우리 교수 Zappavigna, 모 데 나 대학, 레지오 에밀리 아, 모 데 나, 이탈리아 pCCL PGKrtTA2S제공에 대 한 감사 합니다-m 2 플라스 미드. 우리 또한 pCMVSB100X 및 pT2/BH 플라스 미드에 대 한 교수 Z. Ivics (폴 Ehlrich 연구소, 랑겐, 독일)와 교수 Z. Izvak (Max Delbruck 센터 분자 의학, 베를린, 독일)를 인정합니다. 이 작품은 데 브라 국제 및 이탈리아어 정부 대학 및 연구에 의해 지원 되었다.

1입니다. 플라스 미드 고용
참고: 플라스 미드 pCCL-PGKrtTA2S-m 2는 친절 하 게 교수 Zappavigna (모 데 나 대학 및 레지오 에밀리 아, 모 데 나, 이탈리아)에 의해 제공. PCMVSB100X 플라스 미드 활동적인 transposase의 코딩 시퀀스를 들고와 pT2/BH transposon 플라스 미드 친절 하 게 제공한 교수 Z. Ivics (폴 Ehrlich 연구소, 랑겐, 독일)와 교수 Z. Izvak (Max Delbruck 센터 분자 의학, 베를린, 독일)입니다.
<ol><li>대장균 (대장균)에 모든 복제에 대 한 선택과 제한 효소 절차의 복제 전략 또는 복제할 파편의 PCR 증폭을 따릅니다. 주: 표 1 이 프로토콜에 플라스 미드의 모든 요약 합니다. 대 한 설명 및 각 플라스 미드에 대 한 참조가 제공 됩니다.</li>
</ol>2. 바이러스 성 벡터 생산
참고: 모든 바이러스 성 벡터는 기관 규칙 및 규정에 따라 BSL2 biosafety 견제 수준에서 생물 학적 후드에서 생산 됩니다.
<ol><li>Dulbecco의 수정이 글 중간에 문화 부착 HEK293T 세포 10 %HyClone 혈 청, 스-100 U/mL 페니실린와 2mm 글루타민 보충.</li>
	<li>하루 0: 5 15 cm 접시/바이러스 준비 및 매체의 30 mL에 씨앗 5.5x106 셀을 준비 합니다.</li>
	<li>제 1 일: Transfection<ol>
<li>Transfection를 시작 하기 전에 2 x HEPES 버퍼 식 염 수 (HBS) 100 mL를 준비: NaCl (5m) 5.6 mL HEPES (1 M) 10.0 mL 나2HPO4 (0.5 M) 0.3 mL 살 균 84.1 mL 물 PH 7.1 37%에 조정 HCl. 참고: 2 x HBS는 4 ° c.에 저장 될 수 있다 정확한 pH 효율적인 transfection에 대 한 매우 중요 하다. 최적의 pH 범위는 7.10 7.12.</li>
		<li>매체를 제거 하 고 추가 transfection 전에 신선한 중간 4 h의 22.5 mL/접시.</li>
		<li>HEK293T 셀 전송 플라스 미드, pMD.Lg/pRRE.D64VInt 포장 플라스 미드, pMD2.G 봉투 인코딩 플라스 미드와 pRSV-레 브 (표 1) 다음 금액/접시에 transfect: 플라스 미드 25.00 µ g를 전송 pMD.Lg/pRRE.D64VInt 16.25 µ g pMD2.G 8.75 µ g pRSV-레 브 6.25 µ g 참고: 플라스 미드 DNAs CsCl 프로토콜 Maniatis22 또는 내 무료 플라스 미드 정화 키트를 사용 하 여 설명에 따라 준비 됩니다.<ol>
<li>Resuspend 살 균 물의 1.125 ml DNA (4 플라스 미드의 혼합)의 56.25 µ g을 2.5 M CaCl2 (솔루션)의 125 µ L를 추가 합니다.</li>
			<li>살 균 15 mL 원뿔 원심 분리기 튜브 (솔루션 B)에 2 x HBS의 1.250 mL를 추가 합니다.</li>
			<li>추가 솔루션 (1.250 mL) B (1.250 mL)에 dropwise 버블링 하는 동안 1 개 또는 2 mL 피 펫 (transfection 솔루션, 총 볼륨 2.500 mL).</li>
			<li>실 온 (RT)에서 20 분 동안 품 어.</li>
			<li>Dropwise 셀 단층 transfection 솔루션 (2.500 mL)의 모든 배포 P1000 micropipette를 사용 하 여.</li>
		</ol>
</li>
		<li>37 ° C, 5% CO2에서 셀 문화 인큐베이터에서 밤새 품 어.</li>
	</ol>
</li>
	<li>주 2: 매체를 제거 하 고 15 mL 신선한 매체의 추가 (단계 2.1 참조).</li>
	<li>제 3 일: 수집 하 고 집중 lentiviral 입자 포함 된 상쾌한.<ol>
<li>모든에서 상쾌한 (~ 70 mL)를 수집 (n = 5) transfected 세포 판, 0.45 μ m PESS 필터링 및 2 polyallomer 튜브 (1 인치 x 3.5 인치) 작성을 통해 필터 / 바이러스 준비.</li>
		<li>브레이크를 가진 15 ° C에서 2.5 h 106000 x g에서 ultracentrifugation에 의해 벡터 입자를 집중.</li>
		<li>즉시 부드럽게 ()을 피하기 위해 튜브에 펠 릿의 물의 resuspension ultracentrifugation를 중지 한 후 10% 표 백제를 포함 하는 컨테이너에는 상쾌한을 부 어 및 1 x PBS의 100 µ L에 2 겨우 보이는 알갱이 일시 중단 (+ 1 %BSA). 이 펠 릿은 명확 하 고 매우 작은 정상입니다. 집중된 벡터 갓, 또는 aliquot를 사용 하 고 바이러스 준비-80 ° c.에 저장 주의:는 상쾌한 lentiviral 입자를 생물 학적 폐기물에서 폐기 하기 전에 철저 하 게 표백 해야 합니다 포함 되어 있습니다.</li>
	</ol>
</li>
	<li>바이러스 성 벡터 준비 적정, 에이즈-1 개 그 p24 immunocapture 키트 제조 업체의 프로토콜에 따라 사용 합니다. 참고: 바이러스 성 벡터 생산 표준화, 리 기반 시 약 채택 될 수 있었다. 그럼에도 불구 하 고, 바이러스 성 벡터 titer는 transfection 효율 및 플라스 미드 DNA의 순도 매우 의존 합니다.</li>
</ol>3. 인간의 세포 라인 (예를 들어, HeLa 세포)의 변환
참고: HeLa 세포는 Dulbecco의 수정된 독수리의 매체와 10% 태아 종 아리 혈 청, 스-100 U/mL 페니실린, 2mm 글루타민 보충으로 경작 된 표 1 은이 프로토콜에서 사용 하는 벡터의 모든 요약 되어 있습니다. 각 벡터에 대 한 설명을 제공 합니다. 헬러 세포 변환 두 IDLV 벡터의 좋은 복용량 조합에 SB transposase의 transcriptional 규칙의 확인을 수 있습니다. IDLV 복용량의 벡터 입자 적정 및 대상 셀 형식을 관련이 있을 수 있습니다.
<ol><li>하루 0: 3 ml 6 잘 플레이트의 각 음에 대 한 매체의 씨앗 2 x 105 셀. 4 우물을 준비 합니다.</li>
	<li>HeLa 세포의 제 1 일: 변환입니다.<ol>
<li>각 조건에 대 한 희석 lentiviral 벡터 1 mL 매체의 마지막 볼륨 (위의 참고 참조) polybrene (최종 농도 8 μ g/mL)의 10 μ의 존재: 잘 # 1에 대 한 희석: 모의 불리고 셀 (부정적인 제어). 잘 # 2에 대 한 희석: IDLVTKSB 벡터 (2600 p24의 ng). 웰 스 #3, # 4에 대 한 희석: IDLVTKSB 벡터 (2600 p24의 ng) + IDLVrtTA2s-M2 벡터 (9600 p24의 ng).</li>
		<li>HeLa 세포 주 0에 도금 했다 각 우물에서 매체를 제거 하 고 해당 잘 lentiviral 벡터 희석을 추가 합니다.</li>
		<li>Spinoculate에서 20-25 ° C, 및 다음 이전 6 잘 플레이트 37 ° C, 5% CO2셀 문화 인큐베이터에서 45 분 754 x g 6 잘 플레이트.</li>
		<li>6 h 후 모든 우물에 신선한 매체와 매체 포함 벡터를 대체 하 고 추가 doxycycline 잘 # 4에 1 μ M. 48 h에 대 한 37 ° C에서 셀 문화 인큐베이터에 접시를 넣어.</li>
	</ol>
</li>
	<li>주 3: RNA 추출에 대 한 셀 펠 릿의 준비.<ol>
<li>세포를 분리 하기 전에 트립 신 작업 솔루션 (1x) 준비: 2.5 %trypsin (10 배) 5.0 mL 500 mM EDTA (최종 농도 = 5 m m) 0.5 mL mL PBS 44.5 x 1</li>
		<li>사용 하기 전에 37 ° C에서 따뜻한 trypsin 작업 솔루션입니다. 4 ° c.에 트립 신 작업 솔루션 저장</li>
		<li>매체를 제거 하 고 씻어 1 x PBS와 셀. 각 우물을 미리 데워 진된 37 ° C의 트립 신 작업 솔루션의 0.5 mL을 추가 하 고 (셀 문화 인큐베이터)에서 7 분 동안 37 ° C에서 품 어.</li>
		<li>부 화 후 추가 포함 하는 혈 청 0.5 mL trypsin 및 원심 분리기 튜브에 수집 셀 비활성화를 각 잘 중간. 1 x PBS의 3 mL에 각 잘 한 번 헹 구 고 5 분 240 x g 세포 현 탁 액을 원심.</li>
		<li>1 x PBS, 240 x g에 5 분 동안 원심 분리기의 5 mL로 세포 세척 하 고 상쾌한 삭제. 갓 수집된 셀 펠 릿을 사용 하 여 또는-80 ° c.에 저장 반 정량적 RT-PCR을 수행 하기 위해 펠 릿에서 총 RNA 추출 (6 단계 참조).</li>
	</ol>
</li>
</ol>4. 인간의 1 차 셀 (예를 들어, keratinocytes)의 변환
참고: 인간의 기본 keratinocytes 치명적 방사능된 3T3-J2 셀 (피더 레이어)23, 연의 Barrandon (EPFL, 로잔, 스위스)에서 종류 선물에 시드 있습니다.
<ol><li>Dulbecco의 수정이 글 중간 10% 기증자 소 혈 청, 스-50 U/mL 페니실린, 4mm 글루타민 (3T3 매체)와 보완에 스위스 마우스 J2 3T3 세포 성장.</li>
	<li>Keratinocytes 류 매체, Dulbecco의 수정이 글 중간에 햄의 F12 매체 혼합물 (3:1) 치명적 방사능된 3T3-J2 세포를 소 태아 혈 청 (10%), 페니실린-스 (1%), 글루타민 (2%), 인슐린 (5 µ g/mL), 아데닌 (를 포함 하는 도금을 성장합니다 0.18 m m), 하이드로 코 티 손 (0.4 µ g/mL), 콜레라 독 소 (0.1 nM), 및 triiodothyronine (2 nM).</li>
	<li>하루 0: 시드 3 x 105 치명적 3T3 J2 셀, 이전 1 X 105 셀/mL, 6 잘 플레이트의 각 우물에서의 최종 농도에 3T3 매체로 희석 반구. 9 웰 스를 준비 합니다.</li>
	<li>기본 keratinocytes의 제 1 일: 변환 참고: keratinocytes의 변환 (여 qRT-PCR) 두 IDLV 벡터의 좋은 복용량 조합에 SB transposase의 transcriptional 규칙의 부 량 수 (cytofluorimetric에 의해 통합의는 GOI (GFP) 대상 셀에서을 확인 하려면 분석)입니다.<ol>
<li>세포를 분리 하기 전에 트립 신 작업 솔루션을 준비: 0.5 트립 신-EDTA % (10 배) 5.0 mL 500 mM EDTA (최종 농도 = 5 m m) 0.5 mL mL PBS 44.5 x 1</li>
		<li>사용 하기 전에 37 ° C에서 따뜻한 trypsin 작업 솔루션입니다. 4 ° c.에 트립 신 작업 솔루션 저장</li>
		<li>문화에 subconfluent keratinocytes를 분리 하려면 매체를 제거 하 고 씻어 1 x PBS와 셀 각 우물을 미리 데워 trypsin 작업 솔루션의 1 mL를 추가. 셀 문화 인큐베이터에서 15 분 동안 37 ° C에서 품 어.</li>
		<li>Resuspend 우물의 세포는 부 화 후 철저 하 게 포함 하는 혈 청의 2 개 mL를 포함 하는 원심 분리기 튜브에 세포 현 탁 액을 전송 매체 (많은 세포는 여전히 연결 되어 있다면, 품 어 37 ° C에서 추가 분에 대 한). 3 mL PBS 또는 신선한 매체 x 1의 각 잘 한 번 헹 구 고 린스 솔루션 세포 현 탁 액을 원심 관에 추가.</li>
		<li>580 x g에 5 분 동안 centrifuge 고는 상쾌한 삭제.</li>
		<li>1 x PBS, 580 x g에 5 분 동안 원심 분리기의 5 mL로 세포 세척 하 고는 상쾌한 삭제.</li>
		<li>15 mL 폴 리 프로필 렌 튜브에 1.6x105 keratinocytes 류 매체, 각 조건에 대 한 희석의 1 mL에 희석.</li>
		<li>Polybrene (2 mL의 최종 볼륨에서 8 µ g/mL의 최종 농도)의 20 μ 존재 류 매체의 1 mL에 lentiviral 벡터 희석: 웰 스 #1, #2, # 3에 대 한 희석: 모의 불리고 셀 (부정적인 제어 벡터 없이). 웰 스 #4, # 5에 대 한 희석: IDLVTKSB 벡터 (13000 p24의 ng) + IDLVrtTA2s-M2 벡터 (48000 p24의 ng). 희석 우물 #6, #7, #8, #9: IDLVTKSB 벡터 (13000 p24의 ng) + IDLVrtTA2s-M2 벡터 (48000 p24의 ng) + IDLVT2 벡터 (9,160 p24의 ng).</li>
		<li>해당 keratinocyte 정지 (1 ml에서 1.6x105 keratinocytes)에 각 lentiviral 벡터 희석 (1 mL)을 추가 하 여 셀에에서 transduce.</li>
