cell Biol. 197 (1), 131-140 (2012).</li><li>Hersel, U., Dahmen, C., Kessler, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RGD+modified+polymers:+biomaterials+for+stimulated+cell+adhesion+and+beyond.">RGD modified polymers: biomaterials for stimulated cell adhesion and beyond.</a> Biomaterials. 24 (24), 4385-4415 (2003).</li><li>Auernheimer, J., Dahmen, C., Hersel, U., Bausch, A., Kessler, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Photoswitched+Cell+Adhesion+on+Surfaces+with+RGD+Peptides.">Photoswitched Cell Adhesion on Surfaces with RGD Peptides.</a> J. Am. Chem. Soc. 127 (46), 16107-16110 (2005).</li><li>Corradini, D., Eksteen, E., Eksteen, R., Schoenmakers, P., Miller, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Handbook of HPLC. , (2011).</li><li>de Hoffmann, E., Stroobant, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Mass Spectrometry: Principles and Applications. , (2007).</li><li>Frank, A. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Conformational+Control+of+Integrin-Subtype+Selectivity+in+isoDGR+Peptide+Motifs:+A+Biological+Switch.">Conformational Control of Integrin-Subtype Selectivity in isoDGR Peptide Motifs: A Biological Switch.</a> Angew. Chem. Int. Ed. 49 (48), 9278-9281 (2010).</li><li>Rossiter, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+substrate-based+inhibitors+of+mammalian+dimethylarginine+dimethylaminohydrolase.">Selective substrate-based inhibitors of mammalian dimethylarginine dimethylaminohydrolase.</a> J. Med. Chem. 48 (14), 4670-4678 (2005).</li><li>Weiss, S., Keller, M., Bernhardt, G., Buschauer, A., K&#246;nig, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=N(G)-Acyl-argininamides+as+NPY+Y(1)+receptor+antagonists:+Influence+of+structurally+diverse+acyl+substituents+on+stability+and+affinity.">N(G)-Acyl-argininamides as NPY Y(1) receptor antagonists: Influence of structurally diverse acyl substituents on stability and affinity.</a> Bioorg. Med. Chem. 18 (17), 6292-6304 (2010).</li><li>Hammerschmidt, F., Kvaternik, H., Schweifer, A., Mereiter, K., Aigner, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+Synthesis+of+No-Carrier-Added+[*I]MIBG+and+Its+Precursor.">Improved Synthesis of No-Carrier-Added [*I]MIBG and Its Precursor.</a> Synthesis. 44 (21), 3387-3391 (2012).</li></ol>

Yazarlar ifşa hiçbir şey yok.

Guanidinylation için ön-madde ((N-Me) V) C (OrnD (Ot-Bu) Gf), katı-faz peptid sentezi (SPPS) içindeki bir standart Fmoc protokolü tarafından sentezlenmektedir olan bir ortogonal olarak koruması siklik peptit türevidir. Ornıtın peptid iskele siklizasyonu DMF içinde hidrazin ile koruması kaldırılabilir ortogonal korumalı türevinin, (Fmoc-Orn (Dde) ve OH), olarak kullanıldı. Peptid ön-madde bileşiği çökeltme ve bunu takiben liyofilizasyon ile saflaştırılır. Guanidinylation için Alkile öncüler, Mitsunobu koşulları altında, bir alkilasyon reaksiyonu yoluyla N &#39;-di-Boc-1 H-pirazol-1-karboksamidin (PPh3 ticari olarak temin edilebilir madde, N başlayarak tek aşamalı bir tepkimede iyi bir verimle elde edilebilir DIAD, THF) 19, 10. Bu reaksiyon sayesinde, öncüleri çok çeşitli gereçle olduğunuilgili alkollerden ssible. alkile ön-maddeler ile guanidinylation reaksiyonu temiz bir tepkimede yukarıda tanımlanan ürün elde edilir. reaktantın tam dönüşüm, 2 saat sonra gözlenen değilse, reaksiyon devam edilmelidir. protokol verilen şartlar altında, sadece hafif yan ürünler meydana; Bununla birlikte, yabancı maddelerin daha yüksek miktarlarda, tüm göz ardı edilemez, özellikle farklı, daha büyük parçaları taşıyan substratlar korumuştur. guanidin işlevselleştirilmiş peptidleri (daha uzun bağlayıcılar) kullanılması durumunda, bağlayıcının terminal amini ile koruma grubu Dde çıkarılır ve karşılık gelen bir aside amid bağlanması ile konjuge edilebilir. DDE koruma kaldırma DMF içerisinde% 2 hidrazin çözeltisi içinde gerçekleştirilir ve daha fazla kullanımdan önce (örneğin, yarı preparatif HPLC) arındırılmalıdır ortogonal koruması peptid verir edilir. Bu durumda, basit bir asetilasyon reaksiyonu yerinde gerçekleştirildi. Eğerasetile guanidin ile, farklı bir ön-madde stratejisi uygulanmalıdır. S -methylisothiourea başlayarak, iki aşamalı bir reaksiyon dizisi, 20 gereklidir. İlk olarak, S -methylisothiourea bir mono Boc koruması (burada, asetik asit) tercih edilen bir asit ile asetilasyon 21 daha önce gerçekleştirilmelidir. guanidinylation Reaksiyon nihai bileşik asit labil yan zincir koruma gruplarının nihai korumasının bozulması işlemi sonrasında elde edilir, çok temiz ve hızlı reaksiyonudur. Zaten Giriş bölümünde belirtildiği gibi, bu yöntem herhangi peptidik Guanidin grubunun modifikasyonu ve işlevsel kılınmasına olanak sağlamaktadır. Biz, bu durumda, izin integrin ligandları, üzerinde ligandların alt tip seçiciliği ayar bu tekniği gösterdi. değiştirilmemiş integrin antagonist Cilengitide avp3 / α5β1 alt-tipleri için biselective olup. N ucunu w metilasyonu sayesindeguanidin grubu, bir avp3-selektif ligand elde edilir. Bu bloklar benzersiz böylece bu integrin için bir ligand inaktive, α5β1 gözlenen önemli bir uç ile etkileşimi. Avp3 alt tipinin bağlanma yeri ana etkileşim bir uçtan bir etkileşim bu etkileşimin 10 rahatsız değil mi. ( &quot;Işlevselleştirme&quot;) daha uzun bir bağlayıcı birimleri ile ligand değiştirerek, iki amaç tek seferde ulaşılabilir: seçicilik oluşturulur üzerinden, diğer tarafta, bağlayıcı noktaları α5β1 alt tipi ile etkileşim ucunu açan ve içinden büyük kişiler (örn, kenetleyici veya görüntüleme teknikleri için floresan boyalar), 10 konjugasyon için izin bağlama cebi.

