Biz yazının yorumları için O&#39;Halloran laboratuar üyelerine teşekkür. Biz D. O&#39;Halloran fonlanmas için Biyolojik Bilimler George Washington Üniversitesi Bölümü ve Fen Kolomb Koleji teşekkür ederim.

1.. Temel Yerel Hizalama Arama Aracı (ŞOK): Çevrimiçi Arayüz <ol><li> Biyoteknoloji Bilgi Ulusal Merkezi (NCBI) de ŞOK 1 web sunucusunu ziyaret etmek için bu linke tıklayınız. - <a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a> (Şekil 1). </li><li> Sorgu kutusuna girdi bir FASTA&#39;dır biçimlendirilmiş metin dizisi (örneğin bkz. Şekil 2). </li><li> Arama kullanmak ve daha sonra &quot;patlama&quot; tıklayın uygun BLAST programı ve ilgili veritabanı veya ilgi bireysel türler tıklayınız. Not: FASTA biçimlendirilmiş dizisi, bir &quot;&gt;&quot; işareti ile gösterilen bir açıklama satırı ile başlar. Description &quot;&gt;&quot; işareti, dizisi (yani. Nükleotid veya amino asitler) sonraki satırda açıklamasını izledikten sonra hemen takip etmelidir. BLAST aramanın çıkış HTML, düz metin, XML, ya da vurmak ta olarak görülüyorlen HTML ayarlanmış varsayılan (Şekil 3) ile (Metin veya csv). </li></ol> 2. Temel Yerel Hizalama Arama Aracı (ŞOK): Yerel Çalıştırılabilirler <ol><li> Bu linkten son BLAST komut satırı ŞOK yürütülebilir indir: <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a> - </li><li> PC kullanıcıları için em&gt;: En son blast win32.exe dosyasını çift tıklatın ve lisans sözleşmesini kabul ve yüklemek için tıklayın. Not: NCBI-patlama-2.2.27 +: varsayılan kurulum dizini C. </li><li> Aşağıdaki gibi PC çevre değişkeni yapılandırın: <ol><li> &quot;Start&quot; butonuna ve daha sonra sağ &quot;bilgisayar&quot; tıklayın PC tıklayın </li><li> &quot;Özellikler&quot; e tıklayın ve pop-up &quot;gelişmiş&quot; sekmesine tıklayın </li><li> &quot;Ortam Değişkenleri düğmesine&quot; tıklayın ve yeni pop-up th altında &quot;yeni&quot; butonuna tıklayınbölümde e &quot;kullanıcı için kullanıcı değişkenleri&quot; </li><li> NCBI-patlama-2.2.27 + bin: pop-up değişken adı &quot;Yol&quot; ve değişken değeri &quot;C ekleyin. Not: bin dizini çalıştırılabilir (.. Yani blastp, vb) içerir. </li></ol></li><li> Mac kullanıcıları için em&gt;: Terminal uygulamasını açın (bu sadece açık &quot;Finder&quot; yapmak ve &quot;Terminal&quot; arama ve bu &quot;terminal&quot; simgesi gösterilecek). Terminal penceresi türü içine: &gt; Ftp <a href="ftp://ftp.ncbi.nih.gov">ftp.ncbi.nih.gov</a> Not: Ayrıca PC için yukarıdaki örnekte kullanılan URL&#39;sini yazabilirsiniz </li><li> NCBI ftp sitesi türünü Adı ve Şifre için &quot;anonim&quot;, ve sonra yazın erişmek için: &gt; Cd blast / yürütülebilir / SON </li><li> Yazarak yürütülebilir listeleyin: &gt; Ls </li><li> Aşağıdaki (veya ne olursa olsun en son sürümü şu anda) yazarak en son sürümünü almak: 2; NCBI-patlama-2.2.7-macosx.tar.gz olsun </li><li> &quot;Exit&quot; yazarak NCBI ftp sunucusu siteyi çıkın. </li><li> Yazarak indirilen dosyaların sıkıştırması: &gt; Tar-xzf NCBI-patlama-2.2.7-macosx.tar.gz </li><li> Yazarak komutları ararken kabuk bu dizinin arama böylece yoluna patlama yürütülebilir ikili dosyaların konumunu ekleyin: &gt; PATH = $ PATH: new_folder_location </li><li> Bu yazarak yoluna yerini eklendi olmadığını kontrol edin: &gt; Echo $ PATH </li><li> Buraya tıklayarak (günlük olarak güncellenmektedir) önceden biçimlendirilmiş bir BLAST veritabanları indir: <a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a> </li><li> &quot;Db&quot; klasörünün içine veritabanını yerleştirin. </li><li> PC&#39;de em&gt;: ve yazarak NCBI-patlama klasöre dizini değiştirin (bu &quot;Başlat&quot; ve arama çubuğuna &quot;cmd&quot; yazıp yapmak için) bir MS-DOS komut istemini açın: C: Users&gt; cd .. [hamlebir klasör yukarı] C: &gt; cd NCBI-patlama-2.2.27 + Bu dizini değişecektir: C: NCBI-patlama-2.2.27 +&gt; </li><li> Aşağıdaki &quot;makedb&quot; komutunu kullanarak veritabanı oluşturun: &gt; Makedb-db / briggsae.fasta-dbtype prot-out db / briggsae Not: Aşağıdaki örnekte (Şekil 4) olarak veritabanı &quot;briggsae&quot; adlı ve organizmadan Caenorhabditis briggsae itibaren bir bağlantı grubu oluşur. </li><li> &quot;Db&quot; klasörünün içine bir FASTA&#39;dır biçimlendirilmiş protein metin dizisini takarak &quot;test&quot; adı verilen bir sorgu protein dizisini oluşturun. </li><li> Aşağıdaki komutu yazarak bir blastp arama üzerinden veritabanı sorgulayın: &gt; Blastp-sorgu db / test.txt-db / briggsae-out text.txt </li><li> Bir Mac&#39;te em&gt;: (adım 2.4) ve yukarıdaki talimatlara göre NCBI ftp web sitesine erişerek yerel Blast aramalar için bir veritabanı yüklemekn tipi: &gt; Lcd .. / veritabanları / </li><li> Yazarak ilgi genomunu ya da dizisini indir: &gt; Olsun NC_ [Erişim #]. Fna Not: &quot;. Fna&quot; FAŞTA biçimlendirilmiş bir nükleotid diziye işaret eder ve &quot;FAA.