Method Article
В данной статье описан протокол изучения ДНК-белковых взаимодействий с использованием системы биослойной интерферометрии (BLI) на основе стрептавидина. В нем изложены основные шаги и соображения по использованию базовой или расширенной кинетики связывания для определения равновесной аффинности связывания (KD) взаимодействия.
Белок-ДНК-взаимодействия лежат в основе основных клеточных процессов. Понимание этих взаимодействий имеет решающее значение для выяснения молекулярных механизмов различных путей. Ключевые факторы, такие как структура, последовательность и длина молекулы ДНК, могут существенно влиять на связывание с белками. Биослойная интерферометрия (BLI) — это метод без меток, который измеряет кинетику связывания между молекулами, предлагая простой и точный подход к количественному изучению взаимодействий белка и ДНК. Основным преимуществом BLI по сравнению с традиционными методами на основе геля является его способность предоставлять данные о кинетике связывания в режиме реального времени, что позволяет точно измерять константу диссоциации равновесия (KD) для динамических взаимодействий белка и ДНК. В данной статье представлен базовый протокол определения значения KD взаимодействия между белком репликации ДНК, белком репликации А (RPA) и субстратом одноцепочечной ДНК (ssDNA). RPA связывается с одноцепленной ДНК с высокой аффинностью, но также должна быть легко вытеснена для облегчения последующих взаимодействий белков в биологических путях. В описанном анализе BLI биотинилированная одноцеклеточная ДНК иммобилизуется на биосенсоре, покрытом стрептавидином. Затем измеряется кинетика связывания (ассоциация и диссоциация) RPA с биосенсор-связанной ДНК. Полученные данные анализируются для получения точных значений константы скорости ассоциации (ka), константы скорости диссоциации (kd) и константы равновесной связи (KD) с использованием системного программного обеспечения.
Клеточные белки играют ключевую роль в управлении сложными биологическими процессами, происходящими в живых организмах. Оптимальное функционирование этих путей зависит от взаимодействия между белками и другими биомолекулами внутри клетки, включая взаимодействие с белками-партнерами и нуклеиновымикислотами. Таким образом, постижение тонкостей клеточных процессов требует глубокого понимания динамики белково-нуклеиновых взаимодействий.
Традиционно белок-нуклеиновые взаимодействия изучались с помощью электрофоретического анализа сдвига подвижности геля (EMSAs)2. В этом анализе белки инкубируют с синтетическими олигонуклеотидами (либо ДНК/РНК, содержащими определенные длины или последовательности) в течение короткого периода времени, а затем реакцию электрофорезируют на нативном геле из полиакриламида (PAGE) 3,4,5. Чтобы обеспечить визуализацию белок-олигонуклеотидного взаимодействия, олигонуклеотиды обычно радиоактивно мечаются 32P или флуоресцентными молекулами. Если белок взаимодействует и связывает олигонуклеотид, то связывание белка замедляет подвижность нуклеиновой кислоты внутри геля 6,7. Таким образом, этот метод также называется гелевым сдвигом или анализом замедления геля. Несмотря на то, что этот метод широко используется, существуют некоторые ограничения, которые следует учитывать при использовании этого метода для получения значений KD, включая низкое разрешение из-за слабого или динамического связывания, требование значительно высокой концентрации белков и большие усилия. Кроме того, EMSA не являются анализами в реальном времени и, следовательно, не могут точно измерить кинетику связывания 7,8.
Для преодоленияэтих ограничений появились инновационные методы, такие как поверхностный плазмонный резонанс (SPR) и биослойная интерферометрия (BLI) 9,10,11,12. Оба метода измеряют константы скорости ассоциации/диссоциации и константы сродства между молекулами без меток. Поскольку белок не обязательно должен быть помечен, эти методы устраняют риск изменения свойств белка или блокирования сайта связывания. В SPR поляризованный свет взаимодействует с датчиком (металлической проводящей пленкой, обычно золотой), генерируя волну плотности заряда электронов, называемую плазмоном. Это взаимодействие уменьшает интенсивность отраженного луча, и детектор измеряет изменение удельного угла, известного как резонансный угол13. Для исследования взаимодействий лиганда (нуклеиновой кислоты) – аналита (белка) лиганд иммобилизуют в одной проточной ячейке на сенсорном чипе, а анализируемый вводят в проточную ячейку, содержащую иммобилизованный лиганд. При связывании аналита с лигандом происходит заметное изменение показателя преломления вблизи поверхности сенсора, что позволяет измерять молекулярные взаимодействия 14,15,16.
