This work was supported by the US Army Medical Research and Materiel Command and by the Small Business Innovation Research and Small Business Technology Transfer program; Contract No. W81XWH-13-C-0093. We would like to thank Dr. Lucy Lee at the University of Fraser for being our RTgill-W1 cell culture mentor, and to acknowledge Dr. Niels Bols of Waterloo University for the development of the RTgill-W1cell line.

시험 재료 1. 준비 주 : 테스트 용 바이오칩을 제조하기 위해, RTgill-W1 셀의 몇몇 융합 플라스크 준비 할 필요가있다. 바이오칩 (16)가 시딩 될 필요 플라스크 수의 양호한 추정 한 합류 T175 플라스크이다. <ol><li> 무균 기술을 사용하여 클래스 II 생물 안전 캐비닛 (biohood)에서 다음 단계를 수행합니다. biohood과 후드에 배치 된 모든 자료를 소독 70 % 에탄올을 사용합니다. <ol><li> 피브로넥틴의 1 mg의 유리 병을 해동 및 10 μg의 / ml의 농도에 대한 멸균 L-15 미디어 100ml에 희석하여 유체 바이오칩에 대한 피브로넥틴 기판을 준비합니다. -20 ° C에서 멸균 50 ML 원뿔 폴리 프로필렌 튜브에 40 ML의 분량 씩 고정. 바이오칩을 파종하기 전에 실온 몇 시간에서 해동. 해동 후 재 냉동하지 않습니다. </li><li> 소 태아 혈청을 50 ㎖, 5 ㎖의 200 mM의 L- 알라 닐 -L- 글루타민 SUP를 첨가하여 세포 배양 배지를 준비영양 보충제 및 L-15 500 mL의 매체에 페니실린 / 스트렙토 마이신 용액 5 ㎖ (페니실린 10000 단위 / ㎖ 10,000 μg의 스트렙토 마이신 / ㎖) 주식. 이는 9 %의 혈청을 함유하는 세포 배양 배지 560 mL로 수득한다. 냉장. 주 :이 배양 플라스크와 바이오칩에 사용되는 전체 세포 배양 배지 일 것이다. </li></ol></li><li> 분말 미디어 폐기 <ol><li> 미리 자동 분말 디스펜서를 사용하여 L-15ex 분말 0.5 % ± 60 ㎎을 함유하는 0.1 DRAM 스냅 캡 튜브를 준비합니다. recloseable 금속 화 폴리 가방 (50 개당) 분말이 분배 된 날짜와 냉장 유리 병에 유리 병 레이블; 각각 포함하는 세 1g 실리카 겔 탈수 팩. 참고 : L-15ex 분말 미디어 병이 만들어 테스트에 앞서 최대 9 개월 동안 저장 될 수있다. </li></ol></li><li> 탈 (DI) 물과 가정용 표백제를 희석하여 100 ml의 20 % 표백제 용액을합니다. 표백제 용액 5 ㎖를 각 쌍에 대해 요구 될 것으로 예상ochip. </li><li> (각 바이오칩 2 섹션이 시드 할) 오토 클레이브 생체 적합성 튜브의 27mm 부분을 절단하여 바이오칩 튜브 어셈블리를 확인하고 폴리 카보네이트 슬립 루어 피팅 튜브의 양단에 맞게. 134 ° C에서 8 분 동안 오토 클레이브 가방 오토 클레이브에 튜브 어셈블리를 놓습니다. 동일한 설정에서 별도의 가방에 또한 오토 클레이브 바이오칩 플러그 (바이오칩 당 2). </li><li> at121 ° C에서 30 분간 고압 DI 물. 참고 :이 물이 시딩 후 바이오칩 세척에 사용됩니다. 10 ml의 각 바이오칩에 필요한 될 것으로 예상된다. 주 : 각 바이오칩 채널의 실제 부피는 2 ㎖의이지만 멸균 물 5 mL를 표백제 용액의 제거 후, ​​각 채널을 통해 세정된다. </li><li> 생체 튜브 27mm의 부분을 절단하고 튜브의 양단 말레 루어 슬립 피팅을 부착하여 주사기 주입 튜브 어셈블리를 만든다. 134 ℃에서 8 분 동안 종이 열 밀봉 멸균 주머니와 오토 클레이브 튜브 조립체를 배치# 176; C. </li></ol> 2. 유체 바이오칩 시드 절차 참고 : 바이오칩 또는 미디어가 무균 기술을 사용하여 클래스 II 생물 안전 캐비닛에 처리됩니다 모든 절차를 수행합니다. <ol><li> 사전 예약 시드에 스물 네 시간은 제조 업체 biohood 포장 및 멸균 플라스틱 악기의 경우 장소에서 바이오칩을 제거합니다. </li><li> 다음 20 % 표백제 용액을 사용하여 바이오칩을 소독 주 : 역사적으로,이 표백 절차는 제조자에 의해 수행 바이오칩의 플라즈마 살균 효과 아니라고시 장기 보존시 바이오칩에 곰팡이 성장을 방지 하였다. <ol><li> 20 ㎖ 주사기 주입 튜브 멸균 주사기 조립체 부착 biohood에서 작업을 사용 바이오칩의 각 채널에 20 % 표백제 용액 2 ㎖를 주입. 바이오칩은 표백제 용액으로 1 시간 동안 앉아 할 수 있습니다. </li><li> 1 시간 진공 ASP 후진공 흡입 배관에 부착 된 웅성 불임 슬립 루어 조립체를 사용하여 두 채널의 표백제 용액을 화나게. 바이오칩을 세척 할 때 드레인으로 바이오칩 튜브 어셈블리 중 하나를 사용합니다. </li><li> 멸균 주사기 분사 조립체에 부착 멸균 20 ㎖ 주사기를 사용하여 과량의 물이 biohood의 용기에 배출 할 수 있도록 멸균 된 물 5 ml의 칩의 각 채널 플러시. 그런 다음 표백제에 대한 설명 및 플라스틱 악기 케이스에 다시 바이오칩을 배치하고 다음날 세포를 파종 할 때까지 biohood에 떠날 물 오프 진공 흡인. </li></ol></li><li> , 바이오칩 시드 바이오 칩의 각 채널에 10 μg의 / ㎖ 피브로넥틴 용액 2 ㎖를 주입 할 육십 분 전. 60 분 동안 biohood에 바이오칩을두고 (단계 2.2.3에 설명 된대로) 다음 세포와 바이오 칩을 심는 전에 피브로넥틴 떨어져 흡인 진공. 참조 (멸균 바이오칩 튜브 어셈블리의 두 섹션 배치바이오칩의 포트 섹션 1.4). </li><li> 아메리칸 타입 컬쳐 콜렉션 (ATCC) 제품 설명 시트 (16)에 설명 된 절차를 이용하여 매 16 바이오칩 하나 합류 RTgill-W1의 T175 플라스크를 Trypsinize. <ol><li> 세포의 합류 플라스크 (들)에서 용지 해제 대기음. </li><li> PBS의 15 mL를 셀 층을 씻어 다음 대기음. </li><li> 각각 T175 플라스크 세포층 트립신 / EDTA 6 ml에 첨가하고 세포를 ~ 5 분간를 Trypsinize 할 수있다. </li><li> 트립신을 중지하기 위해 각 플라스크에 전체 L-15 세포 배양 매체의 15 ML을 추가합니다. </li><li> 멸균 일회용 용기에 세포 현탁액을 결합합니다. 주 : 컨테이너 크기가 바이오칩의 수에 좌우되는 시드 150~500 ㎖, 다를 수있다. 세포 현탁액을 5 ml의 바이오 칩은 필요에 따라 추정된다. </li></ol></li><li> 세포 현탁액 ~ 1 ml의 분리 계수하는 마이크로 원심 튜브에 놓는다. 10 배 objecti으로 시야 현미경을 사용하여적이과 혈구는 세포의 10 μL 분취를 계산하고 2.5 × 105 세포 / ml의 세포 현탁액을 달성하는 데 필요한 전체 L-15 세포 배양 배지의 부피를 계산. 참고 : 세포 현탁액을 사용하는 문화를 계속 플라스크 시드하는 경우,이 그렇게 할 수있는 포인트가 될 것입니다. 