Полногеномное секвенирование для быстрой характеристики вируса бешенства с использованием технологии нанопор

В нашем исследовании используется передовая геномика для усиления эпиднадзора за патогенами в странах с низким и средним уровнем дохода. И это помогает нам дать местным исследователям возможность ответить на пять больших вопросов: кто, что, где, почему и когда. И это может послужить основой для практических решений на местах.

Мы используем технологию нанопор для децентрализации секвенирования. Простота использования, портативность и более низкая стоимость по сравнению с другими платформами делают его идеальным для установок с ограниченными ресурсами. А возможность быстрого секвенирования в источнике образца означает, что мы можем проводить наблюдение на границе между средой обитания животных и человека.

Мы сталкиваемся с трудностями при получении целых геномов из образцов различного качества. Часто материалы, поступающие из отдаленных районов, перевозились в плохих условиях хранения. Кроме того, у нас ограниченный опыт работы с биоинформационными инструментами, которые были бы полезны при интерпретации данных.

Таким образом, эти инструменты будут похожи на MADDOG и drug-V GLUE. Это может быть использовано для универсальной интерпретации данных, чтобы помочь начать контроль. Мы пытаемся продемонстрировать, как они оптимизируют протокол для быстрых последовательностей или для целых геномных последовательностей бешенства, и посмотреть, как его можно адаптировать и использовать в странах с низким уровнем дохода для секвенирования бешенства, чтобы ответить на различные вопросы о том, как оно на самом деле циркулирует, что циркулирует и когда оно циркулирует?

И эта информация необходима для стратегий элиминации бешенства. Вирусный геномный надзор стал более доступным. Тем не менее, рекомендации по анализу и интерпретации данных для местных мер по борьбе с болезнью являются более ограниченными.

Наш протокол обеспечивает сквозной конвейер, предоставляя местным ученым возможности эпиднадзора на переднем крае борьбы с пандемией. Большая доступность вирусных геномов и методов интерпретации этих данных позволяет исследователям преобразовывать эпидемиологическую информацию в полезную информацию для правительственных министерств или программ по борьбе с болезнями и направлять процесс принятия решений.