&quot; FAŞTA biçimlendirilmiş amino asit sekansları anlamına gelir. </li><li> Ftp siteyi çıkmak için &quot;çıkın&quot; yazınız. </li><li> Yazarak veritabanını olun: &gt; Db / mouse.faa-out fare-dbtype prot makeblastdb-in </li><li> &quot;Bin&quot; klasörünün içine bir FAST biçimlendirilmiş bir sorgu sırasını yerleştirin ve aşağıdaki komutu ile veritabanı sorgulamak: &gt; Blastp-sorgu &quot;senin query.fasta&quot;-db &quot;Veritabanı&quot;-out results.txt </li></ol> 3. Çoklu Dizi Hizalamalarını oluşturuluyor <ol><li> Yaygın olarak kullanılan Çoklu dizi hizalama (MSA) programları erişmek için bu bağlantıları tıklayın: ClustalW 6 <a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a> Salikorngn 7 <a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a> MAFFT 8,9 <a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a> KAS 10 <a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a> T-Kahve 11 <a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a> PROBCONS 12 <a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons</a> </li><li> - Bu linke tıklayın <a href="http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular">http://tcoffee.crg.cat/apps/tcoffee/do:regular</a> sorgu kutusuna ve giriş FASTA&#39;dır biçimlendirilmiş dizisi verileri - Not: T-Kahve ikinci bir numune çıkışı, Şekil 5&#39;de görülebileceği gibi, benzer artıklar renk kodludur. </li><li> Bir komut satırı sürümü (ClustalW) veya bir grafik v olarak Clustal MSA indirinbu linki tıklayarak ersion (ClustalX): <a href="http://www.clustal.org/clustal2/">http://www.clustal.org/clustal2/</a> - sonra uygun yürütülebilir tıklayın (yani kazanmak, Linux, Mac OS X). </li><li> FASTA biçimlendirilmiş dizisi metin olarak veri yüklemek ve (Şekil 6) hizalamak. </li></ol> 4. Evrim Best-fit Modelleri Belirlenmesi <ol><li> Prottest 13 programı indirmek için buraya tıklayın: <a href="http://darwin.uvigo.es/our-software/">http://darwin.uvigo.es/our-software/</a> </li><li> Prottest indirildikten sonra ProtTest.jar dosyasına çift tıklayın </li><li> Prottest başlatıldıktan sonra, &quot;dosyayı seçin&quot; üzerine tıklayın ve (Şekil 7) dizisi verileri yüklemek. </li><li> Ardından &quot;start&quot; ve programı (Şekil 8) başlayacak. Not: run (Şekil 8) tamamlandıktan sonra, program kriterlerine göre en iyi modeli gösterir ör<html> &quot;AIC göre en iyi modeli: DEDİKODU + I + G&quot; </li></ol> 5. Maksimum Olabilirlik veya Bayes Çıkarım tarafından Sıra Tabanlı Filogeniler çıkarım <ol><li> Burada PhyML 4 İndirilme: <a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a> </li><li> Çift uygun uygulama (yani phyml Windows phyml Linux, vb.) Ve arayüz penceresi (Şekil 9) açılır tıklayarak yürütülebilir başlatın. </li><li> Yazarak bir PHYLIP biçimlendirilmiş dizisi olarak giriş sırasını yükleyin: &gt; &quot;Dosya adı&quot;. Phy Not:, dizi formatları arasında dönüştürme mevcut &quot;Readseq&quot; web programını kullanmak için - <a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi</a> . </li><li> &quot;Y&quot; yazarak programı başlatın. </li><li> Burada MrBayes 5 indir: rceforge.net / download.php &quot;&gt; http://mrbayes.sourceforge.net/download.php </li><li> Yürütülebilir dosya üzerinde programın tıklayın başlamak ve yazarak programa NEXUS biçimlendirilmiş dizisi verileri okumak için: &gt; &quot;Dosya adı&quot; yürütmek. Nex </li><li> Evrimsel bir model oluşturdu. </li><li> Yazarak çalıştırmak için nesillerin sayısını seçin: &gt; Mcmcp ngen = 1000000 [1000000 Bu nesillerin sayısını ayarlar] &gt; Karter yanıyor = 10000 [Bu 10000 burnin ayarlar] </li><li> Yazarak sonuçlar dosyasında şube uzunlukları kaydedin: &gt; Mcmcp savebrlens = yes </li><li> Yazarak analizi çalıştırın: &gt; Mcmc </li><li> &quot;SUMT&quot; komutunu kullanarak ağaçları özetler. </li></ol> 6. Filogeniler görselleştirme <ol><li> Burada ağaç görüntüleyici programların listesini görüntülemek: <a href="http://www.treedyn.org/overview/editors.html">http://www.treedyn.org/overview/editors.html</a> </li><li> TreeView 14 progr indirinburadayım: <a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a> </li></ol>