완전한 L-15 세포의 배양액을 사용하여 세포 현탁액 농도를 조정한다. </li><li> 바이오칩의 각 채널의 외부 포트에 세포 현탁액 2.5 ml를 주입, 무균 주사기 주입 튜브 조립체 (섹션 1.6 참조) syringeattached 멸균 20 ㎖를 사용하여 (즉, 연결 관이없는 포트) biohood에서 폐기 용기에 튜브 유출 여분 세포 현탁액의 일부를 허용한다. 참고 :이 전체 채널과 연결된 튜브가 세포 현탁액의 전체 될 수 있도록 할 것이다. <ol><li> 루어 fitti와 호스의 자유 단부를 삽입하여 각 바이오칩 채널 둘러싸인 루프를 생성각 채널의 외부 포트에 ng를. </li><li> 70 % 에탄올에 적신 종이 타월로 폐쇄 루프 오프 초과 미디어를 닦은 20 ° C 배양기에서 다시 플라스틱 상자에 바이오칩을 배치합니다. 각 바이오 칩에 고유 식별 번호를 제공합니다. </li></ol></li><li> 일 4, 7, 20 ° C 배양기에서 바이오칩을 제거하고 온도 평형 전체 L-15 세포 배양 미디어와 바이오칩의 모든에 용지를 보충. 사용을 제외하고 단계 2.6 단지 L-15 세포 배양 배지 대신 (아무 세포 현탁액)에서와 동일한 절차를 따르십시오. 4 일 수유 후 20 ° C 배양기에서 바이오칩을 다시 배치합니다. <ol><li> 7 일 공급 한 후, 제거하고 칩에서 호스를 무시하고 바이오칩에 멸균 드레인 플러그를 삽입합니다. </li><li> 테스트에 사용 될 때까지 6 ° C를 인큐베이터에있는 상자에 바이오칩을 놓습니다. 이 칩은 최대 9 개월 동안 냉장 온도에서 저장 될 수 있으며, 아직 테스트 전을위한 실행 가능한 있습니다 참고 :n은 ECIS 리더. </li></ol></li></ol> 바이오칩 3. ECIS 테스트 <ol><li> 사용하는 경우 테스트 화학 물질을 준비합니다. (참조 브레넌, 등., 시험 화학 물질의 제조를위한 2012 7). </li><li> 휴대용 케이스에서 ECIS 리더 및 테스트 공급 장치를 제거합니다. 6 ° C 배양기에서 제조 된 바이오 칩을 제거합니다. 종이 타월에 바이오칩을 놓습니다. ECIS 리더를 켭니다. </li><li> 10 ㎖ 주사기를 사용하여, 표지 된 0.5 온스 투명 플라스틱 제어 항아리에 컨트롤을 물 10ml와 표지 0.5 온스 투명 플라스틱 용기에 시험 시료 10ml를 분배. 주 : 1) 정확한 측정을 위해 거품을 제거해야합니다. 2) 주사기, 항아리는 색으로 구분됩니다; 시험에 대한 제어와 빨간색 파란색. </li><li> 호일 가방에서 두 개의 분말 미디어 튜브를 제거합니다. 열기 분말 미디어 바이알 중 하나 (필요한 경우 사용 다목적 도구) 및로 전체 유리 병을 떨어 뜨리고, 제어 물 항아리에 한 병의 전체 내용을 부어솔루션뿐만 아니라. 테스트 항아리이 절차를 반복합니다. 모자 및 분말이 용해 될 수 있도록 항아리를 흔들. </li><li> 중 제어 (파란색 주사기) 또는 테스트 (빨간색 주​​사기) 각각의 유리 병에서 솔루션의 9​​ ml의 색깔 10ml를 주사기를 각각 입력합니다. 주사기에서 공기 방울을 제거합니다. </li><li> 바이오칩 포트에서 플러그를 제거하고 배수를 연결합니다. </li><li> ECIS 리더에 이동식 플라스틱 트레이에 바이오 칩을 넣고 뚜껑을 닫습니다. </li><li> 외부 바이오칩 포트에 충전 된 주사기를 연결하고 주사기 플런저를 연결합니다. </li><li> 메인 화면에서 &quot;다음&quot;을 선택 사전 테스트를 시작합니다. 참고 : Reader 소프트웨어는 임피던스를 확인합니다. 임피던스는 사용자 (보통 사이 1,000 및 3,000 옴) 화면을 등록합니다 설정 범위 내에있는 경우 그림 3에 표시하고 &quot;다음&quot;을 선택 사용자 지시 및 소프트웨어) 3.10 단계로 진행되므로 &quot;카트리지 통과&quot;. 임피던스는 내 수없는 경우때문에 결함이있는 바이오칩 또는 (일반적으로 인해 전극의 어긋남에) 독자에게 바이오칩의 결함이 연결의 설정 범위, 다음 화면을 등록합니다 &quot;는 카트리지 실패&quot;사용자는 하나 &quot;취소&quot;할 수있는 옵션이 또는 것 테스트를 &quot;확인&quot;. <ol><li> ) 3.9 단계로 돌아가려면 &quot;취소&quot;를 선택합니다. &quot;확인&quot;을 선택 &quot;카트리지 통과&quot;메시지를 수신하고 &quot;다음&quot;을 선택한 후) 3.10 단계로 진행합니다. 참고 :이 바이오칩을 꺼내 시각적 결함이나 메시지가 새로운 바이오칩을 진행하기 전에 수신 &quot;카트리지 실패&quot;경우 누출을 검사하는 것이 가장 좋습니다. </li></ol></li></ol><img alt="그림 3" src="/files/ftp_upload/53555/53555fig3.jpg" /> 그림 3 :. 가능한 임피던스 읽기와 바이오칩의 ECIS 리더 스크린 샷 스크린 샷은 4 공동의 각 옴의 초기 임피던스 수치를 보여줍니다ntrol 전극 (CE) 및 유체 바이오 칩 내에서 4 시료 전극 (SE). <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/53555/53555fig3large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <ol start="10"><li> 독자 메시지가 표시되면, 소프트 키보드를 사용하여 샘​​플 정보를 입력하고 완료되면 다음 &quot;동의&quot;를 선택합니다. 참고 : ECIS 리더 소프트웨어가 자동으로 날짜, 시간 및 사용자가 입력 한 다른 정보와 각 데이터 집합을 스탬프 것이다; 이러한 바이오칩 번호 및 화학적 농도의 종류 등. 임피던스 데이터의 두 분은 삽입 된 바이오 칩에서 수집되고 화면에 타이머가 카운트 다운하는 시간을. </li><li> 빨간색 상자 내에서 깜박이는 화면의 지시에 의해 메시지가 두 분 후, &quot;다음&quot;을 누르십시오. &quot;지금 샘플을 주입&quot;할 수있는 깜박이는 녹색 상자에 연결되면, 바이오칩 chann에 동시에 연결된 주사기에서 제어 및 테스트 미디어를 삽입ELS. 완료되면 바이오칩에 장소에 주사기를 남겨주세요. 참고 : 임피던스 값은 60 분 동안 한 번 분당 수집됩니다. ECIS 리더 소프트웨어 처리 채널이 시험 개시 후 10 ~ 60 분 사이의 임의 지점에서의 제어 채널로부터 통계적으로 상이한 것으로 판단되면, 온 스크린 디스플레이는 샘플 &quot;오염&quot;것을 나타내는 것이다. 처리 제어 채널 다르지 않은 경우, 화면 테스트 실행의 끝에서 &quot;감지 된 오염&quot;을 나타낼 것. </li><li> 오염 여부 등의 기록 시험 결과는 각 샘플에 대해 오염. </li><li> 테스트 실행의 끝에서 제거 바이오칩 버린다. 헹구고 시험 중에 바이오칩을 수용 주사기, 테스트 튜브 및 이동식 플라스틱 트레이를 공기 건조. 참고 : ECIS의 독자가 운영 소프트웨어에 대한 온보드 스토리지 4GB의를 가지고, 제어 모델 및 테스트 파일은 테스트를 실행에서 생성 된. 이것은 여러 가지 일 수 있습니다ousand 테스트 파일 판독기에 저장 될 수있다. 파일 USB 점프 드라이브 검색하고 필요한 경우 연구 목적으로 추가 분석을 위해 컴퓨터로 전송 될 수있다. </li></ol>