Doğal ligandlar en bol pharmacophoric gruplar arasında birden fazla etkileşimleri 1, 2 katılır guanidin grubudur. Örneğin, hidrojen bağ etkileşimleri potansiyel dört kat hidrojen vericisi olarak hizmet vermekte ve tuz köprüleri veya katyon π etkileşimleri, elektrostatik etkileşimleri, yer almaktadır. Ilaç kimyası alanında, bu grup, guanidin mimetikleri 5, 6 olarak çok sık birlikte, ilaçlar ve ilaç adayları 4 bulunur. guanidin mimetiklerinin tercih edilme sebebi her yerde, pozitif yüklü guanidin grubunun çıkarılması, hem de ligand lipofilisitesinin ayarlanmasıdır. peptidik ligandlarda, sadece guanidin grubu ihtiva eden bir amino asit, bu nedenle genellikle peptid ligandlar biyolojik olarak aktif bölgesinde bulunan, hangi arginindir. Çok prBir arginin içeren ligand ailesi için ominent örneğin bir RGD bağlama integrinlerin alt familyasıdır. Genelde, integrinler bütün yüksek organizmalarda önemli işlevleri devralacak hücre yapışması reseptörlerinin, bir sınıfıdır. Bu işlevlerden bazıları hücre yapışması, göçü ve hücre yaşamını kapsar. Böylece, aynı zamanda, kanser ve fibroz gibi patolojik endikasyonlar, katılmaktadırlar. İntegrinler, 24 bilinen integrin alt türlerini oluşturmak, bir a- ve bir β-alt-birimini kapsayan transmembran heterodimerik proteinlerdir; 8 tanesi ligandları 7 tripeptid sırası Arg-Gly-Asp (= RGD) tanır. Bağlama bölgesi hücre dışı parçası, sözde integrin baş grubu 8, bu iki alt-tip arasındaki ara yüzeyde yer alır. RGD iki yaygın etkileşimleri tarafından kabul edilmektedir: beta alt bulunur ve ligandlar olarak karboksilik asit bağlandığı metal iyonu bağımlı yapışma bölgesini (MIDAS) bölge, (yan cha) Asp arasında; ve alfa alt bulunur ligandlar guanidin grubudur. Integrin alt tipleri çoğu rasgele ve onların doğal hücre-dışı matrisi (ECM) 9 ligandları en azından bir kısmını paylaşır. Böylece yapay integrin ligandları gelişimi için, temel odak noktası yüksek bağlama eğilimi, alt tip seçiciliği yanında olduğunu. guanidin grubu: Son zamanlarda, alt tip-selektif ligandların elde edilmesi için önemli bir unsur ortaya çıkarmak mümkün. Belirgin değişiklikler aracılığıyla, αv- ve için biselective ligandlar a5 içeren integrin alt tiplerinin daha sonra farklı α alt birimleri 10 ayırt edilebilir, guanidin grubu, basit modifikasyonlarla seçici bileşikler haline dönüştürülebilir. Αv bir cebinde, guanidin grubu Asp218 11, 12 ile iki dişli bir tuzu köprüsü üzerinden yan taraflarının etkileşime girer. Bu etkileşim, CBir de (a5 olarak Asp227 ile, burada) α5β1 gözlemlenebilir, ancak ek olarak, bir uç-üzerinde Gln kalıntısının (Gln221) ile guanidin grubunun etkileşim yoktur 13 görülmektedir. Guanidin, N w metilasyonu ile, guanidin grubunun N ö metilasyonu ile yan üzerinde etkileşimi bloke ederek, bir durumda, ve diğer durumda: Bu şekilde, iki zıt yönden guanidin grubu değiştirilmiş sonu ile etkileşimini bloke eder. Şaşırtıcı bir şekilde, bu küçük bir değişiklik ligandlar tam bir seçicilik kaymasına yol açtı. alkilasyonu ek olarak, yeni bir fonksiyonlandırmalar yöntem bu yayında tanıtıldı. Pentapeptidic ligand bu tür klasik fonksiyonalizasyon yöntemi bağlanmada rol oynamayan bir amino asidin yan zinciri, konjugasyon yoluyla (örneğin, c K (RGDfK)) 14, 15. İşte,bağlanma için önemli olduğu - - bir asil ya da alkile edilmiş bir bağlayıcı ile biz işlevselleştirme guanidin değiştirerek de mümkün olduğunu göstermektedir. Bağlanma için gerekli olan pozitif yük muhafaza edilir, ve model bağlama cebinden uzun zincirli noktaları, böylece daha fazla bağlayıcıların bağlanması için ideal bir imkanı sağlanması ve (birimleri etiketleme göstermektedir, örneğin, bir flüoresan etiket veya molekül için bir şelatör görüntüleme). Bu çalışmada, arginin ihtiva eden ligandlarla guanidin grubunun modifikasyonu için hazırlık aşamalarına konsantre. Bu daha uzun bir bağlayıcı birimleri ile N ω metillenmiş türlerin sentez ve aynı zamanda guanidin içerir. farklı modifikasyon asil ve alkil grupları ihtiva eder.