<ol>
	<li>Altschul, S. F., Carroll, R. J., Lipman, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Weights+for+data+related+by+a+tree.">Weights for data related by a tree.</a> J. Mol. Biol. 207 (4), 647-653 (1989).</li><li>Akaike, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+look+at+the+statistical+model+identification.">A new look at the statistical model identification.</a> IEEE Trans. Automat. Contr. 19 (6), 706-723 (1974).</li><li>Schwarz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Estimating+the+dimension+of+a+model.">Estimating the dimension of a model.</a> Ann. Stat. 6 (2), 461-464 (1978).</li><li>Guindon, S., Gascuel, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple,+fast,+and+accurate+algorithm+to+estimate+large+phylogenies+by+maximum+likelihood.">A simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood.</a> Syst. Biol. 52 (5), 696-704 (2003).</li><li>Huelsenbeck, J. P., Ronquist, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MRBAYES:+Bayesian+inference+of+phylogenetic+trees.">MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees.</a> Bioinformatics. 17 (8), 754-755 (2001).</li><li>Thompson, J. D., Higgins, D. G., Gibson, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CLUSTAL+W:+Improving+the+sensitivity+of+progressive+multiple+sequence+alignment+through+sequence+weighting,+position-specific+gap+penalties+and+weight+matrix+choice.">CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice.</a> Nucleic Acids Res. 22 (22), 4673-4680 (1994).</li><li>Lassmann, T., Sonnhammer, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Kalign--an+accurate+and+fast+multiple+sequence+alignment+algorithm.">Kalign--an accurate and fast multiple sequence alignment algorithm.</a> BMC Bioinformatics. 6, 298 (2005).</li><li>Katoh, K., Kuma, K., Toh, H., Miyata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MAFFT+version+5:+Improvement+in+accuracy+of+multiple+sequence+alignment.">MAFFT version 5: Improvement in accuracy of multiple sequence alignment.</a> Nucleic Acids Res. 33 (2), 511-518 (2005).</li><li>Katoh, K., Misawa, K., Kuma, K., Miyata, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MAFFT:+A+novel+method+for+rapid+multiple+sequence+alignment+based+on+fast+fourier+transform.">MAFFT: A novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast fourier transform.</a> Nucleic Acids Res. 30 (14), 3059-3066 (2002).</li><li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MUSCLE:+Multiple+sequence+alignment+with+high+accuracy+and+high+throughput.">MUSCLE: Multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput.</a> Nucleic Acids Res. 32 (5), 1792-1797 (2004).</li><li>Notredame, C., Higgins, D. G., Heringa, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=T-coffee:+A+novel+method+for+fast+and+accurate+multiple+sequence+alignment.">T-coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment.</a> J. Mol. Biol. 302 (1), 205-217 (2000).</li><li>Do, C. B., Mahabhashyam, M. S., Brudno, M., Batzoglou, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProbCons:+Probabilistic+consistency-based+multiple+sequence+alignment.">ProbCons: Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment.</a> Genome Res. 15 (2), 330-340 (2005).</li><li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ProtTest+3:+Fast+selection+of+best-fit+models+of+protein+evolution.">ProtTest 3: Fast selection of best-fit models of protein evolution.</a> Bioinformatics. 27 (8), 1164-1165 (2011).</li><li>Page, R. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TreeView:+An+application+to+display+phylogenetic+trees+on+personal+computers.">TreeView: An application to display phylogenetic trees on personal computers.</a> Comput. Appl. Biosci. 12 (4), 357-358 (1996).</li><li>Darriba, D., Taboada, G. L., Doallo, R., Posada, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=jModelTest+2:+More+models,+new+heuristics+and+parallel+computing.">jModelTest 2: More models, new heuristics and parallel computing.</a> Nat. Methods. 9 (8), 772 (2012).</li><li>Chevenet, F., Brun, C., Banuls, A. L., Jacq, B., Christen, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=TreeDyn:+Towards+dynamic+graphics+and+annotations+for+analyses+of+trees.">TreeDyn: Towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees.</a> BMC Bioinformatics. 7, 439 (2006).</li></ol>

Biz ifşa hiçbir şey yok.

Bu yazı için bizim umudumuz o Filogenetikte için yeni araştırmacıları veya öğrencilere rehberlik etmek için bir başlangıç ​​noktası olarak hizmet verecek olmasıdır. Genom dizileme projeleri son birkaç yıldır daha pahalı hale gelmiştir ve bunun sonucu olarak bu teknoloji için kullanıcı talebi artıyor ve şimdi büyük dizi veri setlerinin üretimi küçük laboratuarlara olağandır. Bu veri kümeleri genellikle işlevini anlamaya başlamak için bir filogenetik çerçeve gerektirir genlerin ...