		<li>치명적 방사능된 3T3-J2 셀 0 및 그들에 불리고 플레이트 keratinocytes (2 ml에서 1.6x105 keratinocytes)에 시드에서 매체를 제거 합니다. 시험 잘 후 다음으로 진행 합니다.</li>
		<li>30 분, 25 ° C에서 품 어 그리고 셀 6 h에 대 한 셀 문화 인큐베이터에서 37 ° C에 전송. 참고: 생존 및 확산 강하게 영향을 받을 것으로 spinoculate 기본 keratinocytes를 하지 마십시오.</li>
		<li>6 h 후 각 잘 하 류 매체의 1 mL를 추가 합니다. #5, #8, #9 스에서 1 μ M doxycycline (최종 농도)를 추가 합니다. 37 ° c 셀 반환</li>
	</ol>
</li>
	<li>주 2: 10 ng/mL EGF와 KC 매체의 3 mL 류 매체를 바꿉니다.</li>
	<li>제 3 일: Trypsinize 고 웰 스 #1, #4, # 5로 설명 (참조 4.4.1 4.4.6) 앞에서 세포를 씻어. QRT-PCR 분석에 대 한 총 RNA 추출-80 ° C에서 펠 릿 셀 고정 (7 단계 참조).</li>
	<li>4.4.1 4.4.5 단계에 설명 된 대로 잘 #2, #6, # 8에서 셀 trypsinize 및 GFP 식에 대 한 cytofluorimetric 분석 수행 (단계 5 참조).</li>
	<li>#3, #7 및 #9 우물 적어도 3-4 doublings, 유엔 통합된 IDLVT2 벡터 (인간의 기본 keratinocytes 급지대 레이어에 도금에 대 한 일)을 희석 하기에 충분 한에 대 한 문화를 유지.</li>
	<li>제 6 일: 약 5 일 변환 게시, #3, #7 및 #9 GFP 식에 대 한 cytofluorimetric 분석을 수행 하기 위해 우물에서 (보십시오 단계 4.4.1 4.4.5) 셀 trypsinize (단계 5 참조). 참고: 실험 타이밍 및 변환 효율은 높은 영향을 기본 셀 유형 및 수집 된 샘플의 다양성.</li>
</ol>5. Cytofluorimetric 분석 기본 keratinocytes 불리고
참고: 블루 레이저를 사용 하 여 구성 흐름 cytometer (488 nm), 빨간 레이저 (633 nm) GFP와 APC 형광의 탐지는 사용에 대 한 필터 ( 자료 표참조).
<ol><li>3T3 J2 급지대 레이어에서 keratinocytes를 차별, 레이블 불리고 keratinocytes 3 일과 하루 6 (단계 4.7 그리고 4.9 참조)에서 분리 된 단일 클로 널 APC 마우스-활용된 안티 피더 항 체.<ol>
<li>각 샘플에 대 한 버퍼를 얼룩이 지기의 4 mL를 준비: 5% FBS 200 Μ 500 mM EDTA (최종 농도 = 2.5 m m) 20 μ PBS 1 x 3780 μ</li>
		<li>워시 버퍼를 얼룩이 지기의 1 mL와 분리 된 세포. 580 x g에 5 분 동안 centrifuge 고는 상쾌한 삭제.</li>
		<li>교류 cytometry 인수에 대 한 튜브에 얼룩 버퍼의 100 μ에서 5 x 104 셀을 resuspend 하 고 안티 피더 항 체 (1:50)의 2 μ를 추가 합니다. 잘 혼합 하 고 어둠 속에서 얼음에 30 분 동안 품 어.</li>
		<li>30 분 후 버퍼를 얼룩이 지기의 2 mL로 씻으십시오. 580 x g에 5 분 동안 centrifuge 고는 상쾌한 삭제. 버퍼를 얼룩이 지기의 200 μ에 resuspend.</li>
		<li>Cytofluorimetric 분석18에 의해 송출 및 GFP 신호를 취득 합니다. APC- 세포 인구의 GFP+ 셀 분수 불리고 keratinocytes를 나타냅니다. 참고: 원하는 경우, PBS 1에서에서 2 %paraformaldehyde cytometry 전에 스테인드 샘플 수정 x 및 실행까지 어둠 속에서 4 ° C에서 저장소.</li>
	</ol>
</li>
	<li>GFP+의 비율 사이 비율을 그려서 흐름 cytometry 데이터 분석끝점 (5 일)+GFP의 비율에서 셀셀 2 일 게시물 IDLVT2 불리고의 잔여 수준으로 정규화 변환 셀입니다.</li>
</ol>6. 반 정량적 RT-PCR
참고: PCR 열 cycler를 사용 합니다.
<ol><li>추출 총 RNA에서 불리고 또는 제조 업체의 프로토콜에 따라 RNA 정화 키트를 사용 하 여 셀을 제어 합니다. 참고: 총 RNA는-80 ° c.에 저장 될 수 있다</li>
	<li>100을 사용 하 여 20 µ L 반응에 cDNA 합성 총 RNA의 역전사 키트, 제조 업체의 프로토콜에 따라 ng. 참고: cDNA는-20 ° c.에 저장 될 수 있다</li>
	<li>SB100X, rtTA2s에 대 한 특정 디자인 뇌관-m 2와 GAPDH (내부 관리 유전자). 제안 된 디자인: SB 전달 뇌관: 5'-GCCACTCAGCAAGGAAGAAG-3' SB 반전 뇌관: 5'-GTGTTGGAAGACCCATTTGC-3' rtTAM2 전달 뇌관: 5'-GACGACAAGGAAACTCGCTC-3' rtTAM2 반전 뇌관: 5'-TTACCCGGGAGCATGTCAA-3' GAPDH 전달 뇌관: 5'-GACCACAGTCCATGCCATCAC-3' GAPDH 반전 뇌관: 5'-CCACCACCCTGTTGCTGTAG-3'</li>
	<li>50 µ L의 최종 반응 볼륨에서 PCR을 수행 합니다. 특히, 각 PCR 튜브에 조립 다음 반응: (6.2 단계)에서 (1:5 희석) cDNA 1.00 µ L 뇌관 (10 µ M 주식) 전달 1.00 µ L 반전 뇌관 (10 µ M 주식) 1.00 µ L dNTPs (10 µ M 주식) 1.00 µ L 버퍼 (+ MgCl2) (배 재고) 5.00 µ L Taq 중 합 효소 (5 U / µ L 주식) 0.25 µ L 메 마른 물 40.75 µ L</li>
	<li>열 cycler의 다음 프로그램을 사용 하 여: 1 주기 95 ° C에서 5 분 동안 다음 진행 95 ° C 30에 대 한 s, 58 ° C 30에 대 한 s, 및 72 ° C 30에 대 한 SB100X에 대 한 34 주기 위한 s, rtTA2s32 주기-M2 그리고 GAPDH 25 주기.</li>
	<li>1 %agarose 젤 준비. 비 커 나 플라스 크 (10 x 주식 살 균 물에 희석), x TBE 1의 100 ml에서 agarose의 1 g을 분해. 전자 레인지, 소용돌이 agarose는 완전히 용 해 될 때까지 매 순간에에서 녹아. 약 50 ° C를 도달할 때까지 녹 인된 agarose를 냉각 하 고 ethidium 평범한 사람 (10mg/mL 주식)의 5 µ L를 추가 합니다. 녹은 agarose 젤 캐스팅 빗 조립된 젤 트레이에 붓으십시오.</li>
	<li>Agarose 젤에 샘플 (10 µ L 각)를 로드 하 고 전기 영동을 수행.</li>
	<li>원하는 경우, 젤 그림을 취득 하 고 PCR 악대에 densitometric 분석을 수행.</li>
</ol>7. 양적 RT-PCR (qRT-PCR)
참고: 상업 시퀀스 검출 시스템 채택 된다. PCR 뇌관 및 6-carboxyfluorescein (FAM) 프로브 glyceraldehyde 3 인산 염 효소 (GAPDH)에 대 한 상업적으로 구매 된다.
<ol><li>복고풍-전사 단계 6.2 참조.</li>
	<li>소프트웨어를 사용 하 여 뇌관 디자인 및 SB100X에 대 한 특정 조사. 제안 된 디자인: SB.2 전달 뇌관: 5'-GAAGAAGCCACTGCTCCAAAA-3', SB.2 반전 뇌관: 5'-CCCCATGTGCAGTTGCAA-3' SB 팸 프로브: 5'-CATAAGAAAGCCAGACTACGG-3'</li>
	<li>PCR 주인 혼합으로 96 잘 접시에 실시간 PCR을 수행 하 고 프라이 머 + 프로브 믹스, 25 µ L의 최종 반응 볼륨에서. 특히, 각 잘 다음 반응을 고려 하십시오. cDNA (1시 10분 살 균 물에 희석) 1.00 µ L 마스터 믹스 12.50 µ L x 2 프라이 머 + 20 x 프로브 믹스 1.25 µ L 메 마른 물 10.25 µ L 참고: 3 중에서 모든 반응을 수행 합니다. Pipetting 오류를 방지 하려면 (cDNA) 없이 적어도 n + 3 반응에 대 한 혼합을 준비 합니다. 멀티 채널 피 펫을 사용 하 여 약 수입니다.</li>
	<li>다음 프로그램을 사용 하 여 실시간 PCR 실행: 95 ° c 10 분, 다음 95 ° C의 40 주기 1 주기 15 s와 1 분 및 4 ° c.에 보류에 대 한 60 ° C</li>
	<li>2-ΔΔCT 정량화, 일반적인 데이터 분석 소프트웨어를 사용 하 여 동일한 cDNA 샘플의 GAPDH의 수준에 SB100X의 상대 식 (RQ 값)을 정상화 하 여 qRT-PCR 데이터를 분석.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Mates, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+evolution+of+a+novel+hyperactive+Sleeping+Beauty+transposase+enables+robust+stable+gene+transfer+in+vertebrates.">Molecular evolution of a novel hyperactive Sleeping Beauty transposase enables robust stable gene transfer in vertebrates.</a> Nat Genet. 41 (6), 753-761 (2009).</li><li>Maiti, S. 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C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Correction+of+Recessive+Dystrophic+Epidermolysis+Bullosa+by+Transposon-Mediated+Integration+of+COL7A1+in+Transplantable+Patient-Derived+Primary+Keratinocytes.">Correction of Recessive Dystrophic Epidermolysis Bullosa by Transposon-Mediated Integration of COL7A1 in Transplantable Patient-Derived Primary Keratinocytes.</a> J Invest Dermatol. 137 (4), 836-844 (2017).</li><li>Zhang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integration+profile+and+safety+of+an+adenovirus+hybrid-vector+utilizing+hyperactive+sleeping+beauty+transposase+for+somatic+integration.">Integration profile and safety of an adenovirus hybrid-vector utilizing hyperactive sleeping beauty transposase for somatic integration.</a> PLoS One. 8 (10), e75344 (2013).</li><li>Zhang, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hybrid+adeno-associated+viral+vectors+utilizing+transposase-mediated+somatic+integration+for+stable+transgene+expression+in+human+cells.">Hybrid adeno-associated viral vectors utilizing transposase-mediated somatic integration for stable transgene expression in human cells.</a> PLoS One. 8 (10), e76771 (2013).</li><li>Turunen, T. 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J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effective+gene+therapy+with+nonintegrating+lentiviral+vectors.">Effective gene therapy with nonintegrating lentiviral vectors.</a> Nat Med. 12 (3), 348-353 (2006).</li><li>Dull, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+third-generation+lentivirus+vector+with+a+conditional+packaging+system.">A third-generation lentivirus vector with a conditional packaging system.</a> J Virol. 72 (11), 8463-8471 (1998).</li><li>Bak, R. O., Mikkelsen, J. 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저자는 공개 없다.