<table><tbody><tr><td>&lt;em&gt;N,N&amp;prime;&lt;/em&gt;-Di-Boc-1H-pyrazole-1-carboxamidine, 98%&amp;nbsp;</td><td>Sigma Aldrich</td><td>434167&amp;nbsp;ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>Triphenylphosphine, 99%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T84409&amp;nbsp;SIGMA-ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>Tetrahydrofuran, &gt;99.5%</td><td>Carl Roth</td><td>4745</td><td></td></tr><tr><td>Tetrahydrofuran anhydrous, 99.8%</td><td>Carl Roth</td><td>5182</td><td></td></tr><tr><td>Methanol anhydrous, 99.8%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>322415&amp;nbsp;SIGMA-ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>Diisopropyl azodicarboxylate, 98%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>225541&amp;nbsp;ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>Dichlormethan, for synthesis, 99.5%</td><td>Carl Roth</td><td>8424</td><td></td></tr><tr><td>Silica gel for flash chromtaography</td><td>Sigma Aldrich</td><td>60738&amp;nbsp;SIGMA-ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>n-Pentane, 99%</td><td>Carl Roth</td><td>8720</td><td></td></tr><tr><td>n-Hexane, 99%</td><td>Carl Roth</td><td>CP47</td><td></td></tr><tr><td>Ethylacetate, 99.5%</td><td>Carl Roth</td><td>7338</td><td></td></tr><tr><td>Aminohexanol, 95%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>A56353&amp;nbsp;ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>&lt;em&gt;S&lt;/em&gt;-Methylisothiourea hemisulfate, 98%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>M84445 ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>Di-&lt;em&gt;tert&lt;/em&gt;-butyl dicarbonate, 99%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>205249&amp;nbsp;ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>&lt;em&gt;N,N&lt;/em&gt;-Dimethylformamid, 99.8%</td><td>Carl Roth</td><td>A529</td><td></td></tr><tr><td>&lt;em&gt;N,N&lt;/em&gt;-Diisopropylethylamin, 99.5%</td><td>Carl Roth</td><td>2474</td><td></td></tr><tr><td>Acetic anhydrid, 99%</td><td>Carl Roth</td><td>4483</td><td></td></tr><tr><td>Chlortrityl resin</td><td>Carbolution</td><td>CC11006</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Gly-OH, 98%</td><td>Carbolution</td><td>CC05014</td><td></td></tr><tr><td>Piperidin, 99%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>104094&amp;nbsp;SIGMA-ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Orn(Dde)-OH</td><td>Iris-Biotech</td><td>FAA1502</td><td></td></tr><tr><td>HATU, 99%</td><td>Carbolution</td><td>CC01011</td><td></td></tr><tr><td>HOAt, 99%</td><td>Carbolution</td><td>CC01004</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Val-OH</td><td>Carbolution</td><td>CC05028</td><td></td></tr><tr><td>2-Nitrobenzenesulfonyl chloride, 97%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>N11507&amp;nbsp;ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>2,4,6-Collidine, 99%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>27690&amp;nbsp;SIGMA-ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>Mercaptoethanol, 99%&amp;nbsp;</td><td>Sigma Aldrich</td><td>M6250&amp;nbsp;ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>Diazabicycloundecen, 98%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>139009&amp;nbsp;ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-D-Phe-OH, 98%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>47378&amp;nbsp;ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>Fmoc-Asp(OtBu)-OH, 98%</td><td>Carbolution</td><td>CC05008</td><td></td></tr><tr><td>Hexafluoroisopropanol</td><td>Carbolution</td><td>CC03056</td><td></td></tr><tr><td>Diphenylphosphoryl azide, 97%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>178756&amp;nbsp;ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>TFA, 99.9%</td><td>Carl Roth</td><td>P088</td><td></td></tr><tr><td>Triisopropylsilan, 98%</td><td>Sigma Aldrich</td><td>233781&amp;nbsp;ALDRICH</td><td></td></tr><tr><td>Acetonitrile, HPLC grade</td><td>Carl Roth</td><td>HN44</td><td></td></tr></tbody></table>

modification and functionalization of the guanidine group by tailor-made precursors