İki (veya daha fazla) türler gelişmiş anlamak amacıyla, her bir örnekten dizisi ya da morfolojik veriler elde etmek için gerekli olan ilk olarak, bu veriler, evrimsel uzayda ilişkisini ölçmek için kullanabilir miktarlarını temsil eder. (Örneğin mil, inç, mikron) mevcuttur daha fazla veri daha doğru bir ölçüm eşit olacak olan, doğrusal mesafe ölçme zaman olduğu gibi. Ergo, bir araştırmacı evrimsel mesafe anlamak için hassaslığı ile ağır ilişkileri ölçmek için kullanılabilir bilgi veri hacmine etkilenir. Farklı örnekler, farklı oranlarda ve farklı mekanizmalarla gelişmeye çünkü Ayrıca, biz iki takson arasındaki ilişkiyi ölçmek için kullanılan yöntem de doğrudan evrimsel ölçümlerin doğruluğunu etkiler. Bu nedenle, evrimsel ilişkiler doğrudan gözlenemeyen ancak bunun yerine sırası veya morfolojik verilerin, evrimsel çıkarım sorunu yola çıkılarak çünküilişkiler istatistik biri haline gelir. Phylogenetics optimal takson arasındaki evrimsel geçmişini yeniden amacıyla evrim kalıpları istatistiksel modellerini uygulama ile ilgili biyoloji dalıdır. Takson arasındaki bu imar takson ait phylogeny olarak adlandırılır. Burada dizileri bir dizi filogenezlerini çıkarım için adım boru hattının bir adım tarif moleküler biyologlar ve evrimsel biyologlar arasında uzmanlık köprü yardımcı olmak için. Öncelikle, biz detay web tabanlı arayüz üzerinden ve yerel yürütülebilir kullanarak Basic Local Alignment Search Tool (BLAST 1) algoritması kullanılarak veritabanı sorgulama dahil adımlar, bu genellikle tanımlanamayan bir benzer dizilerin bir listesini elde ilk adımdır Sorgu, bazı araştırmacılar da bu tür Phylota (http://www.phylota.net/) gibi web arayüzleri yoluyla tek bir grup için veri toplama ilginizi çekebilir rağmen. C BLAST algoritmasıdırSorgu sırası benzeyen &quot;hit&quot; aramak için sıralarının bir veritabanına karşı primer amino asit veya nükleotid dizisi verileri omparing. BLAST programı, Stephen Altschul ve arkadaşları tarafından tasarlanmıştır. Ulusal Sağlık Enstitüleri (NIH) 1. BLAST sunucu farklı programlar bir dizi oluşur ve burada en yaygın ŞOK programların bazılarının bir listesi: i) Nükleotid-BLAST nükleotid (blastn): Bu program, bir DNA dizisi giriş gerektirir ve DNA veritabanından en benzer DNA dizileri döndüren bir kullanıcının belirlediği Spesifik bir organizma için (örneğin,.) ii) Protein-protein BLAST (blastp): Burada, kullanıcı, bir protein sekansı girer ve program, kullanıcının belirttiği protein veritabanından en benzer protein dizilerini verir. iii) Pozisyonu Özgü Iterative BLAST (PSI-BLAST) (blastpgp): Kullanıcı girişi bir prote olduğunuyanında yakın ilişkili proteinler, bir dizi döner sırayla ve bu veri kümesi bir muhafaza profili oluşturulur. Sonraki yeni bir sorgu bir protein veritabanını sorgulamak için kullanılır sadece bu korunmuş &quot;motifler&quot; kullanılarak üretilen ve bu korunmuş &quot;motifleri&quot; yeni bir dizi ayıklanır ve sonra bir protein veritabanı kadar sorgulamak için kullanılan hangi proteinlerin daha büyük bir grup döndürür proteinlerin daha büyük bir küme retuned ve başka bir profil oluşturulur ve işlem tekrarlanır. Her adımda sorguya ilgili proteinlerin dahil ederek bu program kullanıcının daha farklı olan dizileri belirlemek için izin verir. iv) Nükleotid 6-frame çeviri-protein (BLASTX): Burada, kullanıcı, altı çerçeveli kavramsal çeviri ürünleri (yani dönüştürülür bir nükleotid sekansı, girdi sağlamaktadır her iki kol), bir protein sekans veri tabanına karşı.. v) 6-çerçeve çeviri-nükleotidi Nükleotit6-kare için (TBLASTX): Bu program, bir DNA nükleotid sekansı, girdi alır ve onu bir nükleotit sekans veri tabanının altı çerçeveli çevirileri karşı karşılaştırır altı-çerçeveli kavramsal öteleme ürünleri içine girişi anlamına gelmektedir. vi) Protein-nükleotid 6-kare için (TBLASTN): Bu program, bir nükleotit sekans veri tabanının altı okuma çerçevesi karşılaştırmak için bir protein sekansıdır girişini kullanır. Sonra, bir dizi veri kümesi bir Çoklu Dizi Hizalama (MSA) üretmek için yaygın olarak kullanılan programları tanımlamak, ve bu bir dizi veri kümesi için evrimin en uygun modelleri belirlemek programlarına bir kullanım kılavuzu ile takip edilmektedir. Filogenetik rekonstrüksiyon istatistiksel bir sorundur, ve bu nedenle, filogenetik yöntemler istatistiksel bir çerçeve dahil etmek gerekir. Bu istatistiki çerçeve kümesi içinde sekans değişikliğini içermektedir evrimsel bir model haline gelir. Bu evrimsel model nükleotid ya da amino asit ikamelerinin süreci hakkında varsayımlar bir dizi oluşur ve belirli bir veri kümesi için en uygun bir model istatistiksel testler yoluyla seçilebilir. Farklı modellerin verilerine uygun mümkün olanlar bir dizi içinde en uygun modeli seçmek için olabilirlik oranı testleri (Likelihood oran) veya bilgi kriterler ile mukayese edilebilir. İki ortak bilgi kriterleri Akaike bilgi kriteri (AIC) 2 ve Bayesian bilgi ölçütü (BIC) 3 vardır. Optimal hizalama üretildiğinde, hizalanmış verilerden soyoluşu oluşturmak için pek çok farklı yöntem vardır. Evrimsel ilişki çıkarım çok sayıda yöntem vardır, genel olarak, iki kategoriye ayrılabilir: mesafeye göre yöntem ve dizi-bazlı yöntem. Uzaklık dayalı yöntemler dizilerden ikili mesafeleri hesaplamak ve sonra ağaç elde etmek için bu mesafeleri. Dizi-bazlı yöntemler, doğrudan sekans hizalama kullanın ve genellikle t aramaBir eniyilik kriter kullanarak ree alanı. Biz akrabalık ilişkileri yeniden inşa için iki dizi-tabanlı yöntemler anahat: Bu maksimum olabilirlik çerçeveyi uygular PhyML 4, ve Bayes Markov Zinciri Monte Carlo çıkarsama kullanır MrBayes 5. Olabilirlik ve Bayes yöntemleri filogenetik rekonstrüksiyonu için istatistiksel bir çerçeve sağlar. Yaygın olarak kullanılan ağaç-yapı araçları üzerinde kullanıcı bilgilerini sunarak, filogenetik ilişkileri anlaması için gerekli gerekli verilere okuyucuya tanıtmak.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="713">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BLAST webpage&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi">http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BLAST executables&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Preformatted BLAST databases</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/">ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Clustal</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Kalign</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi">http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MAFFT</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/">http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MUSCLE</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.drive5.com/muscle/">http://www.drive5.com/muscle/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">T-Coffee</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/">http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PROBCONS</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons">http://toolkit.tuebingen.mpg.de/probcons&#160;</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Se-Al&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/">http://tree.bio.ed.ac.uk/software/seal/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">BSEdit&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.bsedit.org/">http://www.bsedit.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">JalView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.jalview.org/">http://www.jalview.org/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">SeaView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html">http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">ProtTest&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="https://code.google.com/p/prottest3/">https://code.google.com/p/prottest3/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Java Runtime&#160;</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://www.java.com/en/download/chrome.jsp">http://www.java.com/en/download/chrome.jsp</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">Readseq</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi">http://iubio.bio.indiana.edu/cgi-bin/readseq.cgi</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">jModelTest</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="https://code.google.com/p/jmodeltest2/">https://code.google.com/p/jmodeltest2/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">PhyML</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="https://code.google.com/p/phyml/">https://code.google.com/p/phyml/</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">MrBayes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://mrbayes.sourceforge.net/download.php">http://mrbayes.sourceforge.net/download.php</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TreeView</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td><a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html</a></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;">TreeDyn</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td style="width:447px;"><a href="http://www.treedyn.org/">http://www.treedyn.org/</a></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