여기, 우리는 안정적으로 GOI 잠자는 미녀여 대상 세포의 게놈으로 통합 하는 광범위 하 게 액세스할 수 있는 방법론을 설명-이항 중재. SB 시스템 게놈 편집에 대 한 nonviral 방법을 제공 하기 위해 개발 되었습니다, 하지만 통합 기계 (transposase 및 T2 transposon)의 효율적인 제공은 필수입니다. 따라서, SB 시스템을 사용 하 여 거의 transfectable 1 차 셀에,에 SB 구성 요소의 바이러스 배달 최근 몇 년 동안10,,1215추구 되었다. 그러나,까지 고용 하는 바이러스 성 벡터의 아무도 지금 통제는 transposon의 rehopping의 위험에 발생할 수 있는 transposase의 구성 식의 문제를 해결.
Transcriptionally transposase 식 규제, 우리는 수정 된 Tet-켜 짐 시스템16의 이용을 했다. 최소한의 TK 발기인 TetO 요소 rtTA2s바인딩 시에 융합-M2 변조기 dox, 존재는 미세 조정 transposase 활성화의 배경 (오프 상태, dox의 부재에) 위에 수 여. 규제 성능은 적절 한 IDLVs에 따라 달라 집니다 (IDLVTKSB 및 IDLVrtTA2s-M2) 복용량 조합 벡터 세포 유형 (예를들면, HeLa 세포와 인간의 기본 keratinocytes)에. 대상 셀에서 독립적으로 벡터 복용량 세포 생존 능력을 영향을 주지 않고 대상 셀의 변환의 가장 높은 레벨을 확인 해야 합니다, 그리고 따라서 커지고 복용량 조합 실험 HeLa 세포 (또는 다른 셀 라인) 최적의 복용량을 정의 하 여 반 정량적 RT-PCR, 좋습니다.
GOI의 전위는 1 차 셀에 평가 했다. 인간의 기본 keratinocytes 치명적 방사능된 3T3-J2 급지대 레이어에 시드 3 IDLVs로 불리고 있었다 (IDLVTKSB, IDLVrtTA2s-m 2와 IDLVT2) 실험적으로 정의 된 복용량에서. transposase의 명확한 dox 종속 활성화 qRT-PCR에 의해 입증 되었다. 또한, GOI의 안정적인 통합 셀 dox, 차량 transcriptionally 규제 SB IDLV 플랫폼을 사용 하는 가능성을 나타내는의 유무에서 불리고 있는 GFP 식의 cytofluorimetric 분석에 의해 입증 되었다 1 차 셀을 대상 세포의 게놈에는 GOI의 성공적인 통합 구성 요소입니다.
프로토콜에 중요 한 단계는 IDLV 벡터 생산 및 최적의 효율성과 벡터 복용량 조합에서 대상 셀의 변환 합니다. HEK293T 셀의 낮은 transfection 효율 낮은 벡터 yield 발생할 수 있습니다. IDLVTKSB 및 IDLVrtTA2s의 복용량의 정의-m 2는 높은 시키는 dox 처리 시 TetOTK 발기인의 낮은 배 유도 또는 변조기의 부재에서 발생할 수 있습니다 Tet에 구성 요소의 불균형을 방지 하는 데 필요한. 이러한 중요 한 단계 작은 수정에 의해 해결 될 수 있습니다. 예를 들어, transfection 프로토콜 상업 transfection 시 약을 사용 하 여 표준화 될 수 있다. 변환 프로토콜 spinoculation 세포 생존 능력을 영향을 주지 않고 변환 효율성을 증가 하는 여부 고려 특히 관심의 세포 유형 적응 해야 합니다. 벡터와 polybrene을 대상 세포의 배양에 추가 하 고 6 h 또는 하룻밤 부 화 후 신선한 매체와 대체 수 있습니다. GFP+ 의 비율 5 일 후 변환 IDLVs의 배경 통합에 의해 영향을 받을 수 있는 전지 무 가치 이기도 합니다.
이 방법의 작은 한계가 이다 IDLV 벡터 뚜렷이 HEK293T 세포의 transfection에 의해 생산 됩니다. 벡터에 따라 사용할 수 복용량 반복 벡터 제작이 필요. 두 번째 한계는 IDLV 벡터의 화물 용량은 약 8 kb로 GOI, 길이 관련이 있습니다.
결론적으로,이 방법은 여기 GOI SB 시스템을 제공 하는 기존의 방법 중 광범위 한 차 있는 굴곡 운동 및 높은 변환 효율을 표시 하는 IDLV 벡터에 패키지 transcriptionally 규제 SB 구성 요소를 통해 통합 수 있습니다. 또한, 수정된 Tet-켜 짐 시스템 다시 호핑 transposon의 위험 또는 필요한 경우 여러 직렬 이항 이벤트 관련 문제를 SB100X 식의 transcriptional 규칙을 허용 합니다. 이 방법의 가능한 응용 프로그램 설정 바이러스 성 벡터에 대 한 안정적인 포장 셀을 셀 라인 (예를 들어, HeLa 세포, HEK293 세포)의 게놈 엔지니어링 등 임상 관련 기본 세포에 치료 유전자의 통합.