quanidin grubu tıbbi kimyada en önemli pharmacophoric gruplarından biridir. bir guanidin grubunu taşıyan yalnızca bir amino asit arginindir. Bu makalede, peptidik ligandlardaki guanidin grubunun modifikasyonu için kolay bir yöntem olup bir RGD bağlama integrini ligandlann bir örnek temin edilmiştir. Son zamanlarda, bu ligandların guanidin grubunun farklı modifikasyon (αv alt tipleri ve a5 arasında, örneğin) alt-tipinin seçici modülasyonuna izin verir olduğu gösterilmiştir. Ayrıca, guanidin grubu vasıtasıyla işlevselleştirilmesi için eskiden bilinmeyen bir strateji ortaya konmuştur ve sentetik yaklaşım, bu belgede gözden geçirilmiştir. Burada tarif edilen modifikasyonlar (N-ω) alkile ve asetile guanidin grupları terminal içerir. sentezi için, ısmarlama haberci molekülleri daha sonra ön transfer etmek için bir ortogonal olarak koruması amin ile, bir reaksiyona tabi olan, sentezlenirmodifiye edilmiş guanidin grubudur. Alkile guanidinler sentezi için, ön-N göre, N&#39;-Di-Boc-1 H-pirazol-1-karboksamidin asillenmiş bileşikleri, seçim, N-Boc- S uygun bir asilleştirilmiş türevidir habercisi sentezlenmesi için kullanılır - Bir ve iki aşamalı reaksiyonla elde edilebilir metilizotiyoüre.

siklik peptit ön-madde, bir lineer peptid gibi sentezlenmiştir siklize ve ortogonal Dde-korumasız hale getirilmiştir. Çökelmesinden sonra, bileşiğin saflığı HPLC-MS (Şekil 1) ile analiz edilmiştir. Reaksiyonun ilerlemesini izlemek için, bir HPLC analizi 2-saatlik reaksiyon süresinden (şekil 2) sonra gerçekleştirilmiştir. guanidin grubu daha büyük artıkları için, 2 saat tepkime süresi, çoğu zaman yeterli değildir. Bu durumda, reaksiyon devam edildi ve LC-MS ile izlendi. Reaksiyon ve nihai olarak korumanın kaldınlmasından sonra, bileşik (düşük mg aralığındaki tipik verimler) yarı preparatif HPLC tertibatı kullanılarak saflaştırılmıştır. Nihai bileşikler, saflık (bakınız Şekil 3) değerlendirmek için HPLC-MS ile analiz edilmiştir. Küçük bir miktar, bir mikrosantrifüj tüpü içine tartıldı ve seyreltilmiş<html> DMSO ile bir ELİSA-benzeri, katı faz bağlanma deneyinde bileşiğin biyolojik değerlendirme için bir kök çözeltisi elde edildi. Sonuçlar Şekil 4&#39;te gösterilmektedir. Standart molekül Cilengitide (modifiye edilmemiş guanidin grubu), bir referans olarak dahil edilmiştir. Tüm bileşikler, α5β1 karşı integrin alt tipi avp3 ve yüksek seçicilik için nispeten yüksek bir afiniteye sahiptir. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/54873/54873fig1.jpg" /> Şekil 1: HPLC-MS spektrumu: ortogonal Dde-korumalı türevi c (gradyan H2O ve ACN ile iki fazlı bir çözücü sistemi içinde% 10-90 asetonitril (ACN)) (OrnGD (Ot-Bu) f (Me H) V ) (hesaplanan kütle: 602,34 g / mol), lineer peptidin siklize edildikten sonra elde edilen, daha sonra Dde-koruma-açma ve çökeltme.ank &quot;&gt; bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayın. <img alt="şekil 2" src="/files/ftp_upload/54873/54873fig2.jpg" /> Şekil 2: HPLC-MS spektrumu (gradyan: H2O ve ACN ile iki fazlı bir çözücü sistemi içinde% 10-90 ACN) dik olarak koruması siklik peptit guanidinylation reaksiyonu ve guanidinylation için metile ön sonra, reaksiyon karışımının. Ürün piki (R, = 7.50 dk, hesaplanan kütle = 858,49 g / mol) yanı sıra, guanidinylation öncü (R, = 6.38 dk) ve taban DIPEA (R, = 0.90 dakika) yalnızca fazla gözlenebilir. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54873/54873fig2large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için buraya tıklayın.</a> <img alt="Şekil 3," src="/files/ftp_upload/54873/54873fig3.jpg" /> Şekil 3: korumanın kaldırılmasından sonra ham bileşik 2 (R, = 3.69 dk, hesaplanan kütle = 603,32 g / mol): HPLC-MS spektrumu (H2O ve ACN ile iki fazlı bir çözücü sistemi içinde% 10-90 ACN gradyanı) yarı preparatif saflaştırma işleminden önce asit labil yan zincirlerinin. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54873/54873fig3large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için buraya tıklayın.</a> <img alt="Şekil 4," src="/files/ftp_upload/54873/54873fig4.jpg" /> Şekil 4: çözeltisi ve biyolojik değerlendirme guanidinlerin işlev kazandırılması. bileşik 1, değiştirilmemiş bir guanidin grubu ile, Cilengitide olup. Bu makalede ele modifikasyonlar (amino heksan asetil, burada, 3) çalışan, (2) metile edilir ve asetile (4) türevleridir. TO bağlanma afinitesi izole edilmiş proteinler de 18 kullanılarak bir katı faz bağlanma deneyinde belirlenmiştir. <a href="https://ecsource-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/54873/54873fig4large.jpg" target="_blank">Bu rakamın büyük halini görmek için buraya tıklayın.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Modification and Functionalization of the Guanidine Group by Tailor-made Precursors at JoVE.com

Modification and Functionalization of the Guanidine Group by Tailor-made Precursors

tekabül eden ön bileşikler kullanımına dayalı alkil-modifiye edilmiş guanidinler sentezi için bir protokol verilmektedir.