Биослойная интерферометрия (BLI) измеряет характер световой интерференции при прохождении света через оптическое волокно с биослоем, состоящим из лиганда (приманки) и его партнера по связыванию (аналита), на нижней поверхности кончика биосенсора. Свет проходит через наконечник и отражается на обоих концах биослоя благодаря свойствам биослоя. Толщина биослоя пропорциональна количеству связанных молекул, влияющих на характер отраженного света. Сравнивая изменение кривой относительной интенсивности в зависимости от Длина волны, вызванная интерференцией между отраженным светом от опорного интерфейса и от границы раздела биослой/буфер, можно определить изменение толщины биослоя. Когда связывается больше молекул, происходит больший сдвиг, что делает BLI мощным инструментом для изучения биомолекулярных взаимодействий в режиме реального времени. Изменение интерференционной картины измеряется и представляется на сенсорной схеме в виде спектрального сдвига 17,18 (рис. 1А). Характер связывающего взаимодействия может быть точно определен с помощью соответствующих средств контроля, таких как установка, в которой отсутствуют лигандно-изменяющиеся концентрации связывающего партнера 19,20,21. По сравнению с SPR, BLI является экономически эффективным и удобным для пользователя, что делает его доступным для широкого круга исследователей. Кроме того, образцы, используемые в BLI, остаются неповрежденными, если не происходит деградации или агрегации. Это позволяет восстановить и повторно использовать их, тем самым сводя к минимуму отходы. Прибор BLI работает без использования микрофлюидики, тем самым устраняя недостатки жидкостной системы, такие как необходимость технического обслуживания/ухода, засорение или использование дегазированных буферов. Это также сводит к минимуму риск загрязнения прибора нефильтрованными или сырыми образцами белка.
В эксперименте BLI биослой создается путем иммобилизации молекулы приманки на биосенсоре. Биослой биосенсоров может взаимодействовать с различными метками, что позволяет изучать взаимодействия между молекулами (в том числе нуклеиновыми кислотами, белками, антителами, вирусами, малыми молекулами и т.д.)22. Для установления этой иммобилизации могут быть использованы различные стратегии захвата, включая биотин/стрептавидин, 6X-His-tag/Ni-NTA, FLAG/анти-FLAG, GST/анти-GST, а также антитела/анти-Fc. Сохранение структуры и активности иммобилизованного лиганда имеет решающее значение при выборе биосенсора. На изменения интерференционной картины влияет количество связанной молекулы, а также матрица23. Белок-нуклеиновые взаимодействия изучаются с помощью биотинилированных олигонуклеотидных зондов, которые могут быть иммобилизованы на биосенсорах, покрытых стрептавидином. Образцы белка, которые, как ожидается, будут взаимодействовать с иммобилизованной приманкой (олигонуклеотидом), находятся в контакте с олигонуклеотидом в течение определенного периода времени в связывающем буфере для измерения ассоциации, а затем переключаются на пустой связывающий буфер для измерения диссоциации. Схематическое изображение связывания аналита и соответствующих изменений в кривой связывания показано на рисунке 1B. Кроме того, белок-нуклеиновые взаимодействия также могут быть изучены с помощью обратного пути иммобилизации, при котором белок (приманка) захватывается биосенсором и взаимодействует с нуклеиновой кислотой (аналитом).
В настоящее время в продаже доступно множество приборов, работающих по принципу биослойной интерферометрии. Простой и экономичный инструмент известен как система Octet N1, которая имеет один канал для передачи данных. Он требует ручного управления, потребляет минимальный объем пробы (4 мкл) и выполняет анализ пробы при температуре окружающей среды 9,23. Этот одноканальный прибор может определять эффективность связывания белков с массой более 10 кДа и измерять сродство в микромолярном (μM) и наномолярном (нМ) диапазоне11,12. Некоторые приборы с 2, 8, 16 и 96 каналами для автоматического считывания данных также доступны и совместимы с форматами96 или 384 лунок 19,20. Некоторые из этих приборов также могут работать в диапазоне от 4 °C до 40 °C, обнаруживать биомолекулы с молекулярной массой до 150 Да и измерять сродство в диапазонеот миллимоляра до пикомолара 19,21. В то время как описанная система является экономичной, более дорогие приборы с несколькими каналами обеспечивают высокую пропускную способность автоматической обработки. Эти усовершенствованные системы обычно используются для определения характеристик и разработки биологических молекул лекарственных средств 9,23.