T2 기반 transposon에 결합 된 활동적인 SB100X transposase 전 임상 유전자 치료 응용 프로그램1,2,3, 게놈 수정4,5에 이미 사용 되 고 유도 만능 줄기 세포 (iPSC) 프로그래밍6,7. 일반적으로, SB 구성 요소 정도 플라스 미드 transfection에 의해 제공 됩니다 및 강한 제정 발기인 드라이브는 transposase의 표현. 그러나, transfection의 향상 된 새로운 방법에도 불구 하 고 배달 두 구성 요소 시스템의 많은 응용 프로그램에 대 한 도전 남아 있습니다. 따라서, 새로운 배달 프로토콜의 개발 증가 관심이 있다. 플라스 미드8 및 mRNA9transfection 방법, 외 바이러스 배달 adenoviral10,11, adeno 관련 바이러스 (AAV)12, 잠재13, gammaretroviral14에 따라 및 lentiviral 벡터15 과거에 제안 되었습니다. 특히, 선택의 시스템에 바이러스 성 벡터의 통합 없이 SB 부품의 과도 납품을 보장 해야 합니다. 그럼에도 불구 하 고, transposase의 구성 식 안전 관심사는 transposon의 통제 rehopping의 위험으로 인해 발생 합니다.
따라서, 세련 된 Tet-켜 짐 시스템에 의해 SB100X의 transcriptional 규칙은 첫 번째 도전 이다. 포진 심 플렉스 바이러스 1 (HSV-1)16, Timidine 키 니 아 제 (TK) 유전자의 최소 발기인 (-81)과 함께 원래 개발 된 최소한의 세포 (CMV) 발기인을 대체 하 여 얻은 수정된 Tet 응답 발기인 복제의 상류는 SB100X cDNA (pTetOTKSB100X) 돌연변이 역-항생물질-transactivator rtTA2s-M217 다른 플라스 미드에 복제 강한 제정 발기인 (phosphoglycerate 발기인, PGK)의 통제 표현 된다 (pCCL-PGKrtTA2S-M2). 문화 매체에 추가, dox 바인딩합니다 rtTA2s-M2 변조기 tethers Tet 발기인 복잡 하거나, SB100X 식18단단히 규제 유도 결과 및.
두 번째 주요 과제는 여러 가지 물리적, 화학적 방법으로 인간의 1 차 셀의 비효율적인 transfection에서 발생합니다. 효율적으로 인간의 세포 transfection는 SB100X 및 rtTA2s에 transposase를 전달 하기 위해-M2 식 카세트 2 통합 결함이 lentiviral 벡터 (IDLVs)19으로 포장 된다: IDLVTKSB 및 IDLVrtTA2s- M2입니다. 바이러스 성 벡터는 HEK293T 셀20 에 Vescicular 구내 염 바이러스 (VSV-G), 광범위 한 감염을 수 여 하의 당단백질 G와 pseudotyped 제 3 세대 벡터로 정도 생산 된다. 벡터 입자 ultracentrifugation에 의해 집중 되며 p24 immunocapture V 1 개 그에 의해 적정. 셀 라인 및 1 차 셀 transduce를 벡터 입자 polybrene에 complexed 고 dox의 유무에서 대상 셀으로 알을 품. 불리고 셀에 SB100X 식의 약 의존 활성화 양적 RT-PCR (qRT-PCR)18에 의해 측정 됩니다.
Tet 규제 SB100X 식 시연, 일단 대상 세포 게놈으로 GOI (예를 들어, 녹색 형광 단백질, GFP)의 전위 명확 하 게 박 고 Mikkelsen21에 의해 도식화 분자 이벤트를 다음과 같습니다. 제 3 IDLV 벡터 GOI T2 transposon 국세청 (IDLVT2) 간의 복제에 대 한 식 카세트는 건설 하 고 위에서 언급 한 대로 포장 운반. 마지막으로, 3 개의 IDLV 벡터 효율적으로 인간의 세포 (예를 들어, 기본 keratinocytes) 시험관에 transduce doxycycline18존재 GOI 통합을 사용할 수 있습니다.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Dulbecco&#8217;s modified Eagle&#8217;s medium with 4.5g/L glucose w/o L-Glutamine</td>
			<td>Lonza</td>
			<td>BE12-614F</td>
			<td>Cell culture medium.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HyClone Fetal Bovine Serum (U.S.), Characterized</td>
			<td>GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td>SH30071.03</td>
			<td>Serum used HEK293T cell culture for lentiviral particle production.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin 10.000 UI/ml Streptomycin 10.000 UI/ml</td>
			<td>Lonza</td>
			<td>DE17-602E</td>
			<td>Reagents for cell culture medium.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-Glutamine 200mM</td>
			<td>Lonza</td>
			<td>BE17-605E</td>
			<td>Reagent for cell culture medium.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Chloride (NaCl)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S7653</td>
			<td>Reagent for HBS 2X preparation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES Buffer, 1M Stock in normal saline</td>
			<td>Lonza</td>
			<td>BE17-737E</td>
			<td>Reagent for HBS 2X preparation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Disodium hydrogen phosphate dihydrate (Na2HPO4&#183;2H2O), 99.5%</td>
			<td>Merck</td>
			<td>106580</td>
			<td>Reagent for HBS 2X preparation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrochloric acid - ACS reagent 37% (HCl)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>320331</td>
			<td>Reagent for HBS 2X preparation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile water for injection</td>
			<td>Fresenius Kabi</td>
			<td>-</td>
			<td>Reagent for HBS 2X preparation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.45 &#181;m PESS filter</td>
			<td>Whatman</td>
			<td>10462100</td>
			<td>Filters used to remove cell debris from viral supernatant.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polyallomer Beckman tubes</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>326823</td>
			<td>Tubes for concentrating IDLV vectors by ultracentrifugation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS-1X w/o Ca, Mg</td>
			<td>Lonza</td>
			<td>BE17-516F</td>
			<td>Buffer for cell wash and lentiviral particle resuspension.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine Serum Albumin (BSA)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A2153</td>
			<td>(Optional) Buffer for lentiviral particle resuspension.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HIV-1 Gag p24 immunocapture kit</td>
			<td>Perkin Elmer</td>
			<td>NEK50001KT</td>
			<td>Kit for IDLV particle titration.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polybrene</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>107689</td>
			<td>Reagent to enhance transduction efficiency.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin (10X) 2.5% in HBSS w/o Ca, Mg</td>
			<td>GIBCO</td>
			<td>BE17-160E</td>
			<td>Reagent to detach HeLa cells (stock solution, to be diluted).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt (EDTA)</td>
			<td>100938B</td>
			<td>AnalaR BDH</td>
			<td>Reagent for trypsin working solution preparation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.5% Trypsin-EDTA, no phenol red (10X)</td>
			<td>GIBCO</td>
			<td>15400-054</td>
			<td>Reagent to detach keratinocytes (stock solution, to be diluted).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Donor Bovine Serum, New Zealand Origin</td>
			<td>GIBCO</td>
			<td>16030-074</td>
			<td>Serum for Swiss mouse 3T3-J2 cell culture (feeder layer).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ham&#8217;s F12 media</td>
			<td>GIBCO</td>
			<td>21765</td>
			<td>Medium for keratinocytes.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal bovine serum</td>
			<td>Lonza</td>
			<td>DE14-801F</td>
			<td>Serum for HeLa cell culture medium.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal Bovine Serum, qualified, Australia Origin</td>
			<td>GIBCO</td>
			<td>10099-141</td>
			<td>Serum for human primary keratinocyte culture medium.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Insulin from bovine pancreas</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>I5500</td>
			<td>Reagents for keratinocyte growth.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Adenine</td>
			<td>VWR</td>
			<td>1152-25</td>
			<td>Reagents for keratinocyte growth.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrocortisone</td>
			<td>VWR</td>
			<td>3867-1</td>
			<td>Reagents for keratinocyte growth.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cholera Toxin from Vibrio cholerae</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C8052</td>
			<td>Reagents for keratinocyte growth.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triiodothyronine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T5516</td>
			<td>Reagents for keratinocyte growth.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Human EGF</td>
			<td>Austral Biological</td>
			<td>GF-010-9</td>
			<td>Reagents for keratinocyte growth.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mouse monoclonal APC-conjugated Anti-Feeder antibody</td>
			<td>Miltenyi Biotech</td>
			<td>130-096-099</td>
			<td>To label feeder layer.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RNeasy Plus Mini Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>74134</td>
			<td>RNA purification kit.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SuperScript III Reverse Transcriptase</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>18080051</td>
			<td>Reverse transcriptase kit.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deoxynucleotide Mix, 10 mM (dNTP)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D7295</td>
			<td>Reagent for semi-quantitative PCR.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UltraPure DNase/RNase-Free Distilled Water</td>
			<td>(any)</td>
			<td>-</td>
			<td>Reagent for semi-quantitative PCR and for qRT-PCR.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GoTaq G2 Hot Start Polymerase</td>
			<td>Promega</td>
			<td>M740B</td>
			<td>Taq polymerase.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agarose, for molecular biology</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A9539</td>
			<td>Reagent for agarose gel electrophoresis.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UltraPure TBE Buffer, 10X</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>15581028</td>
			<td>Reagent for agarose gel electrophoresis, to be dilute (1X) in ddH2O.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethidium bromide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E1510</td>
			<td>Reagent for agarose gel electrophoresis.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Doxycycline</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D-9891</td>
			<td>drug to induce transposase expression in HeLa cells and in keratinocytes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TaqMan Universal PCR Master Mix</td>
			<td>Applied Biosystem</td>
			<td>4304437</td>
			<td>TaqMan Universal PCR Master Mix including primers and probe.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15mL High Clarity polypropylene Centrifuge Tube, Conical Bottom, with Dome Seal Screw Cap, Sterile</td>
			<td>Falcon Corning</td>
			<td>352096</td>
			<td>Tubes for cell collection and vector dilution preparation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>150 mm TC-Treated Cell Culture Dish with 20 mm Grid, Sterile</td>
			<td>Falcon Corning</td>
			<td>353025</td>
			<td>Cell culture dish for viral production.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>6 Well Clear Flat Bottom TC-Treated Multiwell Cell Culture Plate, with Lid, Individually Wrapped, Sterile</td>
			<td>Falcon Corning</td>
			<td>353046</td>
			<td>Cell culture plate for HeLa and human primary keratinocyte transduction.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Safe-Lock microcentrifuge tubes, volume 1.5 mL</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>0030 120.086</td>
			<td>Tubes for dilution preparation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Safe-Lock microcentrifuge tubes, volume 2 mL</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>0030 120.094</td>
			<td>Tubes for dilution preparation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.2ml PCR Tubes with flat caps, RNase, DNase, DNA and PCR Inhibitor free</td>
			<td>(any)</td>
			<td>-</td>
			<td>Tubes for semi-quantitative PCR.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MicroAmp Fast Optical 96-Well Reaction Plate with Barcode, 0.1 mL</td>
			<td>Applied Biosystem</td>
			<td>4346906</td>
			<td>96-well for qRT-PCR.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5mL Round Bottom Polystyrene Tube, without Cap</td>
			<td>BD Falcon</td>
			<td>352052</td>
			<td>Tubes for flow cytometry acquisition.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Disposable Serological Pipets, Polystyrene, Individually Wrapped, Sterile (different volumes)</td>
			<td>(any)</td>
			<td>-</td>
			<td>Pipettes for sterile tissue culture applications.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter Tips, Sterile, and RNase, DNase, DNA and Pyrogen free (different volumes)</td>
			<td>(any)</td>
			<td>-</td>
			<td>Filter tips for sterile tissue colture and molecular biology applications.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pH meter</td>
			<td>(any)</td>
			<td>-</td>
			<td>Equipment for measurement of HBS 2X pH.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PCR Thermal cycler</td>
			<td>(any)</td>
			<td>-</td>
			<td>Equipment for semi-quantitative PCR.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agarose gel electrophoresis equipment</td>
			<td>(any)</td>
			<td>-</td>
			<td>Equipment for agarose gel electrophoresis of semi-quantitative PCR.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BD FACS Canto II 2LSR 4/2</td>
			<td>BD</td>
			<td>-</td>
			<td>Flow cytometer.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>7900HT Fast Real-Time PCR system</td>
			<td>Applied Biosystem</td>
			<td>7900HT</td>
			<td>Equipment for qRT-PCR.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Benchtop centrifuges for efficient sample processing in cell culture applications, refrigerated, with microplate buckets.</td>
			<td>(any)</td>
			<td>-</td>
			<td>Centrifuge for cell culture processing and spinoculation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Optima L-90K Ultracentrifuge equipped with SW32TI rotor</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>-</td>
			<td>Ultracentrifuge for lentiviral particle production.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Equipment for cell culture and molecular biology laboratory (e.g., Class II laminar flow hood designed for work involving BSL2 materials, cell culture incubator,refrigerators and freezers (+4 &#176;C, -20 &#176;C, -80 &#176;C), micropipettes and pipet-aid).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Protective laboratory coats, gloves, face protection in accordance with Institute rules and regulations, in particular for lentiviral particle production and transduction.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