a practical guide to phylogenetics for nonexperts

Birçok araştırmacı, inanılmaz farklı odaklar karşısında, araştırma soru (lar) için Phylogenetics uygulamaktayız. Ancak, birçok araştırmacı bu konuya yeni ve bu yüzden doğal sorunları sunuyor. Burada nonexperts için Filogenetikte için pratik giriş derlemek. Biz bir adım-adım şekilde, gen sekansı veri setlerinden güvenilir filogenezlerini üretmek için bir boru hattı anahat. Biz çevrimiçi arayüzleri yanı sıra yerel yürütülebilir yoluyla benzerlik arama araçları için kullanıcı kılavuzu ile başlar. Sonra, evrim iyi uygun modelleri belirlemek için yazılım kullanarak protokolleri takip çoklu dizi hizalamalarını üretmek için programlar keşfedebilirsiniz. Biz sonra maksimum olabilirlik ve Bayes kriterleri aracılığıyla akrabalık ilişkileri yeniden protokolleri anahat ve nihayet filogenetik ağaçlar görselleştirmek için araçları tanımlamak. Herhangi bir filogenetik yaklaşımlar ayrıntılı bir açıklaması yoluyla bu olmasa da, ki bu durum pratik başlangıç ​​informat ile okuyucu sağlamak yaparyaygın phylogeneticists tarafından kullanılan anahtar yazılım uygulamaları iyon. Bu yazı için vizyonu filogenetik çalışmalar başlamadan araştırmacılar için pratik bir eğitim aracı olarak hizmet etmek ve aynı zamanda bir sınıf veya eğitim-laboratuvar içine dahil edilebilir bir eğitim kaynağı olarak hizmet verebilir olacaktır.

Bir sorguya benzerlikler bulma araştırmacılar yeni dizilere potansiyel bir kimlik atfetmek ve aynı zamanda dizilerinin arasındaki ilişkileri anlaması için izin verir. ŞOK 1 için dosya giriş türü FASTA&#39;dır biçimlendirilmiş bir metin dizisi veya GenBank sayıdır. FASTA biçimlendirilmiş dizisi, bir &quot;&gt;&quot; işareti (Şekil 2) ile gösterilen bir açıklama satırı ile başlar. Description &quot;&gt;&quot; işareti, dizisi (yani. Nükleotid veya amino asi...

Watch this Scientific Journal Video about A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts at JoVE.com

A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts

Burada nükleotid ya da amino asit dizisi veri setleri güvenilir filogenezlerini üretilmesi için adım adım boru hattını açıklar. Bu kılavuz, araştırmacılar veya filogenetik analize yeni öğrencilere hizmet etmeyi amaçlamaktadır.

Nonexperts için Phylogenetics İçin Pratik Kılavuz

Many researchers, across incredibly diverse foci, are applying phylogenetics to their research question(s). However, many researchers are new to this ...

a-practical-guide-to-phylogenetics-for-nonexperts

Research

JoVE Journal

Biology

35.2K Görüntüleme.  The George Washington University.  Burada nükleotid ya da amino asit dizisi veri setleri güvenilir filogenezlerini üretilmesi için adım adım boru hattını açıklar. Bu kılavuz, araştırmacılar veya filogenetik analize yeni öğrencilere hizmet etmeyi amaçlamaktadır. 

Video: A Practical Guide to Phylogenetics for Nonexperts

The Ladder Rung Walking Task: A Scoring System and its Practical Application.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to elaborate distinct aspects of motor function and to determine even subtle loss of movement capacity. To enhance efficacy and resolution of testing, tests should permit qualitative and quantitative measures of motor function and be sensitive to changes in performance during recovery periods. The present study describes a new task to assess skilled walking in the rat to measure both forelimb and hindlimb function at the same time. Animals are required to walk along a horizontal ladder on which the spacing of the rungs is variable and is periodically changed. Changes in rung spacing prevent animals from learning the absolute and relative location of the rungs and so minimize the ability of the animals to compensate for impairments through learning. In addition, changing the spacing between the rungs allows the test to be used repeatedly in long-term studies. Methods are described for both quantitative and qualitative description of both fore- and hindlimb performance, including limb placing, stepping, co-ordination. Furthermore, use of compensatory strategies is indicated by missteps or compensatory steps in response to another limb&#x2019;s misplacement. 