В настоящем протоколе описаны этапы, связанные с измерением параметров связывания репликационного белка А (RPA) с одноцепочечной ДНК (ss-DNA) с использованием одноканальной ручной системы биослойной интерферометрии. RPA представляет собой гетеротримерный, связывающий ssDNA-связывающий белковый комплекс, который играет важную роль почти во всех аспектах метаболизма ДНК, включая репликацию, репарацию и рекомбинацию ДНК24. Благодаря своему высокому сродству к одноцепочечной ДНК (измеренной в субнаномолярном диапазоне), она может быстро связываться с одноцепочечной ДНК, образующейся во время различных транзакций ДНК, защищать ее от нуклеолитической деградации и предотвращать импровизированное связывание других нижестоящих белков. РПА также играет решающую роль в предотвращении формирования неканонических вторичных и третичных структур, таких как G-квадруплексы25. RPA человека состоит из трех субъединиц: RPA70 (70 кДа), RPA32 (32 кДа) и RPA14 (14 кДа), также называемых RPA 1, RPA 2 и RPA 3, соответственно 24,26,27. Эти субъединицы содержат шесть олигонуклеотидных/олигосахаридных связывающих складок (OB-складок), помеченных от A до F. Среди них ДНК-связывающие домены (DBD) находятся на субъединицах RPA1 (DBD-A, DBD-B, DBD-C) и RPA2 (DBD-D)28. Сначала было высказано мнение, что в зависимости от длины ДНК RPA проявляет различные способы связывания, при которых различные DBD были задействованы на определенной длине ДНК29. Данные недавних структурных исследований и исследований отдельных молекул помогли уточнить эти модели, предположив, что связывание различных DBD RPA является более динамичным, чем первоначально предполагалось 30,31,32,33,34,35,36. Эта особенность свойства динамического связывания имеет важное значение для функционирования RPA, поскольку RPA должна быть способна плотно связываться с субстратом ДНК во время определенных транзакций ДНК; Тем не менее, он также должен иметь возможность вытесняться из субстрата, чтобы передать субстрат следующему белку в ходе биологического процесса. С помощью различных биохимических методов было определено, что KD для RPA составляет около 0,4 нМ для субстрата ss-(polydT)30 и 80 нМ и 200 нМ для субстратов ss-(polydA)257 и dG-(polydG)602 соответственно, что было измерено с помощью флуоресцентной поляризационной анизотропии (FPA)37,38. RPA также демонстрирует примерно в 50 раз большее предпочтение связыванию с последовательностями, богатыми пиримидином, по сравнению с пуринами. Несмотря на то, что различные биохимические методы определили различия в измерениях БК для РПА, все измерения были в наномолярном диапазоне, что свидетельствует о высоком сродстве связывания РПА с одноцепочной ДНК. С помощью флуоресцентной микроскопии полного внутреннего отражения (TIRFM) было обнаружено, что на основе длины ДНК RPA ассоциирована, по крайней мере, с двумя режимами связывания: одним, который был определен при быстрой диссоциации (Kd, 680 пМ) и медленно диссоциирующим (Kd, 60 пМ) комплексом33,39. Учитывая его ключевое участие почти во всех метаболических путях ДНК, существует большой интерес к созданию ингибиторов, которые могут препятствовать взаимодействию между RPA и одноцепочечной ДНК (ssDNA). Эти химические ингибиторы жизненно важны для нарушения реакции на повреждение ДНК, делая раковые клетки более восприимчивыми к повреждающим ДНК агентам, используемым в клинической терапии. Использование анализа BLI позволяет точно количественно оценить эффективность ингибитора в модуляции связывающей функции RPA40,41.
Настройка BLI позволяет выполнять различные настройки: базовую и расширенную кинетику. В режиме базовой кинетики анализ состоит из трех основных стадий: установление исходного уровня, ассоциация и диссоциация. Однако перед проведением этого анализа биосенсоры необходимо покрыть отдельно, используя либо прибор, либо вручную на лабораторном столе. И наоборот, режим расширенной кинетики выходит за рамки трех основных этапов, позволяя включать дополнительные шаги. Эти дополнительные этапы могут служить различным целям, таким как адаптация биосенсора к изменениям буфера или облегчение обнаружения последующих белковых взаимодействий. Усовершенствованная кинетика также позволяет очистить биосенсор от аналита с помощью хорошего метода регенерации для потенциального повторного использования, при условии, что приманка и биосенсор остаются нетронутыми. Как правило, расширенная кинетика используется вместо базовой кинетики, когда анализ включает в себя несколько этапов или анализ должен быть выполнен в более сложном формате.
В этом протоколе описаны оба метода с использованием одной и той же приманки [3'Bio-ss-poly (dT)32] и аналита (RPA). Для иммобилизации приманки будет использоваться биосенсор, покрытый стрептавидином, и будут получены измерения KD для анализируемого вещества. В этом протоколе описывается полный подход к проведению анализа BLI с использованием одноканальной инструментальной биослойной интерферометрии, охватывающий подготовку приманки для биосенсора, соображения по буферу и пошаговое описание процедуры.