an efficient in vitro transposition method by a transcriptionally regulated sleeping beauty system packaged into an integration defective lentiviral vector

잠자는 미녀 (SB) transposon는 유전자 이동 및 기능 유전체학에 대 한 입증 된 효능 비 바이러스 성 통합 시스템입니다. SB transposon 기계를 최적화 하려면 transcriptionally 규제 활동적인 transposase (SB100X) 및 T2 기반 transposon 고용 됩니다. 일반적으로, transposase와 transposon 제공한 정도 플라스 미드 transfection 그리고 SB100X 식 제정 발기인에 의해 구동 됩니다. 여기, 우리는 여러 가지 물리적, 화학적 transfection 방법 SB100X 식 제어 통합 하 고 안정적으로 "잘라내기 및 붙여넣기" SB 통해 관심 (GOI)의 유전자에는 인간의 세포에 SB 구성 요소를 제공 하는 효율적인 방법 설명 메커니즘입니다. 활동적인 transposase의 식은 단단히 Tet에 시스템, 1992 년부터 유전자 발현 제어를 널리 의해 제어 됩니다. 관심사의 유전자는 T2 transposon의 거꾸로 반복 (IR)에 의해 측면 이다. 두 SB 부품 결함이 lentiviral 벡터 뚜렷이 HEK293T 세포에서 생산 하는 통합에 포장 됩니다. 인간 세포, 세포 선 또는 인간 직물에서 1 차 셀에 체 외에 바이러스 성 벡터와 정도 불리고 있습니다. 문화 매체에 doxycycline (dox, 항생물질 아날로그)의 추가, 시 transposase 식의 미세 조정 측정 되 고 긴-지속적인 통합 치료 세포의 게놈의 유전자의 결과. 이 방법은 효율적이 고 셀 라인 (예를 들어, HeLa 세포) 및 1 차 셀 (예를 들어, 인간의 기본 keratinocytes)에 적용 되 고 따라서 유전 공학 및 유전자 치료 이동에 대 한 유용한 도구를 나타냅니다.