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Opinions, interpretations, conclusions, and recommendations are those of the authors and are not necessarily endorsed by the U.S. Army. Citations of commercial organizations or trade names in this report do not constitute an official Department of the Army endorsement or approval of the products or services of these organizations. Authors Linda M. Brennan and Mark W. Widder, both of the US Army Center for Environmental Health Research, declare that they have no competing financial interests. Michael Mayo, Michael McAleer and Alex Greis are employees of Nanohmics that produces the disposable biochips and instruments used in this Article.10251980

ECIS 기술로 실험실 환경에서 잘 수행 인체에 적합하다 농도 전위 물 오염 물질을 검출 할 수 있었다. 기술의 이동성 및 포장 필드를 사용하는 것이 도움이 있습니다. 1) 문화, 파종하는 동안 무균 상태를 유지하고, 바이오칩의 공급, 2) RTgill-W1 세포부터 테스트를위한 준비가 될 때까지 냉장 조건에서 시드 바이오칩을 계속 다음과 같이 기술의 성공을위한 프로토콜의 중요한 단계는 매우 긴 그들이 25 ° C 이상의 온도에 노출되면 살아남지 못할 것이다, 3) 정확하게 분말 미디어 유리 병에 L-15ex의 무게를 정확하게의 변화에​​ 의해 발생할 수 있습니다 오탐 (false positive)을 생산 방지하기 위해 물 샘플을 측정 미디어가 아닌 샘플 독성의 삼투압은, 4) 테스트를 실행하기위한 ECIS 화면에 사용자의 지시 사항을 따르십시오. 독자의 소프트웨어는 양방향이 경우 사용자에게 경고합니다바이오칩은 먼저 판독기에 삽입 될 때 ochip은 (초기 임피던스 측정 기준) 테스트를위한 받아 들일 수없는 것입니다. 임피던스 레벨 테스트에 대한 수용 할 수없는 경우, 소프트웨어는 새로운 바이오 칩이 사용될 때까지 사용자가 검사를 진행하는 것을 허용하지 않을 것이다. 용인 임피던스 측정 이유 때문에 ECIS 리더 핀 또는 바이오칩의 접착 에지 중 하나를 따라 유체 누출로 바이오칩 전극 약간 오정렬 보통이다. ECIS 센서 만 마시는 물 테스트하지 표면의 물 되었기 때문에이 기술에 약간의 제한이 있습니다. 바이오 칩에있는 RTgill-W1 세포 (기간은 온도에 따라 일 시간에서 할 수있는 시간의 연장 기간 동안 많은 25 ° C 이상 동결 또는 온도를 견딜 수 없습니다. 바이오칩은 온도 범위에서 최선을 기능에 냉장에서 실온 7. 그들은 바로 연구 된 후, 그러나, 즉시 사용할 준비가냉장에서 emoved. 휴대용 냉장 컨​​테이너는 현재 온도에 민감한 소모품 분야에서 육군 요원에 의해 사용됩니다. 이 같은 용기 시드 바이오칩 전송을 위해 사용될 수있다. 이 기술에 대한 다른 제한은 광대역 독성 센서 비록 모든 경우는 일부 살충제로서 콜린 에스 테라 제 - 억제 화합물에 잘 응답하지 않는다는 것이다. 이러한 성능 갭을 채우기 위해, ECIS 센서 독성 시험의 넓은 범위를 사용자에게 제공하기 위해 물 샘플 테스트시 시판 신속한 농약 시험 분석과 함께 사용하도록 설계된다. 키트는 30 분 내에 유기 인계와 카바 메이트 살충제를 검출하기위한 신속 효소 분석법이다. 현재 검색 군사 예방 의학 담당자가 사용하는 필드 물 테스트 시스템, 아르센 - ECIS 센서는 WQAS-PM (예방 의학 수질 분석 시스템)를 보완식수 샘플 IC에서, 납, 또는 시안화. ECIS 센서는 오염물이 무엇인지 식별​​하지는 않지만 특정 금속 또는 유기 화합물이 존재하는 경우, 물이 인간 소비에 적합하지 않을 수 있음을 나타내는 표시된다. ECIS 테스트 결과는 시간 내에 사용할 수 있습니다. 양성 결과가 있으면 물 샘플이어서 오염물의 식별을 추가 분석을 위해 송출된다. 전술 한 바와 같이, ECIS 판독기 오염물 검출의 광범위한 스펙트럼을 커버하기 위해 별도 효소 ACE 키트를 포함하는 시스템의 일부가 될 수 있도록 설계된다. 이 독자는 모두 군인에 의해 필드에 사용할 필드 전송을위한 튼튼한 케이스에 포장되고있다.