Подробная информация о реагентах и оборудовании, использованном в исследовании , приведена в Таблице материалов.
1. Подготовка приманки, аналита, буферов и очистка дроп-держателя
2. Базовая кинетика
3. Настройка прибора для работы с расширенной кинетикой
В BLI белый свет отражается от границы раздела биослой/буфер и внутреннего опорного интерфейса к спектрометру. Результирующая интерференционная картина записывается, а спектральный сдвиг измеряется в течение определенного периода времени и изображается в виде отклика кривых связи в нм. Репрезентативный рисунок, показывающий наконечник биосенсора со связыванием аналита и без него и соответствующим спектральным сдвигом длины волны (нм), показан на рисунке 1. Кривые связывания соответствуют базовым линиям, загрузке приманки и ассоциации аналита с последующей диссоциацией аналита, как показано на рисунке 2.
Для этого анализа был приготовлен буфер для кинетики BLI, как указано в протоколе, и использован для получения акций 3'Bio-ss-poly (dT)32 и белковых запасов RPA. Рекомендуется использовать один и тот же буфер для всех разведений на протяжении всего анализа. Стрептавидиновый биосенсор гидратировали в буфере для кинетики BLI при комнатной температуре, а затем покрывали субстратом 3'Bio-ss-poly (dT)32 для базовой кинетики. Для оптимизации концентрации субстрата оценивали четыре концентрации, а также отрицательный контроль (0 нМ) (рис. 4). В качестве опорной кривой будет служить сенсорная грамма для подложки 0 нМ. Для анализа кинетики рекомендуется использовать более низкую плотность лиганда/приманки, которая обеспечивает достаточный сигнал для получения точных результатов 17,18. На рисунке 3 крутой рисунок сенсорных схем для концентрации субстрата 25 нМ, 50 нМ и 100 нМ может быть обусловлен измерением откликов в держателе капель и пробирке, которые имеют несколько иные условия (характер отражения, расстояние от поверхности сенсора до поверхности образца и т. д.) для биосенсора. Однако этап загрузки не является частью данных кинетики связывания для подгонки и не влияет на результат. Биосенсор загружали 12,5 нМ биотинилированным 3'Bio-ss-poly (dT)32 в течение 120 с и использовали для получения кривых связывания для пяти концентраций RPA.
Сенсорная схема для связывания RPA с использованием базовой кинетики показана на рисунке 4. Кривая связывания для белка 0 нМ будет служить ориентиром для вычитания. Мощность сигнала BLI будет увеличиваться с увеличением концентрации RPA до тех пор, пока иммобилизованная ДНК не будет насыщена. В этом анализе однонагруженный биосенсор использовали для изучения кинетики связывания одной концентрации RPA, после чего биосенсор подвергался процессу регенерации и повторно использовался для следующей концентрации. Регенерацию проводили погружением биосенсора в 0,15 М фосфорной кислоты на 30 с с последующей нейтрализацией в буфере BLI в течение 2 мин.
Сенсорная схема для связывания RPA с использованием расширенной кинетики показана на рисунке 5. Пять биосенсоров гидратировали с помощью буфера BLI в течение не менее 10 минут. Впоследствии каждый биосенсор нагружали субстратом 12,5 нМ 3'Bio-ss-poly (dT)32 в течение 120 с и использовали для оценки кинетики связывания при сингулярной концентрации RPA. В частности, для каждой концентрации анализируемого вещества выделяется один биосенсор.
После выбора опорных кривых анализируемые данные будут отображать только сенсорные граммы для концентраций белков (5 нМ, 10 нМ, 20 нМ и 40 нМ). Опорные кривые будут использоваться для нейтрализации фонового сигнала перед выравниванием кривых ассоциации и диссоциации.
Рисунок 1: Схематическое изображение анализа связывания биосенсора и взаимодействия лигандов. (A) Схема, иллюстрирующая покрытые приманкой биосенсоры в несвязанном и связанном с аналитом состояниях. Связывание аналита изменяет толщину биомолекулярного слоя на поверхности биосенсора, смещая интерференционную картину падающего белого света и вызывая сдвиг длины волны на кривой относительная интенсивность/длина волны. Кривые связывания генерируются путем измерения спектральных сдвигов (в нм) во времени. СА: стрептавидин, Б: приманка. (B) Диаграмма с подробным описанием связывания лиганда с биотинилированной приманкой из одноцепочечной ДНК, загруженной на стрептавидиновые биосенсоры, и соответствующими изменениями в кривой связывания, измеренными с помощью усовершенствованной кинетики. Анализ включает в себя несколько этапов: [A] Установление исходного уровня для биосенсоров, [B] Иммобилизация приманки 3'Bio-ss-poly(dT)32 на биосенсоре, [C] Погружение биосенсоров в буфер BLI для оценки уровня загрузки приманки, [D] Измерение ассоциации аналит-приманка путем погружения биосенсоров в буфер BLI с анализитом, и [E] Измерение диссоциации аналита путем погружения биосенсора обратно в буфер BLI. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.