Kişiye özel Prekürsorler tarafından Modifikasyon ve Guanidin Grubu işlevselleştirilmesi

The guanidine group is one of the most important pharmacophoric groups in medicinal chemistry. The only amino acid carrying a guanidine group is arginine. ...

modification-functionalization-guanidine-group-tailor-made

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Biochemistry

10.5K Görüntüleme.  Technische Universität München.  tekabül eden ön bileşikler kullanımına dayalı alkil-modifiye edilmiş guanidinler sentezi için bir protokol verilmektedir. 

Video: Modification and Functionalization of the Guanidine Group by Tailor-made Precursors

Microwave-assisted Functionalization of Poly(ethylene glycol) and On-resin Peptides for Use in Chain Polymerizations and Hydrogel Formation

One of the main benefits to using poly(ethylene glycol) (PEG) macromers in hydrogel formation is synthetic versatility. The ability to draw from a large variety of PEG molecular weights and configurations (arm number, arm length, and branching pattern) affords researchers tight control over resulting hydrogel structures and properties, including Young&#8217;s modulus and mesh size. This video will illustrate a rapid, efficient, solvent-free, microwave-assisted method to methacrylate PEG precursors into poly(ethylene glycol) dimethacrylate (PEGDM). This synthetic method provides much-needed starting materials for applications in drug delivery and regenerative medicine. The demonstrated method is superior to traditional methacrylation methods as it is significantly faster and simpler, as well as more economical and environmentally friendly, using smaller amounts of reagents and solvents. We will also demonstrate an adaptation of this technique for on-resin methacrylamide functionalization of peptides. This on-resin method allows the N-terminus of peptides to be functionalized with methacrylamide groups prior to deprotection and cleavage from resin. This allows for selective addition of methacrylamide groups to the N-termini of the peptides while amino acids with reactive side groups (e.g.&#160;primary amine of lysine, primary alcohol of serine, secondary alcohols of threonine, and phenol of tyrosine) remain protected, preventing functionalization at multiple sites. This article will detail common analytical methods (proton Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy (;H-NMR) and Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time of Flight mass spectrometry (MALDI-ToF)) to assess the efficiency of the functionalizations. Common pitfalls and suggested troubleshooting methods will be addressed, as will modifications of the technique which can be used to further tune macromer functionality and resulting hydrogel physical and chemical properties. Use of synthesized products for the formation of hydrogels for drug delivery and cell-material interaction studies will be demonstrated, with particular attention paid to modifying hydrogel composition to affect mesh size, controlling hydrogel stiffness and drug release.

Microwave-assisted Functionalization of Polyethylene glycol and On-resin Peptides for Use in Chain Polymerizations and Hydrogel Formation

This video will illustrate a rapid, efficient method to methacrylate poly(ethylene glycol), enabling chain polymerizations and hydrogel synthesis. It will demonstrate how to similarly introduce methacrylamide functionalities into peptides, detail common analytical methods to assess functionalization efficiency, provide suggestions for troubleshooting and advanced modifications, and demonstrate typical hydrogel characterization techniques.

Mikrodalga destekli Poli işlevselleştirilmesi (etilen glikol) ve zincir polimerizasyonu ve Hidrojel formasyonunda kullanılan On-reçine Peptides

One of the main benefits to using poly(ethylene glycol) (PEG) macromers in hydrogel formation is synthetic versatility. The ability to draw from a large ...

Kimya

Nucleoside Triphosphates - From Synthesis to Biochemical Characterization

The traditional strategy for the introduction of chemical functionalities is the use of solid-phase synthesis by appending suitably modified phosphoramidite precursors to the nascent chain. However, the conditions used during the synthesis and the restriction to rather short sequences hamper the applicability of this methodology. On the other hand, modified nucleoside triphosphates are activated building blocks that have been employed for the mild introduction of numerous functional groups into nucleic acids, a strategy that paves the way for the use of modified nucleic acids in a wide-ranging palette of practical applications such as functional tagging and generation of ribozymes and DNAzymes. One of the major challenges resides in the intricacy of the methodology leading to the isolation and characterization of these nucleoside analogues.
	
	In this video article, we present a detailed protocol for the synthesis of these modified analogues using phosphorous(III)-based reagents. In addition, the procedure for their biochemical characterization is divulged, with a special emphasis on primer extension reactions and TdT tailing polymerization. This detailed protocol will be of use for the crafting of modified dNTPs and their further use in chemical biology.

The protocol described herein aims to explain and abridge the numerous obstacles in the way of the intricate route leading to modified nucleoside triphosphates. Consequently, this protocol facilitates both the synthesis of these activated building-blocks and their availability for practical applications.

Nükleosid trifosfatlar - sentezinden Biyokimyasal Karakterizasyonu için

The  traditional strategy for the introduction of chemical functionalities is the  use of solid-phase synthesis by appending suitably modified ...