전반적인 목표는 ECIS 바이오 센서의 셀 시드, 유체 저장 및 바이오칩의 테스트 방법을 개발 하였다. 이 바이오 센서의 개발 목표는 군인에 의해 사용되는 식수 공급의 오염 가능성을 감지 할 수있는 필드 휴대용 장치에 대한 미 육군 사양을 충족하는 것이 었습니다. 독성 센서 요구 장치가 전계 휴대용 것이 그것이 인간의 건강에 중요한 농도 (시간 이내)이 급속히 독성 산업 화합물의 넓은 스펙트럼을 검출 할 수 및 생물학적 성분의 저장 수명을 가질 것으로했다 적어도 구개월. 부패하기 쉬운 구성 요소가 허용되었다 냉동,하지만, 냉동 없습니다. 역사적으로, (항체, 효소, 또는 핵산 등) 그들에게 생물학적 구성 요소 필드 휴대용 물 테스트 기술은 분석 고유의 1-3이었다. 바이오 센서의 이러한 유형의 단점은 ONL 것입니다Y는 한번에 한 종류의 화학 물질을 검출한다. 이는 하나 이상의 화학 물질이 존재하는 것으로 의심되는 경우에는 다수의 센서가 필요하다. 특정 센서 테스트 레퍼토리에없는 경우 물, 화학적 오염 물질은 쉽게 발견되지 않을 수있다. 광범위한 독성 센서, 다른 한편으로는, 이러한 기술의 갭을 ​​채울 수있는 잠재력을 가지고있다. 이들은 일반적으로 그들 4-8로 휴대 구성 요소가 있습니다. 광범위한 독성 바이오 센서의 장점은 시간 5,9,10 비교적 짧은 기간에서의 혼합물과 미지수를 포함한 화학적 오염 물질의 다양한 배열의 존재를 감지 할 수있다. 또한 전지 셀 기판 임피던스 센서 (ECIS)로 알려져 가능한 독성 센서와 같은 세포 단층의 온 저항의 측정을 사용하는 개념은 제 Giaever 및 Keese 11에 의해 설명되었다. 지난 20 년 동안이 세포 viab의 중요한 지표가 될 것으로 나타났다ility 및 세포 독성. 기본적으로, 바이오칩에 전극에 부착 된 세포 단층 고주파 낮은 전압 및 전류량 교류 신호에 노출된다. 세포의 융합 단층은 전자의 흐름을 방해한다. 세포 단층의 무결성 (예 : 독성 화학 물질이 도입되는 경우와 같이)이 손상되면 ECIS 센서는 전기 임피던스의 변화를 기록 11-14.도 1은 바이오칩에 세포 단층 관련 ECIS의 원리를 도시 . <img alt="그림 1" src="/files/ftp_upload/53555/53555fig1.jpg" /> 그림 1 :.. 단순화 ECIS 리더 전기 회로도와 바이오칩에 세포 단층의 ECIS 그림의 원칙 <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/53555/53555fig1large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> 12 바와 ECIS 센서 기술에서 사용되었다. 들이 자주 미디어 변경 요구 제한된 저장 수명을 가지고, 그리고 인공 CO 2 환경과 37 ° C에서 배양 온도를 요구하기 때문에이 세포 그러나 필드 실용화되지 않았다. 그것은 무지개 송어 아가미 상피 세포 (RTgill W-1 세포)에서 유래하는 시판 세포주 주위 CO 2에서 실온에서 테스트 할 수 있다는 것을 발견하고, 바이오칩에서 합류 단층을 형성 냉장 온도에서 저장 될 수도 인체 (12)에 관련된 화학 물질의 농도의 광범위한 스펙트럼에 신속한 응답 (1 시간 이하)였다. 독성에 RTgill-W1 세포의 응용 프로그램뿐만 아니라 기초 연구에서와 같이, Lee 등을 검토한다. (15) 시드, 저장 및 포함 된 유체 바이오칩의 테스트를위한 방법ECIS 바이오 센서의 유체 바이오칩에 RTgill-W1 세포의 단층 여기에 설명되어 있습니다. 유체 바이오칩은 냉장 상태에서 최대 9 개월 동안 저장 될 수 있으며, 별도로 배송되며, 식수 supplies.The 동반 ECIS 리더, 테스트 단위 테스트, 냉장 컨​​테이너에 선적 할 수있다. 바이오칩은 그들에게 두 가지 구성 요소가있다; 두 개의 유체 채널 및 임피던스 검출 용 채널당 네 개의 전극 패드를 포함한 전자 하부 층 상부의 폴리 카보네이트 층을 포함한다. 패드 당 10 작동 전극이있다; 각 전극은 직경 250 μm의입니다. 조립 된 바이오칩은 ECIS 테스트 장치에 삽입 할 때 임피던스 측정을 취득 금 전극 연결이 있습니다. 두 개의 밀폐 된 유체 U 자형 채널 각각. RTgill-W1 세포 현탁액 2 ㎖를 보유이 단일 감지 전극에 합류 셀 배율 ECIS 판독기 유체 바이오칩을 보여준다 할 것이다. 그림 2 :.. ECIS Reader에서 유체 바이오칩 확대 된 영역이 하나의 감지 전극에 RTgill-W1 세포의 합류 단층을 보여줍니다 <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/53555/53555fig2large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>

<table fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Fetal bovine serum</td>
			<td>Life Technologies, Inc. www.lifetechnologies.com</td>
			<td>16000-085</td>
			<td>Store @ -20 &#176;C. Thaw @ room temperature before use. Ingredient for complete L-15 cell culture media (10%).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fibronectin, bovine plasma</td>
			<td>EMD Millipore Corp.&#160;&#160; www.emdmillipore.com&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;</td>
			<td>341631-1 mg</td>
			<td>Store @ -20 &#176;C. Thaw @ room temperature before use. Mix with L-15 media for a concentration of 10 ug/mL and freeze @ -20 &#176;C in aliquots. Use as substrate for biochips.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-15 media without L-glutamine</td>
			<td>Lonza&#160; www.lonzabioscience.com</td>
			<td>12-700F</td>
			<td>Basal media for cell culture and feeding biochips. Store at 6 &#176;C.</td>
		</tr>
		
		<tr>
			<td>L-15ex powdered media with phenol red</td>
			<td>US Biological&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; www.usbio.net</td>
			<td>L1501</td>
			<td>Media is weighed out in 60 mg aliquots in 0.1 dram vials and stored at 6 &#176;C in foil pouches with dessicant packs. Nine month shelf-life. Mixed with 10 mL of water sample for testing in biochips.</td>
		</tr>
	
		<tr>
			<td>PBS, w/o Ca++ or Mg++</td>
			<td>Lonza&#160; www.lonzabioscience.com</td>
			<td>17-516F</td>
			<td>Store at room temperature. Used for rinsing media when trypsinizing cell culture flasks.&#160;&#160;</td>
		</tr>
		
		<tr>
			<td>Trypsin, EDTA</td>
			<td>Lonza&#160; www.lonzabioscience.com</td>
			<td>CC-5012</td>
			<td>Store @ -20 &#176;C. Thaw at room temperature and use to trypsinize cell culture flasks.&#160;</td>
		</tr>
	
		<tr>
			<td >T175 culture flasks</td>
			<td >Fisher Scientific 
			www.fishersci.com</td>
			<td >12-565-30</td>
			<td >Used for culturing RTgill-W1 cells.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bleach</td>
			<td>Chlorox&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; www.chlorox.com</td>
			<td></td>
			<td>Diluted to 20% with millique or distilled water for cleaning ECIS chips. Any household bleach is acceptable.</td>
		</tr>
		
		<tr>
			<td>70 % ethyl alcohol</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>For disinfecting biohood surfaces and any materials being placed in biohood.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rainbow trout gill cells (RTgill-W1)&#160;</td>
			<td>American Type Tissue Culture Collection&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; www.atcc.org</td>
			<td>CRL-2523</td>
			<td>Cells cultured and used for biosensor (seeding biochips).</td>
		</tr>
	
		<tr>
			<td>GlutaMAX-1 Supplement, 200 mM</td>
			<td>Lonza&#160; www.lonzabioscience.com</td>
			<td>35050-061</td>
			<td>Store at room temperature.&#160; Ingredient for complete L-15 cell culture media (1%).</td>
		</tr>
	
		<tr>
			<td>Penn/Strep Stock 10K/10K</td>
			<td>Lonza&#160; www.lonzabioscience.com</td>
			<td>17-602E</td>
			<td>Store @ -20 &#176;C. Thaw @ room temperature before use. Ingredient for complete L-15 cell culture media (1%).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pharmed BPT tubing</td>
			<td>U.S. Plastic Corp.&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; www.usplastic.com</td>
			<td>57317</td>
			<td>Cut in 27 mm sections and autoclaved. Used for seeding biochips with cells and as a closed loop between media changes.</td>
		</tr>
		
		<tr>
			<td>Polycarbonate luer fittings for Pharmed tubing assemblies</td>
			<td>Value Plastics&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;</td>
			<td>MTLS210-9</td>
			<td>Secured to each end of cut Pharmed tubing for insertion into bichips.</td>
		</tr>
	