Рисунок 2: Положения ползунка для держателя трубки и держателя капли по отношению к черному наконечнику стрелки. В положении A держатель пробирки будет находиться под биосенсором. В положении B держатель капли будет находиться под биосенсором. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.
Рисунок 3: Связывающая сенсорограмма для пяти концентраций (0 нМ, 12,5 нМ, 25 нМ, 50 нМ, 100 нМ) приманки 3'Bio-ss-poly (dT)32 на биосенсоре, покрытом стрептавидином. Эти сенсорные диаграммы представляют собой исходные данные. Время 0-30 с представляет собой исходный уровень биосенсора до загрузки, 30-150 с — загрузку приманки, а 150-270 с — второй базовый уровень, обеспечивающий стабильную связь некоторых молекул с сенсором. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.
Рисунок 4:Сенсорная диаграмма BLI, полученная с помощью базовой кинетики. Получены кривые связывания для четырех концентраций RPA (5 нМ, 10 нМ, 20 нМ, 40 нМ), связанных с иммобилизованным субстратом 3' Bio-ss-poly (dT)32. Черными линиями обозначены подходящие кривые, подходящие для модели 1:1. Фиолетовая линия представляет собой сенсорную грамму, соответствующую каждой концентрации. Время 0-150 с представляет ассоциацию, а 150-270 с — диссоциацию. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.
Рисунок 5: Сенсорная грамма BLI, полученная с помощью усовершенствованной кинетики. Кривые связывания для четырех концентраций RPA (5 нМ, 10 нМ, 20 нМ, 40 нМ), связанных с иммобилизованным субстратом 3' Bio-ss-poly (dT)32. Черными линиями обозначены подходящие кривые, подходящие для модели 1:1. Фиолетовая линия представляет собой сенсорную грамму, соответствующую каждой концентрации. Время 0-300 с представляет ассоциацию, а 300-450 с — диссоциацию. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этой цифры.
(А) | |||
Тип шага | Продолжительность (с) | Позиция | |
1 | Базис | 30 | Тюбик |
2 | Ассоциация | 120 | Капля |
3 | Диссоциация | 120 | Тюбик |
(В) | |||
Тип шага | Продолжительность (с) | Позиция | |
1 | Исходный базовый уровень | 30 | Тюбик |
2 | Погрузка | 120 | Капля |
3 | Базис | 30 | Тюбик |
4 | Ассоциация | 120 | Капля |
5 | Диссоциация | 120 | Тюбик |
Таблица 1: Настройки запуска. Настройки прогона для (A) базовой кинетики и (B) расширенной кинетики. Продолжительность этапов и положение биосенсора для каждого этапа, выполняемого во время анализа.
К Д (нМ) | Ошибка KD (нМ) | ка (1/мс) | ka Ошибка | КД (1/с) | kd Ошибка | |
Базовая кинетика | 5.5 | 0.2 | 2.24Э+05 | 1.58Э+04 | 1.23Э-03 | 7.19Э-05 |
Продвинутая кинетика | 6.8 | 0.2 | 1.18Э+05 | 6.59Э+03 | 8.11Э-04 | 2.26Э-05 |
Таблица 2: Проанализированные данные по базовой и продвинутой кинетике. В таблице проанализированных данных представлены расчетные значения для KD, ka и kd, а также их соответствующие погрешности.