High-throughput Synthesis of Carbohydrates and Functionalization of Polyanhydride Nanoparticles

Transdisciplinary approaches involving areas such as material design, nanotechnology, chemistry, and immunology have to be utilized to rationally design efficacious vaccines carriers. Nanoparticle-based platforms can prolong the persistence of vaccine antigens, which could improve vaccine immunogenicity1. Several biodegradable polymers have been studied as vaccine delivery vehicles1; in particular, polyanhydride particles have demonstrated the ability to provide sustained release of stable protein antigens and to activate antigen presenting cells and modulate immune responses2-12.
The molecular design of these vaccine carriers needs to integrate the rational selection of polymer properties as well as the incorporation of appropriate targeting agents. High throughput automated fabrication of targeting ligands and functionalized particles is a powerful tool that will enhance the ability to study a wide range of properties and will lead to the design of reproducible vaccine delivery devices.
The addition of targeting ligands capable of being recognized by specific receptors on immune cells has been shown to modulate and tailor immune responses10,11,13 C-type lectin receptors (CLRs) are pattern recognition receptors (PRRs) that recognize carbohydrates present on the surface of pathogens. The stimulation of immune cells via CLRs allows for enhanced internalization of antigen and subsequent presentation for further T cell activation14,15. Therefore, carbohydrate molecules play an important role in the study of immune responses; however, the use of these biomolecules often suffers from the lack of availability of structurally well-defined and pure carbohydrates. An automation platform based on iterative solution-phase reactions can enable rapid and controlled synthesis of these synthetically challenging molecules using significantly lower building block quantities than traditional solid-phase methods16,17.
Herein we report a protocol for the automated solution-phase synthesis of oligosaccharides such as mannose-based targeting ligands with fluorous solid-phase extraction for intermediate purification. After development of automated methods to make the carbohydrate-based targeting agent, we describe methods for their attachment on the surface of polyanhydride nanoparticles employing an automated robotic set up operated by LabVIEW as previously described10. Surface functionalization with carbohydrates has shown efficacy in targeting CLRs10,11 and increasing the throughput of the fabrication method to unearth the complexities associated with a multi-parametric system will be of great value (Figure 1a).

In this article, a high throughput method is presented for the synthesis of oligosaccharides and their attachment to the surface of polyanhydride nanoparticles for further use in targeting specific receptors on antigen presenting cells.

Polianhidrid Nanopartiküller Yüksek throughput Karbonhidrat sentezi ve işlevsel

Transdisciplinary approaches involving areas such as material design, nanotechnology, chemistry, and immunology have to be utilized to rationally design ...

Biyomühendislik

A Direct, Early Stage Guanidinylation Protocol for the Synthesis of Complex Aminoguanidine-containing Natural Products

The guanidine functional group, displayed most prominently in the amino acid arginine, one of the fundamental building blocks of life, is an important structural element found in many complex natural products and pharmaceuticals. Owing to the continual discovery of new guanidine-containing natural products and designed small molecules, rapid and efficient guanidinylation methods are of keen interest to synthetic and medicinal organic chemists. Because the nucleophilicity and basicity of guanidines can affect subsequent chemical transformations, traditional, indirect guanidinylation is typically pursued. Indirect methods commonly employ multiple protection steps involving a latent amine precursor, such as an azide, phthalimide, or carbamate. By circumventing these circuitous methods and employing a direct guanidinylation reaction early in the synthetic sequence, it was possible to forge the linear terminal guanidine containing backbone of clavatadine A to realize a short and streamlined synthesis of this potent factor XIa inhibitor. In practice, guanidine hydrochloride is elaborated with a carefully constructed protecting array that is optimized to survive the synthetic steps to come. In the preparation of clavatadine A, direct guanidinylation of a commercially available diamine eliminated two unnecessary steps from its synthesis. Coupled with the wide variety of known guanidine protecting groups, direct guanidinylation evinces a succinct and efficient practicality inherent to methods that find a home in a synthetic chemist&#39;s toolbox.

Here, we present a protocol for direct, early stage guanidinylation that enables rapid total synthesis of aminoguanidine-containing small organic molecules. An advanced synthetic intermediate used in the synthesis of a blood coagulation factor XIa inhibitor was prepared using this protocol.

Karmaşık Aminoguanidine içeren Doğal Ürünler Sentezi için bir Direct, Erken Evre Guanidinylation Protokolü

The guanidine functional group, displayed most prominently in the amino acid arginine, one of the fundamental building blocks of life, is an important ...

Facile Preparation of 4-Substituted Quinazoline Derivatives

Reported in this paper is a very simple method for direct preparation of 4-substituted quinazoline derivatives from a reaction between substituted 2-aminobenzophenones and thiourea in the presence of dimethyl sulfoxide (DMSO). This is a unique complementary reaction system in which thiourea undergoes thermal decomposition to form carbodiimide and hydrogen sulfide, where the former reacts with 2-aminobenzophenone to form 4-phenylquinazolin-2(1H)-imine intermediate, whilst hydrogen sulfide reacts with DMSO to give methanethiol or other sulfur-containing molecule which then functions as a complementary reducing agent to reduce 4-phenylquinazolin-2(1H)-imine intermediate into 4-phenyl-1,2-dihydroquinazolin-2-amine. Subsequently, the elimination of ammonia from 4-phenyl-1,2-dihydroquinazolin-2-amine affords substituted quinazoline derivative. This reaction usually gives quinazoline derivative as a single product arising from 2-aminobenzophenone as monitored by GC/MS analysis, along with small amount of sulfur-containing molecules such as dimethyl disulfide, dimethyl trisulfide, etc. The reaction usually completes in 4-6 hr at 160 &#186;C in small scale but may last over 24 hr when carried out in large scale. The reaction product can be easily purified by means of washing off DMSO with water followed by column chromatography or thin layer chromatography.

A protocol for facile preparation of 4-substituted quinazoline derivatives from 2-aminobenzophenones, thiourea and dimethyl sulfoxide is presented.