		<tr>
			<td>20 mL syringes, slip-tip</td>
			<td>VWR Scientific&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; us.vwr.com</td>
			<td>BD302831</td>
			<td>Used for injection of cell suspension for seeding ECIS chips, as well as for feeding chips.</td>
		</tr>
		
		<tr>
			<td>0.1 dram snap-cap polypropylene microvials</td>
			<td>Bottles Jars and Tubes, Inc.&#160;&#160; www.bottlesjarsandtubes.com</td>
			<td>30600</td>
			<td>Used to store 60 mg aliquots of L-15ex powdered media.</td>
		</tr>
		
		<tr>
			<td>60 mil Lexan fluidic ECIS biochips</td>
			<td>Nanohmics, Inc.&#160;&#160;&#160; www.nanohmics.com</td>
			<td></td>
			<td>Custom-made by Nanohmics, Inc. RTgill-W1 cells will be injected into the biochips and seeded chips will be placed in ECIS reader for testing.</td>
		</tr>
	
		<tr>
			<td>Autoclavable Plastic Instrument Box 
			17 1/2&#34; x 7 3/4&#34; x 2 3/8&#34;</td>
			<td >Medi-Dose EPS&#160;&#160;&#160;&#160; medidose.com</td>
			<td >IB701</td>
			<td >Used to store the following; autoclaved plugs, biochips that have been cleaned, seeded biochips.&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Paper heat-seal sterilization pouches, 7 &#189;&#8221; x 13&#8221;</td>
			<td>CardinalHealth&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; www.cardinalhealth.com</td>
			<td>90713</td>
			<td>Used for autoclaving tubing and fittings and plugs.</td>
		</tr>
	
		<tr>
			<td>Quantos automated powder dispenser</td>
			<td>Mettler Toledo&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; www.mt.com</td>
			<td>QB5</td>
			<td>Automated dispension of 60 mg aliquots of powdered L-15ex into 0.1 dram vials.</td>
		</tr>
		
		<tr>
			<td>ECIS reader</td>
			<td>Nanohmics, Inc.&#160;&#160;&#160; www.nanohmics.com</td>
			<td></td>
			<td>Custom-made by Nanohmics, Inc. Seeded biochip is inserted into the reader for conducting water toxicity testing.</td>
		</tr>
	
		<tr>
			<td>3 X 5 metalized 2.5 mil polypropylene reclosable bags</td>
			<td>Uline&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; www.uline.com</td>
			<td>S-16893</td>
			<td>Packaging and storage for both seeded biochips and powdered L-15ex media vials.</td>
		</tr>
		
		<tr>
			<td>Leatherman squirt ps4</td>
			<td>Amazon&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; www.Amazon.com</td>
			<td></td>
			<td>Used to open powdered media vials.</td>
		</tr>
		
		<tr>
			<td>1 gram silica gel desiccant packets&#160;</td>
			<td>Uline&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; www.uline.com</td>
			<td>S-3902</td>
			<td>Put in polypropylene bags with L-15ex powdered media vials to prevent the powder from picking up moisture.</td>
		</tr>
	
		<tr>
			<td>Sterile 250 or 500 mL Nalgene bottles</td>
			<td >Fisher Scientific 
			www.fishersci.com</td>
			<td >09-740-25C or E</td>
			<td >Hold cell suspensions for seeding ECIS chips in biohood.</td>
		</tr>
	
		<tr>
			<td>Plugs for biochips</td>
			<td>Nanohmics, Inc.&#160;&#160;&#160; www.nanohmics.com</td>
			<td></td>
			<td>Custom-made by Nanohmics, Inc. Used to seal ports on biochips before storage @ 6&#176;C.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Drains for ECIS biochips</td>
			<td>Nanohmics, Inc.&#160;&#160;&#160; www.nanohmics.com</td>
			<td></td>
			<td>Custom-made by Nanohmics, Inc. Placed on 2 inner ports on biochips prior to insertion in ECIS reader.&#160; Allows for excess media to drain from channels during test injections.&#160;</td>
		</tr>
		
		<tr>
			<td>Hemocytometer</td>
			<td >Fisher Scientific 
			www.fishersci.com</td>
			<td >S17040</td>
			<td >Needed for counting cells prior to adjusting cell suspension for injection into biochips.</td>
		</tr>
		
		<tr>
			<td>Brightfield microscope w/ 10X objective</td>
			<td>Leitz Labovert</td>
			<td></td>
			<td>Any brightfield microscope is acceptable.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Class II biological safety cabinet</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Any class II biological safety cabinet where cell culture can be performed under sterile conditions is acceptable.</td>
		</tr>
		
		<tr >
			<td >Microcentrifuge tubes, 0.6 mL</td>
			<td >Fisher Scientific 
			www.fishersci.com</td>
			<td >02-681-311</td>
			<td >Holds 1 mL of cell suspension prior to counting cells.</td>
		</tr>
	
		<tr >
			<td >Slip 10 cc red syringes</td>
			<td >Procedure Products, Inc.&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; www.procedureproducts.com</td>
			<td >S/49S 30-R</td>
			<td >Withdraws 9 mL of test water sample and used to inject sample into biochip.</td>
		</tr>
		
		<tr >
			<td >Slip 10 cc blue syringes</td>
			<td >Procedure Products, Inc.&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; www.procedureproducts.com</td>
			<td >S/49S 30-B</td>
			<td >Withdraws 9 mL of control water sample and used to inject sample into biochip.</td>
		</tr>
		
		<tr >
			<td >&#189; oz. clear pet plastic jar w/ white ribbed lined caps</td>
			<td >SKS Bottle &#38; Packaging, Inc.&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;&#160; www.sks-bottle.com</td>
			<td >0605-30</td>
			<td >Sample vials used for mixing L-15ex powder and 10 mL of water sample for testing.</td>
		</tr>
		
		<tr >
			<td >50 mL sterile conical polypropylene centrifuge tubes</td>
			<td >Fisher Scientific&#160;&#160;&#160;&#160; www.fishersci.com</td>
			<td>12-565-269</td>
			<td >Used to hold 40 mL aliquots of 10 ug/mL fibronectin @ -20 &#176;C.</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

preparation and testing of impedance-based fluidic biochips with rtgill-w1 cells for rapid evaluation of drinking water samples for toxicity

This manuscript describes how to prepare fluidic biochips with Rainbow trout gill epithelial (RTgill-W1) cells for use in a field portable water toxicity sensor. A monolayer of RTgill-W1 cells forms on the sensing electrodes enclosed within the biochips. The biochips are then used for testing in a field portable electric cell-substrate impedance sensing (ECIS) device designed for rapid toxicity testing of drinking water. The manuscript further describes how to run a toxicity test using the prepared biochips. A control water sample and the test water sample are mixed with pre-measured powdered media and injected into separate channels of the biochip. Impedance readings from the sensing electrodes in each of the biochip channels are measured and compared by an automated statistical software program. The screen on the ECIS instrument will indicate either "Contamination Detected" or "No Contamination Detected" within an hour of sample injection. Advantages are ease of use and rapid response to a broad spectrum of inorganic and organic chemicals at concentrations that are relevant to human health concerns, as well as the long-term stability of stored biochips in a ready state for testing. Limitations are the requirement for cold storage of the biochips and limited sensitivity to cholinesterase-inhibiting pesticides. Applications for this toxicity detector are for rapid field-portable testing of drinking water supplies by Army Preventative Medicine personnel or for use at municipal water treatment facilities.