Выпуск | Возможные причины | Предлагаемые решения |
Противоречивые результаты | Неправильная настройка прибора | Избегайте размещения прибора BLI рядом с центрифугой или любых других вибраций, которые могут повлиять на показания. |
Аномальные кривые | Старый/изношенный внутренний источник света. | Замените внутренний источник света/лампу. |
Не держите прибор под прямыми солнечными лучами. | ||
Старые/просроченные биосенсоры | Убедитесь, что биосенсоры запечатаны силикагелевыми пакетами и хранятся в сухом, прохладном и темном месте. | |
Пики/падения данных, нестабильная базовая линия, кривые, идущие ниже базовой линии, или смещение базовой линии | Рассогласование буфера | Используйте свежеприготовленные буферы. |
Все разведения делайте в одном буфере. | ||
Убедитесь, что на протяжении всего анализа используются одни и те же буферы. | ||
Пузырьки в образце | Тщательно центрифугируйте и пипетируйте образец. | |
Отфильтруйте образец с помощью фильтра 0,22 мкМ. | ||
Низкий сигнал | Неравномерная загрузка приманки | Увеличить продолжительность загрузки приманки. |
Низкая/высокая концентрация приманки | Оптимизируйте концентрацию приманки, проверив диапазон. | |
Скошенные ассоциативные кривые | Неспецифическое взаимодействие аналита и биосенсора | Гасят биосенсор с помощью соответствующего гасителя, например, биоцитина. |
Отсутствие изменений сигнала при диссоциации | Плотное связывание аналита | Норма для аналита с медленной скоростью выключения. Увеличить продолжительность диссоциации. |
Начальный дрейф вверх при диссоциации | Нестабильное взаимодействие приманки и аналита | Оптимизируйте концентрацию приманки и аналита. Отрегулируйте продолжительность ассоциации. |
Поддерживайте постоянный состав буфера и предотвращайте агрегацию белков. | ||
Ослабление сигнала после первоначальной загрузки приманки | Нестабильная приманка/приманка диссоциация от биосенсора. | Увеличьте концентрацию приманки и продолжительность этапа диссоциации. |
Таблица 3: Руководство по устранению неполадок с помощью анализов LI. Возможные проблемы и рекомендуемые решения.
Дополнительный рисунок 1: Домашняя страница программного обеспечения для оборудования. На скриншоте программного обеспечения показаны опции «БАЗОВАЯ КИНЕТИКА» и «РАСШИРЕННАЯ КИНЕТИКА» на левой панели. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать эту цифру.
Дополнительный рисунок 2: Страница программного обеспечения для базовой кинетики. На скриншоте программного обеспечения показаны детали эксперимента и настройка продолжительности для базовой кинетики. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать эту цифру.
Дополнительный рисунок 3: Репрезентативный рисунок, показывающий связывание аналита с иммобилизованным биосенсором приманки после многократной регенерации. Каждая цветная коробка представляет собой одну загрузку приманки, связывание аналита, за которым следует событие регенерации. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать эту цифру.
Дополнительный рисунок 4: Расширенная кинетика страницы программного обеспечения. На скриншоте программного обеспечения показаны детали эксперимента и настройка продолжительности для расширенной кинетики. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать эту цифру.
Возможность анализа кинетики связывания любого белка с его субстратом с помощью BLI позволяет выделить и охарактеризовать специфические факторы (такие как последовательность, структура или длина ДНК), регулирующие белок-ДНК-взаимодействиявнутри клетки. Система Octet N1, основанная на принципах биослойной интерферометрии, позволяет количественно измерять белок-белковые и белок-нуклеиновые взаимодействия. Кроме того, взаимодействия между липидами, антителами и малыми молекулами могут быть определены с использованием данной методики 42,43,44. Несмотря на то, что система довольно проста и понятна в использовании, есть некоторые нюансы, которые следует учитывать при использовании системы для измерения кинетики связывания.
В текущем протоколе измеряется кинетика связывания белкового комплекса RPA с одноцепочечной ДНК – взаимодействие, которое оценивалось на протяжении последних многих десятилетий. Поскольку RPA имеет несколько ДНК-связывающих доменов, исследования также были сосредоточены на вовлечении различных доменов при воздействии субстратов одноцепочечной ДНК разной длины. Исследования модульного связывания показали, что RPA вступает в контакт с 8-нтр одноцепочечной ДНК с низким сродством и переключается на высокоаффинное связывание при взаимодействии с одноцепочечной ДНК ~28-30 нт длиной33,39. Используя анализ BLI, для подложки из поли dT 32 нт KD был рассчитан как 5,5 нМ с использованием базовой кинетики и 6,8 нМ с использованием расширенной кинетики. Исследования с использованием других методов, таких как EMSA, флуоресцентная поляризационная анизотропия (FPA) и флуоресцентная микроскопия с полным внутренним отражением одной молекулы (smTIRF), последовательно обнаруживали значение KD в низком наномолярном диапазоне. Тем не менее, существует примерно 10-кратная разница между различными анализами. Это расхождение подчеркивает, что, хотя эти исследования дают ценную информацию о сродстве связывания, они не являются абсолютными величинами.