여기, 제시 된 절차를 사용 하 여 레 귤 레이트 된 SB 부품을 운반 하는 3 개의 IDLV 벡터 (SB100X, rtTA2S-m 2와 t 2-GFP transposon) 포장 하 고 효율적으로 제공 하 고 밀접 하 게 인간의 세포에서 SB 시스템을 조절 하는 데 사용 했다. 그림 1A 는 생체 외에서 변환 HeLa 세포 ( 표 2에 보고 된) 두 IDLV 벡터의 좋은 복용량 조합으로 SB transposase의 transcriptional 규칙을 평가 하기 위해 수행을 위한 계획을 보여 줍니다. SB100X의 transcriptional 규칙 qRT-PCR (그림 1B)에 의해 측정 되었고 오프 상태에 관하여 상대 양 (RQ) 값으로 플롯 (IDLVTKSB 혼자 RQ = 1). 불리고 HeLa 세포에는 원죄 활성화 (dox)의 + SB100X 식 배경 (IDLVTKSB)을 통해 얻은 것입니다. 특히, rtTA2sTetTK 발기인의 꽉 컨트롤을 나타내는 cotransduced 헬러 세포 dox의 부재에서 나타났다 transposase 식 오프 상태에 비해-M2 변조기.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56742/56742fig1.jpg"> 그림 1: 헬러의 변환 transcriptionally 규제 SB transposase IDLV 벡터에 의해 수행의 표현에 대 한 셀. (A)는 체계 HeLa 세포의 생체 외에서 변환에 대 한 IDLVs와 transposase의 표현에 대 한. IDLVTKSB로 불리고 HeLa 세포의 (B) qRT-PCR 분석 (2600 p24의 ng)에 (+) (-)의 유무 IDLVrtTA2S-M2 (9600 p24의 ng)와 1 µ M doxycycline (dox). 크게 다른 값을 표시 하는 샘플을 연결 하는 파선 (* * * P < 0.005). 실험 3 중에서 수행 되었다. 의미 S.E.M 오차 막대로 표시 됩니다. (그림에서 Cocchiarella, F. 그 외 여러분, 201618수정). <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56742/56742fig1large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
예를 들어, 그림 2 는 transposase의 최적의 transcriptional 규칙에 도달 하도록 설정 하는 실험에 이르기까지 복용량. HeLa 세포는 복용량을 증가 함께 불리고 있었다 (130, 260, 및 2600 p24의 ng) IDLVrtTA2s함께에서 IDLVTKSB의-M2 (p24의 960와 9600 ng), dox의 유무에서. 반 정량적 RT-PCR 분석은 명확 하 게 두 IDLVs의 고용량 강하게 SB100X 식 유도 필요 했다 보여줍니다. 다른 대상 셀 형식과 유사 바이러스 성 벡터 적정 섭 최적의 SB 식에서 발생할 수 있습니다 그리고 그러므로 권장 복용량 설정 실험을 수행.
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56742/56742fig2.jpg"> 그림 2: 두 IDLVs의 최적 복용량 조합 정의를 HeLa 세포에서 IDLV 복용량 설정 실험. IDLVTKSB 벡터의 다른 복용량으로 불리고 공동 HeLa 세포에 반 정량적 RT-PCR 분석 (130, 260, 및 2600 p24의 ng) 부재 또는 IDLVrtTA2s의 존재-M2 벡터 (p24 960와 9600 ng)와 dox. GAPDH는 표준 컨트롤로 증폭 되었다. SB100X transposase 및 rtTA2s-모든 시험된 조건;에서 M2 식 보고 NC = 부정적인 제어. (그림에서 Cocchiarella, F. 그 외 여러분, 201618수정). <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56742/56742fig2large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
Transcriptional 규제 SB 시스템 기본 셀, 특히 인간의 기본 keratinocytes 등 여러 transfection 방법에 강한 셀에에서 사용 될 수 있습니다. 그림 3 은 치명적에 재배 기본 keratinocytes의 변환에 대 한 체계를 반구 3T3 J2 급지대 레이어, IDLV 벡터 dox SB100X 식 유도 유무에서 레 귤 레이트 된 SB 구성 요소를 들고와 보여준다.
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56742/56742fig3.jpg"> 그림 3: IDLV와 함께 인간의 기본 keratinocytes의 정지에서 변환 transcriptionally 규제 SB transposase 및 transposon의 표현에 대 한 벡터. 1 µ M dox의 유무에서 SB transposase 및 transposon, transcriptionally 규제를 표현 하는 생체 외에서 IDLVs와 함께 인간의 기본 keratinocytes의 변환에 대 한 체계. <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56742/56742fig3large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
최고의 조합 transposase 및 변조기 벡터, 표 2에 보고의 복용량 그림 4A 쇼에서 qRT-PCR 분석 결과 SB 식의 15 활성화 오프 상태 이상 (-dox). 이항 실험 3 IDLV 벡터와 불리고 keratinocytes에서 수행 되었다 (IDLVTKSB, IDLVrtTA2s-m 2와 IDLVT2)에 dox의 유무. 식의는 GOI (GFP) beared T2-transposon, APC- 구획에 의해 교류 cytometer 분석 2 일 후 변환 (dpt)와 문화 (5 일 인간의 기본 keratinocytes)의 endopoint에서 측정 했다. 끝점은 unintegrated T2-GFP transposon 거의 감지 수준 (0.6%의 평균) 세포 분열-종속 희석 때문에 떨어질 때 도달 되었다. 그림 4B 끝점 및 2 일 APC- 구획에 셀 게시물 혼자 transposon의 잔여 수준으로 정규화 변환 GFP+ 의 비율 사이 비율을 보여 줍니다. 이 호스팅 1 사본의 표현된 GOI 인간의 기본 keratinocytes 12%에서 평가 하는 그들의 게놈에 안정적으로 통합 하는 세포의 백분율을 나타냅니다.
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56742/56742fig4v2.jpg"> 그림 4: 인간의 기본 keratinocytes 불리고 transposase GFP의 식의 분석. (A) IDLVTKSB와 IDLVrtTA2S M2 1 µ M dox의 유무에 불리고 기본 keratinocytes qRT-PCR 분석 결과. (B) transposase 식 dox의 유무에 대 한 IDLVT2 transposon 및 IDLVs 기본 keratinocytes 공동 변환 Y, %GFP+ 세포 5dpt %GFP+ 세포 2 / dpt * 100 (± sem의 두 실험의 의미). * * 크게 다른 값을 표시 (P < 0.05). (그림에서 Cocchiarella, F. 그 외 여러분, 201618수정). <a href="//cloudflare-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/56742/56742fig4v2large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>플라스 미드</td>
			<td>설명</td>
			<td>참조</td>
		</tr>
<tr>
<td>pCCL-TetOTKSB</td>
			<td>IDLVTKSB 벡터를 생성 하는 데 사용 하는 플라스 미드를 전송 합니다. 이 플라스 미드 TetOTKSB pCCL lentiviral 등뼈에 복제 한 후 pTetOTKSB에서 파생 된.</td>
			<td>18, 20</td>
		</tr>
<tr>
<td>pCCL-PGKrtTA2S-M2</td>
			<td>IDLVrtTA2s생성 하는 데 사용 하는 플라스 미드를 전송-M2 벡터.</td>
			<td>교수 V. Zappavigna에 의해 제공</td>
		</tr>
<tr>
<td>pCCL-T2GFP</td>
			<td>IDLVT2 벡터를 생성 하는 데 사용 하는 플라스 미드를 전송 합니다. 이 플라스 미드 복제 pCCL lentiviral 등뼈에 T2 transposon 국세청 사이 GFP 후 pT2GFP에서 파생 된.</td>
			<td>18, 20</td>
		</tr>
<tr>
<td>pMD.Lg/pRRE.D64VInt</td>
			<td>IDLV 벡터 생성 하 플라스 미드를 포장.</td>
			<td>19</td>
		</tr>
<tr>
<td>pMD2.G</td>
			<td>VSV G 봉투 lentiviral 벡터 생성 하 플라스 미드 코딩.</td>
			<td>20</td>
		</tr>
<tr>
<td>pRSV-레 브</td>
			<td>Lentiviral 벡터 생성 하 플라스 미드 목사</td>
			<td>20</td>
		</tr>
<tr>
<td>벡터</td>
			<td colspan="2">설명</td>
		</tr>
<tr>
<td>IDLVTKSB</td>
			<td colspan="2">통합 Tet 응답 TK 발기인 통제 SB100X의 표현에 대 한 결함이 lentiviral 벡터입니다.</td>
		</tr>
<tr>
<td>IDLVrtTA2s-M2</td>
			<td colspan="2">RtTA2s의 표현에 대 한 통합 결함이 lentiviral 벡터-M2 변조기 PGK 발기인의 통제.</td>
		</tr>
<tr>
<td>IDLVT2</td>
			<td colspan="2">통합 결함 lentiviral 벡터 GOI의 표현에 대 한 T2 transposon 국세청 간의 복제.</td>
		</tr>
</tbody></table>표 1: 플라스 미드 및 벡터가이 프로토콜에 고용. 설명 및 참조 제공 됩니다.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>벡터</td>
			<td>헬러 (2 x 105 셀)</td>
			<td>Keratinocytes (1.6x105 셀)</td>
		</tr>
<tr>
<td>IDLVTKSB</td>
			<td>2600 ng p24</td>
			<td>13000 ng p24</td>
		</tr>
<tr>
<td>IDLVrtTA2s-M2</td>
			<td>9600 ng p24</td>
			<td>48000 ng p24</td>
		</tr>
<tr>
<td>IDLVT2</td>
			<td></td>
			<td>9,160 ng p24</td>
		</tr>
</tbody></table>표 2: HeLa 세포와 인간의 기본 keratinocytes의 변환에 대 한 최적화 된 벡터 복용량.