이 문서에 설명 된 ECIS 기술은 미국 환경 보호청 (USEPA)에서 기술 테스트 및 평가 프로그램 (TTEP)를 -sponsored 테스트를 받았다. 열세 화학 물질 식수 가능한 오염 물질이 될 수 유독 산업 화합물의 광범위한 스펙트럼의 대표로 테스트하기 위해 선정되었다. 테스트하는 동안, 13 (9)가 사람의 건강에 관련된 농도 시간 내에 ECIS 의해 검출 된 8. 표 1은 이러한 오염 시험의 결과를 도시한다.도 4를하면 &quot;오염&quot;결과가 어떻게 보이는지 대표 ECIS 리더 화면. 대부분의 경우, 셀룰러 임피던스 컨트롤과 비교하여 오염 된 샘플에 대해 감소되었다. 때때로, 특정 화합물 임피던스의 증가를 야기 할 수있다. 또한 표 1에 나타내 </strong&gt; 깨끗한 물 테스트입니다. 마흔 깨끗한 물 시료를 실행하고, 어떤 오염이 표본에서 검출되지 않았다 &quot;어떤 오염이 검출되지 않는&quot;의 대표적인 스크린 샷 (도 5 참조). <img alt="그림 4" src="/files/ftp_upload/53555/53555fig4.jpg" /> 그림 4 : &quot;오염 된&quot;물 샘플의 ECIS 리더 스크린 샷 오염 된 물 샘플에서 정규화 된 임피던스 그래픽과 결과의 예.. 청색 라인은 제어 전극의 각각의 정규화 된 임피던스를 나타내고; 빨간색 선이 시료 전극의 각각의 정규화 된 임피던스를 나타낸다. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/53555/53555fig4large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img alt="그림 5" src="/files/ftp_upload/53555/53555fig5.jpg" /> 그림 5 : &quot;어떤 오염 신호가 없습니다&quot;물 샘플의 ECIS 리더 스크린 샷 오염되지 않은 물 샘플에서 정규화 된 임피던스 그래픽과 결과의 예.. 청색 라인은 제어 전극의 각각의 정규화 된 임피던스를 나타내고; 빨간색 선이 시료 전극의 각각의 정규화 된 임피던스를 나타낸다. <a href="https://www-jove-com.remotexs.ntu.edu.sg/files/ftp_upload/53555/53555fig5large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody><tr><td> 범주 </td><td> 오염 물질 </td><td colspan="3"> 농도 테스트 (㎎ / ℓ) 1 </td><td colspan="2"> 감지 ≤1 시간 N = 4/4 칩 </td></tr><tr><td rowspan="8"> 살충제 </td><td> Aldicarb </td><td colspan="3"> 0.17 </td><td colspan="2"> 아니 </td></tr><tr><td> 아르센<html> IC (아비산 나트륨) </td><td colspan="3"> 4.5 </td><td colspan="2"> 예 </td></tr><tr><td> 아 지드 (아지 화 나트륨) </td><td colspan="3"> 46.​​7 </td><td colspan="2"> 예 </td></tr><tr><td> Fenamiphos </td><td colspan="3"> 0.56 </td><td colspan="2"> 아니 </td></tr><tr><td> Methamidophos </td><td colspan="3"> 1.4 </td><td colspan="2"> 아니 </td></tr><tr><td> 메틸 파라티온 </td><td colspan="3"> 33.6 </td><td colspan="2"> 예 </td></tr><tr><td> 파라쿼트 (디 클로라이드) </td><td colspan="3"> 4.6 </td><td colspan="2"> 아니 </td></tr><tr><td> Pentachlorophenate (나트륨) </td><td colspan="3"> 71.9 </td><td colspan="2"> 예 </td></tr><tr><td rowspan="5"> 산업 화학 </td><td> 암모니아 </td><td colspan="3"> (924) </td><td colspan="2"> 예 </td></tr><tr><td> 구리 (구리 II 황산) </td><td colspan="3"> (103) </td><td colspan="2"> 예 </td></tr><tr><td> 시안화물 (나트륨) </td>3 &quot;&gt; (14) </td><td colspan="2"> 예 </td></tr><tr><td> 수은 (염화) </td><td colspan="3"> 24.7 </td><td colspan="2"> 예 </td></tr><tr><td> 톨루엔 </td><td colspan="3"> (444) </td><td colspan="2"> 예 </td></tr><tr><td> 깨끗한 물 2 </td><td> 없음 </td><td colspan="3"> NA </td><td colspan="2"> 아니 </td></tr><tr><td colspan="7"> 시험 한 농도 등은 양자리 의해 원고와 동일하다. (2014). </td></tr><tr><td colspan="7"> 2 40 깨끗한 물 샘플이없는 오염으로 실행되었다. </td></tr></tbody></table> 표 1 : ECIS에 의해 탐지 된 물 샘플에서 오염 물질.

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Preparation and Testing of Impedance-based Fluidic Biochips with RTgill-W1 Cells for Rapid Evaluation of Drinking Water Samples for Toxicity

준비 및 시험 독성에 대한 신속한 평가 음주의 물 샘플에 대한 RTgill-W1 세포와 유체 바이오칩을 임피던스 기반

This manuscript describes how to prepare fluidic biochips with Rainbow trout gill epithelial cells for use in a field portable electric cell-substrate impedance sensor. The protocol for running a rapid drinking water toxicity test with the sensor is also described.

This manuscript describes how to prepare fluidic biochips with Rainbow trout gill epithelial (RTgill-W1) cells for use in a field portable water toxicity ...

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Nanyang Technological University

Research

JoVE Journal

Environment

9.0K 조회수.  U.S. Army Center for Environmental Health Research. This manuscript describes how to prepare fluidic biochips with Rainbow trout gill epithelial cells for use in a field portable electric cell-substrate impedance sensor. The protocol for running a rapid drinking water toxicity test with the sensor is also described. 

비디오: Preparation and Testing of Impedance-based Fluidic Biochips with RTgill-W1 Cells for Rapid Evaluation of Drinking Water Samples for Toxicity

EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. I. Collection of Virus Samples

EPA Method 1615 was developed with a goal of providing a standard method for measuring enteroviruses and noroviruses in environmental and drinking waters. The standardized sampling component of the method concentrates viruses that may be present in water by passage of a minimum specified volume of water through an electropositive cartridge filter. The minimum specified volumes for surface and finished/ground water are 300 L and 1,500 L, respectively. A major method limitation is the tendency for the filters to clog before meeting the sample volume requirement. Studies using two different, but equivalent, cartridge filter options showed that filter clogging was a problem with 10% of the samples with one of the filter types compared to 6% with the other filter type. Clogging tends to increase with turbidity, but cannot be predicted based on turbidity measurements only. From a cost standpoint one of the filter options is preferable over the other, but the water quality and experience with the water system to be sampled should be taken into consideration in making filter selections.

EPA Method 1615 uses an electropositive filter to concentrate enteroviruses and noroviruses in environmental and drinking waters. This manuscript describes the procedure for collecting samples for Method 1615 analyses.

엔테로 바이러스 및 문화 RT-qPCR에 의해 물에서 노로 바이러스의 발생의 EPA 방법 1615 측정. 바이러스 샘플의 I. 컬렉션

EPA Method 1615 was developed with a goal of providing a standard method for measuring enteroviruses and noroviruses in environmental and drinking waters. ...