The ladder rung walking task is a new test to assess skilled walking and measure both forelimb and hindlimb placing, stepping, and inter-limb co-ordination.

Görev Yürüyüş Merdiven Basamak: Puanlama Sistemi ve Pratik Uygulama.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to ...

Biyoloji

A Practical Approach to Genetic Inducible Fate Mapping: A Visual Guide to Mark and Track Cells In Vivo

Fate maps are generated by marking and tracking cells in vivo to determine how progenitors contribute to specific structures and cell types in developing and adult tissue. An advance in this concept is Genetic Inducible Fate Mapping (GIFM), linking gene expression, cell fate, and cell behaviors in vivo, to create fate maps based on genetic lineage.
GIFM exploits X-CreER lines where X is a gene or set of gene regulatory elements that confers spatial expression of a modified bacteriophage protein, Cre recombinase (CreERT). CreERT contains a modified estrogen receptor ligand binding domain which renders CreERT sequestered in the cytoplasm in the absence of the drug tamoxifen. The binding of tamoxifen releases CreERT, which translocates to the nucleus and mediates recombination between DNA sequences flanked by loxP sites. In GIFM, recombination typically occurs between a loxP flanked Stop cassette preceding a reporter gene such as GFP.
Mice are bred to contain either a region- or cell type-specific CreER and a conditional reporter allele. Untreated mice will not have marking because the Stop cassette in the reporter prevents further transcription of the reporter gene. We administer tamoxifen by oral gavage to timed-pregnant females, which provides temporal control of CreERT release and subsequent translocation to the nucleus removing the Stop cassette from the reporter. Following recombination, the reporter allele is constitutively and heritably expressed. This series of events marks cells such that their genetic history is indelibly recorded. The recombined reporter thus serves as a high fidelity genetic lineage tracer that, once on, is uncoupled from the gene expression initially used to drive CreERT.
We apply GIFM in mouse to study normal development and ascertain the contribution of genetic lineages to adult cell types and tissues. We also use GIFM to follow cells on mutant genetic backgrounds to better understand complex phenotypes that mimic salient features of human genetic disorders.
This video article guides researchers through experimental methods to successfully apply GIFM. We demonstrate the method using our well characterized Wnt1-CreERT;mGFP mice by administering tamoxifen at embryonic day (E)8.5 via oral gavage followed by dissection at E12.5 and analysis by epifluorescence stereomicroscopy. We also demonstrate how to micro-dissect fate mapped domains for explant preparation or FACS analysis and dissect adult fate-mapped brains for whole mount fluorescent imaging. Collectively, these procedures allow researchers to address critical questions in developmental biology and disease models.

A Practical Approach to Genetic Inducible Fate Mapping: A Visual Guide to Mark and Track Cells In Vivo

Genetic Inducible Fate Mapping (GIFM) marks and tracks cells with fine spatial and temporal control in vivo and elucidates how cells from a specific genetic lineage contribute to developing and adult tissues. Demonstrated here are the techniques required to fate map E12.5 mouse embryos for epifluorescent and explant analysis.

Genetik Đndüklenebilir Kader Haritalama Pratik Bir Yaklaşım: Hücreler Mark ve Track Görsel Bir Rehberi In Vivo</em

Fate maps are generated by marking and tracking cells in vivo to determine how progenitors contribute to specific structures and cell types in developing ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

Laboratory tests can be done on the cellular or fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes determines the portion of the blood that can be analyzed (whole blood, plasma or serum). Laboratories involved in studying the genetic basis of human disorders rely on anticoagulated whole blood collected in EDTA-containing vacutainer as the source of DNA for genetic / genomic analysis. Because most clinical laboratories perform biochemical, serologic and viral testing as a first step in phenotypic outcome investigation, anticoagulated blood is also collected in heparin-containing tube (plasma tube). Therefore when DNA and plasma are needed for simultaneous and parallel analyses of both genomic and proteomic data, it is customary to collect blood in both EDTA and heparin tubes. If blood could be collected in a single tube and serve as a source for both plasma and DNA, that method would be considered an advancement to existing methods. The use of the compacted blood after plasma extraction represents an alternative source for genomic DNA, thus minimizing the amount of blood samples processed and reducing the number of samples required from each patient. This would ultimately save time and resources.
The BD P100 blood collection system for plasma protein preservation were created as an improved method over previous plasma or serum collection tubes1, to stabilize the protein content of blood, enabling better protein biomarker discovery and proteomics experimentation from human blood. The BD P100 tubes contain 15.8 ml of spray-dried K2EDTA and a lyophilized proprietary broad spectrum cocktail of protease inhibitors to prevent coagulation and stabilize the plasma proteins. They also include a mechanical separator, which provides a physical barrier between plasma and cell pellets after centrifugation. Few methods have been devised to extract DNA from clotted blood samples collected in old plasma tubes2-4. Challenges from these methods were mainly associated with the type of separator inside the tubes (gel separator) and included difficulty in recovering the clotted blood, the inconvenience of fragmenting or dispersing the clot, and obstruction of the clot extraction by the separation gel.
We present the first method that extracts and purifies genomic DNA from blood drawn in the new BD P100 tubes. We compare the quality of the DNA sample from P100 tubes to that from EDTA tubes. Our approach is simple and efficient. It involves four major steps as follows: 1) the use of a plasma BD P100 (BD Diagnostics, Sparks, MD, USA) tube with mechanical separator for blood collection, 2) the removal of the mechanical separator using a combination of sucrose and a sterile paperclip metallic hook, 3) the separation of the buffy coat layer containing the white cells and 4) the isolation of the genomic DNA from the buffy coat using a regular commercial DNA extraction kit or a similar standard protocol.