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An Efficient In Vitro Transposition Method by a Transcriptionally Regulated Sleeping Beauty System Packaged into an Integration Defective Lentiviral Vector

효율적인 체 외에서 이항 메서드인 Transcriptionally 규제 자 아름다움 시스템 통합 결함이 Lentiviral 벡터에 포장 하 여

이 프로토콜 transcriptionally 규제 잠자는 미녀 시스템에 의해 인간 게놈에 관심사의 유전자의 안정적인 통합을 달성 하는 방법을 설명 합니다. 결함이 lentiviral 벡터, 인간의 세포, 생체 외에서 변환 및 불리고 세포에 분자 분석 결과의 통합의 준비 보고 됩니다.

The Sleeping Beauty (SB) transposon is a non-viral integrating system with proven efficacy for gene transfer and functional genomics. To optimize the SB ...

an-efficient-vitro-transposition-method-transcriptionally-regulated

Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Biology

An Efficient In Vitro Transposition Method by a Transcriptionally Regulated Sleeping Beauty System Packaged into an Integration Defective Lentiviral Vector

8.8K 조회수.  University of Modena and Reggio Emilia. 이 프로토콜 transcriptionally 규제 잠자는 미녀 시스템에 의해 인간 게놈에 관심사의 유전자의 안정적인 통합을 달성 하는 방법을 설명 합니다. 결함이 lentiviral 벡터, 인간의 세포, 생체 외에서 변환 및 불리고 세포에 분자 분석 결과의 통합의 준비 보고 됩니다.

비디오: An Efficient In Vitro Transposition Method by a Transcriptionally Regulated Sleeping Beauty System Packaged into an Integration Defective Lentiviral Vector

Production of Replication-Defective Retrovirus by Transient Transfection of 293T cells

Our lab studies human myeloproliferative diseases induced by such oncogenes as Bcr-Abl or growth factor receptor-derived oncogenes (ZNF198-FGFR1, Bcr-PDGFR&#945;, etc.). We are able to model and study a human-like disease in our mouse model, by transplanting bone marrow cells previously infected with a retrovirus expressing the oncogene of interest. Replication-defective retrovirus encoding a human oncogene and a marker (GFP, RFP, antibiotic resistance gene, etc.) is produced by a transient transfection protocol using 293T cells, a human renal epithelial cell line transformed by the adenovirus E1A gene product. 293 cells have the unusual property of being highly transfectable by calcium phosphate (CaPO4), with up to 50-80% transfection efficiency readily attainable. Here, we co-transfect 293 cells with a retroviral vector expressing the oncogene of interest and a plasmid that expresses the gag-pol-env packaging functions, such as the single-genome packaging constructs kat or pCL, in this case the EcoPak plasmid. The initial transfection is further improved by use of chloroquine. Stocks of ecotropic virus, collected as culture supernatant 48 hrs. post-transfection, can be stored at -80&deg;C and used for infection of cell-lines in view of transformation and in vitro studies, or primary cells such as mouse bone marrow cells, that can then be used for transplant in our mouse model.

This technique demonstrates an efficient way to prepare replication-defective retroviral stocks encoding a human oncogene, and subsequently used for induction of myeloproliferative disease in the mouse model.

293T 세포의 과도 Transfection하여 복제 - 결함이 레트로 바이러스의 생산

Our lab studies human myeloproliferative diseases induced by such oncogenes as Bcr-Abl or growth factor receptor-derived oncogenes (ZNF198-FGFR1, ...

연구

생물학

Homemade Site Directed Mutagenesis of Whole Plasmids

Site directed mutagenesis of whole plasmids is a simple way to create slightly different variations of an original plasmid. With this method the cloned target gene can be altered by substitution, deletion or insertion of a few bases directly into a plasmid. It works by simply amplifying the whole plasmid, in a non PCR-based thermocycling reaction. During the reaction mutagenic primers, carrying the desired mutation, are integrated into the newly synthesized plasmid. In this video tutorial we demonstrate an easy and cost effective way to introduce base substitutions into a plasmid. The protocol works with standard reagents and is independent from commercial kits, which often are very expensive. Applying this protocol can reduce the total cost of a reaction to an eighth of what it costs using some of the commercial kits. In this video we also comment on critical steps during the process and give detailed instructions on how to design the mutagenic primers.

Site directed mutagenesis of whole plasmids is a simple way to create slightly different variations of an original plasmid. Here we demonstrate an easy and cost effective way to introduce base substitutions into a plasmid using standard reagents.

전체 Plasmids의 수제 사이트 감독 돌연변이 유발

Site directed mutagenesis of whole plasmids is a simple way to create slightly different variations of an original plasmid. With this method the cloned ...

Reprogramming Human Somatic Cells into Induced Pluripotent Stem Cells (iPSCs) Using Retroviral Vector with GFP

Human embryonic stem cells (hESCs) are pluripotent and an invaluable cellular sources for in vitro disease modeling and regenerative medicine1. It has been previously shown that human somatic cells can be reprogrammed to pluripotency by ectopic expression of four transcription factors (Oct4, Sox2, Klf4 and Myc) and become induced pluripotent stem cells (iPSCs)2-4 . Like hESCs, human iPSCs are pluripotent and a potential source for autologous cells. Here we describe the protocol to reprogram human fibroblast cells with the four reprogramming factors cloned into GFP-containing retroviral backbone4. Using the following protocol, we generate human iPSCs in 3-4 weeks under human ESC culture condition. Human iPSC colonies closely resemble hESCs in morphology and display the loss of GFP fluorescence as a result of retroviral transgene silencing. iPSC colonies isolated mechanically under a fluorescence microscope behave in a similar fashion as hESCs. In these cells, we detect the expression of multiple pluripotency genes and surface markers.

Reprogramming Human Somatic Cells into Induced Pluripotent Stem Cells iPSCs Using Retroviral Vector with GFP

A method to generate human induced pluripotent stem cells (iPSCs) via retrovirus-mediated ectopic expression of OCT4, SOX2, KLF4 and MYC is described. A practical way to identify human iPSC colonies based on GFP expression is also discussed.

GFP와 Retroviral 벡터를 사용하여 유도 Pluripotent 줄기 세포 (iPSCs)로 인간 체세포를 프로그래밍

Human embryonic stem cells (hESCs) are pluripotent and an invaluable cellular sources for in vitro disease modeling and regenerative medicine1. It has ...

A Step-by-step Method for the Reconstitution of an ABC Transporter into Nanodisc Lipid Particles

The nanodisc is a discoidal particle (~ 10-12 nm large) that trap membrane proteins into a small patch of phospholipid bilayer. The nanodisc is a particularly attractive option for studying membrane proteins, especially in the context of ligand-receptor interactions. The method pioneered by Sligar and colleagues is based on the amphipathic properties of an engineered highly a-helical scaffold protein derived from the apolipoprotein A1. The hydrophobic faces of the scaffold protein interact with the fatty acyl side-chains of the lipid bilayer whereas the polar regions face the aqueous environment. Analyses of membrane proteins in nanodiscs have significant advantages over liposome because the particles are small, homogeneous and water-soluble. In addition, biochemical and biophysical methods normally reserved to soluble proteins can be applied, and from either side of the membrane. In this visual protocol, we present a step-by-step reconstitution of a well characterized bacterial ABC transporter, the MalE-MalFGK2 complex. The formation of the disc is a self-assembly process that depends on hydrophobic interactions taking place during the progressive removal of the detergent. We describe the essential steps and we highlight the importance of choosing a correct protein-to-lipid ratio in order to limit the formation of aggregates and larger polydisperse liposome-like particles. Simple quality controls such as gel filtration chromatography, native gel electrophoresis and dynamic light scattering spectroscopy ensure that the discs have been properly reconstituted.

Nanodiscs are small discoid particles that incorporate membrane proteins into a small patch of phospholipid bilayer. We provide a visual protocol that shows the step-by-step incorporation of the MalFGK2 transporter into a disc.

Nanodisc 지질 입자로 ABC의 전송의 Reconstitution을위한 단계별 방법

The nanodisc is a discoidal particle (~ 10-12 nm large) that trap membrane proteins into a small patch of phospholipid bilayer. The nanodisc is a ...

High-throughput Screening for Chemical Modulators of Post-transcriptionally Regulated Genes

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays focus on transcriptional regulation, being essentially aimed at the identification of promoter-targeting molecules. As a result, post-transcriptional mechanisms are largely uncovered by gene expression targeted drug development. Here we describe a cell-based assay aimed at investigating the role of the 3&#39; untranslated region (3&#8217; UTR) in the modulation of the fate of its mRNA, and at identifying compounds able to modify it. The assay is based on the use of a luciferase reporter construct containing the 3&#8217; UTR of a gene of interest stably integrated into a disease-relevant cell line. The protocol is divided into two parts, with the initial focus on the primary screening aimed at the identification of molecules affecting luciferase activity after 24 hr of treatment. The second part of the protocol describes the counter-screening necessary to discriminate compounds modulating luciferase activity specifically through the 3&#8217; UTR. In addition to the detailed protocol and representative results, we provide important considerations about the assay development and the validation of the hit(s) on the endogenous target. The described cell-based reporter gene assay will allow scientists to identify molecules modulating protein levels via post-transcriptional mechanisms dependent on a 3&#8217; UTR.