연구

환경과학

Use of Chironomidae (Diptera) Surface-Floating Pupal Exuviae as a Rapid Bioassessment Protocol for Water Bodies

Rapid bioassessment protocols using benthic macroinvertebrate assemblages have been successfully used to assess human impacts on water quality. Unfortunately, traditional benthic larval sampling methods, such as the dip-net, can be time-consuming and expensive. An alternative protocol involves collection of Chironomidae surface-floating pupal exuviae (SFPE). Chironomidae is a species-rich family of flies (Diptera) whose immature stages typically occur in aquatic habitats. Adult chironomids emerge from the water, leaving their pupal skins, or exuviae, floating on the water&#8217;s surface. Exuviae often accumulate along banks or behind obstructions by action of the wind or water current, where they can be collected to assess chironomid diversity and richness. Chironomids can be used as important biological indicators, since some species are more tolerant to pollution than others. Therefore, the relative abundance and species composition of collected SFPE reflect changes in water quality. Here, methods associated with field collection, laboratory processing, slide mounting, and identification of chironomid SFPE are described in detail. Advantages of the SFPE method include minimal disturbance at a sampling area, efficient and economical sample collection and laboratory processing, ease of identification, applicability in nearly all aquatic environments, and a potentially more sensitive measure of ecosystem stress. Limitations include the inability to determine larval microhabitat use and inability to identify pupal exuviae to species if they have not been associated with adult males.

Use of Chironomidae Diptera Surface-Floating Pupal Exuviae as a Rapid Bioassessment Protocol for Water Bodies

Rapid bioassessment protocols using benthic macroinvertebrates are often used to monitor and assess water quality. An efficient protocol involves collections of Chironomidae surface-floating pupal exuviae (SFPE). Here, techniques for field collection, laboratory processing, slide mounting, and identification of Chironomidae SFPE are described.

Chironomidae (파리목)의 사용 표면 부동 물 기관에 대한 신속한 생물학적 평가 프로토콜로 번데기 Exuviae을

Rapid bioassessment protocols using benthic macroinvertebrate assemblages have been successfully used to assess human impacts on water quality. ...

EPA Method 1615. Measurement of Enterovirus and Norovirus Occurrence in Water by Culture and RT-qPCR. Part III. Virus Detection by RT-qPCR

EPA Method 1615 measures enteroviruses and noroviruses present in environmental and drinking waters. This method was developed with the goal of having a standardized method for use in multiple analytical laboratories during monitoring period 3 of the Unregulated Contaminant Monitoring Rule. Herein we present the protocol for extraction of viral ribonucleic acid (RNA) from water sample concentrates and for quantitatively measuring enterovirus and norovirus concentrations using reverse transcription-quantitative PCR (RT-qPCR). Virus concentrations for the molecular assay are calculated in terms of genomic copies of viral RNA per liter based upon a standard curve. The method uses a number of quality controls to increase data quality and to reduce interlaboratory and intralaboratory variation. The method has been evaluated by examining virus recovery from ground and reagent grade waters seeded with poliovirus type 3 and murine norovirus as a surrogate for human noroviruses. Mean poliovirus recoveries were 20% in groundwaters and 44% in reagent grade water. Mean murine norovirus recoveries with the RT-qPCR assay were 30% in groundwaters and 4% in reagent grade water.

Here we present a procedure to quantify enterovirus and norovirus in environmental and drinking waters using reverse transcription-quantitative PCR. Mean virus recovery from groundwater with this standardized procedure from EPA Method 1615 was 20% for poliovirus and 30% for murine norovirus.

엔테로 바이러스 및 문화와 RT-qPCR에 의해 물에서 노로 바이러스의 발생의 EPA 방법 1615 측정. 파트 III. RT-qPCR에 의한 바이러스 검출

EPA Method 1615 measures enteroviruses and noroviruses present in environmental and drinking waters. This method was developed with the goal of having a ...

A CO2 Concentration Gradient Facility for Testing CO2 Enrichment and Soil Effects on Grassland Ecosystem Function

Continuing increases in atmospheric carbon dioxide concentrations (CA) mandate techniques for examining impacts on terrestrial ecosystems. Most experiments examine only two or a few levels of CA concentration and a single soil type, but if CA can be varied as a gradient from subambient to superambient concentrations on multiple soils, we can discern whether past ecosystem responses may continue linearly in the future and whether responses may vary across the landscape. The Lysimeter Carbon Dioxide Gradient Facility applies a 250 to 500 &#181;l L-1 CA gradient to Blackland prairie plant communities established on lysimeters containing clay, silty clay, and sandy soils. The gradient is created as photosynthesis by vegetation enclosed in in temperature-controlled chambers progressively depletes carbon dioxide from air flowing directionally through the chambers. Maintaining proper air flow rate, adequate photosynthetic capacity, and temperature control are critical to overcome the main limitations of the system, which are declining photosynthetic rates and increased water stress during summer. The facility is an economical alternative to other techniques of CA enrichment, successfully discerns the shape of ecosystem responses to subambient to superambient CA enrichment, and can be adapted to test for interactions of carbon dioxide with other greenhouse gases such as methane or ozone.

A CO2 Concentration Gradient Facility for Testing CO2 Enrichment and Soil Effects on Grassland Ecosystem Function

The Lysimeter Carbon Dioxide Gradient Facility creates a 250 to 500 &#181;l L-1 linear carbon dioxide gradient in temperature-controlled chambers housing grassland plant communities on clay, silty clay, and sandy soil monoliths. The facility is used to determine how past and future carbon dioxide levels affect grassland carbon cycling.

CO<sub&gt; 2</sub테스트 주식에 대한&gt; 농도 구배 시설<sub&gt; 2</sub초원 생태계 기능에&gt; 농축 및 토양 효과

Continuing increases in atmospheric carbon dioxide concentrations (CA) mandate techniques for examining impacts on terrestrial ecosystems. Most ...

A Simple Method for Automated Solid Phase Extraction of Water Samples for Immunological Analysis of Small Pollutants

A new method for solid phase extraction (SPE) of environmental water samples is proposed. The developed prototype is cost-efficient and user friendly, and enables to perform rapid, automated and simple SPE. The pre-concentrated solution is compatible with analysis by immunoassay, with a low organic solvent content. A method is described for the extraction and pre-concentration of natural hormone 17&#946;-estradiol in 100 ml water samples. Reverse phase SPE is performed with octadecyl-silica sorbent and elution is done with 200 &#181;l of methanol 50% v/v. Eluent is diluted by adding di-water to lower the amount of methanol. After preparing manually the SPE column, the overall procedure is performed automatically within 1 hr. At the end of the process, estradiol concentration is measured by using a commercial enzyme-linked immune-sorbent assay (ELISA). 100-fold pre-concentration is achieved and the methanol content in only 10% v/v. Full recoveries of the molecule are achieved with 1 ng/L spiked de-ionized and synthetic sea water samples.

A protocol for the extraction and pre-concentration of estradiol from water samples by using an automated and miniaturized system is presented.

작은 오염 물질의 면역 학적 분석을위한 물 샘플의 자동화 된 고체상 추출을위한 간단한 방법

A new method for solid phase extraction (SPE) of environmental water samples is proposed. The developed prototype is cost-efficient and user friendly, and ...

Use of a Filter Cartridge for Filtration of Water Samples and Extraction of Environmental DNA

Recent studies demonstrated the use of environmental DNA (eDNA) from fishes to be appropriate as a non-invasive monitoring tool. Most of these studies employed disk fiber filters to collect eDNA from water samples, although a number of microbial studies in aquatic environments have employed filter cartridges, because the cartridge has the advantage of accommodating large water volumes and of overall ease of use. Here we provide a protocol for filtration of water samples using the filter cartridge and extraction of eDNA from the filter without having to cut open the housing. The main portions of this protocol consists of 1) filtration of water samples (water volumes &#8804;4 L or &gt;4 L); (2) extraction of DNA on the filter using a roller shaker placed in a preheated incubator; and (3) purification of DNA using a commercial kit. With the use of this and previously-used protocols, we perform metabarcoding analysis of eDNA taken from a huge aquarium tank (7,500 m3) with known species composition, and show the number of detected species per library from the two protocols as the representative results. This protocol has been developed for metabarcoding eDNA from fishes, but is also applicable to eDNA from other organisms.