Оценивая кривую связывания, полученную на рисунках 4 и 5, очевидно, что аналит (RPA) не полностью диссоциирует от приманки [3' Bio-ss-poly(dT)32] в течение ограниченного времени. Учитывая, что RPA, как известно, очень медленно диссоциирует от субстрата в отсутствие конкурирующих белков, неудивительно, что мы не наблюдаем значительной диссоциации в анализе. Это также согласуется с нашим недавним отчетом, в котором мы должны были использовать 1000-кратное избыток конкурирующей одноцепочечной ДНК, чтобы показать диссоциацию RPA после связывания с субстратом45 многоцеклеточной ДНК с 28 нт. Weeramange et al. использовали альтернативный подход для анализа кинетики связывания, характеризующейся медленной диссоциацией, в частности, с использованием стационарной аппроксимации. Этот метод позволяет определить константу диссоциации (KD) исключительно на основе реакции связывания в равновесии, соответствующем плато кривой связывания46. Для достижения более точных значений KD следует проводить анализы с использованием различных концентраций анализируемого вещества, а полученные данные должны быть согласованы в глобальном масштабе.
Учитывая чувствительный характер кинетики BLI, крайне важно не загрязнять держатель прибора. Перед началом эксперимента держатель капли очищается с помощью 70% этанола и воды для удаления поверхностных загрязнений. Затем HCl (0,5 Н) используется для глубокой очистки держателя капли. Это необходимо для того, чтобы обеспечить удаление любых засохших капель из предыдущих экспериментальных запусков. Еще одна промывка этанолом и водой удаляет HCl. Наконец, держатель промывается буфером и готов к эксперименту. Держатель капли промывается буфером между заходами для удаления остатков приманки/белка. Четырехступенчатый протокол очистки, включающий этанол, воду, HCl и буфер, не является обязательным между прогонами одного и того же эксперимента, но рекомендуется перед началом нового эксперимента. Эта первоначальная подготовка имеет решающее значение, поскольку она гарантирует, что все оборудование не содержит загрязнений, создавая прочную основу для надежных результатов.
Аналогичным образом, перед проведением анализа BLI необходимо тщательно рассмотреть различные параметры, такие как выбор буфера, выбор биосенсора, оптимальная концентрация приманки и диапазон концентраций аналита. Несмотря на то, что BLI совместим с широким спектром буферов, крайне важно убедиться, что каждый компонент совместим и не мешает измерениям. Нестабильная базовая линия может быть вызвана неподходящим содержимым буфера или осадками в буфере. Некоторые детергенты могут вызывать аномальное связывание с белками, и, таким образом, концентрации этих агентов должны поддерживаться ниже критической концентрации мицелл для улучшения их солюбилизирующих свойств47,48. Также важно поддерживать один и тот же буфер на протяжении всего эксперимента, чтобы установить базовую кривую и сделать разведения приманки и аналита. Несоответствие буфера может привести к скачкам или падениям на кривой данных и привести к смещению базовой линии из-за изменений в окружающей среде биослоя. Рекомендуется начать с буфера, который ранее работал для интересующего белка, и использовать один и тот же буфер на протяжении всего анализа для гидратации биосенсоров и приготовления аналита и приманки. Кинетика BLI может учитывать различные буферы, устанавливая базовый уровень перед каждым использованием буфера. Для предотвращения неспецифического связывания в буфер можно добавить BSA (диапазон: 0,1-10 мг/мл) или Tween20 (диапазон: 0,005%-0,05%). Однако необходимо оптимизировать их концентрации в буфере19,21. Кроме того, можно также использовать коммерчески доступные блокирующие буферы (например, биоцитин).
Начало анализа биомолекулярных взаимодействий начинается с иммобилизации приманки на биосенсоре, что подчеркивает важность выбора подходящего биосенсора. Крайне важно учитывать чувствительность этих биосенсоров, их взаимодействие с приманкой и аналитом, потенциальное неспецифическое связывание и их способность сохранять биологическую активность после иммобилизации. Чаще всего используются взаимодействия биотина и стрептавидина, но в зависимости от приманки можно использовать и другие биосенсоры, такие как зонды anti-FLAG/FLAG, анти-GST/GST и анти-Fc/IgG.
Надлежащие меры контроля, относящиеся к анализу, имеют решающее значение для подтверждения результатов экспериментов и точного доступа к данным. Для большинства прогонов они включают в себя контроль без приманки и без аналита. Примеси в аналите или агрегации образцов также могут изменить сенсорную схему и привести к нестабильному базовому уровню. Концентрация и форма кривой связывания зависят от сродства к анализируемому веществу. В зависимости от индивидуального характера приманки и анализируемого вещества, эти временные интервалы могут быть скорректированы и оптимизированы. Кроме того, неспецифическое связывание также можно контролировать путем измерения взаимодействия между анализируемым веществом и биосенсором без оболочки. В базовой кинетике биосенсор с одним покрытием может быть использован для определения кривой связывания, по крайней мере, четырех различных концентраций аналита с регенерацией между различными образцами в наших анализах. При регенерации биосенсор очищается от связанного аналита и повторно используется для следующей концентрации аналита. В расширенной кинетике можно также использовать один биосенсор для нескольких концентраций аналита с регенерацией, но при этом можно включить стадию регенерации в анализ49,50.