Here we describe a cell-based reporter gene assay as a valuable tool to screen chemical libraries for compounds modulating post-transcriptional control mechanisms exerted through 3&#8217; UTR.

후 전사적으로 규제 유전자의 화학 변조기에 대한 높은 처리량 검사

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays ...

Hybrid-Cut: An Improved Sectioning Method for Recalcitrant Plant Tissue Samples

Maintaining plant section integrity is essential for studying detailed anatomical structures at the cellular, tissue, or even organ level. However, some plant cells have rigid cell walls, tough fibers and crystals (calcium oxalate, silica, etc.), and high water content that often disrupt tissue integrity during plant tissue sectioning.
This study establishes a simple Hybrid-Cut tissue sectioning method. This protocol modifies a paraffin-based sectioning technique and improves the integrity of tissue sections from different plants. Plant tissues were embedded in paraffin before sectioning in a cryostat at -16 &#176;C. Sectioning under low temperature hardened the paraffin blocks, reduced tearing and scratching, and improved tissue integrity significantly. This protocol was successfully applied to calcium oxalate-rich Phalaenopsis orchid tissues as well as recalcitrant tissues such as reproductive organs and leaves of rice, maize, and wheat. In addition, the high quality of tissue sections from Hybrid-Cut could be used in combination with in situ hybridization (ISH) to provide spatial expression patterns of genes of interest. In conclusion, this protocol is particularly useful for recalcitrant plant tissue containing high crystal or silica content. Good quality tissue sections enable morphological and other biological studies.

This protocol describes a simple Hybrid-Cut tissue sectioning method that is useful for recalcitrant plant tissues. Good quality tissue sections enable anatomical studies and other biological studies including in situ hybridization (ISH).

하이브리드 컷 : 난 분해성 식물 조직 샘플에 대한 개선 단면 방법

Maintaining plant section integrity is essential for studying detailed anatomical structures at the cellular, tissue, or even organ level. However, some ...

An In Vitro Model for Studying Cellular Transformation by Kaposi Sarcoma Herpesvirus

Kaposi sarcoma (KS) is an unusual tumor composed of proliferating spindle cells that is initiated by infection of endothelial cells (EC) with KSHV, and develops most often in the setting of immunosuppression. Despite decades of research, optimal treatment of KS remains poorly defined and clinical outcomes are especially unfavorable in resource-limited settings. KS lesions are driven by pathological angiogenesis, chronic inflammation, and oncogenesis, and various in vitro cell culture models have been developed to study these processes. KS arises from KSHV-infected cells of endothelial origin, so EC-lineage cells provide the most appropriate in vitro surrogates of the spindle cell precursor. However, because EC have a limited in vitro lifespan, and as the oncogenic mechanisms employed by KSHV are less efficient than those of other tumorigenic viruses, it has been difficult to assess the processes of transformation in primary or telomerase-immortalized EC. Therefore, a novel EC-based culture model was developed that readily supports transformation following infection with KSHV. Ectopic expression of the E6 and E7 genes of human papillomavirus type 16 allows for extended culture of age- and passage-matched mock- and KSHV-infected EC and supports the development of a truly transformed (i.e., tumorigenic) phenotype in infected cell cultures. This tractable and highly reproducible model of KS has facilitated the discovery of several essential signaling pathways with high potential for translation into clinical settings.

An In Vitro Model for Studying Cellular Transformation by Kaposi Sarcoma Herpesvirus

Kaposi sarcoma (KS) is a tumor induced by infection with the oncogenic virus human herpesvirus-8/KS herpesvirus (HHV-8/KSHV). The endothelial cell culture model described here is uniquely suited for studying the mechanisms by which KSHV transforms host cells.

공부 하는 Kaposi 육 종 Herpesvirus에 의해 세포 변환에 대 한 생체 외에서 모델

Kaposi sarcoma (KS) is an unusual tumor composed of proliferating spindle cells that is initiated by infection of endothelial cells (EC) with KSHV, and ...

An Efficient and Flexible Cell Aggregation Method for 3D Spheroid Production

Monolayer cell culture does not adequately model the in vivo behavior of tissues, which involves complex cell-cell and cell-matrix interactions. Three-dimensional (3D) cell culture techniques are a recent innovation developed to address the shortcomings of adherent cell culture. While several techniques for generating tissue analogues in vitro have been developed, these methods are frequently complex, expensive to establish, require specialized equipment, and are generally limited by compatibility with only certain cell types. Here, we describe a rapid and flexible protocol for aggregating cells into multicellular 3D spheroids of consistent size that is compatible with growth of a variety of tumor and normal cell lines. We utilize varying concentrations of serum and methyl cellulose (MC) to promote anchorage-independent spheroid generation and prevent the formation of cell monolayers in a highly reproducible manner. Optimal conditions for individual cell lines can be achieved by adjusting MC or serum concentrations in the spheroid formation medium. The 3D spheroids generated can be collected for use in a wide range of applications, including cell signaling or gene expression studies, candidate drug screening, or in the study of cellular processes such as tumor cell invasion and migration. The protocol is also readily adapted to generate clonal spheroids from single cells, and can be adapted to assess anchorage-independent growth and anoikis-resistance. Overall, our protocol provides an easily modifiable method for generating and utilizing 3D cell spheroids in order to recapitulate the 3D microenvironment of tissues and model the in vivo growth of normal and tumor cells.

Here, we describe a rapid and flexible protocol for the formation of 3D cell spheroids through cell aggregation. This is easily adapted to multiple cell types and is suitable for use in a variety of applications including cell migration, invasion, or anoikis assays, and for imaging and quantifying cell-matrix interactions.

3D 회전 타원체 생산을위한 효율적이고 유연한 셀 집계 방법

Monolayer cell culture does not adequately model the in vivo behavior of tissues, which involves complex cell-cell and cell-matrix interactions. ...

IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae

IR-TEx is an application written in Shiny (an R package) that allows exploration of the expression of (as well as assigning functions to) transcripts whose expression is associated with insecticide resistance phenotypes in Anopheles gambiae mosquitoes. The application can be used online or downloaded and used locally by anyone. The local application can be modified to add new insecticide resistance datasets generated from multiple -omics platforms. This guide demonstrates how to add new datasets and handle missing data. Furthermore, IR-TEx can be completely and easily recoded to use-omics datasets from any experimental data, making it a valuable resource to many researchers. The protocol illustrates the utility of IR-TEx in identifying new insecticide resistance candidates using the the microsomal glutathione transferase, GSTMS1, as an example. This transcript is upregulated in multiple pyrethroid resistant populations from C&#244;te D&#39;Ivoire and Burkina Faso. The identification of co-correlated transcripts provides further insight into the putative roles of this gene.

IR-TEx: An Open Source Data Integration Tool for Big Data Transcriptomics Designed for the Malaria Vector Anopheles gambiae

IR-TEx explores insecticide resistance-related transcriptional profiles in the species Anopheles gambiae. Provided here are full instructions for using the application, modifications for exploring multiple transcriptomic datasets, and using the framework to build an interactive database for collections of transcriptomic data from any organism, generated in any platform.

IR-TEx: 말라리아 벡터 아노펠레스 감비아를 위해 설계된 빅 데이터 전사학을 위한 오픈 소스 데이터 통합 도구

IR-TEx is an application written in Shiny (an R package) that allows exploration of the expression of (as well as assigning functions to) transcripts ...

Imaging Molecular Adhesion in Cell Rolling by Adhesion Footprint Assay

Rolling adhesion, facilitated by selectin-mediated interactions, is a highly dynamic, passive motility in recruiting leukocytes to the site of inflammation. This phenomenon occurs in postcapillary venules, where blood flow pushes leukocytes in a rolling motion on the endothelial cells. Stable rolling requires a delicate balance between adhesion bond formation and their mechanically-driven dissociation, allowing the cell to remain attached to the surface while rolling in the direction of flow. Unlike other adhesion processes occurring in relatively static environments, rolling adhesion is highly dynamic as the rolling cells travel over thousands of microns at tens of microns per second. Consequently, conventional mechanobiology methods such as traction force microscopy are unsuitable for measuring the individual adhesion events and the associated molecular forces due to the short timescale and high sensitivity required. Here, we describe our latest implementation of the adhesion footprint assay to image the P-selectin: PSGL-1 interactions in rolling adhesion at the molecular level. This method utilizes irreversible DNA-based tension gauge tethers to produce a permanent history of molecular adhesion events in the form of fluorescence tracks. These tracks can be imaged in two ways: (1) stitching together thousands of diffraction-limited images to produce a large field of view, enabling the extraction of adhesion footprint of each rolling cell over thousands of microns in length, (2) performing DNA-PAINT to reconstruct super-resolution images of the fluorescence tracks within a small field of view. In this study, the adhesion footprint assay was used to study HL-60 cells rolling at different shear stresses. In doing so, we were able to image the spatial distribution of the P-selectin: PSGL-1 interaction and gain insight into their molecular forces through fluorescence intensity. Thus, this method provides the groundwork for the quantitative investigation of the various cell-surface interactions involved in rolling adhesion at the molecular level.

This protocol presents the experimental procedures to perform the adhesion footprint assay to image the adhesion events during fast cell rolling adhesion.