4-Değiştirildi Kinazolin Türev kolay hazırlanması

Reported in this paper is a very simple method for direct preparation of 4-substituted quinazoline derivatives from a reaction between substituted ...

Chemoselective Modification of Viral Surfaces via Bioorthogonal Click Chemistry

The modification of virus particles has received a significant amount of attention for its tremendous potential for impacting gene therapy, oncolytic applications and vaccine development.1,2,3 Current approaches to modifying viral surfaces, which are mostly genetics-based, often suffer from attenuation of virus production, infectivity and cellular transduction.4,5 Using chemoselective click chemistry, we have developed a straightforward alternative approach which sidesteps these issues while remaining both highly flexible and accessible.1,2
The goal of this protocol is to demonstrate the effectiveness of using bioorthogonal click chemistry to modify the surface of adenovirus type 5 particles. This two-step process can be used both therapeutically1 or analytically,2,6 as it allows for chemoselective ligation of targeting molecules, dyes or other molecules of interest onto proteins pre-labeled with azide tags. The three major advantages of this method are that (1) metabolic labeling demonstrates little to no impact on viral fitness,1,7 (2) a wide array of effector ligands can be utilized, and (3) it is remarkably fast, reliable and easy to access.1,2,7
In the first step of this procedure, adenovirus particles are produced bearing either azidohomoalanine (Aha, a methionine surrogate) or the unnatural sugar O-linked N-azidoacetylglucosamine (O-GlcNAz), both of which contain the azide (-N3) functional group. After purification of the azide-modified virus particles, an alkyne probe containing the fluorescent TAMRA moiety is ligated in a chemoselective manner to the pre-labeled proteins or glycoproteins. Finally, an SDS-PAGE analysis is performed to demonstrate the successful ligation of the probe onto the viral capsid proteins. Aha incorporation is shown to label all viral capsid proteins (Hexon, Penton and Fiber), while O-GlcNAz incorporation results in labeling of Fiber only.
In this evolving field, multiple methods for azide-alkyne ligation have been successfully developed; however only the two we have found to be most convenient are demonstrated herein &#x2013; strain-promoted azide-alkyne cycloaddition (SPAAC) and copper-catalyzed azide-alkyne cycloaddition (CuAAC) under deoxygenated atmosphere.

Adenovirus particles are engineered to contain either the unnatural amino acid analogue azidohomoalanine or the azido sugar O-GlcNAz. The azide group of each is chemoselectively ligated via "click" chemistry reactions as a means of viral surface modification.

Bioorthogonal tıklayın Kimya ile Viral Yüzeylerin Kemoselektif Modifikasyonu

The modification of virus particles has received a significant amount of attention for its tremendous potential for impacting gene therapy, oncolytic ...

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Preparation of N-(2-alkoxyvinyl)sulfonamides from N-tosyl-1,2,3-triazoles and Subsequent Conversion to Substituted Phthalans and Phenethylamines

Decomposition of N-tosyl-1,2,3-triazoles with rhodium(II) acetate dimer in the presence of alcohols forms synthetically versatile N-(2-alkoxyvinyl)sulfonamides, which react under a variety of conditions to afford useful N- and O-containing compounds. Acid-catalyzed addition of alcohols or thiols to N-(2-alkoxyvinyl)sulfonamide-containing phthalans provides access to ketals and thioketals, respectively. Selective reduction of the vinyl group in N-(2-alkoxyvinyl)sulfonamide-containing phthalans via hydrogenation yields the corresponding phthalan in good yield, whereas reduction with sodium bis(2-methoxyethoxy)aluminumhydride generates a ring-opened phenethylamine analogue. Because the N-(2-alkoxyvinyl)sulfonamide functional group is synthetically versatile, but often hydrolytically unstable, this protocol emphasizes key techniques in preparing, handling, and reacting these pivotal substrates in several useful transformations.

Preparation of N-2-alkoxyvinylsulfonamides from N-tosyl-1,2,3-triazoles and Subsequent Conversion to Substituted Phthalans and Phenethylamines

Representative experimental procedures for the synthesis of N-(2-alkoxyvinyl)sulfonamides and subsequent conversion to phthalan and phenethylamine derivatives are presented in detail.

Nhazırlanması-(2-alkoxyvinyl) N- tosyl-1,2,3-triazoles ve yerine Phthalans ve fenitilaminler sonraki dönüşüm sülfonamidler

Decomposition of N-tosyl-1,2,3-triazoles with rhodium(II) acetate dimer in the presence of alcohols forms synthetically versatile ...

Regioselective O-Glycosylation of Nucleosides via the Temporary 2',3'-Diol Protection by a Boronic Ester for the Synthesis of Disaccharide Nucleosides

Disaccharide nucleosides, which consist of disaccharide and nucleobase moieties, have been known as a valuable group of natural products having multifarious bioactivities. Although chemical O-glycosylation is a commonly beneficial strategy to synthesize disaccharide nucleosides, the preparation of substrates such as glycosyl donors and acceptors requires&#160;tedious protecting&#160;group manipulations and a purification at each synthetic step. Meanwhile, several research groups have reported that boronic and borinic esters serve as a protecting or activating group of carbohydrate derivatives to achieve the regio- and/or stereoselective acylation, alkylation, silylation, and glycosylation. In this article, we demonstrate the procedure for the regioselective O-glycosylation of unprotected ribonucleosides utilizing boronic acid. The esterification of 2&#39;,3&#39;-diol of ribonucleosides with boronic acid makes the temporary protection of diol, and, following O-glycosylation with a glycosyl donor in the presence of p-toluenesulfenyl chloride and silver triflate, permits the regioselective reaction of the 5&#39;-hydroxyl group to afford the disaccharide nucleosides. This method could be applied to various nucleosides, such as guanosine, adenosine, cytidine, uridine, 5-metyluridine, and 5-fluorouridine. This article and the accompanying video represent&#160;useful (visual) information for the O-glycosylation of unprotected nucleosides and their analogs for the synthesis of not only disaccharide nucleosides, but also a variety of biologically relevant derivatives.