Стрептавидиновые биосенсоры, использованные в эксперименте, обездвиживают биотинилированную приманку за счет нековалентного, почти необратимого и стабильного взаимодействия. Для получения точных данных необходима оптимизация плотности иммобилизованного лиганда на биосенсоре. Крутая кривая нагрузки может указывать на неравномерную загрузку. Перенасыщение биосенсора может привести к слабым неспецифическим взаимодействиям при более высоких концентрациях аналита или к повторному связыванию при более низких концентрациях аналита. И наоборот, загрузка приманки в низкой концентрации может привести к более низкому ответному сигналу, который слишком слаб для обнаружения. Как правило, постепенная загрузка предпочтительнее быстрой загрузки для обеспечения надлежащего покрытия биосенсора и предотвращения артефактов анализа17. Оптимальные результаты могут быть достигнуты путем выбора наименьшей концентрации приманки, которая дает ответный сигнал, отличающийся от установленного исходного уровня на этапе ассоциации аналита. Как правило, в безметочных анализах, таких как BLI или SPR, использование самой низкой концентрации, которая все еще обеспечивает достаточный сигнал, дает более точные результаты, так как более низкая нагрузка сводит к минимуму эффекты массопереноса и другие артефакты 49,50,51.
Диапазон концентраций аналитов может быть выбран на основе их известного значения KD . Выбор концентрации аналита, которая будет использоваться в анализе связывания, должен варьироваться от 0,1 до 10 раз выше ожидаемого или расчетного значения KD . Если значение KD неизвестно, диапазон концентраций можно оценить путем экспериментального получения данных BLI при различных концентрациях аналита. Увеличение концентрации лигандов должно приводить к соответствующему изменению кривой связывания. Если связывание с известным образцом отсутствует, это может быть связано с несколькими факторами, такими как деградация/иммобилизация приманки, обдирание приманки, неспособность взаимодействовать из-за агрегации лиганда или низкое качество биосенсорных наконечников. Руководство по устранению потенциальных проблем приведено в таблице 3.
Несмотря на то, что BLI не требует частого обслуживания оборудования и удобен в эксплуатации, он уступает по чувствительности SPR. Кроме того, ему не хватает строгого контроля над испарением17,49. При тестировании очень плотного связывания (KD = ниже диапазона pM) анализ обычно требует длительной диссоциации (в течение нескольких часов), и испарение может быть проблемой, которая приводит к изменениям. Несмотря на эти проблемы, анализ BLI без меток в режиме реального времени обеспечивает быстрые и точные кинетические параметры, что делает его надежным количественным анализом. BLI является разнообразным инструментом для исследовательских и аналитических приложений, что делает его ценным ресурсом для изучения сложных молекулярных взаимодействий.
Авторы не могут заявить о конфликте интересов.
Эта работа финансировалась за счет грантов Национального научного фонда (1929346) и Американского онкологического общества (RSG-21-028-01). Мы также хотели бы поблагодарить сотрудников Балакришнанской лаборатории за полезные дискуссии.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
0.5 mL Micro Centrifuge Tubes | Globe Scientific | 111554A | |
96 Well Standard Black Microplate | Dot Scientific | 4ti-0223 | |
Biotinylated poly dT Oligonucleotide | IDT | ||
Bovine Serum Albumin (BSA) | Sigma-Aldrich | A2153-10G | |
Dithiothreitol (DTT) | Dot Scientific | DSD11000-10 | |
Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) | Dot Scientific | DSE57020-500 | |
Hydrochloric Acid | Fisher Scientific | A144-500 | |
Kimtec Science Kimwipes | Kimtech | 34120 | |
Octet N1 Software | Sartorius | 1.4.0.13 | |
Octet SA Biosensor | Sartorius | 18-5019 | |
PBS pH 7.2 (10x) | Gibco | 1666711 | |
Personal Assay Octet N1 System | Sartorius | ||
Phosphoric Acid | Ward's Science | 470302-024 | |
Sodium Chloride (NaCl) | Dot Scientific | DSS23020-5000 | |
Tris Base | Dot Scientific | DST60040-5000 | |
Tween20 | Bio-Rad | 170-6531 |
Запросить разрешение на использование текста или рисунков этого JoVE статьи
Запросить разрешениеThis article has been published
Video Coming Soon
Авторские права © 2025 MyJoVE Corporation. Все права защищены