We describe a protocol for filtration of water samples with a filter cartridge and extraction of environmental DNA (eDNA) without having to cut open the housing to remove the filter. This protocol is developed for metabarcoding eDNA from fishes, but is also applicable to eDNA from other organisms.

여과 물 샘플 및 환경 DNA의 추출을위한 필터 카트리지의 사용

Recent studies demonstrated the use of environmental DNA (eDNA) from fishes to be appropriate as a non-invasive monitoring tool. Most of these studies ...

A Lipid Extraction and Analysis Method for Characterizing Soil Microbes in Experiments with Many Samples

Microbial communities are important drivers and regulators of ecosystem processes. To understand how management of ecosystems may affect microbial communities, a relatively precise but effort-intensive technique to assay microbial community composition is phospholipid fatty acid (PLFA) analysis. PLFA was developed to analyze phospholipid biomarkers, which can be used as indicators of microbial biomass and the composition of broad functional groups of fungi and bacteria. It has commonly been used to compare soils under alternative plant communities, ecology, and management regimes. The PLFA method has been shown to be sensitive to detecting shifts in microbial community composition.
An alternative method, fatty acid methyl ester extraction and analysis (MIDI-FA) was developed for rapid extraction of total lipids, without separation of the phospholipid fraction, from pure cultures as a microbial identification technique. This method is rapid but is less suited for soil samples because it lacks an initial step separating soil particles and begins instead with a saponification reaction that likely produces artifacts from the background organic matter in the soil. 
This article describes a method that increases throughput while balancing effort and accuracy for extraction of lipids from the cell membranes of microorganisms for use in characterizing both total lipids and the relative abundance of indicator lipids to determine soil microbial community structure in studies with many samples. The method combines the accuracy achieved through PLFA profiling by extracting and concentrating soil lipids as a first step, and a reduction in effort by saponifying the organic material extracted and processing with the MIDI-FA method as a second step.

The article describes a method that increases throughput while balancing effort and accuracy for extraction of lipids from the cell membranes of microorganisms for use in characterizing both total lipids and the relative abundance of indicator lipids to determine soil microbial community structure in studies with many samples.

많은 샘플을 이용한 실험에서 토양 미생물을 특성화하기위한 지질 추출 및 분석 방법

Microbial communities are important drivers and regulators of ecosystem processes. To understand how management of ecosystems may affect microbial ...

Vegetated Treatment Systems for Removing Contaminants Associated with Surface Water Toxicity in Agriculture and Urban Runoff

Urban stormwater and agriculture irrigation runoff contain a complex mixture of contaminants that are often toxic to adjacent receiving waters. Runoff may be treated with simple systems designed to promote sorption of contaminants to vegetation and soils and promote infiltration. Two example systems are described: a bioswale treatment system for urban stormwater treatment, and a vegetated drainage ditch for treating agriculture irrigation runoff. Both have similar attributes that reduce contaminant loading in runoff: vegetation that results in sorption of the contaminants to the soil and plant surfaces, and water infiltration. These systems may also include the integration of granulated activated carbon as a polishing step to remove residual contaminants. Implementation of these systems in agriculture and urban watersheds requires system monitoring to verify treatment efficacy. This includes chemical monitoring for specific contaminants responsible for toxicity. The current paper emphasizes monitoring of current use pesticides since these are responsible for surface water toxicity to aquatic invertebrates.

This article summarizes the design attributes and the effectiveness of treatment systems that treat urban stormwater and agriculture irrigation runoff to remove pesticides and other contaminants associated with aquatic toxicity.

농업과 도시 유출수의 지표수 독성과 관련된 오염 물질 제거를위한 식물 처리 시스템

Urban stormwater and agriculture irrigation runoff contain a complex mixture of contaminants that are often toxic to adjacent receiving waters. Runoff may ...

Extraction of Organochlorine Pesticides from Plastic Pellets and Plastic Type Analysis

Plastic resin pellets, categorized as microplastics (&#8804;5 mm in diameter), are small granules that can be unintentionally released to the environment during manufacturing and transport. Because of their environmental persistence, they are widely distributed in the oceans and on beaches all over the world. They can act as a vector of potentially toxic organic compounds (e.g., polychlorinated biphenyls) and might consequently negatively affect marine organisms. Their possible impacts along the food chain are not yet well understood. In order to assess the hazards associated with the occurrence of plastic pellets in the marine environment, it is necessary to develop methodologies that allow for rapid determination of associated organic contaminant levels. The present protocol describes the different steps required for sampling resin pellets, analyzing adsorbed organochlorine pesticides (OCPs) and identifying the plastic type. The focus is on the extraction of OCPs from plastic pellets by means of a pressurized fluid extractor (PFE) and on the polymer chemical analysis applying Fourier Transform-InfraRed (FT-IR) spectroscopy. The developed methodology focuses on 11 OCPs and related compounds, including dichlorodiphenyltrichloroethane (DDT) and its two main metabolites, lindane and two production isomers, as well as the two biologically active isomers of technical endosulfan. This protocol constitutes a simple and rapid alternative to existing methodology for evaluating the concentration of organic contaminants adsorbed on plastic pieces.

Microplastics act as vector of potentially toxic organic contaminants with unpredictable effects. This protocol describes an alternative methodology for assessing the levels of organochlorine pesticides adsorbed on plastic pellets and identifying the polymer chemical structure. The focus is on pressurized fluid extraction and attenuated total reflectance Fourier transform infrared spectroscopy.

플라스틱 펠렛 및 플라스틱 유형 분석에서 유기 염소 농약의 추출

Plastic resin pellets, categorized as microplastics (&#8804;5 mm in diameter), are small granules that can be unintentionally released to the environment ...

Protocol for Acute and Chronic Ecotoxicity Testing of the Turquoise Killifish Nothobranchius furzeri

The killifish Nothobranchius furzeri is an emerging model organism in the field of ecotoxicology and its applicability in acute and chronic ecotoxicity testing has been demonstrated. Overall, the sensitivity of the species to toxic compounds is in the range with, or higher than, that of other model species.
This work describes protocols for acute, chronic, and multigenerational bioassays of single and combined stressor effects on N. furzeri. Due to its short maturation time and life-cycle, this vertebrate model allows the study of endpoints such as maturation time and fecundity within four months. Transgenerational full life-cycle exposure trials can be performed in as little as 8 months. Since this species produces eggs that are drought-resistant and remain viable for years, the on-site culture of the species is not needed but individuals can be recruited when required. The protocols are designed to measure life-history traits (mortality, growth, fecundity, weight) and critical thermal maximum.

Protocol for Acute and Chronic Ecotoxicity Testing of the Turquoise Killifish Nothobranchius furzeri

In this work, we describe an acute, chronic and multigenerational bioassay to study the effects of single and combined stressors on the Turquoise killifish Nothobranchius furzeri. This protocol is designed to study life-history traits (mortality, growth, fecundity, weight) and critical thermal maximum.

급성 및 만성 Ecotoxicity 청록색 송사리 Nothobranchius furzeri 의 테스트에 대 한 프로토콜

The killifish Nothobranchius furzeri is an emerging model organism in the field of ecotoxicology and its applicability in acute and chronic ecotoxicity ...