Regioselective O-Glycosylation of Nucleosides via the Temporary 2',3'-Diol Protection by a Boronic Ester for the Synthesis of Disaccharide Nucleosides

Here, we present protocols for the synthesis of disaccharide nucleosides by the regioselective O-glycosylation of ribonucleosides via a temporary protection of their 2&#39;,3&#39;-diol moieties utilizing a cyclic boronic ester. This method applies to several unprotected nucleosides such as adenosine, guanosine, cytidine, uridine, 5-methyluridine, and 5-fluorouridine to give corresponding disaccharide nucleosides.

Regioselective O- glikozilasyon nükleozitler üzerinden geçici 2', 3'-Diol koruması tarafından Boronic Ester Disaccharide nükleozitler sentezi için

Disaccharide nucleosides, which consist of disaccharide and nucleobase moieties, have been known as a valuable group of natural products having ...

Preparation of 6-aminocyclohepta-2,4-dien-1-one Derivatives via Tricarbonyl(tropone)iron

aza-Michael adducts of tricarbonyl(tropone)iron are synthesized by two different methods. Primary aliphatic amines and cyclic secondary amines participate in a direct aza-Michael reaction with tricarbonyl(tropone)iron under solvent-free conditions. Less nucleophilic aniline derivatives and more hindered secondary amines add efficiently to the cationic tropone complex formed by protonation of tricarbonyl(tropone)iron. While the protocol utilizing the cationic complex is less efficient overall for accessing the aza-Michael adducts than the direct, solvent-free addition to the neutral complex, it allows the use of a broader range of amine nucleophiles. Following protection of the amine of the aza-Michael adduct as a tert-butyl carbamate, the diene is decomplexed from the iron tricarbonyl fragment upon treatment with cerium(IV) ammonium nitrate to provide derivatives of 6-aminocyclohepta-2,4-dien-1-one. These products can serve as precursors to diverse compounds containing a seven-membered carbocyclic ring. Because the demetallation requires protection of the amine as a carbamate, the aza-Michael adducts of secondary amines cannot be decomplexed using the protocol described here.

Preparation of 6-aminocyclohepta-2,4-dien-1-one Derivatives via Tricarbonyltroponeiron

Representative experimental procedures for the addition of amine nucleophiles to tricarbonyl(tropone)iron and subsequent demetallation of the resulting complexes are presented in detail.

Trikarbonil(tropon) demir ilerbulu 6-aminosiklohepta-2,4-dien-1-bir Türevlerinin hazırlanması

aza-Michael adducts of tricarbonyl(tropone)iron are synthesized by two different methods. Primary aliphatic amines and cyclic secondary amines participate ...

The Synthesis of RGD-functionalized Hydrogels as a Tool for Therapeutic Applications

The use of polymers as biomaterials has provided significant advantages in therapeutic applications. In particular, the possibility to modify and functionalize polymer chains with compounds that are able to improve biocompatibility, mechanical properties, or cell viability allows the design of novel materials to meet new challenges in the biomedical field. With the polymer functionalization strategies, click chemistry is a powerful tool to improve cell-compatibility and drug delivery properties of polymeric devices. Similarly, the fundamental need of biomedicine to use sterile tools to avoid potential adverse-side effects, such as toxicity or contamination of the biological environment, gives rise to increasing interest in the microwave-assisted strategy.
The combination of click chemistry and the microwave-assisted method is suitable to produce biocompatible hydrogels with desired functionalities and improved performances in biomedical applications. This work aims to synthesize RGD-functionalized hydrogels. RGD (arginylglycylaspartic acid) is a tripeptide that can mimic cell adhesion proteins and bind to cell-surface receptors, creating a hospitable microenvironment for cells within the 3D polymeric network of the hydrogels. RGD functionalization occurs through Huisgen 1,3-dipolar cycloaddition. Some PAA carboxyl groups are modified with an alkyne moiety, whereas RGD is functionalized with azido acid as the terminal residue of the peptide sequence. Finally, both products are used in a copper catalyzed click reaction to permanently link the peptide to PAA. This modified polymer is used with carbomer, agarose and polyethylene glycol (PEG) to synthesize a hydrogel matrix. The 3D structure is formed due to an esterification reaction involving carboxyl groups from PAA and carbomer and hydroxyl groups from agarose and PEG through microwave-assisted polycondensation. The efficiency of the gelation mechanism ensures a high degree of RGD functionalization. In addition, the procedure to load therapeutic compounds or biological tools within this functionalized network is very simple and reproducible.

We present a protocol for the synthesis of RGD-functionalized hydrogels as devices for cell and drug delivery. The procedure involves copper catalyzed alkyne-azide cycloaddition (CuAAC) between alkyne-modified polyacrylic acid (PAA) and a RGD-azide derivative. The hydrogels are formed using microwave-assisted polycondensation and their physicochemical properties are investigated.