We are describing a new method of isolating genomic DNA from whole blood collected for plasma/serology. After plasma collection, the compacted blood is usually discarded. Our novel method represents a significant improvement over existing methods and makes DNA and plasma available from a single collection, without requesting additional blood.

Plazma Protein Koruma Kan Alma Kitleri Genomik DNA Ayıklama Pratik ve Yeni Bir Yöntem

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

V3 Stain-free Workflow for a Practical, Convenient, and Reliable Total Protein Loading Control in Western Blotting

The western blot is a very useful and widely adopted lab technique, but its execution is challenging. The workflow is often characterized as a &#34;black box&#34; because an experimentalist does not know if it has been performed successfully until the last of several steps. Moreover, the quality of western blot data is sometimes challenged due to a lack of effective quality control tools in place throughout the western blotting process. Here we describe the V3 western workflow, which applies stain-free technology to address the major concerns associated with the traditional western blot protocol. This workflow allows researchers: 1) to run a gel in about 20-30 min; 2) to visualize sample separation quality within 5 min after the gel run; 3) to transfer proteins in 3-10 min; 4) to verify transfer efficiency quantitatively; and most importantly 5) to validate changes in the level of the protein of interest using total protein loading control. This novel approach eliminates the need of stripping and reprobing the blot for housekeeping proteins such as &#946;-actin, &#946;-tubulin, GAPDH, etc. The V3 stain-free workflow makes the western blot process faster, transparent, more quantitative&#160;and reliable.

V3 workflow is a western blot procedure using stain-free gels. The stain-free technology allows researchers to visualize protein separation quality, to verify the transfer efficiency, and most importantly, to validate the change in the protein of interest using total protein quantification as a reliable loading control.

Batı Blotting'de Pratik, Kullanışlı ve Güvenilir Toplam Protein Yükleme Kontrolü için V3 Lekesiz İş Akışı

The western blot is a very useful and widely adopted lab technique, but its execution is challenging. The workflow is often characterized as a &#34;black ...

A Guide to Modern Quantitative Fluorescent Western Blotting with Troubleshooting Strategies

The late 1970s saw the first publicly reported use of the western blot, a technique for assessing the presence and relative abundance of specific proteins within complex biological samples. Since then, western blotting methodology has become a common component of the molecular biologists experimental repertoire. A cursory search of PubMed using the term &#8220;western blot&#8221; suggests that in excess of two hundred and twenty thousand published manuscripts have made use of this technique by the year 2014. Importantly, the last ten years have seen technical imaging advances coupled with the development of sensitive fluorescent labels which have improved sensitivity and yielded even greater ranges of linear detection. The result is a now truly Quantifiable Fluorescence based Western Blot (QFWB) that allows biologists to carry out comparative expression analysis with greater sensitivity and accuracy than ever before. Many &#8220;optimized&#8221; western blotting methodologies exist and are utilized in different laboratories. These often prove difficult to implement due to the requirement of subtle but undocumented procedural amendments. This protocol provides a comprehensive description of an established and robust QFWB method, complete with troubleshooting strategies.

The advancement of western blotting using fluorescence has allowed detection of subtle changes in protein expression enabling quantitative analyses. Here we describe a robust methodology for detection of a range of proteins across a variety of species and tissue types. A strategy to overcome common technical problems is also provided.

Sorun Giderme Stratejileri Modern Kantitatif Floresan Western Blot A Guide

The late 1970s saw the first publicly reported use of the western blot, a technique for assessing the presence and relative abundance of specific proteins ...

Nephrotoxin Microinjection in Zebrafish to Model Acute Kidney Injury

The kidneys are susceptible to harm from exposure to chemicals they filter from the bloodstream. This can lead to organ injury associated with a rapid decline in renal function and development of the clinical syndrome known as acute kidney injury (AKI). Pharmacological agents used to treat medical circumstances ranging from bacterial infection to cancer, when administered individually or in combination with other drugs, can initiate AKI. Zebrafish are a useful animal model to study the chemical effects on renal function in vivo, as they form an embryonic kidney comprised of nephron functional units that are conserved with higher vertebrates, including humans. Further, zebrafish can be utilized to perform genetic and chemical screens, which provide opportunities to elucidate the cellular and molecular facets of AKI and develop therapeutic strategies such as the identification of nephroprotective molecules. Here, we demonstrate how microinjection into the zebrafish embryo can be utilized as a paradigm for nephrotoxin studies.

Renal injuries incurred from nephrotoxins, which include drugs ranging from antibiotics to chemotherapeutics, can result in complex disorders whose pathogenesis remains incompletely understood. This protocol demonstrates how zebrafish can be used for disease modeling of these conditions, which can be applied to the identification of renoprotective measures.

Zebra balığı Nephrotoxin Mikroenjeksiyon Akut Böbrek Yaralanması Model

The kidneys are susceptible to harm from exposure to chemicals they filter from the bloodstream. This can lead to organ injury associated with a rapid ...

