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Nanyang Technological University

レトロウイルス統合サイトの増幅、次世代シーケンシング、およびゲノムDNAのマッピング

We describe a protocol for amplifying retroviral integration sites from the genomic DNA of infected cells, sequencing the amplified virus-host junctions, and then mapping these sequences to a reference genome. We also describe techniques to quantify the distribution of integration sites relative to various genomic annotations using BEDTools.

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