Endotracheal Intubation of Rabbits Using a Polypropylene Guide Catheter

Endotracheal intubation in rabbits can be challenging due to their unusual anatomy. Achieving a patent airway during anesthesia is critical for the avoidance of airway obstruction, prevention of gastric tympany, and to allow ventilatory support. Due to the difficulty of intubation, alternative methods such as the use of laryngeal mask airways or laryngeal tubes have been explored. However, these methods do not result in direct access to the trachea and thus may present a risk for development of complications. In addition, lack of direct intubation of the trachea can result in personnel exposure to waste anesthetic gases. Numerous methods for endotracheal intubation have been described, including blind placement, use of a fiberoptic laryngoscope or endoscope, and cricoid placement. Despite these numerous publications, many still struggle to achieve success. Here we provide a detailed description of an intubation technique that can be taught with minimal training with a short time to proficiency. Briefly, after administration of injectable anesthesia and proper positioning of the rabbit, a polypropylene catheter is placed into the trachea by direct visualization using a laryngoscope. The catheter is then used as a guide to direct the endotracheal tube into the trachea. This method allows for intubation without the need for expensive equipment and can be performed by a single individual without the need for an assistant. In conclusion, this technique can be easily taught and performed at very little cost in any clinical or research setting.

Endotracheal intubation in rabbits is challenging due to their unusual anatomy. Here we present a technique for direct intubation of the trachea using a polypropylene catheter as a guide. This method utilizes relatively inexpensive supplies, requires minimal training, and can be easily performed in any clinical setting.

Polipropilen kılavuz kateter kullanarak tavşan endotrakeal entübasyon

Endotracheal intubation in rabbits can be challenging due to their unusual anatomy. Achieving a patent airway during anesthesia is critical for the ...

Practical Use of RNA Interference: Oral Delivery of Double-stranded RNA in Liposome Carriers for Cockroaches

RNA interference (RNAi) has been widely applied for uncovering the biological functions of numerous genes, and has been envisaged as a pest control tool operating by disruption of essential gene expression. Although different methods, such as injection, feeding, and soaking, have been reported for successful delivery of double-stranded RNA (dsRNA), the efficiency of RNAi through oral delivery of dsRNA is highly variable among different insect groups. The German cockroach, Blattella germanica, is highly sensitive to the injection of dsRNA, as shown by many studies published previously. The present study describes a method to demonstrate that the dsRNA encapsulated with liposome carriers is sufficient to retard the degradation of dsRNA by midgut juice. Notably, the continuous feeding of dsRNA encapsulated by liposomes significantly reduces the tubulin expression in the midgut, and led to the death of cockroaches. In conclusion, the formulation and utilization of dsRNA lipoplexes, which protect dsRNA against nucleases, could be a practical use of RNAi for insect pest control in the future.

This manuscript demonstrates the depletion of gene expression in the midgut of the German cockroach through oral ingestion of double-stranded RNA encapsulated in liposomes.

RNA müdahale pratik kullanımı: lipozom taşıyıcıları hamamböceği için çift iplikçikli RNA'ın sözlü teslim

RNA interference (RNAi) has been widely applied for uncovering the biological functions of numerous genes, and has been envisaged as a pest control tool ...

Magnetic-Activated Cell Sorting Strategies to Isolate and Purify Synovial Fluid-Derived Mesenchymal Stem Cells from a Rabbit Model

Mesenchymal stem cells (MSCs) are the main cell source for cell-based therapy. MSCs from articular cavity synovial fluid could potentially be used for cartilage tissue engineering. MSCs from synovial fluid (SF-MSCs) have been considered promising candidates for articular regeneration, and their potential therapeutic benefit has made them an important research topic of late. SF-MSCs from the knee cavity of the New Zealand white rabbit can be employed as an optimized translational model to assess human regenerative medicine. By means of CD90-based magnetic activated cell sorting (MACS) technologies, this protocol successfully obtains rabbit SF-MSCs (rbSF-MSCs) from this rabbit model and further fully demonstrates the MSC phenotype of these cells by inducing them to differentiate to osteoblasts, adipocytes, and chondrocytes. Therefore, this approach can be applied in cell biology research and tissue engineering using simple equipment and procedures.

This article presents a simple and economic protocol for the straightforward isolation and purification of mesenchymal stem cells from New Zealand white rabbit synovial fluid.

Manyetik aktif hücre stratejileri yalıtmak ve Sinovyal sıvı elde edilen mezenkimal kök hücre bir tavşan modelinden arındırmak için sıralama

Mesenchymal stem cells (MSCs) are the main cell source for cell-based therapy. MSCs from articular cavity synovial fluid could potentially be used for ...

Protocols for Testing the Toxicity of Novel Insecticidal Chemistries to Mosquitoes

New classes of insecticides with novel modes of action are needed to control insecticide resistant populations of mosquitoes that transmit diseases such as Zika, dengue and malaria. Assays for rapid, high-throughput analyses of unformulated novel chemistries against mosquito larvae and adults are presented. We describe protocols for single point-dose and dose response assays to evaluate the toxicity of small molecule chemistries to the Aedes aegypti vector of Zika, dengue and yellow fever,&#160;the malaria vector, Anopheles gambiae and the northern house mosquito, Culex quinquefasciatus, on contact and via ingestion. As an example, we evaluated the toxicity of amitriptyline, a small molecule antagonist of G protein-coupled receptors, via larval, adult topical and adult blood-feeding assay. The protocols provide a starting point to investigate insecticide potential. Results are discussed in the context of additional experiments to explore product applications and mechanisms for delivery.

Protocols are described for assessing the toxicity of chemistries to immature and adult mosquitoes for development as new classes of larvicides, adulticides and endectocides. The protocols enable high-throughput testing of multiple chemistries at single-point dose and subsequent evaluation via dose response assay to determine toxicity on contact or via ingestion.

Sivrisinekler için roman böcek kimyaları toksisite testleri için iletişim kuralları

New classes of insecticides with novel modes of action are needed to control insecticide resistant populations of mosquitoes that transmit diseases such ...